PLOS NËMMEN: Gene Expression ënnerschriwwe Analys identifizéiren Vorinostat als Kandidat Therapie fir Gastric Cancer

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

Gastric Kriibs weiderhin ee vun de Punkt Cancers vun der Welt ze sinn an dofir Identifikatioun vun nei Drogen dës Zort vu Kriibs gezielt ass also vu grousser Wichtegkeet. Den Zweck vun dëser Etude eng therapeutesch Agent z'identifizéieren an ze validéieren war déi d'Resultater fir gastric Kriibs Patienten an Zukunft verbessere kéint. VerfÜgung

Methodik /Principal effektiv VerfÜgung

microarray Technik benotzt, generéiert mir e Gene Ausdrock Profil vun mënschlech gastric Kriibs-spezifesch Genen aus Mënsch Echantillon gastric Kriibs Otemschwieregkeeten. Mir benotzt dëse Profil vun der Konnektivitéit Map Analyse d'genau Institut Kandidat therapeutesch awer fir gastric Kriibs ze identifizéieren. Mir hunn d'histone deacetylase inhibitor vorinostat wéi d'Féierung Massa an domat e Potential therapeutesch Drogenofhängeger fir gastric Kriibs. Vorinostat souwuel apoptosis an autophagy zu gastric Kriibs Zell Linnen entschlof. Ee Pharmacological a genetesch inhibition vun autophagy, fräi therapeutesch Efficacitéit vun vorinostat, wat beweist, dass eng Kombinatioun vun vorinostat mat autophagy inhibitors therapeutically méi positiv kann. Desweideren, identifizéiert Gentherapie Ausdrock Analyse vun gastric Kriibs eng Kollektioun vu Genen ( ITGB5, TYMS, MYB, APOC1, CBX5, PLA2G2A, VerfÜgung a KIF20A VerfÜgung) deem Ausdrock war zu gastric entholl Otemschwieregkeeten erhuewen an méi wéi 2-fantastesch vun vorinostat Behandlung an gastric Kriibs Zell Linnen downregulated. Am Géigesaz, SCGB2A1, TCN1, CFD, APLP1, VerfÜgung a NQO1 VerfÜgung engem réckgängeg Muster offenbart. VerfÜgung

Konklusiounen /Grousses VerfÜgung

Mir weisen datt Analyse vun Gene Ausdrock Ënnerschrëft kann een zouginn Approche vertriede zu therapeutesch Agenten fir gastric Kriibs, wéi vorinostat entdecken. D'Observatioun vu verännert Gentherapie Ausdrock der vorinostat Traitement kann den Hiweis wats de molekulare Mechanismus vun vorinostat an deene Patienten wahrscheinlech ze profitéiere vorinostat Behandlung VerfÜgung

Fro ze identifizéieren:. Claerhout S, Lim JY, Choi W, Park yy, Kim K, Kim SB, et al. (2011) Gene Expression ënnerschriwwe Analys identifizéiren Vorinostat als Kandidat Therapie fir Gastric Cancer. PLoS NËMMEN 6 (9): e24662. Doi: 10.1371 /journal.pone.0024662 VerfÜgung

Redakter: David L. McCormick, IIT Research Institut, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 29. Mäerz 2011; Akzeptéiert: 16 August, 2011; Publizéiert: September 9, 2011 VerfÜgung

Copyright: © 2011 Claerhout et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Funding zu SC als Odyssee Fellow war vun der Odyssee plangen an der Theodore N. Law Endowment fir wëssenschaftlech Erreeche op der Universitéit vun Texas MD Anderson Cancer Center ënnerstëtzt. Dëst Wierk war och déi Suen aus dem Joer 2009 Internmedezin Akademesch Research Fund an Grondakommes Science Research plangen duerch d'National Research Foundation vun Korea finanzéiert duerch den Edukatiounsministère, Science and Technology (Nr 2010-0024248) ënnerstëtzt. D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs ass déi véiert stäerkste gemeinsam Kriibs an der zweeter Virwaat Ursaach vum Kriibs Doud an d'Welt [1], mat engem globale Iwwerliewe vun ongeféier 10 Méint [2] - [4]. Behandlung fir gastric Kriibs kann Chimiotherapie, Agrëff an Bestrahlungen gehéiert. Leider, aktuell Chimiotherapie-baséiert Fleeg fir fortgeschratt gastric Kriibs beweisen enttäuschenden Resultater [2] - [4]. Iwwerhaapt sinn komplett remissions seelen oder nëmme ganz kuerz lescht. VerfÜgung

