PLoS ONE: CpG Island Methylator Fenotyyppikuvaus, Helicobacter pylori, Epstein-Barr-viruksen, ja mikrosatelliittien Epävakaus ja ennuste mahasyövän: järjestelmällinen katsaus ja meta-Analysis

tiivistelmä

Background

kiista CpG saaren methylator fenotyyppi (CIMP) mahasyövän jatkuu, vaikka monet tutkimukset on tehty sen suhde Helicobacter pylori
(H. pylori
), Epstein-Barr virus (EBV), ja mikrosatelliittien epävakaus (MSI) ja ennusteen. Ajaa tarkemman arvion tämän oletettujen suhteen, meta-analyysi suoritettiin perustuu olemassa oleviin asiaa koskevat tutkimukset.

Methods

Yhdistimme yksittäisen potilaan tietoja 12 tutkimuksista, jotka liittyvät 1000 potilasta mahalaukun syöpä, joka täytti kriteerit. Me taulukkona ja analysoitiin parametrit kustakin tutkimuksen mukaan lukien H. pylori
, EBV, MSI, ja kliiniset tiedot potilaiden.

Tulokset

Yleisenä OR H. pylori
infektion CIMP positiivinen ryhmä vs.
negatiivinen ryhmä osoitti, että merkittävästi kohonnut riski positiivisten H. pylori
infektion entisessä saavutettiin (OR 2,23 95% CI, 1,25-4,00; p = 0,007, P _{heterogeenisyys = 0,05). Samoin voimakas suhde EBV-infektio ja CIMP saavutettiin OR 51.27 (95% CI, 9,39-279,86; P < 0,00001, P heterogeenisyys = 0,39). Yleisenä OR varten MSI CIMP positiivinen ryhmä vs.
Negatiivinen ryhmä oli 4,44 (95% CI, 1,17-16,88; p = 0,03, P heterogeenisyys = 0,01). Kuitenkin, siellä ei näytä olevan mitään korrelaatiota kliinisten tekijöiden perusteella kasvainpaikkaa, patologinen tyyppi, solujen erilaistuminen, TNM, kaukainen etäpesäke, imusolmuke etäpesäke, ja 5 vuoden pysyvyys.}

Johtopäätökset

meta-analyysi korostetaan vahva suhde CIMP H. pylori
, EBV, ja MSI, mutta CIMP ei voida käyttää ennustetyövälineenä markkeri mahasyövän.

Citation : Zong L, Seto Y (2014) CpG Island Methylator Fenotyyppikuvaus, Helicobacter pylori
, Epstein-Barr-viruksen, ja mikrosatelliittien Epävakaus ja ennuste mahasyövän: järjestelmällinen katsaus ja meta-analyysi. PLoS ONE 9 (1): e86097. doi: 10,1371 /journal.pone.0086097

Editor: Ivo G. Boneca, Institut Pasteur Pariisi, Ranska

vastaanotettu: 5. kesäkuuta, 2013 Hyväksytty 11 joulukuuta 2013 mennessä; Julkaistu: 27 tammikuu 2014

Copyright: © 2014 Zong, Seto. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: No current ulkopuolisen rahoituksen lähteet tässä tutkimuksessa.

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahasyöpä on neljänneksi yleisin maligniteetti ja toiseksi johtava syy syövän kuoleman maailmassa [1]. Vaikka seulontaohjelmia barium photofluorography tai endoskopian sallia aiemmin havaita Japanissa ja Koreassa, joilla on pitkälle edennyt mahasyöpä vielä pahempi 5 vuoden kokonaiselossaolo. Tunnistaminen molekyyli poikkeamat mahasyövän voivat parantaa ymmärtämystä mahasyövän, tunnistaa strategioita jakamalla potilaita merkityksellisten alaryhmien tai korosta uudet molekyylikohteena aineita. Vaikka molekyylitason mekanismeja mahasyövän syövän synnyn jäädä epäselväksi, sekä geneettisiä ja epigeneettiset muutokset ovat tärkeitä. Geneettiset muutokset vastaavat aktivointi onceogenes ja inaktivaation kasvaimen estävä geeni. Epigeneettiset muutos kautta DNA metylaatio tiedetään olevan tärkeä rooli estämällä ilmentyminen kasvaimeen liittyviä geenejä.

