Trotz de Virdeeler vun adjuvant Chimiotherapie oder chemoradiotherapy, ongeféier een Drëttel vun der Bühn II gastric Kriibs (GC) Patienten entwéckelt recurrences. D'Zil vun dëser Etude war ze entwéckelen an enger prognostic Algorithmus fir gastric Kriibs (GCPS) confirméieren datt robustly héich-Risiko Grupp fir um Terrain ënner Etapp II Patienten identifizéiere kann. Eng Multi-Schrëtt Gentherapie Ausdrock Etude war profiling gehaal. Éischt, war e microarray Gentherapie Ausdrock profiling vun archivéiert paraffin-Ënnerbewosstsinn entholl Bleck benotzt fir Kandidat prognostic Genen (N = 432) z'identifizéieren. Zweet, huet e sech Gentherapie Ausdrock assay dorënner prognostic Genen benotzt engem sécherlech Medeziner assay (GCPS) zu Bühn II Patienten aus der selwechter Kohort (N = 186) ze entwéckelen. Drëtten, e predefinéiert geschnidde fir d'GCPS ugefaangen huet mat engem onofhängegen Etapp II Kohort validéiert (N = 216). D'GCPS war an aner Formatioun mat Etapp II GC validéiert deen Agrëff ouni adjuvant Behandlung mécht (N = 300). GCPS sech entwéckelt vum Produit vun Cox Réckgang Ech an normalized Ausdrock Niveau vun 8 Genen summing (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, TFDP1). A elo geschnidde-Punkt definéiert fir GCPS séiert 22,7% vun Kohort Confirmatioun mat chemoradiotherapy (N = 216) den héich-Risiko Grupp mat Terrain 5-Joer behandelt Taux vun 58,6% am Verglach mat 85,4% vun de klengen Risiko Grupp (iwwerschloen Verhältnis vum Terrain = 3,16, p = 0.00004). GCPS och héich-Risiko identifizéiert Grupp Patienten Etapp II nëmme mat Agrëff behandelt (iwwerschloen Verhältnis = 1,77, p = 0.0053) VerfÜgung
Fro:. Lee J, Sohn ech, Do IG, Kim KM, Park néirens, Park Eenzel- et al. (2014) Nanostring-Opgrond Multigene Assay ze soe Terrain fir Gastric Cancer kennen der befënnt. PLoS NËMMEN 9 (3): e90133. Doi: 10.1371 /journal.pone.0090133 VerfÜgung
Redakter: Ju-Seog Lee, Universitéit vun Texas MD Anderson Cancer Center, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung
Arnaque: 23. September, 2013; Akzeptéiert: 26. Januar 2014; Publizéiert: Mäerz 5, 2014 VerfÜgung
Copyright: © 2014 Lee et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung
Funding:. Dës Etude war duerch eng Intramural Zouschoss aus der Samsung Medical Center ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung
Wettsträit Interessen:. Patrick Tan ass eng PLOS NËMMEN Editorial Board Member. Dëst heescht net de onvergläichleche 'Auteuren ofzeänneren un all déi Politiken PLOS NËMMEN op sharing Daten a Material. VerfÜgung
Gastric Cancers sinn héichgradeg spektakulärer malignancies mat fënnef-Joer Iwwerliewe Tariffer ee vun de schlëmmste ginn fir eng staark erhéijen gemellt. nëmmen modestly iwwer déi lescht 50 Joer no Donnéeë vun der National Cancer Institut Detectioun, Epidemiology an End Resultater (SEER) plangen, verbessert de fënnef-Joer Iwwerliewe fir Patiente mat gastric Kriibs (GC), vu 12 bis 22 Prozent [1]. D'propensity vun GC fir fréi metastatic Publikatioun ass am fréiere Studien [2], [3] an och dokumentéiert. Baséierend op déi rezent adjuvant Phase III Prozesser, Survival profitéiere adjuvant Chimiotherapie oder chemoradiation gema huet an GC dokumentéiert gouf [4] - [7]. Ee, 25 bis 40% vun all surgically resected GC Patienten nach recurrences entwéckelen, datt net atomar tout-resection [4] ginn, [7] - [9]. Fir pathologic Etapp III a IV GC, 5-Joer Krankheet-gratis Iwwerliewe Tauxe