Абстрактный
Фон
<р> рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) гена играет ключевую роль в выживании опухоли, инвазии, ангиогенеза и метастазирования. Недавние исследования показали, что рак желудка (GC) был связан с полиморфизмом гена EGFR и воздействий окружающей среды, таких как факторы образа жизни. В этом исследовании, семь известных полиморфизмов в EGFR экзонов были исследованы в высокой степени риска населения Китая в провинции Цзянсу, чтобы проверить, является ли генетические варианты EGFR экзонов и образ жизни связаны с повышенным риском развития ГХ.
Финансирование:. Это исследование была поддержана Priority академической программы развития Цзянсу высших учебных заведений (PAPD), Цзянсу фонд естественных наук (BK2008461), Национальный фонд естественных наук Китая (30973715 и 81001502), Научно-исследовательский фонд докторской программы высшего образования Китая (20103237110011) , молодых учителей в Нанкинский университет традиционной китайской медицины. Доноры не играет никакой роли в дизайн исследования, сбора и анализа данных, решение о публикации или подготовки рукописи
<р> Конкурирующие интересы:.. Авторы заявили, что не существует никаких конкурирующих интересов
Введение Материалы и методы Набор случаях и участников управления Первоначально случаи 401GC и 420 управления были определены; были исключены 3 случая рака отсутствие вопросников, а также 11 опухолей, отличных от аденокарциномы; 18 управления были исключены, связанных с раком биомаркеров неумеренное сыворотки и 10 контрольных были исключены по географическому отклонения. В целом, общая численность населения с 387 случаев и 392 контролей были доступны для текущего исследования на основе предполагаемой мощности анализа, то жаль, что контроль было около 10 лет моложе тех случаях, таким образом, возрастная соответствие населения с 294 случаев и 294 контроль был извлечен из общей численности населения для сопоставления возрастной соответствия. Все предметы были генетически связаны этнические ханьцы. У больных с первичной GC были набраны из кафедры хирургической гастроэнтерологии в Провансе больнице Цзянсу традиционной китайской медицины (ТКМ) в период с января 2008 по июль 2010 года в городе Нанкин, провинция Цзянсу. Раковые свободных здоровых лиц были последовательно набраны из Цзянсу больницы ТКМ, и они были гости больницы для ежегодного обследования в течение того же периода. Для того, чтобы быть включены в исследование, пациенты (а) мужчины или женщины старше 20 лет, но в возрасте до 80 лет, (б) должно было быть Хань китайского происхождения (самооценка), (с) происходил из трех регионов Цзянсу провинции и должен был быть местный житель, по крайней мере, 5 лет, (d) должен был иметь недавно гистопатологически диагностировали первичный GC, (е) было отсутствие предыдущих злокачественных опухолей в других органах, и (е) не было противоопухолевую терапию до набора , в том числе химиотерапии и лучевой терапии. Обученные интервьюеры использовали предварительно проверенная вопросник для сбора эпидемиологических данных от участников, а именно, демографические факторы, такие как возраст и пол, а также известных факторов риска для GC (таких, как курение табака, употребление алкоголя, и семейной истории рака желудочно-кишечного тракта) , Лица, которые курят один или несколько раз в день в течение года были определены как курильщики, а также те, кто потреблял три или более алкогольных напитков в неделю в течение более 6 месяцев считались хроническими поилки [14], [15]. После подписания формы информированного согласия, каждый субъект пожертвованы 3-5 мл периферической крови, используемых для экстракции геномной ДНК. Протокол исследования был одобрен этическими комитетами Цзянсу Провансе больницы традиционной китайской медицины. Результаты Характеристики субъектов исследования Для того, чтобы исследовать различия в GC заболеваемости между мужчинами и женщинами, распределения некоторых переменных образа жизни были проанализированы гендерные различия. Результаты показали, что