PLoS ONE: Helicobacter pylori van maagkanker en darmzweren Show Zelfde fylogeografische Origin in het Andesgebied in Colombia

De abstracte

Achtergrond

Een recent rapport heeft aangetoond dat de fylogenetische oorsprong van de Helicobacter pylori
op basis van multi-locus sequentie typen (MLST) was significant geassocieerd met de ernst van de gastritis in Colombia. Echter, de mogelijke relatie tussen fylogenetische oorsprong en klinische resultaten niet in die studie. Als de fylogenetische oorsprong in plaats van virulentiefactoren echt werden geassocieerd met klinische resultaten, het identificeren van een populatie met een hoog risico op maagkanker in Colombia zou relatief eenvoudig zijn. In deze studie, onderzochten we de fylogenetische oorsprong van de stammen van maagkanker en darmzweren patiënten die leven in Bogota, Colombia.

Methods

We begrepen 35 maagkanker patiënten en 31 duodenale ulcera patiënten, die worden beschouwd als de variant resultaten. De genotypen van cagA Kopen en Vaca
werden bepaald door middel van polymerase kettingreactie. De genealogie van deze Colombiaanse stammen werd geanalyseerd door MLST. Bacteriële populatie structuur werd geanalyseerd met behulp van STRUCTURE software.

Resultaten

H. pylori
stammen van maagkanker en darmzweren patiënten werden verspreid in de fylogenetische boom; dus hebben we geen verschil in fylogenetische verdeling tussen maagkanker en darmzweren stammen in de hpEurope groep in Colombia te detecteren. Zesenzestig stammen, op één uitzondering na, werden geclassificeerd als hpEurope ongeacht de cagA Kopen en Vaca
genotypes, en het type van de ziekte. Structuur analyse bleek dat de Colombiaanse hpEurope stammen hebben een fylogenetische verbinding met de Spaanse stammen.

Conclusies

Onze studie toonde aan dat een fylogeografische oorsprong welke MLST onvoldoende voor het onderscheid tussen maagkanker en darmzweren risico bij was hpEurope stammen in het Andesgebied in Colombia. Onze analyse suggereert ook dat hpEurope stammen in Colombia in de eerste plaats werden geïntroduceerd door de Spaanse immigranten

Visum:. Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014) Helicobacter pylori
van maagkanker en darmzweren Show Zelfde fylogeografische Origin in de Andes-regio in Colombia. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10.1371 /journal.pone.0105392

Editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan

Ontvangen: 7 maart 2014; Aanvaard: 23 juli 2014; Gepubliceerd: 14 augustus 2014

Copyright: © 2014 Shiota et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd

Data Availability:. De auteurs bevestigen dat alle gegevens waarop de bevindingen zijn volledig beschikbaar zonder beperking. Nucleotidesequentie gegevens in dit jaarverslag zijn beschikbaar onder de DDBJ toetreding nummers AB923031 om AB923492

Financiering:. Dit rapport is gebaseerd op het werk gedeeltelijk ondersteund door subsidies van de National Institutes of Health (DK62813) (JJ), en subsidies -in-Steun voor Wetenschappelijk Onderzoek van het ministerie van Onderwijs, Cultuur, Sport, Wetenschap en Technologie (MEXT) of Japan (22390085, 22659087, 24406015 en 24659200) (JJ), (23.790.798) (SS) en speciale Coördinatie fondsen voor de Bevordering Wetenschap en Technologie van de Japan Science and Technology Agency (JST). De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Helicobacter pylori
is een spiraalvormige Gram-negatieve bacterie die meer dan de helft van de wereldbevolking besmet [1]. Het transmissiemechanisme van H. pylori
is nog niet volledig opgehelderd, maar de mens-tot-mens verspreiding via de mondelinge-orale of fecaal-orale routes wordt gedacht dat de meest plausibele te zijn [2]. H. pylori
infectie is nu geaccepteerd te worden gekoppeld aan een ernstige-gastritis geassocieerde ziekten, met inbegrip van maagzweren en maagkanker (GC) [1]. De infectie blijft latent in de meerderheid van de geïnfecteerde patiënten, en slechts een minderheid van personen met H. pylori
infectie ooit de ziekte te ontwikkelen [3]. Uemura et al. gemeld dat GC ontwikkeld in ongeveer 3% van H. pylori
geïnfecteerde patiënten gedurende de observatieperiode van 10 jaar, in vergelijking met geen van de niet-geïnfecteerde patiënten [4]. Naast gastheer, milieu en voedingsfactoren, de verschillen in virulentie van H.
pylori stammen zijn aan de wisselende resultaten van H. pylori
infectie. Virulentiefactoren van H. pylori
, zoals cagA, Vaca, Dupa, ICEA, OIPA, Kopen en Baba
, is aangetoond dat voorspellers van ernstige klinische uitkomsten zijn [5], [6]. Belangrijker, de meeste van deze virulentiefactoren zijn met elkaar verbonden; cagA
-positieve stammen ook beschikken over een soort Vaca
s1 /m1 en ze zijn verder nauw verbonden met de aanwezigheid van de baba Kopen en OIPA
"on" staat [5].

