PLOS ONE: polymorphismes dans ERCC1 et XPF Gènes et risque de cancer gastrique dans une Population

Chinois Résumé
Est

Contexte

Hérité fonctionnels polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) dans les gènes de réparation d'ADN peuvent modifier la capacité de réparation d'ADN et contribuent ainsi à un risque de cancer

Méthodes

Trois fonctionnels SNPs de ERCC1. (de rs2298881C > A, rs3212986C > A et rs11615G > A) et deux XPF
/ fonctionnels SNPs de ERCC4 (de rs2276466C > G et rs6498486A > C) ont été génotypés pour 1125 cas d'adénocarcinome gastrique et 1196 témoins sans cancer par des essais Taqman. Les odds ratios (OR) et les intervalles de 95% de confiance (IC) ont été utilisées pour estimer les associations de risque et rapport de faux positifs probabilités (FPRP) ont été calculées pour l'évaluation des résultats significatifs.

Résultats

rs2298881C et rs11615A variantes des génotypes de ERCC1 ont été associés à un risque de cancer gastrique augmenté (OR ajusté = 1,33, IC à 95% = 1,05 à 1,67 pour rs2298881 AC /CC et ajustés OR = 1,23, IC à 95% = 1,05 à 1,46 pour rs11615 AG /AA, par rapport à leur AA commun de génotype et GG, respectivement). Les patients avec 2-3 Les génotypes de risque de ERCC1 avaient un risque accru significatif (OR ajusté = 1,56, IC à 95% = 1,27 à 1,93), par rapport à ceux avec 0-1 génotypes ERCC1
de risque, et ce risque était plus important dans les sous-groupes de buveurs jamais, adénocarcinome non-gastrique cardia (NGCA) et le stade clinique I + II. Tous ces risques ne sont pas observés pour XPF
SNPs.

Conclusions

Ces résultats suggèrent que fonctionnelle ERCC1
SNPs peuvent contribuer au risque de cancer gastrique. Grandes et bien conçues études avec différentes populations ethniques sont nécessaires pour valider nos constatations

Citation:. Il J, Xu Y, Qiu L-X, Li J, Zhou X-Y, Sun M-H, et al. (2012) polymorphismes dans ERCC1
et XPF
Gènes et risque de cancer gastrique dans une population chinoise orientale. PLoS ONE 7 (11): e49308. doi: 10.1371 /journal.pone.0049308

Editeur: Xiao-Ping Miao, Université Huazhong des Sciences et de la technologie, la Chine

Reçu le 18 Juillet 2012; Accepté 8 Octobre 2012; Publié 15 Novembre, 2012 |

Droit d'auteur: © 2012 He et al. Ceci est un article en accès libre distribué sous les termes de la licence Creative Commons Attribution, qui permet une utilisation sans restriction, la distribution et la reproduction sur tout support, à condition que l'auteur et la source originelle sont crédités

Financement:. Cette recherche a été soutenue par des fonds du programme Mille talents de la Chine à l'Université Fudan et de la subvention du ministère de la Santé (numéro de subvention 201002007). Les bailleurs de fonds ont joué aucun rôle dans la conception de l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de publier, ou de la préparation du manuscrit

Intérêts concurrents:.. Les auteurs ont déclaré aucun conflit d'intérêts existent

Introduction

le cancer gastrique est la deuxième cause de décès liés au cancer dans le monde entier, avec une estimation de près d'un million de nouveaux cas, soit 10% de tous les décès liés au cancer sont survenus en 2008 et environ 40% de tous les cas se sont produits en Chine [1], se classant au troisième cancer le plus fréquent en Chine [2]. À ce jour, l'étiologie du cancer gastrique reste incertaine, bien que les facteurs de risque actuellement proposées comprennent le tabagisme et les carences alimentaires [3], [4], le reflux gastro-oesophagien et l'obésité [5], haut indice de masse corporelle [6], et Helicobacter pylori
( H. pylori
) infection [7]. Il est probable que la variation génétique peut également influer sur la susceptibilité au cancer gastrique [8].