puer cibléiert Agenten datt Iwwerliewe Virdeeler an aner Kriibs Zorte eegens hunn zu gastric Kriibs ënner Enquête ginn. Während e puer fréi Medeziner Studien wiere endothelial Wuesstem Faktor receptor (VEGFR) an epithelial Wuesstem Faktor receptor (EGFR) -1 inhibitors, wéi cetuximab an bevacizumab benotzt, hunn e bëssi Aktivitéit gewisen, et seelen en effektive Iwwerliewe Virdeel fir d'Patienten ass [5] , [6]. Ee vun de Grënn sinn, kann déi dës Studien net Patienten no der Präsenz vun biomarkers wielt gemaach. Kuerzem, bemierken der Stad fir Gastric Cancer (ToGA) Prozess datt d'Aféierung vun Stad Chimiotherapie zu engem statistesch relevant Verbesserung vun Werdegang-gratis Iwwerliewe (PFS) ugefouert a Punkto Iwwerliewe (OS) vun de ronn 20% vun de Patienten mat disseminated gastric an gastroesophageal (GE) menaarbecht erhéijen overexpressing HER2 [7]. Dat ënnersträicht d'Noutwendegkeet fir cibléiert biologescher Therapie an der Sich no biomarkers Patienten fir de Medeziner Prozesser déieren, wat Iwwerliewe profitéiere kann. Trotz puer Beweiser potentiell Ziler, dorënner HER2 [8], [9], d'Efficacitéit vun dësen biologically geziilte Therapien ass net bekannt an et ass eng Saach vun engem Standard geziilte Therapie fir gastric Kriibs. Wéint der biologescher heterogeneity vun gastric Cancers, ass et onwahrscheinlech, datt et eng eenzeg "magesch Kugel" Kur. Molekulare lues wäert an Zukunft also wichteg gin Patienten Resultater an Schneidermeeschteren Behandlungen laut eenzelne Biologie virauszesoen. VerfÜgung

An der Sich no biomarkers, Gentherapie Ausdrock Ënnerschrëft Analyse huet an Unwennungen, wéi fir elucidating déi benotzt ginn Mechanisme vun der biologescher Weeër [10], bestemmt vun enger Krankheet [11], en Kriibs hätt [12] an profiling Gentherapie Ausdrock an Äntwert ze bestëmmter Drogen [13], [14] classifying. Gene Ausdrock Ënnerschrëft Analyse kann andeem breet Institut d'Konnektivitéit Map (http://www.broadinstitute.org/cmap) gemaach ginn. D'Konnektivitéit Map Ziel eng Kaart ze generéieren, déi vun Drogenofhängeger Kandidaten a genetesch manipulations produzéiert Musteren Gentherapie Ausdrock verbonne mat Krankheet ze lueden Musteren Linken [15], [16]. Dës Systemer Approche erlaabt awer géint Nepgen-grouss Krankheet Ënnerschrëfte opgefouert ginn, éischter wéi e preselected Formatioun vun Zil- Genen. Droge si mat Krankheeten mat mechanesch Muster-passend Methoden mat engem héijen Niveau vun der Opléisung an Spezifizitéit vläit. Obwuel et vill oppe Froen Blieder, huet de Konnektivitéit Map datt Frankräich Ënnerschrëft Analyse gewisen ka mat gemeinsam Mechanisme vun Aktiounen Drogen ze erkenne ginn, entdecken onbekannt Mechanisme vun Aktioun a z'identifizéieren potentiell nei therapeutics [15], [16]. VerfÜgung

den Zweck vun dëser Etude war potentiell nei therapeutics fir d'Behandlung vun gastric Kriibs ze identifizéieren. Fir dat maachen, analyséiert mir éischt d'Frankräich Ënnerschrëft vum Mënsch gastric Kriibs. D'entstoent Ënnerschrëft war gastric Kriibs Gentherapie dann benotzt zu silico VerfÜgung vun Konnektivitéit Map Analyse astellen therapeutesch Agenten ze identifizéieren déi potenziell effikass géint dës Zort vu Kriibs ginn hätt. Mir validéiert weider erop Drogenofhängeger fir seng Efficacitéit vun gastric Kriibs Zell Linnen gezielt. Mir hu fonnt, datt vorinostat, wéi eng potentiell nei Drogenofhängeger entschlof souwuel apoptosis an autophagy zu gastric Kriibs Zellen. Zesumme, beweist dëser Etude, déi de Konnektivitéit Map Analyse kann fir d'Identifikatioun vun therapeutesch Agenten benotzt ginn, datt an der Behandlung vun engem Ziel vun gastric Cancers erfollegräich kënnen. VerfÜgung

Method VerfÜgung

Analys vun microarray Donnéeën VerfÜgung

fir d'Konnektivitéit Map Analys, déi mir de microarray Donnéeën vun 65 gastric Kriibs Patienten, dorënner 65 Cancers an 19 normal gastric Stoffer, déi aus eiser leschter Aarbecht, Yonsei Donnéeën [17] kritt huet. Entholl uplanzen sech aus gastric Kriibs Patienten amgaang gastrectomy als primären Behandlung gesammelt. Ray Echantillon sech duerch pathologists der Zäit vun Kollektioun a gespäichert zu -80 ° C um Otemschwieregkeeten Bank bis den Ufank vun der Experimenter iwwerpréift. Total RNS war vun der frësch-gefruer Stoffer Quecksëlwer vun engem mirVana RNS Isolatioun Etikette Kit benotzt (Ambion Galaxy). Primärschoul microarray Daten ass an NCBI d'Gene Expression Omnibus ëffentlechen Datebank (microarray Plattform, GPL6884; microarray Donnéeën, GSE 13861) sinn. Aner Gentherapie Ausdrock Profil gouf aus 69 gastric Otemschwieregkeeten Echantillon kritt, dorënner 38 Kriibs an 31 Net Kriibs stroma, vun der Stanford Microarray Datebank (http://smd.stanford.edu, GSE13911), Stanford Daten. Gastric Kriibs-spezifesch Genen sech duerch BRB-ArrayTools Versioun 3.6.1 (sollen et Themeniwwersiichte Research Branch, National Cancer Institut, Bethesda, MD) ausgewielt. Klass Verglach mat zwee Prouf T-Test (Bedeitung &Si besteet; 0,001, 10.000 zoufälleg permutation) hir menge gastric Kriibs spezifesch Genen an Genen identifizéiert Ausdrock intensities sech verännert vun op d'mannst zwee-Weeër Verglach Ausdrock normal Otemschwieregkeeten Gentherapie én sech ausgewielt VerfÜgung.