Aberrant DNA metylaatio syövän oli tiivistää maailmanlaajuinen hypometylaatio ja alueellisten hypermetylaation, jotka liittyvät genomin epästabiilisuuden ja inaktivaatiota kasvainten synnyssä, vastaavasti [2]. Kuitenkin, alueellinen hypermetylaation viittaa poikkeavan metylaation normaalisti metyloimattoman sekvenssien, joista useimmat ovat klustereita CpG sivustoja, merkitään CpG-saarekkeen. Koska useita geenejä samanaikaisesti metyloitavaa hypermetyloitunut alatyyppi, CIMP konsepti ensin esiteltiin molekyyli polkuja peräsuolen syöpien Dr. Issa ryhmä [3]. Sen jälkeen, tutkijat ovat havainneet, että CIMP-positiiviset kolorektaalisyövissä on tiiviissä yhteistyössä molekyyli- ja kliinis-, ja huono ennuste [4] - [6].

Vastaavasti läsnäolo CIMP-positiivisten mahasyövän on raportoinut monet tutkijat [7] - [24], mutta kiistelty tietoja ei vahvistanut ennustetekijöiden arvo CIMP mahasyövän. Tämä oli mahdollisesti johtuu pienen näytteen kokoon tai sekoittavia muuttujia. Siksi käynnistimme kansainvälinen yhteistyöhanke, joka johti meta-analyysi tietojen yksittäisen potilaan prospektiivisissa kohorttitutkimuksen arvioimiseksi yhdistyksen välillä CIMP ja pahanlaatuisten käyttäytymistä mahasyövässä.

Methods

Julkaisu Search

Kaksi sähköisiin tietokantoihin (PubMed ja EMBASE) etsittiin (viimeksi haku on päivitetty 21. marraskuuta 2012 käyttäen hakusanat: "Mahasyöpää" ja "CIMP". Kaikki kelvolliset tutkimukset haettiin, ja niiden bibliografioita tarkastettiin muiden asiaan julkaisuihin. katsaukset ja lähdeluetteloissa muita asiaankuuluvia tutkimuksia tunnistettu olivat käsin etsitään tunnistamaan uusia tukikelpoisia tutkimuksia. vain julkaistut tutkimukset koko artikkelia otettiin mukaan. Kun sama potilaiden määrä tutkimuksessa oli mukana useissa julkaisuissa, vain viimeisimmän tai täydellistä tutkimusta käytettiin tässä meta-analyysissä.

sisällyttämiskriteerit

sisällyttäminen kriteerit olivat seuraavat: (a) arvioidaan suhde CIMP ja H. pylori
, EBV, MSI tai kliinisten prognostisia parametreja; (B) promoottorin metylaation; ja (c) riittävät julkaistut tiedot estimoimaan kerroinsuhde (OR), jossa 95%: n luottamusväli (CI).

Data Extraction

Tietoa huolellisesti poimittu kaikki voivat tutkimuksista kaksi kirjoittajat (Zong L ja Seto Y) mukaan pääsyn kriteerit yllä. Seuraavat tiedot kerättiin kunkin tutkimuksen: ensin tekijän sukunimi, julkaisupäivämäärä, Tutkimusmenetelmä, otoskoko, potilaiden kokonaismäärä positiivisia CIMP ja negatiivisia CIMP, ja potilaiden lukumäärä jaettuna iän, sukupuolen, kasvainpaikkaa, patologinen tyyppi, solu erilaistuminen, TNM vaiheessa imusolmuke etäpesäke, etäinen etäpesäke ja 5 vuoden kokonaiselossaoloaikaa niissä kanssa ja ilman CIMP, vastaavasti. Emme Määritellään potilaita sisällytettäväksi meidän meta-analyysi.

