Plos ONE: Nanostring-Based Multigene Vsebnost napovedati ponovitve za Rak želodca bolnikov po Surgery

Povzetek

Kljub koristi adjuvantno kemoterapijo ali kemoradioterapija, približno eno tretjino raka faza II želodca (GC) bolnikov razvilo ponovitve. Cilj te raziskave je bil razvoj in potrjevanje napovedno algoritem za rakom želodca (GCP), ki lahko odločno opredelili skupino z visokim tveganjem za ponovitev pri bolnikih faza II. Izvedena je bila tudi več korakov izražanje genov profiliranje študijo. Prvič, mikromrež izražanje genov profiliranje arhiviranih-parafinski vgrajeni tumorskih blokov smo uporabili za identifikacijo kandidatov napovednih gene (n = 432). Po drugi strani je bil osredotočen izražanje genov test tudi prognostičnih genov uporablja pri oblikovanju čvrstega kliničnega testa (GCP) na stopnji II bolnikov iz iste kohorte (N = 186). Tretja je bila vnaprej določena cut off za GCP potrjena s pomočjo neodvisnega faza II kohorto (N = 216). GCP je bila potrjena v drugem nizu z drugo stopnjo, GC, ki je prestal operacijo brez adjuvantno zdravljenje (N = 300). GCP je bil razvit kot seštevek izdelek Cox regresijskih koeficientov in normiranih izražanjem 8 genov (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, TFDP1). Vnaprej določen cut-točka za GCP razvrščeni 22,7% od potrjevanja kohorte, obdelanega z kemoradioterapija (N = 216) kot skupino z visokim tveganjem s 5-letno stopnjo ponovitve 58,6% v primerjavi z 85,4% v skupini z nizkim tveganjem (razmerje tveganj za ponovitev = 3,16, p = 0,00004). GCP-ji ugotovili tudi skupino z visokim tveganjem med bolniki faza II zdravljenih samo z operacijo (razmerje tveganj = 1,77, p = 0,0053)

Navedba. Lee J, Sohn I Do IG, Kim KM, Park SH, Park JO et al. (2014) Nanostring-Based Multigene Assay napovedati ponovitve za Rak želodca bolnikov po operaciji. PLoS ONE 9 (3): e90133. doi: 10,1371 /journal.pone.0090133

Urednik: Ju-Seog Lee, Univerza v Teksasu MD Anderson Cancer Center, Združene države Amerike

Prejeto: 23. september 2013; Sprejeto: 26. januar 2014; Objavljeno: 5. marec 2014

Copyright: © 2014 Lee et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo

Financiranje:. Ta študija je bila podprta z Notranji donacijo Samsung Medical Center. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi:. Patrick Tan je A PLoS ONE Uredništvo član uprave. To ne spremeni pripadnost avtorjev vseh PLoS ONE politike o izmenjavi podatkov in materialov.

Uvod

želodca raka so zelo smrtonosne malignosti z petletna stopnja preživetja je eden od najslabših poročali o nobenih trdnih tumorjev. Po podatkih Nacionalnega inštituta za rakava obolenja nadzoru, epidemiologiji in končnih rezultatih (SEER) Program, petletno preživetje pri bolnikih z rakom želodca (GC) je izboljšana le malo več kot zadnjih 50 let, od 12 do 22 odstotkov [1]. Naklonjenost GC za zgodnje metastatskega razširjanje je dobro dokumentiran v prejšnjih študijah [2], [3]. Na podlagi nedavnih poskusov adjuvans faze III, je bilo izboljšanje preživetja z adjuvantno kemoterapijo ali chemoradiation terapijo dokumentirani v GC [4] - [7]. Vendar pa 25 do 40% vseh kirurško odstranjenimi bolnikov GC še vedno razvija ponovitev, ki jih ni mogoče ponovno resekcijo [4], [7] - [9]. Za patološko stadija III in IV GC, 5-letno brez bolezni stopnja preživetja so zelo slabe (stopnja IIIA, 57,6%, stopnja IIIB, 39,6% in stopnja IV 26,3%) [8] implicating, da so ti tumorji po sebi agresivno vedenje. V nasprotju s tem, patološki faza II bolniki GC imajo ugodnejše rezultatov kliničnih raziskav s 5-letno bolezni prostih stopnje preživetja 76% -90%, po operaciji in adjuvantno zdravljenje [8], [9]. Kljub temu pa obstaja širok spekter kliničnih agresivnosti celo v isti stopnji pri čemer so nekateri bolniki posušenega samo s kirurškim posegom, medtem ko so nekateri bolniki ponovil kmalu po terapiji kirurgija in adjuvans chemoradiation. Zato, ki temelji na predpostavki, da obstaja veliko molekulsko heterogenost, smo oblikovali velik skalni izražanje genov profiliranje študijo za razvoj molekularno testa, ki bi lahko učinkovito diskriminira nizkim tveganjem iz skupine GC z visokim tveganjem za ponovitev po operaciji.

A molekularni test, ki opredeljuje bolnike z visokim tveganjem za ponovitev lahko vodi do optimizirane strategije perioperativnem zdravljenja v GC. Faza odkritje vključena GC bolnikov iz vseh kliničnih fazah, zdravljenih s kemoradioterapija (N = 520). Tumorske blokov od teh bolnikov so podvrženi prognostičnega odkritje genov s pomočjo celotnega genoma DASL testom (WG-DASL) (Illumina, San Diego, CA), ki je profiliranje metodo mikromrež izražanje genov za-formalinom fiksni parafinskega vgrajeni tkiva (FFPE). Namen je bil razviti hipotez za klinično uporabo in odkrijte kandidatke prognostičnih ali notranje referenčne gene, ki bodo pomagali oblikovanje usmerjena izražanje genov testom. Rezultati te faze je predlagal, da se lahko klinična koristnost izraza gena, ki temelji napovedni algoritem lahko razlikuje skupino z visokim tveganjem med bolniki fazi II.

Cilj projekta je bil razviti hipotezo s klinično uporabo in odkrijte kandidat napovedni ali notranje referenčne gene, da se oblikujejo usmerjene genske ekspresije testov. Rezultati fazi odkritja kažejo, da se lahko klinična koristnost prognostičnega algoritma temelji izražanje genov lahko razlikuje skupino z visokim tveganjem med bolniki faza II. Z uporabo trdnega večstopenjski prognostičnih algoritma, je bil razvit za identifikacijo bolnikov z visokim tveganjem za ponovitev po operaciji želodca Rak prognostičnih Score (GCP) za bolnike GC faza II.

Metode

Od septembra 1994 do decembra 2005, 1.557 bolnikov GC doživel kurativno želodca na Samsung Medical Center. Med tistimi, ki so bili izbrani 1.107 bolnikov, ki temelji na naslednjih merilih: histološko potrjeni adenokarcinom želodca; Kirurška resekcija tumorja brez makroskopskih ali mikroskopskih rezidualne bolezni; starost ≥18; faza patologija IB (T2bN0, T1N1 vendar ne T2aN0) do IV, glede na Skupni odbor ameriškega raka (AJCC) uprizoritev sistem (6 ^{th Ed); popolna kirurška zapis in zapis zdravljenje, in bolniki, ki so prejemali shemo INT-0116 kot adjuvantno zdravljenje [7]. Študija je odobril Institutional Review Board Samsung Medical Center, Seul, Južna Koreja (IRB številko odobritve: SMC 2010-10-025). Vsi udeleženci študije, pisno obvestil obrazec o soglasju, ki ga IRB priporočljivo. Pri bolnikih, ki so umrle v času vključitve v študijo, so pisna obveščeni oblik soglasja odpovedati IRB. Študija oblikovanje in kohorte bolnikov so na voljo v skladu s pripombo smernico (slika 1A, 1B, datoteke S1, oddelek 1). Od kohorte 1.107 bolnikov, odkritje komplet 520 bolnikov in komplet validacija 587 bolnikov so naključno razporedili in dodeljenih 6 serij po velikosti tumorja in leto operaciji WG-DASL testom stratificirano.}

