Achtergrond
De epidermale groeifactorreceptor (EGFR) gen speelt een belangrijke rol bij tumor overleving, invasie, angiogenese en metastatische verspreiding. Recente studies toonden aan dat maagkanker (GC) werd geassocieerd met polymorfismen van het EGFR-gen en omgevingsinvloeden, zoals leefstijl factoren. In deze studie, zeven bekende SNPs in EGFR exons werden onderzocht in een hoog-risico Chinese bevolking in de provincie Jiangsu om te testen of genetische varianten van EGFR exons en lifestyle zijn geassocieerd met een verhoogd risico op GC.
A-ziekenhuis op basis van case-control studie werd uitgevoerd in de provincie Jiangsu. De resultaten toonden aan dat roken, drinken en voorkeur voor hartige gerechten waren significant geassocieerd met het risico van GC. De verschillen van de levensstijl tussen mannetjes en vrouwtjes wellicht als gevolg van hogere incidentie bij mannen dan bij vrouwen. Zeven exon SNPs werd het genotype rs2227983, rs2072454, rs17337023, rs1050171, rs1140475, rs2293347 en rs28384375. Opgemerkt werd dat het variante allel rs2072454 T en TT-genotype waren significant geassocieerd met een verhoogd risico op GC. Interessant is dat ons resultaat stelde de ACAGCA haplotype kan worden geassocieerd met een verminderde risico van GC. Er werd echter geen significant verband onderzocht tussen de overige zes SNPs en het risico van GC zowel in de totale bevolking en leeftijd-overeenkomende populatie zelfs met genderverschillen.
roken, drinken en voorkeur voor hartige gerechten waren significant geassocieerd met het risico van GC in de provincie Jiangsu met genderverschillen. Hoewel slechts één SNP (rs2072454) geassocieerd is met een verhoogd risico op GC, gecombineerde zes EGFR exon SNPs samen nuttig zijn voor het voorspellen van het risico van GC
Citation:. Zhang J, Z Zhan, Wu J , Zhang C, Yang Y, Tong S, et al. (2013) Vereniging onder Polymorfismen in EGFR Gene Exon, Lifestyle en risico van maagkanker met genderverschillen in de Chinese Han onderwerpen. PLoS ONE 8 (3): e59254. doi: 10.1371 /journal.pone.0059254
Editor: Eithne Costello, The Liverpool Cancer Research UK Centre, Verenigd Koninkrijk
Ontvangen: 19 september 2012; Geaccepteerd: 13 februari 2013; Gepubliceerd: 29 maart 2013
Copyright: © 2013 Zhang et al. Dit is een open-access artikel gedistribueerd onder de voorwaarden van de Creative Commons Attribution License, die onbeperkt gebruik, distributie en reproductie maakt in elk medium, op voorwaarde dat de oorspronkelijke auteur en de bron worden gecrediteerd
Financiering:. Deze studie werd ondersteund door Priority Academische Programma Ontwikkeling van Jiangsu instellingen voor hoger onderwijs (PAPD), Jiangsu Natural Science Foundation (BK2008461), National Natural Science Foundation of China (30973715 en 81001502), Fonds voor onderzoek de Doctoral Programma van Hoger Onderwijs van China (20103237110011) , Young Leraren in Nanjing University of Traditional Chinese Medicine. De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript
Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan
Introductie
Hoewel zowel de incidentie en mortaliteit van maagkanker (GC) in de afgelopen jaren zijn afgenomen, GC was de vierde meest voorkomende maligniteit in de wereld in 2008, met ongeveer 989.600 nieuwe gevallen. Mannen over het algemeen de ontwikkeling van GC twee keer zo vaak als vrouwen en ongeveer 72% van de nieuwe gevallen doen zich voor in ontwikkelingslanden. In het algemeen, de hoogste incidentie in Azië, met name in Aziatische landen zoals Korea, Japan en China [1].
