PLoS One: Az integráció DNS kópiaszámától és transzkripciós Expression Analysis in Human gyomorkarcinóma

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

A genom instabilitás és a gyakori DNS kópiaszámától egyik kulcsfontosságú fémjelzi kialakulásában. A kromoszóma régiók gyakori kópiaszám nyereség és veszteség az emberi gyomorrák még gyengén definiált. Továbbra sem ismert, hogy a DNS kópiaszám eltérések hozzájárul a változások génexpressziós profilokat, különösen a globális szinten. Katalógusa

fő eredményei katalógusa

elemeztük DNS kópiaszámától 64 humán gyomorrák minták és 8 gyomorrák sejtvonalakon bakteriális mesterséges kromoszóma (BAC) tömbök alapuló összehasonlító genomi hibridizáció (aCGH). Statisztikai analízis alkalmazták korrelál a korábban publikált génexpressziós adatok nyert cDNS-microarray a megfelelő DNS-kópiaszám variáció adatok jelöltek azonosítására onkogének és tumorszuppresszor gének. Azt találtuk, hogy a gyomorrák mintákon végzett ismétlődő DNS kópiaszám variációk, beleértve a nyereségeket a 5p, 8 q, 20p, 20q, és veszteséget 4q, 9p, 18q, 21q. A leggyakoribb régiói erősítés volt 20q12 (7/72), 20q12-20q13.1 (12/72), 20q13.1-20q13.2 (11/72) és 20q13.2-20q13.3 (6/72) . A leggyakoribb törölt régió 9p21 (8/72). Korreláló génexpressziós array adatok aCGH azonosított 321 jelölt onkogének, melyek túlzottan kifejezett, és megmutatta a gyakori kópiaszám nyereséget; és 12 jelölt tumor szupresszor gének, amelyeket leszabályozott, és megmutatta a gyakori kópiaszám veszteség az emberi gyomor rák. Három hálózatok jelentősen expresszálódó gének gyomorrák mintákat azonosítani leleményesség útvonal elemzés. Katalógusa

Következtetések katalógusa

Ez a tanulmány betekintést nyújt kópiaszám eltérések és ezek hozzájárulása a megváltozott génexpressziós profilokat során az emberi gyomor rák kialakulásához. A találmány tárgyát jelentkező mozdonyvezető onkogének vagy tumor szupresszor gének az emberi gyomorrák, hasznos út térképeket a jövő megértése a molekuláris patogenezisének e rosszindulatú daganat, és az építkezés az új terápiás célpontok. Katalógusa

Citation: Fan B, Dachrut S, Coral H, Yuen ST, Chu KM, törvény S, et al. (2012) integrációja DNS kópiaszámától és transzkripciós Expression Analysis in Human gyomorrákban. PLoS ONE 7 (4): e29824. doi: 10,1371 /journal.pone.0029824 katalógusa

Szerkesztő: Reiner Albert Veitia, Institut Jacques Monod, Franciaország katalógusa

Beérkezett: szeptember 19, 2011; Elfogadva: december 3, 2011; Megjelent: április 23, 2012 katalógusa

Copyright: © 2012 Fan et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatja által nyújtott finanszírozási University of California Cancer Research koordináta bizottság XC. BF támogatja Kína Ösztöndíj Tanács szerződés No.2010601079. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák egyik leggyakoribb rosszindulatú, és a második leggyakoribb oka a rákos megbetegedésekkel kapcsolatos halál világszerte [1]. A fő típusa a gyomorrák adenokarcinóma, amely lehet tovább sorolható intesztinális típusát és diffúz típusú [2]. Bél típusú elváltozások gyakran fekélyes és előfordulnak a disztális gyomorban. Diffúz típusú elváltozások összefüggésben vannak rosszabb a prognózisa, mint a bél típusát. Sebészi kezelés az egyetlen terápiás lehetőség, amely potenciálisan gyógyító hatású a gyomorrák. A gyomorrák prognózisa betegek erősen függ a klinikai és patológiai a betegség stádiumától a diagnózis felállításakor. Az 5 éves túlélés után kuratív sebészi eltávolítását csökkenés 60-90% az I. szakaszban csak 10-25% volt III-as stádiumú betegség [3]. A legtöbb gyomorrákos betegek azonosítása az előrehaladott állapotban, ami a rossz prognózisú. Katalógusa