Konnektivitéit Map Analyse VerfÜgung

fir potentiell Drogen gezielt gastric Kriibs, der Gentherapie Lëschte vun uewen 500 weider reglementéiert an d'Top 500 verwandelt reegelen Genen vun der gastric Kriibs-spezifesch Genen huet benotzt (Table S1) z'identifizéieren. D'Konnektivitéit Map Analyse war duerch de Web Interface gehaal (http://www.broadinstitute.org/cmap) Versioun benotzen, 02 bauen, déi méi wéi 7.000 enthält Ausdrock Profiler Auswierkunge vun 1.309 awer op e puer cultured mënschlech Zellen representéiert [15], [16]. D'Konnektivitéit Kaart weist funktionell Verbindungen tëscht Drogen, Genen an Krankheet. Drogen, déi Krankheet-Wäerr Gentherapie Ënnerschrëfte produzéiere kann Weeër hëllefen identifizéieren, datt Potential therapeutesch Ziler fir déi Krankheet vertrieden. Ëmgedréit, Drogen déi entgéintgesate bis dass an der Krankheet Staat observéiert engem "ëmgedréint" Ënnerschrëft, i.e. Ännerungen am Gentherapie Ausdrock vun enger Richtung induce, kéint neie therapeutesch Agenten vertrieden. Kandidat Agenten géint eng spezifesch Krankheet kann duerch Kandidatur Krankheet spezifesch Gentherapie Ausdrock Profil fir d'Konnektivitéit Map Analyse unerkannt ginn. Mir ausgewielt Kandidat Drogen fir Confirmatioun kënschtlech VerfÜgung op der Basis vun der Konnektivitéit stoung, Korrelatioun, an P-Wäert. VerfÜgung

Chemikalien a Zell Kultur VerfÜgung

Vorinostat war vun Merck kritt a wéi enger Bourse Léisung an dimethylsulfoxide (DMSO) virbereet. Chloroquine an bafilomycin A1 (Fläch) waren am bzw. Waasser an DMSO opgeléist. Mënsch Zell gastric Kriibs Linnen AGS, NCI-N87, a Kato-III goufen aus der American Type Kultur Collection kritt a sech no hir Recommandatiounen haten. Zellen sech cultured zu RPMI 1640 ergänzt mat 10% An et Bovine serum, 100 U penicillin, an 100 μg /ml streptomycin bei 37 ° C an 5% CO _{2. VerfÜgung}

Zell Wuesstem, Nuetsvolen an Zell Zyklus assays VerfÜgung

fir d'3- (4,5-dimethylthiazol-2-yl) -2,5-diphenyl tetrazolium bromide (MTT) assay, MTT war vun PBS um 5 mg /ml opgeléist. Iwwer 5 × 10 3 Zellen am 96-gutt Placke rakommen waren an Iwwernuechtung zu befestegt erlaabt. D'Kultur mëttelfristeg war dann mat frëschen mëttelfristeg wouvun der uginn Konzentratioune vun vorinostat oder DMSO ersat. No 72 h, war 20 μl vun MTT Léisung notéiert, an d'Placke waren op 37 ° C fir 4 h incubated. No incubation, war 100 μl vun DMSO notéiert der formazan ze verbidden, an absorbance war um 570 nm mat engem spectrophotometric microplate Lieser (Vmax kinetescher microplate Lieser, cuisine Comments) liesen. D'Experiment an triplicate gemaach. VerfÜgung

Fir glaskloer mauve staining, Zellen fir 12 h behandelt goufen, war déi mëttel- geläscht, an d'Zellen sech mat PBS zou an dann fir 30 min mat 0,5% glaskloer mauve incubated (an 20% methanol an 80% double-destilléiert Waasser). D'Zellen sech dann dräimol mat PBS gewäsch. Déi reschtlech glaskloer mauve war fir 5 min an acetic Seier ofgebaut, an absorbance war um 595 nm gemooss engem spectrophotometric microplate Lieser mat. VerfÜgung

Zell Nuetsvolen Fir erauszefannen, Zellen sech fir 72 h mat vorinostat incubated. Operstéiungszeen Zellen sech dann aus Kultur Placke vun trypsinization a kombinéiert mat de Wénkel gekäppt Zellen ugebauten, centrifuged an zu 500 μl vun propidium Kaliumiodid (PI) -exclusive Léisung Sursis fir 15 min bei 4 ° C (net Membran andeems Zell). Kierchefënster Zellen sech duerch onkontrolléiert cytometry iwwerwaacht (Beckman Coulter Cytomics FC 500). VerfÜgung

