PLOS ONE: Helicobacter pylori a partir de câncer de estômago e úlcera duodenal Mostrar Origem filogeográfico Mesmo na região andina na Colômbia

Abstract

Fundo

Um relatório recente mostrou que a origem filogenética de Helicobacter pylori
baseado em multi-locus de sequência de digitação (MLST) foi significativamente associada com o severidade da gastrite na Colômbia. No entanto, a potencial relação entre a origem filogenética e os resultados clínicos não foi analisado neste estudo. Se a origem filogenética em vez de fatores de virulência foram realmente associado com resultados clínicos, identificar uma população de alto risco para câncer gástrico na Colômbia seria relativamente simples. Neste estudo, nós examinamos as origens filogenéticas de estirpes de câncer gástrico e pacientes com úlcera duodenal que vivem em Bogotá, Colômbia.

Métodos

Foram incluídos 35 pacientes com câncer gástrico e 31 pacientes com úlcera duodenal, que são considerados os resultados variantes. Os genótipos de cagA
e vacA
foram determinados por reação em cadeia da polimerase. A genealogia destas linhagens colombianos foi analisada por MLST. estrutura da população bacteriana foi analisada utilizando software estrutura.

Resultados

H. pylori
linhagens de câncer de estômago e pacientes com úlcera duodenal foram espalhados na árvore filogenética; Assim, não se detectou qualquer diferença na distribuição filogenética entre câncer gástrico e estirpes de úlcera duodenal no grupo hpEurope na Colômbia. Sessenta e seis linhagens, com uma exceção, foram classificados como hpEurope independentemente do cagA Comprar e vacA
genótipos, e do tipo de doença. análise da estrutura revelou que as estirpes hpEurope colombianos têm uma ligação filogenética de estirpes espanhóis.

Conclusões

Nosso estudo mostrou que uma origem filogeográficas determinado pelo MLST foi insuficiente para distinguir entre câncer gástrico e risco de úlcera duodenal entre hpEurope estirpes na região andina na Colômbia. Nossa análise também sugere que as estirpes hpEurope na Colômbia foram introduzidas principalmente por imigrantes espanhóis

Citation:. Shiota S, Suzuki R, Matsuo Y, Miftahussurur M, Tran TTH, Binh TT, et al. (2014) Helicobacter pylori
de câncer de estômago e úlcera duodenal Mostrar Same filogeográfico origem na região andina na Colômbia. PLoS ONE 9 (8): e105392. doi: 10.1371 /journal.pone.0105392

editor: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japão

Recebido: 07 de março de 2014; Aceito: 23 de julho de 2014; Publicação: 14 de agosto de 2014

Direitos de autor: © 2014 Shiota et al. Este é um artigo de acesso aberto distribuído sob os termos da Licença Creative Commons Attribution, que permite uso irrestrito, distribuição e reprodução em qualquer meio, desde que o autor original ea fonte sejam creditados

Data Availability:. O autores confirmam que todos os dados subjacentes às conclusões estão totalmente disponíveis sem restrições. dados de sequências de nucleótidos aqui relatados estão disponíveis sob a DDBJ números de acesso AB923031 para AB923492

Financiamento:. Este relatório é baseado no trabalho apoiado em parte pelas bolsas do National Institutes of Health (DK62813) (AA), e subvenções -in-Aid para a Investigação científica do Ministério da Educação, Cultura, Desporto, Ciência e Tecnologia (MEXT) do Japão (22390085, 22659087, 24406015 e 24659200) (AA), (23.790.798) (SS) e fundos especiais de coordenação para a Promoção ciência e Tecnologia do Japão Agência de ciência e Tecnologia (JST). Os financiadores não tiveram nenhum papel no desenho do estudo, coleta de dados e análise, decisão de publicar ou preparação do manuscrito

CONFLITO DE INTERESSES:.. Os autores declararam que não existem interesses conflitantes

