Абстрактный
Фон
<р> Унаследованные функциональные одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP) в генах репарации ДНК могут изменить репарации ДНК потенциал и, таким образом, внести свой вклад в риск развития рака
Методы Результаты ERCC1 Финансирование:. Это исследование поддерживалось за счет средств из программы Китая тысяч талантов в университете Фудань и грант от Министерства здравоохранения (грант номер 201002007). Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи Введение Для дальнейшей оценки ассоциаций ERCC1 Материалы и методы Исследование Население SNP Выбор и генотипирование Мы выбрали потенциально функциональные ОНП, представляющие интерес, используя базу данных NCBI dbSNP и SNPinfo со следующими критериями:. ( 1) малая частота аллеля сообщили в HapMap был ≥5% для китайских подданных; (2), влияющие на фактор транскрипции сайт связывания активности (ССТФ) в предположительной области промотора; (3), влияющие на микроРНК (миРНК) активность связывания сайта; и (4), не включенных в опубликованный GWASs. Для ERCC1 Статистический анализ Результаты характеристики пациентов Ассоциация между Избранные ОНП и желудочный риска развития рака В этом исследование, мы обнаружили, что ERCC1 ERCC1 поддержка Информация
<р> Три ERCC1
функциональных полиморфизмов. (rs2298881C &GТ; A, rs3212986C > A и rs11615G &GТ; а) и два элемента XPF
/ ERCC4
функциональных полиморфизмов (rs2276466C &GТ; G и rs6498486A &° С) для генотипирования 1125 случаев аденокарциномы желудка и 1196 без рака управления с помощью TaqMan анализов. были использованы отношения шансов (OR) и 95% доверительный интервал (ДИ) для оценки риска ассоциации, и были рассчитаны ложноположительных отчет о вероятности (FPRP) для оценки значимых результатов.
rs2298881C и вариант rs11615A генотипы были связаны с повышенным риском развития рака желудка (скорректированное OR = 1,33, 95% ДИ = 1.05-1.67 для rs2298881 AC /CC и ОШ = 1,23, 95% ДИ = 1.05-1.46 для rs11615 AG /AA, по сравнению с их общим генотипом АА и GG, соответственно). У больных с 2-3 ERCC1
генотипы риска имели значительное увеличение риска (скорректированный OR = 1,56, 95% ДИ = 1.27-1.93), по сравнению с теми, с 0-1 генотипов ERCC1
риска, и этот риск был более значительно в подгруппах никогда пьющих, не-кардии аденокарциномы (NGCA) и клинической стадии I + II. Все эти риски не наблюдались XPF
ОНП.
Выводы
<р> Эти данные позволяют предположить, что функционал ERCC1
полиморфизмов может способствовать риск развития рака желудка. Большие и хорошо спланированные исследования с различными этническими населения необходимы для подтверждения наших выводов
<р> Образец цитирования:. Он J, Сюй Y, Цю L-X, Li J, Чжоу X-Y, ВС М-Н и др. (2012) полиморфизмов ERCC1
и XPF
Гены и риск рака желудка в восточно-китайского населения. PLoS ONE 7 (11): e49308. DOI: 10.1371 /journal.pone.0049308
<р> Редактор: Сяо-Пин Мяо, Хуажонге университет науки и технологии, Китай
<р> Поступило: 18 июля 2012 года; Принято 8 октября 2012 года; Опубликовано: 15 ноября, 2012
<р> Copyright: © 2012 Он и др. Это статья с открытым доступом распространяется в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution, которая позволяет неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальный автор и источник кредитуются
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов
<р> рак желудка является второй ведущей причиной смертности от онкологических заболеваний во всем мире, по оценкам, около одного миллиона новых случаев, что составляет 10% всех случаев смерти от онкологических заболеваний произошли в 2008 году и около 40% всех случаев имели место в Китае [1], занимая третье наиболее распространенной формой рака в Китае [2]. На сегодняшний день, этиология рака желудка остается неясным, хотя в настоящее время предлагаемые факторы риска включают курение и диетические дефициты [3], [4], гастроэзофагеальной рефлюксной болезни и ожирения [5], высокий индекс массы тела [6], и HELICOBACTER пилори
( H. пилори
) инфекции [7]. Вполне вероятно, что генетическая изменчивость может также влиять на восприимчивость к раку желудка [8].