si ganz aarm (Etapp IIIA, 57,6%, Etapp IIIB, 39,6%; an Bühn IV 26,3%) [8] SREL datt dës erhéijen u aggressiv gelooss hunn. Am Géigesaz, pathologic Etapp II GC Patiente méi gënschteg Medeziner Resultat mat 5-Joer Krankheet gratis Iwwerliewe Taux vun 76% -90% folgenden Agrëff an adjuvant Behandlung [8], [9]. Trotzdem, et ass e breet Spektrum vun de Medeziner aggressiveness och innerhalb vun der selwechter Bühn mat e puer Patienten mat Agrëff eleng gekachten gëtt während e puer Patienten kuerz no Chirurgie an adjuvant chemoradiation Therapie recur. Dofir, op der Hypothesen baséiert, datt et e wesentlechen molekulare heterogeneity ass, entworf mir eng grouss--och Gentherapie Ausdrock Etude profiling engem molekulare Test ze entwéckelen, déi effizient niddereg-Risiko vun héich-Risiko GC Gruppe fir um Terrain an der Chirurgie kann diskriminéieren. VerfÜgung
a molekulare Test déi héich-Risiko Patienten fir Terrain ze identifizéiren kann zu optimiséiert perioperative Behandlung Strategien am GC Féierung. D'Entdeckung Phase abegraff GC Patienten aus all Medeziner Etappen behandelt mat chemoradiotherapy (N = 520). Entholl Bleck aus dëse Patienten goufen zu prognostic Gentherapie Entdeckung ënnerworf mat Lait Genom DASL assay (WG-DASL) (Illumina, San Diego, CA), engem microarray Gentherapie Ausdrock profiling Method fir formalin-fix paraffin-Ënnerbewosstsinn Otemschwieregkeeten (FFPE). Den Zweck war Hypothes fir de Medeziner Déngscht ze entwéckelen a Kandidat prognostic oder intern Referenzmaterial Genen entdeckt déi Design Gentherapie Ausdrock assay hëllefe wäerten. Resultater vun dëser Phase ugeholl, datt Krankheete Déngscht vun enger Gentherapie Ausdrock prognostic sind baséiert eventuell eng héich-Risiko Grupp ënnert Etapp II Patienten z'ënnerscheeden kann. VerfÜgung
D'Zil vum Projet eng Hypothes mat Medeziner Déngscht ze entwéckelen war an entdecken Kandidat prognostic oder intern Referenzmaterial Genen fir do Gentherapie Ausdrock assays zu Design. D'Resultater vun der Entdeckung Phase hindeit, datt Krankheete Déngscht vun enger Gentherapie Ausdrock-baséiert prognostic sind eventuell eng héich-Risiko Grupp ënnert Etapp II Patienten z'ënnerscheeden kann. Mat der Benotzung vun enger sécherlech multistep prognostic sind Gastric Cancer Prognostic Punktzuel (GCPS) fir Etapp II GC Patienten war entwéckelt héich-Risiko Patienten an der Chirurgie fir Terrain ze identifizéieren. VerfÜgung
Vu September 1994 bis Dezember 2005, 1,557 GC Patienten mécht curative gastrectomy um Samsung Medical Center. Ënnert deenen, waren 1.107 Patienten ausgewielt baséiert op Critèren folgend: histologically adenocarcinoma vun de Mo. confirméiert; chirurgesch resection vun entholl ouni macroscopic oder microscopic Reschtoffall Krankheet; Alter ≥18; wirklech Etapp normal schwätzen (T2bN0, T1N1 awer net T2aN0) zu IV, laut dem American Gemeinsam Comité op Cancer (AJCC) Stadium System (6 Fir ze verhënneren falsch-positiv Conclusioune wéinst iwwer-Milieu, prognostic algorithms an hir predefinéiert Zentral-Punkten waren an onofhängeg cohorts getest dat net fir prognostic Gentherapie Entdeckung an sind Gebai gebraucht goufen. A 4-Phase Etude konzipéiert, mat 4 Pre-definéiert onofhängeg cohorts aus der Samsung Medical Center agestallt. Déi éischt 3 cohorts och Patiente mat ähnlechen Medeziner an agebousst Fonctiounen aus chemoradiotherapy-behandelt Etude cohorts (Datei S1, Section 2). Déi éischt Phas (Entdeckung