Introdução

Helicobacter pylori
é uma espiral bactéria Gram-negativa que infecta mais de metade da população do mundo [1]. O mecanismo de transmissão da H. pylori
não foi totalmente esclarecida, mas propagação de humano para humano através das vias oral-oral ou fecal-oral é pensado para ser a mais plausível [2]. H. pylori
agora é aceite para ser ligada a doenças associadas a gastrite graves, incluindo a úlcera péptica e cancro gástrico (GC) [1]. A infecção permanece latente na maioria dos pacientes infectados e, apenas uma minoria de indivíduos com H. pylori
nunca desenvolvem a doença [3]. Uemura et al. relataram que GC desenvolvido em cerca de 3% de H. pylori
pacientes infectados durante o período de observação de 10 anos, em comparação com nenhum dos pacientes não infectados [4]. Além de alojar, ambiental, e factores da dieta, as diferenças na virulência de H. pylori
estirpes estão relacionados com os resultados variando de H. pylori
infecção. fatores de virulência de H. pylori
, como cagA, vacA, dupA, iceA oipA,
e babA
, têm se mostrado preditores de resultados clínicos graves [5], [6]. Mais importante, a maioria destes factores de virulência estão associados um com o outro; cagA
-positivas também possuem um vacA
S1 /m1 tipo e eles estão ainda mais estreitamente ligada à presença do babA
e oipA
"on" estatuto [5].

A diversidade genética dentro H. pylori
é maior do que o da maior parte das outras bactérias [7], e cerca de 50 vezes maior do que a da população humana [8]. Além disso, a recombinação frequente entre diferentes H. pylori
estirpes [9] leva a única desequilíbrio de ligação parcial entre locos polimórficos, que fornece informações adicionais para análise genética da população [10]. Recentemente, diversidade genômica dentro H. pylori
populações foi analisada pelo método (MLST) multi-locus de sequência de digitação usando sete genes de limpeza ( ATPA, EFP, mutY, ppa, trpC, Urei,
e yphC
) [10] - [12]. Actualmente, sete tipos de população foram identificados com base em associações geográficas e das denominações seguintes: hpEurope, hpEastAsia, hpAfrica1, hpAfrica2, hpAsia2, hpNEAfrica e hpSahul [10] - [12]. hpEastAsia é comum em H. pylori
isola do Leste da Ásia, e pode ser dividido em três subgrupos hspEAsia, hspAmerind e hspMaori. hpEurope inclui quase todos H. pylori
cepas isoladas de europeus étnicas, incluindo pessoas de países colonizados pelos europeus. H. pylori
está previsto para se espalharam da África Oriental durante o mesmo período de tempo os seres humanos como anatomicamente modernos (~58,000 anos atrás), e manteve-se intimamente associada com seus hospedeiros humanos desde que [5], [11], [12] .

a taxa de idade padronizada incidência (ASR) de GC na Colômbia é relatado para ser relativamente alta (13,4 /100.000 habitantes), em comparação com outros países sul-americanos (média ASR = 10,3 /100.000 habitantes) (Agência Internacional de Pesquisa sobre o Câncer; GLOBOCAN2012, http://globocan.iarc.fr/). Notavelmente, GC é mais prevalente na região montanhosa da Colômbia do que na costa [13], [14]. de Sablet et ai. realizada MLST para determinar a variação filogeográfica entre a montanha e as regiões costeiras [15]. Curiosamente, eles descobriram que todos os cagA
-positivas de regiões de alto risco GC pertencia a hpEurope, enquanto hpEurope e hpAfrica1 coexistir nas regiões GC baixo risco [15]. Além disso, os indivíduos infectados com cepas hpEurope de H. pylori
apresentaram escores histopatológicos mais elevados do que aqueles infectados com cepas hpAfrica1. Estas observações sugerem que a origem filogeográficas determinado pelo MLST pode ser usado como um preditor de risco GC.