шесть факторов образа жизни (то есть, регулярно принимая пищу, предпочтение соленой пищи, время еды, курения статус, питьевой статус, и едят завтрак) в значительной мере коррелирует с риском GC, и их последствия могут быть изменены по полу и возраст. Четыре факторы образа жизни, то есть предпочтение соленой пищи, время приема пищи, курения и состояние питьевой статус, значительно отличались между мужчинами и женщинами ( P генотипирование Распределение и риск GC в настоящем исследовании, был обнаружен только T аллель локуса миссенс rs28384375. Что касается остальных шести ОНП, наблюдаемые частоты генотипов в контрольной были в HWE. Поскольку ни статистической значимости не было потеряно, только скорректированные статистические результаты были показаны в таблицах. В общей численности населения, ассоциация между распределением генов EGFR аллелей, генотипов и риск GC было показано в таблице 5. Только небольшая разница наблюдалась в терминах распределения аллелей rs2072454 ( χ 2 возраст сопоставления населения, ассоциация между распределением генов EGFR аллелей, гаплотипов и риск GC было показано в таблице 6. значительная разница наблюдалась в терминах распределения аллелей ( χ 2 <Ьг> = 4,795, P = 0,029 Обсуждение Выражение признательности
<р> Несмотря на то, как заболеваемость и смертность от рака желудка (GC) снизились в последние годы, GC был четвертым самым распространенным злокачественным в мире в 2008 году, с приблизительно 989600 новых случаев. Мужчины, как правило, развиваются GC в два раза чаще, чем женщины, и около 72% новых случаев происходит в развивающихся странах. В целом, самые высокие показатели заболеваемости находятся в Азии, особенно в странах Восточной Азии, таких как Корея, Японии и Китае [1].
<Р> Действительно, почти 40% всех случаев GC происходят в Китае, и есть замечательный географическая изменчивость темпов GC на всей территории Китая [2]. Более чем две трети пациентов с диагнозом GC в Китае имеют неоперабельной заболевания и медиана выживаемости от шести до девяти месяцев. Кроме того, у больных с опухолями резектабельных, местные и отдаленные частота рецидивов высоки, а уровень 5-летней выживаемости составляет менее 30% [3]. Sun и др.
[4] оценили влияние GC на китайского населения путем эпидемиологического анализа ее распределения смертности в период с 1990 по 1992 год, результаты показали, что GC является ведущей причиной связанной с раком смертности в Китае .
<р> в настоящее время принято считать, что патогенез GC включает многофакторное взаимодействие между экологическими триггеров и генетической предрасположенности. Эпидемиологические исследования выявили возраст, гендерные различия и ряд экологических факторов, которые могут способствовать развитию ГК, в том числе соленой диеты, курения табака, употребления алкоголя и хеликобактерной
инфекции [5] - [8] , Другие исследования выявили факторы, принимающие и генетические изменения, которые также играют важную роль в развитии и прогрессировании GC через генотипа и среды взаимодействия [9], [10].
<Р> рецептор эпидермального фактора роста (EGFR) гена расположен в коротком плече хромосомы человека 7 и производит гликопротеин с молекулярной массой 170 кДа, который имеет высокое сродство к его лигандов, в том числе эпидермальный фактор роста (EGF) и трансформирующего фактора роста альфа (TGF-α). EGFR участвует в нескольких существенных онкогенных механизмов, таких как выживание опухоли, инвазии, ангиогенеза и метастазирования. экспрессия EGFR наблюдается в многочисленных человеческих опухолей, и несколько исследований показали, что избыточная экспрессия EGFR коррелирует с плохим прогнозом [11]. В ГК, EGFR избыточная экспрессия коррелирует с продвинутой стадии опухоли и плохим клиническим исходом [12]. Однако роли, которые EGFR гиперэкспрессия и генетические изменения играют в желудочном канцерогенезе остаются неясными. Кроме того, лишь несколько одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP) были найдены, чтобы связать с развитием GC и результатами [11], [13].
