E Roman computational Method fir Cepheid vu Proteinen an Pipi excreted virgestallt. D'Method baséiert op der Identifikatioun vun enger Lëscht vun Ënnerscheedung Fonctiounen tëscht Proteinen Slogan am Pipi vun gesond Leit an Proteinen fonnt net Pipi excretory gin. Dës Fonctiounen benotzt engem classifier ze trainéieren den zwou Klasse vu Proteinen ze ënnerscheeden. Wann verzweifelt Informatiounen benotzt vun deem Proteinen am diseased Stoffer vun engem bestëmmten Typ differentially ausgedréckt ginn versus VerfÜgung Kontroll Stoffer, kann dës Method benotzt ginn fir d'Krankheet Potential Pipi lues zu virauszesoen. Hei Rapport mir den detailléierte sind vun dëser Method an eng Applikatioun ze Identifikatioun vun Pipi lues fir gastric Kriibs. D'Performance vum trainéiert classifier op 163 Proteinen war mat antibody flamenden Ofgrond experimentally validéiert, ausser > 80% richteg positiven Taux. Andeems Dir Iech de classifier op differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs vs VerfÜgung normal gastric Stoffer, et gouf erausfonnt, datt endothelial lipase (EL) war am Pipi Echantillon vun 21 gastric Kriibs Patiente méi Trupen versus VerfÜgung 21 gesond Persounen. Am Allgemengen, mir hunn jo bewisen, dass eis Estimatioun fir Pipi excretory Proteinen effektiv ass an hätt eventuell als mächtegen Outil zu Recherchen fir Krankheet biomarkers am Pipi am allgemengen déngen VerfÜgung Fro:. Hong CS, CUI J, Ni Z, Su Y, Puett D, Li F, et al. (2011) A Computational Method fir Cepheid vun Excretory Proteinen a Dossier ze Umeldung vun Gastric Cancer lues zu Pipianalysen. PLoS NËMMEN 6 (2): e16875. Doi: 10.1371 /journal.pone.0016875 VerfÜgung Redakter: Vladimir Brusic, Dana-Farber Cancer Institut, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung Arnaque: 22. September 2010; Akzeptéiert: 31. Dezember 2010; Publizéiert: 18. Februar 2011 zu Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Domain Deklaratioun Creative Commons Ëffentlech verdeelt déi CIE datt, eemol am Domaine public gemaach gouf, kann dës Aarbecht fräi kopéiert ginn, verdeelt, iwwerdroen, geännert, opgebaut, oder soss duerch iergendeen fir all erlaabt Zweck benotzt VerfÜgung Funding:. Dës Etude vun der National Science Foundation (CCF-0621700, DBI0542119004, 1R01GM075331), JILIN University zu Deel ënnerstëtzt huet, déi Universitéit vun Georgia, der Georgia Cancer Coalition, der Georgia Research Alliance an der National Instituter Gesondheetsminister (1R01GM075331, DK69711). D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung De rapide Fortschrëtt vun omic VerfÜgung Techniken an de leschte Joeren huet et méiglech gemaach fir biomarkers fir spezifesch mënschlech Krankheeten zu engem systematesch a verständlech Art a Weis ze sichen, dee méi eiser Fähegkeet ass verbesseren z'entdecken Krankheeten am Grondsteen. Déi meescht vun de fréiere uweist Studien hunn op serum lues [1], haaptsächlech wéinst dem bekannt Räichtum vun serum zu wouvun Signaler fir verschidde gestallt an pathophysiological Konditiounen. VerfÜgung Am Verglach zu serum lues, bestehend Duerchfall Infektioun lues gi meeschtens do schonn Duerchfall Infektioun-TRACT oder enk verbonne Krankheeten Beräich. Nëmme bannent de leschte Joren huet sech verbessert proteomic Analysë vun Pipi Echantillon Teamchef, wéi Sera Pipi ass och e räiche Source vun Informatiounen fir z'entdecken mënschlech Krankheeten wéi der graft- versus VerfÜgung -host Krankheet an coronary verstoppten Krankheet [2], [3], [4]. Bedenkt datt Pipi vun filtration vun Blutt duerch d'Nier entstanen ass; Dohier puer Proteinen am Blutt kann duerch de Filter Passe an Pipi excreted ginn. Als Resultat, spigelen den Duerchfall Infektioun Proteinen net nëmmen d'Konditioune vun der Nier an der urogenital TRACT, mä och déi vun aneren Organer, déi aus der Nier distal kann, well op d'mannst 30% vun den Duerchfall Infektioun Proteinen net ursprénglech aus der urogenital TRACT sinn [5], [6]. Déi ganz Rei vun Informatiounen am Pipi ass eng attraktiv Quell fir uweist Duerchmusterung mécht zanter, am Verglach zu serum, ass d'Zesummesetzung vum Pipi relativ einfach, an Pipi Kollektioun ass méi einfach a noninvasive [7], [8]. VerfÜgung context Identifikatioun am Pipi kéint eventuell duerch Komparativ proteomic Analysë vun Pipi Echantillon vun Patienten mat engem speziell Krankheet a Kontroll Gruppe gemaach ginn. D'Géigespiller an esou Recherchen fir Duerchfall Infektioun lues zu engem blann Moud ass strukturéieren. (En) Pipianalysen kéint eng grouss Zuel vu Proteinen /peptides hunn (am Géigesaz zu de fréiere Versteesdemech [8]) mat relativ niddreger Heefegkeet. (B) D'dynamesch Palette vun der Heefegkeet vun dësen Proteinen hätt e puer Stänn vun Magnitude span, breet ewéi d'Gamme generell vun enger Mass Spektrometer Daach [9]. Fir dëse Grënn, Komparativ gebueden, besonnesch (semi) grouss gebueden, vun proteomic Donnéeën vun Pipi Echantillon kann ganz Erausfuerderung ginn. Dëst kéint e Schlëssel Grond ginn, datt et keng verléisslech Pipi lues fir de Kriibs Diagnos sinn. VerfÜgung Eis Etude bezitt sech op d'Entwécklung vun engem computational Method fir korrekt virausgesot Proteinen datt Pipi excretory (kuckt Dorënner 1 fir d'Direktive vun der Approche sinn ). Dës Proteinen muss spezifeschen Eegeschaften hunn, datt et hinnen aus Zellen secreted gin éischt an duerno duerch de glomerulus Membran an Nier Filter eraus ze ginn. Eng rezent proteomic Etude identifizéiert méi wéi 1500 Proteinen /peptides datt an Pipi duerch gesond glomerular Schläimhait excreted sinn [8]. Mat Hëllef vun dëser Formatioun vu Proteinen a Proteinen gehale net Pipi excretory ze ginn, hu mir eng Lëscht vun Ënnerscheedung Fonctiounen tëscht dësen zwou Klasse vu Proteinen identifizéiert an trainéiert eng Ënnerstëtzung Vecteure Maschinn (SVM) baséiert classifier ze soe, wann eng bestemmten FAQ kéint an Pipi excreted ginn . D'Cepheid Method war experimentally mat Western blots benotzt antibody flamenden Ofgrond verzweifelt validéiert, an d'Resultater sinn héich erfreelech. VerfÜgung Dëst classifier Proteinen ze soe applizéiert gouf, datt nëmmen Pipi excreted gin kéint baséiert op der identifizéiert differentially ausgedréckt Genen vun gastric Kriibs versus VerfÜgung Referenzmaterial gastric Stoffer; an enger Rei vu potentielle Pipi lues fir gastric Kriibs hun identifizéiert ginn. E wichtege Bäitrag zu dëser Aarbecht gemaach gëtt, dass et eng nei an efficace Manéier gëtt duerch suggeréiert Kandidat Bewaacher Proteinen proteomic Studie vun Pipi ze guidéieren, dohier Délaie geziilte Bewaacher Recherchen antibody-mediated Techniken wéi Western blots an Elisa benotzt, déi méi méi machbar sinn wéi grouss-Skala Komparativ proteomic Analysë vun Pipi Echantillon ouni Ziler mat deem ze schaffen. Während dëser Cepheid Programm huet fir gastric Kriibs Donnéeën an dëser Etude, kee gastric Kriibs-spezifësch war vun dësem Programm benotzt applizéiert ginn; dohier, kann et fir aner Krankheete fir Pipi Bewaacher Recherchen ginn VerfÜgung Dës Etude besteet aus dräi haapt Komponente:. (i) de Bau vun enger classifier fir Pipi excretory Proteinen virausgesot; (II) Evaluatioun vun der Performance vun der classifier déi et zu engem Set vu Proteinen fir déi d'excretory Status vun der Proteinen Kandidatur ass gewosst; an (III) Applikatioun vun der validéiert classifier zu Gentherapie-Ausdrock Donnéeën vun gastric Kriibs seng Efficacitéit vermëttelt am Pipi Bewaacher Identifikatioun Problem léisen. VerfÜgung Dëst Fuerschung vun den institutionnelle Kritik Verwaltungsrot bei der University of Georgia ofgeseent gouf, Athen, Georgia, USA (Office vun der Vice President fir Fuerschung DHHS Assurance ID KENG. FWA00003901, Project Number 2009-10705-1) a vun der chinesescher Finanzpolitiker Kritik Verwaltungsrot Dréi Mënsch Sujeten am JILIN University College vun der Medezin, Changchun, China. A Zoustëmmung Form, déi IRB op der Universitéit vun Georgia an Chinese IRB guttgeheescht, war aus all Sujet gesammelt. All Sujeten sinn bewosst dass keng Daten aus Fuerschung fir Dokumenter benotzt gin kann oder Publikatiounen wéi an der Zoustëmmung Form dohinnergestallt. VerfÜgung eng. En Algorithmus fir excretory Proteinen en VerfÜgung D'allgemengt Verständnis vun