No entanto, estes estudos não examinou a origem filogenética de acordo com os resultados clínicos e, portanto, não fica claro se a origem filogenética é realmente associado com resultados clínicos na Colômbia. Neste estudo, nós examinamos a origem filogenética do H. pylori
cepas de GC e pacientes com úlcera duodenal (DU) que vivem em Bogotá, a capital ea maior cidade localizada na região andina na Colômbia.

Materiais e Métodos

H. pylori
estirpes foram obtidas a partir da mucosa gástrica de H. pylori
pacientes colombianos infectados com GC e DU que foram submetidos a endoscopia na Universidad Nacional de Colombia, Bogotá, Colômbia. GC e DU foram identificados por endoscopia, e GC foi ainda confirmada por histopatologia [16]. Foram excluídos os pacientes com história de ressecção gástrica parcial. consentimento informado por escrito foi obtido de todos os participantes, e o protocolo foi aprovado pela Comissão de Universidad Nacional de Colombia Ética.

Isolamento e genotipagem de H. pylori

amostras de biópsia antrais foram obtidos para o isolamento de H. pylori
usando métodos padrão de cultura, como previamente descrito [17]. H. pylori
O DNA foi extraído a partir de culturas em placas confluentes expandidos a partir de uma única colónia utilizando um kit comercialmente disponível (Qiagen, Valencia, CA). O estatuto de cagA
foi determinado pela reação em cadeia da polimerase (PCR) para a região conservada do cagA
e para a sequenciação directa usando o cagTF par primer; 5'-ACC GTC CTA GGT AAT GGG-3 'e cagTR; 5'-GCT TTA GCT TCT GAY ACY GC-3 '(Y = C ou T) concebido na região 3' repetição do cagA
, como descrito anteriormente [18]. As condições de PCR foram desnaturação inicial de 5 min a 95 ° C, 35 passos de amplificação (95 ° C durante 30 s, 56 ° C durante 30 s, e 72 ° C durante 30 s), e um ciclo de extensão final de 7 minutos a 72 ° C, usando mistura de ADN polimerase Taq (TOYOBO, Osaka, Japão). A ausência de cagA
foi confirmada pela presença de cagA
site vazio, como descrito anteriormente [19]. Os produtos de PCR foram purificados com o kit de purificação de um QIAquick (QIAGEN) de acordo com as instruções do fabricante. O fragmento amplificado foi detectado por electroforese em um gel de agarose a 1,5% que foi subsequentemente corado com brometo de etídio e visualizados usando uma trans-iluminador ultravioleta.

O vacA
genotipagem (S1, S2, M1 , e m2) foi realizada como descrito anteriormente [20], [21]. Os iniciadores para a região do sinal originou um fragmento de 259 pb e 286 pb para variantes de S1 e S2, respectivamente. Iniciadores para a região média originou um fragmento de 570 pb e 645 pb para as variantes M1 e M2, respectivamente.

A análise filogenética da H. cepas pylori

MLST dos sete genes de limpeza ( ATPA, EFP, mutY, ppa, trpC, Urei, yphC
) foi determinada por sequenciação baseada em PCR, como descrito anteriormente [7 ], [22]. sequenciação directa de ADN foi realizada utilizando um Analisador Genético AB 3130 (Applied Biosystems, Foster City, CA) de acordo com as instruções do fabricante. Para a construção da árvore filogenética baseada em genótipos MLST, conjuntos de dados de sequência dos 7 genes de limpeza de hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind e hspEAsia cepas (60, 181, 61, 566, 49, 17 , 80, 18, 177 e estirpes, respectivamente, 1,209 estirpes no total) foram obtidos da base de dados PubMLST (http://pubmlst.org/). Estes conjuntos de dados de sequências foram combinados com os nossos dados de 66 cepas colombianas. árvores juntam vizinhos foram construídas por MEGA 5.0 utilizando Kimura-2 parâmetros [23].