inderdaad bijna 40% van alle gevallen GC optreden in China, en er een opmerkelijke geografische variatie in GC tarieven in heel China [2]. Meer dan tweederde van de patiënten met GC in China inoperabele ziekte en een mediane overleving van zes tot negen maanden. Bovendien kan bij patiënten met resectable tumoren, de lokale en verre recidief prijzen zijn hoog, en de 5-jaarsoverleving is minder dan 30% [3]. Zon et al. thans wordt algemeen aanvaard dat de pathogenese van GC omvat een multifactoriële interactie tussen milieu-triggers en genetische aanleg. Epidemiologische studies hebben vastgesteld leeftijd, geslacht verschillen en een aantal factoren die kunnen bijdragen aan de ontwikkeling van GC, waaronder een zout dieet, roken, alcohol en Helicobacter pylori-infectie De epidermale groeifactorreceptor (EGFR) gen geïdentificeerd ligt op korte arm van menselijk chromosoom 7 en vormt een glycoproteïne met een molecuulgewicht van 170 kDa dat een hoge affiniteit voor zijn liganden, zoals epidermale groeifactor (EGF) heeft en transformerende groeifactor alfa (TGF-α). EGFR participeert in verschillende tumorigene essentiële mechanismen, zoals tumor overleving, invasie, angiogenese en metastatische verspreiding. EGFR-expressie is waargenomen in verschillende humane tumoren en verscheidene studies aangetoond dat overexpressie van EGFR correleert met een slechte prognose [11]. In GC, EGFR overexpressie correleert met geavanceerde tumor stadium en een slechte klinische uitkomst [12]. Echter, de rollen die EGFR overexpressie en genetische veranderingen spelen in de maag carcinogenese blijven onduidelijk. Bovendien zijn slechts een paar single nucleotide polymorphisms (SNPs) zijn gevonden te associëren met GC de ontwikkeling en de resultaten [11], [13]. In deze studie hebben we de hypothese dat de milieu-risico's en genderverschillen fungeren als effect modifiers op een achtergrond van genetische variatie in EGFR exons die EGFR functie kan beïnvloeden, waardoor GC gevoeligheid vormgeven. Om deze hypothese te testen, werd een ziekenhuis op basis van onderzoek uitgevoerd waarbij 387 GC gevallen en 392 vrij van kanker controles in een hoog-risico-Chinese bevolking werd het genotype zeven bekende SNPs in EGFR exons, namelijk rs2227983 A > G, rs2072454 C > T, rs17337023 A > T, rs1050171 G > A, rs1140475 C > T, rs2293347 G > A, en rs28384375 T >. C Materialen en methoden Aanwerving van Cases and control deelnemers In eerste instantie 401GC gevallen en 420 controles werden geïdentificeerd; 3 gevallen van kanker ontbreken van de vragenlijsten evenals 11 tumoren anders dan adenocarcinoom werden uitgesloten; 18 controles werden uitgesloten door overmatig serum kanker-gerelateerde biomarkers en 10 controles werden uitgesloten geografische afwijking. Kortom, een totale bevolking van 387 gevallen en 392 controles waren beschikbaar voor de huidige studie op basis van de potentiële macht analyseert, het is jammer dat de controles waren ongeveer 10 jaar jonger dan de gevallen, aldus een leeftijd-matching bevolking met 294 gevallen en 294 controles werd geëxtraheerd uit de totale populatie voor de verzameling van oud-matching. Alle proefpersonen waren genetisch niet-verwante etnische Han-Chinezen. De patiënten met primaire GC werden gerekruteerd uit de afdeling Chirurgische Gastro-enterologie in de Jiangsu Provence Hospital van de Traditionele Chinese Geneeskunde (TCG) tussen januari 2008 en juli 2010 in Nanjing stad, de provincie Jiangsu. De kanker-free gezonde controles werden achtereenvolgens gerekruteerd uit Jiangsu ziekenhuis van TCM, en ze waren het ziekenhuis voor de bezoekers voor een jaarlijkse check-up in dezelfde periode. Om te worden opgenomen in de studie, de patiënten (a) mannen of vrouwen meer dan 20 jaar oud, maar onder de 80 jaar oud, (b) had van Han Chinese afkomst (zelf-gerapporteerde) te zijn, (c) kwamen uit drie regio's van Jiangsu provincie en moest een buurtbewoner ten minste 5 jaar, (d) moest nieuw histopathologisch gediagnosticeerde primaire GC, (e) moest kwaadaardige tumoren in andere organen ontbreken, en (f) geen antitumorale therapie voor