<Р> В этом исследовании мы предположили, что экологические риски, а также гендерные различия выступают в качестве эффект модификаторов на фоне генетической изменчивости в EGFR экзонов, которые могут повлиять на EGFR функцию, тем самым формируя GC восприимчивость. Чтобы проверить эту гипотезу, исследование на базе больниц проводили, в которых были генотипированы 387 случаев GC и 392 без рака управления в китайской популяции высокого риска в течение семи известных полиморфизмов в EGFR экзонов, а именно, rs2227983 A > G, rs2072454 C > T, rs17337023 > T, rs1050171 G > A, rs1140475 C > T, rs2293347 G > A, и rs28384375 T >. C
геномная Выделение ДНК из клеток периферической крови
<р> Набор извлечения коммерческой ДНК крови (AxyPrep-96 комплект, Axygen, CA, USA) использовали для извлечения геномной ДНК из образцов крови. Очищенные ДНК хранили при -20 ° С, пока они не были использованы для тестирования генотипа. Качество ДНК оценивали с помощью электрофореза в агарозном геле.
генотипирование
<р> полимеразной цепной реакции лигирования реакции обнаружения (ПЦР-LDR) методы были использованы для генотипирования [16]. Праймеры были синтезированы Shanghai Sangon биологической инженерии технологии и услуги (No.698, Xiangmin Rd, Songjiang District, Шанхай, Китай). Каждый набор зондов реакции обнаружения лигаза состоит один общий зонд и два дискриминирующих зондов для двух типов (таблица S1).
<Р> Мишень ДНК-последовательности, были амплифицированы с помощью мультиплексного метода ПЦР. ДЗП для каждого субъекта были проведены в конечном объеме 20 мкл, содержащем 1 × ПЦР-буфер, 3,0 ммоль /л MgCl <суб> 2, 2,0 ммоль /л дезоксинуклеотидтрифосфатов 1 мкл праймеров, 0,2 мкл QIAGEN HotStarTaq полимераза (Qiagen, Китай ), 4 мкл 1 × Q-раствора и 10-20 нг геномной ДНК. Термический цикл проводили в течение пяти полиморфизмов (rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs2293347 и rs2072454) в системе Gene Amp PCR 9600 (PerkinElmer) с начальной денатурации в течение 15 мин при 95 ° С, а затем 35 циклов денатурации при 94 ° C в течение 30 с, отжиг при 59 ° с в течение 1 мин и удлинение при 72 ° с в течение 1 мин с последующим конечным удлинением при 72 ° с в течение 7 мин. Протокол rs28384375 амплификации состоял из начальной денатурации в течение 15 мин при 95 ° С, а затем 35 циклов денатурации при 94 ° С в течение 30 с, отжиг при 56 ° С в течение 1 мин и удлинение при 72 ° С в течение 1 мин , с последующим конечным удлинением при 72 ° с в течение 7 мин. Протокол rs1050171 состоял из начальной денатурации в течение 15 мин при 95 ° С, а затем 35 циклов денатурации при 94 ° С в течение 30 с, отжиг при 53 ° С в течение 1 мин и удлинение при 72 ° С в течение 1 мин, с последующим конечным удлинением при 72 ° с в течение 7 мин.
<р> реакцию лигирования для каждого субъекта проводили в конечном объеме 10 мкл, содержащем 1 × NEB Taq-ДНК-лигазы буфера, 12,5 пмоль каждого зонда смеси , 0,05 мкл Taq ДНК-лигазы [NEB биотехнологии (Пекин)], и 1 мкл мульти-продукта ПЦР. Последовательности зондов приведены в таблице S2. В общей сложности было выполнено 35 циклов, состоящих из 95 ° С в течение 2 мин, 94 ° С в течение 30 с и 60 ° С в течение 2 мин. Флуоресцентные продукты реакций обнаружения лигазы дифференцировали с помощью ABI секвенсор 377 (рис S1). Чтобы подтвердить достоверность метода генотипирования ПЦР-LDR, проводили прямое секвенирование ДНК случайным образом выбранных продуктов ПЦР. Удельный вес образцов секвенирования около 5%. Результаты ПЦР-LDR генотипирования показали полное согласие с непосредственными результатами секвенирования ДНК.