análise da estrutura populacional de H. pylori
estirpes

Foram analisados ​​estrutura da população bacteriana usando software ESTRUTURA (v.2.3.2) [24]. Cadeias de Markov Monte Carlo (MCMC) simulações da estrutura foram executados no modelo de mistura com burn-in de 20.000, seguido por 30.000 iterações para cada execução. O número de populações experimentais (K) foi definido a partir de 7 a 10 e 5 corridas foram executados para cada K.

sequência de nucleotídeos

Dados sequência de nucleótidos aqui relatados estão disponíveis sob a DDBJ números de acesso AB923031 a AB923492.

resultados

Foram incluídos 35 pacientes do GC e 31 pacientes DU. As cepas isoladas de pacientes GC incluiu 24 cagA
-positivo e 11 cagA
-negative. Vinte e nove eram vacA
genótipo s1m1 e 6 foram vacA
s2m2 genótipo. Todos os 24 cagA
estirpes GC -positivas mostrou a vacA
genótipo s1m1. Por 31 cepas de pacientes UD, 22 cepas eram cagA
-positivo e os restantes 9 foram cagA
-negative. O vacA
genótipo s1m1 foi encontrado em 16 cepas, vacA
s1m2 em 5 cepas, e vacA
s2m2 em 10 estirpes. Entre 22 cagA
-positivas de pacientes UD, 14 cepas possuíam o vacA
genótipo s1m1. Cinco estirpes foram s1m2 e os restantes 3 cepas foram s2m2.

Os tipos população de 35 cepas isoladas de pacientes com GC e 31 de DU foram analisados ​​por MLST. A árvore filogenética de estirpes 66 colombiano com base nas sequências MLST e os tipos de doença estão apresentados na Figura 1. GC e DU estirpes foram dispersos na árvore MLST; Assim, não havia nenhuma diferença na distribuição filogenética entre GC e estirpes DU. A Figura 2A mostra o cagA
estado das tensões na árvore MLST. Cepas de cagA
-positivo e cagA
-negative não poderia ser dividido de forma clara, embora cagA
estirpes -negative foram relativamente agrupados no mesmo ramo. A Figura 2B mostra vacA
tipos de estirpes de uma mesma árvore MLST. Dezesseis vacA
s2m2 estirpes foram agrupadas em um sub-ramo juntamente com dois s1m2 e seis s1m1 estirpes. Os três restantes vacA
s1m2 cepas foram localizados entre os 39 vacA
s1m1 estirpes.

Em seguida, construímos uma árvore filogenética com base em sequências MLST de 66 cepas colombianas e 1209 cepas de referência de hpAfrica2, hpAfrica1, hpNEAfrica, hpEurope, hpSahul, hpAsia2, hspMaori, hspAmerind e hspEAsia, depositadas em banco de dados pubMLST (60, 181, 61, 566, 49, 17, 80, 18, e 177 estirpes, respectivamente) ( A Figura 3). Entre as 66 cepas colombianas, apenas um cagA
estirpe -positivo foi localizado entre os sub-ramos de hpAfrica1. As 65 cepas remanescentes foram espalhados entre hpEurope sub-ramos, independentemente dos tipos de doença. Assim, não foi observada associação entre a ramificação da árvore filogenética e os resultados clínicos.

Para investigar a estrutura da população das cepas colombianas, foi realizada análise da população usando software ESTRUTURA [24]. Para esta análise, foram utilizados os mesmos 1.257 cepas (1.209 cepas de referência e 66 cepas da Colômbia), que foram utilizados para a análise filogenética MLST. software ESTRUTURA realiza simulação MCMC para classificar os indivíduos de um determinado número de populações (K). Para um dado K, estrutura determina componentes populacionais K e representa-los por cores K usando uma cor para representar um componente população. Foi realizada a análise da estrutura, definindo K a partir de 7 a 10 e executadas simulações cinco vezes para cada K. A Figura 4 mostra os resultados de K = 9 e 10, cuja probabilidade posterior é a melhor das cinco corridas (os resultados mais prováveis). Cada linha vertical dos gráficos de barras representa uma estirpe e as cores de uma linha, indicam populações a que a tensão podem pertencer. Os comprimentos das cores de uma linha são proporcionais à probabilidade de que a estirpe pertence a cada população. Uma vez que o grupo hpEurope é uma mistura de várias origens, este grupo mostra cores complexas.