aanwervingen , waaronder chemotherapie en radiotherapie. Getrainde interviewers gebruik gemaakt van een vooraf geteste vragenlijst om epidemiologische gegevens van de deelnemers te verzamelen, te weten demografische factoren zoals leeftijd en geslacht, en bekende risicofactoren voor GC (zoals tabak roken, alcoholgebruik, en een familiegeschiedenis van spijsverteringskanaal kanker) . Personen die één of meerdere keren per dag gerookt gedurende een jaar werden gedefinieerd als rokers en die verbruikt drie of meer alcoholische dranken per week gedurende meer dan 6 maanden werden als chronische drinkers [14], [15]. Na ondertekening toestemmingsformulieren, elk onderwerp geschonken 3-5 ml perifeer bloed worden gebruikt voor genomisch DNA extractie. Het onderzoeksprotocol werd goedgekeurd door de institutionele review board van Jiangsu Provence ziekenhuis van TCM. Een commerciële bloed DNA-extractie kit (AxyPrep-96 kit, Axygen, CA, USA) werd gebruikt om genomisch DNA uit bloedmonsters extraheren. De gezuiverde DNA's werden bewaard bij -20 ° C totdat ze werden gebruikt voor het testen genotype. De kwaliteit van DNA werd bepaald door agarosegelelektroforese. polymerasekettingreactie-ligatie detectie (PCR-LDR) methoden werden gebruikt voor genotypering [16]. Primers werden gesynthetiseerd door Shanghai Sangon bio-engineering Technology and Services (No.698, Xiangmin Rd, Songjiang District, Shanghai, China). Elke set van ligase detectie reactie probes bestaat één gemeenschappelijk probe en twee discrimineren probes voor de twee soorten (tabel S1). Het doelwit DNA-sequenties werden versterkt met behulp van een multiplex PCR-methode. PCRs voor elke patiënt werden uitgevoerd in een eindvolume van 20 ul bevattende 1 x PCR buffer, gedragen 3,0 mmol /l MgClz 2, 2,0 mmol /l deoxynucleotide trifosfaten, 1 ui primers, 0,2 gl QIAGEN HotStarTaq Polymerase (QIAGEN, China ), 4 pi 1 x Q-oplossing en 10-20 ng genomisch DNA. Thermische cycli werden uitgevoerd gedurende vijf SNPs (rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs2293347 en rs2072454) in de Gene Amp PCR systeem 9600 (PerkinElmer) met een initiële denaturatie gedurende 15 minuten bij 95 ° C, gevolgd door 35 cycli van denaturatie bij 94 ° C voor 30 s, hybridisatie bij 59 ° C gedurende 1 minuut en verlenging bij 72 ° C gedurende 1 minuut, gevolgd door een laatste verlenging bij 72 ° C gedurende 7 min. Het protocol voor rs28384375 amplificatie bestond uit een initiële denaturatie gedurende 15 minuten bij 95 ° C, gevolgd door 35 cycli van denaturatie bij 94 ° C gedurende 30 seconden, hybridisatie bij 56 ° C gedurende 1 minuut en verlenging bij 72 ° C gedurende 1 min gevolgd door een laatste verlenging bij 72 ° C gedurende 7 min. Het protocol voor rs1050171 bestond uit een initiële denaturatie gedurende 15 minuten bij 95 ° C, gevolgd door 35 cycli van denaturatie bij 94 ° C gedurende 30 seconden, hybridisatie bij 53 ° C gedurende 1 minuut en verlenging bij 72 ° C gedurende 1 min, gevolgd door een laatste verlenging bij 72 ° C gedurende 7 min. De ligatiereactie per vak werd uitgevoerd in een eindvolume van 10 ul bevattende 1 x NEB Taq DNA-ligase buffer, 12,5 pmol van elke probe-mengsel , 0,05 pi Taq DNA-ligase [NEB Biotechnologie (Beijing)], en 1 gl van multi-PCR product. De probe sequenties zijn getoond in Tabel S2. In totaal werden 35 cycli bestaande uit 95 ° C gedurende 2 min, 94 ° C gedurende 30 s en 60 ° C gedurende 2 minuten uitgevoerd. De fluorescerende producten van het ligase detectie reacties werden onderscheiden door een ABI 377 sequencer (figuur S1). Om de nauwkeurigheid van de PCR-genotypering LDR bevestigen, directe DNA-sequentiebepaling van willekeurig geselecteerde PCR-producten werd uitgevoerd. Het aandeel van de sequentiebepaling monsters bedroeg ongeveer 5%. De PCR-LDR genotypering resultaten toonden volledige overeenstemming met de directe DNA sequencing resultaten. Alle statistische analyses werden uitgevoerd met behulp van SPSS-software versie 16.