A genetikai elváltozások legfontosabb események a fejlesztés a legtöbb tumor, beleértve a gyomorrák. [4] Tanulmányok azt mutatják, hogy a tumor progresszió függ követő megszerzése kromoszóma-rendellenességek vezető nyereség vagy veszteség egy részét a tumor genomba. Ezért jellemzése genomiális rendellenességek segíthet megvilágítani a molekuláris patogenezisének gyomorrák, valamint felfedi a genetikai markerek a progresszió. Tömbalapú összehasonlító genomi hibridizáció (aCGH) egy erőteljes módszer azonosítani a kórokozó DNS kópiaszám változások a genom-szintű [5]. aCGH alkalmazták számos szilárd tumorok, beleértve a gyomorrák [6], [7]. Bebizonyosodott, hogy hasznos lehet az azonosító az új onkogének és tumorszuppresszor gének, és hogy osztályozzák tumorok alapuló genetikai változásokat.

expressziós profil kísérletek azonosítottak egy nagyszámú gének, amelyek eltérően expresszált normál és tumoros szövetekben. Azonban a legtöbb ezek a gének valószínűleg utas gének, amelyek korlátozott hozzájárulás a tumorigenezis. A legfontosabb feladat az volt, hogy azonosítsa járművezető onkogének vagy tumor szuppresszor gének, amelyek fontos szerepet játszanak során tumor kialakulásában és progressziójában, genomiális DNS kópiaszám variáció egy fontos típusú genetikai változás figyelhető meg a tumorsejtekben, és ez hozzájárul a daganat fejlődése által változások a gének expresszióját a régión belül [8]. Kópiaszám nyereségek és veszteségek nem véletlen, hanem inkább az egységes genetikai események során kialakulásában. Gének azonosítása, amelyek egyrészt túlzottan kifejezett és erősített vagy kevéssé kifejezett, és törölni lehet előnyös, mert ezek a gének jelentenek vezető genetikai eltérések. Katalógusa

A korábbi vizsgálatok azt jelentette, kópiaszám változások vagy kifejezés profilok gyomorrák mintákban . A vizsgálatok azt is talált közös kromoszóma nyereségek és veszteségek, valamint több száz gén, amely különbséget daganatok a normál szövetekben [6], [9]. Ugyanakkor kevés tanulmány vizsgálta a szövetség között kópiaszám eltérések és transzkripciós expressziós profilját. Ebben a kézirat, végeztünk aCGH elemzést nagyszámú humán gyomorrák mintákban. Továbbá, integrált elemzése kópiaszám eltérések és a megfelelő génexpressziós értékek végeztünk azonosítani jelentős gének, amelyek hozzájárulhatnak a gyomorrák kórélettana. Összesen 321 pályázó onkogének és 12 jelölt tumor szupresszor géneket azonosítottak az elemzés. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Etikai nyilatkozat katalógusa

Az archív gyomor próbadarabot a jelenlegi jóváhagyta a vizsgálatot az etikai bizottság, a University of Hong Kong és a belső vizsgálat alaplapjai University of California, San Francisco. katalógusa

tumorminták sejtvonalak és a DNS, RNS készítése katalógusa

a tumor minták gyűjtöttünk gastrectomián egyedeire Sebészeti Osztály, queen Mary Kórház, The University of Hong Kong. Nyolc gyomor rákos sejtvonalak AGS, BGC823, N87, NUGC3, SNU16, SNU5, KATOIII és MNK45 leírták a korábbi közlemények [10]. A genomiális DNS-t extraháltunk a genomi DNS Purification Kit (Qiagen, Valencia, CA).

A klinikopatológiai paraméterei a tumorok már korábban publikált [11]. Tumorokat besorolása Lauren besorolása bél, diffúz, kevert és meghatározatlan típusú [2]. A H. pylori jelenlétének a gastrectomián mintákban határoztuk meg szövettani vizsgálat és kiegészített módosított Giemsa-festéssel. A jelenléte EBV rákos sejtekben vizsgáltuk in situ hibridizációval EBER a korábban leírt [12]. A tumor stádiumát által meghatározott általános szabályok gyomorrák vizsgálata japán Research Society gyomorrák. [13] katalógusa