Da bi se izognili lažno pozitivnih sklepih zaradi več zapetih, prognostičnih algoritmov in njihovih vnaprej določenih rezano točkah so bili testirani v neodvisnih kohorte, ki niso bili uporabljeni za prognostično odkritje genov in algoritem stavbe. Študija 4-faza je bila zasnovana, s 4-vnaprej opredeljena neodvisnih kohorte zaposlene iz Samsung Medical Center. Prvi 3 generacije vključeni bolniki, ki imajo podobne klinične in patološke značilnosti iz-kemoterapijo zdravijo študije kohort (File S1, oddelek 2). Prva faza (odkritje faza) z dne študije vključeni GC bolnikov iz vseh kliničnih stopnjah, ki so bili zdravljeni s kemo-radioterapijo (N = 520) [8]. Tumorske blokov od teh bolnikov so bili podvrženi prognostičnega odkritje genov z WG-DASL (Illumina, San Diego, CA), ki je mikromrež izražanje genov profiliranje metodo FFPE [7]. Ad-hoc zunanjo potrditev genom je bila izvedena za zmanjšanje pristranskosti iz enotnega institucionalnega kohorte. V drugi fazi (razvoj algoritem) je bila za prevajanje ugotovitve iz prve faze v klinično uporablja testni obliki. Izbrali smo platformo nCounter (Nanostring Technologies, Seattle, WA), zaradi svoje sposobnosti, da zasliševali ravni izražanja v višini do 800 genov, ki uporabljajo skupno RNA pridobljene iz FFPE v reakciji z enim cevi [8]. pregledani smo stopnjo bolniki II iz prve faze (N = 186) za de novo
odkritje prognostičnih genov, izbrane idealne kombinacije genov, ki uporabljajo nagib najmanj absolutno krčenje in izbira operaterja algoritem (Lasso) [10], in nato zgradili prve generacije GCP (GCP-G1) z dodajanjem izdelkov iz normaliziranega izražanja genov in koeficienti iz modela Cox za DFS. V tretjem kohorti bolnikov faza II (N = 216). V četrti fazi (testiranje za klinično uporabo v kirurgiji samo nastavitev), smo preizkusili potencialno klinično koristnost GCP pri bolnikih fazi II, zdravljenih samo z operacijo. Časovni žig protokol (slika S12) je bil razvit pred predelavo tega končnega kohorte. nato smo razvili rafinirano druge generacije GCP (GCP-G2) (končna gen set) z analizo kombinirani fazi kohorte II iz druge in tretje faze študije.

Izražanje genov profiliranje uporabljajo celo genome- DASL test

pred vsakim gena profiliranja eksperiment, vzorce tkiva so bili naključno razporejeni v različne serij po času kirurgije stratificirano (pred 2000 vs. po letu 2000) in velikosti tumorja (≤ 5 cm vs > 5 cm), da se zmanjša vsaka odstopanja od kakovosti DNA. Total RNA je bila vzeta iz 2-4 oddelkov 4-mikrometrskimi debelih FFPE odsekov iz reprezentativnih primarni tumor blokov s pomočjo visokega Pure RNA Parafinski komplet (Roche diagnozo, Mannheim, Nemčija) po odstranitvi ne-tumorske elemente, ki jih ročno macrodissection s hematoksilinom in eozinom voden obarvajo diapozitive. WG-DASL test smo izvedli z 200 ng RNK naslednje navodilih proizvajalca [11]. Za nCounter testu, je bil 200 ng celotne RNA hibridizira s po meri izdelana koda kompleta 800 genov za 18 ur pri 65 ° C in obdelana v skladu z navodili proizvajalca [12]. Podatki so bili preračuna na povprečno raven izraženosti 48 internih referenčnih genov, izbranih iz mikromrež poskusa. Podroben opis faze odkrivanja z uporabo WG-DASL test je v S1 datotek, oddelek 3. primerljivost kakovosti DNK FFPE tkiva in sveže zamrznjene tkiv uporabo DASL test je bil že objavljen [13], [14].