Phase) vun der Etude abegraff GC Patienten aus all Medeziner Etappen déi mat Chimio-radiotherapy (N = 520) [8] behandelt goufen. Entholl Bleck aus dëse Patienten ze prognostic Gentherapie Entdeckung ënnerworf sech mat de WG-DASL (Illumina, San Diego, CA), engem microarray Gentherapie Ausdrock profiling Method fir FFPE [7]. Eng ad-hoc externen Confirmatioun vun der Gentherapie Formatioun huet all Schold vu senge Politiker aus eenzeg Institutioun Kohort ze minimiséieren gesuergt. Déi zweet Phase (sind Entwécklung) war Conclusiounen aus der éischter Phas e klinesch applicabel Test Format ze iwwersetzen. Mir hate der nCounter Plattform (Nanostring Technologies, Seattle, jeeweils), well vu senger Fähegkeet d'Ausdrock Niveaue vu bis zu 800 Genen mat total RNS aus FFPE zu engem eenzege-Rouer Reaktioun ofgebaut ze interrogate [8]. Mir opgefouert Etapp II Patienten aus der éischter Phas (N = 186) fir de Novo VerfÜgung Entdeckung vun prognostic Genen, ausgewielt ideal Kombinatioune vu Genen mat der packt mannst absolute ageet an Auswiel Bedreiwer (LASSO) sind [10], an da gebaut eng éischte-Generatioun GCPS (GCPS-G1) duerch d'Produite vun normalized Gentherapie Ausdrock an Ech vun de Cox Modell fir DFS. An der drëtter Kohort vun Bühn II Patienten (N = 216). An der véierter Phas (Fahrt vu Krankheete Déngscht vun engem Agrëff-nëmmen Kader), getest mir d'Potential Medeziner Déngscht vun GCPS zu Bühn II rischteg behandelt Patienten nëmme. Eng Zäit Timberen Protokoll (Dorënner S12) gouf virun Ofwécklung vun dëser Final Kohort entwéckelt. Mir entwéckelt dono eng raffinéiert zweet-Generatioun GCPS (GCPS-G2) (d'Finale Gentherapie Set) vun der kombinéiert Etapp II cohorts aus dem zweeten an drëtte Phasen vun der Etude analyséiert. VerfÜgung Gene Ausdrock profiling ganz genome- benotzt DASL assay VerfÜgung virun all Gentherapie profiling Experimenter, Otemschwieregkeeten Echantillon waren zoufälleg zu verschiddenen Terrainen vun Agrëff Zäit stratified entgéintgeholl (virun 2000 vs. no 2000) an entholl Gréisst (≤5 cm vs > 5 cm) ze minimiséieren all Variatiounen vun der DNA Qualitéit. Total RNS war vun 2-4 Rubriken vun 4-μm décke FFPE Sektiounen aus Vertrieder Primärschoul entholl Bleck mat der High Pure RNS Paraffin Kit (Roche Diagnostic, Mannheim, Däitschland) ofgebaut der vun hematoxylin an eosin opgewäert Net-entholl Elementer vun manuell macrodissection Ewechhuelen Kierchefënster drënner. WG-DASL assay war mat 200 NG vun RNS standing folgenden d'Uweisunge vum Fabrikant [11]. Fir nCounter assay, 200 NG vun insgesamt RNS war fir 18 Stonnen op 65 ° C an Filteren laut Hiersteller d'Uweisunge [12] mat der Douane entworf Code Formatioun vun 800 Genen hybridized. D'Date goufen zu Duerchschnëtt Ausdrock Niveau vun 48 intern Referenzmaterial Genen aus microarray Experimenter ausgewielt normalized. Déi détailléiert Beschreiwung vun der Entdeckung Phas mat WG-DASL assay am Fichier S1 gëtt ass, Section 3. D'dass am zu DNA Qualitéit vun FFPE Otemschwieregkeeten a frësch gefruer Stoffer DASL assay benotzt gouf virdrun publizéiert [13], [14]. VerfÜgung Prognostic Modell Gebai an Confirmatioun VerfÜgung D'Algorithmus fir n-Counter-baséiert assay Entwécklung fir Medeziner Déngscht baséieren op WG-DASL ass am Fichier S1 gëtt, Moment 4-6. Mir ginn d'Temperaturgefäll lasso sind engem Cepheid Modell op Cox d'proportional Risikoe Modell fir DFS mat der Ämter mat marginalen p Wäert &Si besteet baséiert upasse; 