Pozadie
receptor epidermálneho rastového faktora (EGFR), gén má kľúčovú úlohu v nádorovej prežitie, invázie, angiogenézy a metastatické šírenie. Nedávne štúdie ukázali, že rakovina žalúdka (GC) bola spojená s polymorfizmom génu EGFR a vplyvy prostredia, ako sú faktory životného štýlu. V tejto štúdii bolo sedem známych SNP v EGFR exónov boli skúmané v čínskom vysoko rizikovej populácie v provincii Jiangsu otestovať, či genetické varianty EGFR exónov a životný štýl sú spojené so zvýšeným rizikom GC.
A case-control štúdie nemocnice na báze bola vykonaná v provincii Ťiang-su. Výsledky ukázali, že fajčenie, pitie a preferencie pre slané potraviny boli významne spojené s rizikom GC. Rozdiely života u mužov a žien by mohlo byť z dôvodu vyššieho výskytu u mužov ako u tých, u žien. Sedem exónu SNP boli genotyp rs2227983, rs2072454, rs17337023, rs1050171, rs1140475, rs2293347 a rs28384375. Bolo zistené, že variantné alela rs2072454 T a TT genotyp boli významne spojené so zvýšeným rizikom GC. Je zaujímavé, že náš výsledok navrhol ACAGCA haplotypu by mohlo byť spojené so znížením rizika GC. Avšak, žiadna významná súvislosť bola skúmaná medzi ďalšími šiestimi SNP a rizikom GC a to ako v celkovom počte obyvateľov a veku zodpovedajúce populáciu dokonca s rozdielmi medzi pohlaviami.
Fajčenie, pitie a preferencie pre slané potraviny boli významne spojené s rizikom GC v provincii Jiangsu s rozdielmi medzi pohlaviami. Aj keď len jeden SNP (rs2072454) bol významne spojené so zvýšeným rizikom GC v kombinácii šiestich EGFR exon SNP spolu môžu byť užitočné pre predpovedanie rizika GC
Citácia :. Zhang J, Zhan Z, J Wu , Zhang C, Yang Y, Tong S, et al. (2013) Združenie medzi polymorfizmy v géne EGFR exónov, životný štýl a riziká rakoviny žalúdka s rozdielmi medzi pohlaviami v čínskej Han predmetov. PLoS ONE 8 (3): e59254. doi: 10,1371 /journal.pone.0059254
Editor: Eithne Costello, Liverpool Cancer Research UK Centre, Veľká Británia
prijatá: 19. september 2012; Prijaté: 13. februára 2013; Uverejnené: 29. marca 2013
Copyright: © 2013 Zhang et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané
Financovanie :. Táto štúdia bola podporená priority akademický program rozvoja Jiangsu vysokých škôl (papdi), Jiangsu Natural Science Foundation (BK2008461), Národná prírodná Science Foundation Číny (30973715 a 81001502), výskumného fondu pre doktorandské štúdium vysokého školstva Číny (20103237110011) mladí učitelia v Nanjing University of tradičnej čínskej medicíny. Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu
Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú
Úvod
Hoci obaja výskyt a úmrtnosť na rakovinu žalúdka (GC) poklesli v posledných rokoch GC bola štvrtou najčastejšou zhubný nádor na svete v roku 2008, s približne 989.600 nových prípadov. Muži všeobecne rozvíjať GC dvakrát tak často ako ženy a asi 72% nových prípadov sa vyskytuje v rozvojových krajinách. Všeobecne platí, že najvyšší výskyt v Ázii, najmä v krajinách východnej Ázie, ako je Kórea, Japonsko a Čína [1].
