PLoS One: Association között polimorfizmusok gyakorisága EGFR-gén exon, életmód és a kockázat az gyomorrák Nemi különbségek a kínai Han tárgyai

absztrakt

háttér

Az epidermális növekedési faktor receptor (EGFR) gén kulcsfontosságú szerepet játszik a tumor túlélés, invázió, angiogenezis, és metasztatikus terjedését. A legújabb vizsgálatok azt mutatták, hogy a gyomorrák (GC) összefüggésbe hozták a polimorfizmusok az EGFR-gén és a környezeti hatások, mint például életmódbeli tényezők. Ebben a vizsgálatban a hét ismert SNP EGFR exonját vizsgáltuk a magas kockázatú kínai népesség Jiangsu tartományban annak tesztelésére, hogy genetikai variánsai EGFR exon és életmód társul fokozott kockázata GC. Katalógusa

Módszertan /fő megállapítások

a kórház-alapú eset-kontroll vizsgálatot végeztünk Jiangsu tartományban. Az eredmények azt mutatták, hogy a dohányzás, az alkoholfogyasztás és a preferencia sós ételek jelentős összefüggést mutattak a kockázata a GC. A különbség az életmód férfiak és nők között lehet az oka a magasabb előfordulási aránya a férfiaknál, mint a nőknél. Hét exon SNP genotipizálása rs2227983, rs2072454, rs17337023, rs1050171, rs1140475, rs2293347 és rs28384375. Meg kell jegyezni, hogy a variáns rs2072454 T allél és a TT genotípusú szignifikáns összefüggést mutattak a kockázata fokozott GC. Érdekes, hogy mi miatt javasolta a ACAGCA haplotípus kapcsolatban állhat csökkent kockázatával GC. Azonban nem szignifikáns összefüggést vizsgálta a többi hat SNP és a kockázat a GC mind a teljes népesség és a kor egyező lakosság még a nemi különbségeket. Katalógusa

Következtetések katalógusa

A dohányzás, az alkoholfogyasztás és preferencia sós ételek jelentős összefüggést mutattak a kockázata GC Jiangsu tartományban nemek közötti különbségeket. Bár csak egy SNP (rs2072454) szignifikánsan összefüggött a fokozott a GC, kombinált a hat EGFR exon SNP-k együtt hasznos lehet előrejelzésére kockázatának GC.

bevezető hivatkozás: Zhang J, Zhan Z, Wu J , Zhang C, Yang Y, Tong S, et al. (2013) Egyesület között polimorfizmusok gyakorisága EGFR-gén exon, életmód és a kockázat az gyomorrák Nemi különbségek a kínai Han tárgyai. PLoS ONE 8 (3): e59254. doi: 10,1371 /journal.pone.0059254 katalógusa

Szerkesztő: Eithne Costello, a Liverpool Cancer Research UK Centre, Egyesült Királyság katalógusa

Beérkezett: szeptember 19, 2012; Elfogadva: február 13, 2013; Megjelent: március 29, 2013 katalógusa

Copyright: © 2013 Zhang et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a tanulmány támogatott prioritás Akadémiai Program fejlesztése Jiangsu felsőoktatási intézmények (PAPD), Jiangsu Természettudományi Alapítvány (BK2008461), a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (30973715 és 81001502), Kutatási Alap Doktori Program Felsőoktatási Kína (20103237110011) , fiatal tanár Nanjing Egyetem hagyományos kínai orvoslás. A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

Bár mind a megbetegedési és elhalálozási gyomorrák (GC) csökkentek az elmúlt években, a GC volt a negyedik leggyakoribb rosszindulatú daganat a világ 2008-ban, mintegy 989.600 új esetet. A férfiak általában fejleszteni GC kétszer olyan gyakran, mint a nők, és mintegy 72% -a új esetek a fejlődő országokban. Általában a legmagasabb előfordulási aránya az ázsiai, elsősorban a kelet-ázsiai országokban, mint Korea, Japán és Kína. [1] katalógusa