Array alapú CGH katalógusa

Az emberi 1,14 tömböket kaptunk a UCSF Rák Center Array Core (http://cc.ucsf.edu/microarray/). Úgy állt 2353 bakteriális mesterséges kromoszóma (BAC) klónok, amelyek kiterjedtek az emberi genom 1,5 Mb felbontásban. A hibridizációhoz 1 ng tumor DNS-t és 1 ug nemi illesztett referencia-DNS-t jelölt random priming segítségével Cy3-dCTP-t és Cy5-dCTP-t, illetve a Bioprime Kit (Invitrogen). A be nem épült fluoreszkáló nukleotidok alkalmazásával eltávolítottuk Sephadex G-50 oszlop (Amersham, Piscataway, NJ). Minta és a referencia DNS-t összekeverünk 100 ng Cot-1, kicsapjuk, és újra szuszpendáljuk hibridizációs oldatban. A hibridizációs oldatot denaturáltuk 10 percig 72 ° C-on, majd 1 órán át inkubáltuk 37 ° C-on. A hibridizálást végeztünk 48-72 órán keresztül nedves kamrában egy lassú himbán. A tömbök mostuk 10 percig 50% formamid és 2 × SSC-ben 45 ° C-on, és 10 percig foszfátpufferben, szobahőmérsékleten. A metszeteket szerelt szerelési megoldást, amely 0,3 ng /ml DAPI. Három egyszínű intenzitású képek (DAPI, Cy3 és Cy5) gyűjtöttünk mindegyik tömböt töltés csatolt eszköz kamerát. Katalógusa

Array alapú CGH adatok elemzése katalógusa

A UCSF SPOT szoftver [14] arra használták, hogy automatikusan szegmensben a foltok alapján DAPI, hajtsa végre a helyi háttér korrekciókat, és ki kell számítani a különböző mérési paramétereket, beleértve a log2 arányok a teljes integrált Cy3 és Cy5 intenzitást az egyes helyszínen. Nyers adatait aCGH állnak rendelkezésre GEO (nyilvántartási száma: GSE33501). Katalógusa

Program SPROC használták társítani klón identitás és a térképészeti információs fájl minden egyes helyszínen, hogy az adatokat lehet ábrázolni viszonyított helyzete Bács. Kromoszómaaberrációt sorolták a nyereség, ha a normalizált log2 Cy3 /Cy5 arány > 0,225 és a veszteség, ha ez az arány < -0,225. A szám szerint határozzuk meg 3-szor az átlagos SD normál versus normál aCGH hibridizáció. Amplifikáció azonosítani, ha a normalizált log2 Cy3 /Cy5 arány > 0.8. Hasonlóképpen, homozigóta deléció azonosítottak, amikor a normalizált log2 Cy3 /Cy5 arány < -0,7. Többszörös nyereség, veszteség, és az erősítés számoltuk külön esemény. A küszöb nyereség vagy veszteség egy egész kromoszóma karon definiáltuk a medián log2 aránya > 0,225 vagy < -0,225 összes klónok a kromoszóma kar. Katalógusa

Statisztikai adatok elemzése katalógusa

a mintákat kategorizált alapuló kísérleti eredmények, és összehasonlítják a klinikai adatok (táblázat S1) alkalmazásával jelentős elemzése microarray (SAM) elemzés [15]. DNS kópiaszámától beleértve medián százalékában nyereség és veszteség. Gyakori erősítés és törlés elemeztük a CGH felfedező 3.2 (http://www.ifi.uio.no/forskning/grupper/bioinf/Papers/CGH/). "Elemzés a Copy hibák" (ACE) alkalmazásával hajtottuk végre egy hamis felfedezés ráta (FDR) 0,0001 és közepes érzékenységet. Klaszterezési valamennyi minta végeztük TreeView változat 1.60.

