PLoS ONE: Nanostring-based Multigene Analizės prognozuoti pasikartojimo skrandžio vėžiu sergantiems pacientams po Surgery

Anotacija

Nepaisant iš palaikomąja chemoterapija ar chemoradioterapija, maždaug trečdalį etapas II skrandžio vėžio naudą (GC) pacientams išsivystė recidyvo. Šio tyrimo tikslas buvo sukurti ir patvirtinti prognostinę algoritmas skrandžio vėžiu (GSP), kurie gali tvirtai nustatyti didelės rizikos grupę pasikartojimo tarp II etapo pacientams. buvo atlikta iš kelių etapų genų ekspresijos tyrimas. Pirma, Mikrogardelė genų ekspresijos profiliavimas archyve parafino įterptųjų naviko blokų buvo naudojami siekiant nustatyti kandidates prognozinius genus (n = 432). Antra, orientuota genų ekspresijos tyrimas įskaitant prognozinių genų buvo naudojamas sukurti tvirtą klinikinį tyrimą (GSP) į II etapo pacientus iš tos pačios kohortos (N = 186). Trečia, iš anksto supjaustyti ne už GSP buvo patvirtintas naudojant nepriklausomą etapas II kohorta (n = 216). GSP buvo patvirtintas kitoje rinkinys su II pakopos GC, kuris buvo atliktas operacija be pagalbiniam gydymui (N = 300). GSP buvo sukurtas sudedant COX regresijos koeficientų ir normalizuota išraiška lygių 8 genų produktas (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, TFDP1). Perspektyviai apibrėžta cut-taškas GSP klasifikuojami 22,7% įteisinimo kohortos gydomi chemoradioterapija (n = 216), kaip didelės rizikos grupei su 5 metų pasikartojimo norma 58,6%, palyginti su 85,4% mažos rizikos grupei (rizikos santykis pasikartojimo = 3.16, p = 0,00004). GSP taip pat nustatė didelės rizikos grupė tarp II etapo gydomiems pacientams tik chirurgine operacija (rizikos santykis = 1,77, p = 0,0053)

nurodomoji dalis:. Lee J Sohn aš, Ar IG, Kim KM, parkas SH Park JO, ir kt. (2014) Nanostring-Based Multigene Analizės prognozuoti pasikartojimo skrandžio vėžiu sergantiems pacientams po operacijos. PLoS ONE 9 (3): e90133. Doi: 10,1371 /journal.pone.0090133

redaktorius: "Ju-Seog Lee Teksaso universiteto MD Anderson Cancer Center Jungtinės Amerikos Valstijos

Įstojo rugsėjo 23, 2013 m Priėmė: Sausis 26, 2014 m Paskelbta: Kovo 5, 2014

Visos teisės saugomos: © 2014 Lee et al. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis tyrimas parėmė yra vidines dotacijos iš "Samsung" medicinos centras. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų. Patrickas Tan yra PLoS ONE redkolegijos narys. Tai nekeičia autorių laikytis visų PLoS ONE politikos dalijimosi duomenimis ir medžiagų.