Fir Zell Zyklus Analyse, goufen Zellen incubated mat vorinostat fir 24 h, gesammelt an an 500 μl vun hypotonic Léisung (0,1% Natrium citrate suspendéiert, 0,1% Triton X-100, 100 μg /ml RNase an 50 μg /ml PI) fir 15 min bei 4 ° C. PI-Kierchefënster Zellen sech duerch onkontrolléiert cytometry iwwerwaacht. Zell Zyklus war vun MultiCycle AV Software analyséiert. VerfÜgung

RNS Isolatioun a microarray Experimenter VerfÜgung

RNS Isolatioun a microarray Experiment laut standing fir de Protokoll, wéi virdru beschriwwen [17]. Total RNS war vun gastric Kriibs Zell Linnen mat oder ouni vorinostat Behandlung ofgebaut engem mirVana RNS Isolatioun Kit benotzt (Ambion, Suerge, USA). Der Integritéit vun der grousser RNS Ëmwandlung war mat enger Experion Bioanalyzer (Bio-Rad, CA, USA) als GPA fir mRNA Qualitéitskontroll alles. Total RNS war no den Hiersteller d'Ëmwelt- (Illumina, CA, USA) mat mënschlechen HT12 v.3 Ausdrock BeadChips Fortgeschratten an hybridized. No der BeadChips mat enger Illumina BeadArray Reader gescannt huet, waren d'microarray Donnéeën normalized mat der quantile normalization Method vun der Linearschrëft Models fir Microarray Data Pak vun der R Sprooch Ëmwelt [18]. Den Ausdrock Niveau vun all Gentherapie war nees e Log _{2 huel ier weider Analyse transforméiert. Stärekoup Analyse huet mat Koup gemaach a Treeview [19]. VerfÜgung}

Western blot Analyse VerfÜgung

BTS waren am mëttel- a gebutt verwandelt knappen, a Proteinen benotzt lysis gefiermt isoléiert (50 mm HEPES, 150 mm NaCl, 1 mm EGTA an 10 mm Natrium pyrophosphate (pH 7.4)) mat 100 mm NaF, 10% glycerol, 1,5 mm MgCl _{2, 1% Triton X-100 an protease inhibitor (Roche). Dovu ware fir 20 min op Äis incubated an op 20800 g fir 20 min iwwerdroe verwandelt. Protein Konzentratioun war mat BCA FAQ assay reagent (Pierce) alles. Gläich Montanten vun FAQ aus all Prouf huet déi electrophoresis duerch SDS-PAGE getrennt a transferéiert ze Hybond-C Super Membran (Amersham Pharmacia Biotech). Schläimhait sech fir 1 h bei Raumtemperatur zu Tris-gefiermt Salins mat 0,1% Tween-20 a 5% nonfat dréchen Mëllech gespaart. Schläimhait sech Nuecht op 4 ° C mat Primärschoul antibody verdënntem zu 5% nonfat dréchen Mëllech oder 5% BSA zu 1 × incubated Tris-gefiermt Salins plus 0,1% Tween-20. Antibodies zu LC3 (Novus Biologicals), aktiv caspase-3 (Epitomics) an p62 (BD Biosciences) gebraucht goufen. Antibodies zu α-tubulin an beclin-1 waren aus Zell sécher Technology; antibody zu β-actin war aus Fläch. Schläimhait sech dann fir 1 h bei Raumtemperatur mat peroxidase-conjugated Secondaire antibody (Zell sécher Technology) gewäsch an incubated. Protein Bands sech mat verstäerkte chemiluminescence visualized wéi déi vun den Hiersteller beschriwwen (GE Gesondheetswiesen). VerfÜgung}

siRNA transfection VerfÜgung

D'Zil siRNA Haaptrei fir beclin-1, nontargeting siRNA (Risc Free) an Dharmafect 1 huet aus Dharmacon kaaft. Zellen sech am 10-cm Platen a transfected mat siRNA 24 h spéit rakommen laut den Hiersteller d'Protokoll. Den nächsten Dag, goufen Zellen trypsinized an rakommen zu 6-cm oder 96-gutt Placke selwecht transfection Effizienz ze kréien. Protein Ausdrock Niveauen sech duerch westlech blot Analyse alles. VerfÜgung

Transmissioun Elektronen microscopy VerfÜgung

Echantillon waren mat enger Léisung fix mat 3% gluteraldehyde plus 2% paraformaldehyde zu 0,1 M cacodylate Prellbock, pH 7.3, fir 1 Stonn. No zéien, goufen d'Echantillonen gewäsch a mat 0,1% Millipore-Filter cacodylate gefiermt tannic Seier behandelt, B. ‧ mat 1% gefiermt Osmium tetroxide fir 30 min, an en Triple mat 1% Millipore-Filter uranyl acetate Kierchefënster. D'Echantillon waren léif an Konzentratioune vun Ethanol, communal, an Ënnerbewosstsinn LX-112 mëttelfristeg waarden. D'Echantillon waren an engem Uewen 70 ° C polymerized fir 2 Deeg. Ultrathin Rubriken sech zu enger Leica Ultracut microtome Géigewier (Leica, Deerfield, IL), grousst mat uranyl acetate a Féierung citrate zu enger Leica EM Stainer, an iwwerpréift op engem Jem 1010 Transmissioun Elektronen microscope (JEOL, USA, Inc., Peabody, MA ) bei engem schnelle Volt 80 kV. Digital Biller benotzt AMT Imaging System (Détailléiert Microscopy Techniques Verletzung, Danvers, MA) kritt. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