Tilastollinen analyysi

Odd suhde 95%: n luottamusväli arviointiin käytettiin korrelaatio CIMP H. pylori
, EBV, ja MSI ja ennuste, menetelmän mukaisesti ja Woolf. Heterogeenisuus olettamus varmistettiin X ^{2-pohjainen Q-testi. P-arvo on suurempi kuin 0,10 Q-testi osoitti puute heterogeenisuus tutkimuksissa siis OR arvio tutkimusta varten laskettiin kiinteiden vaikutusten mallia. Muuten, random-vaikutukset mallin avulla. Merkitys yhdistettiin OR määritettiin Z-testi ja P > 0,05 pidettiin tilastollisesti merkittävänä. Herkkyys analyysit tehtiin sen määrittämiseksi, muuttaminen mukaanottokriteerinä tähän meta-analyysi vaikutti lopulliset tulokset. Arvio mahdollisten julkaisun bias suoritettiin käyttäen suppilon juoni, jossa OR tutkimusta varten piirrettiin sen log (OR). Epäsymmetrinen juoni ehdotettu julkaisuissa bias. Suppilo juoni epäsymmetria arvioitiin käyttäen Egger n lineaarisen regression testi, lineaarinen regressio lähestymistapa mitata suppilo juoni epäsymmetria on luonnollinen logaritmi laajuus OR. Merkitys siepata määritettiin t-testin, ehdottivat Egger (P < 0,05 katsottiin edustavan tilastollisesti merkitsevä julkaisun bias). Kaikki tilastolliset testit suoritettiin Review Manager Versio 5.0 (Cochrane, Oxford, Englanti).}

Tulokset

Tutkimus Ominaisuudet

Yhteensä 18 julkaisujen täyttänyt perus osallisuutta kriteerit [7] - [24]. Tutkimuksen mukaan Oue et al
jätettiin, koska he eivät luokitella CIMP alaryhmiin denaturoidulla geenin paneeli [7]. Lisäksi tutkimuksessa Kanai et al
jätettiin, koska ne keskittyvät DNA metyloinnin CPG saaria ja pericentromeric satelliitti alueiden peräsuolen syöpä ja mahasyöpä [8]. Samalla tutkimuksesta Oshimo et al
jätettiin, koska ne pääasiassa analysoi suhde epigeneettiset inaktivoinnin RIZ1 ja CIMP [9]. Tutkimuksessa Watanabe et al
ei sisälly, koska he yrittivät todistaa uskollisuutta jäljittelevän DNA metylaatiovyöhykkeiden syöpäsolujen johtaa tiheä metylaation CpG Island [10]. Muut tutkimukset suljettiin pois johtuvat riittämättömästä tietojen laskennassa TAI [11], [12]. Täten yhteensä 12 tutkimuksessa, joissa 1000 potilasta käytettiin yhdistettiin analyysejä. Taulukossa 1 luetellaan tutkimukset tunnistettu ja pääpiirteistä. Niistä 12 ryhmää, otoskoko vaihteli 40-200 (kuva 1).

Korrelaatio Virus Infection and Molecular Stability

Yleisenä OR H. pylori
infektio in CIMP positiivinen ryhmä vs.
negatiivinen ryhmä osoitti, että merkittävästi kohonnut riski positiivisten H. pylori
infektion entisessä saavutettiin (OR 2,23 95% CI, 1,25-4,00; p = 0,007 , P _{heterogeenisyys = 0,05). Samoin voimakas suhde EBV-infektio ja CIMP saavutettiin OR 51.27 (95% CI, 9,39-279,86; P < 0,00001, P heterogeenisyys = 0,39). Yleisenä OR varten MSI CIMP positiivinen ryhmä vs.
Negatiivinen ryhmä oli 4,44 (95% CI, 1,17-16,88; p = 0,03, P heterogeenisyys = 0,01) (taulukko 2 ja kuva 2).}

Korrelaatio Clinical Information

meta-analyysi sekä ikäjakauma ja sukupuolen mukaan CIMP-positiivisten vs.
-negatiivinen ryhmiä ei saavuttanut tilastollista merkittävyyttä (OR 1,10 95% CI, 0,63-1,93; p = 0,74, P _{heterogeenisyys = 0,52) ja (OR 0,69 95% CI, 0,48-1,00; p = 0,05, P heterogeenisyys = 0,91). Yleinen TAI kasvainten sivuston CIMP-positiivisten vs.
-negatiivinen Alaryhmiin oli 0,85 (95% CI, 0,51-1,44; p = 0,55, P heterogeenisyys = 0,17). Yleinen TAI joko patologisen tyypin tai solujen erilaistuminen CIMP-positiivisten vs.
-negatiivinen Alaryhmään eivät osoittaneet positiivisia löydöksiä (OR 0,63 95% CI, 0,31-1,28; p = 0,20, P heterogeenisyys = 0,03 ja OR 0,64 95% CI, 0,29-1,42; p = 0,027, P heterogeenisyys = 0,68, vastaavasti) (taulukko 2 ja kuva 3).}

Korrelaatio Prognostiset parametrit

Vaikka joissakin tutkimuksissa todettu, että CIMP voi korreloida parempi ennuste mahasyövän, olipa on TNM, kaukainen etäpesäke, imusolmuke etäpesäke, tai jopa 5 vuoden pysyvyys, CIMP ei ollut merkittävää korrelaatiota yksi ne meidän analyysi (taulukko 2 ja kuva 4).