FAQ excretion aus Stoffer zu Pipi ass, datt e puer Proteinen oder Chefeconomist vun Zellen an Blutt Circulatioun secreted sinn, an dann en Deel vun dëse Proteinen, zesumme mat e puer gebierteg Proteinen am Blutt, kann an Pipi excreted ginn. Eis Ziler sinn éischt Ënnerscheedung Fonctiounen fir esou Pipi excretory Proteinen ze identifizéieren an dann eng classifier ze bauen op dës Funktiounen Basis ze soe wat Proteinen vun Zellen kënnt an Pipi excreted ginn. Fir de beschte vun eisem Wëssen, huet et net ginn all publizéiert Aarbecht fir dëse Problem ze léisen. Der Wichtegkeet vun esou enger Méiglechen stoussen ass dass et eng efficace Link zu ëmklammen stellt omic VerfÜgung vun Stoffer zu Tandel Sich am Pipi Analysë vun Kandidat lues am Pipi suergt datt benotzt antibody-baséiert Approche studéiert ginn. VerfÜgung déi éischt Schrëtt esou engem predictive Méiglechen stoussen an den Entwécklungslänner, dh, e classifier, ass eng Formatioun Donnéeën wouvun Proteinen ze hunn, datt een an déi net an Pipi excreted kënnen, op Grond vun där enger Formatioun vun der Ënnerscheedung Fonctiounen méiglecherweis identifizéiert ginn hätt. Duerfir, hu mir eng grouss proteomic Donnéeën vun Pipi Echantillon vun gesond Leit an engem kuerzem publizéiert Etude [8], fonnt, déi méi wéi 1500 eenzegaarteg Proteinen enthält vun deenen 1.313 SwissProt Bäitrëtt IDen hunn. Mir hunn dës 1.313 Proteinen als positive Training Daten fir d'ze-ginn-trainéiert classifier benotzt. Déi folgend Prozedur war dunn eng negativ Training Formatioun ze generéieren benotzt: mutwëlleg vun all Pfam Famill mannst ee FAQ wielt dass net all positiv Training Donnéeën enthält, an d'Zuel vun de gewielte Proteinen vun all Famill ass fir d'Gréisst vun der Famill proportional [ ,,,0],10], [11]. Als Resultat, waren 2.627 Proteinen ausgewielt an als negativ Training Formatioun benotzt. VerfÜgung Mir iwwerpréift 18 physiochemical Fonctiounen aus FAQ Message berechnen, déi potenziell nëtzlech fir d'Klassifikatioun Problem sinn op der Allgemengheet Versteesdemech vun Duerchfall Infektioun excretion vu Proteinen baséiert . D'Detailer vun der 18 Fonctiounen an den Computer Programmer benotzt hinnen ze berechnen sinn an Table S1 opgezielt. Verschidde vun dëse Fonctiounen duerch multiple Fonktioun Wäerter vertruede sinn, e.g., déi Aminosaier Zesummesetzung vun engem FAQ Haaptrei ass vun 20 Fonktioun Wäerter duergestallt; insgesamt 18 Fonctiounen mat 243 Fonktioun Wäerter duergestallt. Mir identifizéiert dann eng Ziel vun Fonctiounen Wäerter vun der 243, déi tëscht dem positiven an negativen Training Date mat engem SVM-baséiert classifier z'ënnerscheeden kann. D'RBF sätzt sech an eiser SVM Formatioun benotzt, vu que entwerfen Net-linear Attributer ze handhaben [12], [13]. VerfÜgung Fir déi vun Ufank als Fonctiounen Gewerkschaften eigentlech nëtzlech sinn, gëtt d'Fonctioun Auswiel Outil zu LIBSVM [12] war benotzt déi een zu Fonctiounen ënnert der 243. Aner Fonktioun Auswiel Handwierksgeschir déieren méiglecherweis benotzt ginn hätt mä mir hunn Erfahrungen an dësem Outil benotzen an fonnt et ubruecht ginn. Coden zu dësem benotzt ginn ëffentlech aus LIBSVM Websäit sinn (http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/); mir hun och d'relevant Programm zougänglech um http://seulgi.myweb.uga.edu/files feieren. An F-stoung [12], wéi follegt definéiert, ass benotzt den een zu Muecht vun all Fonktioun Wäert fir eis Klassifikatioun Problem ze moossen, VerfÜgung wou rappeléiert der Formatioun Fonktioun Wäerter (k = 1, ..., m); n VerfÜgung + a n VerfÜgung - sinn d'Zuel vun Proteinen am positive (+) an negativ (-) Training Donnéeën, bzw.; ,, Sinn der ronn vun de i VerfÜgung September Fonktioun Wäert ganze ganzen Training Donnéeën, déi positiv Donnéeën an déi negativ Donnéeën, bzw.; an a sinn déi i VerfÜgung September Fonktioun vun der k VerfÜgung September FAQ am positiv an negativ Training Donnéeën, bzw.. Generell, de groussen eng F-Spiller, déi méi discriminative den entspriechende Fonctioun ass. An eisem Choix, all Funktiounen mat F-Fändelen virun engem Précoce-ausgewielt loung sech am Training