Sőt, majdnem 40% -a az összes GC esetek Kínában, és van Figyelemre méltó földrajzi változását GC aránya egész Kínában. [2] Több mint kétharmada a diagnosztizált betegek GC Kínában reszekálható betegség és a medián túlélési hat-kilenc hónap. Sőt, a betegek operálható daganatok, a helyi és a távoli kiújulás aránya magas, és az 5 éves túlélési arány kevesebb, mint 30% [3]. V et al.
[4] hatásait vizsgálta GC a kínai lakosság epidemiológiai elemzése a halálozás eloszlás 1990-1992, az eredmények azt mutatták, hogy a GC volt a fő oka a rákkal összefüggő halálozás Kínában .

Ma már általánosan elfogadott, hogy patogenezisében GC jár többtényezős közötti kölcsönhatás a környezeti kiváltó és genetikai hajlam. Epidemiológiai vizsgálatok azonosították életkor, a nemek közötti különbségeket és számos környezeti tényező, amely hozzájárul a fejlesztési GC, beleértve a sós étrend, dohányzás, alkoholfogyasztás és Helicobacter pylori fertőzés katalógusa [5] - [8] . Más tanulmányok azonosították fogadó tényezők és a genetikai változtatások, amelyek szintén fontos szerepet játszanak a fejlesztés és progressziójában GC keresztül gén-környezet kölcsönhatások [9], [10].

Az epidermális növekedési faktor receptor (EGFR) gén található, a rövid karján a humán 7. kromoszóma, és létrehoz egy glikoprotein, amelynek molekulatömege 170 kDa, amely nagy affinitást mutat a ligandumok, beleértve az epidermális növekedési faktor (EGF) és a transzformáló növekedési faktor-alfa (TGF-α). EGFR részt vesz számos lényeges daganatkeltő mechanizmusokat, mint például a tumor túlélés, invázió, angiogenezis, és metasztatikus terjedését. EGFR-expresszió volt megfigyelhető számos emberi daganatok, és számos tanulmány bizonyította, hogy túlzott mértékű expressziója az EGFR korrelál a gyenge eredmény [11]. GC, EGFR fokozott expressziója összefügg a fejlett daganat stádiuma és rossz klinikai eredmény [12]. Azonban a szerepeket, hogy az EGFR fokozott expressziója és genetikai változások játszanak a gyomor karcinogenezis továbbra sem tisztázott. Sőt, csak néhány egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) találtak társítani GC alakulását és eredményét [11], [13]. Katalógusa

Ebben a tanulmányban azt feltételeztük, hogy a környezeti kockázatok és a nemek közötti különbségek jár hatása módosítók a háttérben a genetikai variáció EGFR exon, amelyek hatással lehetnek az EGFR funkció, ily módon formálva GC érzékenység. Ezen hipotézis, a kórház-alapú vizsgálatot végeztünk, amelyben 387 GC esetekben és 392 ráktól mentes ellenőrzések magas kockázatú kínai lakosság genotipizálása hét ismert SNP EGFR exon, nevezetesen rs2227983 A > G, rs2072454 C > T, rs17337023 a > T, rs1050171 G > a, rs1140475 C > T, rs2293347 G > a, és rs28384375 T > C. katalógusa