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, VERENIGDE STATEN VAN AMERIKA). De waargenomen genotype frequenties te vergelijken in de controlegroep met de verwachte frequenties, het Hardy-Weinberg-evenwicht (HWE) werd getest door een goodness-of-fit χ 2-proef. Cases en controles werden vergeleken in termen van demografische kenmerken, leefstijlfactoren en de allel frequenties van elke SNP met de χ 2 Resultaten Kenmerken van de proefpersonen De kenmerken van deze proefpersonen waren consistent met eerder beschreven [17], [18]. In deze paper, de totale bevolking met 387 gevallen en 392 controles en een leeftijd-matching bevolking met 294 gevallen en 294 controles werden opgenomen in de huidige analyses. Geslacht, leeftijd en geografische regio spreiding van proefpersonen worden getoond in Tabel 1. Om de verschillen in GC incidentie tussen mannen en vrouwen te onderzoeken, werden de verdelingen van geselecteerde lifestyle variabelen geanalyseerd genderverschillen. De resultaten toonden aan dat zes leefstijlfactoren (dwz regelmatig innemen maaltijden, voorkeur voor zoute voedsel, het eten tijd, rookstatus, drinken status en ontbijten) significant gecorreleerd met het risico van GC en hun effecten kunnen worden gemodificeerd naar geslacht en leeftijd. Vier leefstijlfactoren, dat wil zeggen, voorkeur voor hartige gerechten, het eten tijd, roken status en het drinken van de status, waren significant verschillend tussen mannen en vrouwen ( P Restaurant < 0,05) (tabel 2). Er werd opgemerkt dat de percentages van de mannetjes dragen ongezonde voedingsgewoonten, zoals voorkeur voor hartige gerechten, korte eten tijd, roken en drinken, waren aanzienlijk hoger dan die van de vrouwtjes ( P Restaurant < 0,05), daarvan die als gevolg van hogere incidentie bij mannen dan bij vrouwen. In de totale bevolking, regelmatig nemen van maaltijden en het eten van het ontbijt verminderde het risico van vrouwelijke GC, terwijl het drinken het risico van mannelijke GC (tabel 3) kunnen verhogen. Bovendien zijn zowel zoute voorkeur voor voedsel en roken verhoogd risico van mannelijke en vrouwelijke GC ( P genotypering Distributie en Risico van GC In de huidige studie, alleen de T-allel van de missense locus rs28384375 werd ontdekt. Wat de overige zes SNPs, de waargenomen genotype frequenties in de controles waren HWE. Aangezien geen statistische significantie werd verloren, alleen de gecorrigeerde statistische resultaten worden getoond in de tabellen. In de totale populatie, het verband tussen de verdeling van EGFR gen allelen genotypes en het risico van GC werd aangetoond in Tabel 5. Alleen een klein verschil waargenomen wat betreft de allelische verdeling van rs2072454 ( χ 2 In leeftijd-overeenkomende populatie, het verband tussen de verdeling van EGFR gen allelen haplotypen en het risico van GC werd aangetoond in Tabel 6 werd een significant verschil waargenomen wat betreft de allelische verdeling ( χ 2 omgevingsinvloeden te sluiten, onderzochten we het verband tussen de mogelijke drie-GC gerelateerde SNPs en het risico van GC in de leeftijd-overeenkomende populatie dragende gezondheidslevensstijl (Tabel 7). Een duidelijk verschil is in termen van het genotype verdeling van rs2072454 onderzocht ( χ 2 Exons niet alleen coderen voor de aminozuursequentie van het eiwit, maar ook sequenties die translatie of mRNA degradatie [19] beïnvloeden bevatten. De loci werden gecombineerd en onderworpen aan haplotype inferentieanalyse met het programma PHASE 2,0. Er waren vier mogelijke haplotypen in de totale populatie en drie mogelijke haplotypen in de leeftijd-overeenkomende populatie, met een frequentie van > 4% (Tabel 8, Tabel 9). Vergeleken met de GTTGCG haplotype analyses logistische regressie bleek dat de ACAGCG haplotype geassocieerd met een significant verminderd risico van GC (OR = 0,67, 95% CI = 0,49-0,92, P Discussie Hoewel een groot aantal nieuwe GC gevallen over de hele wereld werden gezien in de laatste decennia, de exacte mechanismen van de maag carcinogenese zijn nog niet volledig begrepen. Vergelijkbaar met eerder onderzoek [20], [21], onze resultaten bleek dat de mannen hebben over het algemeen tweemaal ontwikkelen GC zo vaak als vrouwen in China. Er werd gesuggereerd door Michael