o resultado de K = 7, as estirpes da Colômbia mostraram cores comuns com estirpes hpEurope (Figura 4A). Quando K foi seleccionado a 10, as estirpes hpEurope Colômbia e vários apresentada uma cor diferente dos outros que representa um componente população específica para estas estirpes (luz barras verdes marcados com estrelas na Figura 4B). Isto implica que estas estirpes têm semelhança básica com estirpes europeias, mas são distinguíveis de outros, se examinados em detalhe. Figura 4C é uma ampliação das cepas colombianas. As barras foram alinhados da esquerda para a direita, a fim de a luz componente verde descendente. cagA
tipos e doenças são mostrados por marcas abaixo do gráfico de barras. Como esta figura mostra, cagA
estirpes -negative eram frequentes na extremidade direita. Enquanto a maioria das cepas colombianas tiveram um componente específico e /ou um componente população comum com hpEurope, uma cepa apresentou maior similaridade com hpAfrica1 (Figura 4C, a barra marcada com um triângulo). Esta estirpe corresponde à que pertence à sub-ramo hpAfrica1 na árvore filogenética MLST (Figura 3).

Os dados extraídos do PubMLST, escolhemos 63 cepas hpEurope que continham a luz componente verde na população 10% ou mais e pesquisou sua localização amostragem. Vinte e cinco estirpes foram isoladas de Colômbia, apesar de terem sido classificados como hpEurope, 19 eram provenientes de Espanha, 4 eram da Venezuela, e outros são de vários países (Tabela S1).

Discussão

host , e fatores dietéticos ambientais, e as diferenças em H. pylori
estirpes estão relacionados com os resultados variando de H. pylori
infecção. Em geral, a distribuição da incidência de CG está intimamente relacionado com estes H. pylori
grupos definidos por análise da população com base em MLST [25]. A alta incidência de GC foi encontrado nas regiões em que as estirpes hpEastAsia prevalecem (especialmente hspEAsia). No entanto, a incidência de GC é muito baixo na África, onde a maioria das cepas são hpNEAfrica, hpAfrica1 ou hpAfrica2, e no Sul da Ásia, onde a maioria das cepas são hpAsia2. No geral, a baixa incidência de câncer gástrico em Africano e os países do sul da Ásia pode ser explicado, pelo menos em parte, pelos diferentes genótipos de H. pylori
circulando em diferentes áreas geográficas. Curiosamente, um relatório recente sobre cagA
-positivas na Colômbia mostrou que todas as estirpes provenientes de regiões de alto risco de GC pertencem a hpEurope, enquanto hpEurope e hpAfrica1 linhagens coexistem nas regiões de baixo risco [15]. Além disso, os indivíduos infectados com cepas hpEurope de H. pylori
apresentaram escores histopatológicos mais elevados do que aqueles infectados com cepas hpAfrica1. Os autores concluíram que a diferença em populações bacterianas pode ser usado como um preditor de risco GC.

