Polygen risikoscore fra flerpopulasjonsdata kan forbedre IBD-spådommer

Ved å bruke genetiske data fra nesten 30, 000 mennesker, Mount Sinai -forskere har bygd risikopoeng fra en kombinasjon av datasett som representerer forskjellige forfedrepopulasjoner som forbedrer prediksjon av risiko for inflammatoriske tarmsykdommer (IBD) inkludert Crohns sykdom og ulcerøs kolitt. Studien ble publisert i Gastroenterologi den 24. desember.

Forskerne fant at polygen risiko, bygget ved hjelp av assosiasjonsdata fra flere populasjoner i Mount Sinais multi-etniske BioMe Biobank, maksimerte IBD -spådommer for hver befolkning i biobanken. BioMe er en systemomfattende innsats ved Mount Sinai som revolusjonerer diagnosen og klassifiseringen av sykdommer i henhold til pasientens molekylære profil.

Studien viste at risikoresultater beregnet ut fra integrering av data signifikant forbedret spådommene blant personer med europeisk, Ashkenazi jødisk, og latinamerikanske aner i BioMe, så vel som europeiske enkeltpersoner i Storbritannias biobank, som inneholder biologiske og medisinske data om en halv million mennesker mellom 40 og 69 år som bor i Storbritannia. Forutsigbarhet var lavere for pasienter med afrikansk aner, sannsynligvis på grunn av vesentlig mindre referansedatasett og vesentlig større genetisk mangfold innen populasjoner av afrikansk avstamning.

Evnen til å nøyaktig forutsi risiko for genetisk sykdom hos individer på tvers av aner er en kritisk metode som kan påvirke pasientens utfall positivt, ettersom tidlige tiltak og til og med forebyggende tiltak blir vurdert og utviklet. Disse funnene støtter et behov for større genetisk mangfold, inkludert flere data om afroamerikanske befolkninger, for å forbedre spådommer om sykdomsrisiko og redusere helseforskjeller for alle populasjoner. "

Judy H. Cho, MD, Atudys seniorforfatter, Dekan for oversettelsesgenetikk og direktør for Charles Bronfman Institute for Personalized Medicine, Icahn School of Medicine, Mount Sinai

Disse polygeniske risikoskårene-representerer et estimat av total risiko basert på summen av en persons mange, for det meste vanlig, genetiske varianter-ble beregnet ved bruk av IBD-assosiasjonsdata fra kohorter med europeiske, Afroamerikansk, og Ashkenazi jødisk bakgrunn.

I tillegg forskere vurderte sjeldne varianter i gener assosiert med veldig tidlig IBD i hver populasjon og fant at afroamerikanske bærere av uvanlige LRBA-varianter viste redusert uttrykk for både proteiner LRBA og CTLA-4. LRBA-mangel øker mottakeligheten for IBD og resulterer i lavere CTLA-4-uttrykk, som kan reverseres med det vanlig foreskrevne malaria -legemidlet klorokin. Fremtidige studier av Cho Laboratory vil fokusere på å forutsi hvilke undergrupper av pasienter som kan ha fordeler av å målrette denne veien.

"Siden senket LRBA- og CTLA-4-uttrykk kan føre til IBD, det er oppmuntrende at klorokin delvis kan gjenopprette uttrykket, "sier studiens første forfatter Kyle Gettler, PhD, postdoktor ved Institutt for genetikk og genomisk vitenskap ved Icahn School of Medicine på Mount Sinai.

• Studie identifiserer effekten av underernæring på pasientens overlevelse etter hjerteoperasjon
• Fase 2/3 COVID-19-studie evaluerer sikkerhet,