prognostični model objekta in potrjevanje

algoritem za razvoj, ki temelji-n-Counter testa za klinično uporabo, ki temelji na WG-DASL je na voljo v Datoteka S1, oddelki 4-6. Uporabili smo gradient Las algoritem za fit model predvidevanja, ki temelji na Cox sorazmernih tveganj modela DFS z uporabo sonde z mejno vrednostjo p < 0,01 (Slika S2 v Datoteka S1) [10]. Uporabili smo dopust eno od navzkrižnega preverjanja z de novo odkritje na vsak pusti enega koraka za oceno uspešnosti prognostičnega modela v odkrivanje kohorte. Optimalno cut-točka je bila določena z ustvarjanjem parcelo za p-vrednosti za vsak cut-točka za prognostično oceno. Za validacijske študije so bile uporabljene vnaprej opredeljena algoritem in cut-točkovni vrednosti. Metoda validacije za GCP je opisano v datoteke S1, oddelek 7.

Rezultati

Mikromrežni izražanje genov profiliranje bolnikov GC zdravljenih z adjuvantno kemoradioterapija (faza 1)

smo izvedli izražanje genov profiliranje FFPE od odkritja kohorte 520 primerov odrskega IB-IV GC zdravili s standardno kemoradioterapija po kurativno resekcijo z uporabo WG-DASL testom (slika 1). Med njimi je 432 vzorcev opravil nadzor kakovosti RNA (GEO baze podatkov GSE 26253) (File S1, oddelek 3). Primarna končna točka je bila DFS. Univariatna analiza opredelila 369 sond, ki so bistveno povezane s preživetjem brez bolezni pri p < 0,01 brez prilagajanja drugih kliničnih spremenljivk (File S1, oddelek 3d). Nato je bil gradient Lasso uporabili za razvoj napovedno algoritem za napovedovanje ponavljanja (Datoteka S1, oddelek 3 e). je bil uporabljen postopek dopust-one-out navzkrižno validacijo (LOOCV) s de novo
odkritje prognostičnih genov in izgradnji prognostičnih algoritma na vsakem koraku, da se preveri utemeljenost za prognostično algoritma. Po napovednih genskih podpisov (26 genov, datoteke S1, Oddelek 3f) in patoloških fazah (lokalizirano vs. napredno), 432 bolnikov je bilo razvrstiti v naslednje skupine: nizko tveganje in stopnja IB /II (N = 145, 5-letni DFS, 84,8%), z visokim tveganjem in stopnja IB /II (N = 90, 5-letno DFS, 61,1%), nizko tveganje in stopnja III /IV (N = 83, 5-letno DFS, 48,9%), in visokim tveganjem in stadij III /IV (N = 114; 5-letno DFS, 36,9%) (slika 2). Kot analize ad hoc, smo preizkusili ta genski podpis s pomočjo genske ekspresije profiliranje podatkov iz kohorte Singapurju bolnikov (N = 199), da se zmanjša kakršno koli pristranskost iz ene institucije kohorte [15]. V zunanjem pacientov kohorte, je gen podpis sposobna ločiti skupino z visokim tveganjem (N = 100) iz skupine, ki je z majhnim tveganjem (N = 99) za ponovitev s statistično pomembna (p < 0,00001, razmerje ogroženosti (HR), 2,3; 95% interval zaupanja, 1,62-3,28) (slika 2). Ti podatki kažejo, da glavni klinično koristnost genske ekspresije profiliranje GC pri prepoznavanju bolnikov z visokim tveganjem pri bolnikih fazi II (nizka v primerjavi z visokim tveganjem stopnja IB /II, 84,8% proti 61,1%, stopnja nizka v primerjavi z visokim tveganjem III /IV, 48,9% v primerjavi z 36,9%). Zato je za razvoj kliničnega testa in potrjevanja, smo se osredotočili na razvoj gen-set, ki lahko odločno napovedujejo ponovitev pri bolnikih fazi II.