De genetische diversiteit binnen H. pylori
groter is dan de meeste andere bacteriën [7], en ongeveer 50-voudig groter dan die van de menselijke bevolking [8]. Bovendien frequente recombinatie tussen verschillende H. pylori
stammen [9] leidt tot slechts een gedeeltelijke koppeling onevenwicht tussen polymorfe loci, die extra informatie voor de bevolking genetische analyse [10] biedt. Onlangs, genomische diversiteit binnen H. pylori
populatie werd onderzocht door de multi-locus sequentie typen (MLST) methode met behulp van zeven housekeeping genen ( ATPA, EFP, mutY, PPA, trpC, urei, Kopen en yphC
) [10] - [12]. Op dit moment zijn er zeven soorten bevolking geïdentificeerd op basis van geografische verenigingen en aangeduid als volgt: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica en hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia is gebruikelijk in de H. pylori
isoleert uit Oost-Azië, en kan worden onderverdeeld in de drie subgroepen hspEAsia, hspAmerind en hspMaori. hpEurope omvat bijna alle H. pylori
stammen geïsoleerd uit etnische Europeanen, ook mensen uit landen gekoloniseerd door de Europeanen. H. pylori
wordt voorspeld te hebben verspreid uit Oost-Afrika ten opzichte van dezelfde periode als de anatomisch moderne mens (~58,000 jaar geleden), en heeft bleef nauw verbonden met hun menselijke gastheren sindsdien [5], [11], [12] .

De leeftijd gestandaardiseerde incidentie (ASR) van GC in Colombia is gemeld relatief hoog (13,4 /100.000 inwoners) in vergelijking met andere Zuid-Amerikaanse landen te zijn (gemiddelde ASR = 10,3 /100.000 inwoners) (Internationaal Agentschap voor kankeronderzoek; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Met name GC komt vaker voor bij de Colombiaanse berggebied dan aan de kust [13], [14]. de Sablet et al. uitgevoerd MLST om fylogeografische variatie tussen de bergen en kustgebieden [15] te bepalen. Interessant, vonden ze dat allemaal cagA
-positieve stammen van GC met een hoog risico gebieden behoorde tot hpEurope, terwijl hpEurope en hpAfrica1 naast elkaar bestaan ​​in het algemeen klassement met een laag risico's [15]. Daarnaast patiënten die besmet zijn met hpEurope stammen van H. pylori
vertoonden hogere histopathologische scores dan degenen die besmet zijn met hpAfrica1 stammen. Deze waarnemingen suggereren dat de fylogeografische oorsprong welke MLST kan worden gebruikt ter voorspelling van GC risico.

Echter, deze studies niet fylogenetische oorsprong volgens klinische resultaten te onderzoeken, en dus blijft het onduidelijk of het fylogenetische oorsprong is echt geassocieerd met klinische resultaten in Colombia. In deze studie, onderzochten we de fylogenetische oorsprong van de H. pylori
stammen van GC en darmzweren (DU) patiënten die leven in Bogota, de hoofdstad en de grootste stad in het Andesgebied in Colombia.

