PLOS NËMMEN: Helicobacter pylori aus Gastric Cancer an ausléisen oppent Show Same Phylogeographic Entstoen an der Andean Regioun an Kolumbien

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

A leschte Rapport huet gewisen, datt d'phylogenetic Urspronk vun Helicobacter pylori VerfÜgung baséiert op der Multi-nët Haaptrei nozesichen (MLST) war mat der vill assoziéiert Gravitéit vun gastritis an Kolumbien. Allerdéngs war d'Potential Relatioun tëscht phylogenetic Hierkonft a Krankheete Resultater net an dass studéieren iwwerpréift. Wann der phylogenetic Urspronk anstatt virulence Faktoren wierklech mat Medeziner Resultater verbonne waren, wier eng Populatioun am grousse Risiko fir gastric Kriibs an Kolumbien Erkenntnesser relativ einfach. An dëser Etude, iwwerpréift mir de phylogenetic Ufäng vun analyséieren aus gastric Kriibs an ausléisen oppent Patienten zu Bogota wunnen, a Kolumbien. VerfÜgung

Method VerfÜgung

Mir fuere 35 gastric Kriibs Patienten an 31 ausléisen oppent Patienten, déi abezuelt Resultater sinn considéréiert. D'genotypes vun cagA VerfÜgung a vacA VerfÜgung sech duerch polymerase Kette Reaktioun alles. D'Genealogie vun deenen aneren analyséieren war vun MLST analyséiert. Bakteriell Populatioun Struktur war mat Struktur Software analyséiert. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

H. pylori VerfÜgung analyséieren aus gastric Kriibs an ausléisen oppent Patienten goufen an der phylogenetic Bam Fragmenter; also, mir hu keng Differenz zu phylogenetic Verdeelung tëschent gastric Kriibs an ausléisen oppent analyséieren an der hpEurope Grupp an Kolumbien z'entdecken. Siechzeg-sechs analyséieren, mat eng Ausnahm, sech als hpEurope kleng onofhängeg vun der cagA VerfÜgung a vacA VerfÜgung genotypes, an Typ vun der Krankheet. Struktur Analyse Teamchef aneren hpEurope analyséieren engem phylogenetic Verbindung ze Spuenesch analyséieren hunn. VerfÜgung

Konklusiounen VerfÜgung

Eis Etude gewisen, datt e phylogeographic Urspronk vun MLST alles war genuch fir ënnert tëscht gastric Kriibs an ausléisen oppent Risiko Ënnerscheedung hpEurope analyséieren an der Regioun Andean an Kolumbien. Eis Analyse proposéiert och, datt hpEurope analyséieren an Kolumbien allem duerch spuenesch Immigranten agefouert goufen VerfÜgung

Fro:. Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014) Helicobacter pylori VerfÜgung aus Gastric Cancer an ausléisen oppent Show Same Phylogeographic Entstoen an der Andean Regioun an Kolumbien. PLoS NËMMEN 9 (8): e105392. Doi: 10.1371 /journal.pone.0105392 VerfÜgung

Redakter: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan VerfÜgung

Arnaque: 7. Mäerz 2014; Akzeptéiert: 23 Juli, 2014; Publizéiert: 14. August 2014 zu

Copyright: © 2014 Shiota et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Data Disponibilitéit:. D' Auteuren confirméieren datt all Daten d'Conclusiounen si voll sinn ouni Restriktioun Basisdaten. Nukleotid Haaptrei Donnéeën hei gemellt gi sinn ënnert der DDBJ Bäitrëtt Zuelen AB923031 zu AB923492 VerfÜgung

