PLoS One: Nanostring alapú multigénes vizsgálat megjósolni kiújulása gyomorrák betegek műtét utáni

absztrakt katalógusa

Annak ellenére, hogy az előnyök az adjuváns kemoterápia vagy sugárkezeléssel, körülbelül egyharmada szakasz II gyomorrák (GC) betegnél alakult kiújulás. A vizsgálat célja az volt, hogy kidolgozása és validálása prognosztikai algoritmus gyomorrák (GCP), amely erőteljesen azonosítsák a magas kockázati csoportba kiújulás között színpadi II betegeknél. Többlépéses génexpressziós vizsgálatot végeztünk. Először is, a microarray génexpressziós profilt az archivált paraffinba ágyazott tumor blokkok azonosítására jelölt prognosztikai gének (N = 432). Másodszor, egy koncentrált génexpressziós vizsgálattal beleértve prognosztikai gének fejlesztésére használják egy robusztus klinikai vizsgálatban (GCP) szakaszban II betegek azonos csoportban (N = 186). Harmadszor, egy előre vágott ki a GCP-ben jóváhagyták a független szakasz II csoportban (N = 216). A GCP-t érvényesíteni egy másik fázisban lévő GC műtéten átesett nélkül adjuváns kezelés (N = 300). GCP fejlesztette összeadásával termékét Cox regressziós együtthatók és normalizált expressziós szintje 8 gének (LAMP5, cdc25B CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, Nox4, TFDP1). A jövőre nézve meghatározott cut-pont GCP sorolt ​​22,7% -a validációs csoport kezelt sugárkezeléssel (N = 216), mint a magas kockázatú csoportba az 5 éves kiújulásának aránya 58,6%, míg 85,4% a kis kockázatú csoportban (relatív hazárd kiújulás = 3,16, p = 0,00004). GCP is azonosított a magas kockázatú csoportba között színpadi II kezelt betegek műtét csak (kockázati arány = 1,77, p = 0,0053). Katalógusa

Citation: Lee J., Sohn I Do IG, Kim KM, Park SH, Park JO, et al. (2014) Nanostring alapú multigénes Analitika megjósolni kiújulása a gyomorrákos betegek a műtét után. PLoS ONE 9 (3): e90133. doi: 10,1371 /journal.pone.0090133 katalógusa

Szerkesztő: Ju-Seog Lee, a Texasi Egyetem MD Anderson Cancer Center, Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: szeptember 23, 2013; Elfogadva: január 26, 2014; Megjelent: március 5, 2014 katalógusa

Copyright: © 2014 Lee et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a tanulmány támogatott egy Intramural támogatás a Samsung Medical Center. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: Patrick Tan egy PLoS One szerkesztőbizottsági tagja. Ez nem változtat a szerzők betartása minden PLoS One politikák adatok megosztása és anyagok. Katalógusa

Bevezető katalógusa

A gyomor rákos megbetegedések rendkívül halálos daganatok öt éves túlélési arány, hogy az egyik legrosszabb jelentett semmilyen szilárd tumorok. Adatai szerint a National Cancer Institute Surveillance, Epidemiology and End Results (SEER) Program, az ötéves túlélés gyomorrákos betegeknél (GC) csak kevéssé javult az elmúlt 50 évben, 12-22 százalék. [1] A hajlama GC korai áttétes terjesztése már jól dokumentált a korábbi tanulmányok [2], [3]. Alapján az elmúlt adjuváns fázisú vizsgálatokban túlélési előny adjuváns kemoterápia vagy chemoradiation terápia leírták GC [4] - [7]. Azonban 25 és 40% -a az összes műtétileg eltávolított GC betegek még kialakulhatnak kiújulás, amelyek nem alkalmasak, hogy újra reszekció [4], [7] - [9]. Patológiás stádiumban és IV GC, 5 éves betegségmentes túlélés aránya nagyon alacsony (IIIA, 57,6%, IIIB, 39,6%, és a színpadi IV 26,3%) [8] hozó hogy ezek a daganatok inherensen agresszív viselkedést. Ezzel szemben, a patológiai Stage II GC betegek kedvezőbb klinikai kimenetel 5 éves betegségmentes túlélés aránya 76% -90% a műtétet követő és adjuváns kezelésére [8], [9]. Mindazonáltal van egy széles spektrumú klinikai agresszivitás még ugyanabban a szakaszban néhány beteg gyógyítható a műtét önmagában míg néhány beteg ismétlődnek röviddel a műtét után, és az adjuváns chemoradiation terápiát. Ennélfogva a feltételezésen alapul, hogy van egy jelentős molekuláris heterogenitása, terveztünk egy nagy pikkelyes génexpressziós tanulmány elkészítésére, molekuláris vizsgálat, amely hatékonyan tehet az alacsony kockázatú, nagy kockázatot jelentő GC csoportok kiújulás műtét után. Katalógusa