Razvoj želodca Rak prognostičnih Score (GCP) za fazo II GC uporabo nCounter test (faza 2)

Mi meri zasnovan sklop je nCounter sonde, sestavljen iz kandidatk prognostičnih genov iz podatkov WG-DASL mikromrež (faza 1), kot tudi znane rakavih genov, kinaze genov in G-protein pripojen receptorja geni. Za reševanje problema variabilnost v integriteto RNA molekul v arhiviranih FFPE zaradi pre-analitične spremenljivk, kot so čas vezanja in starost blokov, smo uporabili v-vzorec normalizacijo z uporabo niza 48 internih referenčnih genov, izbranih iz podatkov mikromrež, ki temelji o minimalnih variacij po vsej primerih in pomanjkanje povezave z napovedjo (File S1, oddelek 4). Korelacija med razmerjem ogroženosti za prognostične genov, ki temeljijo na nanostring in WG-DASL so na voljo v Datoteka S1 oddelka 4b in slika S3 v S1 datotek.

profilirana 186 stopnjo bolniki II iz niza odkritje. Po oceni zanesljivost prognostičnih algoritmov, ki jih preliva zgradili Lasso skozi LOOCV smo uporabili gradientno Lasso vseh 186 bolnikov in prepoznavanje 8 genov (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 in TFDP1), ki v kombinaciji, pod pogojem robusten prognostični podatki (tabela 1). GCP je nato razvil kot linearno kombinacijo ocen regresijskih Cox in normiranih izražanjem teh 8 genov. Analiza cut-točka dokazuje, da je bila GCP najbolj stabilna pri ugotavljanju 25% bolnikov z najslabšimi rezultati (File S1, oddelek 4). Izbrali smo cut-točko 0.2205 za bodočega potrditev v neodvisnem validacije kohorte.

Validacija GCP in njene vnaprej določene cut-točka pri bolnikih GC faza II, zdravljenih z kemoradioterapija (faza 3)

da bi se izognili možnosti, kot prilegajoče vprašanje, povezano z navzkrižno validacijo [16], smo potrjeni GCP s fiksno algoritmom in cut-točke v neodvisni kohorti bolnikov, ki ni bila uporabljena v genski odkritje. Klinične in patološke značilnosti 216 bolnikov fazi II od potrditve določenega bili podobni tistim iz odkritja kohorte (File S1, oddelek 6, in slikah S4-6 v S1 datotek). Ko smo uporabili GCP-G1 v nizu validacije, je bila razdelitev ocena tveganja zelo podobni, kar kaže, robustno analitskega izvajanja testa (File S1, oddelek 7a in slika S7 datoteke S1). Ciljni cut-točka (0,2205) za GCP-G1 razvrščeni 22,7% tumorjev od potrditve nastavljena kot skupino z visokim tveganjem. Ocena Kaplan Meier 5 let DFS za bolnike z visokim tveganjem je bila 58,6%, v primerjavi z 85,4% pri bolnikih z nizkim tveganjem (HR za ponovitev, 3,16; p = 0,00004) (slika 3). GCP je pomembno tako intestinal- in razpršeni tip GCS, kot je prikazano na sliki S8 v datoteke S1 (Datoteka S1, oddelek 7b). Multivariatna Analiza nadalje kaže, da GCP-g1 zagotovili dodatne napovedni informacije, poleg drugih znanih dejavnikov, kot so razvrščanje Lauren, diferenciacije razred, starost in vrsto kirurgije (HR, 3,027; p = 0,00016; tabela 2). Zato lahko GCP-ji se uporabljajo za identifikacijo stopnjo II bolnikov, ki so še vedno z velikim tveganjem, tudi po standardnem adjuvantno kemoradioterapija in ki imajo podobno nevarnost ponovitve, kot bolnike fazi III.