Įvadas

Skrandžio vėžio yra labai mirtinas piktybiniai navikai, kurių penkerių metų išgyvenamumas yra vienas iš blogiausių pranešė už bet kokius solidinių navikų. Remiantis duomenimis iš Nacionalinio vėžio instituto priežiūros, epidemiologijos ir galutinius rezultatus (SEER) programa, penkerių metų išgyvenamumas pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu (GC) pagerėjo tik kukliai per pastaruosius 50 metų, nuo 12 iki 22 proc. [1] GC polinkis į ankstyvą metastazavusiu sklaidos buvo gerai dokumentuota ankstesniuose tyrimuose [2], [3]. Remiantis pastaraisiais adjuvantinis III fazės tyrimų, išlikimo naudos iš palaikomąja chemoterapija ar chemoterapija ir radioterapija gydymas buvo dokumentuojami GC [4] - [7]. Tačiau, 25-40% visų chirurginiu būdu rezekcijos GC pacientų vis dar sukurti recidyvų, kurie yra neįmanomas iš naujo rezekcija [4], [7] - [9]. III patologinis etape ir IV GC, 5 metų išgyvenimo be ligos lygis yra labai menkas (IIIA Pakopos, 57,6%, IIIB, 39,6% ir IV stadijos 26,3%) [8] implicating, kad šie navikai prigimties agresyvų elgesį. Priešingai, patologiniai II etapo GC pacientai turi palankesnį klinikinei baigčiai su 5 metų ligos reiškinių išgyventas normos 76% -90% po operacijos ir pagalbiniam gydymui [8], [9]. Nepaisant to, yra platus spektras klinikinės agresyvumo netgi toje pačioje scenoje su kai kurie pacientai buvo gydomi vien tik operacijos, o kai kuriems pacientams pasikartoti netrukus po operacijos ir adjuvantinis chemoterapija ir radioterapija terapija. Vadinasi, remiantis hipoteze, kad kyla didelė molekulinė heterogeniškumas, mes sukūrėme didelį masto genų ekspresijos tyrimus sukurti molekulinį tyrimą, kuris gali efektyviai diskriminuoti mažos rizikos nuo didelės rizikos GC grupių pasikartos po operacijos.

molekulinė testas, kuris identifikuoja didelės rizikos pacientus pasikartojimo gali sukelti optimizuotas perioperacinei gydymo strategijų GC. Šis atradimas etapas įtrauktas GC pacientams iš visų klinikinių stadijų gydomiems chemoradioterapija (N = 520). Naviko blokų iš šių pacientų buvo atliktas prognostinį genų atradimo naudojant visą genomą DASL tyrimą (WG-DASL) (Illumina, San Diegas, CA) A Mikrogardelė genų ekspresijos metodas formalino fiksuoto parafiną įdėta audinio (FFPE). Tikslas buvo sukurti hipotezė klinikinį naudingumą ir atrasti kandidato prognostiniai ar vidaus referencinius genus, kurie padės dizaino orientuota genų ekspresijos tyrimą. Rezultatai nuo šio etapo pasiūlė, kad, klinikinį naudingumą genų raiškos remiantis prognostinę algoritmą potencialiai gali atskirti didelės rizikos grupei tarp II pakopos pacientams.

Projekto tikslas buvo sukurti hipotezę klinikinį naudingumą ir atrasti kandidatas prognostiniai ar vidaus pagalbos genai siekiant sukurti tikslinį genų ekspresijos tyrimų. Rezultatai nuo atradimas etape rodo, kad klinikinis įrankis iš genų ekspresijos įsikūrusio prognostinį algoritmas gali potencialiai atskirti didelės rizikos grupei tarp II etapo pacientams. Su tvirtu daugiapakopį prognostinį algoritmą, skrandžio vėžio prognostinis balas (GSP) už II etapo GC pacientų buvo sukurta siekiant nustatyti didelės rizikos pacientus pasikartos po operacijos.

Metodai

Nuo rugsėjo 1994 iki 2005 m, 1,557 GC ligoniams atlikta gydomoji pašalintas skrandis Samsung medicinos centras. Tarp tų, 1107 pacientai buvo atrenkami remiantis šiais kriterijais: histologiškai patvirtinta adenokarcinoma skrandžio; chirurginė rezekcija naviko be makroskopinių ar mikroskopinių likutinės ligos; Amžius ≥18; patologija etapas IB priedus (T2bN0, T1N1 bet ne T2aN0) IV, pagal Amerikos jungtinio komiteto vėžys (AJCC) sustojimo sistema (6 ^{-asis ED); pilnas chirurginis rekordas ir gydymas įrašas, ir ligoniams, kuriems INT-0116 režimas, kaip papildomą gydymą [7]. Tyrimas patvirtino institucinę peržiūros valdybos Samsung Medical Center, Seulas, Pietų Korėja (IRB patvirtinimo numeris: SMC 2010-10-025). Visos numatytos parašyta informuotas sutikimas forma tyrimo dalyviai rekomendavo IRB. Pacientams, kurie palikėjo tyrimo pradžioje rašytiniai informuotas sutikimas formos buvo atsisakyta pagal IRB. Tyrimo dizainas ir pacientų kohortos teikiami pagal pastabą gairės (1A pav, 1B, Failų S1, 1 skyrius). Iš 1107 pacientų, atradimas rinkinys 520 pacientų ir tvirtinimo rinkinys iš 587 pacientų kohortos buvo atsitiktinai priskirti ir paskirstyti 6 partijas suskirstyti pagal naviko dydžio ir metų operacijos WG-DASL tyrimu.}