Gene Ausdrock Ënnerschrëft vun gastric Kriibs VerfÜgung

Table 1 stellt de Charakter vun de Patienten aus Yonsei Donnéeën [17]. Gastric Cancers ware meeschtens zu distal Mo a Etapp III /IV wellkomm. Benotzt der Gentherapie Ausdrock microarray Donnéeën vun deene Patienten, fonnt mir 3.360 entholl-spezifesch Genen hir menge Ausdrock intensities vun op d'mannst geännert goufen zwee-Weeër Verglach normal Otemschwieregkeeten Gentherapie Ausdrock ze mengen ( P VerfÜgung &Si besteet; 0,001, Dorënner S1 ). Dës Formatioun vun 3.360 Genen (dh gastric Kriibs-spezifesch Ënnerschrëft) gouf fir weider benotzt zu silico VerfÜgung Duerchmusterung fir potentiell therapeutesch Drogen fir gastric Kriibs. VerfÜgung

Konnektivitéit Map Analyse identifizéiren potentiell Drogen gastric Kriibs gezielt

fir z'identifizéieren potentiell Drogen gastric Kriibs gezielt, war d'gastric Kriibs spezifesch Ënnerschrëft den Input fonktionnéiert an Konnektivitéit Map benotzt wéi am "Language" Rubrik beschriwwen. Mir speziell fir awer ausgesinn, datt eng Ënnerschrëft inversely mat der gastric Kriibs-spezifesch Ënnerschrëft soll no an identifizéiert Multiple Drogen déi gegrënnt gouf Wäert vun Table 2. De Ranking vun Kandidat Agenten zesummegefaasst si baséieren op ëmgedréit, et gesäit Korrelatioun a p-value. Table 2 (Sailen 2-4) weist den héchste Ranking awer aus Yonsei Daten. Konnektivitéit Map Analyse Teamchef histone deacetylase (HDAC) inhibitors, dorënner vorinostat an trichostatin A potentiell Kandidaten fir gezielt gastric Kriibs vertrieden. D'phosphatidylinositol-3-kinase inhibitor LY294002, déi phenothiazine trifluoperazine an der tanespimycin FAQ inhibitor Hëtzt Schock goufen och als Kandidat Zil- Agenten fir gastric Kriibs identifizéiert. Next, validéiert mir eis Experienz vun onofhängege Formatioun vun der Gentherapie Ausdrock Profil Donnéeën vun Stanford Microarray Datebank benotzt (Table 2; Stanford Data; Sailen 5-7). Konnektivitéit Map Analyse vun dësem Datesaz bestätegt vorinostat wéi uewen gesaten Kandidat. Zu der Konklusioun, vorinostat als potentiell therapeutesch Agent fir gastric Kriibs identifizéiert Konnektivitéit Map Analyse. VerfÜgung

Vorinostat weist therapeutesch Efficacitéit kënschtlech VerfÜgung zu gastric Kriibs Zell Linnen VerfÜgung

der therapeutesch ze diskutéieren Efficacitéit vun vorinostat, évaluéieren mir de Wuesstem vun etabléierten gastric Kriibs Zell Linnen (AGS, Kato-III, an NCI-N87) no 72 h vorinostat Behandlung MTT assay benotzt. Verglach mat onbehandelt Zellen, inhibited vorinostat vill Zell Nuetsvolen an enger Portioun-ofhängeg Manéier an all Zell gastric Kriibs Linnen (Dorënner 1A). Mir bestätegt d'Reduktioun zu Zell Nuetsvolen vun Zell Zyklus Analyse vun AGS a Kato-III Kriibs Zellen. Mir weisen datt Behandlung mat vorinostat (5 μM) fir 24 h eng schéi Erhéijung vun der mat Kontroll Verglach sub-G1 Undeel vun AGS Zellen entschlof (2,3 ± 0,07% vs 39,2 ± 0,99%, respektiv; P VerfÜgung &Si besteet; 0.01), de Aféierungs- vun Zell Doud (Dorënner 1B) beweist. Am Géigesaz, behandelt d'Sous-G1 Undeel vun vorinostat war Kato-III Zellen net betraff (Dorënner 1B), wobäi d'Undeel vun G2 /M Zellen geklomme (21.4 ± 1,91% vs. 29,3 ± 0,35%; P
= 0.044), duerops fir Zell Zyklus verhaft. Mir getest weider Nuetsvolen Zell mat PI-Exklusioun. Mir behandelt AGS a Kato-III Zellen mat 5 μM vorinostat fir 72 h an évaluéieren hinnen duerch onkontrolléiert cytometry (Dorënner 1c). De Montant vun Doudegen Zellen, déi niddereg no luucht an héich Säit luucht hunn, war am AGS Zellen (12,4 ± 4,3% vs. 79,4 ± 5,7%), an och vun Kato-III Zellen vill fräi, am Verglach Zellen ze kontrolléieren (8.7 ± 0.6% vs. 46,8 ± 2.1%). Mir analyséieren endlech de Aféierungs- vun apoptosis der vorinostat Behandlung an AGS a Kato-III immunoblot gastric Kriibs Zell Linnen benotzen. Vorinostat fräi apoptosis, wéi vun caspase-3 Rëss évaluéieren, an AGS Zellen an zu enger klenger Mooss vun Kato-III Zellen (Dorënner 1D). VerfÜgung