GCP kot prognostični dejavnik za bolnike GC faza II obdelan z operacijo, ki temelji le na naprej namenjen protokolu (faza 4)

pregled kliničnega baze podatkov identificirati 306 bolnikov, ki niso prejeli pooperativno zdravljenje, ki temelji na skupni odločitvi med zdravnikom in bolnikom (Datoteka S1, oddelek 1, tabela S1 v S1 datotek). Ti bolniki so podvržene predhodnim analize za ocenjevanje napovedni vlogo GCP pri bolnikih, zdravljenih s samo operacijo in testiranje hipoteze, da je korist od kemoradioterapija omejene pri bolnikih z visokim tveganjem, ki jih določi GCP. Za ta korak smo razvili GCP-g2 (tabela S8 v Datoteka S1), druge generacije GCP, z analizo vsi stopnjo II primerov iz faz 2 in 3, da bi povečali velikost vzorca. Mi naprej testirali vnaprej določeno GCP-G2 algoritem in cut-točko, kot je opisano v časovni žig protokola (slika S12 v Datoteka S1). GCP-g2 napovedujejo ponovitev v 300 fazi II tumorje z razmerjem tveganja 2.131 (95% CI, 1,428-3,180; p = 0,00021) (HR, 3,16) (slika S9 v S1 datotek). Da bi zmanjšali možnost preko namestitve algoritma za bolnike-kemoterapijo zdravimo, smo testirali tudi GCP-G1, ki je bila prej uveljavljen v-kemoterapijo zdravijo kohorti, v kirurgije samo kohorti (slika S10 v Datoteka S1). Razmerje tveganja za GCP-G1 (HR, 1,77; 95% IZ, 1,18-2,67; p = 0,0053) je podoben tistemu za GCP-g2 (slika 3). Zato GCP odločno napovedal ponovitev v fazi II GC z ali brez pooperativno zdravljenje. Na podlagi teh podatkov je mogoče predvidevati, da fazi visokim tveganjem bolniki II opredeljeni GCP niso pridobili ogromno koristi od kemoradioterapija.

Izražanje neugodnih prognostičnih genov v tumorskih mikrookolje

V vseh 3 stage II generacije v tej raziskavi, povečana raven izražanja 4 genov iz GCP (NOX4, LAMP5, MATN3 in CLIP4) so ​​bili povezani s slabo prognozo. Ker znane funkcije teh genov kažejo njihovo izražanje v mikrookolje namesto dejanskih tumorskih celic, smo izvedli nCounter testa za microdissected tumorjev v primerjavi stromalnih sestavin iz 4 reprezentativnih tumorjev z visokim tveganjem (Slika S11 v datoteke S1). Izražanje teh genov je bila bistveno višja stromalnih komponent, v primerjavi z epitelijskih rakavih celic, s NOX4 prikazuje najbolj izrazite razlike (p = 0,04).