<Р> репарации ДНК играют важную роль в поддержании стабильности и целостности генома человека. У людей есть по крайней мере пять основных репарации ДНК пути, состоящие из более чем 130 генов, из которых нуклеотид иссечение ремонт (НЭК) путь удаляет широкий спектр повреждений ДНК, в том числе громоздких аддуктов, перекрестные ссылки, окислительного повреждения ДНК, алкилирующие повреждения и тимидина димеры [9] - [11]. Кроме того, по крайней мере семь ксеродермией пигментная (XP) группы комплементации были идентифицированы, которые являются лимитирующим скорость в них механизма NER [12]. Например, ремонт иссечение кросс-бесплатный группа 1 ( ERCC1
) ген кодирует субъединицу ЧО комплекса, необходимого для стадии надреза НЭК. Что еще более важно, что ERCC1 белок образует гетеродимер с эндонуклеазы XPF (также известный как ERCC4), чтобы катализировать 'надрез 5 в процессе иссечения пораженного участка ДНК [13]. Поскольку белок ERCC1 имеет решающее значение для НЭК и может повлиять на нестабильность генома, изменения в ERCC1
, вероятно, играют важную роль в поддержании стабильности генома, которая нарушается в канцерогенеза [14], [15].
<р> Три общих ERCC1
варианты, а именно rs11615, rs321986 и rs3212961, были исследованы ранее, потому что они, вероятно, функционал [16]. В частности, два исследования случай-контроль сообщили связь между ERCC1
rs11615 вариантов генотипов и риск развития рака желудка, в том числе одно исследование 126 случаев [17], а другой из 314 случаев [18] в итальянских популяциях. Для связи между ERCC4
полиморфизмов и риском развития рака, предыдущие исследования в основном сосредоточены на функциональной SNP rs1800067G ≫. Изучает, и лишь немногие случай-контроль сообщили о раке желудка до настоящего времени [19], [20]
и ERCC4
полиморфизмы с риском развития рака желудка, мы провели исследование случай-контроль путем генотипирования пять потенциальных функциональных ОНП, три в ERCC1
и два в ERCC4,
в восточно-китайской Хань населения 1125 случаев рака желудка и 1196 без рака управления.
<р> субъекты были набраны из текущего исследования случай-контроль, как описано ранее [21]. В исследование было включено 1125 несвязанных этнических китайских пациентов Хан с впервые диагностированным и гистологически подтвердили первичный аденокарциномы желудка, набираемых из шанхайского университета Фудань онкологического центра (FUSCC) в период с января 2009 года по март 2011. Все пациенты были из Восточного Китая, включая Шанхай, Чжэцзян, Цзянсу и в прилегающих к нему районах. Поскольку аденокарциномы желудка приходится около 98,5% всех больных раком желудка видели в нашей больнице, мы исключили из участия тех пациентов, у которых были interstitialoma, желудка adenosquamous рак, плоскоклеточный рак, метастазы рака других органов или любого гистологического диагноза, кроме аденокарциномы желудка. Еще 1196 элементы управления с учетом возрастного (± 5 лет) и секс подобранная без рака этнические ханьцы с письменного информированного согласия были набраны из (TZL) исследования Тайчжоу Продольная, проведенного в тот же период времени в Восточном Китае, который был утвержден Комитет по этике человек из университета Фудань, как описано ранее [22]. Все образцы крови у пациентов с аденокарциномой желудка были предоставлены банком ткани FUSCC. Все пациенты подписали письменное информированное согласие на их пожертвования биологических образцов в банк тканей FUSCC. Частота ответа составила приблизительно 91% для случаев и 90% в контрольной группе. Это исследование протокол был одобрен Советом по Institutional рассмотрению FUSCC
гена, мы выбрали rs2298881C &Гт А, может влиять на активность ССТФ, в дополнение к двум другим широко изученных потенциально функциональных полиморфизмов (rs3212986C &GТ; A и rs11615G > A, первый может быть связано с устойчивостью транскрипта изменения, в то время как последний может быть связан с мРНК уровней изменений). Для ERCC4
гена, мы выбрали rs2276466C &GТ; G и rs6498486A &° С; бывший может повлиять на активность связывания микроРНК сайта, в то время как это может повлиять на активность ССТФ как предсказано SNPinfo. Эти пять потенциально функциональных полиморфизмов также захватили другие 49 ОНП в соседних генов (таблица S1 для ERCC1
и Таблица S2 для ERCC4
) и генотипирования, как описано ранее [21].
