PLOS NËMMEN: Integration vun DNA Copy Number hire Restaurant an Transcriptional Expression Analys zu de Mënscherechter Gastric Cancer

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

Frankräich Onstabilitéit mat heefeg Kopie Zuel hire Restaurant DNA ass eng vun de wichtegsten hallmarks vun carcinogenesis . D'chromosomal Regioune mat heefeg DNA Kopie Zuel gewannen a Verloscht vun mënschlech gastric Kriibs sinn nach schlecht definéiert. Et bleift onbekannt wéi de DNA Kopie Zuel Variatioune fir d'Ännerunge vun der Gentherapie Ausdrock Profiler dréit, virun allem op der globaler Niveau. VerfÜgung

Principal effektiv VerfÜgung

Mir analyséiert Zuel DNA Kopie hire Restaurant zu 64 Mënsch gastric Kriibs Echantillon an 8 gastric Kriibs Zell Linnen bakteriell kënschtlech chromosome (BAC) flamenden Ofgrond baséiert Komparativ Frankräich hybridization (aCGH) benotzt. Statistesch Analyse war virdrun publizéiert Gentherapie Ausdrock Daten aus cDNA microarrays mat entspriechende DNA Kopie Zuel Variant Donnéeë kritt ze vergläichen applizéiert zu Kandidat oncogenes an entholl suppressor Genen z'identifizéieren. Mir hu fonnt, datt gastric Kriibs Echantillon onbekannt DNA Kopie Zuel Variatioune gewisen, dorënner Iwwerhand um 5p, 8q, 20p, 20q, a Verloschter bei 4q, 9p, 18q, 21q. Déi heefegsten Regioune vun amplification sech 20q12 (7/72), 20q12-20q13.1 (12/72), 20q13.1-20q13.2 (11/72) an 20q13.2-20q13.3 (6/72) . Déi heefegsten geläscht Regioun war 9p21 (8/72). Correlating Gentherapie Ausdrock Partie Date mat aCGH identifizéiert 321 Kandidat oncogenes, déi overexpressed waren an zougedréckt a reegelméissegen Zuel hëlt DNA kopéieren; a 12 Kandidaten entholl suppressor Genen déi sech verwandelt-reglementéiert an zougedréckt a reegelméissegen DNA Kopie Zuel Verloschter am mënschleche gastric Cancers. Dräi Netzwierker vun däitlech ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs Echantillon sech duerch ingenuity Passerelle Analyse identifizéiert. VerfÜgung

Konklusiounen VerfÜgung

Dës Etude stellt Iwerbléck DNA Kopie Zuel Variatiounen an hire Bäitrag zu verännert Gentherapie Ausdrock Profiler während Mënsch gastric Kriibs Entwécklung. Et Roman Kandidat Chauffer oncogenes oder entholl suppressor Genen fir Mënscherechter gastric Kriibs, nëtzlech Passerelle Kaarten fir d'Zukunft Versteesdemech vun der molekulare pathogenesis vun dëser malignancy gëtt, an de Bau vun neie therapeutesch Ziler VerfÜgung

Fro:. Fan B, Dachrut S, Coral H, Yuen ST, Chu kM, Law S, et al. (2012) Integration vun DNA Copy Number hire Restaurant an Transcriptional Expression Analys zu de Mënscherechter Gastric Cancer. PLoS NËMMEN 7 (4): e29824. Doi: 10.1371 /journal.pone.0029824 VerfÜgung

Redakter: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, Frankräich VerfÜgung

Arnaque: 19. September, 2011; Akzeptéiert: 3 Dezember 2011; Publizéiert: April 23, 2012 VerfÜgung

Copyright: © 2012 Fan et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht ass déi vun der Finanzéierung vun der Universitéit vu Kalifornien Cancer Research koordinéieren Comité ze XC ënnerstëtzt. BF ass duerch China datt och Rot Optrag No.2010601079 ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass eent vun de meescht genannten malignancies an d'zweet Équipe gemeinsam Ursaach vum Kriibs Zesummenhang Doud weltwäit [1]. Déi grouss Typ vun gastric Kriibs ass adenocarcinoma, déi weider an intestinal Typ an diffusen Typ klasséiert ginn [2]. Intestinal-Typ lesions sinn dacks ulcerative an an der distal Mo. geschéien. Diffusen-Typ lesions si mat engem verschlechtert hätt wéi d'intestinal Typ assoziéiert. Chirurgesch Behandlung ass di eenzeg therapeutesch dach emol eppes dass eng potenziell curative Effekt ze gastric Kriibs huet. Iwwregens hätt vun gastric Kriibs Patienten hänkt déif op de Medeziner an agebousst Etapp vun der Krankheet op Diagnos. De 5-Joer Iwwerliewe Tauxe der curative chirurgesch resection Réckgang vun 60-90% vun der Bühn bis ech nemmen 10-25% fir Patienten am Etapp III vun der Krankheet [3]. Déi meescht gastric Kriibs Patienten sinn um fortgeschratt Etapp identifizéiert, déi zu der net dat hätt féiert. VerfÜgung