Pogovor

V začetni fazi odkrivanja, smo izvedli WG-DASL pri vseh bolnikih fazi GC. Nato na podlagi podatkov o WG-DASL, smo ugotovili, da je segregacija visoko rizično skupino iz skupine majhno tveganje največje v zgodnji fazi Ib bolnikov /II (nizka v primerjavi z visokim tveganjem stopnja IB /II, 84,8% v primerjavi z 61,1% nizek v primerjavi s stopnjo visoko tveganje III /IV, 48,9% proti 36,9%). Zato je za razvoj kliničnega testa in potrjevanja, smo se osredotočili na razvoj gen-set, ki lahko odločno napovedujejo ponovitev pri bolnikih II fazi. Razvili in validirali napovedni algoritem za raka želodca, GCP, ki lahko odločno opredelili visoko rizične skupine ponovitve pri bolnikih faza II. GCP, razvit z uporabo platforme nCounter, je pokazala robustno delovanje v FFPE vzorcev. Poleg tega vključitev internih referenčnih genov dovoljeno uporabo GCP na posameznih pacientov. Zato predlagamo, da se GCP-ji lahko brez težav uporablja za rutinsko klinično uporabo. GCP 8 genov (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 in TFDP1) so bile odkrite in potrjena v več kot 700 faza II bolnikov GC. Ugotovili smo, da GCP identificirati bolnike GC z visokim tveganjem za povratno glede adjuvantno zdravljenje in da je faza II bolnikov GC z visokim tveganjem pokazala podobno DFS na oder bolnikov III. Predvsem je GCP napovedal ponovitev obeh vrst Lauren (difuzni ali črevesnih) (slika S8 v Datoteka S1).

Naši podatki jasno kažejo na prisotnost molekularnega heterogenosti v GC, ki je bil povezan s kliničnimi rezultati, vendar neodvisno od clinicopathologic informacije uprizoritev. Naši podatki kažejo, da je stopnja bolniki IB /II ima zelo slabo prognozo, ko tumorji izraženo genskih podpisov slaba tveganja. Je bila razlika 23,7% v 5-letno DFS med podpisov z visokim tveganjem in genov z majhnim tveganjem v fazi IB /bolniki II, in 5-letno DFS odra z visokim tveganjem IB bolniki /II je pod 60%, kljub uporaba adjuvantno kemoradioterapija (slika 1). Zato je morda treba za naprej oblikovati sojenja na vprašanje, ali je potrebna kemoradioterapija za oder IB /II bolnikov z nizkim tveganjem profilov izražanja genov. Da bi zmanjšali morebitno pristranskost iz razlike v klinični praksi ali kirurški poseg na enem centru, smo izvedli ad hoc zunanje vrednotenje podpisom potrditi podpisa. Kot je razvidno iz rezultatov, podpis dosledno napovedujejo ponovitev v Singapurju kohorti.

Med 8 končnih GCP genov (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 in TFDP1), CDC25B in CDK1, za katere je znano, da je povezana s proliferacijo celic, je bilo ugotovljeno, da v korelaciji z ugodno prognozo (negativne ocene Cox regresije v tabeli 2). Predvsem je bil podoben trend opaziti za raka debelega črevesa, ki ga je izražanje genov testu [17], [18]. Te ugotovitve lahko odražajo stanje diferenciacije teh tumorskih celic, saj imajo epitelne celice normalno želodca in debelega črevesa sluznice visoke stopnje prometa. TFDP1 kodira transkripcijski faktor DP-1, ki deluje kot pozitivni regulator G1 /S prehoda je v celičnem ciklusu [19], [20]. Zlasti v karcinomom jetrnih celic, je TFDP1 čezmernim bistveno povezana z napredovanjem bolezni [19]. Ker je področje uporabe te trenutne študije ne vključuje funkcionalno študijo teh genov, bi bilo njihov biološki pomen preiskavo v prihodnjih študijah. Pred kratkim je Cho et al.
Izvedli največji izražanje genov profiliranje pri 213 bolnikih GC uporabo sveže zamrznjene tkiva [21]. Ugotovili so 6 prognostičnih genov (CTNBB1, EXOCS3, TOP2A, LBA1, CCL5 in LZTR1) za preživetje bolnika po kurativno resekcijo. Kljub temu, da po našem najboljšem znanju, GCP je edino gen set, ki je sedaj potrjena v več kot 700 faza II bolnikov GC, ne glede na razvrstitev Lauren (difuzni ali črevesne), znana prognostični faktor, ali adjuvantno zdravljenje.