d'Finale classifier zréckbehalen a benotzt. Fir eng optimal F-stoung loung fannen, als mir eng Lëscht vu méigleche Betrag an dann ausgewielt de beschte ee baséiert op den Training Resultater. VerfÜgung D'Formatioun vun eise SVM-baséiert classifier ass mat gemaach e Liewesniveau Prozedur gëtt an LIBSVM [12] ze fannen Wäerter vun zwee Parameteren C VerfÜgung an γ dass eng optimal Klassifikatioun op den Training Daten ginn, wou C VerfÜgung der Gewerkschaft-ugefaangen Kontrollen tëscht Training Fehler an Klassifikatioun Rand, an γ bestëmmt d'Breet vun der sätzt benotzt [12]. Eis Training Prozedur zesummegefaasst ass wéi follegt [12]: VerfÜgung b. benotzt konsultéieren d'Leeschtungsfähegkeet vun der classifier VerfÜgung Eng onofhängeg Donnéeën ass fir d'Leeschtungsfähegkeet vun der trainéiert classifier fir déi d'excretory Status vun all FAQ bekannt ze bewäerten war ze diskutéieren benotzt. De positiven Ziel vun dëser Donnéeën huet 460 mënschlech Proteinen am Pipi vun gesond Individuen vun dräi Duerchfall Infektioun proteomics Studien fonnt [14], [15], [16], an den negativen Ziel enthält 2.148 Proteinen déi selwecht Prozedur beschriwwen virdrun ausgewielt benotzt mee et net mat den negativen Formatioun fir Formateuren benotzt iwwerlageren VerfÜgung déi folgend Mesuren benotzt huet d'Klassifikatioun accuracies ze bewäerten:. der Sensibilitéit, d'Spezifizitéit, d'Richtegkeet, d'Korrelatioun souguer gemaach ginn d'Matthew, an der AUC [17]. Table 1 resüméiert d'Klassifikatioun accuracies vun der trainéiert classifier op den zwou Formatiounen an den Test konsultéieren [17]. Vun der Klassifikatioun accuracies op den zwou konsultéieren, gleewe mir, datt eis trainéiert classifier de Schlëssel verschidde Funktiounen vun der excretory Proteinen am Pipi ageholl. VerfÜgung Ausserdeem, war eis classifier op enger separater Donnéeën getest, en Ziel vun den 274 Proteinen op engem Précoce-feieren FAQ antibody Partie (den RayBio Mënscherechter G-Serie Singular 4000 (RayBiotech Galaxy, Norcross, GA)) fest. Vun der 274 Proteinen, 111 excretory gin si bekannt a goufen an eisen Training oder onofhängegen Test Donnéeën abegraff. Mir huelen d'classifier op de Rescht 163 Proteinen fir déi d'excretory Zoustand war onbekannt (cf. Resultater an Table S2). Dëst FAQ vill stellt d'famill Ausdrock Niveau fir all FAQ op der Partie, wou op engem (Pipi) Prouf getest, déi vun der densitometry zu Conditioune vun der Signal Intensitéit, laachen gemooss gëtt. Den Hannergrond vun der Partie war wéi d'Kontroll benotzt aktuellen Präsenz vun engem FAQ am (Pipi) Prouf ze bestëmmen. D'Signal Intensitéit vun engem FAQ war wéi eng richteg Signal considéréiert, wann et op d'mannst 5-fantastesch war méi héich wéi déi vun der Kontroll, wéi déi vun den Hiersteller d'Recommandatioun ugeholl. Mer do eis experimentell Confirmatioun op der positiver Prognosen confirméiert nëmmen well et kaum méiglech ass eng FAQ beweisen net wéinst Aschränkungen an erkennen Empfindlechkeet vun der aktueller Technik an engem Pipi Prouf präsent ass, wann d'FAQ vun Héich Konzentratioun an der Prouf ass. c. Pipi Prouf Kollektioun /Virbereedung VerfÜgung Pipi Echantillon vun gastric Kriibs Patienten a gesond Kontrollen waren um Medical School vun JILIN University, Changchun, China gesammelt. Gastric Kriibs Patienten, aus deen de Echantillon vun gesammelt goufen, sinn all spéiden Etapp Patienten (kuckt Table S3 fir Patient Informatiounen). Dës Echantillon waren direkt lyophilized a bei -80 ° C bis weider benotzt ginn no hirer chirurgesch Entfernung vun de Patienten. Si goufen dunn reconstituted an centrifuged (3000 xg VerfÜgung fir 25 min bei 4 ° C) bewosst Komponente ze läschen. D'supernatants sech gesammelt an bei 4 ° C géint Millipore ultra reng Waasser (dräi gefiermt Ännerunge vun enger Iwwernuechtung dialysis duerno) benotzt Slide-A-Lyzer Dialysis Kassetten (Thermo Fisher Wëssenschaftlech, Rockford, IL) dialyzed. Protein Konzentratioune waren gemooss der Bio-Rad Protein Assay (Bio-Rad, Hercules, CA) mat Bovine serum albumin als Standard. VerfÜgung d. Identifikatioun vun Genen datt differentially ausgedréckt