Статистический анализ
<р> Все статистические анализы были проведены с использованием SPSS версии программного обеспечения 16.0 (SPSS Inc., Чикаго, Иллинойс, США). Для сравнения наблюдаемых частот генотипов в контрольной группе с ожидаемыми частотами, равновесие Харди-Вайнберга (HWE) была проверена с помощью х 2-тест доброкачественность-оф-приступе. Случаи и средства управления были сопоставлены с точки зрения демографических характеристик, факторов образа жизни, а также частот аллелей каждого SNP с помощью χ 2
-test. Для каждого полиморфизма, отношение шансов (OR) и 95% доверительный интервал (ДИ) были рассчитаны на основе условных моделей логистической регрессии для оценки основной эффект каждого полиморфизма с GC, регулируя для непрерывного возраста, пола и факторы образа жизни. Логистический регрессионный анализ с использованием основной аллель в качестве эталона были использованы для оценки скорректированных ОШ, 95% ДИ, и значения P
. Тем не менее, мы обнаружили, что переменная пол и возраст не соответствует предположению о пропорциональности. Таким образом, гендерная стратификация и возраст сопоставления были использованы для измерения ОШ и 95% ДИ. Для образа жизни переменных, которые показали значительные отношения с GC в анализах контролируемых для согласования только факторы, мы также оценивали свою независимость в анализах с поправкой на дополнительных потенциальных вмешивающихся (то есть, курение, алкоголь, соленую пищу, едят время и едят завтрак) в возрасте от сопоставления Население. И ФАЗА пакет программного обеспечения версии 2.0 используется для вывода частоты гаплотипов, основанные на наблюдаемых EGFR генотипов. Все значения P
были двусторонними и значение P
&л;. 0,05 считалось статистически значимым
<р> характеристики этих субъектов исследования согласуются с ранее описано [17], [18]. В этой статье, общая численность населения с 387 случаев и 392 контролей и возрастная согласующего населения с 294 случаев и 294 управления были включены в текущих анализов. Пол, возраст и географическое распределение регион субъектов исследования представлены в таблице 1.
&л; 0,05) (таблица 2). Было отмечено, что процент мужчин, несущих нездоровые пищевые привычки, такие как предпочтение соленой пищи, короткое время приема пищи, курения и употребления алкоголя, были значительно выше, чем у женщин ( P
&л; 0,05), которые могут быть причиной более высоких показателей заболеваемости у мужчин, чем у женщин. В общей численности населения, регулярно принимать пищу и едят завтрак снижает риск женского GC, в то время как питьевой может увеличить риск мужского GC (таблица 3). Кроме того, как предпочтение соленой пищи и курения повышает риск развития мужского и женского GC ( P
&л; 0,05). Аналогичные результаты были найдены после того, как возрастной соответствия, которые регулярно приема пищи снижает риск GC и предпочтение соленой пищи и курение повышает риск развития мужского и женского GC ( P
&л; 0,05, таблица 4). Тем не менее, было два исключения, что пил повышает риск мужского GC ( P
&л; 0,05), но не женщина-GC ( P
> 0,05), возможно, из-за ограниченного женского пола населения, в то время как ежедневно едят завтрак снижает риск женского GC ( P
&л; 0,05), но не мужчины GC ( P
> 0,05). (таблица 4)
= 3,844, P = 0,050
), а также логистический регрессионный анализ показал, что вариант этого аллеля может быть связано с GC риском (скорректированное OR = 1,23, 95% ДИ = 1.00-1.50). Тем не менее, никаких существенных различий между случаями и контролем с точки зрения распределения аллелей не наблюдалось гендерных различий. Rs2293347 полиморфизм был связан со случаями GC-мужчин, потому что 73,0% случаев GC нес G аллель по сравнению с 29,5% в контрольной группе здоровья (скорректированное OR = 6,45, 95% ДИ = 4.89-8.51, P