Materialen en methoden

Patiënten

H.
pylori-stammen werden verkregen van het maagslijmvlies van H. pylori
geïnfecteerde Colombiaanse patiënten met GC en DU die endoscopie ondergaan aan de Universidad Nacional de Colombia, Bogota, Colombia. GC en DU werden geïdentificeerd door endoscopie en GC werd verder bevestigd door histopathologie [16]. Patiënten met een geschiedenis van partiële maagresectie uitgesloten. Schriftelijke toestemming werd verkregen van alle deelnemers, en het protocol werd goedgekeurd door de ethische commissie van de Universidad Nacional de Colombia.

Isolatie en genotypering van H. pylori

Antral biopten werden verkregen voor de isolatie van H. pylori
toepassing van standaard kweek werkwijzen zoals eerder beschreven [17]. H. pylori
DNA werd geëxtraheerd uit confluente plaat culturen uitgebreid van een enkele kolonie met behulp van een commercieel verkrijgbare kit (Qiagen, Valencia, CA). De status van cagA
werd bepaald door toepassing van polymerasekettingreactie (PCR) voor het geconserveerde gebied van cagA Kopen en directe sequentiebepaling met gebruikmaking van het primerpaar cagTF; 5'-ACC CTA GTC GGT AAT GGG-3 'en cagTR; 5'-GCT GCT TTA TCT GAY ACY GC-3 '(Y = C of T) ontworpen in de 3' repeat regio cagA
, zoals eerder beschreven [18]. De PCR-omstandigheden waren initiële denaturatie gedurende 5 minuten bij 95 ° C, stappen 35 amplificatie (95 ° C gedurende 30 s, 56 ° C gedurende 30 s en 72 ° C gedurende 30 s) en een laatste verlenging cyclus van 7 min bij 72 ° C, met behulp Blend Taq DNA polymerase (TOYOBO, Osaka, Japan). De afwezigheid van cagA
werd bevestigd door de aanwezigheid van cagA
lege plaats, zoals eerder beschreven [19]. PCR producten werden gezuiverd met een QIAquick Purification Kit (QIAGEN) volgens de instructies van de fabrikant. Het geamplificeerde fragment werd gedetecteerd door elektroforese in een 1,5% agarosegel die vervolgens werd gekleurd met ethidiumbromide en gevisualiseerd met behulp van een ultraviolet trans-illuminator.

De VACA
genotypering (s1, s2, m1 en m2) werd uitgevoerd zoals eerder beschreven [20], [21]. Primers voor het signaalgebied leverde een 259 bp en 286 bp fragment s1 en s2 varianten, respectievelijk. Primers voor het middengebied leverde een 570 bp en 645 bp fragment voor M1 en M2-varianten, respectievelijk.

Fylogenetische analyse van de H. pylori
stammen

MLST van de zeven housekeeping genen ( ATPA, EFP, mutY, PPA, trpC, urei, yphC
) werd bepaald door PCR-gebaseerde sequencing zoals eerder beschreven [7 ], [22]. Directe DNA-sequentiebepaling werd uitgevoerd met een AB 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA) volgens de instructies van de fabrikant. Voor de bouw van de fylogenetische boom op basis van MLST genotypes, sequentie datasets van de 7 housekeeping genen van hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind en hspEAsia stammen (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18 en 177 stammen, respectievelijk 1209 stammen in totaal) werden verkregen van de PubMLST database (http://pubmlst.org/). Deze reeks datasets werden gecombineerd met onze data vanaf 66 Colombiaanse stammen. Neighbor toetreding bomen werden geconstrueerd door MEGA 5.0 met behulp van Kimura-2 parameters [23].

Populatiestructuur analyse van de H. pylori
stammen

We analyseerden bacteriële populatie structuur waarop structuur (v.2.3.2) software [24]. Markov Chain Monte Carlo (MCMC) simulaties van STRUCTUUR werden uitgevoerd in het gemengd model met burn-in van 20.000, gevolgd door 30.000 iteraties voor elke run. Het aantal voorlopige populaties (K) werd 7-10 en 5 runs werden uitgevoerd voor elk K.

Nucleotide sequentie

nucleotidesequentiegegevens hier vermeld zijn beschikbaar onder de inschrijvingsnummers DDBJ AB923031 om AB923492.