an gastric Kriibs a Kontroll Stoffer sinn VerfÜgung A Ganzen 80 gastric Kriibs Stoffer an hir bascht noncancerous Stoffer aus 80 Patienten op der Medical School vun JILIN University gesammelt goufen. Microarray Experiment op dës Stoffer gehaal der Affymetrix GeneChip Mënscherechter Exon 1.0 ST Singular benotzt, déi 17.800 mënschleche Genen deckt. D'PLIER sind [18] war benotzt de Studiebäihëllefe Signaler ze Gentherapie-Niveau Ausstralung WikiCommons. Fir all Gentherapie, iwwerpréift mir d'Verdeelung vun den Ausdrock fantastesch-Ännerung tëscht der vläit Kriibs a Kontroll Stoffer an alle 80 Puer Stoffer. Loosst K Ausgang, zu der Zuel vun Puer Stoffer ginn hir fantastesch-Ännerung ass op d'mannst 2 Eng Gentherapie ass als differentially ausgedréckt VerfÜgung wann den p E. Funktioun an Passerelle Beräicherung Analysë VerfÜgung D'DAVID Bioinformatik Resources an der KOBAS Web Server [20], [21] huet sech do fonctionnell an Passerelle Beräicherung Analyse benotzt, respektiv, fir all déi virausgesot Pipi-excretory Proteinen, déi mat ganz Rei vun mënschlech Proteinen als Hannergrond. Mir kuckt de Lieser zu [20], [21] fir Detailer iwwert d'Methode fir fonctionnell an Passerelle Beräicherung analyséiert. Benotzt DAVID Bioinformatik Resources, d'Beräicherung stoung fir eng bestëmmte Grupp vu Proteinen war vun der Einfachheet stoung sech [20], [22]. KOBAS ass eng ergänzen Hëllefsprogramm fir DAVID wéi et der Gentherapie Annotation benotzt Kegg Orthology (KO) Begrëffer gëtt. D'KOBAS Web Server, zesumme mat de KO-baséiert Annotation System [21], [23], benotzt gouf fir statistesch beräichert a gerappt Weeër ënnert der virausgesot Pipi-excreted Proteinen fannen. KOBAS hëlt an engem Set vu FAQ Message an annotates hinnen d'KO Begrëffer ze benotzen. D'forcéiert KO Begrëffer sech dann Verglach géint all mënschlech Proteinen den Hannergrond setzen fir Fliessband wann se beräichert ginn oder gerappt. VerfÜgung f. Western blots VerfÜgung Duerchfall Infektioun Proteinen vun all Prouf (Ganzen 2 μg) sech mat 3x Prouf Hoerfaarw kombinéiert. All Rouer war fir 5 min gekachten a iwwerlaascht op SDS-PAGE gels, zesumme mat 10 μl Standarden a fir 1 h op 200 volts lafen. D'Membran war mat 100% methanol ausgeléist, folgende engem Transfert vun der gelies zu der Membran (100 volts fir 1 h). Wann d'Iwerweisung fäerdeg war, war d'Membran ze dréchnen, rewetted zu 100% methanol erlaabt an Katakombe 2x fir 5 min all mat Tris-gefiermt Salins (TBS). D'Membran war dann fir 2 h bei Raumtemperatur zu 3% Mëllech erauszesichen Léisung incubated. Next der Membran vun der éischter antibody Léisung (1:200 dilutions vun 1,5% Mëllech erauszesichen) fir 1 h bei Raumtemperatur, an der unbound antibody incubated gouf fir 10 vun wäschen der Membran 3x mat TBS Tween-20 (TBST) Léisung geläscht min all. Dunn huet d'Membran vun engem 1:10,000 dilution vun der Première antibody vun 1,5% Mëllech erauszesichen Léisung fir 1 h bei Raumtemperatur incubated. D'Membran war 3x mat TBST an 2x mat TBS (10 min all) gewäsch. Styl, war d'Membran misst mat engem gläichen Undeel vun enhancer an Hem Léisung aus engem Pierce Western Blotting Kit fir 5 min an ausgesat de Film geschwat. All Experimenter war Multiple Mol widderholl ze reproducibility [24] suergen. D'Signal intensities sech mat der imageJ Software [25] alles. Fir all Membran, war d'eidel Geschäftswelt benotzt d'Signal intensities ganze Schläimhait ze normaliséieren. D'Leeschtung war mat ROC an whisker-Këscht Komplott iwwerpréift. VerfÜgung eng. Signal peptide a Secondaire Strukture sinn Schlëssel Fonctiounen vun Pipi-excreted Proteinen VerfÜgung Déi initial Lëscht vun Fonctiounen suergfälteg war geplangt wat mir FAQ Charakteristiken relevant ze Duerchfall Infektioun excretion gin gegleeft baséiert op Literatur Sich an eiser aktueller Versteesdemech vun Duerchfall Infektioun Proteinen. Zum Beispill gëtt d'erof gelueden glomerular Mauer an Niere der filtration vun erlaben nëmmen positiv oder Neutralitéit gelueden Proteinen. Soumat ass Vitesse vun engem FAQ eent vun de Fonctiounen mir ausgewielt. Alles an der disponibel Informatiounen an allem, war