na koncu, z uporabo večstopenjskega pristopa, smo razvili 8-gen GCP-ji, ki je bila sposobna odločno prepoznati faza II bolnikov GC z visokim tveganjem za ponovitev po operaciji glede na to, adjuvantno zdravljenje. Trenutno s tekočim preskušanja ARTIST-II (NCT61461), načrtujemo, da bi preverili našo GCP v naprej namenjen preskušanju faze III.

Podpora Informacije
datoteke S1.
1. Značilnosti bolnikov študijskih kohorte na vsakem koraku (tabela S1). a. Tabela S1. Značilnosti bolnikov. 2. Klinične in patološke značilnosti preučenih primerih v vsaki fazi. 3. Podroben opis korak odkrivanja z uporabo WG-DASL testa (korak 1). a. Slika S1. QA podatkov WG-DASL. b. Tabela S2. Primerjava FISH in IHC rezultatov za dodelitev statusa HER2 pri raku želodca v 1. koraku c. Tabela S3. Seznam sond, ki so različno izraženih med skupinami bolnikov HER2-pozitivnih in HER2- negativen v koraku 1. d. Tabela S4. Seznam vseh sond z enolastnostnimi vrednostmi p < 0,01 v koraku 1. e. Slika S2. Gradient Lasso algoritem. f. Tabela S5. Seznam 26 sond, vključenih v model za napovedovanje jo celotnega nabora podatkov (n = 432) pritrjen. g. Tabela S6. Multivariatno Cox Rezultati regresijske analize v gen odkritje niz (n = 432). 4. Oblikovanje osredotočen genske ekspresije testu, ki uporablja nCounter platformo. a. Tabela S7. Seznam referenčnih genov za nCounter testu. b. Slika S3. Korelacija med razmerjem ogroženosti za prognostične genov, ki temeljijo na kvantil normalizaciji in samo-normalizacijo z uporabo WG-DASL testa. 5. nCounter test in nadzor kakovosti. 6. Izbira svetlo-temno za želodca Rak prognostičnih Score (GCP (slika S4, S5, & S6) na Slika S4 DFS po vsaki kvartilih za GCP-G1 b Slika S5 Cut-točke analize za...... GCP-g1. c. Slika S6. DFS po optimizirano cut-točke GCP-G1. 6. Porazdelitev GCP med odkritje niz in potrjevanja nizu. a. Slika S7. Porazdelitev GCP-G1 v odkrivanje in potrjevanja nizu. b Slika S8 GCP... črevesno vs tip razpršenega 7. Testiranje klinične uporabnosti GCP-g2 pri bolnikih, zdravljenih s samo operacijo figura S9 DFS bolnikov fazi II, zdravljenih z kemoradioterapija temelji na kvartil GCP-g2.... b. Slika S10. DFS etape bolnikov II zdraviti samo operacijo, ki temelji na kvartil GCP-g2. c. Slika S11. izražanju neugodnih prognostičnih genov, vključenih v Rak želodca prognostične vrednosti po tkiva predelkov (tumorskih primerjavi strome). normaliziran izraz ravni so prikazani. d. Tabela S8. Seznam nCounter sond, vključenih v GCP-g2. 8. želodca potrjevanja rak študijskega protokola. a. Slika S12. Želodca potrditev raka Študija protokol
doi:. 10,1371 /journal.pone.0090133.s001
(DOCX)

• Plos ONE: HIF-1 Alpha Čezmerno sovpada s splošno slabo Preživetje in bolezni, preživetje brez želodčnega raka bolnikih po odstranitvi želodca
• Plos ONE: Bolniki s starostjo ali Proksimalno tumorjev korist od metabolnega sindroma v začetnem obdobju Rak želodca