R /Bioconductor szoftver, beleértve a CBS-program volt kiszámítani az összefüggést kópiaszámú változás és a génexpressziót. A kifejezés adatokat az 6688 cDNS klónok használták az előző génexpresszió analízis [11], [16] (GEO elérési száma: GSE2701) gyűjtöttek. Mapping helyzetben a fenti cDNS klónokat használatával kijelölhető NCBI genom szerelvény, információk az UCSC genom böngésző adatbázis (NCBI építeni 35). A aCGH adatok szegmentált körkörös bináris szegmentáció (CBS) megvalósított, a DNS másolatok csomag R /Bioconductor lefordítani kísérleti intenzitás mérések régiókra egyenlő kópiaszám. Hiányzó értékek klónok mapping belül szegmentált régiók egyenlő kópiaszám volt betudható értékének használatával a megfelelő szegmensben. A génexpresszió klónokat leképezve a BAC klón belül 1 Mb a gén expressziós klónt, amely a legmagasabb volt Pearson-féle korrelációs között kópiaszámú és gén-expressziót. "Simított" értékeket CBS az eredetileg megfigyelt log2 arány a kiugró klónok a fent leírt és a imputált értékeit hiányzó értékek figyelembe vették számítási összefüggést génexpressziót. Korreláció csak kiszámítottuk klónok, és a korrelációs koefficiens 0,29 használtunk a cut-off, hogy azonosítsuk azokat a klónokat, amelyek pozitív korreláció kópiaszámú és gén-expressziót. p katalógusa -értékei a génexpresszió és kópiaszám összefüggéseket kaptuk alapján permutáció. A címkéket expressziós adatok véletlenszerűen megkeverjük, és a Pearson-féle korrelációs között génexpresszió klónok és kópiaszám BAC klónok számoltuk a korábban leírtak. Ezt megismételtük 1000-szer. Minden egyes gén expressziós klónt, a p-érték meghatározására, mint az aránya a szer a permutációs alapú korreláció volt nagyobb vagy egyenlő, mint a megfigyelt korreláció. A p katalógusa -értékei ezután korrigálni több tesztelésre szabályozásával a hamis felfedezni ráta (FDR) az Benjamini- Hochberg módszer [17]. Katalógusa

A funkcionális elemzés a jelentős gének végeztük segítségével Ingenuity Út szoftver (Ingenuity Systems, Redwood City, Kalifornia). katalógusa

Eredmények katalógusa

Array alapú CGH analízis emberi gyomorkarcinóma katalógusa

azonosítása DNS kópiaszámától a gyomor rákok, alkalmaztuk BAC aCGH 64 humán gyomorrák szövetminták és 8. gyomorrák sejtvonalakon. A nyers adatok állnak rendelkezésre táblázat S2. Megfigyeltük visszatérő kromoszóma eltérések ezekben a mintákban, és a régiók jelentős kópiaszám változást azonosítottak. Az így kapott frekvencia telek és aberráció telken nyereséget és veszteséget az 1A ábrán látható és 1B volt. Két reprezentatív genomot arány parcellák egyes gyomor tumor ábrán mutatjuk be az S1. A leggyakoribb kópiaszám eltérések ez meg az emberi gyomor tumorok által meghatározott átlagos százalékos nyereség vagy veszteség tartalmaz nyereséget 5p, 8 q, 20p, 20q, és veszteségeit 4q, 9p, 18q, 21q. Katalógusa

Ezután elemeztük DNS kópiaszám eltérések gyomorrák minták különböző klinikopatológiai funkciók, többek között a tumor stádiuma, a daganat típusa, a tumor helyén, a tumor differenciálódásának, a Helicobacter pylori és az EBV-fertőzés, valamint a különbség a gyomor tumor minták és sejt vonalak, (ábra S2, S3, S4, S5, S6, S7, S8 és táblázat S3). Találtunk specifikus kromoszóma aberrációk dúsított bizonyos klinikopatológiai jellemzők. Például elvesztése 19p gyakrabban figyeltek stage 1 & 2. szakasz daganatok (20%), mint a 3. fokozat & 4. szakasz minta (3,41%) (táblázat S3). 16P veszteség ben azonosították 10% Helicobacter pylori negatív minták szemben a 0% a Helicobacter pozitív mintát, míg 16P nyereség volt megfigyelhető 14,71% a Helicobacter pylori pozitív minták, de csak 3,33% a Helicobacter negatív minta (asztal S3 ). Ezek az eredmények azt sugallják, a lehető hozzájárulását gének bizonyos régiókban az adott tumor fenotípus. Katalógusa

Magas fokú amplifikációs és homozigóta deléció táblázat foglalja össze S4. A leggyakoribb erősítés találták meg a kromoszóma hosszú karján 20. Ebben a régióban, négy különálló kiemelt fragmentumok lehetett azonosítani: 20q12 (7/72), 20q12-20q13.1 (12/72), 20q13.1-20q13. 2 (11/72) és 20q13.2-20q13.3 (6/72). A második leggyakoribb amplifikáció előforduló kromoszóma hosszú karján 8, szintén négy különböző fokális amplikonok: 8q23.1 (3/72), 8q24.1 (7/72), 8q24.12-8q24.2 (6 /72) és 8q24.2 (6/72). A leggyakoribb homozigóta deléció régiót találtak 9p21 (8/72) és 18q22 (6/72). Egyéb magas szintű amplifikációs és homozigóta deléció történt viszonylag alacsony frekvenciákat. Példák a gyakoribb aberrációk ábra mutatja 2. Néhány jól jellemzett onkogének (például HER2, TOP2A, ciklin, TGFB1, Akt2, MYC
) és a tumor szuppresszor gének (például, P16, Smad4, Smad7 katalógusa) találhatók kell elhelyezni ezeket loci. Érdekes, hogy a nagyobb számú amplifikációs és homozigóta deléció azonosítottak a sejtvonalak, mint a primer tumor gyomorrák mintákat. Katalógusa