V skutočnosti sa vyskytujú takmer 40% všetkých prípadov GC v Číne, a tam je pozoruhodný geografické rozdiely v GC ceny po celej Číne [2]. Viac ako dve tretiny pacientov s diagnózou GC v Číne majú neodstrániteľným chorobu a medián prežitia šesť až deväť mesiacov. Okrem toho, u pacientov s nádormi operovaných, miestne a vzdialené frekvencie recidívy sú vysoké a miera prežitia 5 rokov, je nižší ako 30% [3]. Sun et al. V súčasnosti je všeobecne uznávané, že patogenéza GC zahŕňa multi-faktoriálový interakciu medzi environmentálnymi spúšťačov a genetickou predispozíciou. Epidemiologické štúdie zistili veku, rozdiely medzi pohlaviami a rad environmentálnych faktorov, ktoré môžu prispieť k rozvoju GC, vrátane slané strava, fajčenie, konzumácia alkoholu a Helicobacter pylori receptor epidermálneho rastového faktora gén (EGFR) sa nachádza v krátkom ramene ľudského chromozómu 7 a vytvára glykoproteín o molekulovej hmotnosti 170 kDa, ktorý má vysokú afinitu k jeho ligandov, vrátane epidermálneho rastového faktora (EGF) a transformačný rastový faktor alfa (TGF-α). EGFR sa podieľa na niekoľkých základných tumorigénny mechanizmov, ako je napríklad nádor prežitie, invázie, angiogenézy a metastatické šírenie. EGFR expresie bola pozorovaná v mnohých ľudských nádoroch, a niekoľko štúdií ukázali, že nadmerná expresia EGFR koreluje s zlou prognózou [11]. V GC, EGFR zvýšená expresia koreluje s pokročilým štádiom nádoru a zlým klinickým výsledkom [12]. Avšak, role, ktoré EGFR nadmerná expresia a genetické zmeny hrajú v žalúdočnej karcinogenéze zostávajú nejasné. Okrem toho sa zistilo, že len niekoľko jednonukleotidové polymorfizmy (SNP), spojiť s vývojom GC a výsledok [11], [13]. V tejto štúdii sme predpokladali, že expozície životného prostredia a rozdiely medzi pohlaviami pôsobí ako modifikátory účinok na pozadí genetickej variácie v EGFR, exóny, ktoré môžu mať vplyv na funkciu EGFR, a tým vytváranie GC citlivosť. Pre testovanie tejto hypotézy bola vykonaná štúdia nemocnica báze, v ktorom boli genotyp 387 prípadov GC a 392 s rakovinou bez kontroly na vysoko rizikové čínskej populácie za sedem známych SNP v EGFR exónov, a síce rs2227983 A > G, rs2072454 C > T, rs17337023 a > T, rs1050171 G > a, rs1140475 C > T, rs2293347 G > a, a rs28384375 T >. C materiáloch a metódach Nábor veciach a kontrolných účastníkmi Najprv 401GC prípadov a 420 kontrol boli identifikované; 3 prípady rakoviny nedostatkom dotazníkov, rovnako ako 11 nádory okrem adenokarcinóm boli vylúčení; 18 kontroly boli vylúčené biomarkerov spojených s nádorom nestriedmu séra a 10 kontrol boli vylúčené podľa geografickej odchýlky. Celkovo je celková populácia s 387 prípadov a 392 kontrol boli k dispozícii pre aktuálnu štúdiu na základe budúceho výkonu analýz, to je škoda, že ovládacie prvky sú asi o 10 rokov mladší ako prípadov, tak, vekovo zodpovedajúce populácie 294 prípadov a 294 kontrol bola extrahovaná z celkového počtu obyvateľstva na zber vekové párovanie. Všetky predmety boli geneticky nepríbuzný etnickí Han Číňania. Pacienti s primárnym GC sa regrutovali z katedry chirurgickej gastroenterológie v Jiangsu Provence nemocnice tradičnej čínskej medicíny (TCM) v období od januára 2008 do júla 2010 v Nanjing mesta, provincie Ťiang-su. Rakovinové bez zdravých kontrol boli postupne regrutujú z Jiangsu nemocnice TCM, a oni boli nemocničné návštevníkov za ročný check-up v rovnakom období. Aby mohla byť zahrnutá do štúdie, pacienti (a) samce alebo samice viac ako 20 rokov, ale mladší ako 80 rokov, (b) musel byť Han čínskej národnosti (self-hlásené), (c) pochádzalo z troch oblastí Jiangsu provincie a musel byť miestne obyvateľov po dobu najmenej 5 rokov (d) mal mať novo histopatologicky diagnostikovaná primárnej GC (e) musel postrádať predchádzajúcej zhubných nádorov v iných