genetesch hire Restaurant sinn wichteg Evenementer vun der Entwécklung vun de meeschte erhéijen, inklusiv gastric Kriibs [4]. Studien hindeit, datt entholl Werdegang op de successive Acquisitioun vun chromosomal geometrescher Figur hänkt un Iwwerhand oder Verloschter vun Deel vun der entholl Zell Nepgen Haaptfiguren. Dofir, kann characterization vu Frankräich abnormalities hëllefen de molekulare pathogenesis vun gastric Kriibs souwéi léist d'genetesch lues vun Werdegang entschlësselen. Lackeleg-baséiert Komparativ Frankräich hybridization (aCGH) ass eng staark Method benotzt fir pathogenic DNA Kopie Rei Ännerungen op engem Nepgen-grouss Skala [5] z'identifizéieren. aCGH gouf zu enger Rei vu staark erhéijen applizéiert, dorënner gastric Kriibs [6], [7]. Et gouf an d'Identifikatioun vun Roman oncogenes an entholl suppressor Genen, an ze klassifizéieren erhéijen baséiert op genetesch Verännerungen. VerfÜgung

Expression profiling Experimenter identifizéiert enger grousser Zuel vun Genen ze nëtzlech gewisen wat an normal an entholl differentially ausgedréckt ginn Stoffer. meescht vun dëse Genen Allerdéngs sinn wahrscheinlech Passagéierverkéier Genen gin déi Bäitrag zu tumorigenesis limitéiert hunn. De Schlëssel Erausfuerderung ass Chauffer oncogenes oder entholl suppressor Genen ze identifizéieren déi wichteg Roll während entholl Initiatioun an Werdegang, Frankräich DNA Kopie Zuel Variant Leeschtung ass eng wichteg Typ vun genetesch Verfall vun entholl Zellen observéiert, an et dréit zu entholl Evolutioun vun hire Restaurant vun der Ausdrock vun Genen bannent der Regioun [8]. DNA Kopie Zuel Dumouriez a Verloschter sinn net zoufälleg, mä éischter konsequent genetesch Evenementer carcinogenesis vertrieden. Identifikatioun vun Genen datt souwuel iwwer-ausgedréckt an Implikatioune oder ënner-ausgedréckt an geläscht gi kann positiv sinn, well dës Genen Chauffer genetesch hire Restaurant vertriede kënnen. VerfÜgung

virdrun Studien DNA Kopie Zuel Ännerungen oder Ausdrock Profiler an gastric Kriibs Echantillon gemellt hunn . D'Etuden hunn och gemeinsam chromosome Dumouriez a Verloschter, grad wéi honnerte vun Genen identifizéiert datt erhéijen aus normal Stoffer [6], [9] z'ënnerscheeden kann. Allerdéngs hunn puer Studien der Associatioun tëscht DNA Kopie Zuel Variatiounen an transcriptional Ausdrock Profiler ze propagéieren. An dat war, standing mir aCGH Analyse vun enger grousser Zuel vu mënschlechen gastric Kriibs Echantillon. Doriwwer eraus, war integréiert Analyse vun DNA Kopie Zuel Variatiounen an entspriechend Gentherapie Ausdrock Wäerter standing bedeitendst Genen ze identifizéieren, datt zu gastric Kriibs pathophysiology bäidroen kënnen. A Ganzen 321 Kandidaten oncogenes a 12 Kandidaten entholl suppressor Genen sech duerch d'Analyse identifizéiert. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

ethnesch breakpoint VerfÜgung

D'Benotzung vun Archivmaterial gastric specimen fir déi aktuell Etude war vun der Ethik Comité vun der Universitéit vun Hong Kong an der interne Kritik Vizepresident vun der Universitéit vu Kalifornien, San Francisco guttgeheescht. VerfÜgung

entholl Echantillonen, Zell zesummeféieren a DNA, RNS Virbereedunge VerfÜgung

entholl Echantillon sech aus gastrectomy uplanzen vun de Pompjeeën vun befënnt, Queen Mary Spidol, d'Universitéit vun Hong Kong gesammelt. Eight gastric Kriibs Zell Linnen AGS, BGC823, N87, NUGC3, SNU16, SNU5, KATOIII an MNK45 gewiescht an eiser leschter Publikatiounen beschriwwen [10]. Frankräich DNA huet mat der Frankräich DNA Offäll Kit Quecksëlwer (QIAGEN, Valencia, CA). VerfÜgung

D'clinico-agebousst Parameter vun der erhéijen virdrun publizéiert goufen [11]. Erhéijen benotzt Lauren d'Klassifikatioun vun intestinal séiert, diffusen, gemëscht, an indeterminate Zorte [2]. D'Präsenz vun H. pylori am gastrectomy uplanzen war vun histological Ënnersichung sech an déi verännert Giemsa staining ergänzt. D'Präsenz vun EBV zu Kriibs Zellen gouf duerch den Bobby zu situ hybridization assayed wéi virdru beschriwwen [12]. D'entholl Etappe vum Generol Regelen fir Gastric Cancer Sécuritéit vun der japanescher Research Society fir Gastric Cancer [13] definéiert goufen. VerfÜgung