hozzájárulása genom DNS kópiaszám variáció a globális génexpressziós változások humán gyomorkarcinóma mintákat

a korábbi tanulmányban már beszámoltunk a génexpressziós profil 90 primer gyomorrák mintákat összehasonlítva a 14 áttétes társaik, és 22 nem-daganatos gyomor nyálkahártyája, a 6688 cDNS mutató jelentős eltéréseket mutatnak ezek a minták [11], [ ,,,0],16]. Között 90 gyomorrák minták 62 egyedeket szerepel a jelenlegi aCGH tanulmány. Annak meghatározásához, hogy genomiális DNS kópiaszám variációk hozzájárulhat a globális génexpressziós mintázat megváltozik, meghatároztuk a korrelációt gén expressziós értékek és a megfelelő DNS-kópiaszám ezek változásait 62 humán gyomorrák mintákat egy gén által gén alapján. Az 6688 cDNS az eredeti kifejezés tanulmányok, 5719 cDNS klónok pozíciócímkékkel kerestek vissza az elemzésre. Ezek közül 5719 cDNS-klónok, 1352 cDNS-klónok (23,6% a teljes cDNS-klónok elemzett), ami körülbelül 973 egyedi gének mutatott statisztikailag szignifikáns összefüggést expressziós értékek és a DNS kópiaszám variációk (korrelációs > 0,29 és korrigált p-érték kisebb, mint 0,01 FDR kevesebb, mint 3,4%. táblázatot S5 listája a gének). Annak illusztrálására, hogy a DNS másolatok számának hatása a génexpresszió, összehasonlítottuk a páronkénti korreláció génexpressziós adatok akár aCGH értékeit BAC klónok közel a helyre, ahol minden egyes gén található (átlós), vagy aCGH értékei BAC klónok található egyéb régiók a genom. Találtunk pár régiók az átló mentén nagyobb pozitív korreláció (medián korrelációs ~0.12), mint az off-diagonális pár (medián korrelációs ~0.0) (ábra S9A). A hőtérkép a páronkénti korreláció génexpresszió és kópiaszám is mutatja a pozitív korreláció az átló mentén (ábra S9B). Katalógusa

Összességében adataink megerősítik, hogy genomi DNS kópiaszám eltérések hozzájárulnak a szabályozás a regionális génexpresszió profilok humán gyomorrák mintákat. katalógusa

azonosítása vont Oncogene vagy tumor szupresszor gének az emberi gyomorrák katalógusa

a pontos jelölt onkogének vagy tumor szupresszor gének, alkalmaztuk két kritérium, hogy a lista 1352 cDNS klónokat, amelyek statisztikailag szignifikáns összefüggést génexpresszió és a megfelelő DNS kópiaszám változások. Először kerestünk gének megmutatta 5 több nyereséget, mint veszteséget vagy 5 nagyobb veszteségeket, mint nyereséget gyomorrákban mintákban. Következő, kiegyenlített a gén listát a 3329 cDNS-klónok, amely az azonosított kell eltérően expresszált között nem-daganatos gyomor szövetek és humán gyomorrák mintákban [11]. Így szűkült a lista 363 klón, ami 333 egyedi gének (táblázat S6). Ezek közül a gének, 321 gén serkentő szabályozás gyomorrákban mintákat, és gyakran nyert vagy erősített meg a genomi DNS szinten. A fennmaradó 12 géneket lefelé szabályozni a gyomorrák mintákat, és gyakran el kell hagyni a genomi DNS szinten. Ez a két génkészlet, ezért jelentenek potenciális tagjelölt onkogének vagy tumor szupresszor gének esetében, amely részt vehet a gyomorrák patogenezisében és fejlesztés. Katalógusa

kópiaszám változásai a megfelelő gén expressziós értékeket Válogatott géncsoport Humán gyomorrák kialakulása