Kad būtų išvengta klaidingai teigiami išvados dėl per montavimo, prognostiniai algoritmai ir jų iš anksto supjaustyti taškų buvo išbandyta nepriklausomų narkomanų, kurie nebuvo naudojami prognostinį genų atradimo ir algoritmas pastate. 4-ių fazės buvo sukurta, su 4 teminėse nepriklausomų kohortos įdarbinti iš "Samsung" medicinos centras. Pirmąsias 3 kohortos yra pacientų, turinčių panašių klinikinių ir patologinių funkcijų iš chemoradioterapija gydytų studijų kohortos (Failų S1, 2 skyrius). Pirmasis etapas (atradimas etapas) Tyrimo įtraukti GC pacientams iš visų klinikinių etapais, kurie buvo gydomi Chemoterapija radioterapija (N = 520) [8]. Naviko blokų iš šių pacientų buvo atliktas prognostinį genų atradimo naudojant WG-DASL (ILLUMINA, San Diegas, CA) A Mikrogardelė genų ekspresijos metodą FFPE [7]. Ad hoc išorinis patvirtinimas genų rinkinys buvo atliktas, siekiant sumažinti bet kokį šališkumą nuo bendros institucinės kohortos. Antrasis etapas (algoritmas plėtra) buvo išversti išvadas iš pirmojo etapo į kliniškai taikomą bandymo formatu. Mes pasirinkome nCounter platformą (Nanostring technologijos, Sietlas, WA), nes jo gebėjimas apklausti raiškos lygį iki 800 genų, naudojant bendrą RNR išskirtą iš FFPE vienmandatėje vamzdžių [8] reakcija. Mes tikrinami II pakopos pacientai iš pirmojo etapo (n = 186), skirtos de novo
atradimas prognozinių genų, pažymėtus idealus deriniai genų naudojant gradientas bent absoliuti susitraukimas ir atranka operatorius (Lasso) algoritmas [10], ir tada pastatė pirmos kartos GSP (GSP-G1) pridedant normalizuotų genų ekspresiją ir koeficientų produktus iš Cox modelis DFS. Trečioje kohortos II etapo pacientų (N = 216). Ketvirtajame etape (bandymai klinikinį naudingumą į chirurgijos tik nustatymas), mes patikrinome galimą klinikinį naudingumą GSP iš II pakopos gydytų tik operacija. Laiko žyma protokolas (S12 paveikslas) buvo sukurtas prieš šio galutinio kohortos tvarkymą. Vėliau mes sukūrėme rafinuotas antrosios kartos GSP (GSP-G2) (galutinis genų rinkinys) analizuojant Kombinuotosios II etapo gretos iš antrojo ir trečiojo etapų tyrimas.

Genų ekspresijos naudojant visą genome- DASL tyrimas

prieš kiekvieną geną profiliavimo eksperimento, audinių mėginiai buvo atsitiktinai paskirstyti į kelias partijas suskirstyti pagal operacijos metu (iki 2000 vs po 2000) ir naviko dydis (≤ 5 cm vs > 5 cm), siekiant sumažinti bet kokį nukrypimai nuo DNR kokybę. Iš viso RNR buvo išskirta iš 2-4 skirsniuose 4 mikrometrai storio FFPE skyriuose tipinių pirminio naviko blokų, naudojant aukšto Pure RNR parafino rinkinys ( "Roche Diagnostic, Manheimas, Vokietija) nuėmus ne auglio elementus rankiniu macrodissection vadovaujasi hematoksilinu ir eozinu Dėmėti skaidres. WG-DASL analizė atlikta naudojant 200 ng RNR pagal gamintojo nurodymus [11]. Už nCounter tyrime, 200 ng bendra RNR buvo hibridizuoti su užsakymą suprojektuoti kodų rinkinio 800 genų 18 valandų 65 ° C ir kuris perdirbtas pagal gamintojo nurodymus [12]. Duomenys buvo standartizuoti vidutiniškai ekspresijos lygio 48 vidinių etaloninių genų, parinktų iš mikrogardeliq eksperimentą. Išsamus aprašymas atradimas etape naudojant WG-DASL tyrimą yra numatyta Failų S1, 3 skirsnis DNR kokybę FFPE audinių ir šviežių šaldytų audinių naudojant DASL tyrimą palyginamumą buvo paskelbtas anksčiau [13], [14].