réparation de l'ADN sont importants pour maintenir la stabilité et l'intégrité du génome humain. Chez les humains, il y a au moins cinq grandes voies de réparation d'ADN consistant en plus de 130 gènes, dont la voie excision de nucléotides réparation (NER) enlève une grande variété de lésions de l'ADN, y compris les adduits volumineux, liens croisés, les dommages oxydatifs à l'ADN, les dommages alkylants et des dimères de la thymidine [9] - [11]. En outre, au moins sept xeroderma pigmentosum (XP) groupes de complémentation ont été identifiés, qui sont celles limitant la vitesse dans le mécanisme de NER [12]. Par exemple, la réparation par excision de groupe inter-gratuit 1 ( ERCC1
) gène code une sous-unité du complexe NER nécessaire pour l'étape d'incision de NER. Plus important encore, la protéine ERCC1 forme un hétérodimère avec l'endonucléase XPF (également connu sous le nom ERCC4) pour catalyser la 'incision 5 dans le processus d'excision de la lésion de l'ADN [13]. Étant donné que la protéine ERCC1 est critique pour NER et peut influencer l'instabilité génomique, les variations de ERCC1
sont susceptibles de jouer un rôle important dans le maintien de la stabilité génomique qui est perturbé dans la carcinogenèse [14], [15].

Trois commune les variantes ERCC1 de rs11615, à savoir, rs321986 et rs3212961, ont été étudiés précédemment, parce qu'ils sont probablement fonctionnelle [16]. Plus précisément, deux études cas-témoins ont signalé l'association entre ERCC1
variantes de rs11615 génotypes et le risque de cancer de l'estomac, y compris une étude de 126 cas [17] et un autre de 314 cas [18] dans les populations italiennes. Pour l'association entre ERCC4
polymorphismes et le risque de cancer, des études antérieures ont porté principalement sur une fonctionnelle SNP rs1800067G >. Les études A, et peu de cas-témoins rapportés sur le cancer gastrique à ce jour [19], [20]

Pour évaluer davantage les associations de ERCC1
et ERCC4 de les polymorphismes avec le risque de cancer de l'estomac, nous avons mené une étude cas-témoins par génotypage cinq SNP fonctionnels potentiels, trois dans ERCC1
et deux dans ERCC4,
dans une population chinoise Han de l'Est de 1125 cas de cancer gastrique et 1196 témoins sans cancer.

étude Matériaux et méthodes population

Les sujets ont été recrutés à partir d'une étude cas-contrôle permanent tel que décrit précédemment [21]. Cette étude a inclus 1125 indépendants ethniques Han patients chinois nouvellement diagnostiqués et histopathologique a confirmé adénocarcinome gastrique primaire recrutés dans Fudan University Shanghai Cancer Center (FUSCC) entre Janvier 2009 et Mars 2011. Tous les patients étaient en provenance de Chine orientale, y compris Shanghai, Zhejiang, Jiangsu et les régions environnantes. Parce que représente adénocarcinome gastrique près de 98,5% de tous les patients atteints de cancer gastrique vu dans notre hôpital, nous avons exclu de la participation de ces patients qui avaient interstitialoma, le carcinome adénosquameux gastrique, carcinome épidermoïde, métastasés d'autres organes ou tout diagnostic histopathologique autre que adénocarcinome gastrique. En plus, 1196 contrôles de l'âge (± 5 ans) et le sexe sans cancer ethniques chinois Han avec consentement éclairé ont été recrutés dans la Taizhou longitudinale (TZL) étude réalisée à la même période en Chine orientale qui a été approuvé par le Comité d'éthique humaine de l'Université Fudan, comme décrit précédemment [22]. Tous les échantillons de sang provenant de patients atteints d'un adénocarcinome gastrique ont été fournis par la banque de tissus de FUSCC. Tous les patients avaient signé un consentement éclairé écrit pour faire don de leurs échantillons biologiques à la banque de tissus de FUSCC. Le taux de réponse a été d'environ 91% pour les cas et 90% pour les contrôles. Ce protocole de recherche a été approuvé par le Conseil d'FUSCC Institutional Review