a molekuláris vizsgálat, amely azonosítja a magas kockázatú betegek visszaesésének vezethet optimális perioperatív kezelési stratégiák GC. A felfedezés szakasza tartalmazza GC betegek klinikai szakaszában kezelt sugárkezeléssel (N = 520). Tumorblokkokat ezeknél a betegeknél vetettük alá, prognosztikai gének felfedezése segítségével teljes genom DASL assay (WG-DASL) (Illumina, San Diego, CA), egy microarray génexpressziós módszer formalin-fixált, paraffinba ágyazott szövet (FFPE). A cél az volt, hogy dolgozzon hipotézis a klinikai hasznosság és fedezze jelölt prognosztikai vagy belső referencia gén, amely segít középpontba génexpressziós vizsgálattal. Eredmények a ez a fázis azt javasolta, hogy a klinikai hasznossága génexpressziós alapú prognosztikai algoritmus esetlegesen megkülönböztetni a magas kockázati csoportba között színpadi II betegeknél. Katalógusa

A cél az volt, hogy dolgozzon ki egy hipotézist a klinikai hasznosság és fedezze jelölt prognosztikai vagy belső referencia gének kialakítása érdekében fókuszált génexpressziós vizsgálatokban. Az eredmények a felfedezés szakaszában arra utalnak, hogy a klinikai hasznossága génexpressziós alapú prognosztikai algoritmus esetlegesen megkülönböztetni a magas kockázati csoportba között színpadi II betegeknél. Használatával egy erőteljes többlépcsős prognosztikai algoritmus, gyomorrák prognosztikai pontszáma (GCP) színpadi II GC betegek alakult, hogy azonosítsák a magas kockázatú betegek kiújulás műtét után. Katalógusa

Módszerek katalógusa

Szeptembertől 1994 2005 decemberéig 1557 GC betegnél kuratív gastrectomián Samsung Medical Center. Azok között, 1,107 betegek kiválasztása alapján a következő kritériumoknak: szövettanilag igazolt adenocarcinoma a gyomorban; műtéti eltávolítása tumor nélkül makroszkopikus vagy mikroszkopikus visszamaradó betegség; életkor ≥18; patológia színpadi IB (T2bN0, T1N1 de nem T2aN0) a IV szerint az American Joint Committee on Cancer (AJCC) staging rendszer (6 ^{th Ed); teljes sebészi rekord és a kezelés eredménye, és a betegek fogadására a INT-0116 kezelés adjuváns kezelés [7]. A tanulmány által jóváhagyott intézményi felülvizsgálati tanács a Samsung Medical Center, Szöul, Dél-Korea (IRB jóváhagyási szám: SMC 2010-10-025). Minden vizsgálatban résztvevők írásos beleegyezését adta forma által ajánlott IRB. Azoknál a betegeknél, akik elhunytnak a vizsgálatba való belépéskor, írásos beleegyezését adta formák alól az IRB. Vizsgálati terv és a betegcsoportok megfelelően nyújtják REMARK iránymutatás (1A, 1B, Fájl S1, 1. szakasz). A kohorsz 1107 betegnél a felfedezés sor 520 beteget és egy érvényesítési sor 587 beteget véletlenszerűen és elkülönített 6 tételekben rétegezni a tumor mérete és műtét évében a WG-DASL vizsgálattal. Katalógusa}