d'Gesamtzuel vun Fonktioun Wäerter gesammelt ufanks 243, vertrëtt Basis Haaptrei Eegeschaften, motifs, physicochemical Eegeschaften, an strukturell Eegeschaften (Table S1). An Erkenntnesser Fonctiounen datt Pipi effikass sinn excretory Proteinen vun der Net-excretory gelackelt, en einfacht an efficace Method fir Fonctiounen eliminéiert datt weisen wéineg oder keen een zu Muecht fir eis Klassifikatioun Problem agestallt war an discriminating; 74. Fonktioun Wäerter sech mat der Prozedur festgehal zu Section engem vun nozekucken (Table S5) ausgewielt. Dës Fonktioun Wäerter sech agesat fir d'Finale classifier Zuch. VerfÜgung Vun der gewielter Fonctiounen, déi diskriminatoresch ee sech d'Präsenz vun Signal peptides. Et ass verständlech dass Proteinen dat Signal peptides duerch d'ËH hunn a si trafficked fir hir Destinatioun no der konkreter Signal peptides secreted sinn; also, net verwonnerlech, déi excreted Proteinen hunn dës Fonktioun. Aner dichteg Fonktioun war de Secondaire Struktur Typ; speziell, war den Nummer 2 Fonktioun Wäert ënnert der gewielter 74 (Table S5) klasséiert de Prozentsaz vun alpha helices zu engem FAQ Haaptrei. Wéi erwaart, huet d'Vitesse vun engem FAQ ënnert d'Top gesaten Fonctiounen fir excreted Proteinen. Dat ass konsequent mat der Allgemengheet ze verstoen, datt Vitesse ass e Faktor Bestëmmung déi Proteinen kann duerch d'glomerular Membran Filter ginn [26] Den Proteinen bannen glomerular Schläimhait an podocyte Schlitzer sinn erof gelueden, an dohier erof gelueden Proteinen wäert niddereg Chancen hunn ze filteren duerch d'Nier. Tatsächlech huet d'Fonktioun Wäerter vu positive Aminosaier Saieren a Vitesse ënnert d'Top gesaten Fonktioun Wäerter. VerfÜgung Spannen, Ee, molekulare Gewiicht, deen op 232 vun 243 Stëmmen, war net an der Final 74 Fonktioun Wäerter abegraff. Dëst kéint vun de folgende erkläert ginn. Proteinen präsent an serum hu vläicht schonn e Rëss weiderentwéckelt oder goufen deelweis deforméiert, an dofir net zu hirem intakt oder komplett Form kann, wann se d'Nier aginn. Et ass, obschonn, gegrënnt ginn, datt d'Majoritéit vun Proteinen am Pipi fonnt extensiv deforméiert ginn [27]. Während eng intakt FAQ net fäheg sinn, kann wéinst hirer Gréisst oder Form, eng FAQ-ofgeleet peptide duerch d'glomerulus ze filteren kann einfach duerch d'podocyte Schlitzer Ugrëff. Als Resultat, ass de molekulare Gewiicht vun der intakt FAQ engem Net-Faktor an en wann d'FAQ Pipi excretory ass. VerfÜgung soll Et feststellen dass Pipi excretory Proteinen an secreted Proteinen puer gemeinsam Charakteristiken als eng vun den deelen benotzt Fonctiounen Blutt-secreted Proteinen an eiser leschter Etude [10] huet sech ausgewielt an der Duerchfall Infektioun FAQ Cepheid an dëser Etude ze identifizéieren. Zum Beispill, Funktiounen wéi Léisungsmëttelbad, Zougänglechkeet, Polaritéit, an Signal peptides sech zu zwee classifiers abegraff. Mä et ass eng kloer Differenz tëschent der an déi zwee classifiers benotzt Fonctiounen. Iwwerdeems Funktiounen wéi Beta-staarkt-Inhalt, Fonctiounen mat Beta-Faass transmembrane FAQ a FAQ Verhältnis assoziéiert, TatP Motif, transmembrane Domän, FAQ Gréisst, an déi längsten Venen Regioun ënnert d'Top Fonctiounen huet fir Cepheid vun Blutt-secretory Proteinen [10 ], huet si an der Finale Fonctiounen fir den Duerchfall Infektioun FAQ Cepheid net abegraff. Desweideren, fir positiv Vitesse Zesummenhang Fonctiounen, wéi d'Zesummesetzung vun positif Aminosaier Saieren reprochéiert, sech groussarteg an Duerchfall Infektioun FAQ Cepheid awer net zu der Blutt secretion Cepheid ausgewielt. Den Zerfall, huet den alpha-Wendel-Contenu an der coil-Inhalt vun Proteinen ënnert d'Top Fonctiounen fir Duerchfall Infektioun FAQ Cepheid, mä si waren net fir d'Blutt-secretory FAQ Cepheid ausgewielt. Et ass interessant, dass am Géigesaz zu der Opklärung ze notéieren dass Beta-strands eng gemeinsam Secondaire Struktur Typ ënnert d'Blutt secretory Proteinen sinn, Duerchfall Infektioun Proteinen éischter héich alpha-Wendel an coil Inhalt ze hunn, wat beweist, datt d'Duerchfall Infektioun Proteinen besëtzen Eegeschafte net gedeelt