SNP Sélection et génotypage

Nous avons sélectionné les SNP potentiellement fonctionnels d'intérêt en utilisant la base de données NCBI dbSNP et SNPinfo avec les critères suivants:. ( 1) la fréquence de l'allèle mineur rapporté dans HapMap était ≥5% pour les sujets chinois; (2) affectant le site (TFBS) l'activité dans la région du promoteur putatif de liaison du facteur de transcription; (3) affectant la microARN (miARN) de l'activité du site de liaison; et (4) non inclus dans le Gwäss publié. Pour le gène ERCC1 de, nous avons choisi rs2298881C > A qui peuvent affecter l'activité TFBS, en plus de deux autres SNP potentiellement fonctionnels largement étudiés (de rs3212986C > A et rs11615G > A, l'ancien peut être associée à la stabilité de la transcription modifications, alors que ce dernier peut être associé à d'ARNm niveaux modifications). Pour le gène ERCC4 de, nous avons choisi rs2276466C > G et rs6498486A > C; le premier peut affecter l'activité de liaison miRNA du site, alors que celui-ci peut affecter l'activité de TFBS comme prédit par le SNPinfo. Ces cinq SNP potentiellement fonctionnels également capturé 49 autres SNP dans les gènes voisins (tableau S1 pour ERCC1
et le tableau S2 pour ERCC4
) et ont été génotypés comme décrit précédemment [21].
Analyse

statistique

Nous avons utilisé χ ^{Test 2 pour comparer les différences dans la fréquence des allèles et des génotypes ainsi que covariables démographiques et autres entre les cas et les témoins. La bonté de l'ajustement χ 2 essai a été utilisé pour calculer l'équilibre de Hardy-Weinberg des distributions génotypiques dans les contrôles. Nous brut calculé et ratios ajustés de cotes (RUP) et les intervalles de confiance à 95% (IC) par des modèles de régression logistique univariée et multivariée, respectivement, d'évaluer les associations entre les génotypes et risque d'adénocarcinome gastrique avec et sans ajustement pour et stratifiées par âge, sexe , fumer /boire état, le site de la tumeur primitive et le stade clinique. Nous avons également réalisé des tests d'homogénéité pour détecter la différence dans les estimations du risque chez les sous-groupes. Parce que les SNPs sélectionnés semblent être dans le même bloc, l'analyse des haplotypes n'a pas été effectuée.}

Nous avons calculé le rapport probabilité de faux positifs (FPRP) [23] pour tous les résultats significatifs. Nous avons mis en 0,2 comme seuil de FPRP et attribué une probabilité antérieure de 0,01 à détecter un OR de 1,50 (pour les effets de risque) ou 0,67 (pour des effets protecteurs) pour une association avec des génotypes visés par l'enquête. Seuls des résultats significatifs avec une valeur FPRP < 0,2 ont été considérés comme des associations remarquables

Nous avons effectué toutes les analyses avec le logiciel SAS (version 9.1; SAS Institute, Cary, NC)., Et tous les tests statistiques étaient bilatéraux, et P
valeurs inférieures à 0,05 ont été considérées comme statistiquement significatives.

Résultats

caractéristiques des patients

les distributions de caractéristiques démographiques des sujets sont présentés dans le tableau S3, et étaient similaires à ceux présentés dans un précédent rapport [21]. En bref, l'étude cas-contrôle actuel inclus 1196 contrôles sans cancer et 1125 cas de cancer gastrique, y compris 305 (27,1%) cardia gastrique adénocarcinome (GCA) et 820 (72,9%) NGCA, dont 476 (42,3%) étaient des TNM stade I + II, et 649 (57,7%) étaient de stade III + IV en fonction de la 7 ^{e édition du AJCC [24].}