Annak elkerülése érdekében, fals pozitív következtetéseket a túlzott illeszkedő, prognosztikai algoritmusokat és azok előre meghatározott vágási pontot vizsgáltak független kohorszok nem használt prognosztikai gének felfedezése és az algoritmus épületben. A 4-fázisú vizsgálatot végeztek el, 4 előre definiált független kohorsz toborzott a Samsung Medical Center. Az első 3 kohorsz betegek bevonásával hasonló klinikai és patológiai jellemzőket sugárkezeléssel kezelt vizsgálati kohorszok (File S1, 2. szakasz). Az első szakasz (felfedezés szakasz), a vizsgálatban GC betegek klinikai szakaszában akiket kemoradioterápiával (N = 520) [8]. Tumorblokkokat ezeknél a betegeknél vetettük alá, prognosztikai gének felfedezése a WG-DASL (Illumina, San Diego, CA), egy microarray génexpressziós módszer FFPE [7]. Egy ad hoc külső hitelesítésére gén készlet végeztük, hogy minimalizálják a torzítások egységes intézményi bontásban. A második szakasz (algoritmus fejlesztés) volt lefordítani megállapításokat az első fázist egy klinikailag alkalmazható vizsgálati formátumban. Azért választottuk a nCounter platform (Nanostring Technologies, Seattle, WA), mert képes kihallgatni az expressziós szintek, a legfeljebb 800 gének alkalmazásával kivont teljes RNS FFPE egyetlen csőben reakció [8]. Mi árnyékolt szakaszban II betegeknél az első szakasz (N = 186) az de novo katalógusa felfedezése prognosztikai gének kiválasztott ideális kombinációját gének felhasználásával gradiens legalább abszolút zsugorodása és a kiválasztás operátor (lasszó) algoritmus [10], majd épített egy első generációs GCP (GCP-g1) hozzáadásával termékek normalizált génexpressziós és együtthatókat a Cox-féle modellje DFS. A harmadik csoportban a színpadi II betegek (N = 216). A negyedik fázisban (vizsgálat klinikai hasznosság egy műtét csak beállítás), teszteltük a potenciális klinikai hasznosságát GCP stádiumú II kezelt betegek műtét csak. Egy időbélyeg protokoll (ábra S12) fejlesztették feldolgozás előtt ezen utolsó csoportban. Mi későbbiekben kifejlesztett egy kifinomult második generációs GCP (GCP-g2) (a végleges gén set) elemzésével kombinálva szakasz II kohortokra a második és a harmadik fázis a tanulmány. Katalógusa

génexpressziós segítségével egész genome- DASL assay katalógusa

mielőtt az egyes gén profil kísérletben szöveti mintákat véletlenszerűen kiosztott különböző tételek rétegezni műtéti idő (2000 előtt vs. 2000 után) és a tumor mérete (≤5 cm vs > 5 cm), hogy minimalizálják a variációk a DNS minőségét. Teljes RNS-t extraháltunk 2-4 szakaszainak 4-um vastagságú FFPE metszetek reprezentatív primer tumor blokkok segítségével a High Pure RNA Paraffin kit (Roche Diagnostic, Mannheim, Németország) eltávolítása után nem-daganatos elemek manuális macrodissection vezérlik hematoxilinnel és eozinnal festett lemezeket. WG-DASL vizsgálatot végeztünk 200 ng RNS-t a gyártó használati [11]. A nCounter assay, 200 ng teljes RNS-t hibridizáljuk az egyedi tervezésű kódkészlet 800 gének 18 órán át 65 ° C-on és a feldolgozott szerint a gyártó használati [12]. Az adatokat normalizáltuk, hogy átlagos expressziós szintjét 48 belső referencia gének közül választott microarray kísérletben. A részletes leírást a felfedezés fázisból WG-DASL assay biztosított Fájl S1, 3. szakasz összehasonlíthatóságát DNS minőségét FFPE szövet és friss fagyasztott szöveteket DASL vizsgálatot korábban publikált [13], [14]. Katalógusa