Funding:. Dëse Rapport baséiert op Aarbecht am Kader ënnerstëtzt duerch Subventioune vun der National Instituter Gesondheetsminister (DK62813) (yy), a Stipendien -an-Hëllef fir wëssenschaftlech Fuerschung vun den Edukatiounsministère, Kultur, Sport, Science and Technology (MEXT) vu Japan (22390085, 22659087, 24406015 oder 24659200) (yy), (23790798) (SS) a Special Koordinéierung Funds fir Promotioun Wëssenschaft an Technologie vun der Japan Wëssenschaft an Technologie intégration (JST). D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Helicobacter pylori VerfÜgung ass engem Spiralrelief Gramm-negativ Bakterie, datt méi wéi d'Halschent vun der Bevëlkerung an d'Welt infects [1]. Der Transmissioun Mechanismus vun H. pylori VerfÜgung gouf net voll stoungen, mä Mënsch-ze-Mënsch verbreet via den Elysée-mëndlech oder fecal-mëndlech routes ass geduecht de meeschte plausibel ze ginn [2]. H. pylori VerfÜgung Wonn ass elo ze schwéieren gastritis-verbonne Krankheeten ze ginn Hausnummeren akzeptéiert, dorënner peptic oppent an gastric Kriibs (GC) [1]. D'Wonn bleift an der Majoritéit vun Krankheet Patienten Uklang fonnt, an nëmmen eng Minoritéit vun Persounen mat H. pylori VerfÜgung Wonn ëmmer d'Krankheet entwéckelen [3]. Uemura et al. datt GC Rapport vun ongeféier 3% vun H entwéckelt. pylori VerfÜgung -infected Patienten während der observational Period vun 10 Joer, am Verglach zu keent vun der uninfected Patienten [4]. Nieft Provider, Ëmweltproblemer, an Nahrungszousaz Faktoren, déi Differenzen an der virulence vun H. pylori VerfÜgung analyséieren ofhängeg zu de Variatioune Resultater vun H. pylori VerfÜgung Wonn. Virulence Faktoren vun H. pylori VerfÜgung, wéi cagA, vacA, Dupa, iceA, oipA, VerfÜgung a Baba VerfÜgung, goufen dës dacks schwéier Krankheete Resultater [5], [6] gin. Wichtegst, déi meescht vun dëse virulence Faktore si mat all anere verbonnen; cagA VerfÜgung -positive analyséieren besëtzen och e vacA VerfÜgung S1 /M1 Aart a si weider Hausnummeren enk un der Presenz vun der Baba VerfÜgung a oipA VerfÜgung "op" Status [5]. VerfÜgung

D'genetesch Diversitéit bannent H. pylori VerfÜgung ass méi grouss wéi déi vun deene meeschten anere Bakterien [7], an ongeféier 50-fantastesch grouss wéi déi vun der mënschlecher Bevëlkerung [8]. Ausserdeem, heefeg recombination tëscht verschiddene H. pylori VerfÜgung analyséieren [9] féiert nëmmen deelweis linkage disequilibrium tëscht polymorphic loci, wat fir Bevëlkerung zousätzlech Informatiounen stellt genetesch Analyse [10]. Kuerzem, Frankräich Diversitéit bannent H. pylori VerfÜgung Populatiounsschichte war vun der Multi-nët Haaptrei nozesichen (MLST) Method mat siwen housekeeping Genen ( atpA, efp, mutY, ppa, trpC, ureI, VerfÜgung a yphC VerfÜgung) iwwerpréift [10] - [12]. Am Moment, siwen Populatioun Zorte gewiescht baséiert op geographesch Associatiounen identifizéiert an designéierte wéi follegt: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica, an hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia ass vun H gemeinsam. pylori VerfÜgung isolates aus Osten Asien, a kënnt an der dräi subgroups hspEAsia, hspAmerind, an hspMaori ënnerdeelt ginn. hpEurope ëmfaasst bal all H. pylori VerfÜgung analyséieren aus ethneschen Europäer, dorënner och Leit aus Länner koloniséiert vun Europäer isoléiert. H. pylori VerfÜgung ass virausgesot aus Ostafrika iwwer der selwechter Zäit wéi Kierperbau modern Mënschen (~58,000 Joer) ze hunn verbreet, an intim verbonne mat hir mënschlech dorophin nach huet schons zanter [5], [11], [12] relativ héich (13.4 /100.000 Awunner) am Verglach mat anere südamerikanesch Länner (duerchschnëttlech ASR = 10.3 /100.000 Awunner) (International Agence. VerfÜgung

D'Heefegkeet Taux an Kolumbien vum GC Alter standardiséierte (ASR) ass gemellt fir ze ginn Fuerschung iwwert Cancer; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Gëlt, ass GC méi verwandelt an der kolumbianescher Bierg Regioun wéi op der Küst [13], [14]. de Sablet et al. standing MLST phylogeographic Variant tëscht Bierg an de Regiounen [15] ze bestëmmen. Spannen, se fonnt dass all cagA VerfÜgung -positive analyséieren aus GC héich-Risiko Regiounen goung un hpEurope hierkommen hpEurope an hpAfrica1 am Héich-Risiko Regiounen GC leescht [15]. Zousätzlech, Krankheet Sujeten mat hpEurope analyséieren vun H. pylori VerfÜgung zougedréckt héich histopathological Fändelen wéi déi mat hpAfrica1 analyséieren infizéiert. Dës Observatioune hindeit, datt d'phylogeographic Urspronk vun MLST sech kann als eng Estimatioun vun GC Risiko benotzt ginn. VerfÜgung