Resultaten

We begrepen 35 GC patiënten en 31 DU patiënten. De stammen geïsoleerd uit GC patiënten geïncludeerd 24 cagA
-positieve en 11 cagA
-negatieve. Negenentwintig waren Vaca
s1m1 genotype en 6 waren Vaca
s2m2 genotype. Alle 24 cagA
-positieve GC stammen toonde de Vaca
s1m1 genotype. Voor de 31 stammen van DU patiënten, 22 stammen waren cagA
-positieve en de resterende 9 werden cagA
-negatieve. De Vaca
s1m1 genotype werd gevonden in 16 stammen, Vaca
s1m2 in 5 stammen, en Vaca
s2m2 in 10 stammen. Onder 22 cagA
-positieve stammen uit DU patiënten, 14 stammen bezat de Vaca
s1m1 genotype. Vijf stammen waren s1m2 en de resterende 3 stammen waren s2m2.

De types bevolking van 35 stammen geïsoleerd uit patiënten met GC en 31 uit DU werden geanalyseerd door MLST. De fylogenetische boom van 66 Colombiaanse stammen op basis van de sequenties en het MLST soorten ziekten worden getoond in Figuur 1. GC en DU stammen werden verspreid in de boom MLST; dus hebben we geen verschil in fylogenetische verdeling tussen GC en DU stammen te vinden. Figuur 2A toont de cagA
status van de druk op de MLST boom. Stammen van cagA
-positieve en cagA
-negatieve niet duidelijk kon worden verdeeld, hoewel cagA
-negatieve stammen werden relatief geclusterd in dezelfde branche. Figuur 2B toont Vaca
types van de stammen op dezelfde MLST boom. Zestien Vaca
s2m2 stammen werden geclusterd in een sub-tak samen met twee s1m2 en zes s1m1 stammen. De overige drie Vaca
s1m2 stammen bevonden zich onder de 39 Vaca
s1m1 stammen.

Vervolgens hebben we gebouwd een fylogenetische boom op basis van MLST sequenties van 66 Colombiaanse stammen en 1209 referentiestammen van hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind en hspEAsia, gedeponeerd in pubMLST database (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18 en 177 stammen, respectievelijk) ( figuur 3). Onder de 66 Colombiaanse stammen, slechts één cagA
-positieve stam werd gelegen tussen de sub-takken van hpAfrica1. De overige 65 stammen werden verspreid over hpEurope subtakken ongeacht de soorten ziekten. Zo werd geen verband waargenomen tussen de vertakking van de fylogenetische boom en klinische resultaten.

Om de bevolking structuur van de Colombiaanse stammen te onderzoeken, voerden we populatie analyse met behulp OPBOUW software [24]. Voor deze analyse hebben we gebruik gemaakt van dezelfde 1257 stammen (1209 referentie stammen en 66 Colombiaanse stammen) die werden gebruikt voor de MLST fylogenetische analyse. STRUCTUUR software voert MCMC simulatie om individuen te classificeren voor een bepaald aantal populaties (K). Voor een bepaalde K, structuur bepaalt K bevolking componenten en vertegenwoordigt hen door K kleuren met behulp van een kleur op een bevolking component vertegenwoordigen. We voerden Structuuranalyse door K 7-10 en uitgevoerde simulaties vijfmaal per K. Figuur 4 toont de resultaten van K = 9 en 10 waarvan de latere kans is de beste van de vijf punten (de meest waarschijnlijke resultaten). Elke verticale lijn van de staafdiagrammen vertegenwoordigt een stam en de kleuren van een regel geven aan bevolkingsgroepen waartoe de stam kunnen behoren. De lengten van de kleuren in een lijn zijn evenredig met de waarschijnlijkheid dat de stam behoort elke populatie. Omdat de hpEurope groep is een mengsel van verschillende afkomst, deze groep toont complex kleuren.