A prognosztikai modell építése és validálása katalógusa

Az algoritmus n-Counter-alapú vizsgálat fejlődése klinikai hasznosság alapján WG-DASL biztosított Fájl S1 szakaszában 4-6. Használtuk a színátmenet lasszó algoritmus, hogy illeszkedjen egy előrejelzési modellt alapul Cox-féle arányos kockázati modellt DFS a próbák marginális p értéke < 0,01 (S2 kép File S1) [10]. Mi használt szabadság egyet kereszt érvényesítés de novo felfedezés minden hagyjuk egy lépésről teljesítményének értékelésére a prognosztikai modell a felfedezés korosztály. Optimális vágási pont úgy határoztuk meg, ami egy telek p-értékeket az egyes cut-pont a prognosztikai pontszámot. Érvényesítésre tanulmány eleve meghatározott algoritmus és a cut-pont értékeket használtuk. A validációs eljárás GCP körvonalazott Fájl S1, 7. szakasz katalógusa

Eredmények katalógusa

A microarray génexpressziós profilt GC kezelt betegek adjuváns sugárkezeléssel (1. fázis) hotelben

végeztünk génexpressziós profilozása FFPE a felfedezés kohorsz 520 esetek színpadi IB-IV GC kezelt szabványos kemoradioterápia után kuratív rezekció a WG-DASL assay (1. ábra). Közülük 432 mintát át RNS minőségellenőrző (GEO adatbázis GSE 26253) (File S1, 3. szakasz). Az elsődleges végpont a betegségmentes túlélés képezte. Egyváltozós elemzés azonosított 369 próbák, amelyek szignifikáns összefüggést mutattak a betegségmentes túlélés p < 0,01 átállítás nélkül más klinikai változók (File S1 szakaszának 3d). Ezután gradiens Lasso használták, hogy dolgozzon ki egy prognosztikai algoritmus megjósolni kiújulás (File S1 szakaszának 3e). A szabadság-one-out kereszt-érvényesítés (LOOCV) eljárás de novo katalógusa felfedezése prognosztikai gének és az épület egy prognosztikai algoritmus minden lépésben használtunk, hogy megvizsgálja a robusztusság prognosztikai algoritmus. Szerint a prognosztikai gén aláírások (26 gén, Fájl S1 szakaszának 3f) és patológiai szakaszában (lokalizált vs. haladó), 432 beteget soroltuk a következő csoportok: az alacsony kockázatú és színpadi IB /II (N = 145; 5 év DFS, 84,8%), a magas kockázatú és színpadi IB /II (N = 90; 5 éves DFS, 61,1%), alacsony kockázatú és színpadi III /IV (N = 83; 5 éves DFS, 48,9%), és a magas kockázatú és színpadi III /IV (N = 114; 5 éves DFS, 36,9%) (2. ábra). Mint egy ad-hoc analízis megvizsgáltuk ezt a gént aláírást génexpressziós adatokat a Singapore pácienscsoporton (N = 199), hogy minimalizálják a benne rejlő torzítások egyetlen intézményt kohorsz [15]. A külső pácienscsoporton, a gén aláírás tudta szétválasztani a magas kockázatú csoportban (N = 100) az alacsony kockázatú csoportban (N = 99), ismétlődés statisztikai szignifikancia (p < 0,00001, a kockázati arány (HR), 2,3; 95% CI, 1,62-3,28) (2. ábra). Ezek az adatok arra utalnak, a fő klinikai hasznosságát génexpressziós profilt a GC az azonosítása nagy kockázatú betegek körében szakasz II beteg (alacsony vs. magas kockázatú színpadi IB /II, 84,8% vs. 61,1%; alacsony vs. magas kockázatú stádiumú /IV, 48,9% vs. 36,9%). Ezért a fejlesztés a klinikai vizsgálat és jóváhagyás, mi elsősorban a fejlődő gén-készlet létrehozását, amely erőteljesen előre kiújulás szakaszban II betegeknél. Katalógusa