et al. Resent onderzoeken gesuggereerd dat een hoge inname van zout (natrium) het risico van GC [21], [kunnen verhogen ,,,0],24] - [26]. Het werd ook aangetoond door onze waarneming dat de GC-patiënten in de provincie Jiangsu waren voorkeur voor zoute voedingsmiddelen, zoals gezouten vlees, ingemaakte groenten en gebeitst groentesap, wat kan worden besmet door N-nitrosoverbindingen. De N-nitrosoverbindingen waren de meest frequent voorgesteld in verband met het verhoogde risico van bovenste gastro-intestinale kankers [27]. Drinken en roken, nog twee dominante risicofactoren voor GC ter wereld [28], werden onderzocht in deze studie. We vonden een significant verband tussen drinken en GC risico's in de provincie Jiangsu. Het bewijs van een laboratorium onderzoek dat roken de apoptose in de rat maagslijmvlies kunnen toenemen met een toename van XO activiteit [29] en alcohol kunnen ook invloed uitoefenen op zuursecretie, maaglediging en bepaalde zure ziekten, zoals gastritis gepaard met beschadiging van het maagslijmvlies, en de volgende ontstekingsreactie op hun beurt bevorderen maag proliferatie en differentiatie [30] cellen. Daarbij kan het N-nitrosoverbindingen en mycotoxinen van enkele hartige gerechten induceren genmutaties [31], [32], waardoor voorkeur voor zoute voedsel kan de oorspronkelijke risico GC zijn. En bewijs wees op een associatie met routes die betrokken zijn bij ontwikkelingsprocessen [33]. Sleutelmoleculen deze routes waren de receptor tyrosine kinases die bleken afwijkend worden geactiveerd of overexpressie in een verscheidenheid van tumoren en vertegenwoordigen dus veelbelovende doelen voor therapeutische interventie [13]. EGFR is een van de belangrijkste moleculen en vele feiten suggereren dat sterk invasieve GC geassocieerd met afwijkende activering of overactivering van EGFR vanwege genamplificatie of structurele veranderingen [13]. Zeer recent werd een case-control studie van 61 gevallen en 20 controles in de provincie Henan, gelegen in het midden van China, toonde aan dat de EGFR rs28384375 C /T polymorfisme het ontstaan en de ontwikkeling van GC [34] kunnen bevorderen. Bovendien, een andere case-control studie van 138 gevallen en 170 controles in de provincie Jiangxi, gelegen in het zuidoosten van China, bleek dat de EGFR rs763317 G /A polymorfisme kan associëren met een verhoogd risico op GC [35]. EGFR is een groeifactor receptor tyrosine kinase en aangesloten receptor tyrosine kinase superfamilie, waarvan de leden worden gekenmerkt door een extracellulair domein (wanneer ligandbinding liganden plaatsvindt), een korte lipofiel transmembraandomein en een intracellulair domein dat de tyrosine kinase herbergt activiteit [36]. EGFR kan worden geactiveerd door liganden zoals EGF en TGF-α en speelt een centrale rol in de ontwikkeling, proliferatie en differentiatie. De activering van EGFR kan bijdragen aan de transformatie van cellulaire fenotypes en bieden tumorcellen met aanzienlijke groei en overleving voordelen [37]. Veel menselijke tumoren vertonen EGFR overexpressie, die is gecorreleerd met een vergevorderd tumor stadium of een slechte klinische uitkomst, zoals niet-kleincellige longkanker [38], colorectale kanker [39], borstkanker [40], hoofd- en nekkanker [ ,,,0],41], blaaskanker [42] en GC [43]. momenteel is er toenemende belangstelling voor SNP mutaties in EGFR, aangezien zij van invloed kunnen de werkzaamheid van EGFR tyrosine kinase inhibitor (TKI) behandeling op verschillende kanker [44], colorectale kanker [39], niet-kleincellig longcarcinoom [45], GC [46] - [49]. Het is bekend dat exons niet alleen de aminozuursequentie van het eiwit coderen, maar ook sequenties die translatie of mRNA degradatie [19] beïnvloeden bevatten. Zo zou EGFR exon SNPs invloed EGFR genexpressie en /of eiwitactiviteit en daardoor de affiniteit van EGFR veranderen niet alleen voor de liganden, maar ook voor antikankermiddelen dat dit eiwit gericht. Inderdaad, Puyo et al., Vond dat mutaties in exons 18-21 van EGFR verbeteren van de activiteit van TKI's, terwijl het schrappen van exonen 2-7 wordt geassocieerd met glioblastoma oncogenese [49]. Bovendien twee klinische studies toonden aan dat SNPs in EGFR exonen 18, 19, 21 en 25 beïnvloeden de klinische werkzaamheid van gefitinib en kunnen potentiële biomarkers voor het voorspellen van de klinische resultaten van gefitinib behandelde patiënten met gevorderde niet-kleincellige longkanker (NSCLC) [50], [51]. in deze studie, de zes exons SNPs in EGFR waren enigszins geassocieerd met het risico van GC zowel in de totale bevolking en leeftijd-overeenkomende populatie zelfs geslacht verschillen. Opgemerkt werd dat de SNP rs2072454 geassocieerd is met het risico GC. Vooral de variante allel rs2072454 T en TT genotype geassocieerd met een verhoogd risico op GC. Echter, de rs2227983, rs17337023, rs1050171 en rs1140475 SNPs geen verband met GC risico. Wat de missense rs28384375 locus, werd alleen het T allel gedetecteerd in patiënten en controles. Veel rapporten gesuggereerd dat een aantal EGFR SNPs, waaronder rs2227983 (ook wel aangeduid als Arg521Lys of R497K) [39], [52], [53], rs1050171 (ook wel aangeduid als Q787Q) [54], [55] en rs2293347 (C2982T) [ ,,,0],56], waren waarschijnlijk biologisch gedrag van tumoren (zoals tumorgroei, invasie, metastase, en progressie) dan gevoeligheid definiëren kankerontwikkeling beïnvloeden. Omdat EGFR, een belangrijke mediator van angiogenese, kan het doelwit genen zoals VEGF, die rechtstreeks tumor biologisch gedrag kan beïnvloeden reguleren. Deze resultaten zou ook verklaren waarom EGFR SNPs als belangrijke determinanten van een respons op EGFR TKI-gebaseerde chemotherapie [11] kan dienen. Daarom kunnen deze genmutaties de complexiteit en schaamte voor GC behandeling en overleving [57] verlenen. Wanneer Puyo et al Een aantal beperkingen in de huidige studie moeten worden aangepakt:. 1) de steekproefgrootte kan niet groot genoeg om SNPs met lage frequentie variant, zoals rs28384375 detecteren zijn; 2) de polymorfismen die werden onderzocht in deze studie werden geselecteerd op basis van hun effecten op de EGFR-functie en kunnen niet een volledig overzicht van de genetische variabiliteit in EGFR exons; 3) gedetailleerde informatie over de GC gevallen werd niet verzameld, met inbegrip van de patiënt te overleven, of de tumoren waren de intestinale of diffuse type of er uitzaaiingen, en wat het effect van de therapie was. Tot slot, de deze studie suggereerde dat de verschillen in levensstijl tussen mannetjes en vrouwtjes wellicht als gevolg van hogere incidentie bij mannen dan bij vrouwen. Hoewel slechts één SNP (rs2072454) geassocieerd is met een verhoogd risico op GC, gecombineerde analyse van de andere zes EGFR exon SNPs samen bruikbaar voor het voorspellen van het risico van GC zijn. Verdere studies zijn gerechtvaardigd om deze vaststellingen te komen en om de onderliggende mechanismen te pakken. Dankwoord We erkennen Master Jingye Wang en Haixia Xu voor de hulp bij het DNA-isolatie.
[4] onderzocht de invloed van GC op de Chinese bevolking epidemiologische analyse van de sterfte distributie 1990-1992, de resultaten toonden aan dat GC was de belangrijkste oorzaak van kanker-gerelateerde sterfte in China .
[5] - [8] . Andere studies hebben gastheer factoren en genetische veranderingen die ook een belangrijke rol in de ontwikkeling en progressie van GC spelen via gen-omgevingsinteracties [9], [10].
Genomic DNA-isolatie van perifere bloedcellen
Genotypering
Statistische analyses
-test. Voor elk polymorfisme werden odds ratio's (OR) en 95% betrouwbaarheidsintervallen (CI) berekend op basis van conditionele logistische regressie modellen om de belangrijkste effect van elke polymorfisme schatten met GC terwijl u voor continue leeftijd, geslacht en leefstijlfactoren. Logistische regressie-analyse met behulp van de grote allel als referentie werden gebruikt om aangepast UR's te schatten, 95% CI en P