Julkaisu bias

Begg n suppilo juoni arvioimiseksi suoritettiin julkaisun bias. Heterogeenisuustesteistä vertailtaessa 12 yhdistetyn osoittivat heterogeenisyys joitakin analyysejä kuten MSI, patologinen tyyppi, etäinen etäpesäke ja 5 vuoden pysyvyys. Kuitenkin yksikään tutkimus vaikuttaneet yhdistettiin OR laadullisesti osoittamalla tavalla Herkkyysanalyyseissä (tuloksia ei ole esitetty).

Keskustelu

Epigeneettiset muutoksia on ehdotettu olevan merkittäviä alkutapahtumat in cancerization [25] . Kuitenkin syvä osallistuminen poikkeavien DNA: n metylaation ihmisen syövissä käymässä selväksi, satunnaista läsnäolo poikkeavien DNA: n metylaation ei-syöpäkudokset kirjattiin Barrettin ruokatorvi [26], vatsa [27], paksusuolen [28], [29 ], ja maksan [30], jossa ehdotetaan osallistumista entisen pellolle cancerization. Krooninen tulehdus, mahdollisesti tietyn tyyppisiä todennäköisesti aiheuttaa poikkeavaa DNA metylaatio normaaleissa kudoksissa ja siten muodostavat "epigenetic kenttä cancerization". Toimittaa todisteita, se on hyvin tiedossa, että krooninen tulehdus on tärkeä rooli haavainen paksusuolen tulehdus paksusuolen syöpiin, krooninen hepatiitti maksan syöpien, ja Barrettin ruokatorven ruokatorven syöpiä. Infektio H. pylori
tiedetään aiheuttavan vaikea krooninen tulehdus, joka oli mukana induktio kentän syöpien. Lisäksi poikkeava DNA: n metylaation mahalaukun koepaloja H. pylori
^{+ potilaita havaittiin korreloivan suurempi mahasyövän riski useissa tutkimuksissa [31], [32]. Siksi poikkeava DNA: n metylaatio saattaa olla avain tapahtuma kasvaimen synnyssä mahasyövän.}

Viime vuosikymmenen aikana, varovainen määrällinen arviointi osoitti, että monet geenit, jotka ovat erittäin metyloitavaa karsinooman osoittavat myös alhainen mutta mitattavissa määrin metylaation normaali limakalvo [33]. Lisäksi poikkeava metyloituja alueella keskittyen siinä promoottori runsaasti CpG-saarekkeiden ehdotti keskeinen vaihe epigenetic geenien. Sen vuoksi on tarpeen valaista metylaatio tiloja paneelin edustavien geenien yksittäisen sairauden. Tämän tavoitteen saavuttamiseksi, CpG-saarekkeen methylator fenotyyppi otettiin käyttöön Toyota et al
[3]. Tähän asti se oli hyvin ilmi, että CIMP liittyy huonon ennusteen peräsuolen syöpä, keuhkosyöpä ja neuroblastooma. Vaikka termi "CIMP" on käytetty eri tavoin yhteydessä mahasyövän [18], sen prognostista arvoa mahalaukun syöpä on edelleen kiistanalainen. Esimerkiksi et al.
Osoitti CIMP, joka korreloi pahanlaatuinen ominaisuuksia histopatologia, oli itsenäinen ennustetekijä yleistä ja aiheuttaa erityisiä eloonjäämisen potilailla, joilla on mahalaukun syövän [14], kun taas Kim et al.
ja Zhang et al.
laiminlyönyt tällaisen yhteenliittymän [15], [20]. Park et al.
Ehdotti, että CIMP korkea GC olivat esillä ominaisella kliinis parametrit, mukaan lukien huono ennuste [22]. Toisin, Chang et al.
Ja Kusano et al.
Ehdotti, että CIMP korkea, joilla on paremmat ennusteet [17], [18]. Jotkut tiedemiehet oletettu tämä ristiriita saattaa tulla eri CIMP merkki paneelien määrittäminen CIMP asema; oli kuitenkin yhteinen piste näistä tutkimuksista, joissa metyloitu sitaattina CIMP markkerigeenien valehteli promoottori. Siksi on yhä suuntaus metylaation tason promoottori, jolla CIMP on mielekästä kasvainten synnyssä mahasyövän. Mielestämme tuleva data oli vähemmän vakuuttava lähinnä pienen otoksen koon ja puute tilastollinen voima integroida satunnaista yksittäisiä tutkimuksia.