vum Blutt secretory Proteinen am Allgemengen. VerfÜgung b. Leeschtung vun der classifier VerfÜgung Fir d'Richtegkeet vun der Finale classifier bestëmmen, mir ginn et op en onofhängegen Test Formatioun, déi experimentally validéiert Pipi excretory Proteinen vun 460 besteet an 2.148 Net-Pipi excretory Proteinen. Eis classifier huet seng Cepheid Empfindlechkeet a Spezifizitéit op dëser onofhängegen Test Formatioun bei 0,78 an 0.92 bzw. (Table 1). VerfÜgung Mir si dann der classifier op der 163 aus dem 274 Proteinen op der Pre-feieren antibody fixen lackeleg (kuckt Method), fir deen d'excretory Zoustand war onbekannt. Vun der 163 Proteinen, goufen 112 Proteinen virausgesot Pipi excretory vun eiser classifier gin. Gemooss goufen d'Leeschtungsfähegkeet vun dëser Cepheid, antibody lackeleg-baséiert Experimenter op 14 Pipi Echantillon gehaal, siwen aus gesond Persounen a siwen aus gastric Kriibs Patienten. Vun der 112 virausgesot Pipi-excretory Proteinen, 92 goufen an op d'mannst een vun den Pipi Echantillon (Table S6), wou ee positiv Cepheid Taux vu 0,81, fonnt, déi mat der Leeschtung Niveau op den éischten Test Formatioun konsequent ass. VerfÜgung et ass ze bemierken, dass een begrenzten Dauer vun dëser classifier ass, datt e puer Proteinen kéint deelweis deforméiert goufen ier an Pipi excreted Wiesen oder am Pipi, zécken schwéier fir eis classifier z'entdecken sou geformt peptides wéi et op ganz intakt Proteinen trainéiert huet. Dëse Problem wäert an der Zukunft duerch deriving Fonktioun Wäerter baséiert op der eigentlecher Proteinen /peptides zu virdrun Duerchfall Infektioun proteomic Studien identifizéiert Déclaratioun ginn anstatt hir entspriechend voll-Längt Proteinen wéi an dësem Studium gemaach. Iwwerdeems et kloer Sall fir weider Verbesserung ass, sinn d'Cepheid Resultater vun der aktueller classifier héich erfreelech. VerfÜgung c. Uwendung vun classifier zu gastric Kriibs Donnéeën VerfÜgung Eis virdrun Etude op 160 baut vun microarray Gentherapie-Ausdrock Donnéeën vun gastric Kriibs huet 715 differentially ausgedréckt Genen mat op d'mannst 2-fantastesch Ännerungen am gastric Kriibs identifizéiert versus Fir (ech), hunn mir duerchgefouert fonctionnell an Passerelle Beräicherung Analysë op all déi 201 Proteinen den DAVID benotzt [20 ] an KOBAS [21] Serveren, bzw.. Mir hunn erausfonnt, datt d'beräichert funktionell Gruppen der extracellular Matrixentgasung abegraff (ECM), Zell Haftung, an Entwécklung, Zell motility, Ofwier Äntwert, angiogenesis, déi all zu der Entwécklung vun oder an Ofwier vun Kriibs (Dorënner S1A) Équipe gin sinn bekannt. De stäerkste beräichert Weeër sech ECM-receptor Interaktioun an inorganic ioun Transport an ukuerbelt Édouard (Dorënner S1B) VerfÜgung Déi folgend Critère benotzt gouf d'Lëscht vun 201 Proteinen fir Schrëtt (II) ze reduzéieren - (III):. hunn de Proteinen net gemellt gi fir all Kriibs baséiert op eise grousse Literatur Sich VerfÜgung Zesummenhang ze ginn, déi klammen op 71 Proteinen gëtt. D'Lëscht war weider baséiert op engem Précoce-ausgewielt cutoff op Ënnerscheed Ausdrock a funktionell configuréieren (potentiel relevant ze gastric Kriibs anstatt immun Äntwerte) reduzéiert. VerfÜgung d. Endothelial lipase ass am Pipi Echantillon vun gastric Kriibs Patienten VerfÜgung méi reduzéiert Mir hate sechs Proteinen (MUC13, COL10A1, AZGP1, LIPF, MMP3, an EL) fir experimentell Confirmatioun vun den uewe gemaach erof setzen. Fir dat maachen, hu mir Pipi Echantillon vun 21 gastric Kriibs Patienten an 21 gesond Persounen gesammelt. Vun de sechs ausgewielte Proteinen, fënnef Proteinen, MUC13, COL10A1, LIPG, AZGP1, an EL sech duerch Western blots an op d'mannst ee Pipi Prouf fonnt. Out vun de fënnef, MUC13, COL10A1, an EL sech och bei engem Héich Quantitéit vun der total Duerchfall Infektioun Proteinen (1-2 μg) fonnt. MMP3 war net an der Echantillon fonnt mir getest, déi am Pipi oder eng falsch Cepheid vun eiser classifier zu der niddreg Konzentratioun vun MMP3 wéinst kann. VerfÜgung Et ass virun allem interessant ze notéieren, datt mir kënnen sech konsequent Differenzen ze erkennen an der EL Iwwerfloss (encoded vun LIPG VerfÜgung) tëscht der zwee vun 21 Pipi Echantillon. De Western blots fir EL weisen eng substantiell Reduktioun vun hiren Heefegkeet vun Pipi Echantillon vun der 21 gastric Kriibs Patienten am Verglach zu der Kontroll Echantillon. Als zu Dorënner 2A gewisen, huet d'Majoritéit vun der Kontroll Echantillon vun EL der Präsenz, wobäi déi meescht vun de gastric Kriibs Echantillon relativ héich Zommen vun EL haten. Dat schielt sech ëmmer observéiert VerfÜgung D'molekulare Gewiicht vun dëser FAQ alles ass 68 kDa ginn [28]. also, ass en Homo-dimer erwaart 134 kDa gin. An der Western blots Ee, goufen Bands op nieft 100 kDa fonnt. Dëst entsprécht wahrscheinlech un engem deelweis eenalecn Homo-dimer, eng aktiv Form vun deem vun engem fréiere Etude confirméiert gouf [29], obwuel d'Méiglechkeet vun enger monomeric Form vun EL mat aneren FAQ verbonne kann net eraus flitt ginn. http://csbl.bmb.uga.edu/~juancui/Publications/GC2009/Additional_material.pdf. Aféierung VerfÜgung
Method VerfÜgung
-value vun der observéiert K Ausgang VerfÜgung ass manner wéi 0,05. Benotzt dëse Critère, goufen am Ganzen 715 Genen fonnt an gastric Kriibs ganze all Mënsch Genen differentially ausgedréckt gin, an d'Nimm vun den 715 Genen, zesumme mat der Applikatioun K Ausgang VerfÜgung a p VerfÜgung -values, sinn zu Table S4 entscheet. Eng detailléiert Etude vun der microarray Donnéeën ass soss gemellt [19]. VerfÜgung Resultater an Diskussioun VerfÜgung
Kontroll Otemschwieregkeeten Echantillon [19]. Iwwerdeems ët wier proteomic Daten vun der Otemschwieregkeeten Echantillon ze hunn, hunn mir just Gentherapie-Ausdrock Donnéeën an dëser Etude sinn. Dofir, ugeduecht Donnéeën Gentherapie Ausdrock wéi eng Upassung un d'FAQ Ausdrock vun dëser Methodik-konzentréiert Etude benotzt. Eis classifier war fir dësen 715 Proteinen applizéiert, an et virausgesot, dass 201 vun den 715 Proteinen sinn Pipi excretory. Table S7 stellt de detailléiert Informatiounen vun der 201 Proteinen. Well et verlaangt ass all de 201 Proteinen an dëser Etude ze kontrolléieren, ob se Pipi excretory sinn oder net, Analysë waare dëser Lëscht ze limitéieren. Speziell, hun mir de folgenden Enovos: (ech) fonctionnell an Passerelle Beräicherung Analysë e bessert Verständnis vun der Zorte vu Proteinen präsent an Pipi ze gewannen, (II) Literatur Sich op Duerchfall Infektioun Proteinen Informatiounen iwwer publizéiert Duerchfall Infektioun Bewaacher Proteinen ze sicht, ( III) der Gentherapie Ausdrock Donnéeën waat Genen ze protégéieren, datt si net méi differentially tëschent Kriibs an Kontroll Otemschwieregkeeten Echantillon ausgedréckt; an (IV) Western blots op Proteinen vun engem Rapprochement verwandelt Lëscht vun den 201 Proteinen an dëse Match gaangen. Dës Prozedur huet eng héich Succèstaux an Nerve eng interessant Decouverte vun Potential uweist fir gastric Kriibs. VerfÜgung
doi:10.1371/journal.pone.0016875.s005
(XLS)
Table
Ëmgank mam Reizbaren Darm Syndrom
Studie verbënnt fermentéiert Geméisverbrauch mat enger gerénger COVID-19 Mortalitéit
Botzprodukter kënnen de Risiko fir Asthma vun der Kandheet fanne fënnt Studie
Darmbakteriell Profil kann den Darmschued no der Radiotherapie viraussoen
Länner mat eelere Populatiounen hu méi héich SARS-CoV-2 Infektiounen an Doudesfäll,
Gutt Immunzellen kéinte verantwortlech si fir de Stoffwiessel Ännerungen fënnt Studie
COVID-19:Wéi gesäit d'Krankheet aus
Mat ëmmer méi Informatioun iwwer COVID-19 Krankheet aus éischter Hand gesammelt, e méi genau Bild vun de klineschen Features kënnt zesummen. Wéi COVID-19 presentéiert Also wéi fänkt et un? Staatsd
Eng Multi-Omics Approche fir d'Entwécklung vun Drogen géint COVID-19
Eng nei Studie verëffentlecht um Pre -Print Server medRxiv* am Mee 2020 bericht eng Multi-Omics Approche déi et méi einfach maache kann Drogen zentwéckelen déi effektiv géint COVID-19 sinn. Multi-Om
Allergien verbonne mat méi héije Junk Food Konsum,
proposéiert nei Studie Vill Liewensmëttelallergien aus der Kandheet kënne wéinst dem Junkfood iessen, no enger neier Etude. Kanner mat Liewensmëttelallergien, a Kanner déi vill Junk Food iessen, hu Ki