Singular-baséiert CGH VerfÜgung

Mënscherechter 1,14 flamenden Ofgrond sech aus der UCSF Cancer kritt Center Singular Kär (http://cc.ucsf.edu/microarray/). Si bestoung vun 2353 bakteriell kënschtlech chromosome (BAC) clones datt de Mënsch Nepgen bei 1,5 Mb Resolutioun geschwat. Fir hybridization, 1 μg vun entholl DNA an 1 μg vun Geschlecht reagéiert Referenzmaterial DNA war vun zoufälleg vernoléissecht benotzt Cy3-dCTP an Cy5-dCTP, respektiv, mat der Bioprime Kit (Invitrogen) gekennzeechent. Unincorporated unisse nucleotides sech mat engem Sephadex G-50 Kolonne (Amersham, Piscataway, NJ) geläscht. Sample an Referenzmaterial DNA huet mat 100 μg fäerten-1 gemëscht, Preisen, an zu hybridization Léisung resuspended. D'hybridization Léisung war bei 72 ° C fir 10 min denatured an da fir 1 h op 37 ° C incubated. Hybridization war op engem luesen Sënn mei flexibel Dësch an engem moist Chambre fir 48-72 Stonnen gesuergt. Flamenden Ofgrond sech fir 10 min an 50% Dës villt Gedeessems an 2 × SSC bei 45 ° C, an 10 min an phosphate gefiermt bei Raumtemperatur gewäsch. Drënner waren am Opriichte Léisungen schéi mat 0.3 μg /ml DAPI. Dräi Single-Faarf Intensitéit Biller (DAPI, Cy3 an Cy5) huet fir all Partie gesammelt enger Vitesse kräftegen Apparat Kamera benotzt. VerfÜgung

Singular-baséiert CGH analyteschen VerfÜgung

D'UCSF Plaz Software [14] verschiddene Moosse Parameteren dorënner log2 nennen vun der total integréiert Cy3 an Cy5 intensities fir all Fleck op automatesch Segment der Basis Flecken op der DAPI Biller benotzt gouf, Leeschtunge lokal Hannergrond Verbesserungen, a berechnen. Raw Daten vun der aCGH sinn um Geo (Bäitrëtt Nummer: GSE33501) sinn. VerfÜgung

plangen SPROC war benotzt mat all Plaz Klon Identitéiten an enger androën Informatiounen Fichier ze associéieren sou datt d'Donnéeë vu relativ zu der Positioun opgezeechent ginn der BACs. Chromosomal geometrescher Figur sech als gewannen séiert, wann d'normalized log2 Cy3 /Cy5 Verhältnis war > 0,225 a wéi engem Verloscht wann d'Verhältnis war &Si besteet; -0,225. D'Zuel bestëmmt war den Duerchschnëtt Fils vun normal versus normal aCGH hybridization 3-fantastesch. Amplifications sech identifizéiert, wann der normalized log2 Cy3 /Cy5 Verhältnis war > 0,8. Den Zerfall, goufen homozygous geläscht identifizéiert wann der normalized log2 Cy3 /Cy5 Verhältnis war &Si besteet; -0,7. Multiple Iwwerhand, Verloschter, an amplifications sech als eenzelnen Evenementer gezielt. D'loung vun gewannen oder Verloscht vun engem ganze chromosome Aarm war den Steiren log2 Verhältnis definéiert vu > 0,225 oder &Si besteet;. -0,225 Fir all clones op der chromosome Aarm VerfÜgung

statistique analyteschen VerfÜgung

Echantillon baséieren op der experimentell Resultater kategoriséiert an am Verglach mat der Medeziner Donnéeën (Table S1) mat wichtege Analyse vun microarray (SAM) Analyse [15]. DNA Kopie Zuel hire Restaurant dorënner Steiren Prozentsaz vun gewannen an verléieren. Reegelméissegen amplification a Läsche huet andems CGH Entdecker 3,2 (http://www.ifi.uio.no/forskning/grupper/bioinf/Papers/CGH/) analyséieren. "Analys vun Copy Feeler" (ACE) huet sech mat engem falschen Entdeckung Tarif (FDR) vun 0,0001 a mëttelfristeg Empfindlechkeet gesuergt. Käre vun all Echantillon war zu TreeView Versioun 1,60 gesuergt. VerfÜgung