In het resultaat van K = 7, de Colombiaanse stammen toonde voorkomende kleuren met hpEurope stammen (Figuur 4A). Wanneer K is ingesteld op 10, de Colombia en verscheidene stammen hpEurope gepresenteerd een andere kleur anderen die een bevolkingscomponent situatie van die stammen (lichtgroene balken aangegeven met sterren in figuur 4B) voorstelt. Dit houdt in dat deze stammen hebben fundamentele overeenkomsten met Europese stammen, maar zijn te onderscheiden van anderen als in detail onderzocht. Figuur 4C is een vergroting van de Colombiaanse stammen. De staven werden afgestemd van links naar rechts in afnemende volgorde van het licht groene component. cagA
soorten en ziekten worden getoond door merken onder de staafdiagram. Zoals deze figuur laat zien, cagA
-negatieve stammen waren frequent aan de rechterkant. Terwijl de meeste Colombiaanse stammen had een specifieke en /of een gemeenschappelijke bevolkingscomponent met hpEurope, één stam vertoonden hogere overeenkomst met hpAfrica1 (Figuur 4C, de staaf gemarkeerd met een driehoek). Deze soort komt overeen met degene die behoort tot de hpAfrica1 sub-tak in de MLST verwantschapsboom (figuur 3).

In de uit PubMLST data, kozen we 63 hpEurope stammen die de lichtgroene bevolking component bij bevatte 10% of hoger en onderzoek gedaan naar de sampling locatie. Vijfentwintig stammen werden geïsoleerd uit Colombia, hoewel zij werden geclassificeerd als hpEurope, 19 waren afkomstig uit Spanje, 4 waren afkomstig uit Venezuela, en anderen zijn uit verschillende landen (tabel S1).

Discussie

Host , milieu en voedingsfactoren, en de verschillen in de H.
pylori stammen zijn aan de wisselende resultaten van H. pylori
infectie. In het algemeen is de verdeling van de incidentie van GC nauw verwant aan deze H. pylori
groepen gedefinieerd door de bevolking analyse op basis van MLST [25]. Een hoge incidentie van GC werd gevonden in de regio's waar hpEastAsia stammen heersen (vooral hspEAsia). Echter, de incidentie van GC is zeer laag in Afrika, waar de meeste stammen zijn hpNEAfrica, hpAfrica1 of hpAfrica2, en in Zuid-Azië, waar de meeste stammen zijn hpAsia2. Algemeen kan de lage incidentie van maagkanker in Afrikaanse en Zuid-Azië worden verklaard, althans gedeeltelijk, door de verschillende genotypen van H. pylori
circuleert in verschillende geografische gebieden. Intrigerend een recent rapport over cagA
-positieve stammen in Colombia toonde aan dat alle stammen van een hoog risico gebieden van GC behoren tot hpEurope, terwijl hpEurope en hpAfrica1 stammen naast elkaar bestaan ​​in de lage-risico-gebieden [15]. Daarnaast patiënten die besmet zijn met hpEurope stammen van H. pylori
vertoonden hogere histopathologische scores dan degenen die besmet zijn met hpAfrica1 stammen. De auteurs concludeerden dat het verschil in bacteriële populaties kan worden gebruikt ter voorspelling van GC risico.

In deze studie hebben we opgenomen H. pylori
stammen geïsoleerd uit Colombiaanse patiënten met GC en DU, maar niet gastritis. Patiënten met alleen gastritis bij de endoscopie kunnen DU en GC ontwikkelen latere leeftijd Omgekeerd DU patiënten slechts zelden GC in hun leven [4], [26]. Zonder evenwel H. pylori
infectie bevordert de ontwikkeling van zowel de GC en DU, GC en DU worden beschouwd als de variant uitkomsten. In deze studie hebben we geen verschil in fylogenetische groepen tussen GC en DU stammen te vinden. De Colombiaanse stammen bleken te behoren tot hpEurope, behalve één hpAfrica1 stam. Hoewel Colombia stammen in verschillende sub-takken verdeeld fylogenetische bomen, was er geen correlatie tussen de takken en de ziekten (figuren 1 en 3). Daarom is de topologie van het MLST boom niet fungeren als een marker om GC en DU risico evalueren hpEurope stammen in Colombia. In feite, zelfs in de studie van de Sablet et al., Allen cagA
-negatieve stammen werden beschouwd als behorende tot hpEurope [15]. De auteurs verklaard dat patiënten die besmet zijn met cagA
-negatieve stammen had zeer lage histopathologische scores; Daarom hpEurope stammen zonder de aanwezigheid van cagA
kan minder virulent zijn. Daarnaast hebben we eerder gemeld dat stammen met meer dan drie herhaalde gebieden van het 3'-gebied in cagA
werden geassocieerd met significant hogere scores voor maagslijmvlies atrofie en intestinale metaplasie dan minder herhalingsgebieden in Colombia [20 ]. De prevalentie van stammen met meer dan drie herhalingsgebieden hoger dan in GC DU [20]. Zo is de cagA
soort in plaats van fylogeografische oorsprong kan een betere voorspeller van GC voor hpEurope stammen [27] zijn.