&л; 0,001 ), но никакие генотипы не были значительно связаны с риском GC. В противном женского населения генотип GA может уменьшить риск женского GC из-за 34,5% случаев GC, несущих генотип GA по сравнению с 38,9% в контрольной группе здоровья, но никаких существенных различий между распределением частот аллелей и генотипов ( P
> 0,05). Кроме того, никаких существенных различий не были рассмотрены на других четырех полиморфизмов ( P
> 0,05)., Т.е. rs2227983, rs17337023, rs1050171 и rs1140475 между случаями и контролирует даже с гендерными различиями
) и распределение генотипа ( χ 2
= 6,668, P = 0,036
) из rs2072454, кроме результатов Таблица 5. Кроме того, логистический регрессионный анализ показал, что вариант rs2072454 аллеля Т может увеличить риск GC (ОШ = 0,77, 95% ДИ = 0.61-0.97; P
&л; 0,05). В соответствии с распределением генотипов, также наблюдалась значительная разница в мужской популяции ( χ 2
= 7,914, P = 0,019
), а не женское население ( χ 2
= 0,452, P = 0,798
). Тем не менее, не было никаких существенных различий между случаями и контролем даже с гендерными различиями для остальных ОНП, а именно, rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs1050171 и rs2293347 ( P
> 0,05).
<Р> Для исключения влияния на окружающую среду, мы исследовали связь между потенциальными тремя GC, связанных с полиморфизмов и риском GC в возрастной согласующего населения проведения здорового образа жизни (таблица 7). Одно четкое различие было рассмотрено с точки зрения распределения генотипов rs2072454 ( χ 2
= 6,036, P = 0,049
). Специально, логистический регрессионный анализ показал, что генотип ТТ значительно повышает риск GC в популяции с ежедневным завтракать (скорректированное OR = 1,92, 95% ДИ = 1.07-3.44, P
&л; 0,05).
<р> экзоны не только кодирует аминокислотную последовательность белка, но также содержат последовательности, которые влияют на перенос или мРНК деградации [19]. Локусов объединяли и подвергали анализу гаплотип логического вывода с использованием программы ФАЗА 2.0. Существовали четыре возможных гаплотипов в общей численности населения и три возможных гаплотипов в популяции возрастной совпадающей с частотой > 4% (таблица 8, таблица 9). По сравнению с GTTGCG гаплотипа, логистический регрессионный анализ показал, что гаплотип ACAGCG было связано со значительным снижением риска GC (OR = 0,67, 95% ДИ = 0.49-0.92, P
&л; 0,05 с учетом возраста, гендерные факторы и образ жизни) в общей численности населения (таблица 8), а не населения возрастной согласующего (OR = 0,83, 95% ДИ = 0.58-1.19, P
> 0,05 с учетом возраста, пола и образа жизни факторы) (таблица 9). Остальные гаплотипы были связаны с значительным снижением риска GC (ОШ = 0,69, 95% ДИ = 0.52-0.90 для всего населения; ОШ = 0,74, 95% ДИ = 0.56-0.99 для населения возрастной согласующего). По сравнению с гаплотипа ACAGCG, то ACAACG может уменьшить риск GC (OR = 0,61, 95% ДИ = 0.40-0.94 с учетом возраста, пола и образа жизни) в общей численности населения, но значение P
сделал не достигают статистической значимости путем коррекции Бонферрони (таблица 8).
<р> Хотя большое число новых случаев GC были замечены по всему миру в последние десятилетия, точные механизмы основной канцерогенез желудка являются еще до конца не изучен. Как и предыдущие исследования [20], [21], наш результат показал, что мужчины, как правило, развиваются GC в два раза чаще, чем женщины в Китае. Было предложено Michael и др.