0.01 (Dorënner S2 am Fichier S1) [10]. Mir benotzt verloossen een aus Kräiz Confirmatioun mat de Novo Entdeckung bei all ee Schratt ausschléissen d'Leeschtungsfähegkeet vun der prognostic Modell bannent der Entdeckung Kohort ze bewäerten. Optimal Zentral-Punkt war deems engem Komplott vum p-Wäerter fir all geschnidde-Punkt fir d'prognostic stoung alles. Fir Confirmatioun studéieren, eng priori definéiert sind an Zentral-Punkt Wäerter sech benotzt. D'Confirmatioun Method fir GCPS ass am Fichier S1 duergestallt, Section 7. VerfÜgung Microarray Gentherapie Ausdrock profiling vun GC Patienten mat adjuvant chemoradiotherapy behandelt (Phase 1) VerfÜgung Mir standing Gene Ausdrock profiling vun FFPE vun der Entdeckung Kohort vun 520 Fäll vu Etapp normal schwätzen-IV GC behandelt mam Standard chemoradiotherapy der curative resection mat de WG-DASL assay (Dorënner 1). Ënnert hinnen, den 432 Echantillon RNS Qualitéitskontroll (Geo Datebank GSE 26253) (Datei S1, Section 3). Der Primärschoul Enn Punkt war DFS. Univariate Analyse identifizéiert 369 Ämter dass vill mat Krankheet-gratis Iwwerliewe bei p &Si besteet verbonne waren; 0,01 ouni Upassung fir aner Krankheete Verännerlechen (Datei S1, Section 3D). Next, war packt Lasso benotzt engem prognostic sind ze entwéckelen Terrain (Datei S1, Section 3) zu virauszesoen. De Congé-eent-out Kräiz-publizéieren (LOOCV) Prozedur mat de Novo VerfÜgung Entdeckung vun prognostic Genen an den Opbau vun engem prognostic sind op all Schrëtt benotzt gouf de Register vun der prognostic sind ënnersicht. Laut prognostic Gentherapie Ënnerschrëfte (26 Genen, Datei S1, Section 3f) a pathologic Etappen (en der vs. fortgeschratt), sech 432 Patienten an de folgende Gruppe kategoriséiert: Héich-Risiko a Etapp normal schwätzen /II (N = 145; 5-Joer DFS, 84,8%), héich-Risiko a Etapp normal schwätzen /II (N = 90; 5-Joer DFS, 61,1%), héich-Risiko a Etapp III /IV (N = 83; 5-Joer DFS, 48,9%), an héich-Risiko a Etapp III /IV (N = 114; 5-Joer DFS, 36,9%) (Dorënner 2). Als eng ad-hoc Analyse, getest mir dës Gentherapie Ënnerschrëft Gentherapie Ausdrock benotzt Daten aus dem Patient Kohort Singapur profiling (N = 199) all Onfruchtbarkeet Westen aus enger eenzeger Institutioun Kohort ze minimiséieren [15]. An der ëffentlecher Patient Kohort, war d'Gentherapie Ënnerschrëft kënnen déi héich-Risiko Grupp (N = 100) vun der Héich-Risiko Grupp ze trennen (N = 99), fir um Terrain mat statisteschen Bedeitung (p &Si besteet; 0,00001; iwwerschloen Verhältnis (SH), 2,3; 95% CI, 1.62-3.28) (Dorënner 2). Dës Donnéeë proposéiere der Haaptrei Medeziner Déngscht vun der Gentherapie Ausdrock profiling vun GC zu der Identifikatioun vun héich-Risiko Patienten ënnert Etapp II Patienten (Niddereg vs. héije Risiko Etapp normal schwätzen /II, 84,8% vs. 61,1%; niddereg vs. héije Risiko Etapp III /IV, 48,9% vs. 36,9%). Dofir, fir d'Entwécklung vun de Medeziner assay a publizéieren, do hu mir e Gene-Formatioun op Entwécklungslänner déi robustly Terrain II Patienten am Etapp soe kann. VerfÜgung Entwécklung vun Gastric Cancer Prognostic Punktzuel (GCPS) fir Etapp II GC mat der nCounter assay (Phase 2) VerfÜgung Mir Mooss eng nCounter Studiebäihëllefe Formatioun vun Kandidat prognostic Genen aus WG-DASL microarray Donnéeën (Phase 1), wéi och bekannt Kriibs Genen, kinase Genen aus entworf, a G FAQ-kräftegen receptor Genen. Fir d'Verännerlechkeet Problem vun der Integritéit vun RNS Molekülle an