<р> Мы использовали χ 2 тест, чтобы сравнить различия в частотах аллелей и генотипов, а также демографических и других ковариатами между случаями и контролем. Совершенство-оф-приступе χ 2 тест был применен для расчета Харди-Вайнберга распределений генотипов в контрольной группе. Мы рассчитали сырой и скорректированные отношения шансов (ОШ) и 95% доверительный интервал (ДИ) от одномерные и многомерные модели логистической регрессии, соответственно, оценить связь между генотипом и риском аденокарциномы желудка с и без корректировки на и расслаивается по возрасту, полу , курение /питьевой статус, сайт первичной опухоли и клинической стадии. Мы также провели тесты гомогенности, чтобы обнаружить разницу в оценке риска среди подгрупп. Поскольку выбранные ОНП, как представляется, в том же блоке, анализ гаплотипов не проводился.
<Р> Мы рассчитали вероятность ложно-положительный отчет (FPRP) [23] для всех значимых результатов. Мы установили 0,2 как порог FPRP и назначается предварительное вероятность 0,01 обнаружить или 1,50 (для эффектов риска) или 0,67 (для защитных эффектов) для ассоциации с генотипами под следствием. Только значимые результаты со значением FPRP &ЛТ; 0,2 рассматривались как заслуживающие внимания объединений
<р> Мы провели все анализы с помощью программного обеспечения SAS (версия 9.1; SAS Institute, Cary, NC)., И все статистические тесты были двусторонними, и P
значения менее 0,05 считались статистически значимыми.
<р> представлены распределения демографических характеристик субъектов в таблице S3, и были аналогичны тем, которые представлены в предыдущем докладе [21]. Если коротко, то данное исследование случай-контроль включен 1196 без рака управления и 1125 желудка случаев рака, в том числе 305 (27,1%) кардии аденокарциномы (GCA) и 820 (72,9%) NGCA, из которых 476 (42,3%) были TNM этап I + II, и 649 (57,7%) были стадии III + IV в соответствии с 7 е издание AJCC [24].
<р> распределение генотипа пяти выбранных ОНП в случаях и контроля приведены в таблице 1. наблюдаемые распределения генотипов среди управлений были согласованы с равновесием Харди-Вайнберга ( P
= 0,550 для rs2298881, P
= 0,859 для rs3212986, P
= 0,990 для rs11615, P
= 0,288 для rs2276466, и P
= 0,398 для rs6498486). Распределение генотипов существенно отличались для ERCC1
rs2298881 ( P
= 0,037) и ERCC1
rs11615 ( P
= 0,0496) между случаями и управления, но не для остальных трех ОНП. Когда генотип rs2298881AA был использован в качестве эталона, вариант генотипа C были связаны с повышенным риском развития аденокарциномы желудка (скорректированное OR = 1,37, 95% ДИ = 1.08-1.74 для переменного тока, ОШ = 1,26, 95% ДИ = 0.98- 1,63 для CC и ОШ = 1,33; 95% ДИ = 1.05-1.67 для AC /CC после корректировки по возрасту, полу, курение и состояние питьевой); когда генотип rs11615GG был использован в качестве справки, Вариантом генотипы были связаны с повышенным риском развития аденокарциномы желудка (скорректированное OR = 1,25, 95% ДИ = 1.05-1.48 для AG, ОШ = 1,13, 95% ДИ = 0.78- 1,63 для АА и ОШ = 1,23; 95% ДИ = 1.05-1.46 для AG /AA). Тем не менее, нет ассоциации с риском аденокарциномы желудка не было обнаружено в течение трех других полиморфизмов (таблица 1). У больных с 2-3 риска генотипов ERCC1
имели значительное увеличение риска (скорректированный OR = 1,56, 95% ДИ = 1.27-1.93), по сравнению с теми, только с 0-1 генотипов риска.