tavoitteena tutkia mahdollisuuksia arvon CIMP mahasyövän, teimme tämän meta-analyysi julkaistut tutkimukset johtamiseksi yleistä yhdistettyä arvio. Koska jotkut tutkimukset ovat jakautuneet potilasta kolmeen ryhmään, CIMP-korkea, CIMP-välitön, CIMP-alhainen, yhdistämme kaksi jälkimmäistä osaksi CIMP-negatiivinen alatyypin verrattuna ei muuttunut CIMP-peräti CIMP-positiivisia alatyyppiä. Taulukosta 2, havaintomme viittaavat vahvasti siihen, että H. pylori
ja EBV-infektioita aiheuttavat poikkeavaa DNA hypermetylaation spesifisten geenien ja aiheuttaa CIMP tärkeä epigeneettiset mekanismi kasvaimien syntyyn. Kuitenkin mekanismi poikkeavalle DNA hypermetylaation aiheuttama H. ​​ pylori
saattaa olla erilainen kuin EBV. Tuoreessa tutkimuksessa Huang et al.
Tuettu että H. pylori
infektio aiheuttaa mahalaukun limakalvon tulehdusreaktioita, jolloin säätely ylöspäin interleukiini-1 b (IL-1b) ja ylituotantoa mutageenisten nitraatti- oksidi (NO), jonka poikkeava DNA: n metylaatio indusoitiin [34]. Koska EBV-infektio, ehdotettiin, että metylaatio mekanismi isäntäsoluissa voi olla ensisijaisesti suojaamaan vieraan DNA ja että isäntä perustuva laaja metyloinnin virusgenomin voi myös laukaista isännän genomiin metylaatio [35]. Lisäksi osoitettiin toistuvasti, että suoraa vuorovaikutusta viruksen piilevä proteiinien DNA metyylitransferaasit (DNMT), säätely ylöspäin DNMT geenien virus- piilevä proteiineja, ja lisääntynyt ilmentyminen Polycomb ryhmän proteiinit voivat edistää vaihtelussa DNA metylaatio ja histonimodifikaation [35 ] - [38].

Lisäksi vahva suhde CIMP MSI paljastaa, että CIMP voi olla potentiaalinen suhteessa geenimutaatioita, jotka voivat tehdä yhteistyötä toistensa kanssa kehittymistä ja etenemistä mahasyövän. Kuitenkin meta-analyysi ei osoittanut mitään korrelaatiota kliinisten parametrien, kuten ikä, sukupuoli, kasvainpaikkaa, patologinen tyyppi, solujen erilaistuminen, TNM, kaukainen etäpesäke, imusolmuke etäpesäke, ja 5 vuoden pysyvyys.

Jos CIMP oli keskeinen esiintyvyys mahasyövän, miksi CIMP vuonna promoottori ei voitu käyttää ennustetyövälineenä merkki ei ole selvä. On mahdollista, että geeni metylaation promoottori johtaa primaarikasvaimen Genesis mutta ei etene mahasyövän. Kuitenkin toinen mahdollinen syy on, että rajoitettu metyloitu CpG-saarekkeen sivustot eivät edusta todellista suuntaus CIMP. Riippumatta edellä analyysi, heterogeenisuus on myös yksi tärkeimmistä lähteistä, että rajoitettu meitä tekemään tarkempia johtopäätös. Siksi on tärkeää kehittää laajempia laajamittainen tutkimus, jossa helmi-array tekniikkaa tulevaisuudessa.

tukeminen Information
tarkistuslista S1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0086097.s001
(DOC) B Kaavio S1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0086097.s002
(DOC) B

• PLoS ONE: Tällä on-miR-526b Binding-Site rs8506G > polymorfismi lincRNA-NR_024015 eksoni Merkitty GWASs altistaa Non-Cardia mahasyövän riski
• PLoS ONE: validointi Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Nomogrammi ennustaa tautikohtaisia ​​Survival jälkeen R0 Kaarileikkaus kiinalaisessa mahasyövän Population