gyomorrák kialakulásával prognosztikai pontszáma (GCP) színpadi II GC segítségével nCounter assay (2. szakasz)

egyedi tervezésű egy nCounter próba készlet tartalmaz jelölt prognosztikai gének WG-DASL microarray adatok (1. fázis), valamint az ismert rák gének, kináz gének, és a G-fehérjéhez kapcsolt receptor géneket. A címet a variabilitás probléma a integritását RNS molekulák archivált FFPE miatt pre-analitikai változók, mint például rögzítés idő és a kor, a blokkok, mi belül alkalmazott minta-normalizáció segítségével egy sor 48 belső referencia gének közül választott microarray adatok alapján a minimális eltérés az ügyekre, és nincs kapcsolata prognózissal (File S1, 4. fejezet). Összefüggés a kockázati arányok prognosztikai gének alapján nanostring és WG-DASL biztosított Fájl S1, 4b szakasz ábra S3 Fájl S1. Katalógusa

profilos 186 szakasz II betegeknek a felfedezés készlet. Értékelése után, a szilárdsága prognosztikai algoritmus által épített gradiens LASSO keresztül LOOCV alkalmaztuk gradiens LASSO minden 186 beteg és az azonosított 8 gén (LAMP5, cdc25B CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, Nox4 és TFDP1), amelyek együttesen nyújtott robosztus prognosztikus információ (1. táblázat). A GCP ezután fejlesztették lineáris kombinációja a Cox-féle regressziós becslések és normalizált expressziós szintjének ezen 8 géneket. A cut-elemzés azt mutatja, hogy a GCP volt legerősebb azonosításában 25% -ánál a legrosszabb eredmények (File S1, 4. fejezet). Azért választottuk a cut-point of 0,2205 leendő érvényesítés a független validációs csoport. Katalógusa

validálása GCP és előre meghatározott cut-point szakaszban II GC kezelt betegek sugárkezeléssel (3. fázis) hotelben

hogy elkerüljék az esetleges túlzott illeszkedő probléma kapcsolódó kereszt-érvényesítés [16], azt érvényesíteni GCP a rögzített algoritmus és cut-pontokat független pácienscsoporton hogy nem használunk gének felfedezése. A klinikai és patológiai jellemzői 216 szakasz II betegeknél a validációs meghatározott hasonlóak voltak a felfedezés kohorsz (File S1, 6. szakasz, és számok S4-6 File S1). Amikor alkalmazott GCP-G1 a validálási sorozatban, a kockázati pontszám eloszlása ​​nagyon hasonló volt, ami arra utal, a robusztus analitikai a vizsgálat elvégzése (File S1, 7a, ábra S7 Fájl S1). Az előre meghatározott cut-point (0,2205) a GCP-g1 sorolt ​​22,7% daganatok a validációs beállítva magas kockázati csoportba. A Kaplan-Meier becslés 5 éves DFS a nagy kockázatú betegek 58,6%, szemben a 85,4% az alacsony kockázatú betegek (HR kiújulás 3,16; p = 0,00004) (3. ábra). GCP jelentős volt mindkét intestinal- és diffuse- típusú GC, ábrán látható S8 Fájl S1 (File S1 szakasz 7b). A többváltozós elemzés további mutatja, hogy a GCP-G1 szolgáltatott további prognosztikus információt mellett egyéb ismert tényezők, mint például Lauren osztályozás, differenciálódás fokozatú, az életkor, és a sebészet típus (HR, 3,027; p = 0,00016; 2. táblázat). Ezért GCP lehet használni azonosítására szakasz II betegek továbbra is nagy a kockázata is, melyeket a szokásos adjuváns kemoradioterápia és akik hasonló kiújulás kockázata, mint a színpadi III betegeknél. Katalógusa