Allerdéngs huet dës Studien net de phylogenetic Urspronk ënnersicht no Medeziner Resultater, an sou bleift et kloer, ob den phylogenetic Urspronk ass wierklech mat Medeziner Resultater am Kolumbien assoziéiert. An dëser Etude, iwwerpréift mir de phylogenetic Urspronk vun der H. pylori VerfÜgung analyséieren aus GC an ausléisen oppent (DU) Patienten zu Bogota wunnen, der Haaptstad an der gréisster Stad an der Regioun Andean matzen an Kolumbien. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

kennen

H. pylori VerfÜgung analyséieren sech aus der gastric mucosa vun H kritt. pylori VerfÜgung -infected aneren Patienten mat GC an DU deen endoscopy um Universidad nacional de Kolumbianer mécht, Bogota, Kolumbien. GC an DU sech duerch endoscopy identifizéiert, an GC war weider vun histopathology bestätegt [16]. Patiente mat enger Geschicht vun partiell gastric resection sech ausgeschloss. Schrëftlech informéiert Averständnes war vun all de Bedeelegten kritt, an de Protokoll ass vun der Ethik Comité vun Universidad nacional de Kolumbianer guttgeheescht. VerfÜgung

Isolatioun a genotyping vun H. pylori

Antral Fro uplanzen fir d'Isolatioun vun H kritt huet. pylori VerfÜgung Standard Kultur Methode benotzt, wéi virdru beschriwwen [17]. H. pylori VerfÜgung DNA war aus Spuenien wär zappen Kulturen erweidert aus enger eenzeger Kolonie mat enger kommerziell sinn Kit (QIAGEN, Valencia, CA) ofgebaut. De Status vun cagA VerfÜgung war vun polymerase Kette Reaktioun (Hinnen alleguer) fir d'conserved Regioun vun cagA VerfÜgung a fir direkt sequencing mat der primer Pair cagTF alles; 5'-zu Enn cta GTC GGT AAT GGG-3 'an cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 "(Y = C oder T) vun der 3. entworf 'widderhuelen Regioun vun cagA VerfÜgung, wéi virdru beschriwwen [18]. D'Hinnen alleguer ware initial denaturation fir 5 min bei 95 ° C, 35 amplification Schrëtt (95 ° C fir 30 ass, 56 ° C fir 30 ass, an 72 ° C fir 30 s), an eng final Extensioun Zyklus vun 7 min bei 72 ° C, mat Blend Taq DNA polymerase (TOYOBO, Rekorder, Japan). D'Feele vun cagA VerfÜgung vun der Präsenz vun cagA VerfÜgung eidel Site, wéi virdru beschriwwen [19] bestätegt gouf. Hinnen alleguer Produite goufen mat enger QIAquick Offäll Kit (QIAGEN) sidd no der Taktik vum Produzent. Implikatioune ofgesprengt gouf duerch electrophoresis zu enger 1,5% agarose gelies festgestallt datt dono Kierchefënster mat ethidium bromide war an visualized eng violett Ziel-illuminator benotzt. VerfÜgung

D' vacA VerfÜgung genotyping (S1, s2, M1 ëmschriwwen, an m2) war virdrun standing [20], [21]. Primers fir d'Signal Regioun Kriseperiod eng 259 BP an 286 BP ofgesprengt fir S1 an s2 Varianten, bzw.. Primers fir d'Mëtt Regioun Kriseperiod eng 570 BP an 645 BP ofgesprengt fir M1 an m2 Varianten, bzw.. VerfÜgung

Phylogenetic Analyse vun H. pylori VerfÜgung analyséieren VerfÜgung

MLST vun der siwen housekeeping Genen ( atpA, efp, mutY, ppa, trpC, ureI, yphC VerfÜgung) vun Hinnen alleguer-baséiert sequencing alles war wéi virdru beschriwwen [7 ], [22]. Direct DNA sequencing war mat engem AB 3130 standing genetesch Organer (Obwuel Biosystems, Foster City, CA) laut den Hiersteller d'Uweisungen. Fir de Bau vun der phylogenetic Bam baséiert op MLST genotypes, Haaptrei konsultéieren vun der 7. housekeeping Genen vun hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind, an hspEAsia analyséieren (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18, an 177 analyséieren, respektiv, 1.209 analyséieren am Ganzen) goufen aus der PubMLST Datebank (http://pubmlst.org/) kritt. Dës Haaptrei konsultéieren sech mat eisen Daten kombinéiert aus 66 aneren analyséieren. Noper vereente Beem sech duerch MEGA 5.0 benotzt Kimura-2 Parameteren gebaut [23]. VerfÜgung