prognostinis modelis pastatas ir patvirtinimas

n-kontratakų bandinyje plėtros klinikinį naudingumą remiantis WG-DASL algoritmas yra numatyta Failų S1, 4-6 skirsniuose. Mes naudojome gradientas lasso algoritmą, kad tilptų prognozavimo modelį, grindžiamą Cox proporciniai pavojų modelio DFS naudojant zondus su ribinio p reikšmė < 0,01 (pav S2 Failų S1) [10]. Mes naudojome palikti vieną iš kryžminio patvirtinimo su de novo, atradimas vieni palikti vieną iš žingsnį įvertinti prognostinę modelio per atradimas kohortos efektyvumą. Optimalus supjaustyti taškas lėmė sukurti sklypą p reikšmės kiekvienam cut-taškas prognostinę rezultatą. Dėl tinkamumo patvirtinimo tyrimą, buvo naudojamas, a priori apibrėžtas algoritmo ir sumažinti taškų vertės. Patvirtinimo metodas GSP yra nurodyta Failų S1, 7. skyrius

Rezultatai

mikrogardeliq genų ekspresijos profiliavimas GC gydytų palaikomąja chemoradioterapija (1 etapas)

Mes atlikome genų ekspresijos profiliavimas FFPE iš atradimas kohortos 520 atvejų etapo IB-IV GC, gavusių standartinį chemoradioterapija po radikalių rezekcijos naudojant WG-DASL tyrimą (1 paveikslas). Tarp jų 432 mėginiai praėjo RNR kokybės kontrolę (geo duomenų bazės GSE 26253) (Failų S1, 3 skyrius). Pagrindinis galutinis taškas buvo DFS. Vienmatės analizės nustatė 369 zondai, kurie buvo reikšmingai susijęs su išgyvenimo be ligos p < 0,01, nederinant kitų klinikinių kintamųjų (Failų S1, 3d skirsnį). Be to, gradientas Lasso buvo naudojamas sukurti prognostinę algoritmą prognozuoti pasikartojimą (Failo S1, 3e skyrių). Atostogos-vienas iš kryžminio patvirtinimo (LOOCV) procedūra su de novo, pervežimas atradimas prognozinių genų ir yra prognostinis algoritmas kiekviename žingsnyje pastatas buvo naudojamas išnagrinėti prognostinę algoritmas tvirtumą. Pasak prognozinių genų parašų (26 genų, failo S1, 3f skirsnis) ir patologinių etapais (lokalizuota vs pažangaus), 432 pacientai buvo suskirstyti į šias grupes: mažos rizikos ir etapas IB /II (n = 145; 5 metų DFS, 84,8%), didelės rizikos ir etapas IB /II "(N = 90; 5 metų DFS, 61,1%), mažos rizikos ir etapas III /IV (n = 83; 5 metų DFS, 48,9%), ir didelės rizikos ir etapas III /IV (n = 114; 5 metų DFS, 36,9%) (2 pav.) Kaip ad hoc analizę, mes patikrinome šio geno parašas, naudojant genų ekspresiją profiliavimo duomenų iš Singapūro pacientų kohortos (n = 199), siekiant sumažinti bet kokį įgimtą šališkumo iš vienos įstaigos kohortos [15]. Išorės pacientų kohortos, genas parašas galėjo atskirti didelės rizikos grupei (n = 100) iš mažos rizikos grupei (n = 99) pasikartotų su statistinio reikšmingumo (p < 0,00001; šanso santykis (ŠS), 2,3; 95% PI, 1,62-3,28) (2 pav.) Šie duomenys rodo, pagrindinį klinikinį naudingumą genų ekspresijos GC į didelės rizikos pacientų identifikavimo tarp II pakopos pacientų (žemas vs didelė rizika etapas IB /II 84,8%, palyginti su 61,1%; III mažas vs aukštos rizikos etapą /IV 48,9% vs 36,9%). Taigi, klinikinės tyrimo ir įteisinimo eigą, mes sutelktas į besivystančių genų rinkinį, kuris gali tvirtai prognozuoti pasikartojimo II pakopos pacientams.