GCP prognosztikai faktorként színpadi II GC kezelt betegek a műtét csak alapuló prospektív protokoll (4. fázis) hotelben

a felülvizsgálat klinikai adatbázis azonosított 306 beteg, akik nem kaptak a posztoperatív kezelés alapja a közös döntést az orvosok és a betegek (File S1, 1. szakasz, táblázat S1 File S1). Ezek a betegek voltak kitéve a feltáró elemzések értékelése prognosztikai szerepét GCP kezelt betegek műtét csak és tesztelése a hipotézist, hogy az előny a sugárkezeléssel korlátozódik a nagy kockázatú betegek által meghatározott GCP. Erre a lépésre, kifejlesztettük GCP-g2 (táblázat S8 Fájl S1), a második generációs GCP, elemezve minden szakaszában II esetet 2. és 3. fázisban, hogy maximalizálja a minta mérete. Prospektív teszteltük az előre meghatározott GCP-g2 algoritmus és cut-pont leírtak időbélyegző protokoll (ábra S12 Fájl S1). A GCP-g2 megjósolt kiújulás 300 szakaszban II daganatok relatív hazárd 2,131 (95% CI, 1,428-3,180; p = 0,00021) (HR, 3,16) (ábra S9 Fájl S1). Ahhoz, hogy a lehető legkisebb legyen több mint felszerelésének algoritmus sugárkezeléssel kezelt betegeknél, mi is teszteltük a GCP-G1, amelyet korábban érvényesített sugárkezeléssel kezelt csoportban, a műtét önmagában kohorsz (ábra S10 Fájl S1). A hazárd GCP-g1 (HR, 1,77; 95% CI, 1,18-2,67; p = 0,0053) is hasonló, GCP-g2 (3. ábra). Ezért a GCP erőteljesen előre jelzett kiújulás szakaszban II GC vagy anélkül posztoperatív kezelést. Ezen adatok alapján, akkor feltételezhetjük, hogy a magas kockázatú szakasz II meghatározott beteg GCP nem nyereség óriási hasznot sugárkezeléssel. Katalógusa

Expression kedvezőtlen prognosztikai gének tumor mikrokörnyezethez

Minden 3. Stage II kohorsz ezen vizsgálatba bevont, fokozott expressziója 4 gének GCP (Nox4, LAMP5, MATN3, és CLIP4) társult rossz prognózissal. Mivel az ismert funkciók ezen gének sugallják a kifejezést mikrokörnyezet nem pedig a tényleges tumorsejtek végeztünk a nCounter assay mikrometszett tumorok ellen stroma alkatrészek 4 képviselő magas kockázatú daganatok (ábra S11 Fájl S1). Az expressziós Ezen gének szignifikánsan magasabb volt stroma alkatrészek, összehasonlítva epiteliális rákos sejteket, és Nox4 mutatja a legkifejezettebb különbség (p = 0,04).