orgánoch, a (f) nemal protinádorovú liečbu pred náborom vrátane chemoterapiou a rádioterapiou. Vyškolených anketárov používa vopred testované dotazník pre zber epidemiologických údajov z účastníkov, konkrétne demografické faktory, ako je vek a pohlavie, a známych rizikových faktorov vedúcich k GC (ako je fajčenie, konzumácia alkoholu, a rodinnou anamnézou rakoviny zažívacieho traktu) , Jednotlivci, ktorí fajčili raz alebo viackrát denne po dobu viac ako rok boli definované ako fajčiarov, a tých, ktorí konzumujú tri alebo viac alkoholických nápojov týždenne po dobu dlhšiu ako 6 mesiacov, boli považované za chronické pijani [14], [15]. Po podpísaní informovaného súhlasu formy, každý predmet venoval 3-5 ml periférnej krvi, ktoré majú byť použité na extrakciu genómovej DNA. Výskum protokol bol schválený inštitucionálnu etickou komisiou Jiangsu Provence nemocnice TCM. A extrakcie kit komerčné krv DNA (AxyPrep-96 kit, Axygen, CA, USA) bol použitý na extrakciu genómovej DNA zo vzoriek krvi. Purifikovanej DNA boli skladované pri -20 ° C, kým neboli použité pre testovanie genotypu. Kvalita DNA bola stanovená elektroforézou na agarosovém gélu. Boli použité genotypu Polymerázová reťazová reakcia pre detekciu ligační reakcie (PCR-LDR) metódy pre genotypizáciu [16]. Primery boli syntetizované Shanghai Sangon biologickej strojárenskej technológie a služieb (No.698, Xiangmin Rd, Songjiang District, Shanghai, Čína). Každá sada detekčných sond ligázu reakčných skladá jeden spoločný sondy a dva obsahujúcich diskrimináciu sondy pre dva typy (tabuľka S1). cieľovej DNA sekvencie boli amplifikované za použitia multiplexové metódy PCR. PCR pre každého pacienta boli vykonávané v konečnom objeme 20 ul s obsahom 1 x PCR pufer, 3,0 mmol /l MgCl 2, 2,0 mmol /l deoxynukleotid-trifosfáty, 1 ul priméry, 0,2 ul Qiagen HotStarTaq polymerázy (QIAGEN, Čína ), 4 ul 1 x Q-roztoku a 10 až 20 ng genomickej DNA. Tepelné cykly bolo vykonávané po dobu piatich SNP (rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs2293347 a rs2072454) v systéme Gene Amp PCR 9600 (PerkinElmer) s počiatočnou denaturácia po dobu 15 min pri 95 ° C, nasledovalo 35 cyklov denaturácie pri 94 ° C po dobu 30 s, žíhanie pri 59 ° C počas 1 min a predĺženie pri 72 ° C po dobu 1 min, s následným konečným predĺžením pri 72 ° C počas 7 minút. Protokol pre amplifikáciu rs28384375 pozostával z počiatočnej denaturácie počas 15 min pri 95 ° C, nasledovalo 35 cyklov denaturácie pri 94 ° C počas 30 sekúnd, teplotná hybridizácia pri 56 ° C po dobu 1 minúty a predĺženie pri 72 ° C po dobu 1 minúty , nasleduje konečné predĺženie pri 72 ° C počas 7 minút. Protokol pre rs1050171 pozostával z počiatočnej denaturácie počas 15 min pri 95 ° C, nasledovalo 35 cyklov denaturácie pri 94 ° C počas 30 s, Annealing pri 53 ° C po dobu 1 minúty a predĺženie pri 72 ° C po dobu 1 minúty, nasleduje konečné predĺženie pri 72 ° C počas 7 minút. ligační reakcie pre každého pacienta bola vykonávaná v konečnom objeme 10 ul s obsahom 1 x NEB Taq DNA LIGÁZA pufra, 12,5 pmol každého zmesi sondy 0,05 ul Taq DNA Ligas [neb Biotechnology (Peking)], a 1 ul multi-produktu PCR. Sekvencie sond sú uvedené v tabuľke S2. Celkovo bolo vykonané 35 cyklov sa skladá z 95 ° C po dobu 2 minút, 94 ° C počas 30 s a 60 ° C po dobu 2 min. Fluorescenčné produkty týchto reakcií detekčných ligázu boli rozlíšené pomocou ABI sekvenátoru 377 (obr S1). Potvrdiť správnosť metódy PCR-LDR genotypu, bolo vykonané priame sekvenovanie DNA z náhodne vybraných produktov PCR. Podiel vzoriek sekvenovania bola asi 5%. Výsledky PCR-LDR genotypizácia ukázal úplný súhlas s priamymi výsledkami sekvencovania DNA. Všetky štatistické analýzy boli vykonané pomocou SPSS verzie softvéru 16.