Что большая часть глобального изменения заболеваемости раком был приписан к воздействиям окружающей среды, в том числе диетические предпочтения и нездоровых факторов образа жизни [22]. В настоящем исследовании, таким образом, мы были заинтересованы, чтобы проверить, могут ли некоторые вредные для здоровья факторы образа жизни увеличивают риск GC с гендерными различиями в Китае. Шесть факторы образа жизни, в том числе регулярно принимая пищи, предпочтение соленой пищи, время приема пищи, курения статус, питьевой статус, и завтракать, были идентифицированы оказывать влияние на риск GC с гендерными различиями, что согласуется с предыдущими исследованиями в Восточном Китае [20], [23], [24]. В частности, предпочтение соленой пищи, питья и курения были самыми сильными и самыми последовательными факторами риска для GC.
<Р> Resent исследования предположили, что высокое потребление соли (натрия) может увеличить риск GC [21], [ ,,,0],24] - [26]. Он также свидетельствует наше наблюдение, что пациенты GC в провинции Цзянсу были предпочтительны для соленых продуктов, таких как мясо, соленую маринованные овощи и маринованные овощные соки, которые могут быть загрязнены N-нитрозосоединений. Тем не менее, N-нитрозосоединения были наиболее часто предлагаемая связаны с повышенным риском верхне-рака желудочно-кишечного тракта [27]. Пить и курить, еще два доминирующих факторов риска для GC в мире [28], также были рассмотрены в данном исследовании. Мы обнаружили значительную связь между питьевой и GC риска в провинции Цзянсу. Это доказательство с помощью лабораторного исследования, что курение может привести к увеличению апоптоза в слизистой оболочке желудка у крыс увеличением XO активности [29], и спирт может также оказывать влияние на секрецию кислоты, опорожнение желудка, а также некоторых заболеваний, связанных с кислотой, такой как гастрит сопровождается повреждением слизистой оболочки желудка, так и последующее воспалительная реакция в свою очередь, способствуют желудочный пролиферации и дифференцировки [30] клеток. В процессе, N-нитрозосоединения и микотоксины из некоторой соленой пищи может вызывать генные мутации [31], [32], таким образом, предпочтение соленой пищи может быть оригинальным риск GC. И улики указывали на ассоциацию с путей, участвующих в процессах развития [33]. Основные молекулы этих путей были рецепторные тирозинкиназы, которые были признаны аберрантно активированы или избыточно экспрессируется в различных опухолей и, следовательно, представляют собой перспективные мишени для терапевтического вмешательства [13].
<Р> EGFR, был одним из ключевых молекул , и многие линии доказательств указывают на то, что весьма инвазивный GC связан с аномальным активации или сверхактивация РЭФР за счет амплификации генов или структурных изменений [13]. Совсем недавно исследование случай-контроль 61 случаев и 20 управлений в провинции Хэнань, расположенной в средней Китае, показали, что EGFR rs28384375 C /T полиморфизм может способствовать возникновению и развитию GC [34]. Кроме того, еще один случай-контроль исследование 138 случаев и 170 управлений в провинции Цзянси, расположенной на юго-востоке Китая, показали, что EGFR rs763317 G /A полиморфизм может ассоциироваться с повышенным риском GC [35].
<Р> EGFR является фактором роста рецептора тирозинкиназы и относится к рецептору тирозинкиназы суперсемейства, члены которого характеризуются внеклеточным доменом (где связывание лиганда лигандов происходит), короткий липофильный трансмембранный домен и внутриклеточный домен, который таит в себе тирозинкиназы деятельность [36]. EGFR, могут быть активированы с помощью связывания лигандов, таких как EGF и TGF-альфа, и он играет центральную роль в процессе развития, пролиферации и дифференцировки. Активация EGFR может способствовать превращению клеточных фенотипов и обеспечивают опухолевые клетки с существенными роста и выживаемости преимуществ [37]. Многие человеческие опухоли обладают EGFR гиперэкспрессия, который коррелируется с продвинутой стадии опухоли или плохим клиническим исходом, таких как немелкоклеточный рак легкого [38], колоректального рака [39], рака молочной железы [40], рак головы и шеи [ ,,,0],41], рак мочевого пузыря [42], и GC [43].