Discussion

A kezdeti felfedezés fázisban, végeztünk WG-DASL minden szakaszában GC betegeknél. Ezután alapuló WG-DASL adatok azt figyeltük meg, hogy a szegregáció magas kockázati csoportba alacsony kockázatú csoportba volt a legjelentősebb korai szakaszában Ib /II beteg (alacsony vs. magas kockázatú színpadi IB /II, 84,8% vs. 61,1%; alacsony vs. magas kockázatú szakasz III /IV, 48,9% vs. 36,9%). Ezért a fejlesztés a klinikai vizsgálat és jóváhagyás, mi elsősorban a fejlődő gén-készlet létrehozását, amely erőteljesen előre kiújulás szakaszban II betegeknél. Mi kifejlesztett és validált prognosztikai algoritmus gyomorrák, GCP, ami erőteljesen azonosítsák a magas kockázati csoportok körében kiújulás szakasz II betegeknél. GCP felhasználásával fejlesztettek nCounter platform, megmutatta a masszív teljesítményt FFPE mintákban. Ezen túlmenően, a felvételét belső referencia gének engedélyezte a GCP hogy az egyes betegek. Ezért azt javasoljuk, hogy a GCP könnyen alkalmazható a rutin klinikai használatra. A GCP 8 gének (LAMP5, cdc25B CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, Nox4 és TFDP1) fedezték fel és érvényesített több mint 700 színpadi II GC betegeknél. Azt találtuk, hogy a GCP azonosított magas kockázatú betegek GC kiújulás függetlenül adjuváns kezelés és hogy a magas kockázatú szakasz II GC betegek esetében hasonló DFS szakaszba betegeknél. Figyelemre méltó, hogy a GCP megjósolt kiújulásának mindkét Lauren típusú (diffúz vagy bél) (ábra S8 Fájl S1). Katalógusa

adatok egyértelműen bizonyítják, molekuláris heterogenitást GC, amely kapcsolatban állt a klinikai kimenetelt de független klinikopatológiai staging információkat. Adataink azt mutatják, hogy a színpadi IB /II beteg nagyon rossz a prognózisa, amikor a tumor kifejezett rossz prognózisú gén aláírásokat. Volt a különbség 23,7% az 5 éves DFS a magas kockázatú és alacsony kockázatú gén aláírások színpadi IB /II beteg, és az 5 éves DFS magas kockázatú színpadi IB /II betegek 60% -a alatti, annak ellenére, hogy a adjuváns kemoradioterápia (1. ábra). Ezért szükséges lehet a jövőre tervezzen egy próba a kérdést, vajon kemoradioterápia szükséges színpadi IB /II betegek alacsony kockázatú génexpressziós profilokat. Annak érdekében, hogy minimalizálják a lehetséges torzítások eltérések a klinikai gyakorlatban, illetve a műtét egyetlen központban, végeztünk egy ad hoc külső hitelesítésére az aláírást az aláírás ellenőrzéséhez. Amint azt az eredményei, az aláírás következetesen megjósolt kiújulás Szingapúrban csoportban. Katalógusa

Ezek a 8 végleges GCP gének (LAMP5, cdc25B CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, Nox4 és TFDP1) cdc25B és CDK1, amelyekről ismert, hogy társítható a sejtproliferációt, azt találtuk, hogy korrelál a kedvező prognózist (negatív Cox regressziós becsléseket a 2. táblázatban). Nevezetesen, egy hasonló tendencia volt megfigyelhető a vastagbélrák által egy génexpressziós vizsgálati eljárás [17], [18]. Ezek az eredmények tükrözhetik a differenciálódási állapotát ezeknek a tumorsejteknek, mivel a normál gyomor és a vastagbél nyálkahártyájának epitheliális sejtek nagy forgalom aránya. TFDP1 kódolja a transzkripciós faktor DP-1, amely úgy működik, mint egy pozitív szabályozó a G1 /S átmenetet a sejtciklus során [19], [20]. Különösen a hepatocelluláris karcinóma, TFDP1 overexpresszió lényegesen társuló betegség progresszióját [19]. Mivel esik e jelenlegi vizsgálat nem tartalmaz funkcionális tanulmány ezen gének biológiai jelentőséget nem kell vizsgálni a jövőbeli vizsgálatokban. Nemrégiben Cho et al. Katalógusa teljesített a legnagyobb génexpressziós 213 GC betegek friss fagyasztott szövetekben [21]. Ők azonosították 6 prognosztikai gének (CTNBB1, EXOCS3, TOP2A, LBA1, CCL5 és LZTR1) beteg túlélése után kuratív rezekció. Ahhoz azonban, hogy a legjobb tudásunk, GCP az egyetlen gén halmaz, amelyet már érvényesített több mint 700 színpadi II GC betegek, függetlenül attól, Lauren besorolás (diffúz vagy bél), egy ismert prognosztikai faktor vagy adjuváns kezelés. Katalógusa