waarden. Echter, we vonden dat het geslacht en de leeftijd variabele niet in overeenstemming zijn met de aanname van de evenredigheid. Zo, geslacht stratificatie en leeftijd-matching werden gebruikt om de ultraperifere regio's en 95% CI's te meten. Voor lifestyle variabelen die belangrijke relaties met GC in analyses gecontroleerd voor het afstemmen van slechts factoren bleek, we nader onderzocht hun onafhankelijkheid in analyses gecorrigeerd voor bijkomende potentiële confounders (dat wil zeggen, roken, drinken, zout voedsel, het eten tijd en het eten van ontbijt) in de leeftijd-matching bevolking. En FASE softwarepakket versie 2.0 werd gebruikt voor haplotype frequenties op basis van de waargenomen EGFR genotypes afleiden. Alle P
waarden waren tweezijdig en een P
waarde. ≪ 0,05 werd beschouwd als statistisch significant
< 0,05). Vergelijkbare resultaten werden ook gevonden na de leeftijd-matching die regelmatig nemen van maaltijden verlaagde het risico van GC en de voorkeur voor zoute voeding en roken een verhoogd risico van zowel mannelijke als vrouwelijke GC ( P Restaurant < 0,05, tabel 4). Er waren echter twee uitzonderingen, die dronk verhoogde het risico van mannelijke GC ( P Restaurant < 0,05), maar niet vrouwelijk GC ( P Restaurant > 0,05) misschien te wijten aan de beperkte vrouwelijke bevolking, terwijl dagelijks eten ontbijt verminderde het risico van vrouwelijke GC ( P Restaurant < 0,05), maar niet mannelijk GC ( P Restaurant > 0,05). (Tabel 4)
= 3,844, P = 0,050
) en logistische regressie analyse toont dat de variant van het allel kan worden geassocieerd met GC risico (gecorrigeerde OR = 1,23, 95% CI = 1,00-1,50). Echter, geen significante verschillen tussen patiënten en controles op het gebied van allel distributie werden waargenomen met genderverschillen. De rs2293347 polymorfisme werd geassocieerd met mannelijke GC gevallen omdat 73,0% van GC gevallen droeg een G-allel, vergeleken met 29,5% van de gezondheid controles (gecorrigeerde OR = 6,45, 95% CI = 4,89-8,51, P Restaurant < 0,001 ), maar geen genotypen waren significant geassocieerd met het risico van GC. In tegendeel vrouwelijke bevolking zou de GA genotype het risico van vrouwelijke GC vanwege 34,5% GC gevallen met een GA genotype vergeleken met 38,9% van de gezondheidscontrole, maar geen significante verschillen tussen de verdeling van allel en genotype frequenties (afname P Restaurant > 0,05). Daarnaast werden geen significante verschillen onderzocht aan de andere vier SNP's ( P Restaurant > 0,05)., Dat wil zeggen rs2227983, rs17337023, rs1050171 en rs1140475 tussen de gevallen en controleert zelfs met genderverschillen
= 4,795, P =
0,029) en genotype distributie ( χ 2
= 6,668, P =
0,036) van rs2072454, anders dan de resultaten in tabel 5. Daarnaast analyses logistische regressie bleek dat de variant van rs2072454 T allel van het risico van GC zou kunnen verhogen (gecorrigeerde OR = 0,77, 95% CI = 0,61-0,97; P Restaurant < 0,05). Volgens het genotype distributie, werd een significant verschil ook waargenomen bij de mannelijke bevolking ( χ 2
= 7,914, P =
0,019) dan vrouwelijke bevolking ( χ 2
= 0,452, P =
0,798). Echter, er waren geen significante verschillen tussen patiënten en controles, zelfs met genderverschillen voor de resterende SNPs, namelijk rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs1050171 en rs2293347 ( P Restaurant > 0,05).
= 6,036, P =
0,049). Speciaal, analyses logistische regressie bleek dat de TT genotype aanzienlijk verhoogd het risico van GC in de populatie met dagelijkse eten ontbijt (gecorrigeerde OR = 1,92, 95% CI = 1,07-3,44, P Restaurant < 0,05).
< 0,05 gecorrigeerd voor leeftijd, geslacht en leefstijlfactoren) in de totale populatie (Tabel 8) in plaats van de leeftijd-matching bevolking (OR = 0,83, 95% CI = 0,58-1,19, P Restaurant > 0,05 gecorrigeerd voor leeftijd, geslacht en lifestyle factoren) (Tabel 9). De andere haplotypes werden geassocieerd met een significant verminderd risico van GC (gecorrigeerde OR = 0,69, 95% CI = 0,52-0,90 voor de totale bevolking; aangepast OR = 0,74, 95% CI = 0,56-0,99 voor de leeftijd-matching bevolking). In vergelijking met de ACAGCG haplotype, kon de ACAACG het risico van GC (OR = 0,61, 95% CI = 0,40-0,94 gecorrigeerd voor leeftijd, geslacht en lifestyle) in de totale bevolking te verminderen, maar de P
waarde deed statistische significantie niet bereiken door Bonferroni correctie (Tabel 8).