Bevëlkerung Struktur Analyse vun H. pylori VerfÜgung analyséieren VerfÜgung

Mir bakteriell Populatioun Struktur mat Struktur (v.2.3.2) Software [24] analyséiert. Markov Kette Monte Carlo (MCMC) Simulatioune vum Struktur huet an der admixture Modell mat verbrennen-a vu 20.000, gefollegt vun 30.000 Ben fir all Course fueren. D'Zuel vun Meeschter um Populatiounen (K) war aus 7 bis 10 Formatioun a 5 Course goufen fir all K. virschaffe VerfÜgung

Nukleotid Haaptreiestären VerfÜgung

Nukleotid Haaptrei Donnéeën hei sinn ënnert der Adhésiouns Zuelen AB923031 DDBJ sinn gemellt zu AB923492. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Mir fuere 35 GC Patienten an 31 DU Patienten. D'analyséieren aus GC Patienten isoléiert dorënner 24 cagA VerfÜgung -positive an 11 cagA VerfÜgung -negative. Twenty-néng huet vacA VerfÜgung s1m1 genotype a 6 goufen vacA VerfÜgung s2m2 genotype. All 24 cagA VerfÜgung -positive GC analyséieren zougedréckt a dem vacA VerfÜgung s1m1 genotype. Fir 31 analyséieren aus DU Patienten, 22 analyséieren waren cagA VerfÜgung -positive an de Rescht 9 waren cagA VerfÜgung -negative. D' vacA VerfÜgung s1m1 genotype war zu 16 analyséieren fonnt, vacA VerfÜgung s1m2 zu 5 analyséieren, an vacA VerfÜgung s2m2 zu 10 analyséieren. Dorënner 22 cagA VerfÜgung -positive analyséieren aus DU Patienten, haat 14 analyséieren der vacA VerfÜgung s1m1 genotype. Fënnef analyséieren sech s1m2 an déi reschtlech 3 analyséieren sech s2m2. VerfÜgung

D'Populatioun Zorte vun 35 analyséieren vom Patienten mat GC an 31 aus DU sech duerch MLST analyséiert. D'phylogenetic Bam vun 66 aneren analyséieren baséiert op der MLST Message an der Zorte vun Krankheet ginn an Dorënner 1. GC an DU analyséieren waren am MLST Bam Fragmenter gewisen; also, mir hu keng Differenz zu phylogenetic Verdeelung tëschent GC an DU analyséieren fannen. Figur 2A weist de cagA VerfÜgung Status vun der analyséieren op der MLST Bam. Analyséieren vun cagA VerfÜgung -positive a cagA VerfÜgung -negative net kloer ënnerdeelt ginn hätt, obwuel cagA VerfÜgung -negative analyséieren an de selwechte soll relativ Strooss waren. Figur 2B weist vacA VerfÜgung Zorte vun der analyséieren op der selwechter MLST Bam. Aachtelsfinalë vacA VerfÜgung s2m2 analyséieren an engem Sous-Agence Strooss waren zesumme mat zwee s1m2 a sechs s1m1 analyséieren. Déi reschtlech dräi vacA VerfÜgung s1m2 analyséieren waren ënnert de 39 wellkomm vacA VerfÜgung s1m1 analyséieren. VerfÜgung

Next, mir eng phylogenetic Bam baséiert op MLST Message vun 66 aneren analyséieren gebaut an 1.209 Referenz analyséieren vun hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind, an hspEAsia, verschéckt an pubMLST Datebank (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18, an 177 analyséieren, bzw.) ( Figur 3). Ënnert de 66 aneren analyséieren, nëmmen een cagA VerfÜgung -positive Deformatioun war ënner de Sous-Secteuren vun hpAfrica1 wellkomm. Déi reschtlech 65 analyséieren waren ënnert hpEurope sub-Secteuren Fragmenter onofhängeg vun der Zorte vun Krankheet. Soumat war keen Associatioun tëscht der muerden vun der phylogenetic Bam a Krankheete Resultater observéiert. VerfÜgung