<р> Существует в настоящее время возрастает интерес к SNP мутации в EGFR, учитывая, что они могут повлиять на эффективность EGFR ингибитора тирозинкиназы (ИТК) лечения в различных раковые заболевания [44], колоректальный рак [39], немелкоклеточного рака легкого [45], GC [46] - [49]. Хорошо известно, что экзоны не только кодирует аминокислотную последовательность белка, но также содержат последовательности, которые влияют на перенос или мРНК деградации [19]. Таким образом, EGFR экзонов ОНП может влиять на экспрессию генов EGFR и /или активность белка и, таким образом, изменять сродство EGFR, что не только его лигандов, а также для противораковых агентов, которые нацелены на этот белок. В самом деле, Пуйо <ЕМ> и др.
Обнаружили, что мутации в экзоны 18-21 EGFR повышения активности ИТК, в то время как удаление экзонов 2-7 связан с глиобластомой онкогенеза [49]. Кроме того, два клинических исследования показали, что ОНП в EGFR экзонов 18, 19, 21 и 25 влияют на клиническую эффективность гефитиниба и могут быть потенциальными биомаркеры для прогнозирования клинического исхода Гефитиниб лечение пациентов с прогрессирующим раком немелкоклеточного легкого (НМРЛ) [50], [51].
<р> в настоящем исследовании, шесть экзоны ОНП в EGFR были немного связаны с риском GC как в общей численности населения и возрастной согласующего населения даже с пола различия. Было отмечено, что rs2072454 SNP был в значительной степени связано с риском GC. В частности, вариант rs2072454 аллеля Т и ТТ генотипа были связаны с повышенным риском развития ГХ. Тем не менее, rs2227983, rs17337023, rs1050171 и rs1140475 ОНП не связаны с GC риском. Что касается Миссенс локуса rs28384375, только аллель Т был обнаружен в тех случаях, и контрольной группы. Многие сообщения о том, что несколько EGFR ОНП, включая rs2227983 (также обозначается как Arg521Lys или R497K) [39], [52], [53], rs1050171 (также обозначается как Q787Q) [54], [55] и rs2293347 (C2982T) [ ,,,0],56], более вероятно, влияют на биологическое поведение опухоли (такие как опухолевый рост, инвазию, метастазирование и прогрессии), чем определить предрасположенность к развитию рака. Так как EGFR, является ключевым медиатором ангиогенеза, может регулировать свои гены-мишени, такие как VEGF, которые могут непосредственно влиять на биологическое поведение опухоли. Эти результаты также объясняет, почему EGFR ОНП могут служить в качестве ключевых факторов, определяющих ответ на EGFR TKI химиотерапии на основе [11]. Таким образом, эти генные мутации могут придавать сложность и смущения для лечения GC и выживаемости [57].