Association entre les SNP sélectionnés et le cancer gastrique risque

les distributions génotypiques des cinq SNP sélectionnés dans les cas et les contrôles sont présentés dans le tableau 1. les distributions génotypiques observées entre les contrôles ont été d'accord avec l'équilibre de Hardy-Weinberg ( P
= 0,550 pour rs2298881, P
= 0,859 pour rs3212986, P
= 0,990 pour rs11615, P
= 0,288 pour rs2276466 et P
= 0,398 pour rs6498486). Les distributions génotypiques étaient significativement différentes pour ERCC1
rs2298881 ( P
= 0,037) et ERCC1
rs11615 ( P
= 0,0496) entre les cas et contrôle, mais pas pour les trois autres SNP. Lorsque le génotype rs2298881AA a été utilisé comme référence, les variantes de génotypes C ont été associés à un risque accru de adénocarcinome gastrique (OR ajusté = 1,37, IC à 95% = 1,08 à 1,74 pour AC, ajustés OR = 1,26, IC à 95% = 0.98- 1,63 pour CC et ajusté = 1,33; IC à 95% = 1,05 à 1,67 pour AC /CC après ajustement pour l'âge, le sexe, le tabagisme et l'état de la consommation); lorsque le génotype rs11615GG a été utilisé comme référence, les variantes A génotypes ont été associés à un risque accru de adénocarcinome gastrique (OR ajusté = 1,25, IC à 95% = 1,05 à 1,48 pour les AG, OR ajusté = 1,13, IC à 95% = 0.78- 1,63 pour les AA et OR ajusté = 1,23; IC à 95% = 1,05 à 1,46 pour AG /AA). Néanmoins, aucune association avec risque d'adénocarcinome gastrique ont été trouvés pour trois autres SNP (tableau 1). Les patients avec 2-3 génotypes de risque de ERCC1
avaient un risque significatif accru (OR ajusté = 1,56, IC à 95% = 1,27 à 1,93), par rapport à ceux avec seulement 0-1 génotypes de risque.

stratification Analyse

Nous avons évalué en outre l'association entre variants génotypes de trois SNP sélectionnés de ERCC1
et le risque de cancer gastrique stratifié par sous-groupes d'âge, le sexe, le tabagisme et l'état de la consommation, le site de la tumeur et clinique étape, en supposant un modèle génétique dominante sur la base des résultats de l'analyse univariée (tableau 2). Les variantes de rs2298881 AC /CC génotypes a été associée à un risque accru (RC ajusté, sauf indication contraire) qui était plus évidente chez les femmes (OR = 1,64, IC à 95% = 1,05 à 2,56), actuels fumeurs (OR = 1,49, 95% CI = 1,03 à 2,14), jamais buveurs (OR = 1,31, IC à 95% = 1,00 à 1,71), NGCA (OR = 1,33, IC à 95% = 1,03 à 1,71) et le stade clinique I + II (OR = 1,58, 95% IC = 1,15 à 2,18). résultats assez similaires ont été trouvés pour des variantes de rs11615 AG /AA génotypes, en particulier dans le groupe des plus jeunes (OR = 1,34, IC à 95% = 1,07 à 1,69), femelles (OR = 1,38, IC à 95% = 1,02 à 1,88), actuels fumeurs (OR = 1,38, IC à 95% = 1,06 à 1,80), jamais buveurs (OR = 1,67, IC à 95% = 1,20 à 2,31), NGCA (OR = 1,23, IC à 95% = 1,03 à 1,47) et le stade clinique I + II (OR = 1,33, IC à 95% = 1,08 à 1,65). Lorsque tous les génotypes de risque ont été combinés en une nouvelle variable, nous avons constaté que les patients porteurs de génotypes 2-3 de risque avaient un risque plus évident dans le groupe plus âgé (OR = 1,62, IC à 95% = 1,19 à 2,20), les femmes (OR = 1,82, IC à 95% = 1,22 à 2,72), actuels fumeurs (OR = 1,76, IC à 95% = 1,26 à 2,47), jamais buveurs (OR = 1,75, IC à 95% = 1,16 à 2,64), NGCA (OR = 1,59, 95% CI = 1/26 à 2/1) et le stade clinique I + II (OR = 1,78, IC à 95% = 1,33 à 2,38). Toutefois, d'autres tests d'homogénéité suggéré aucune différence dans les estimations du risque entre les couches sans preuve statistique des interactions entre ces variables et les variantes de génotypes sur le risque (données non présentées).

Les valeurs de FPRP à différents niveaux de probabilité a priori pour les résultats significatifs sont présentés dans le tableau 3. pour une probabilité antérieure de 0,01, en supposant que l'OR pour le génotype spécifique était de 1,50 (risque) ou 0,67 (protection), avec une puissance statistique de 0,361, les valeurs de FPRP étaient 0,007 pour une association de ERCC1
2-3 génotypes de risque, avec un risque accru de adénocarcinome gastrique chez tous les individus. Nous avons aussi trouvé une association significative avec le risque d'adénocarcinome gastrique de jamais buveurs, NGCA et stade clinique I + II parmi les patients avec 2-3 génotypes de risque. Ces associations significatives ont été considérées comme remarquables, car la probabilité d'un résultat faussement positif était < 20%. En revanche, les valeurs supérieures de FPRP ont été observées pour d'autres associations significatives entre ERCC
1 variantes et adénocarcinome gastrique, ce qui suggère un biais possible dans ces résultats positifs.