archivéiert FFPE wéinst Pre-analytesch Verännerlechen, wéi zéien Zäit an den Alter vun de Bausteng Adress, applizéiert mir bannent-Prouf normalization engem Set vu 48 intern Referenzmaterial Genen Hëllef vun microarray Donnéeën ausgewielt baséiert op minimum Variant ganze Fäll an opgepasst Associatioun mat Iwwregens hätt (Datei S1, Sektioun 4). Korrelatioun tëschent iwwerschloen nennen vun prognostic Genen baséiert op nanostring an WG-DASL sinn am Fichier S1, gëtt Section 4B, an Dorënner S3 an Fichier S1. VerfÜgung Mir profiléiert 186 Etapp II Patienten aus der Entdeckung virbereet. No Fliessband vun packt gebaut der Segele prognostic algorithms LASSO duerch LOOCV, applizéiert mir packt LASSO zu all 186 Patienten an identifizéiert 8 Genen (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, an TFDP1) dat zu geschéckt prognostic sécherlech gëtt Informatiounen (Table 1). D'GCPS war dann als linear Kombinatioun vun der Réckgang Schätzunge Cox entwéckelt an normalized Ausdrock Niveau vun deenen 8 Genen. D'Zentral-Punkt Analyse weist, dass d'GCPS war déi sécherlech am Erkenntnesser 25% vun de Patienten mat Schlëmmst Resultater (Datei S1, Sektioun 4). Mir hate enger Zentral-Punkt vun 0,2205 fir mèi Confirmatioun vun der onofhängeg Confirmatioun Kohort. VerfÜgung Validatioun vun GCPS a seng predefinéiert Zentral-Punkt vun Bühn II GC Patienten behandelt mat chemoradiotherapy (Phase 3) VerfÜgung fir d'Potential iwwer-Milieu Fro verhënneren verbonne mat Kräiz-Confirmatioun [16], mir GCPS mat der fester sind validéiert an Zentral-Punkten an eng onofhängeg Patient Kohort, datt net am Gentherapie Entdeckung benotzt gouf. De Medeziner a agebousst Charakteristike vun 216 Etapp II Patienten aus der Formatioun validéiert goufen gläicht deenen aus der Entdeckung Kohort (Datei S1, Section 6, an Sauerdall S4-6 am Fichier S1). Wann mir GCPS-G1 un der Formatioun Confirmatioun applizéiert, war de Risiko stoung Verdeelung ganz ähnlech, déi sécherlech analytesch Leeschtung vun der assay suggeréiert (Datei S1, Section 7A, an Dorënner S7 Fichier S1 ass). D'predefinéiert Zentral-Punkt (0.2205) fir GCPS-G1 séiert 22,7% vun erhéijen aus der Confirmatioun den héich-Risiko Grupp virbereet. D'Kaplan Meier Estimatioun vun 5-Joer DFS fir déi héich-Risiko Patienten war 58,6%, am Verglach zu 85,4% fir déi héich-Risiko Patienten (HR fir um Terrain, 3,16; p = 0.00004) (Well 3). GCPS war bedeitendst vun béiden intestinal- an diffuse- Typ GCs, wéi zu Dorënner S8 am Fichier S1 gewisen (Datei S1, Section 7b). D'multivariate Analyse weider weist dass GCPS-G1 zousätzlech prognostic Informatiounen gëtt, niewent anere bekannte Facteure wéi Lauren klasséieren, dat Schouljoer, Alter, an Agrëff Typ (HR, 3,027; p = 0,00016; Table 2). Dofir, kann GCPS benotzt ginn Bühn ze identifizéieren II Patienten, déi och an der Norm adjuvant chemoradiotherapy am héiche bleiwen an déi ähnlech Risiko vun Terrain als Etapp III Patienten. VerfÜgung GCPS als prognostic Faktor fir Etapp II GC Patienten behandelt mat Agrëff nëmme baséiert op engem elo entworf Protokoll (Phase 4) VerfÜgung d'Revisioun vun de Medeziner Datebank 306 Patienten identifizéiert deen net Thes Behandlung kritt huet baséiert op gemeinsam Decisioun tëscht Dokteren a Patienten (Datei S1, Section 1, Table S1 am Fichier S1). Dës Patiente waren zu Wa Analysë fir de prognostic Roll vun GCPS Fliessband bei Patienten mat Agrëff behandelt nëmmen an Fahrt der Hypothes, datt