<Р> Когда Пуйо и др
. [49] проанализировали связь между конкретными EGFR функциональных полиморфизмов и активности противоопухолевого препарата в 60 клеточных линий опухолей человека, установленных Национальным институтом рака, частоты несинонимичными SNP rs28384375 (также обозначается как Val592Ala) составлял 0,5, в то время как гетерозиготном частота -216G > T SNP (также обозначается как rs287129) был 0,346. Клеточные линии, которые были гетерозиготными и вариант, гомозиготные по -216 G &Гт Т СНП показали значительно более высокую экспрессию гена EGFR, чем гомозиготных линий дикого типа. Кроме того, по сравнению с клеточными линиями без вариантной аллели, клеточные линии с по меньшей мере, один вариант Т аллеля -216 G &GТ; Т СНП были более чувствительны к эрлотиниба и менее чувствительны к гельданамицина, топоизомеразы I и ингибиторы II и алкилирующие агенты. Интересно отметить, что наши результаты показали, что гаплотип GTTGCG была более распространена в тех случаях, GC, чем в без рака контроля, а также о том, что ACAGCG гаплотипы были связаны со значительным снижением риска GC (настроенное или = 0,67, 95% ДИ = 0.49-0.92 для ACAGCG, ОШ = 0,69, 95% ДИ = 0.52-0.90 для других) в общей численности населения (таблица 8). Тем не менее, в популяции возрастной соответствия, не значимая связь не была исследована между ACAGCA гаплотипа и риском GC (ОШ = 0,83, 95% ДИ = 0.58-1.19) (таблица 9). Таким образом, Т-аллеля rs2072454 и rs17337023, особенно первый, может быть связано с риском GC. Таким образом, комбинированный анализ шести ОНП, особенно Т-аллеля rs2072454 и rs17337023, могут быть полезны для прогнозирования риска GC
<р> Несколько ограничений в данном исследовании должны быть рассмотрены: 1). Размер выборки возможно, не было достаточно большим, чтобы обнаружить SNPs с низкой частотой вариантов, таких как rs28384375; 2) полиморфизмы, которые были исследованы в этом исследовании были отобраны на основе их влияния на функции EGFR и не может дать полное представление о генетической изменчивости в EGFR экзонов; 3) подробную информацию о случаях GC не была собрана, в том числе выживаемость пациентов, были ли опухоли кишечника или диффузного типа, есть ли метастазы, и что эффект лекарственной терапии было.
<Р> В заключение, настоящее исследование показало, что различия в образе жизни между мужчинами и женщинами может быть причиной более высоких показателей заболеваемости у мужчин, чем у женщин. Хотя только один SNP (rs2072454) был в значительной степени связано с повышенным риском развития ГХ, комбинированного анализа остальных шести EGFR экзон ОНП вместе могут быть полезны для прогнозирования риска GC. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы установить эти результаты и рассмотреть основные механизмы.
Поддержка информации Рисунок S1 изображения.
Флуоресцентные продукты ЛДС были дифференцированы по ABI секвенсор 377 для семи полиморфизмов в EGFR экзонов. В общей сложности, более 90% продукции были успешно дифференцированы по ABI секвенсор 377.
DOI: 10.1371 /journal.pone.0059254.s001
(TIF)
Таблица S1.
Последовательности праймеров ПЦР для семи локусов в гене EGFR. Праймеры были разработаны Primer Premier 6 программного обеспечения и синтезируют Shanghai Sangon биологической инженерии технологий и услуг
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0059254.s002
(DOC)
Таблица S2.
Probe последовательности семи полиморфизмов в гене EGFR. Праймеры были синтезированы Shanghai Sangon биологической инженерии технологий и услуг
DOI:. 10,1371 /journal.pone.0059254.s003
(DOC)
<р> Мы признаем Мастер Цзинье Ван и Haixia Сюй за помощь с выделением ДНК.
Новый метод компьютерного моделирования предсказывает, как микробы кишечника меняются с течением времени
Новый метод компьютерного моделирования использует снимки типов микробов, обнаруженных в кишечнике человека, чтобы предсказать, как сообщество микробов изменится с течением времени. Инструмент, разраб
Клещи теперь переносят множество болезней,
говорит новое исследование Новое исследование, опубликованное в журнале мБио сообщает, что клещи переносят гораздо больше болезнетворных агентов, чем только те, которые вызывают болезнь Лайма. По
Добавление короткоцепочечных жирных кислот улучшает восстановление после инсульта,
исследование мышей показывает Добавление в организм короткоцепочечных жирных кислот может улучшить восстановление после инсульта, согласно исследованиям на мышах, недавно опубликованным в JNeurosci. Д