plėtros skrandžio vėžio prognostinio balas (GSP) už II etapo GC naudojant nCounter tyrimas (2 fazė)

užsakymą suprojektuoti žinutę nCounter zondas rinkinį, sudarytą iš kandidačių prognozinių genų iš WG-DASL microarray duomenis (1 etapas), taip pat žinomas vėžio genų, kinazės genų, o su G baltymu sujungto receptorių genai. Spręsti kintamumas problema RNR molekulių archyvą FFPE dėl paruošiamojo analizės kintamųjų, tokių kaip fiksacijos metu ir amžių blokus vientisumą, mes taikomas per imčiai normalizuoti naudojant 48 vidinių etaloninių genų, parinktų iš microarray duomenų rinkinį, pagrįstą dėl minimalių pokyčių visoje atvejais ir kartu su prognozei (Failų S1, 4 skyrių). Koreliacija tarp rizikos santykį prognozinių genų remiantis nanostring ir WG-DASL pateikiami Failų s1, 4b skirsnyje, ir S3 pav Failų S1.

profiliuota 186 II pakopos pacientai iš atradimas rinkinys. Po įvertinti prognozavimo algoritmų pastatytas gradiento Lasso per LOOCV tvirtumą, mes taikomas gradientas Lasso visi 186 pacientų ir nustatė 8 genus (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 ir TFDP1), kuris kartu su sąlyga, tvirtas prognostinė informacija (1 lentelė). Tada GSP buvo sukurtas kaip tiesinės kombinacijos Cox regresijos skaičiavimais ir normalizuota išraiška lygių šių 8 genuose. Supjaustyti taško analizė rodo, kad GSP buvo labiausiai patikimas nustatant 25% pacientų, sergančių blogiausių rezultatų (Failų S1, 4 skyrius). Mes pasirinkome supjaustyti taškas 0.2205 būsimiems patvirtinimo nepriklausomo patvirtinimo kohortos.

įteisinimas GSP ir jos iš anksto supjaustyti-taškas II etapo GC gydomiems pacientams chemoradioterapija (3 etapas)

Siekiant išvengti galimo virš montavimo klausimą susijusį su kryžminio patvirtinimo [16], mes patvirtinti GSP su fiksuota algoritmas ir cut-taškų nepriklausomai pacientų kohortos, kad nebuvo naudojama genų atradimo. Klinikiniai ir patologiniai bruožai 216 II pakopos pacientų iš įteisinimo nustatyta, buvo panašūs į iš atradimas kohortos (Failų S1, 6 skirsnyje, ir skaičiai S4-6 Failų S1). Kai mes taikomas GSP-G1 į patvirtinimo rinkinys, rizikos balas pasiskirstymas buvo labai panašūs, tai rodo tvirtą analitinį veiksmingumą tyrime (Failų S1, 7a skirsnį ir S7 paveikslas Vaizdas S1). už GSP-G1 anksto supjaustyti taškų (0,2205), klasifikuojami 22,7% navikų nuo patvirtinimo nustatytas kaip didelės rizikos grupei. Kaplan Meier metodu nustatyta 5 metų DFS už didelės rizikos pacientams buvo 58,6%, palyginti su 85,4% žemos rizikos pacientams (vyriausiojo įgaliotinio pasikartojimo, 3,16; p = kiekio 0.00004) (3 pav.) GSP buvo reikšmingas tiek intestinal- ir diffuse- tipo GKS, kaip parodyta S8 pav Failų S1 (File s1, 7b straipsnis). Daugiamatė analizė toliau rodo, kad GSP-G1 pateikė papildomos prognostinę informaciją, be kitų žinomų veiksnių, tokių kaip Lauren klasifikavimo, diferenciacijos laipsnio, amžiaus, ir chirurginės operacijos pobūdį (HR 3,027; p = 0,00016; 2 lentelė). Todėl GSP gali būti naudojami siekiant nustatyti II etapo pacientams, kurie lieka didelė rizika net po įprastinis adjuvantinis chemoradioterapija ir kurie turi panašią riziką pasikartojimo kaip III etapas pacientams.