der Bevëlkerung Struktur vun den aneren analyséieren ze ermëttelen, standing mir Populatioun Analyse Struktur Software benotzen [24]. Fir dës Analys, déi mer déi selwecht 1.257 analyséieren (1,209 Referenzmaterial analyséieren an 66 aneren analyséieren), déi fir de MLST phylogenetic Analyse benotzt goufen. Struktur Software stécht MCMC Simulatioun Individuen vun enger bestëmmter Unzuel vu Populatiounen (K) ze klassifizéieren. Fir eng bestemmten K, bestëmmt Struktur K Populatioun Komponente a stellt se zur K Faarwen eng Faarf benotzt een Populatioun Komponent ze vertrieden. Mir standing Struktur Analyse vum K vu 7 bis 10 a virschaffe Simulatioune fënnef Mol fir all K. Dorënner 4 Kader weist d'Resultater vun K = 9 an 10 hir posterior Wahrscheinlechkeet ass déi bescht vun der fënnef leeft (déi probabel Resultater). All vertikal Linn vun de Potto Tabelle stellt ee Klischee an de Faarwe vun enger Zeil weg Populatiounen fir déi d'Deformatioun gehéieren kann. De Virsaz vun de Faarwen an enger Linn sinn proportional zu der Wahrscheinlechkeet, datt déi Efforten, fir all Awunner gehéiert. Well d'hpEurope Grupp eng admixture vu multiple Originen ass, weist dës Grupp komplex Faarwen. VerfÜgung

An d'Resultat vun K = 7, den aneren analyséieren zougedréckt gemeinsam Faarwe mat hpEurope analyséieren (Dorënner 4A). Wann K bis 10 Formatioun huet, presentéiert den aneren an e puer hpEurope analyséieren enger anerer Faarf vun aneren, datt eng Populatioun Komponent spezifesch fir dësen analyséieren (hellgréng Baren markéiert mat Stären zu Dorënner 4B) duerstellt. Dëst beinhalt datt dësen analyséieren Basis Ähnlechkeet mat Europäescher analyséieren hu si awer aus aneren distinguishable wann am Detail iwwerpréift. Figur 4C ass eng Vergréisserung vun den aneren analyséieren. D'Baren sech vu lénks no riets bestëmmen Uerdnung vun der hellgréng Komponent an eroffällt. cagA VerfÜgung Zorte a Krankheeten sinn déi Spuren Kraaft ënnert d'Lat Charts gewisen. Well dës Figur weist, cagA VerfÜgung -negative analyséieren sech heefeg op der rietser Enn. Iwwerdeems déi meescht vun den aneren analyséieren engem spezifesche Volet Équipe an /oder eng gemeinsam Populatioun Komponent mat hpEurope, awer eng Deformatioun héich Ähnlechkeet mat hpAfrica1 (Dorënner 4C, de Bar mat engem Dräieck markéiert). Dëst Klischee entsprécht den een, datt an der MLST phylogenetic Bam (Dorënner 3). VerfÜgung

An der Donnéeën wëi PubMLST, ofgeholl mir 63 hpEurope analyséieren an der hpAfrica1 sub-Agence gehéiert, datt d'Liicht gréng Populatioun Komponent Texter am 10% oder méi an hir probéieren Standuert researched. Zwanzeg fënnef analyséieren aus Kolumbien isoléiert sech, obwuel se als hpEurope séiert goufen, goufen 19 aus Spuenien, 4 vum Venezuela huet, an anerer sinn aus verschiddene Länner (Table S1). VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Host , Ëmweltproblemer, an Nahrungszousaz Faktoren, an d'Ënnerscheeder an H. pylori VerfÜgung analyséieren ofhängeg zu de Variatioune Resultater vun H. pylori VerfÜgung Wonn. Am Allgemengen, ass d'Distributioun vun der Heefegkeet vu GC enk fir dësen Zesummenhang H. pylori VerfÜgung Gruppe vun Populatioun Analyse definéiert baséiert op MLST [25]. Eng héich Heefegkeet vun GC war an der Regioun an déi fonnt hpEastAsia analyséieren Schnéischaueren (besonnesch hspEAsia). Allerdéngs ass d'Heefegkeet vun de GC ganz niddreg an Afrika, wou déi meescht analyséieren sinn hpNEAfrica, hpAfrica1, oder hpAfrica2, an am Süden Asien, wou déi meescht analyséieren hpAsia2 sinn. Am Allgemengen, kéint de niddereg Heefegkeet vun gastric Kriibs an afrikanesch a South asiatesch Länner erklärt ginn, op d'mannst zu engem Deel, déi verschidden genotypes vun H. pylori VerfÜgung zu verschiddene geographeschen Beräicher libre. Intriguingly, engem rezenten Rapport op cagA VerfÜgung -positive analyséieren an Kolumbien gewisen, datt all analyséieren vun héich-Risiko Regioune vun GC zu hpEurope gehéieren hierkommen hpEurope an hpAfrica1 am Héich-Risiko Regiounen analyséieren leescht [15]. Zousätzlech, Krankheet Sujeten mat hpEurope analyséieren vun H. pylori VerfÜgung zougedréckt héich histopathological Fändelen wéi déi mat hpAfrica1 analyséieren infizéiert. D'Auteuren ofgeschloss dass den Ënnerscheet vun bakteriell Populatiounsschichte kann als Estimatioun vun GC Risiko benotzt ginn. VerfÜgung