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Pre porovnanie pozorovaných frekvencií genotypov v kontrolnej skupine sa očakávanej frekvencie, je rovnováha Hardy-Weinberg (HWE) bola testovaná na dobro-of-fit × 2-testu. Prípady a kontroly boli porovnané z hľadiska demografických charakteristík, faktory životného štýlu a allele frekvenciami každého SNP pomocou χ 2 Výsledky Charakteristika študijných predmetov vlastnosti týchto študijných odborov boli v súlade s predtým popísaným [17] [18]. V tomto článku, celkový počet obyvateľov s 387 prípadmi a 392 kontrol a vekovo zodpovedajúce populáciu s 294 prípadov a 294 kontrol boli zahrnuté do súčasných analýz. Pohlavie, vek a geografické rozloženie región študijných predmetov sú uvedené v tabuľke 1. Ak chcete skúmať rozdiely vo výskyte GC medzi mužmi a ženami, že rozdelenie vybraných premenných životného štýlu boli analyzované rozdiely medzi pohlaviami. Výsledky ukázali, že šesť faktory životného štýlu (teda pravidelne užívajú jedla, preferencie pre slané potraviny, jesť čas, fajčenie, stav pitie a raňajkoval) boli významne korelované s rizikom GC, a ich účinky by mohli byť zmenené podľa pohlavia a vek. Štyri faktory životného štýlu, to znamená, preferencie pre slané potraviny, stravovanie čas, fajčenie a stavu pitie, boli významne odlišné medzi mužmi a ženami ( P Hotel < 0,05) (tabuľka 2). Bolo zistené, že percentuálny podiel mužov nesúcich nezdravé stravovacie návyky, ako je napríklad preferencie pre slané potraviny, krátky čas jedlom, fajčením a pitím, boli významne vyššie ako u samíc ( P Hotel < 0,05), ktoré by mohli byť z dôvodu vyššieho výskytu u mužov ako u tých, u žien. V celkovej populácii, pravidelne brať jedlo a raňajkuje znížilo riziko ženskej GC, zatiaľ čo pitie môže zvýšiť riziko vzniku mužskej GC (tabuľka 3). Okrem toho, ako preferencie pre slané potraviny a fajčenie zvyšuje riziko mužského a ženského GC ( P Hotel < 0,05). Podobné výsledky boli zistené aj po vekovej párovanie, ktoré pravidelne užívajú jedla znížil riziko GC a preferencie pre slané potraviny a fajčenie zvyšuje riziko samčích aj samičích GC ( P Hotel < 0,05, tabuľka 4). Boli tu však dve výnimky, ktoré bolo pitie zvyšuje riziko mužského GC ( P Hotel < 0,05), ale nie ženská GC ( P Hotel > 0,05), pravdepodobne z dôvodu obmedzeného samicu obyvateľov, zatiaľ čo denné jedlo raňajky znížilo riziko ženskej GC ( P Hotel &0,05), ale nie samčie GC ( P Hotel &0,05) (tabuľka č. 4) genotypu Distribúcia a riziko GC v tejto štúdii, bol detekovaný iba T alela missense lokuse rs28384375. Čo sa týka šiestich zvyšných SNP, pozorované genotyp kmitočty v kontrolách boli v HWE. Vzhľadom k tomu, žiadna štatistická významnosť bola stratená, len bolo ukázané upravené štatistické výsledky v tabuľkách. V celkovej populácii, asociácia medzi distribúciou EGFR génu alel, genotypov a riziko GC bolo ukázané v tabuľke 5. bol pozorovaný iba nepatrný rozdiel, pokiaľ ide o distribúciu alel z rs2072454 ( χ 2 vekovo zodpovedajúce populácie, asociácia medzi distribúciu alel génu EGFR, haplotypu a riziko GC bola uvedené v tabuľke 6. významný rozdiel bol pozorovaný, pokiaľ ide o distribúciu alel ( χ 2 Ak chcete vylúčiť vplyv na životné prostredie, sme skúmali súvislosť medzi potenciálnymi tromi SNP GC súvisiace a rizikom GC v populácii vekovo zodpovedajúcej nesúci zdravého životného štýlu (tabuľka 7). Jeden zreteľný rozdiel bol skúmaný z hľadiska rozloženia genotypu rs2072454 ( χ 2 exónov nielen kódujú aminokyselinovú sekvenciu proteínu, ale tiež obsahujú sekvencie, ktoré majú vplyv na preklad alebo mRNA degradácia [19]. Lokusy boli spojené a podrobené analýze haplotypu odvodenie pomocou programu PHASE 2.0. Boli tam štyri možné haplotypu v celkovej populácii a tri možných haplotypu v populácii vekovo zodpovedajúce, s frekvenciou > 4% (tabuľka 8, tabuľka 9). V porovnaní s GTTGCG