de Virdeel vun chemoradiotherapy ass an héich-Risiko Patienten limitéiert definéiert vun GCPS. Fir dëse Schrëtt, entwéckelt mir GCPS-G2 (Table S8 am Fichier S1), den zweeten-Generatioun GCPS, vun all Etapp II Fäll vu Phasen analyséiert 2 an 3 'Prouf Gréisst schreift. Mir ginn elo d'predefinéiert GCPS-G2 sind an Zentral-Punkt wéi an der Zäit Timberen Protokoll (Dorënner S12 am Fichier S1) beschriwwen. D'GCPS-G2 virausgesot Terrain zu 300 Etapp II erhéijen mat engem iwwerschloen Verhältnis vun 2.131 (95% CI, 1.428-3.180; p = 0.00021) (HR, 3.16) (Dorënner S9 am Fichier S1). Fir d'Méiglechkeet vun iwwer-Milieu vun den Algorithmus fir chemoradiotherapy-behandelt Patienten minimiséieren, mir ginn och den GCPS-G1, dee virdrun an der chemoradiotherapy-behandelt Kohort validéiert huet, an Agrëff eleng Kohort (Dorënner S10 am Fichier S1). D'Verhältnis iwwerschloen fir GCPS-G1 (HR, 1,77; 95% CI, 1.18-2.67; p = 0.0053) ass ähnlech ze dass fir GCPS-G2 (Dorënner 3). Dofir, virausgesot der GCPS robustly Terrain zu Bühn II GC mat oder ouni Thes Behandlung. Baséierend op dës Donnéeën, kann et spekuléiert ginn, datt héich-Risiko Etapp II vun GCPS definéiert Patienten net eng enorm profitéiere chemoradiotherapy gewannen huet. VerfÜgung Expression vun ongewollt prognostic Genen vun entholl microenvironments VerfÜgung An all 3. Etapp II cohorts an dëser Etude mat abegraff, fräi Meenungsäusserung Niveaue vu 4 Genen aus GCPS (NOX4, LAMP5, MATN3, an CLIP4) sech mat aarmséileg hätt assoziéiert. Zënter dem bekannt Funktioune vun dësen Genen vun microenvironments hiren Ausdrock proposéiere anstatt tatsächlech entholl Zellen, standing mir de nCounter assay fir microdissected erhéijen versus stromal Komponente vu 4 Vertrieder héich-Risiko erhéijen (Dorënner S11 am Fichier S1). Den Ausdrock vun dësen Genen war wiesentlech méi héich an stromal Voleten, am Verglach zu epithelial Kriibs Zellen, mat NOX4 weist déi ausgeschwat Differenzen (p = 0.04). VerfÜgung An enger éischter Entdeckung Phas, mir standing WG-DASL vun all Etapp GC Patienten. Dunn, baséiert op de WG-DASL Donnéeën, observéiert mir dass d'Segregatioun vun héije Risiko Grupp vu klengen Risiko Grupp gouf déi bedeitendst vun fréi Etapp Ib /II Patienten (Niddereg vs. héije Risiko Etapp normal schwätzen /II, 84,8% vs. 61,1%; niddereg vs. héije Risiko Etapp III /IV, 48,9% vs. 36,9%). Dofir, fir d'Entwécklung vun de Medeziner assay a publizéieren, do hu mir e Gene-Formatioun op Entwécklungslänner déi robustly Terrain II Patienten am Etapp soe kann. Mir entwéckelt a validéiert engem prognostic Algorithmus fir gastric Kriibs, GCPS, déi robustly héich-Risiko Gruppen fir um Terrain ënner Etapp II Patienten identifizéiere kann. GCPS, entwéckelt de nCounter Plattform benotzt, huet de sécherlech Leeschtung vun FFPE Echantillon. Ausserdeem, d'Applikatioun vun GCPS fir eenzel Patienten d'Abezéiung vun intern Referenzmaterial Genen erlaabt. Dofir, proposéiere mir, datt GCPS kann erhale ze erliewen Krankheete benotzt applizéiert ginn. D'GCPS vun 8 Genen (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, an TFDP1) huet an iwwer 700 Etapp II GC Patienten entdeckt a validéiert. Mir hunn erausfonnt, datt d'GCPS héich-Risiko GC Patienten fir Terrain egal adjuvant Behandlung an déi héich-Risiko Etapp II GC Patienten zougedréckt ähnlechen DFS III Patienten ze Etapp identifizéiert. Gëlt, virausgesot der GCPS Terrain souwuel Lauren Zorte (diffusen oder