Discussion

Dans ce étude, nous avons constaté que ERCC1
rs2298881C et rs11615A variantes génotypes ont été associés à un risque accru d'adénocarcinome gastrique prononcée et que le risque accru associé à 2-3 génotypes de risque était plus évidente chez les non buveurs, NGCA et le stade clinique I + II. À notre connaissance, cette étude est la première que ERCC1
intron rs2298881 C /A et de codage région rs11615 polymorphismes G /A se sont avérés être associés à un risque d'adénocarcinome gastrique. Parce que ERCC1 joue un rôle essentiel dans la NER, ces résultats sont biologiquement plausible.

ERCC1
a été localisé sur le chromosome 19q13.32, composé de 10 exons et codant pour un produit d'ammoniac 297 acétaldéhyde, tandis que ERCC4,
situé sur 16p13.12, comprend 11 exons et code pour un produit de l'ammoniac 916 acétaldéhyde. ERCC1
code une sous-unité du complexe NER qui a été nécessaire pour l'étape d'incision de la voie NER [15], [25]. Surtout, un hétérodimère de ERCC1 /XPF catalyse la 'incision 5 dans le processus d'excision des lésions de l'ADN dans recombinatoire réparation de l'ADN et dans la réparation des liaisons transversales inter-brins [26] - [28]. Ainsi, il est possible que fonctionnelle Les variantes ERCC1 de peut aussi jouer un rôle dans le risque de cancer. Par exemple, ERCC1 de Asn118Asn (rs11615) SNP a été rapportée comme étant associée à une certaine sous-type spécifique de cancer du poumon, ainsi que l'apparition précoce du cancer du poumon [29]. De même, le 19007 C (rs11615) l'allèle de ERCC1 a été trouvé pour être associé à un risque de cancer du poumon élevée dans les populations asiatiques [16]. À ce jour, dans les études publiées sur les associations entre le ERCC1
rs11615T > C, rs3212986C > A et rs3212961A > C polymorphismes et le risque de cancer [16], seules deux études ont porté sur ERCC1
polymorphismes et le risque de cancer de l'estomac, les deux qui a étudié l'rs11615T > C que dans une population relativement faible en Italie, dont une [17], avec seulement 126 cas gastriques de cancer et l'autre de seulement 314 cas [18], mais aucun de ces deux études inclus les SNP sous enquête dans la présente étude.