An dëser Etude, mir abegraff H. pylori VerfÜgung analyséieren aus aneren Patienten mat GC an DU isoléiert mee net gastritis. Patienten mat nëmmen gastritis der Zäit vun endoscopy entwéckele kann DU an GC spéit am Liewen; Ëmgedréit, DU Patiente seelen entwéckele GC zu hir Liewensdauer [4], [26]. Dofir, obwuel H. pylori VerfÜgung Wonn ënnerstëtzt d'Entwécklung vu béiden GC an DU, GC an DU sinn abezuelt Resultater considéréiert. An dëser Etude, fanne mir hu keng Differenz zu phylogenetic Gruppen tëscht GC an DU analyséieren. Eis aneren analyséieren sech fonnt ze hpEurope ze gehéieren, ausser fir eng hpAfrica1 Klischee. Obwuel aneren analyséieren an e puer Ënner-Secteuren an der phylogenetic Beem ënnerdeelt waren, gouf et keng Korrelatioun tëschent de Secteuren an der Krankheeten (Rockhal 1 an 3). Dowéinst, heescht de topology vun der MLST Bam net als Bewaacher Akt GC an DU Risiko fir hpEurope analyséieren an Kolumbien ze diskutéieren. An Tatsaach, souguer an der Étude vun de Sablet et al., All cagA VerfÜgung -negative analyséieren och zu hpEurope ze gehéieren sech als [15]. D'Auteuren festgehalen, datt Sujeten Krankheet mat cagA VerfÜgung -negative analyséieren Héich histopathological Fändelen haten; dofir, hpEurope analyséieren ouni d'Präsenz vun cagA VerfÜgung kann manner virulent ginn. Zousätzlech, gemellt mir virdrun dass analyséieren mat méi wéi dräi widderhuelen Regioune vun der Regioun 3 an cagA VerfÜgung mat wesentlech méi héich Fändelen fir gastric mucosal atrophy an intestinal metaplasia wéi déi mat manner widderhuelen Regiounen an Kolumbien verbonne waren [20 ]. D'prevalence vun analyséieren mat méi wéi dräi widderhuelen Regiounen war héich an GC wéi DU [20]. Soumat kënnen d' cagA VerfÜgung Typ anstatt phylogeographic Urspronk eng besser Estimatioun vun GC fir hpEurope analyséieren ginn [27]. VerfÜgung