Neste estudo, foram incluídos H. pylori
cepas isoladas de pacientes colombianos com GC e DU mas não gastrite. Os pacientes com gastrite única no momento da endoscopia pode desenvolver DU e GC mais tarde na vida; Por outro lado, os doentes raramente desenvolvem DU GC na sua vida [4], [26]. Portanto, embora H. pylori
promove o desenvolvimento de ambos GC e DU, GC e DU são considerados os resultados variantes. Neste estudo, não foi encontrada nenhuma diferença em grupos filogenéticas entre GC e estirpes DU. Nossos linhagens colombianos foram encontrados pertencer a hpEurope, exceto por uma estirpe hpAfrica1. Embora linhagens colombianos foram divididos em vários sub-ramos nas árvores filogenéticas, não houve correlação entre os ramos e as doenças (Figuras 1 e 3). Portanto, a topologia da árvore MLST não actua como um marcador para avaliar a GC e DU risco para as estirpes hpEurope na Colômbia. Na verdade, mesmo no estudo conduzido por de Sablet et al., Todos os cagA
estirpes -negative também foram considerados como pertencentes a hpEurope [15]. Os autores afirmaram que os indivíduos infectados com o cagA
estirpes -negative tiveram escores histopatológicos muito baixos; Portanto, hpEurope estirpes sem a presença de cag
pode ser menos virulenta. Além disso, nós relatado anteriormente que estirpes com mais de três regiões de repetição da região 3 'em cagA
foram associados com escores significativamente mais elevados para a atrofia da mucosa gástrica e metaplasia intestinal do que aqueles com menos regiões de repetição na Colômbia [20 ]. A prevalência de amostras com mais de três regiões de repetição foi maior do que no GC DU [20]. Assim, o cagA
tipo em vez de origem filogeográficas pode ser um melhor preditor de GC para as estirpes hpEurope [27].

Nós já descobriram que, embora OIPA e cag
PAI está vinculado, somente oIPA foi um fator de risco independente para DU [28]. OIPA em cagA
-positivas pode contribuir para a variação filogeográficas determinado pela análise MLST. Além disso, informou que jhp0045
e jhp0046
foram significativamente associados com GC em cagA
-positivas na Colômbia [29]. Além disso, informou que infecções com dupA
-positivas aumentou o risco de DU mas foram protetor contra GC na Colômbia [30]. Por conseguinte, o estado de outros factores de virulência pode ser correlacionada com a árvore filogenética obtido realizando MLST [5]. As relações entre a filogenia de genes de limpeza e cag
PAI filogenia têm sido relatados [31]. A filogenia dos mais cag
genes PAI foi semelhante ao do MLST, indicando que cag
PAI provavelmente foi adquirida uma vez por H. pylori
, e sua diversidade genética reflete o isolamento pela distância que moldou esta espécie bacteriana desde que os humanos modernos migraram para fora da África [31]. No presente estudo, a árvore filogenética com base em MLST não se correlacionou com o tipo de cagA
ou vacA
, embora estirpes com cagA
-negative ou vacA
genótipos s2m2 foram relativamente agrupado. Apenas uma estirpe pertencia a hpAfrica1, e esta estirpe possuía cagA
, sugerindo que cagA Comprar e fatores vacA
genótipos não foram determinantes para a origem filogenética com base em MLST no andina região na Colômbia. No entanto, nós relatado anteriormente que o cagA
tipo foi associado com um cluster filogenética em Okinawa, Japão [22], [27]. Estirpes de Okinawa foram divididos em 3 subpopulações e um grupo mistura influenciado por estirpes ocidentais. A topologia filogeográfica e subpopulações foram significativamente associados com os resultados clínicos; no entanto, a diferença de topologia filogeográfica foi devido ao status de cagA
(tipo do leste asiático, do tipo ocidental cagA
, e cagA
-negative) e vacA
(m1 ou m2) das subpopulações. GC foi mais prevalente no cluster contendo principalmente-tipo do Leste Asiático cagA
estirpes. Os resultados do MLST mostraram que a prevalência de GC em cada grupo não diferiu quando apenas do tipo ocidental cagA
estirpes ou cagA
estirpes -negative foram utilizados [27]. Assim, a origem filogeográficas pode atuar como fator de confusão na previsão de factores de virulência, mas não a evolução da doença (por exemplo, em hspEAsia, a maioria são cagA
-positivo, vacA
S1 /m1 tipo, babA
-positivo e oipA
"on" status). Em um estudo recente, não só H. pylori
ascendência, mas também co-evolução entre o ser humano e H. pylori
foi encontrado para ser o melhor preditor de lesões pré-cancerosas [32]. Mais estudos são necessários para confirmar a relação entre a origem ancestral de H. pylori
independentemente de fatores de virulência e resultados clínicos.