Расслоение анализ
<р> Кроме того, мы проанализировали связь между вариантами генотипов трех выбранных полиморфизмов из ERCC1
желудка и риск развития рака расслаивается подгруппами возраста, пола, курения и состояния питьевой, опухоли и клиническая этап, предполагая доминирующую генетической модели, основанной на результатах однофакторного анализа (таблица 2). В rs2298881 вариант AC /CC генотипы был связан с повышенным риском (скорректированных ОШ, если не указано иное), что было более очевидным, у женщин (OR = 1,64, 95% ДИ = 1.05-2.56), текущие курильщики (OR = 1,49, 95% CI = 1.03-2.14), никогда не пьющих (OR = 1,31, 95% ДИ = 1.00-1.71), NGCA (OR = 1,33, 95% ДИ = 1.03-1.71) и клинической стадии I + II (OR = 1,58, 95% CI = 1.15-2.18). Совершенно аналогичные результаты были получены для rs11615 вариантов генотипов AG /AA, особенно в младшей группе (OR = 1,34, 95% ДИ = 1.07-1.69), женщины (OR = 1,38, 95% ДИ = 1.02-1.88), текущие курильщики (OR = 1,38, 95% ДИ = 1.06-1.80), когда-либо пьющие (OR = 1,67, 95% ДИ = 1.20-2.31), NGCA (OR = 1,23, 95% ДИ = 1.03-1.47) и клинической стадией I + II (OR = 1,33, 95% ДИ = 1.08-1.65). Когда все генотипы риска были объединены в новую переменную, мы обнаружили, что пациенты, несущие 2-3 генотипы риска имели более очевидный риск в старшей возрастной группе (OR = 1,62, 95% ДИ = 1.19-2.20), женщины (OR = 1,82, 95% ДИ = 1.22-2.72), текущие курильщики (OR = 1,76, 95% ДИ = 1.26-2.47), когда-либо пьющие (OR = 1,75, 95% ДИ = 1.16-2.64), NGCA (OR = 1,59, 95% CI = 1.26-2.01) и клинической стадии I + II (OR = 1,78, 95% ДИ = 1.33-2.38). Тем не менее, дальнейшие тесты гомогенности предложил никаких различий в оценке риска между слоями без статистических данных взаимодействий между этими переменными и вариант генотипа на риск (данные не показаны).
<Р> Значения FPRP при различных предшествующих уровней вероятности на значимые результаты приведены в таблице 3. для предварительного вероятности 0,01, при условии, что или применительно к конкретным генотипом был 1,50 (риск) или 0,67 (защита), со статистической мощностью 0,361, значения FPRP были 0,007 для Ассоциации ERCC1
2-3 генотипы риска с повышенным риском развития аденокарциномы желудка у всех особей. Мы также обнаружили статистически значимую связь с риском аденокарциномы желудка от пьющих, в коем случае не NGCA и клинической стадии I + II у пациентов с 2-3 генотипов риска. Эти значимые ассоциации рассматривались как примечательно, так как вероятность ложного положительного результата был &л; 20%. В отличие от этого, наблюдались более высокие значения FPRP для других значимых ассоциаций между ERCC
1 варианты и аденокарциномы желудка, предполагая некоторые возможные отклонения в этих положительных результатов.