Am Resumé, dës Donnéeë weg datt vorinostat antiproliferative Effekt op gastric Kriibs huet Zell Verse apoptosis zu AGS Zellen an G2 /M Zell Zyklus verhaft vun Kato-III Zellen Pinguin. VerfÜgung

Global Gentherapie Ausdrock Analyse vun gastric Kriibs Zell Linnen AGS a Kato-III der vorinostat Behandlung VerfÜgung

ze analyséieren sech den Effet vun vorinostat op global Gentherapie Ausdrock, AGS a Kato-III gastric Kriibs Zellen mat 5 μM vorinostat behandelt fir 48 Stonnen an microarray Analyse war gesuergt. Unsupervised Stärekoup Analyse vun microarray Donnéeën no vorinostat Behandlung zougedréckt datt AGS a Kato-III mat der selwechter Zell Linn Strooss Zellen egal zu vorinostat Behandlung (Dorënner 2A). Well autophagy eng Roll an vorinostat-entschlof Effekter an aner Cancers [20], un hu gemellt gouf [21], gehaal mir iwwerwaachter Analyse vun der autophagy-Zesummenhang Gentherapie Formatioun (80 Genen an 149 Ämter; Table S2). Vorinostat-behandelt gastric Kriibs Zell Linnen waren zesummen op der Strooss (Dorënner 2B), wat beweist, datt Aféierungs- vun autophagy ass eng wichteg Besëtz vun vorinostat zu gastric Kriibs Linnen. VerfÜgung

Inhibition vun autophagy verbessert vorinostat Efficacitéit vun gastric Kriibs Zellen VerfÜgung

Tatsaach datt autophagy eng Roll am souwuel Kriibs Zell Iwwerliewe a Kriibs Zell Doud no Drogenofhängeger Behandlung [22], [23] hu vläicht, mir de Bäitrag vun dësem Prozess fir d'Wierkung vun vorinostat op gastric Kriibs Zell Linnen weiderhin. Mir System dësem Prozess vun immunoblot Analyse vun de FAQ 1 Liicht verbonne microtubule-autophagy Bewaacher bewäert Kette 3 (LC3). Vorinostat-behandelt Kato-III Zellen, an zu enger klenger Mooss AGS Zellen, weisen eng kloer Heefung vun der schnell-wanderen lipidated Form vun LC3 (LC3-II) (Dorënner 3A). Heefung vun LC3-II Dépassement vun entweder upregulation vun autophagosome Opstellung oder Baustau vun autophagic ofgeschnidden vun LC3-II [24], [25]. Mir analyséieren duerfir vorinostat-behandelt Zellen fir p62 ofgeschnidden, engem Bewaacher vun autophagic jo [24], a mir gesinn eng Diminutioun an p62 FAQ Niveauen am vorinostat behandelt Zellen am Verglach zu der Zäit reagéiert onbehandelt Kriibs Zellen (Dorënner 3A). Zousätzlech, cotreatment vun vorinostat mat bafilomycin A1 (BafA1), eng inhibitor vun autophagosome-Lysosmen Fusioun, weider LC3-II Heefung (Dorënner 3B) fräi, kompatibel mat autophagic jo vorinostat Pinguin anstatt der degradative Kapazitéit vun autophagolysomes erauszesichen. Elektronen microscopy (EM) ass eng sensibel, grouss a Frist Method fir ze erkennen autophagy [24]. Konsequent mat der westlecher blot Donnéeën, zougedréckt EM Analyse datt vorinostat Ofstand fräi autophagosome Équipe an AGS Zellen (Dorënner 4B a B ") am Verglach Zellen ze kontrolléieren (D'Grondidee 4A an enger '). VerfÜgung

Fir ze kucken ob d'Heefung vun autophagosomes schützt Zellen géint de bewosst Stress vun vorinostat elicited, mir der autophagy Prozess mat der pharmacological inhibitor chloroquine a kleng interfering RNS (siRNA) géint beclin-1 inhibited. Zousätzlech vun chloroquine zu vorinostat-behandelt AGS a Kato-III Zellen e schéinen Portioun-ofhängeg Ofsenkung Nuetsvolen (Dorënner 5A). D'Reduktioun vun Nuetsvolen war vun Kato-III Zellen mat beclin-1 siRNA (Dorënner 5B) behandelt confirméiert. Zesumme, proposéiere d'Daten déi inhibition vun vorinostat-entschlof autophagy kann d'Efficacitéit vun vorinostat Behandlung vun gastric Kriibs Zellen verbesseren. VerfÜgung