Végeredményben a használata egy többlépcsős megközelítés, kifejlesztettünk 8-gén GCP, amely képes volt erőteljesen azonosítsák a magas kockázatot szakasz II GC betegek visszaesésének műtét után, függetlenül az adjuváns kezelés. Jelenleg a folyamatban lévő MŰVÉSZ-II vizsgálatban (NCT61461), azt tervezzük, hogy érvényesítse a GCP egy prospektív, III fázisú vizsgálatban. Katalógusa

Támogató információ
Fájl S1. Pg: 1. A beteg jellemzőit vizsgálati kohorszok minden lépésben (táblázat S1). a. Táblázat S1. A betegek jellemzőit. 2. Klinikai és patológiai jellemzői vizsgált esetek az egyes fázisokban. 3. részletes leírása a felfedezés lépés segítségével WG-DASL assay (1. lépés). a. Ábra S1. QA WG-DASL adatokat. b. Táblázat S2. Összehasonlítása FISH és IHC eredménye HER2 státusz gyomorrákban 1. lépésben c. Táblázat S3. Listája próbákkal, egymástól eltérő módon fejeződnek között a HER2-pozitív és negatív HER2- betegcsoportok 1. lépésben d. Táblázat S4. Listát az összes próbák egyváltozós p-értékek < 0,01 1. lépésben e. Ábra S2. Gradiens Lasso algoritmus. f. Táblázat S5. List 26 szondák szereplő előrejelző modell által illesztett teljes adathalmaz (n = 432). g. Táblázat S6. Többváltozós Cox regressziós elemzés eredményeit gének felfedezése set (n = 432). 4. Tervezési fókuszált génexpressziós assay nCounter platform. a. Táblázat S7. Listája referencia gének nCounter vizsgálatban. b. Ábra S3. Összefüggés a kockázati arányok prognosztikai gének alapján quantile normalizáció és az önálló normalizálás segítségével WG-DASL vizsgálattal. 5. nCounter vizsgálat és minőség-ellenőrzés. 6. a cut-off gyomorrák prognosztikai pontszáma (GCP (S4, S5, & S6). A. Ábra S4. DFS szerint minden kvartilisének a GCP-g1. B. Ábra S5. Cut-pont elemzés GCP-g1. c. ábra S6. DFS szerint optimalizált vágási pont GCP-g1. 6. megoszlása ​​GCP között felfedezés készlet és validálási sorozatban. a. ábra S7. megoszlása ​​GCP-g1 a felfedezés és a validálási sorozatban. b. ábra S8. GCP: intesztinális vs diffúz típusú. 7. tesztelése klinikai hasznosságát GCP-G2 kezelt betegeknél műtét csak. a. ábra S9. DFS a Stage II kezelt betegek sugárkezeléssel alapuló negyedbe GCP-G2. b. ábra S10. DFS szakasz II kezelt betegek műtét önmagában alapuló negyedbe GCP-g2. c. ábra S11. Expression kedvezőtlen prognosztikai gének tartoznak a gyomorrák prognosztikus pontszámát szerint szövetrész (tumor versus stroma). normalizált kifejezés szintek jelennek meg. d. táblázat S8. listája nCounter próbák szerepelnek GCP-g2. 8. Gyomorrák validálási vizsgálati protokoll. a. Ábra S12. A gyomorrák validációs vizsgálat protokoll. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0090133.s001 katalógusa (DOCX) hotelben

• PLoS One: HIF-1 alfa túltermelése összefüggést mutat a rossz Teljes túlélés és betegségmentes túlélés a gyomorrákos betegek utáni Gastrectomy
• PLoS One: A betegek életkori vagy proximalis daganatok esetében hasznos metabolikus szindróma korai szakaszában Gyomor Cancer