haplotypu, logistická regresia analýzy ukázali, že ACAGCG haplotypu bolo spojené s výrazne znížila riziko GC (OR = 0,67, 95% CI = 0,49 až 0,92, P Hotel &0,05 upravené na vek, medzi pohlaviami a faktormi životného štýlu) v celkovej populácii (Tabuľka 8) skôr než vekovo zodpovedajúce populácie (OR = 0,83, 95% CI = 0,58 až 1,19, P Hotel > 0,05 očistená o veku, pohlaví a životný štýl faktory) (tabuľka 9). Ostatné haplotypu boli spojené s významne znížila riziko GC (ďalej upravená OR = 0,69, 95% CI = 0,52 až 0,90 u celkovej populácie; byť upravená OR = 0,74, 95% CI = 0,56-, 99 pre populáciu vekovo zodpovedajúce). V porovnaní s ACAGCG haplotypu je ACAACG by mohla znížiť riziko GC (OR = 0,61, 95% CI = 0.40-0.94 upravenú o veku, pohlaví a životný štýl) v celkovej populácii, ale P Diskusia Aj keď veľký počet nových prípadov GC bol videný po celom svete v posledných desaťročiach presný mechanizmus základné žalúdka karcinogenity sú zatiaľ nie je úplne objasnený. Podobne ako v predchádzajúcom výskume [20], [21], náš výsledok ukázal, že muži majú všeobecne vyvíja GC dvakrát tak často ako ženy v Číne. Bolo navrhnuté Michael a kol. vadí výskumy naznačujú, že vysoký príjem soli (sodíka) by mohlo zvýšiť riziko GC [21], [ ,,,0],24] - [26]. To bolo tiež dokladá naše pozorovania, že pacienti GC v provincii Ťiang-su boli preferencie pre slané potraviny, ako je mäso solené, nakladané zeleniny a nakladané zeleninové šťavy, ktoré by mohli byť kontaminované N-nitrózo zlúčenín. Avšak, N-Nitrozozlúčeniny boli najčastejšie navrhované vo vzťahu k zvýšenému riziku horným gastrointestinálne rakoviny [27]. Pitie a fajčenie, ďalšie dva dominantné rizikové faktory pre GC vo svete [28], boli tiež skúmané v tejto štúdii. Našli sme významnú súvislosť medzi pitím a rizikom GC v provincii Jiangsu. Bolo to dôkaz o laboratórne štúdie, že fajčenie by mohlo zvýšiť apoptózu u potkanov žalúdočnej sliznice zvýšením XO aktivity [29], a alkohol mohol tiež ovplyvniť sekréciu kyseliny, vyprázdňovanie žalúdka a niektorých chorôb typu príbuznou kyseline, ako je napríklad gastritída sprevádzaná poškodenia žalúdočnej sliznice, a nasledujúce zápalová reakcia na oplátku podporovať žalúdočné proliferáciu a diferenciáciu buniek [30]. V tomto procese, sú N-Nitrozozlúčeniny a mykotoxíny z nejakej slanej jedlo môže vyvolať mutácie v géne pre [31], [32], čím sa preferencie pre slané potraviny môže byť pôvodné riziko GC. A dôkaz ukázal na spojenie s dráhach zapojených do vývojových procesov [33]. Kľúčové molekuly týchto dráh boli receptorové tyrozínkinázy, ktoré sa ukázali ako aberantne aktivované alebo nadmerne exprimovaný v rôznych nádoroch, a preto predstavujú sľubné ciele pre terapeutické intervencie [13]. EGFR bol jedným z kľúčových molekúl , a mnoho línií dôkazov naznačuje, že vysoko invazívne GC je spojený s aberantne aktiváciu alebo nadmernú aktiváciu EGFR v dôsledku amplifikácie génu alebo stavebných úprav [13]. Veľmi nedávno, case-control štúdie 61 prípadov a 20 kontrol v provincii Che-nan, ktorá sa nachádza v strednej Číne, ukázal, že EGFR rs28384375 C /T polymorfizmus môže podporovať vznik a vývoj GC [34]. Okrem toho ďalšie case-control štúdie 138 prípadov a 170 kontrol v provincii Ťiang-si, ktorý sa nachádza v juhovýchodnej Číne, bolo zistené, že EGFR rs763317 G /A polymorfizmus môže spájať so zvýšeným rizikom GC [35]. EGFR je rastový faktor, receptor tyrozín kinázy a patrí do receptor tyrozín kinázy superfamily, ktorej členovia sú charakteristické extracelulárnej domény (kde väzba ligand ligandy koná), krátke lipofilný transmembránovej domény a intracelulárnej domény, ktorá prechováva na tyrozínkinázy činnosť [36]. EGFR môže byť aktivovaný viazať ligandy, ako je EGF a TGF-a, a hrá kľúčovú úlohu vo vývoji, proliferácie a diferenciácie. Aktivácia EGFR môže prispieť