Vorinostat Gentherapie Ënnerschrëft zu Mënsch gastric Kriibs Zellen VerfÜgung

d'Effekter ze verstoen Ännerunge vun vorinostat op Gentherapie Ausdrock vun gastric Kriibs Zell Linnen, gehaal mir microarray Analyse vun vorinostat behandelt AGS a Kato-III gastric Kriibs Zell Linnen (Figebam. 2). Eis Analyse réischt bedeitendst Frankräich Differenzen tëscht onbehandelt an vorinostat-behandelt gastric Kriibs Zellen (AGS a Kato-III). No vorinostat Behandlung, war den Ausdrock vun 1014 Genen fräi an d'Expressioun vun 760 Genen war an der AGS Zell Linn ofgeholl. An Kato-III Zell Linn, 164 Genen huet bis an 191 Genen huet verwandelt reegelen (zwee-Weeër Ënnerscheed; P VerfÜgung &Si besteet; 0.001). Vorinostat verännert bedeitend dem Wëllen vun 140 Genen vun béiden AGS a Kato-III Zell Linnen (vorinostat spezifesch Gentherapie Ënnerschrëft). D'Genen déi meescht goufen no vorinostat Behandlung verännert sech als SPANXA1, SPANXA2, VGF, DHRS2, ENTPD8, PNPLA7, STX1A, ARRDC4, KRT13, PRPH, NEU1, TXNIP, CCK VerfÜgung (> 4-fantastesch an -regulation) an MUC1, IFITM1, ANKRD37 VerfÜgung (&plain. 4-fantastesch verwandelt-Regulatioun) VerfÜgung

Next, dee mir uweist Kandidaten ze identifizéieren déi vorinostat Empfindlechkeet vun mënschlech Patienten gastric Kriibs soe kann . Dofir, kombinéiert mir d'Formatioun vun verännert Genen vun vorinostat behandelt gastric Kriibs Zell Linnen (vorinostat spezifesch Gentherapie Ënnerschrëft) an den zwee Mënsch Ënnerschrëfte gastric Kriibs entsteet aus dem Yosei an Stanford Donnéeën Diagramm Analyse Venn benotzt. Mir hu fonnt, dass d'famill Ausdrock Niveau vun 12 Genen vun vorinostat Behandlung réckgängeg gemaach goufen (Dorënner 6). Vun dësen 12 Genen, 7 Genen vun gastric Kriibs Stoffer héich ausgedréckt huet verwandelt-reegelen ( ITGB5 VerfÜgung, TYMS VerfÜgung, MYB VerfÜgung, APOC1 VerfÜgung, CBX5 VerfÜgung, PLA2G2A VerfÜgung, KIF20A VerfÜgung) an 5 niddereg-ausgedréckt Genen sech weider-reegelen der vorinostat Behandlung ( SCGB2A1 VerfÜgung, TCN1 VerfÜgung, CFD VerfÜgung, APLP1 VerfÜgung, NQO1 VerfÜgung (Table 3). VerfÜgung

Diskussioun VerfÜgung

Eis Resultater weisen, datt e global Mënsch gastric Kriibs Gentherapie Ënnerschrëft nëtzlech gin kéint therapeutesch Agenten ze fannen, déi éischter dem Frankräich Ënnerschrëft vun gastric Kriibs Zil- amplaz een oder zwee spezifesch Genen vun gezielt. an deenen Konnektivitéit Map, fonnt mir dass HDAC inhibitors, wéi vorinostat an trichostatin a no eng inversely soll Gentherapie Ënnerschrëft op der gastric Kriibs spezifesch Gentherapie Ënnerschrëft Verglach an dofir huet therapeutesch Kandidate fir gastric Kriibs kann. an kënschtlech VerfÜgung Evaluatioun vun der therapeutesch Efficacitéit vun vorinostat verroden, datt dat therapeutesch Drogenofhängeger Wuesstem vu verschiddene gastric Kriibs opgeléist Zell Linnen. Nieft hiren antiproliferative Effekter, vorinostat upregulated och autophagy-spezifesch Genen. Inhibition vun vorinostat-entschlof autophagy e weideren Ofbau vun Nuetsvolen. Desweideren, kombinéiert Analyse vun gastric Kriibs Zell Linnen behandelt mat vorinostat an Echantillon vun gastric Kriibs Patienten zougedréckt datt vorinostat den Ausdrock Niveau vun enger Formatioun vun zwielef gastric Kriibs spezifesch Genen verännert. VerfÜgung

Eis bruet huet dass HDAC inhibitors, vorinostat an trichostatin a, huet den Top therapeutesch Kandidate fir gastric Kriibs, wat mat de Konzept averstanen dass HDAC zu gastric Kriibs Stoffer overexpressed ass [26]. HDAC inhibitors gewiescht acetylation vun histones gestiermt gewisen, dofir Gentherapie Ausdrock betrëfft. Dës inhibitors manifestéieren anticancer Effekter vun der Ausriichtung an extrinsic apoptosis Passerelle Pinguin [27], [28], erauszesichen entholl angiogenesis [29], an inhibiting intracellular Stress Äntwert Weeër [30]. Well HDAC inhibitors global Auswierkungen op Gentherapie Ausdrock hunn, kënne si wéi nach unrevealed bewosst Prozesser [31], [32] betreffen. An Medeziner Astellungen, goufen HDAC inhibitors meeschtens zu hematologic malignancies applizéiert, mä Medeziner Prozesser an zolitt erhéijen sinn Dräierkoalitioun. Eng rezent Etude, ënnerstëtzen eis kënschtlech VerfÜgung Conclusiounen zougedréckt therapeutesch Efficacitéit vun HDAC inhibitors op mënschlech Echantillon gastric Kriibs der histoculture Drogenofhängeger Äntwert assay benotzt [33]. Allerdéngs bleift et gin unrevealed ob spezifesch molekulare-definéiert subgroups Äntwert oder Resistenz zu HDAC inhibitors soe kann. Ausserdeem huet d'Uwendung vun potenziell nëtzlech biomarkers nach e puer Aschränkungen [34]. VerfÜgung