Dat veel van de wereldwijde variatie in incidentie van kanker is toegeschreven aan omgevingsinvloeden, waaronder voedingsgewoonten en ongezonde leefstijl [22]. In de huidige studie, dus we waren geïnteresseerd om te testen of een aantal ongezonde leefstijlfactoren het risico van GC met sekseverschillen in China zou kunnen toenemen. Zes leefstijlfactoren, waaronder het regelmatig innemen van maaltijden, voorkeur voor hartige gerechten, het eten tijd, rookgedrag, het drinken van de status, en het eten van het ontbijt, werden geïdentificeerd te beïnvloeden het risico van GC met genderverschillen, die consistent zijn met de eerdere studies in het oosten van China was [20], [23], [24]. Vooral voorkeur voor zout eten, drinken en roken waren de sterkste en meest consistente risicofactoren voor GC.
. [49] onderzocht de associatie tussen bepaalde EGFR functionele polymorfismen en antikanker drugactiviteit in 60 menselijke tumorcellijnen door de National Cancer Institute, de frequentie van de synonieme SNP rs28384375 (ook aangeduid als Val592Ala) lijnen was 0,5, terwijl de heterozygote frequentie van de -216G > T SNP (ook wel aangeduid als rs287129) was 0,346. De cellijnen die heterozygoot en homozygoot voor de variant -216 G >waren; T SNP vertoonden significant hogere expressie van de EGFR dan de homozygoot wild-type lijnen. Bovendien, vergeleken met cellijnen zonder variante allel, de cellijnen met ten minste één variant T allel op de -216 G > T SNP waren gevoeliger voor erlotinib en minder gevoelig voor geldanamycine, topoisomerase I en II inhibitoren en alkyleringsmiddelen. Interessant is dat onze resultaten bleek dat de GTTGCG haplotype was meer voor in GC gevallen dan in kanker-vrije controles, en dat de ACAGCG haplotypen geassocieerd met een significant verminderd risico van GC (gecorrigeerde OR = 0,67, 95% CI = 0,49-0,92 voor ACAGCG, aangepaste OR = 0,69, 95% CI = 0,52-0,90 voor anderen) in de totale populatie (Tabel 8). Echter, in de leeftijd-overeenkomende populatie werd geen significant verband onderzocht tussen ACAGCA haplotype en het risico van GC (gecorrigeerde OR = 0,83, 95% CI = 0,58-1,19) (tabel 9). Zo zou de T allelen van rs2072454 en rs17337023, vooral de eerstgenoemde, worden geassocieerd met het risico van GC. Daarom kan gecombineerde analyse van de zes SNPs, in het bijzonder de T-allelen van rs2072454 en rs17337023, nuttig voor het voorspellen van het risico van GC zijn
Ondersteunende informatie
Figuur S1.
De fluorescerende producten van LDR werden onderscheiden door ABI sequencer 377 voor de zeven SNPs in EGFR exons. In totaal werden meer dan 90% van de producten met succes onderscheiden door ABI sequencer 377.
doi: 10.1371 /journal.pone.0059254.s001
(TIF)
Tabel S1. Ondernemingen De PCR-primersequenties voor de zeven loci in het EGFR-gen. De primers werden ontworpen door Primer Premier 6 software en gesynthetiseerd door Shanghai Sangon bio-engineering Technology and Services
doi:. 10.1371 /journal.pone.0059254.s002
(DOC)
tabel S2.
Probe sequenties van de zeven SNPs in EGFR-gen. De primers werden gesynthetiseerd door Shanghai Sangon bio-engineering Technology and Services
doi:. 10.1371 /journal.pone.0059254.s003
(DOC)
Probiotica kunnen therapeutische voordelen bieden voor biopolaire patiënten
Wat is een ERCP?
Mensen met IBS-symptomen die waarschijnlijk een laag vitamine D-gehalte hebben,
Goed nieuws voor IBS-patiënten, aangezien onderzoekers "darm jeuk" identificeren
Alcohol beschadigt het microbioom in de mond
PENTAX Medical haalt $ 125 op,
Nieuwe superactiverende macrofaagreceptor zou hyperontsteking bij ernstige COVID-19 kunnen verklaren
Immuniteit is een merkwaardig iets. Hoewel essentieel bij het beschermen van het lichaam tegen binnendringende pathogenen en vreemde antigenen, het kan zich ook tegen het lichaam keren en destructieve
Bepaalde bacteriesoorten kunnen het hiv-risico bij vrouwen verhogen,
vindt nieuwe studie Een recente studie gepubliceerd in de The Lancet Infectieziekten, beschrijft zeven soorten vaginale bacteriën die het risico op hiv-infectie bij vrouwen aanzienlijk kunnen verho
Toenemende risico's voor biologische verdediging van synthetische biologie
Een onderzoek in opdracht van het Amerikaanse ministerie van Defensie heeft uitgewezen dat er verschillende genetische manipulatietools zijn die kunnen worden gebruikt om in korte tijd biologische wap