intestinal) (Dorënner S8 am Fichier S1). VerfÜgung beweisen Eis Daten kloer d'Präsenz vun molekulare heterogeneity am GC, déi mat Medeziner Resultater verbonne war awer onofhängeg vun clinicopathologic Stadium Informatiounen. Eis Daten weg datt Etapp normal schwätzen /II Patienten ganz aarm hätt missen, wann hir erhéijen aarmséileg-Risiko Gentherapie Ënnerschrëfte ausgedréckt. Et ass en Ënnerscheed vun 23,7% am 5-Joer DFS tëscht héich-Risiko an héich-Risiko Gentherapie Ënnerschrëfte zu Bühn normal schwätzen /II Patienten, a 5-Joer DFS vun héich-Risiko Etapp normal schwätzen /II Patienten war ënner 60%, trotz der Benotzung vun adjuvant chemoradiotherapy (Dorënner 1). Dofir, kann et néideg ginn elo e Prozess ze Design zu Fro ob chemoradiotherapy fir Etapp normal schwätzen néideg ass /II Patienten mat niddereg-Risiko Gentherapie Ausdrock Profiler. Fir all Potential Westen aus Variatioune vun de Medeziner Praxis oder Agrëff bei enger eenzeger Zentrum ze minimiséieren, standing mir eng ad hoc externen Confirmatioun vun der Ënnerschrëft d'Ënnerschrëft ze validéieren. Wéi an de Resultater gewisen, virausgesot der Ënnerschrëft konsequent Terrain zu Kohort Singapur. VerfÜgung Vun deenen 8 Finale GCPS Genen (LAMP5, CDC25B, CDK1, CLIP4, LTB4R2, MATN3, NOX4, an TFDP1), CDC25B an CDK1, déi mat Zell Prolifératioun verbonne ginn si bekannt, fonnt goufen mat ordentleche hätt (negativ Réckgang Cox Schätzunge vun Table 2) ze vergläichen. Gëlt, en ähnlechen Trend ass fir Colon Kriibs vun engem Gene Ausdrock assay [17], [18] observéiert. Dës Conclusiounen kann der dat Status vun dëse entholl Zellen spigelen, well normal gastric an Colon mucosal epithelial Zellen héich Ëmsaz Tariffer hunn. TFDP1 encodes der transcriptional Faktor DP-1, wat während der Zell Zyklus als eng positiv regulator vun der G1 /S Transitioun Akten [19], [20]. Besonnesch am hepatocellular carcinoma, war TFDP1 overexpression méi mat Krankheet Werdegang [19] assoziéiert. Zënter dem Ëmfang vun dësem aktuell Etude net déi funktionell Etude vun dësen Genen och, hir biologesch Bedeitung soll an Zukunft Studien propagéieren ginn. Kuerzem, Cho et al. VerfÜgung huet de gréisste Gentherapie Ausdrock vun 213 GC Patienten mat frëschen gefruer Stoffer [21] profiling gesuergt. Si identifizéiert 6 prognostic Genen (CTNBB1, EXOCS3, TOP2A, LBA1, CCL5, an LZTR1) fir Patient Iwwerliewe der curative resection. Mä, fir déi bescht vun eisem Wëssen, GCPS ass déi eenzeg Gentherapie Formatioun déi elo zu méi wéi 700 Etapp II GC Patienten validéiert ginn ass, egal Lauren Klassifikatioun (diffusen oder intestinal), e bekannte prognostic Faktor, oder adjuvant Behandlung. VerfÜgung an Conclusioun, mat der Benotzung vun enger multistep Approche, entwéckelt mir 8-Gentherapie GCPS, déi robustly héich-Risiko Etapp II GC Patienten fir um Terrain an der Chirurgie egal adjuvant Behandlung gebass ze identifizéieren. Moment, mat dem éierlechen Artist-II Prozess (NCT61461), plangen mir eis GCPS zu engem elo entworf Phase III Prozess ze validéieren. VerfÜgung Resultater VerfÜgung
Diskussioun VerfÜgung
Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung S1 Fichier. VerfÜgung 1. Patient Charakteristiken vun Etude cohorts op all Schrëtt (Table S1). e. Table S1. Patienten Charakteristiken. 2. Séminairen a agebousst Charakteristiken vun Fäll bei all Phase iwwerpréift. 3. détailléiert Beschreiwung vun der Entdeckung Schrëtt benotzt WG-DASL assay (Schrëtt 1). e. Figur S1. QA vun WG-DASL Daten. b. Table S2. Verglach vun FISH an IHC Resultater fir HER2 Status vun gastric Kriibs zu Step 1. c. Table S3. Lëscht vun Ämter datt differentially ausgedréckt tëscht HER2-positiven an HER2- negativ Patient Gruppen zu Step 1. d ginn. Table S4. Lëscht vun all Ämter mat univariate p-Wäerter &Si besteet; 0,01 an Step 1. E. Figur S2. Temperaturgefäll Lasso sind. f. Table S5. Lëscht vun 26 Ämter och an der Cepheid Modell vun der ganzer Datesaz Lahure (n = 432). g. Table S6. Multivariate Cox Réckgang Analyse Resultater vun der Gentherapie Entdeckung Formatioun (n = 432). 4. Design vun do Gentherapie Ausdrock assay benotzt nCounter Plattform. e. Table S7. Lëscht vun Referenzmaterial Genen fir nCounter assay. b. Figur S3. Korrelatioun tëschent iwwerschloen nennen vun prognostic Genen baséiert op quantile normalization an Self-normalization benotzt WG-DASL assay. 5. nCounter assay an Qualitéitskontroll. 6. selektionéiert vum präventive fir Gastric Cancer Prognostic Punktzuel (GCPS (Dorënner S4, S5, & S6) eng Silhouette S4 DFS no all quartiles vun GCPS-G1 b Dorënner S5 Cut-Punkt Analyse fir...... GCPS-G1. c. Dorënner S6. DFS no optimiséiert Zentral-Punkt vun GCPS-G1. 6. Distribution vun GCPS tëschent Entdeckung Formatioun an Confirmatioun virbereet. e. Dorënner S7. Distribution vun GCPS-G1 bannent der Entdeckung an Confirmatioun virbereet. b Dorënner S8 GCPS:... intestinal vs diffusen Typ 7. Bewäerte vu Krankheete Déngscht vun GCPS-G2 am Patienten mat Agrëff behandelt nëmmen eng Silhouette S9 DFS vun Bühn II mat chemoradiotherapy behandelt Patiente baséiert op quartile vun GCPS-G2.... b. dorënner S10. DFS vun Bühn II Patienten mat Agrëff baséiert op quartile vun GCPS-G2 eleng behandelt. c. dorënner S11. Expression vun ongewollt prognostic Genen vun Gastric Cancer Prognostic abegraff Punktzuel no Otemschwieregkeeten compartments (entholl versus stroma). Normalized Ausdrock Niveau gewise ginn. d. Table S8. Lëscht vun nCounter Ämter abegraff zu GCPS-G2. 8. Gastric Kriibs Confirmatioun Etude Protokoll. e. Figur S12. Gastric Kriibs Confirmatioun Etude Protokoll VerfÜgung Doi:. 10,1371 /journal.pone.0090133.s001 VerfÜgung (DOCX) VerfÜgung
Bakteriophagen kéinte E. coli behandelen ouni den Darm ze beschiedegen,
Kriibschemikalie vum gemeinsame Darmmikrobe
Antike Primatmikrobiome kënne méi Informatioun iwwer d'mënschlech Entwécklung ginn
Fungi a Bakterien am Darm kënne gläichméisseg mënschlech Gesondheet a Krankheet Gravitéit beaflossen
Iessen beaflosst selektiv Darmmikroben fënnt Studie
Laangfristeg Antibiotike Notzung a Preemie fördert Medikamentresistent Darmbakterien
Bakteriophagen kéinte E. coli behandelen ouni den Darm ze beschiedegen,
nei Studie seet Fuerscher an den USA hunn eng nei Therapie entwéckelt déi eng eenzegaarteg Bakteriophage benotzt fir E. coli Infektiounen ze behandelen. DBakteriophage gouf fonnt ähnlech a senger Effe
Eng Multi-Omics Approche fir d'Entwécklung vun Drogen géint COVID-19
Eng nei Studie verëffentlecht um Pre -Print Server medRxiv* am Mee 2020 bericht eng Multi-Omics Approche déi et méi einfach maache kann Drogen zentwéckelen déi effektiv géint COVID-19 sinn. Multi-Om
Anti-Coronavirus Moleküle vu Mikroben kënne Schlëssel sinn fir nei Behandlungen
Mikroben am Darm, déi profitabel Verbindunge produzéieren, kënnen de Schlëssel fir dBehandlung vu Coronavirus Symptomer halen. Darmmikrobiom. Bildkreditt:Anatomy Image/Shutterstock.com