R /Bioconductor Software, dorënner de Scheinbar Programm, war fréier d'Korrelatioun tëscht Kopie Nummer änneren an Gentherapie Ausdrock fir auszerechnen. Den Ausdrock Daten vun der 6688 cDNA clones an der viregter Gentherapie Ausdrock Analyse benotzt [11], [16] (Geo Bäitrëtt Nummer: GSE2701) war Sensor. Androën Positioun fir dëse cDNA clones sech d'NCBI Nepgen Versammlungs- unerkannten benotzt, duerch den Daniel Nepgen Browser Datebank UCSC Rampen (NCBI bauen 35). D'aCGH Donnéeën war net alleguerten esou an der DNA Kopie Pak ëmgesat benotzt kreesfërmeg Duebelstäresystem mech (Scheinbar) R /Bioconductor experimentell Intensitéit Miessungen an Regiounen vun der Gläichbehandlung Kopie Zuelen ze iwwersetzen. Vermësste Wäerter fir clones androën bannent alleguerten Regioune vun der Gläichbehandlung Kopie Zuelen huet andems de Wäert vun de jeeweilegen Segment imputed. Der Gentherapie Ausdrock clones sech bannent 1 Mo vun der Gentherapie Ausdrock Klon dem BAC Klon Ëmgéigend deen héchste Pearson Korrelatioun tëscht Kopie Zuel an der Gentherapie Ausdrock haten. "Smoothed" Wäerter aus Scheinbar mat der ursprénglech observéiert log2 Verhältnis vun der sou vill Senn maan clones beschriwwen uewen an der imputed Wäerter fir vermësst Wäerter sech aschalten Korrelatioun mat Gentherapie Ausdrock considéréiert. Korrelatioun war nëmmen fir clones berechnen, an eng Korrelatioun souguer gemaach vun 0,29 war wéi de präventive benotzt clones ze identifizéieren dass positive Korrelatioun tëscht Kopie Zuel an der Gentherapie Ausdrock. p VerfÜgung -values ​​fir d'Gene Ausdrock a kopéieren Zuel kennenzeléieren baséiert op permutation kritt huet. D'Etiketten vun Ausdrock Donnéeën sech zoufälleg geschoss an de Pearson Korrelatioun tëscht Gentherapie Ausdrock clones a kopéieren Zuel BAC clones sech als virdru beschriwwen berechent. Dëst war 1000 Mol widderholl. Fir all Gentherapie Ausdrock Klon, war den p-Wäert wéi den Undeel vun Mol d'Basis Korrelatioun permutation war méi grouss wéi oder gläich dem observéiert Korrelatioun alles. D' p VerfÜgung -values ​​sech dann fir Multiple testings korrigéiert duerch Kontrollen fir de falschen Taux entdeckt (FDR) mat der Benjamini-Hochberg Method [17]. VerfÜgung

Fonctionnement Analyse vun de wesentleche Genen war gesuergt Hëllef Ingenuity Passerelle Software (Ingenuity Systemer, Redwood City, CA). VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Singular-baséiert CGH Analys vun de Mënscherechter gastric Cancer VerfÜgung

fir DNA Kopie Zuel hire Restaurant zu gastric z'identifizéieren Cancers, applizéiert mir BAC aCGH zu 64 Mënsch gastric Kriibs Otemschwieregkeeten Echantillonen an 8 gastric Kriibs Zell Linnen. D'Matière Donnéeë sinn an Table S2 sinn. Mir observéiert onbekannt chromosomal Variatioune vun dësen Echantillonen, a Regioune mat däitlech DNA Kopie Zuel Ännerungen identifizéiert goufen. Déi doraus resultéierend Frequenz Komplott an aberration Komplott vum Dumouriez a Verloschter ginn an Dorënner 1A an Dorënner 1B bzw. gewisen. Zwee Vertrieder Nepgen-grouss Verhältnis Diagrammer fir eenzel gastric entholl ginn an Dorënner S1 gewisen. De stäerkste gemeinsam DNA Kopie Zuel Variatioune vun dëser Formatioun vu mënschlechen gastric erhéijen wéi déi Steiren Prozentsaz vun gewannen oder Verloscht alles abegraff Gewënn vun 5p, 8q, 20p, 20q, a Verloschter vun 4q, 9p, 18q, 21q. VerfÜgung

Next, analyséiert mir Kopie Zuel Variatioune DNA an gastric Kriibs Echantillon mat verschiddene clinico-agebousst Fonctiounen dorënner entholl Etapp, entholl Typ, entholl Site, entholl dat, Helicobacter pylori an EBV Wonn, souwéi den Ënnerscheed tëscht gastric entholl Echantillonen an Zell Linnen, (Dorënner S2, S3, S4, S5, S6, S7, S8 an Table S3). Mir fonnt spezifesch chromosomal geometrescher Figur vun verschidden clinico-agebousst Fonctiounen beräichert. Zum Beispill, Verloscht vun 19p méi war dacks am Etapp 1 &observéiert; Etapp 2 erhéijen (20%) wéi am Etapp 3 & Etapp 4 Echantillon (3.41%) (Table S3). 16p Verloscht war zu 10% vun der Helicobacter pylori negativ Echantillon Verglach mat 0% an d'Helicobacter positive Echantillon identifizéiert, iwwerdeems 16p Mosconi an 14,71% vun der Helicobacter pylori positive Echantillon observéiert gouf awer nëmmen vun 3,33% vun den Helicobacter negativ Echantillon (Table S3 ). Dës Resultater weist déi méiglech Bäitrag vun Genen bannent spezifesch Regiounen ze bestëmmter entholl phenotypes. VerfÜgung