Обсуждение
rs2298881C и вариант rs11615A генотипы были связаны с выраженным повышенным риском развития аденокарциномы желудка и что повышенный риск, связанный с 2-3 генотипов риска было более очевидным в коем случае не пьющих, NGCA и клинической стадии I + II. Насколько нам известно, это первое исследование, которое ERCC1
были найдены кодирующие полиморфизмы область rs11615 G /A интрон rs2298881 C /A и быть связано с риском аденокарциномы желудка. Поскольку ERCC1 играет критическую роль в НЭК, эти находки являются биологически правдоподобным.
был картирован на хромосоме 19q13.32, состоящий из 10 экзонов и кодирующий продукт аммиака в 297 ацетальдегида, в то время как ERCC4,
расположен на 16p13.12, состоит из 11 экзонов и кодирует продукт аммиака в 916 ацетальдегида. ERCC1
кодирует субъединицу для NER комплекса, которое было необходимо для стадии надреза NER пути [15], [25]. Важно отметить, что гетеродимер ERCC1 /XPF катализирует 'надрез 5 в процессе иссечения повреждений ДНК в ремонте рекомбинационной ДНК и при ремонте интер-нить сшивок [26] - [28]. Таким образом, вполне возможно, что функционал ERCC1
варианты также могут играть определенную роль в риске рака. Например, ERCC1
Asn118Asn (rs11615) SNP, как сообщается, связаны с какой-то конкретной подтипа рака легких, а также ранним началом рака легких [29]. Аналогично, ERCC1
19007 C (rs11615) аллеля установлено, что связано с повышенным риском развития рака легких в азиатских популяциях [16]. На сегодняшний день, в опубликованных исследованиях об ассоциациях между ERCC1
rs11615T &° С, rs3212986C &GТ; А и rs3212961A &° С полиморфизмов и риск рака [16], только два исследования сосредоточены на ERCC1
полиморфизмов и риск развития рака желудка, оба из которых изучали rs11615T &° с только в относительно небольшой численностью населения Италии, в том числе один [17] только с 126 желудочных случаев заболевания раком, а другой только 314 случаев [18], но ни один из этих двух исследований включали ОНП под следствием в настоящем исследовании.
<р> Когда мы объединили эти три выбранные ERCC1
полиморфизмов, мы обнаружили, что у пациентов с 2-3 генотипов риска значительно повышенный риск развития рака желудка по сравнению с те, с 0-1 генотипов риска. В стратифицированной анализе мы также обнаружили, что влияние rs2298881 AC /CC генотипов на риск рака был более очевидным в подгруппах женщин, нынешних курильщиков, никогда не пьющих, NGCA и клинической стадии I + II и что весьма сходные результаты были для rs11615 вариант генотипа AG /AA, особенно у более молодых людей, женщин, нынешние курильщики, когда-либо пьющие, NGCA и I + II клинической стадии. Тем не менее, после того, как FPRP была рассчитана для этих значительных результатов, только выводы, что никогда пьющих, NGCA и клинической стадии I + II оставалась значимой для пациентов с 2-3 генотипов риска. Таким образом, некоторые из наших выводов из слоистого анализа могут быть случайные результаты из-за сокращения размеров выборки в подгруппах. Например, мы обнаружили, что когда-либо пьющие имели более очевидный риск (OR = 1,75, 95% ДИ = 1.16-2.64), чем никогда пьющих (OR = 1,51, 95% ДИ = 1.18-1.93); Тем не менее, на основе расчета FPRP, риск найден для постоянно пьющих не было статистически значимым для предшествующего уровня вероятности 0,01. Это может быть приписано к уменьшению размеров выборки, ибо там было больше никогда пьющих чем когда-либо пьющих в нашем текущем исследовании. Табачные изделия, связанные с табачного дыма канцерогенные вещества могут вызывать различные виды повреждений ДНК, которые в основном удаляется с помощью NER пути [30]. Если неотремонтированный, такое повреждение ДНК может привести к мутациям и, таким образом, инициации канцерогенеза. Например, аддукты ДНК, идентифицированные в крови плода может увеличить последующий риск развития рака в зрелом возрасте [31]. Для курильщиков, эффект генетической нестабильности на риск развития рака может быть увеличена накопившейся повреждения ДНК, вызванного продолжающимся курением сигарет. Женщины могут быть более восприимчивы к вторичного табачного дыма или пострадавших от загрязнения воздуха внутри помещений из непроветриваемых угольных печей и от приготовления паров [32]. Рак желудка включает в себя NGCA и GCA, и GCA локализуется в желудочно-пищеводного соединения и отличается от NGCA эпидемиологических характеристик и клинических признаков [4], [33]. И, наконец, вывод о том, что пациенты с 2-3 ERCC1
генотипы риска был повышенный риск наличия рака на ранней стадии можно предположить, что наблюдаемый риск может быть генетическая предрасположенность, как причину канцерогенеза ткани-мишени, а не опухоль прогрессии, которые могут управляться с помощью дополнительных мутационных событий [34].