k transformácii bunkových fenotypov a poskytnúť nádorové bunky s podstatnými rast a prežívanie výhod [37]. Mnoho ľudských nádorov vykazujú EGFR zvýšenú expresiu, ktorý je v korelácii s pokročilom štádiu nádoru alebo zlým klinickým výsledkom, ako je non-malobunkovým karcinómom pľúc [38], kolorektálneho karcinómu [39], rakoviny prsníka [40], rakoviny hlavy a krku [ ,,,0],41], rakoviny močového mechúra [42], a GC [43]. v súčasnosti rastie záujem o SNP mutácie v EGFR, vzhľadom k tomu, že by mohli mať vplyv na účinnosť inhibítora EGFR tyrozínkinázy (TKI) spracovanie v rôznych rakoviny [44], kolorektálneho karcinómu [39], nemalobunkový karcinóm pľúc [45], GC [46] - [49]. Je dobre známe, že exóny nielen kódujú aminokyselinovú sekvenciu proteínu, ale tiež obsahujú sekvencie, ktoré majú vplyv na preklad alebo mRNA degradácia [19]. Tak, EGFR exon SNP môže ovplyvniť EGFR génovú expresiu a /alebo aktivitu proteínu, a tým meniť afinitu EGFR za to, že iba jeho ligandov, ale tiež pre protinádorová činidlá, ktoré sa zameriavajú na tento proteín. V skutočnosti, Puyo et al. v tejto štúdii, šesť exóny SNP v EGFR boli mierne spojené s rizikom GC a to ako v celej populácii a veku zodpovedajúce populáciu aj s pohlavím rozdiely. Bolo konštatované, že rs2072454 SNP boli významne spojené s rizikom GC. Najmä variant rs2072454 T alela a TT genotyp boli spojené so zvýšeným rizikom GC. Avšak, rs2227983, rs17337023, rs1050171 a rs1140475 SNP netýkali s rizikom GC. S ohľadom na missense locus rs28384375, len T alela bola zistená u prípadov a kontrol. Veľa správ navrhol, že niektoré EGFR SNP, vrátane rs2227983 (označený aj ako Arg521Lys alebo R497K) [39], [52], [53], rs1050171 (tiež označený ako Q787Q) [54], [55] a rs2293347 (C2982T) [ ,,,0],56], boli častejšie postihuje biologického správania nádorov (ako je nádorový rast, invázia, metastázy, a progresiu) ako definovať náchylnosť k rozvoju rakoviny. Vzhľadom k tomu, EGFR, kľúčovým mediátorom angiogenézy, môže regulovať jeho cieľových génov, ako sú VEGF, ktoré môžu priamo ovplyvňujú biologické správanie nádoru. Tieto výsledky by tiež vysvetľovalo, prečo môže EGFR SNP slúžiť ako hlavný determinanty reakciu na EGFR TKI na báze chemoterapie [11]. Preto tieto génové mutácie môžu udeliť zložitosť a rozpaky pre liečbu GC a prežitie [57]. Keď Puyo et al Niekoľko obmedzenia v tejto štúdii je potrebné riešiť :. 1) jeho veľkosť vzorky nemuselo byť dostatočne veľký pre detekciu SNP s nízkou frekvenciou varianty, ako je napríklad rs28384375; 2) polymorfizmy, ktoré boli skúmané v rámci tejto štúdie boli vybrané na základe ich účinkov na funkciu EGFR a nesmie podať ucelený pohľad na genetickej variability v EGFR exónov; 3) podrobné informácie o prípadoch, GC sa nevyberá, vrátane prežitie pacienta, či boli nádory čreva alebo difúzna typ, či existuje metastáz, a to, čo je účinok liečby drogovej závislosti. Na záver, Táto štúdia naznačila, že rozdiely v životnom štýle mužov a žien by mohlo byť z dôvodu vyššieho výskytu u mužov ako u tých, u žien. Aj keď len jeden SNP (rs2072454) bol významne spojené so zvýšeným rizikom GC, kombinovanej analýze ďalších šiestich EGFR exon SNP spolu môžu byť užitočné pre predpovedanie rizika GC. Ďalšie štúdie sú oprávnené stanoviť tieto poznatky a riešiť základné mechanizmy. Poďakovanie Sme si vedomí, majster Jingyi wang a Haixia Xu pre pomoc pri izolácii DNA.
[4] zhodnotila vplyv GC na čínskej populácie podľa epidemiologické analýzy jeho distribúciu úmrtnosti od roku 1990 do roku 1992, výsledky ukázali, že GC bol hlavnou príčinou úmrtnosti súvisiacej s rakovinou v Číne .
infekcie [5] - [8] , Ďalšie štúdie identifikovali hostiteľských faktory a genetické zmeny, ktoré hrajú dôležitú úlohu v rozvoji a progresii GC prostredníctvom interakcií medzi génmi a prostredím [9], [10].