Héich-Niveau amplifications an homozygous geläscht ginn an Table S4 zesummegefaasst. 20q12 (7/72), 20q12-20q13.1 (12/72), 20q13.1-20q13: Déi heefegsten amplification um laangen Aarm vun chromosome 20. An dëser Regioun, véier trennen Brennwäit amplicons ginn identifizéiert konnt fonnt gouf. 2 (11/72) an 20q13.2-20q13.3 (6/72). Déi zweet heefegsten amplification, an de laangen Aarm vum chromosome vir 8, haten och véier trennen Brennwäit amplicons: 8q23.1 (3/72), 8q24.1 (7/72), 8q24.12-8q24.2 (6 /72) an 8q24.2 (6/72). Déi heefegsten homozygous Läschen Regioun gouf um 9p21 (8/72) an um 18q22 (6/72) fonnt. Aner héich-Niveau amplifications an homozygous geläscht Priedegt relativ niddreg Ofstänn. Beispiller vun heefeg geometrescher Figur sinn zu Dorënner 2. puer gutt-Zeeche oncogenes (zB, HER2, TOP2A, CyclinE, TGFB1, AKT2, MYC VerfÜgung) an entholl suppressor Genen gewisen (zB, P16, SMAD4, SMAD7 VerfÜgung) fonnt ginn an dës loci etabléiert gin. Spannen, sech an der Zell Linnen identifizéiert enger héijer Zuel vu amplifications an homozygous geläscht wéi an der Primärschoul gastric Kriibs entholl Echantillon. VerfÜgung

Bäitrag vun Frankräich DNA Copy Number Variant zu Global Gene Expression Neierung an Human Gastric Cancer Echantillon

an eiser leschter studéieren, confirméiert mir der Gentherapie Ausdrock Profil an 90 Primärschoul Echantillon gastric Kriibs Verglach mat hire 14 metastatic garantéieren an 22 Net-neoplastic gastric mucosae, mat 6688 cDNA clones Blannschlécher ganze dës Echantillon [11] weisen, [ ,,,0],16]. Vun der 90 gastric Kriibs Echantillonen, 62 Beem uplanzen sech an der aktueller aCGH Etude abegraff. Fir ob Kopie Zuel Frankräich DNA Variatiounen ze global Gentherapie Ausdrock Muster Ännerungen bäidroen fir festzestellen, sech mir d'Korrelatioun tëscht Gentherapie Ausdrock Wäerter an den entspriechende Zuel DNA Kopie Ännerungen an dësen 62 Mënsch gastric Kriibs Echantillon op engem Gene vun der Gentherapie Basis. Vun der 6688 cDNA am original Ausdrock Studien, 5719 cDNA clones mat Positioun Informatiounen huet fir dës Analyse Sensor. Vun dëse 5719 cDNA clones, 1352 cDNA clones (23.6% vun de gesamten cDNA clones analyséiert), stellen ongeféier 973 eenzegaarteg Genen, awer statistesch relevant Korrelatioun tëscht Ausdrock Wäerter an Nummer Variatioune DNA Copy (Korrelatioun > 0,29 a seng p Wäert manner wéi 0,01 mat FDR manner wéi 3,4%. Kuckt Table S5 fir d'Lëscht vun Genen). Fir dat Ganzt ob DNA Kopie Zuelen Afloss Gentherapie Ausdrock, am Verglach mir de Brëll schlau Korrelatioun vun der Gentherapie Ausdrock Date mat entweder aCGH Wäerter vu BAC clones no der nët wou all Gentherapie op (diagonaler) etabléiert ass, oder aCGH Wäerter vu BAC clones bei aneren Regioune vun der Nepgen. Mir fonnt Puer Regioune laanscht den diagonaler hunn héich positiv Korrelatioun (Steiren Korrelatioun ~0.12) wéi der ugefaangen-diagonaler Puer (Steiren Korrelatioun ~0.0) (Dorënner S9A). A heatmap vun der pairwise Korrelatioun tëscht Gentherapie Ausdrock a kopéieren Zuel beweist och déi positiv Korrelatioun laanscht der diagonaler (Dorënner S9B). VerfÜgung

Allgemeng, eisen Daten confirméieren datt Frankräich DNA Kopie Zuel Variatioune zu der Regelung vun regional Gentherapie Ausdrock bäidroen Profiler am mënschleche gastric Kriibs Echantillon. VerfÜgung

Umeldung vun de Kandidatelänner Oncogene oder entholl suppressor Genen fir Mënscherechter gastric Cancers VerfÜgung

fir Kandidat oncogenes oder entholl suppressor Genen Garagiste, mir zwee Critèrë fir d'Lëscht vun 1352 cDNA applizéiert clones déi statistesch relevant Korrelatioun tëscht Gentherapie Ausdrock an entspriechend DNA Kopie Zuel Ännerunge weisen. Éischt, gesichte mir fir Genen déi 5 zougedréckt méi Gewënn wéi Défaiten oder 5 méi Verloschter wéi Dumouriez zu gastric Kriibs Echantillon. Next, stemmt mir der Gentherapie Lëscht mat den 3329 cDNA clones datt tëscht Net-entholl gastric Stoffer a mënschlech gastric Kriibs Echantillon [11] differentially ausgedréckt ginn sech am Kloeren ze. Sou, gemaach mer eis setzen zu 363 clones, vertrëtt 333 eenzegaarteg Genen (Table S6). Dorënner Genen, goufen 321 Gene weider-reglementéiert gastric Kriibs Echantillon a sech dacks verdengten oder am Frankräich DNA Niveau Kick. Déi reschtlech 12 Genen huet verwandelt-reglementéiert gastric Kriibs Echantillon a sech dacks am Frankräich DNA Niveau geläscht. Dës zwee Formatioun vun Genen, also, vertrieden potentielle Kandidat oncogenes oder entholl suppressor Genen, respektiv déi, déi an gastric Kriibs pathogenesis an Entwécklung bedeelegt ginn. VerfÜgung