GSP kaip prognostinis faktorius II etapo GC gydytų pacientų su operacija tik remiantis perspektyviai sukurta protokolo (fazės 4)

klinikinės bazės peržiūrą nustatyta 306 pacientams, kurie negavo pooperacinį gydymą, remiantis bendru sprendimu tarp gydytojų ir pacientų (File S1, 1 skirsnyje, lentelėje S1 Failų S1). Šie pacientai buvo tiriami tiriamąją analizę vertinant prognostinę vaidmenį GSP pacientams, gydytiems tik operacijos ir testavimo hipotezę, kad iš chemoradioterapija išmoka ribojama didelės rizikos pacientams, apibrėžtų GSP. Dėl šio žingsnio, mes sukūrėme GSP-G2 (lentelė S8 Failų S1), antrosios kartos GSP, analizuojant visi II etapo bylas iš etapų 2 ir 3 padidinti imties dydį. Mes perspektyviai išbandė iš anksto GSP-G2 algoritmą ir cut-tašką, kaip aprašyta laiko žyminio protokolo (pav S12 Failų S1). GSP-G2 prognozuojama pasikartojimo 300 II etapo navikai su pavojaus santykį 2.131 (95% PI 1,428-3,180; p = 0,00021) (HR, 3.16) (pav S9 Failų S1). Siekiant sumažinti per montavimo algoritmas chemoradioterapija gydytiems pacientams galimybę, mes taip pat išbandė GSP-G1, kuris anksčiau buvo įteisintas į chemoradioterapija gydytų kohortos, vien chirurgija kohortos (pav S10 Failų S1). Pavojaus santykis GSP-g1 (HR 1,77; 95% PI, 1,18-2,67; p = 0,0053) yra panašus į, kad GSP-g2 (3 paveikslas). Todėl GSP tvirtai prognozuoti pasikartojimo etapas II GC su arba be pooperacinio gydymo. Remiantis šiais duomenimis, galima spėliojo, kad II didelės rizikos etapas apibrėžta GSP pacientai neturėjo įgyti milžinišką naudą iš chemoradioterapija.

išraiška nepageidaujamų prognozinių genų naviko mikroaplinkos

visi 3 etapas II kohortos įtraukti į šį tyrimą, padidėjo išraiška lygius 4 genų iš GSP (NOX4, LAMP5, MATN3 ir CLIP4) buvo susiję su blogos prognozės. Kadangi žinoma, funkcijos šių genų pasiūlyti savo išraišką mikroaplinkos, o ne faktinių vėžinių ląstelių, mes atliko nCounter bandinys microdissected navikų palyginti stromos komponentų 4 atstovybių didelės rizikos navikų (pav S11 Failų S1). Šių genų išraiška buvo reikšmingai didesnis stromos komponentų, palyginti su epitelio vėžinių ląstelių, su NOX4, kuriame labiausiai ryškus skirtumai (p = 0,04).