Ahhoz, hogy tovább illusztrálják, hogyan kópiaszám variációk befolyásolják a génexpressziót, elemeztük expressziós mintázatát a 333 jelölt onkogének és tumorszuppresszor gének a 62 gyomorrák mintákból hierarchikus klaszterezést (3A ábra). Nem egyesületek között feltárt csoportosítási minta és klinikai jellemzői (ábra S10), ami arra utal, hogy ezek a gének nem nyújt további értékeket molekuláris osztályozása emberi gyomorrák. Érdekes, hogy több géncsoport találták, hogy található ugyanazon kromoszóma régiók, beleértve a géneket található 6p21.3-p21.1, 7q21-q22, q24 8q21-, 8q24.3, 12q14-q15, 20q11-q13 és 20q13. 3 (3B a 3H). Egy teljes erős korrelációt összehangolt serkentett expresszióját ezek géncsoport és kópiaszám nyereség a megfelelő kromoszóma régiók volt megfigyelhető (3B a 3H). Ez azt sugallja, hogy a kópiaszám variáció döntő mértékben járul hozzá a kifejezés variáció ezeknek a géneknek a klaszteren belül. Katalógusa

Út elemzése Jelentősen expresszálódó gének katalógusa

A találékonyság Pathway Analysis (IPA) szoftvert alkalmazunk hogy vizsgálja közötti kölcsönhatások a jelölt onkogének vagy tumor szupresszor gének által meghatározott kifejezés tömb és aCGH. A 4. ábra a három legjelentősebb hálózatok kölcsönhatás gyomorrák mintákban. Hálózat 1 kifejezetten rákkal kapcsolatos, a vese & urológiai betegség, és a sejtciklus. Network 2-t specifikusan asszociált kötőszövet fejlődését és működését, a rák, és a gyomor-bélrendszeri betegségek. Hálózati 3 specifikusan kapcsolódó genetikai rendellenesség, csontváz & izombetegségek és gyulladásos betegség (táblázat S7). Minden hálózat elérte a pontszám 21 vagy magasabb, és tartalmazott 11 vagy több gén, amely kimutatta a kiterjedt kapcsolat és kölcsönhatás között jelentősen gének gyomorrákban. Top biológiai funkciók ezen gének volt kapcsolatos sejtciklus, DNS-replikáció, rekombináció és javítási, az energiatermelés, és a nukleinsav anyagcsere (ábra S11). Mindezen funkciók ismert, hogy részt a tumorok, amely a lehetséges kapcsolatok között azonosított jelölt onkogének és tumor szupresszor gének során gyomorrák fejlődését. Katalógusa

Vita katalógusa

Gene kópiaszámától különösen fontosak, deregulációja események daganatos progresszió. Ebben a vizsgálatban elemeztük Copy Number aberráció (CNAS) array CGH. Gyakori nyereséget és veszteséget azonosítottunk a tanulmány. Továbbá, kromoszomális régiókat a magas amplifikáció és homozigóta deléciók is leírtak. Emellett korreláció génexpresszió és a DNS CNAS vizsgáltuk. Candidate onkogének és tumor szupresszor gének azonosítottuk teljesítő integrált elemzések genom kópiaszám és a génexpresszió. Végül, a kapcsolatok közül jelölt gének és biológiai funkciója leírták 3 hálózatok Ingenuity útvonal elemzés. Az adatok alátámasztják, hogy a kombinálásával aCGH és génexpressziós array elemzés egy erőteljes módszer jelöltek azonosítására onkogének vagy tumor szuppresszor gének a humán gyomorrák. Összhangban van ez a papír, a korábbi tanulmányok alkalmazott hasonló megközelítések azonosítása vezető genetikai események más tumor típusok, mint például a májrák [18] és az emlőrák [19]. Érdekes, hogy több jelölt onkogének azonosítottak, mint jelölt tumor szupresszor gének a vizsgálatba. Meg lehet magyarázni a nagyobb lehetséges nagysága tartományban nyereség képest veszteség tumorminták kombinált sűrített arányokkal hozzákevert nem tumoros sejteket. A különbség a gén számokat is azt sugallják, hogy a kifejezés a onkogének lehet mélyebben szabályozni CNAS mint tumorszuppresszor gének.