genómovej DNA Izolácia z buniek periférnej krvi
Štatistické analýzy
-test. Pre každý polymorfizmus, vzájomné pomery (OR) a 95% intervalu spoľahlivosti (CI) boli vypočítané z podmienených logistických regresných modelov k odhadu hlavný účinok každej polymorfizmus GC pri nastavovaní pre kontinuálne faktorov veku, pohlavia a životný štýl. Logistická regresnej analýzy využívajúce hlavné alely ako referencia boli použité pre odhad upravené NR, 95% KI a
hodnoty P. Avšak sme zistili, že premenná pohlavie a vek nezodpovedali predpokladu proporcionality. Tak, stratifikácia pohlavia a veku porovnávanie boli použité na meranie NR a 95% SNS. Pri variantoch životného štýlu, ktoré vykazovali významné vzťahy s GC pri analýzach kontrolovaných na vyrovnanie iba faktorov, sme ďalej hodnotiť ich nezávislosť pri analýzach upravených pre ďalšie potenciálne confounders (tj fajčenie, pitie, slaný potravy, stravovanie času a raňajkuje) vo vekovej párovanie populácia. A fázové softvérový balík verzia 2.0 bola použitá na odvodenie haplotypu frekvencie vychádzajú zo sledovaných EGFR genotypov. Všetko P
hodnoty boli obojstranné a P
hodnota. ≪ 0,05 bola považovaná za štatisticky významnú
= 3,844, P =
0,050), a logistické regresnej analýzy sa zistilo, že variant tejto alely môže byť spojená s rizikom GC (upravený OR = 1,23, 95% CI = 1.00-1.50). Avšak, pokiaľ ide o distribúciu alel žiadne významné rozdiely medzi prípadmi a kontrolami boli pozorované rozdiely medzi pohlaviami. Rs2293347 polymorfizmus bol spojený s mužskými prípadoch GC, pretože 73,0% prípadov GC niesol G alely v porovnaní s 29,5% kontrol zdravia (upravený OR = 6,45, 95% CI = 4.89-8.51, P Hotel < 0,001 ), ale žiadna genotypy boli významne spojené s rizikom GC. V opačnom ženskej populácie GA genotyp by mohla znížiť riziko ženskej GC a to z 34,5% prípadov GC nesúcich GA genotyp v porovnaní s 38,9% kontrol zdravie, ale žiadne významné rozdiely medzi distribúciu alel a genotypov frekvencie ( P Hotel &0,05). Okrem toho žiadne významné rozdiely boli skúmané pri ostatných štyroch SNP ( P Hotel > 0,05)., Tj rs2227983, rs17337023, rs1050171 a rs1140475 medzi prípadmi, a riadia dokonca aj rozdiely medzi pohlaviami
= 4,795, P =
0,029) a distribúcia genotyp ( χ 2
= 6,668, P =
0,036) z rs2072454, iné ako výsledky v tabuľka 5. Okrem toho, logistická regresia analýzy sa zistilo, že variant rs2072454 T alely by mohlo zvýšiť riziko GC (upravené OR = 0,77, 95% CI = 0,61-0,97; P Hotel &0,05). Podľa distribúciu genotypu, významný rozdiel bol pozorovaný tiež v mužskej zložke populácie ( χ 2
= 7,914, P = 0,019
) skôr než ženskej zložke populácie ( χ 2
= 0,452, P =
0,798). Avšak, tam neboli žiadne významné rozdiely medzi prípadmi a kontrolami aj s rozdielmi medzi pohlaviami pre zostávajúce SNP, a síce rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs1050171 a rs2293347 ( P Hotel > 0,05).
= 6,036, P =
0,049). Špeciálne, logistickej regresnej analýzy vyplynulo, že TT genotyp významne zvyšuje riziko GC v populácii s denným raňajkuje (upravený OR = 1,92, 95% CI = 1.07-3.44, P Hotel < 0,05).
hodnota robili nedosiahol štatistickú významnosť korekciou Bonferroniho (tabuľka 8).
, Že veľká časť globálneho kolísanie výskytu rakoviny pripisovalo vplyvov na životné prostredie, vrátane stravovacích preferenciách a nezdravého životného štýlu [22]. V tejto štúdii, preto sme sa zaujímali otestovať, či by sa mohol zvýšiť niektoré nezdravým životným štýlom faktory riziká GC s rozdielmi medzi pohlaviami v Číne. Šesť faktory životného štýlu, vrátane pravidelne užívajú jedla, preferencie pre slané potravy, stravovanie čas, fajčenie, stav pijú a jedia raňajkách, boli identifikované, že je ovplyvňovaný riziko GC s rozdielmi medzi pohlaviami, čo bolo v súlade s predchádzajúcimi štúdiami vo východnej Číne [20], [23], [24]. Najmä preferencie pre slané jedlo, pitie a fajčenie boli najsilnejšie a najviac konzistentné rizikové faktory pre GC.
Zistené, že mutácia v exóne 18-21 EGFR zvyšujú aktivitu TKI, zatiaľ čo delécie exónov 2-7 je spojená s glioblastómom onkogenézy [49]. Okrem toho dve klinické štúdie ukázali, že SNP v EGFR exónov 18, 19, 21, a 25 ovplyvňujú klinickú účinnosť gefitinibu a môžu byť potenciálnymi biomarkery pre predikciu klinický výsledok u pacientov gefitinib liečených s pokročilým nemalobunkovým karcinómom pľúc (NSCLC) [50], [51].