D'Konnektivitéit Map schwiereg ze diskutéieren, bis mer d'Mooss gemooss kënne fir déi Frankräich Ënnerschreften vun kritt eng kënschtlech VerfÜgung Experimenter recapitulate de richtege Mënsch Krankheet. Obwuel d'Konnektivitéit Map méi wéi 7000 Ausdrock Profiler enthält representéiert 1.309 awer, ëm seng Approche nach mat e puer Aschränkungen, wéi der limitéierter Quantitéit vun Zell Linn Donnéeën (MCF7, PC3, etc) an d'Ignoranz vun microenvironmental Aflëss aus dem mënschleche Kierper [16] . Zousätzlech, Gentherapie Ausdrock Profiler aus der Behandlung vun cultured mënschlech Zellen ofgeleet vläicht net mat zu VIVO VerfÜgung anticancer Effekt, wéinst der komplexer Natur vun Kriibs soll ginn. Ausserdem, ass de Input vun nëmmen eng limitéiert Unzuel vu Genen erlaabt, wat de Westen kann de kritt Resultater. Zukunft Studien brauchen Déclaratioun ze ginn, ob eise Resultater duerch cmap Analyse kritt kann zu enger zu VIVO VerfÜgung gastric Kriibs Modell confirméiert ginn. Trotz dësen Aschränkungen, ass Konnektivitéit Map Analyse eng potenziell nëtzlech Method fir nei Funktiounen fir Drogen, dorënner vorinostat, schon am Gebrauch an Klinik fir aner Zwecker. VerfÜgung

An kënschtlech VerfÜgung Evaluatioun vun therapeutesch Efficacitéit vun vorinostat Zell Linnen réischt op gastric Kriibs datt dat therapeutesch Drogenofhängeger eng antiproliferative Effekt bei gestallt relevant Schrëtt (5 μM) kompatibel mat anere Publikatiounen zougedréckt: IC _{50 fir AGS a Kato-III gewise gin respektiv 2,9 μM an 5.9 μM gouf [ ,,,0],35]. Analyse vun Zell Zyklus (Dorënner 1B), Zell Nuetsvolen an (D'Grondidee 1c) apoptotic Äntwerte (Dorënner 1D) uginn, datt d'Auswierkunge vun vorinostat weisen Ënnerscheeder an de verschiddene gastric Kriibs Zell Linnen, Pinguin apoptosis zu AGS Zellen an G2 /M verhaft vun Kato -III Zellen, bzw.. Den Ënnerscheed zu genetesch /mutational Hannergrond vun der Zell Linnen vläicht fir d'Ënnerscheeder Kont. VerfÜgung}

Microarray Gentherapie Analyse Ausdrock vergläichen vorinostat-behandelt an onbehandelt gastric Kriibs Zell Linnen uginn, datt dëst Medellin entschlof autophagy, déi mat virdrun am Accord ass Rapporten an aner Kriibs Zell Linnen [20], [21]. Als souwuel kopéiert an inhibition vun autophagy therapeutesch Virdeeler hunn vläicht [22], [23], weider mir d'Roll vun autophagy zu gastric Kriibs Zellen der vorinostat Behandlung bewäert. autophagy mat engem gutt-bekannt antimalarial Drogenofhängeger, chloroquine [21] a mat siRNA géint beclin-1 zu enger Reduktioun vun Nuetsvolen vun der Präsenz vun vorinostat gastric Kriibs Zell Linnen virgedroen, proposéiert autophagy ass als Schutzpatrounin Iwwerliewe Äntwert no vorinostat Behandlung Inhibiting ageschalt (Well 5). Sou anticancer Agenten wéi vorinostat an inhibitors vun autophagy Kombinatioun kéint eng therapeutesch Virdeel am Kampf géint gastric Kriibs gëtt. VerfÜgung

engem vorinostat entschlof Gentherapie Ënnerschrëft ze identifizéieren, évaluéiert mir der Gentherapie Ausdrock Profiler vun AGS a Kato-III Zell Reien vorinostat Behandlung. Den Ausdrock vun 1774 an 355 Genen war (> 2-fantastesch, p &Si besteet; 0.001) réckgängeg zu AGS a Kato-III Zell Linnen, bzw.. Dëst deit drophin, datt de AGS Zell Linn war méi prekärer Situatioun wéi Kato-III zu vorinostat Behandlung an zuer Gentherapie Ausdrock. Dëst Sortie kann der Empfindlechkeet vun AGS Zellen ze vorinostat erklären. Mir entdeckt datt vorinostat bedeitend dem Wëllen vun enger Formatioun vun 140 Genen vun béiden AGS a Kato-III Zell Linnen geännert.

• PLOS NËMMEN: D'Prognostic Bedeitung vun Apoptosis-Contenu biologesch lues an Chinese Gastric Cancer Patients
• PLOS NËMMEN: Gene-Expression Ënnerschrëfte Kann Gastric Cancer z'ënnerscheeden hierer Stages