DNA Copy Number Neierung mat jeeweilegen Gene Expression Werter vun Ausgewielten Gene Stärekoup zu Mënscherechter Gastric Cancers VerfÜgung

fir weider Ganzt wéi Zuel DNA Kopie Variatioune Gentherapie Ausdrock Afloss, analyséiert mir den Ausdrock Musteren vun den 333 Kandidaten oncogenes an entholl suppressor Genen an der 62. gastric Kriibs Echantillon benotzt Hierarchie Käre (Dorënner 3A). Nee Associatiounen sech tëscht de Käre Muster a Krankheete Funktiounen (Dorënner S10) suggeréiert datt dës Genen zousätzlech Wäerter fir molekulare Klassifikatioun vun de Mënscherechter gastric Kriibs déi net identifizéiert. Spannen, waren e puer Gentherapie Stärekéip fonnt gläichzäiteg chromosomal Regiounen etabléiert ginn, dorënner Genen um 6p21.3-p21.1 etabléiert, 7q21-Q22, 8q21-Q24, 8q24.3, 12q14-Q15, 20q11-Q13 an 20q13. 3 (Dorënner 3B zu 3H). An Punkto staark Korrelatioun tëschent koordinéiert upregulated Ausdrock vun dësen Gentherapie Stärekéip an DNA Kopie Zuel hëlt an de jeeweilegen chromosomal Regiounen war observéiert (Dorënner 3B zu 3H). Et seet datt e Schlëssel dru DNA Kopie Zuel Variant fir d'Expressioun Variant vun dësen Genen am Stärekoup ass. VerfÜgung

Passerelle Analys vun signifikativ deelgeholl Genen VerfÜgung

D'Ingenuity Passerelle Analys (QFont) Software agestallt gouf d'Interaktiounen tëschent de Kandidat oncogenes oder entholl suppressor Genen vun Ausdrock lackeleg an aCGH Kloeren ze ermëttelen. Figur 4 weist déi dräi Tip Netzwierker vun Interaktioun an gastric Kriibs Echantillon. Network 1 gouf speziell mat Kriibs, keen Auto &verbonnen; urological Krankheet, an Zell Zyklus. Network 2 ass speziell mat connective Otemschwieregkeeten Entwécklung an Funktioun, Kriibs, an gastrointestinal Krankheet assoziéiert. Network 3 gouf speziell mat genetesch Stéierungen, Vullen &verbonnen; Hautfaarf Onuerdnung, an demagogesch Krankheet (Table S7). All Netzwierker erreecht e Ball vun 21 oder méi héich an enthale 11 oder méi Genen, déi d'Tierken Relatioun an Interaktioun tëscht der vill reegelen Genen vun gastric Kriibs bewisen. Top biologescher Funktioune vun dësen Genen huet zu Zell Zyklus, DNA Gedächtnis dinn, recombination ewechzehuelen, Energieproduktioun, an Nukleinsaier ukuerbelt (Dorënner S11). All dës Funktiounen sinn bekannt an tumorigenesis Équipe ze ginn, déi méiglech Linken tëscht der identifizéiert Kandidat oncogenes an entholl suppressor Genen während gastric Kriibs Entwécklung. VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Gene Kopie Zuel hire Restaurant sinn besonnesch wichteg wéi deregulating Evenementer zu Kriibs Werdegang. An dëser Etude, analyséiert mir Copy Number geometrescher Figur (CNAs) déi vill CGH. Reegelméissegen Dumouriez a Verloschter sech aus der Etude identifizéiert. Ausserdeem, huet chromosomal Regioune mat héijem Niveau vun amplifications an homozygous geläscht och beschriwwen. Zousätzlech goufen Korrelatioun tëscht Gentherapie Ausdrock an DNA CNAs propagéieren. Kandidat oncogenes an entholl suppressor Genen huet vun enger performanter integréiert Analysë vun Nepgen Kopie Zuel an der Gentherapie Ausdrock identifizéiert. Endlech, Bezéiungen tëschent dëse Kandidat Genen an hirem biologesche Funktioun huet an 3 Netzwierker mat der Ingenuity Passerelle Analyse beschriwwen. D'Daten Ënnerstëtzung datt aCGH an der Gentherapie Ausdrock vill Analyse kombinéiert e mächtege Method ass Kandidat oncogenes oder entholl suppressor Genen am mënschleche gastric Kriibs ze identifizéieren. Konsequent mat dësem Pabeier, hun virdrun Studien ähnlech Approche ugewand ze Chauffer genetesch Evenementer zu anere entholl Typen, wéi Liewer Kriibs [18] an Broscht Kriibs [19] z'identifizéieren. Spannen, sech wéi Genen Kandidat entholl suppressor vun eiser Etude identifizéiert oncogenes méi Kandidat. Et kéint duerch de groussen méiglech Magnitude Gamme vun gewannen Verglach zu Verloscht vun entholl Echantillon kombinéiert mat Kompresser nennen aus admixed Net-entholl Zellen erkläert ginn. Den Ënnerscheed zu Gentherapie Zuelen kann proposéieren och, datt de Wëllen vun oncogenes méi ëmmer duerch CNAs reegelen kann wéi entholl suppressor Genen sinn. VerfÜgung