Mir fonnt virdrun, datt obwuel OipA a cag VerfÜgung PAI verbonne sinn, war just OipA eng onofhängeg Risk Faktor fir dU [28]. OipA zu cagA VerfÜgung -positive analyséieren ze phylogeographic Ofwandlung vum MLST Analyse sech bäidroen kënnen. Zousätzlech, confirméiert mir dat jhp0045 VerfÜgung a jhp0046 VerfÜgung sech mat GC vill verbonnen an cagA VerfÜgung -positive analyséieren an Kolumbien [29]. Ausserdeem, confirméiert mir dat Aids mat Dupa VerfÜgung -positive analyséieren de Risiko fir DU fräi, mä huet Schutzpatrounin géint GC zu Kolumbien [30]. Dofir, kéint de Status vun anere virulence Facteure mat der phylogenetic Bam vun enger performanter MLST [5] kritt soll ginn. D'Bezéiungen tëscht der Phylogenes vun housekeeping Genen an cag VerfÜgung PAI zäitlech muss gemellt ginn [31]. Der Phylogenes vun de meeschte cag VerfÜgung PAI Genen fir datt vun MLST ähnlech war, wat beweist, dass cag VerfÜgung PAI wahrscheinlech nëmmen eemol vun H opkaf huet. pylori VerfÜgung, a seng genetesch Diversitéit spigelt d'Isolatioun vun der Distanz, déi dës bakteriell Arten formt huet zanter modern Mënschen aus Afrika [31] migrated. Am Moment studéieren, war d'phylogenetic Bam baséiert op MLST net mat der Zort vun cagA VerfÜgung soll oder vacA VerfÜgung, obwuel analyséieren mat cagA VerfÜgung -negative oder vacA VerfÜgung s2m2 genotypes sech relativ Strooss. Nëmmen goung ee Klischee ze hpAfrica1, an dëst Deformatioun haat cagA VerfÜgung suggeréiert datt cagA VerfÜgung a vacA VerfÜgung genotypes sech net fir phylogenetic Urspronk bestëmmend Faktore baséiert op MLST an der Andean Regioun an Kolumbien. Mä mir gemellt virdrun, datt de cagA VerfÜgung Typ mat enger phylogenetic Stärekoup zu Okinawa, Japan [22] verbonne war, [27]. Analyséieren vun Okinawa goufen an 3 subpopulations an ee admixture Grupp vun Western analyséieren beaflosst ënnerdeelt. D'phylogeographic topology an subpopulations sech vill mat de Medeziner Resultater verbonnen; awer, war d'Differenz zu phylogeographic topology wéinst dem Statut vun cagA VerfÜgung (Ost-asiatësch Typ, Western-Typ cagA VerfÜgung, an cagA VerfÜgung -negative) an vacA VerfÜgung (M1 oder m2) vun der subpopulations. GC war méi verwandelt am Stärekoup mat meeschtens Ost-asiatesch-Typ cagA VerfÜgung analyséieren. D'Resultater vun MLST gewisen, datt d'prevalence vun GC zu all Grupp ënnerscheeden rauszesichen, wou nëmmen Western-Typ cagA VerfÜgung analyséieren oder cagA VerfÜgung -negative analyséieren benotzt sech [27]. Soumat kënnen phylogeographic Hierkonft wéi confounding Faktor Akt virulence Facteuren an en awer nët Krankheet Resultat (zB, an hspEAsia, déi meescht sinn cagA VerfÜgung -positive, vacA VerfÜgung S1 /M1 Typ, Baba VerfÜgung -positive a oipA VerfÜgung "op" Status). An enger rezenter Etude, net nëmmen H. pylori VerfÜgung Racinen mä och coevolution tëscht Mënsch a H. pylori VerfÜgung war de beschten Estimatioun gin fir precancerous lesions fonnt [32]. Weider Studien sinn néideg der Relatioun tëscht der Liewe Urspronk vun H ze confirméieren. pylori VerfÜgung onofhängeg vun virulence Faktoren a Krankheete Resultater. VerfÜgung

An dëser Etude, mir abegraff d'Mestizos Patienten haaptsächlech zu Bogota Stad wunnen, déi an de Bierg Géigend wellkomm ass (2,600 m iwwer dem Mieresspigel). Dësen Deel gëtt vun Mestizos, e gemëschte Bevëlkerung déi erofgaang hunn aus Aboriginal Amerikaner (Amerindians) an Europäesch Leit daten aus der spuenescher Kolonisatioun Period [33] meeschtens agesat. Amerindians sinn Hypothes ursprénglech mat hspAmerind analyséieren ginn ze hunn Krankheet déi zu der subpopulation vun hpEastAsia gehéieren [10]. Dofir, erwaarden mer dass H. pylori VerfÜgung aus Mestizos isoléiert e gemëschtent Typ vun hpEurope an hspAmerind Ecran géif. Spannen, all Fäll awer ee vun eise Etude sech mat hpEurope analyséieren Krankheet, konsequent mat enger viregter Etude [15]. Struktur Analyse Teamchef puer analyséieren mat hpEurope e Mosaik Muster gewisen; Ee, se waren net eng Mëschung vun hpEurope an hspAmerind. Dëst observation ënnerstëtzt d'Hypothes, datt hpEurope analyséieren Besëtz vun engem kompetitive Virdeel iwwer Naturvölker hspAmerind analyséieren wéi virdrun [34] beschriwwen, [35]. Verwonnerlech, huet eis virdrun studéieren, datt och zu 16 analyséieren aus Huitoto isoléiert, e Ongewéinlech, isoléiert Grupp vun de Amazonian Käre kascht an Kolumbien wunnen, sech 4 analyséieren mat hspAmerind Krankheet, während de Rescht vun 12 hpEurope analyséieren sech [12]. Ausserdeem hunn mir déi verschidden Amerindian analyséieren aus Kolumbien Western-Typ haat cagA VerfÜgung awer net Ost-asiatesch-Typ cagA VerfÜgung [36]. Et bleift net kloer firwat stäerkste Amerindian H. pylori VerfÜgung analyséieren hunn genotypes typesch vun analyséieren aus westlechen Länner souguer am Siten wou Western Afloss schengt minimal ginn ze hunn. hpEurope, anstatt hspAmerind analyséieren, vläicht einfach fir d'Ëmweltproblemer Konditiounen an ausgewielte vun de Provider Nofolleg Drock ugepasst ginn. Zwee hypotheses, ee baséiert op Deformatioun Concours an déi aner op Deformatioun ëmbréngen vun Transformatioun, goufen als Grond fir d'Verleeen vun hspAmerind vun hpEurope ugeholl [34]. Weider Etude wäert néideg de Mechanismus (s) verantwortlech fir d' zu VIVO VerfÜgung Verloscht vun der Amerindians analyséieren, wou an der Competitioun mat Old World analyséieren ze definéieren. Spannen, hunn mir déi verschidden aneren analyséieren engem spezifeschen Populatioun Komponent huet, an dësem Volet gedeelt war net nëmme mat anere Südamerika ze analyséieren, mä och mat der spuenescher analyséieren an PubMLST verschéckt. D'Stad Bogota, an 1538 gegrënnt gouf, ass ee vun den Haaptacteuren administrative Zentren vun de Spueneschen Besëtz vun der New World (zesumme mat Lima a Mexiko City) [33]. Eis Analyse hindeit datt hpEurope analyséieren an Kolumbien haaptsächlech vum spuenesche Immigranten agefouert goufen. Populatioun ennerluecht vun H. pylori VerfÜgung ass e nëtzlechen Outil fir Migratioun Musteren androën Mënsch [37]; jo, eis Conclusiounen kéint nëtzlech sinn déi vun modern Mënschen an Südamerika ze entschlësselen. Obwuel eis Analyse MLST baséiert op siwen housekeeping Genen hindeit, datt déi meescht vun den aneren analyséieren vun hpEurope analyséieren ersat goufen, Reliquie vum Liewe Aboriginal analyséieren an aneren Deeler vun der Nepgen bleiwe konnt. Méi extensiv weltwäit an Nepgen-grouss Ëmfroen hëlleft eis d'Evolutioun an Bevëlkerung Struktur vun weider verstoen H. pylori VerfÜgung. VerfÜgung