A aCGH elemzés, a gyakori nyereség és amplifikáció detektálható gyomorrák mintákban. Megemlítjük, összhangban áll a korábbi tanulmány [20], [21], 20q volt a leggyakoribb hely erősítés kimutatott gyomorrák mintákban. Amplifikáció a 20q is beszámoltak számos más rákos megbetegedések, például emlőrák [22] és hasnyálmirigyrákban [23]. Vizsgálatunkban a magas szintű amplifikáció található 20q12-q13.3 gyomorrákban. Több gén is található ezen a locus, mint a AIB1 katalógusa és BCAS1 katalógusa. AIB1 katalógusa (20q12), egy szteroid receptor koaktivátor talált első amplifikáltuk emlő- és petefészekrák, részt vesz a gyomor rákos sejtek szaporodását kölcsönhatás révén a nukleáris receptorok [24]. BCAS1 katalógusa (20q13.2), emlőkarcinóma amplifikált szekvencia 1, felerősödik a különböző daganattípusok, és a kapcsolódó agresszív tumor fenotípusokat. Up-szabályozott expressziójának BCAS1 katalógusa jelentős mértékben összefügg a magas szintű erősítés a 20q13 az adenokarcinóma gastrooesophagealis átmenet [25]. 8q volt a második leggyakoribb helyén a nyereség, mint volt kimutatható 26.39% a minták. Amplification at 8q azonosították számos rák, mint például a mellrák és hasnyálmirigyrák [23], [26]. Vizsgálatunkban a magas szintű amplifikáció található 8q24.1-q24.2 gyomorrákban. Számos gén található ez a lókusz. MYC katalógusa a legjellemzőbb egy. Ez az egyik leginkább tanulmányozott onkogének, amely hozzájárul a rosszindulatúság sok különböző agresszív és differenciálatlan humán rákok [27]. A patológiai hatását MYC
már tulajdonítható, hogy azt a képességét, hogy ellenőrizzék multiplecellular folyamatok, mint például a sejtek növekedésében, differenciálódásában, az apoptózis, a DNS-károsodás válasz, genomiális instabilitás, angiogenezis, és a tumor invazív [28].

a másik fontos magas szintű erősítés találtak 17q12-q21. A képviselő található gének ebben lókusz ERBB2 katalógusa. Túlexpressziója és /vagy amplifikációja volt megfigyelhető sokféle daganat, például gyomorrák [29], [30], [31]. Összefüggés a ERBB2 katalógusa amplifikációját és túlzott jegyezni összehasonlítjuk aCGH és kifejezése array adatokat a gyomorrák adatállomány (ábra S12). Túlexpressziója és amplifikációt azonosítottak csak egy kis számú (-6 72) a gyomorrák mintákban. Ez megmagyarázhatja, miért ERBB2 nem választották ki a korrelációs jelölt onkogén listán, mert ez nem felelt meg a kritériumoknak, mint az egyik differenciáltan expresszálódó gének. Mindazonáltal, az eredmény egyértelműen mutatja, hogy amplifikációja 17q12-q21 képviselhet kulcsmechanizmusnak magas szintű ERBB2 expresszió egy részhalmaza az emberi gyomorrák mintákban. Gyomorrákos betegek 17q12-q21 erősítés részesülhetnek kezelés Herceptin, egy humanizált antitest, amelynek célja a cél, és blokkolja a funkcióját ERBB2. Katalógusa

Összhangban a tanulmány GORRINGE KL, et al
, amplifikálásokban a 6p21 és 5p13 is azonosítottak a tömbben CGH eredmények [7]. Ez érdekes megjegyezni, hogy aránytalanul nagyobb számban magas szintű amplifikációt és homozigóta deléciók azonosítottak gyomor rákos sejtvonalakban képest szöveti mintákat. A megfigyelés arra utal, hogy ezek kiegészíti vagy törlések nyújthat növekedés előnyeit alatt in vitro katalógusa sejttenyészetben, ezért feldúsulnak sejtvonalak. Az eredmények kiemelik a ezeket a magas szintű amplifikációs és homozigóta deléció a sejtproliferáció vagy a túlélést. A sejtvonalak ezekkel kiegészíti vagy törlések kiváló források segítségével tovább tanulmányozza a funkcionális szerepe a gének ezekben a régiókban során gyomorrák fejlődését. Katalógusa