Am aCGH Analyse, heefeg Dumouriez a amplifications zu gastric Kriibs Echantillon fonnt goufen. Vun Note, konsequent mat virdrun Studien [20], [21], war 20q den heefegsten Site vun Mosconi an gastric Kriibs Echantillon fonnt. Amplification um 20q huet och an e puer aner Cancers, wéi Broscht Kriibs [22] an pancreatic Kriibs [23] gemellt ginn. An eiser Etude, goufen héije amplifications um 20q12-Q13.3 zu gastric Kriibs fonnt. Puer Genen sinn op dëser nët, wéi AIB1 VerfÜgung a BCAS1 VerfÜgung wellkomm. AIB1 VerfÜgung (20q12), eng Arméi receptor Co-activator éischt zu Broscht a spillt Kriibs Implikatioune fonnt, ass zu gastric Kriibs Zell Prolifératioun duerch dÉxistenz nuklear kenne [24] Équipe. BCAS1 VerfÜgung (20q13.2), Broscht carcinoma Implikatioune Haaptrei 1, ass et zu enger Rei vu entholl Zorte Kick an ass mat méi aggressiv entholl phenotypes assoziéiert. Up-reegelen Ausdrock vun BCAS1 VerfÜgung ass vill mat den héijen Niveau amplification vun 20q13 zu adenocarcinomas vun der Gastro-esophageal menaarbecht [25] soll. 8q war den zweete heefegsten Site vun gewannen, well et zu 26.39% vun de Echantillon festgestallt gouf. Amplification um 8q zu vill Cancers, wéi Broscht Kriibs an pancreatic Kriibs [23], [26] identifizéiert gouf. An eiser Etude, goufen héije amplifications um 8q24.1-q24.2 zu gastric Kriibs fonnt. Puer Genen sinn op dëser nët wellkomm. MYC VerfÜgung ass dat representatiivst eent. Et ass eent vun de meeschten studéiert oncogenes, déi zu der malignancy vu ville verschiddene aggressiv an Strenz Mënsch Cancers dréit [27]. D'pathologic Effet vun MYC VerfÜgung huet fir seng Fähegkeet hinnen gouf multiplecellular Prozesser ze kontrolléieren wéi Zell Wuesstem, dat, apoptosis, DNA Schued Äntwert, Frankräich Instabilitéit, angiogenesis, an entholl invasiveness [28]. VerfÜgung

aner wichteg héijen Niveau amplification war um 17q12-Q21 fonnt. D'Vertrieder Genen op dëser nët etabléiert ass ERBB2 VerfÜgung. Overexpression an /oder amplification huet an vill Arte vun Cancers observéiert goufen, dorënner gastric Kriibs [29], [30], [31]. Korrelatioun tëschent ERBB2 VerfÜgung amplification an overexpression andeems aCGH an Ausdrock vill Donnéeën an eise gastric Kriibs Datesaz (Dorënner S12) uginn gëtt. Overexpression an amplifications sech an nëmmen eng kleng Zuel (~6 vun 72) vun gastric Kriibs Echantillon identifizéiert. Dat kann erkläre firwat ERBB2 net am soll Kandidat oncogene Lëscht ausgewielt war et net d'Critèren, wéi ee vun de differentially ausgedréckt Genen Passe huet. Trotzdem, réit d'Resultat kloer dass amplification vun 17q12-Q21 e Schlëssel Mechanismus fir héijen Niveau vun ERBB2 Ausdrock vun enger Ziel vum Mënsch gastric Kriibs Echantillon vertriede kënnen. Gastric Kriibs Patienten mat 17q12-Q21 amplification kann aus Behandlung mat Herceptin Virdeel, engem humanized antibody, entworf der Funktioun vun ERBB2 ze viséieren a blockéieren. VerfÜgung

haalt mat der Etude vun Gorringe Vol, et al
, amplifications um 6p21 an 5p13 och an eisem vill CGH Resultater [7] identifizéiert goufen. Et ass spezielle ze notéieren, datt eng disproportionally héich Zuelen vun héich-Niveau amplifications an homozygous geläscht goufen zu gastric Kriibs Zell Linnen Verglach zu Otemschwieregkeeten Echantillon identifizéiert. D'Observatioun beweist, datt dës amplifications oder geläscht kënne während Wuesstem Virdeeler déi kënschtlech VerfÜgung Zell Kultur, an dofir sinn zu Zell Linnen beräichert. D'Resultater Highlight d'Wichtegkeet vun dësen héich-Niveau amplifications an homozygous geläscht an Regulatioun Zell Prolifératioun oder Iwwerliewensfro. D'Zell Linnen mat deenen amplifications oder geläscht déi excellent Ressourcen weider déi funktionell Rollen vun de Genen an dëse Regiounen während gastric Kriibs Entwécklung studéieren ze hëllefen. VerfÜgung