One Potential begrenzten Dauer vun eiser Etude Bandmembere ass, datt mir net genuch Informatiounen iwwert d'Herkunft vun de Patienten aus där de H kritt hätt. pylori VerfÜgung analyséieren huet isoléiert. Iwwerhaapt ass et ugeholl ginn datt Provider Racinen Medeziner Resultater Afloss kéint als uewen [32] beschriwwen. Zum Beispill, demagogesch cytokine Gentherapie schiefgang ( IL-1 VerfÜgung Gentherapie Stärekoup, TNF-α VerfÜgung, IL-10 VerfÜgung, an IL-8 VerfÜgung ) gemellt goufen mat GC gin soll [38] - [43]. Ausserdeem, huet eng Famill Geschicht vun GC goufen zu de Medeziner Resultater ze droen dës [44]. Nieft anere H. pylori VerfÜgung virulence Faktoren, kann dës Informatioun nëtzlech gin fir tëscht GC an DU Risiko Ënnerscheedung. Weider Enquête ass néideg der Associatioun tëschent H ze entschlësselen. pylori VerfÜgung genotypes a Krankheet Resultater. VerfÜgung

Conclusioun VerfÜgung

Eis Etude bekannt, datt e phylogeographic Urspronk vun MLST net genuch war tëscht GC an DU Risiko vun der Andean Regioun an Kolumbien zu z'ënnerscheeden. A phylogenetic Analyse dorënner virulence Faktoren vun H. pylori VerfÜgung kéint néideg méi korrekt ze Medeziner Resultater bestëmmen. Doriwwer eraus, seet eis Analyse och dass hpEurope analyséieren an Kolumbien allem agefouert goufen déi spuenesch Immigranten an hir genotype war net vun Amerindians beaflosst. VerfÜgung

Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung Table S1. VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0105392.s001 VerfÜgung (DOCX) VerfÜgung

Arbeschterlidder VerfÜgung

Mir soen der Madame Miyuki Matsuda fir excellent technesch Assistenz VerfÜgung.

• PLOS NËMMEN: Helicobacter pylori förderen Epithelial-Mesenchymal Iwwergank zu Gastric Cancer vun Downregulating Programmed Zell Death Protein 4 (PDCD4)
• PLOS NËMMEN: Carnosine bremst d'Zouhuelen vun Mënscherechter Gastric Cancer SGC-7901 BTS duerch zwee vun de Kënschtlech sin an Glycolysis Pathways