We hebben eerder vastgesteld dat, hoewel OIPA en cag
PAI zijn verbonden, slechts OIPA een onafhankelijke risicofactor voor DU [28]. OIPA in cagA
-positieve stammen kunnen bijdragen aan fylogeografische variatie bepaald door MLST analyse. Daarnaast hebben we gemeld dat jhp0045 Kopen en jhp0046
waren significant geassocieerd met GC in de cagA
-positieve stammen in Colombia [29]. Verder hebben we gemeld dat infecties met Dupa
-positieve stammen verhoogd risico voor DU maar waren beschermend tegen GC in Colombia [30]. Daarom kan de status van andere virulentiefactoren worden gecorreleerd met de fylogenetische boom verkregen door het uitvoeren MLST [5]. De relaties tussen de fylogenie van housekeeping genen en CAG
PAI fylogenie gemeld [31]. De fylogenie meeste cag
PAI genen was vergelijkbaar met die van MLST, wat aangeeft dat cag
PAI waarschijnlijk slechts eenmaal verworven H. pylori
, en de genetische diversiteit weerspiegelt de isolatie op afstand die is gevormd deze bacteriesoorten sinds de moderne mens gemigreerd uit Afrika [31]. In de huidige studie werd de phylogenetic boom op basis van MLST niet gecorreleerd met de aard van de cagA golfreizen of Vaca
, hoewel stammen met cagA
-negatief of Vaca
s2m2 genotypes werden relatief geclusterd. Slechts één stam behoorden tot hpAfrica1, en deze stam bezat cagA
, wat erop wijst dat cagA Kopen en Vaca
genotypen waren niet bepalend voor fylogenetische oorsprong op basis van MLST in de Andes regio in Colombia. Maar we eerder gemeld dat de cagA
soort was geassocieerd met een fylogenetische clusters in Okinawa, Japan [22], [27]. Stammen uit Okinawa werden verdeeld in 3 subpopulaties en een vermenging groep beïnvloed door westerse stammen. De fylogeografische topologie en subpopulaties waren significant geassocieerd met klinische resultaten; Echter, het verschil in fylogeografische topologie was te wijten aan de status van de cagA
(Oost-Aziatische tekst, West-type cagA
en cagA
-negatieve) en Vaca
(m1 en m2) van de subpopulaties. GC was vaker in het cluster die voornamelijk uit Oost-Azië-type cagA
stammen. De resultaten van MLST bleek dat de prevalentie van GC in elke groep verschilde niet wanneer alleen westers cagA
stammen of cagA
-negatieve stammen [27] gebruikt. Zo kan fylogeografisch oorsprong verstorende factor fungeren bij het voorspellen van virulentie factoren, maar niet de ziekte uitkomst (bijvoorbeeld in hspEAsia, de meeste zijn cagA
-positieve, Vaca
s1 /m1 soort, baba
-positieve en OIPA
"aan" status). In een recente studie, niet alleen H. pylori
afkomst, maar ook co-evolutie tussen mens en H. pylori
bleek de beste voorspeller van precancereuze laesies [32] zijn. Verdere studies nodig om de relatie tussen de voorouderlijke oorsprong van H te bevestigen. pylori
ongeacht de virulentie factoren en klinische resultaten.