virdrun Studien Abléck an d'Wichtegkeet vun spezifesch Kopie Zuel hire Restaurant am gestallt hun Entwécklung vun epithelial erhéijen, weist datt dës hire Restaurant op der verännert Ausdrock vu kriteschen oncogenes oder entholl suppressors Féierung kann [21], [31], [32]. Eis Etude dé duerfir dës virdrun Rapporten a stellt Beweiser ze ënnerstëtzen, dass CNA den Manque vun Regulatioun uewen oder ënnen-Ausdrock vun dësen Genen während gastric Kriibs carcinogenesis e wichtege Faktor duerstellt. Allerdéngs sinn déi meescht vun de Genen vun eisen Studien identifizéiert nach wahrscheinlech Passagéierverkéier Genen deem Ausdrock si héich Gentherapie-Portioun ofhängeg, an hun limitéiert funktionell Chargen während tumorigenesis gin. Well dës CNVs net zoufälleg sinn an der Haaptrei Konsequenz vun CNVs zu erhéijen Zellen ass méiglecherweis de de-Regulatioun vun den Ausdrock vun Genen wichteg fir tumorigenesis, Chauffer oncogenes an entholl suppressor Genen gin héchstwahrscheinlech an der grousser Zuel vu Genen agebaut ze ginn, datt mir hunn identifizéiert. Kloer, weider funktionell Analyse ass néideg dës Chauffer oncogenes an entholl suppressor Gentherapie ënnert eiser genelist z'identifizéieren. Fir dëst Zil ze erreechen, kann een eng siRNA baséiert Écran gëllen dem Wëllen vun Kandidat oncogenes zu gastric Kriibs Zell Linnen a Rou. Ähnlech Studie goufen benotzt Broscht Kriibs Zell Linnen gesuergt. Esou funktionell Bildschirmer beweisen kritesch ze limitéieren déi richteg Chauffer oncogenes gin. Zum Beispill, Thollet A et al VerfÜgung zougedréckt datt silencing vun ZNF217 Ausdrock-siRNA mediated zu MCF7 Zellen Broscht Kriibs Nerve ofgeholl Zell Prolifératioun a fräi Empfindlechkeet op paclitaxel [33]. VerfÜgung

Allgemeng, eis Studien bidden eng Lëscht vun de Kandidaten Genen datt weider System propagéieren gin muss. Trotzdem, stellt d'genelist schonn e puer interessant Genen als Kandidat oncogenes hir oncogenic Potential huet an aner entholl Zorte Gewise ginn. D'Genen och NOTCH1 VerfÜgung [34], [35], [36], BMI1 VerfÜgung [37], [38], [39], [40], [41], EFNA1 VerfÜgung [42], [43], NCOA2 VerfÜgung [44], BYSL VerfÜgung [45], [46], a RAD21 VerfÜgung [47 ]. Zum Beispill, Notch1, e Member vun top Famill receptor huet als oncogene zu Multiple entholl Zorte agestallt ginn. Héich Ausdrock vun NOTCH1 VerfÜgung war zu Mënsch Broscht Kriibs an colorectal Kriibs observéiert, esouwuel vun deenen mat aarmséileg Resultat vun Kriibs Patienten soll ginn [34]. Ageschalt NOTCH1 VerfÜgung entschlof haett adenomas zu Mais a kooperéiert mat Myc vun der Generatioun vun haett adenocarcinoma [35]. Rezent Studie weisen dass d'Notch1 receptor intracellular public (N1IC), d'Noutbrems Form vun Notch1 receptor, mat gastric Kriibs Werdegang duerch cyclooxygenase-2 [36] verbonne war. Dofir, vläicht top sécher Passerelle engem neien Zil- fir Behandlung vun gastric Kriibs ginn. Eng zweet Beispill ass Bmi1. BMI1 VerfÜgung, B-Zell-spezifesch Moloney murine Leukämie Virus Enregistréiere Site 1, ass e Member vun enger polycomb Grupp vun transcriptional repressors a war ursprénglech als oncogene verbonne mat c-myc zu der Entwécklung vun murine lymphoma [identifizéiert ,,,0],37]. Zousätzlech Aarbecht huet verroden, datt BMI1 hu mat entholl Entwécklung an Werdegang assoziéiert gouf. Zum Beispill, eleng BMI1 gouf dës malignant Transformatioun vun HaCaT Zellen ze induce [38]. Up-Regulatioun vun BMI1 kann Zell Prolifératioun förderen an ze verhënneren apoptosis [39]. Ausserdeem, ass BMI1 zu Prolifératioun, Survival, an aarm hätt an pancreatic Kriibs Zesummenhang [40]. Kuerzem, war héich Ausdrock vun BMI1 observéiert souwuel zu gastric Kriibs Zell Linnen an gastric erhéijen. Overexpression vun BMI1 gouf fonnt mat fortgeschratt Medeziner Etapp an lymph Node Metastasen zu gastric Kriibs Patienten soll ginn [41].

• PLOS NËMMEN: Risk Assessment vun Gastric Cancer déitlech Helicobacter pylori Ausschöpfung CagA liichtkraaftarm Markers
• PLOS NËMMEN: E-Cadherin Déstabiliséierung Konten fir d'Pathogenicity vun Missense kennen Ierfgroussherzog Firwat Gastric Cancer