<р> Короче говоря, это большое исследование случай-контроль на базе больниц при условии, что статистические данные ERCC1
rs2298881 и rs11615 ОНП, но не ERCC4
ОНП, были связаны с риском развития рака желудка в Восточной китайского населения, в частности, тем, что никогда пьющих, у пациентов с NGCA и ранних клинических стадиях. Тем не менее, данное исследование имело несколько ограничений. Во-первых, пациенты были выбраны из FUSCC, которые не имеют четко определенную площадь водосбора для случаев в Восточном Китае, как исследование TZL для органов управления, которые могут иметь смещение отбора и предвзятой информации. Во-вторых, только три потенциальные функциональные ОНП из ERCC1
и два ERCC4
были исследованы в настоящем исследовании, которые не охватывают всех ОНП элемента ERCC1 /XPF
комплекса , И, наконец, у нас не было достоверной и достаточной информации о других воздействий окружающей среды, таких как диетического потребления, род занятий и H. пилори
инфекции, из-за характера ретроспективного дизайна исследования. Потому что наши пациенты были в основном из Восточного Китая, было бы идеально, чтобы иметь многоцентрового репликацию на основе для подтверждения наших выводов. Без такой репликации, наши результаты следует рассматривать как предварительные. С такими предварительными результатами настоящего исследования, мы надеемся, что больше исследований рака центров или лабораторий в Китае и других регионах мира с высоким уровнем заболеваемости раком желудка, чтобы подтвердить наши результаты с более крупными размерами выборки, более полную информацию о рационе питания, род занятий и антихеликобактерную инфекции.
таблице S1.
ОНП захваченные выбраны три ERCC1
функциональных полиморфизмов, как предсказанные программным обеспечением SNPinfo
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0049308.s001
(DOC)
Таблица S2.
ОНП захваченные выбраны два ERCC4
функциональных полиморфизмов, как предсказанные программным обеспечением SNPinfo
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0049308.s002
(DOC)
Таблица S3.
Частотное распределение демографических характеристик желудка случаев рака и без рака управления
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0049308.s003
(DOC)
Кофе способствует развитию здоровых кишечных микробов и способствует опорожнению кишечника.
Существуют анекдотические свидетельства того, что любители кофе утверждают, что утренняя чашка способствует нормальному утреннему испражнению. Новое исследование, проведенное учеными из Техаса, показа
Ученые разрабатывают пептиды, которые восстанавливают баланс кишечных бактерий и предотвращают атеросклероз.
Исследователи продолжают изучать роль кишечных бактерий на здоровье. включая его связь с депрессией, аутоиммунные заболевания, душевное здоровье, и ожирение. Теперь, Команда ученых Scripps Research
Исследования связывают распространенность SARS-CoV-2,
больничные поверхности и микробиомы пациентов Исследователи обнаружили более высокое бактериальное разнообразие в палатах и поверхностях помещений для пациентов с SARS-CoV-2, предполагая, что разно