In deze studie hebben we onder meer de mestiezen patiënten voornamelijk woonachtig in Bogota stad, die is gelegen in het bergachtige gebied (2600 m boven de zeespiegel). Dit gebied wordt meestal bevolkt door mestiezen, een gemengde bevolking, die afstammen van inheemse Amerikanen (Indianen) en Europese mensen uit de Spaanse kolonisatie periode [33]. Indianen worden verondersteld te zijn oorspronkelijk besmet met hspAmerind stammen die behoren tot de subpopulatie van hpEastAsia [10]. Daarom verwachten we dat de H. pylori
geïsoleerd van Mestizos zou een gemengd type hpEurope en hspAmerind weer te geven. Interessant elk geval maar één in onze studie werden geïnfecteerd met hpEurope stammen, in overeenstemming met een eerdere studie [15]. Structuur analyse bleek dat verschillende stammen met hpEurope toonde een mozaïek patroon; echter, waren ze niet een mengsel van hpEurope en hspAmerind. Deze waarneming ondersteunt de hypothese dat hpEurope stammen beschikken over een concurrentievoordeel ten opzichte van autochtone hspAmerind stammen zoals eerder [34] beschreven, [35]. Verrassend, onze eerdere studie toonde aan dat zelfs in 16 stammen geïsoleerd uit Huitoto, een primitieve, geïsoleerde groep die in de Amazone jungle in Colombia, 4 stammen werden geïnfecteerd met hspAmerind, terwijl de overige 12 waren hpEurope stammen [12]. Daarnaast vonden we dat een aantal indiaanse stammen uit Colombia bezat Western-type cagA
maar niet Oost-Azië-type cagA
[36]. Het blijft onduidelijk waarom de meeste Indiaanse H. pylori
stammen hebben genotypes een typisch voorbeeld van stammen uit westerse landen, zelfs op plaatsen waar de westerse invloed lijkt minimaal te zijn geweest. hpEurope, plaats hspAmerind stammen kunnen gemakkelijk aangepast aan de milieuomstandigheden en selectieve druk van de gastheer. Twee hypothesen, een op basis van stam concurrentie en de andere op stam subversie door transformatie, werden voorgesteld als redenen voor de verplaatsing van hspAmerind door hpEurope [34]. Nader onderzoek zal nodig zijn om het mechanisme (s) die verantwoordelijk is voor het bepalen van de In vivo
verlies van de indianen stammen als in concurrentie met de Oude Wereld stammen. Interessant genoeg hebben we vastgesteld dat verschillende Colombiaanse stammen vertoonde een specifieke populatie component en deze component werd gedeeld niet alleen met andere Zuid-Amerikaanse stammen, maar ook met Spaanse stammen gedeponeerd PubMLST. De stad Bogota, opgericht in 1538, werd een van de belangrijkste administratieve centra van de Spaanse bezittingen in de Nieuwe Wereld (samen met Lima en Mexico City) [33]. Onze analyse suggereert dat hpEurope stammen in Colombia voornamelijk werden geïntroduceerd door de Spaanse immigranten. Bevolking typering van H. pylori
is een handig hulpmiddel voor het in kaart brengen van de menselijke migratiepatronen [37]; inderdaad kan onze bevindingen nuttig voor die van de moderne mens in Zuid Amerika helderen. Hoewel onze MLST analyse op basis van zeven housekeeping genen suggereert dat de meeste van de Colombiaanse stammen werden vervangen door hpEurope stammen, kon overblijfselen van voorouderlijke inheemse stammen in andere delen van het genoom blijven. Uitgebreidere wereldwijd en genoom-brede enquêtes zal ons helpen om beter te begrijpen van de ontwikkeling en de bevolking structuur van de H. pylori
.

Een mogelijke beperking van onze studie vermeldenswaard is dat we voldoende informatie over de etniciteit van de patiënten bij wie de H niet kon krijgen. pylori
stammen werden geïsoleerd. Inderdaad, is gesuggereerd dat de gastheer afkomst invloed kunnen zijn op de klinische resultaten, zoals hierboven [32] beschreven. Bijvoorbeeld, inflammatoire cytokine-gen polymorfismen ( IL-1
gencluster, TNF-α
, IL-10

• PLoS ONE: Helicobacter pylori Bevordert-mesenchymale transitie bij maagkanker door neerwaarts reguleren van geprogrammeerde celdood Protein 4 (PDCD4)
• PLoS ONE: Carnosine remt de proliferatie van menselijke maagkanker SGC-7901 cellen door Zowel van de Mitochondriale Ademhaling en glycolyse Pathways