Diskusijos

pradinio atradimas etape mes atliekame WG-DASL visose etapas GC pacientams. Tada, remiantis WG-DASL duomenimis, mes nustatėme, kad didelės rizikos grupei atskirti nuo mažos rizikos grupėje buvo svarbiausios anksti IB /II pacientai (mažas vs didelė rizika IB stadija /II 84,8% vs 61,1%; mažas vs didelė rizika etapas III /IV 48,9% vs 36,9%). Taigi, klinikinės tyrimo ir įteisinimo eigą, mes sutelktas į besivystančių genų rinkinį, kuris gali tvirtai prognozuoti pasikartojimo etape II pacientams. Mes sukūrėme ir patvirtintas prognostinę algoritmą skrandžio vėžio, GSP, o tai gali tvirtai nustatyti didelės rizikos grupes pasikartojimo tarp II etapo pacientams. GSP, sukurtas naudojant nCounter platforma, parodė tvirtą našumą FFPE pavyzdžius. Be to, vidaus atskaitos genų įtraukimas leido GSP taikymą atskiriems pacientams. Todėl mes rekomenduojame, kad GSP gali būti lengvai taikomas įprastas klinikiniam naudojimui. Iš 8 genų GSP (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 ir TFDP1) buvo atrasta ir patvirtinta daugiau nei 700 II etapo GC pacientams. Mes nustatėme, kad GSP identifikuoti didelės rizikos GC pacientus atkryčio nepriklausomai pagalbiniam gydymui ir kad didelės rizikos II etapo GC pacientų parodė panašų DFS į III etapas pacientus. Pažymėtina, kad GSP prognozuojama pasikartojimo abiejų Lauren tipų (išplitęs arba žarnyno) (S8 Failų S1 pav.)

Mūsų duomenys aiškiai rodo, kad molekulinės heterogeniškumo buvimą GC, kuris buvo susijęs su klinikiniais rezultatais, bet nepriklauso nuo clinicopathologic sustojimo informacija. Mūsų duomenys rodo, kad etapą IB /II pacientų buvo labai prastos prognozės, kai jų augliai išsakytą prastos rizikos genų parašų. Ten buvo 23,7% skirtumas 5 metų DFS tarp didelės rizikos ir mažos rizikos genų parašų stadijoje IB /II pacientai, ir 5 metų DFS aukštos rizikos etape IB /pacientai II buvo mažesnis nei 60%, nepaisant to, kad naudoti pagalbinį chemoradioterapija (1 paveikslas). Todėl gali prireikti perspektyviai dizainas bandymus kvestionuoti ar chemoradioterapija reikalingas etapo IB /II pacientus su mažos rizikos genų ekspresijos profilius. Siekiant sumažinti bet kokį galimą šališkumą iš variantų klinikinėje praktikoje arba chirurgijos vieno centro, mes atliekame ad hoc išorinį įteisinimą pasirašymo patvirtinti parašą. Kaip parodyta rezultatų, parašas nuosekliai prognozuojama pasikartojimo Singapūras kohortos.

Tarp 8 galutinių GSP genų (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4 ir TFDP1), CDC25B ir CDK1, kurie yra žinomi būti susijęs su ląstelių proliferaciją, buvo nustatyta, kad jie koreliuoja su palanki prognozė (neigiamas Cox regresijos sąmatas 2 lentelę). Visų pirma, panaši tendencija buvo pastebėta, gaubtinės žarnos vėžio genų ekspresijos tyrimo [17], [18]. Šie duomenys gali atspindėti diferenciacijos statusą šių vėžinių ląstelių, nes normalus skrandžio ir storosios žarnos gleivinės epitelio ląstelės turi didelės apyvartos normas. TFDP1 koduoja transkripcijos faktorius DP-1, kuris veikia kaip teigiamas reguliatorius G1 /S perėjimo per ląstelės ciklo [19], [20]. Ypač kepenų ląstelių karcinoma, TFDP1 raiška buvo iš esmės susijęs su ligos progresavimą [19]. Kadangi šio dabartinio tyrimo neapima funkcinę tyrimą šių genų taikymo sritį, jų biologinė reikšmė turėtų būti ištirta būsimoms studijoms. Neseniai, CHO, ir kt.
Atliko didžiausią genų ekspresijos 213 GC pacientams, kurie vartojo šviežių šaldytų audinius [21]. Jie nustatė 6 prognozinius genus (CTNBB1, EXOCS3, TOP2A, LBA1, CCL5 ir LZTR1) už pacientų išgyvenimo po radikalių rezekcija. Tačiau į mūsų žiniomis, GSP yra vienintelė genų rinkinys, kuris jau buvo patvirtintas daugiau nei 700 II etapo GC pacientams, nepriklausomai Lauren klasifikacija (išplitęs arba žarnyno), žinomas prognostinis faktorius, arba pagalbiniam gydymui.