Neste estudo, foram incluídos os pacientes Mestiços principalmente residentes na cidade de Bogotá, que está localizado na área de montanha (2.600 m acima do nível do mar). Esta área é geralmente preenchido por mestiços, uma população mista que descendem de americanos indígenas (ameríndios) e os europeus que datam do período da colonização espanhola [33]. Amerindians são hipótese de ter sido infectados com estirpes originalmente hspAmerind que pertencem à subpopulação de hpEastAsia [10]. Portanto, espera-se que H. pylori
isolado de mestiços iria exibir um tipo misto de hpEurope e hspAmerind. Curiosamente, todos os casos, mas um em nosso estudo foram infectados com cepas hpEurope, de acordo com um estudo anterior [15]. análise da estrutura revelou que várias estirpes com hpEurope mostrou um padrão de mosaico; no entanto, eles não eram uma mistura de hpEurope e hspAmerind. Esta observação suporta a hipótese de que as estirpes hpEurope possuem uma vantagem competitiva sobre cepas hspAmerind indígenas, como descrito anteriormente [34], [35]. Surpreendentemente, o nosso estudo anterior mostrou que mesmo em 16 estirpes isoladas de Huitoto, um grupo isolado primitiva vivendo nas selvas amazônicas na Colômbia, 4 cepas foram infectados com hspAmerind, enquanto os restantes 12 foram estirpes hpEurope [12]. Além disso, descobrimos que várias linhagens ameríndias da Colômbia possuía do tipo ocidental cagA
mas do tipo do Leste Asiático não cagA
[36]. Ainda não está claro por que a maioria indígena H. pylori
estirpes têm genótipos típicos de cepas de países ocidentais, mesmo em locais onde a influência ocidental parece ter sido mínima. hpEurope, em vez de estirpes hspAmerind, pode ser facilmente adaptado para as condições ambientais e a pressão selectiva exercida pelo hospedeiro. Duas hipóteses, um baseados na competição estirpe e outro sobre a subversão estirpe por transformação, foram sugeridas como razões para o deslocamento de hspAmerind por hpEurope [34]. Um estudo mais aprofundado será necessário definir o mecanismo (s) responsável pela in vivo
perda dos ameríndios linhagens quando em competição com as estirpes do Velho Mundo. Curiosamente, descobrimos que várias linhagens colombianos mostraram um componente população específica, e este componente foi compartilhada não só com outras cepas da América do Sul, mas também com estirpes espanhóis depositados em PubMLST. A cidade de Bogotá, fundada em 1538, tornou-se um dos principais centros administrativos das possessões espanholas no Novo Mundo (junto com Lima e Cidade do México) [33]. Nossa análise sugere que as estirpes hpEurope na Colômbia foram introduzidas principalmente por imigrantes espanhóis. digitação população de H. pylori
é uma ferramenta útil para os padrões de migração de mapeamento humanos [37]; de fato, os nossos resultados podem ser úteis para elucidar os dos humanos modernos da América do Sul. Embora a nossa análise MLST com base em sete genes housekeeping sugere que a maior parte das estirpes da Colômbia foram substituídos por estirpes hpEurope, restos de estirpes ancestrais indígenas poderia permanecer em outras partes do genoma. Mais extensas em todo o mundo e de todo o genoma pesquisas vai nos ajudar a entender melhor a evolução e estrutura populacional de H. pylori
.

Uma limitação potencial do nosso estudo digno de nota é que não poderíamos obter informação suficiente sobre a etnia dos pacientes de quem o H. pylori
cepas foram isoladas. De facto, tem sido sugerido que a ascendência hospedeiro pode afectar os resultados clínicos como descrito acima [32]. Por exemplo, polimorfismos do gene de citocinas inflamatórias ( IL-1

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