. [49] analyzoval vzťah medzi špecifickou EGFR funkčných polymorfizmov a účinnosti lieku proti rakovine v 60 bunkových línií ľudského tumoru stanovených National Cancer Institute, frekvenciu nonsynonymous SNP rs28384375 (tiež označované ako Val592Ala) bola 0,5, pričom heterozygotnou frekvencia -216G > T SNP (tiež označený ako rs287129) bola 0,346. Bunkové línie, ktoré boli heterozygotné a homozygotné variant pre -216 G > T SNP ukázala významne vyššia expresiu génu EGFR ako homozygotná línií divokého typu. Okrem toho, v porovnaní s bunkovými líniami bez variantné alely, bunkové línie sa aspoň jeden variant T alely na -216 G > T SNP boli citlivejšie na erlotinib a menej citlivé na geldanamycin, topoizomerázy I a II inhibítory, a alkylačné činidlá. Je zaujímavé, že naše výsledky ukázali, že GTTGCG haplotypu bol rozšírenejšie v prípadoch, GC, než v rakovinových bez kontroly, a že ACAGCG haplotypu boli spojené s výrazne znížila riziko GC (nastavovať alebo = 0,67, 95% CI = 0.49-0.92 pre ACAGCG, upravený OR = 0,69, 95% CI = 0,52 - 0,90 pre iné) na celkovom počte obyvateľov (pozri tabuľku 8). Avšak, v populácii vekovo zodpovedajúcej, nie je významná súvislosť bola skúmaná medzi ACAGCA haplotypu a riziko GC (upravené OR = 0,83, 95% CI = 0,58 - 1,19) (tabuľka 9). To znamená, že T-alely rs2072454 a rs17337023, najmä v prvom prípade môže byť spojené s rizikom GC. Z tohto dôvodu, kombinovaná analýza šiestich SNP, najmä T-alely rs2072454 a rs17337023, môžu byť užitočné pre predpovedanie rizika GC
Podporné informácie
Obrázok S1.
Fluorescenčné produkty LDR boli rozlíšené podľa ABI sekvenceru 377 na siedmich SNP v EGFR exónov. Celkovo viac ako 90% výrobkov boli úspešne rozlíšené podľa ABI sekvencer 377.
doi: 10.1371 /journal.pone.0059254.s001
(TIF)
tabuľka S1.
PCR primer sekvencie pre sedem loci v géne EGFR. Primery boli navrhnuté pomocou softvéru Primer Premier 6 a syntetizovať Shanghai Sangon biologickej strojárenskej technológie a služieb
doi :. 10,1371 /journal.pone.0059254.s002
(DOC)
tabuľke S2.
sondy sekvencie siedmich SNP v géne EGFR. Primery boli syntetizované Shanghai Sangon biologickej strojárenskej technológie a služieb
doi :. 10,1371 /journal.pone.0059254.s003
(DOC)
Štúdia opisuje počiatočnú východiskovú databázu zdravých črevných mikrobiómov a profil početnosti
Vedci extrahujú kompletný ľudský genóm z tisíce rokov starých „žuvačiek“
Závažné komplikácie COVID-19 súvisiace s poruchou črevnej bariéry
Ako úsilie masového skríningu pomohlo identifikovať viac prípadov celiakie u detí
Výmena červeného mäsa za alternatívy rastlinného mäsa znižuje kardiovaskulárne riziko
Vedci identifikovali baktériu s aktivitou anti-SARS-CoV-2 in vitro:Dolosigranulum pigrum
Bakteriofágy môžu liečiť E. coli bez poškodenia čriev,
hovorí nová štúdia Vedci v USA vyvinuli novú terapiu, ktorá používa jedinečný bakteriofág na liečbu infekcií E. coli. Zistilo sa, že bakteriofág je svojou účinnosťou proti infekcii podobný v porovnaní
Vedci dúfajú, že krvný test, ktorý presne diagnostikuje fibromyalgiu, bude k dispozícii do piatich rokov
Vedci zo Štátnej univerzity v Ohiu majú dôkaz, že vzorky krvi môžu spoľahlivo odhaliť fibromyalgiu, choroba, ktorá je často nesprávne diagnostikovaná kvôli svojim všeobecným symptómom, ktoré charakter
Črevný bakteriálny profil môže predpovedať poškodenie čreva po rádioterapii
Skôr ako fyzický odtlačok prsta, črevný mikrobiálny vzor je možné použiť na identifikáciu určitých zraniteľností u pacientok, ktoré podstupujú radiačnú terapiu rakoviny prostaty alebo gynekológie, pre