Lorsque nous avons combiné ces trois sélectionnés ERCC1
SNP, nous avons constaté que les patients avec 2-3 génotypes de risque ont augmenté de façon significative le risque de cancer gastrique par rapport à ceux ayant 0-1 génotypes à risque. Dans l'analyse stratifiée, nous avons également constaté que l'effet des rs2298881 génotypes AC /CC sur le risque de cancer était plus évident dans les sous-groupes de femmes, actuels fumeurs, jamais buveurs, NGCA et stade clinique I + II et que des résultats assez similaires étaient pour variants rs11615 génotypes AG /AA, en particulier chez les sujets plus jeunes, les femmes, actuels fumeurs, jamais buveurs, NGCA et stade clinique I + II. Cependant, après FPRP a été calculé pour ces résultats significatifs, seuls les résultats pour jamais buveurs, NGCA et stade clinique I + II est resté significatif pour les patients avec 2-3 génotypes de risque. Par conséquent, certains de nos résultats de l'analyse stratifiée peuvent être découvertes en raison de la taille des échantillons réduits dans les sous-groupes au hasard. Par exemple, nous avons constaté que les jamais-buveurs avaient un risque plus évident (OR = 1,75, IC à 95% = 1,16 à 2,64) que les jamais-buveurs (OR = 1,51, IC à 95% = 1,18 à 1,93); Cependant, sur la base du calcul de FPRP, le risque trouvé pour les jamais-buveurs n'a pas été significative pour une probabilité antérieure de 0,01. Cela peut être attribué à la réduction de la taille des échantillons, car il y avait plus jamais buveurs que jamais buveurs dans notre étude actuelle. cancérogènes liés à la fumée de tabac peuvent induire divers types de dommages à l'ADN qui a éliminé principalement par la voie NER [30]. Si non réparés, ces dommages de l'ADN peut conduire à des mutations et ainsi l'initiation de la cancérogenèse. Par exemple, des adduits d'ADN identifiés dans le sang fœtal peuvent augmenter le risque ultérieur de développer un cancer dans l'âge adulte [31]. Pour les fumeurs actuels, l'effet de l'instabilité génétique sur le risque de cancer peut être augmenté par des lésions de l'ADN accumulée causée par la poursuite de la cigarette. Les femelles peuvent être plus sensibles à la fumée secondaire ou affectées par la pollution de l'air intérieur des poêles à charbon alimentée non aérées et de fumées de cuisson [32]. Le cancer gastrique comprend NGCA et GCA et GCA est localisée à la jonction gastro-oesophagienne et diffère de NGCA dans les caractéristiques épidémiologiques et les caractéristiques cliniques [4], [33]. Enfin, la conclusion selon laquelle les patients présentant un risque 2-3 ERCC1
génotypes de risque avait augmenté d'avoir un cancer à un stade précoce peut suggérer que le risque observé pourrait être la susceptibilité génétique comme la cause de la carcinogenèse du tissu cible plutôt que la tumeur progression qui pourrait être entraînée par des événements mutationnels supplémentaires [34].

En résumé, cette grande étude cas-témoins en milieu hospitalier a fourni des preuves statistiques que ERCC1
rs2298881 et rs11615 SNP, mais pas ERCC4 de les SNP, ont été associés à un risque de cancer gastrique dans une population chinoise orientale, en particulier pour les jamais-buveurs, les patients atteints de NGCA et stades cliniques précoces. Cependant, la présente étude a plusieurs limites. Tout d'abord, les patients ont été choisis parmi FUSCC qui n'a pas eu une zone de chalandise bien définie pour les cas en Chine orientale que l'étude TZL pour les contrôles, qui peuvent avoir un biais de sélection et le biais de l'information. Deuxièmement, seuls trois SNP potentiels fonctionnels de ERCC1
et deux de ERCC4
ont été étudiés dans la présente étude, qui ne couvre pas tous les SNP de la ERCC1 /XPF
complexe . Enfin, nous ne disposons pas d'informations fiables et suffisantes sur d'autres expositions environnementales, telles que l'apport alimentaire, l'occupation et H. pylori
infection, en raison de la nature de la conception de l'étude rétrospective. Parce que nos patients étaient principalement de Chine orientale, il serait idéal d'avoir un multi-centre réplication basée pour valider nos résultats. Sans une telle réplication, nos résultats devraient être considérés comme préliminaires. Avec de tels résultats préliminaires de la présente étude, nous espérons plus de centres de recherche sur le cancer ou les laboratoires en Chine et d'autres régions du monde avec une incidence élevée de cancer gastrique pour valider nos résultats avec des tailles d'échantillons plus importants, des informations plus complètes sur la consommation alimentaire, la profession et infection à H. pylori.

Informations complémentaires
Tableau S1.
SNPs capturés par les trois sélectionnés SNPs fonctionnels de ERCC1 comme prédit par le logiciel SNPinfo
doi:. 10.1371 /journal.pone.0049308.s001
(DOC)
Tableau S2.
SNPs capturés par les deux sélectionnés SNPs fonctionnels ERCC4 comme prédit par le logiciel SNPinfo
doi:. 10.1371 /journal.pone.0049308.s002
(DOC)
Tableau S3. Distribution de fréquence
des caractéristiques démographiques des cas de cancer de l'estomac et des contrôles sans cancer
doi:. 10.1371 /journal.pone.0049308.s003
(DOC)

• PLOS ONE: le rendement de divers gastriques Méthodes de dépistage du cancer en Corée: une étude basée sur la population
• PLOS ONE: RhoC régule la prolifération des cellules du cancer gastrique par interaction avec IQGAP1