Korábbi tanulmányok betekintést nyújtott a fontosságát sajátos kópiaszámától a fejlesztése epiteliális tumorok, azt mutatja, hogy ezek a változtatások vezethet megváltozott expressziója kritikus onkogének vagy tumorszupresszorok [21], [31], [32]. A tanulmány tehát megerősíti a korábbi jelentések, és bizonyítja, hogy elősegítse a CNA egy fontos tényező a szabályozó rendellenes felfelé vagy lefelé ilyen gének expressziójának alatt gyomorrák kialakulásában. Azonban a legtöbb azonosított gének a mi tanulmány még valószínűleg kisérő gént, amelynek expressziója nagymértékben gén-dózis-függő, és csak korlátozott mértékben funkcionális szerepek alatt tumorigenezis. Mivel ezek a CNV nem véletlenszerű, és a fő következménye CNV tumorokban sejtekben valószínűleg a de-szabályozását gének expressziójának fontos tumorigenezis, vezető onkogének és tumorszuppresszor gének valószínűleg tartalmazza a nagyszámú gének már azonosított. Nyilvánvaló, hogy további funkcionális elemzés szükséges azonosítani ezeket a vezető onkogének és tumor szupresszor gén körében genelist. E cél elérése érdekében, az egyik lehet alkalmazni a siRNS alapú képernyő, hogy elhallgattassa a kifejezés a jelölt onkogének gyomorrákban sejtvonalak. Hasonló vizsgálatokat végeztek, melyek során a mellrák sejtvonalakban. Az ilyen funkcionális képernyők bizonyulnak kritikus, hogy szűkítse a valódi vezető onkogének. Például Thollet A és munkatársai kimutatták, hogy katalógusa siRNS-közvetített elhallgattatása ZNF217 kifejezés MCF7 mellrák sejtek csökkenését eredményezték sejtek szaporodását és fokozott érzékenység paclitaxel [33]. Katalógusa

Összességében, a tanulmányok listáját jelölt gének, amelyeket meg kell vizsgálni a további funkcionális. Mindazonáltal a genelist már rendelkezik néhány érdekes gének jelölt onkogének akinek onkogén potenciállal kimutatták más daganat típusok. A gének tartalmazzák NOTCH1 katalógusa [34], [35], [36], BMI1 katalógusa [37], [38], [39], [40], [41], EFNA1 katalógusa [42], [43], NCOA2 katalógusa [44], BYSL katalógusa [45], [46], és RAD21 katalógusa [47 ]. Például Notch1, tagja a Notch család receptor is jelezték egy onkogént többféle tumortípusban. Magas expressziója NOTCH1
észleltek humán emlőrák és a kolorektális rák, melyek mindegyike korrelál rossz kimenetellel a rákos betegek [34]. Az aktivált NOTCH1 katalógusa indukált tüdő adenomák egerekben és együttműködött Myc a generációs tüdő adenocarcinoma [35]. A legújabb vizsgálatok azt mutatták, hogy a Notch1 receptor intracelluláris domén (N1IC), az aktivált formáját Notch1 receptor, járt gyomorrákos progresszió keresztül a ciklooxigenáz-2 [36]. Ezért Notch jeladó út lehet egy új cél kezelésére gyomorrák. Egy második példa, Bmi1. BMI1 katalógusa, B-sejt-specifikus Moloney rágcsáló leukémia vírus inszerciós 1, tagja egy Polycomb csoport transzkripciós represszorok és eredetileg azonosították egy onkogént társított c-myc a fejlesztés a rágcsáló limfóma [ ,,,0],37]. További munka során kiderült, hogy BMI1 már összefügg a tumor kialakulásában és progressziójában. Például BMI1 egyedül kimutatták, hogy indukálja a malignus transzformáció a HaCaT sejtek [38]. Up-regulációját BMI1 elősegítheti a sejtproliferációt, és megakadályozzák az apoptózist [39]. Sőt, BMI1 kapcsolódik proliferációt, a túlélést, és rossz prognózissal hasnyálmirigyrák [40]. A közelmúltban, magas expresszióját BMI1 volt megfigyelhető mind a gyomorrák sejtvonalakat és gyomor daganatok. Overexpressziója BMI1 kiderült, hogy korrelál a fejlett klinikai stádiumban, és a nyirokcsomó-metasztázist gyomorrákos betegek [41].

• PLoS One: Kockázatértékelés Gyomorrák helicobacter pylori által okozott használata CagA Sequence Markers
• PLoS One: E-Cadherint destabilizációja számlák a patogenitását missense mutáció örökletes diffúz Gyomor Cancer