PLOS ONE: Integração de DNA copiar o número de alterações e transcricional análise da expressão em Câncer Gástrico Humano

Abstract

Fundo

instabilidade genômica com alterações no número de cópias de DNA frequente é uma das características fundamentais da carcinogênese. As regiões cromossômicas com frequentes ganho de número de cópias de DNA e perda de câncer gástrico humano ainda são mal definidos. Permanece desconhecido como o número de cópias de ADN variações contribui para as mudanças de perfis de expressão gênica, especialmente no nível global.

principais conclusões

Foram analisadas as alterações no número de cópias de DNA em 64 amostras de cancro gástrico humano e 8 linhas celulares de cancro gástrico utilizando agregados bacterianos cromossomo artificial (BAC) com base hibridização genômica comparativa (aCGH). A análise estatística foi aplicado para correlacionar os dados de expressão de genes previamente publicados obtidos a partir de cDNA microarrays com os correspondentes dados de variação do número de cópias de ADN para identificar candidatos oncogenes e genes supressores de tumor. Descobrimos que amostras de câncer gástrico apresentaram variações no número de cópias de DNA recorrentes, incluindo ganhos em 5p, 8q, 20p, 20q, e perdas no 4T, 9p, 18q, 21q. As regiões mais frequentes de amplificação foram 20q12 (7/72), 20q12-20q13.1 (12/72), 20q13.1-20q13.2 (11/72) e 20q13.2-20q13.3 (6/72) . A região eliminada mais frequente foi 9p21 (8/72). Correlacionando dados de matriz de expressão gênica com aCGH identificou 321 oncogenes candidatos, que eram overexpressed e mostraram número de cópias de DNA frequente ganhos; e 12 candidatos genes supressores de tumor que foram regulados negativamente e mostrou perdas frequentes no número de cópias de DNA em cancros gástricos humanos. Três redes de genes expressos de forma significativa em amostras de câncer gástrico foram identificadas por análise de caminho ingenuidade.

Conclusões

Este estudo fornece insights sobre as variações no número de cópias de DNA e sua contribuição para perfis de expressão genética alterada durante gástrico humano desenvolvimento de câncer. Ele fornece oncogenes novos motorista candidato ou genes supressores de tumor para o cancro gástrico humano, mapas via úteis para o futuro entendimento da patogênese molecular desta doença maligna, e a construção de novos alvos terapêuticos

Citation:. Fan B, Dachrut S, Coral H, Yuen ST, Chu KM, Direito S, et al. (2012) Integração de DNA copiar o número de alterações e transcricional análise da expressão em câncer gástrico humano. PLoS ONE 7 (4): e29824. doi: 10.1371 /journal.pone.0029824

editor: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, França

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