Taigi, su į daugiapakopį metodą, mes sukūrėme 8-genas GSP, kuris galėjo tvirtai nustatyti didelės rizikos II pakopos GC pacientus pasikartos po operacijos, nepriklausomai nuo pagalbiniam gydymui. Šiuo metu vykstantį MENININKAS-II tyrimo (NCT
.761.461), mes planuojame patvirtinti mūsų GSP į perspektyviai skirta III fazės tyrimo metu.

Parama Informacija Vikipedija Vaizdas S1.
1. Pacientų charakteristikos studijų kohortos kiekviename žingsnyje (lentelė S1). a. S1 lentelė. Pacientai charakteristikos. 2. Klinikiniai ir patologiniai bruožai atvejais patikrinama kiekvieno etapo. 3. Išsamus atradimas žingsnio naudojant WG-DASL tyrimą (1 pakopa). a. S1 paveiksle. Apsaugos nuo WG-DASL duomenis. b. S2 lentelė. Palyginimas Žuvis ir IHC rezultatus HER2 būklės skrandžio vėžiu Žingsnis 1. c. S3 lentelė. Sąrašas zondai, kurie skirtingai išreikštas tarp HER2 teigiamas ir neigiamas HER2- pacientų grupes Žingsnis 1. d. S4 "lentelė. Sąrašas visų zondai su Vienaveiksnės p reikšmės < 0,01 ir 1 žingsnis e. S2 pav. Gradientas Lasso algoritmas. f. S5 lentelė. Sąrašas 26 zondų įtraukti į prognozės modelio įrengtos visą duomenų rinkinio (n = 432). g. S6 lentelė. Daugiamatė Cox regresijos analizės rezultatai genų atradimas rinkinys (n = 432). 4. Dizainas orientuota genų ekspresijos testo naudojant nCounter platformą. a. S7 lentelė. Sąrašas atskaitos genų už nCounter tyrimu. b. S3 pav. Koreliacija tarp rizikos santykį prognozinių genų remiantis Kvantas normalizavimo ir savęs normalizuoti naudojant WG-DASL tyrimą. 5. nCounter tyrimas ir kokybės kontrolė. 6. Atrankos atskyrimo nuo skrandžio vėžys prognostinio balas (GSP (S4 figūra, S5, & S6) figūra S4 "DFS pagal kiekvieną iš GSP-g1 kvartiliais b S5 pav Cut-taško analizė...... GSP-G1. c. pav S6. DFS pagal optimizuotas cut-taško GSP-g1. 6. pasiskirstymas GSP tarp atradimas rinkinį ir patvirtinimo rinkinys. a. pav S7. pasiskirstymas GSP-g1 per atradimas ir patvirtinimo rinkinys. .. b pav S8 GSP:... A paveikslėlyje P9 DFS iš II pakopos gydomiems pacientams chemoradioterapija žarnyno vs difuzinio tipo 7. testavimas, klinikinį naudingumą GSP-g2 pacientams, gydytiems tik operacijos remiantis kvartiliui GSP-G2.. b. pav S10. DFS iš II pakopos pacientai gydomi vien tik operacijos remiantis kvartiliui GSP-G2. c. S11 pav. išraiška nepageidaujamų prognozinių genų įtrauktų skrandžio vėžio prognostiniai balas pagal audinių skyrių (naviko palyginti stromos). Norminis išraiška lygiai rodomi. r. lentelė S8. sąrašas nCounter zondai įtraukti į GSP-G2. 8. Skrandžio vėžys patvirtinimo tyrimo protokolą. a. S12 pav. Skrandžio vėžys patvirtinimas Tyrimo protokolas
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0090133.s001
(docx)

• PLoS ONE: HIF-1 alfa Padidėjusi koreliuoja su Poor bendras išgyvenamumas ir ligos reiškinių išgyventas skrandžio vėžiu sergantiems pacientams Post-pašalintas skrandis
• PLoS ONE: Pacientams, sergantiems senatvės ar Proksimalios navikų pasinaudoti metabolinio sindromo į ankstyvosios veiklos stadijos skrandžio vėžys