anyagok és módszerek katalógusa

felvételi ügyekben és Ellenőrzési résztvevők

Kezdetben 401GC esetek és kontrollok 420 azonosítottak; 3 esetben a rák hiánya kérdőívek, valamint 11 daganatokat adenokarcinóma kizárták; 18 kontrollokat kizárt mértéktelen szérum rákkal összefüggő biomarkerek és 10 kontroll kizárták földrajzi eltérés. Összességében, a teljes népesség 387 esetben, és 392 vezérlők álltak rendelkezésre a jelenlegi tanulmány alapján várható teljesítmény elemzések, ez egy sajnálatos, hogy az ellenőrzések mintegy 10 évvel fiatalabb, mint az esetekben tehát, egy olyan korban egyező népesség 294 esetben, és 294 ellenőrzés volt kivonjuk a teljes népesség, az egybevetés a kor-illeszkedés. A vizsgálatba bevont személyek genetikailag nem rokon etnikai han kínai. A primaer GC verbuválódtak Tanszék Sebészeti Gasztroenterológiai a Jiangsu Provence Kórház a hagyományos kínai orvoslás (TCM) között 2008. január és 2010. július Nanjing város, Jiangsu tartomány. A rák-mentes, egészséges kontrollokat egymás toboroztak Jiangsu Kórház TCM, és ők voltak a kórházi látogatók éves kivizsgálás ugyanebben az időszakban. Fel kell tüntetni a vizsgálatban a betegek (a) a hímek és nőstények 20 éves, de alatt 80 éves, (b) kellett lennie a han kínai etnikum (bevallott), (c) pedig három régiójában Jiangsu tartományban, és volt, hogy egy helyi lakos legalább 5 évig, (d) kellett újonnan szövettanilag diagnosztizált primer GC, (e) volt, hogy hiányoznak a korábbi rosszindulatú daganatok más szervekben, és (f) nem volt a daganatellenes terápiában felvétele előtt , beleértve a kemoterápia és a sugárkezelés. Képzett kérdezőbiztosok használt előtesztelt kérdőív a járványügyi adatok összegyűjtése a résztvevőktől, azaz a demográfiai tényezők, mint az életkor, nem és ismert kockázati tényezői GC (mint a dohányzás, az alkoholfogyasztás, és a családban az emésztőtraktus rák) . Azok, akik a füstölt egy vagy több alkalommal egy nap több mint egy éve került meghatározásra, mint a dohányosok, és azok, akik fogyasztanak a három vagy több alkoholos ital hetente több mint 6 hónapig tartották krónikus alkoholfogyasztók [14], [15]. Aláírása után beleegyező formák, minden alany adományozott 3-5 ml a perifériás vér használt genomi DNS-extrakció. A vizsgálati protokollt jóváhagyta az intézményi felülvizsgálati tanács Jiangsu Provence Kórház TCM. Katalógusa

A genomi DNS izolálás perifériás vérsejtek katalógusa

A kereskedelmi vér DNS extrakciós kit (AxyPrep-96 készlet, Axygen, CA, USA) használtunk a kivonat genomiális DNS-t a vérmintákban. A tisztított DNS-eket -20 ° C-on, amíg nem használtuk genotípus vizsgálathoz. A DNS minőségét értékeltük agaróz gél elektroforézissel.

genotipizálása

Polimeráz láncreakció-ligációs kimutatási reakció (PCR-LDR) módszereket alkalmaztuk genotipizálási [16]. Láncindítókat szintetizálják Shanghai Sangon Biological Engineering Technology és szolgáltatások (No.698, Xiangmin Rd, Songjiang District, Shanghai, Kína). Minden készlet ligáz kimutatási reakció próbákat áll egy közös próba és két megkülönböztető szondák a kétféle (táblázat S1). Katalógusa

A cél DNS-szekvenciákat amplifikáltunk multiplex PCR módszerrel. PCR-ek minden egyes tárgy végeztük a végső térfogat 20 ul, amely 1 × PCR puffert, 3,0 mmol /l MgCI _{2, 2,0 mmol /l dezoxi-nukleotid-trifoszfátok, 1 ul alapozók, 0,2 pl QIAGEN HotStarTaq Polymerase (Qiagen, Kína ), 4 mikroliter 1 × Q-oldattal, és 10-20 ng genomiális DNS-t. Hőciklizálást hajtottunk végre öt SNP (rs2227983, rs17337023, rs1140475, rs2293347 és rs2072454) a Gene Amp PCR System 9600 (Perkin-Elmer), ahol a kezdeti denaturáció 15 percen át 95 ° C hőmérsékleten, majd 35 ciklus követett denaturálással 94 ° C-on 30 s-ig, lánckapcsolódás 59 ° C-on 1 percig és 72 ° C 1 perc, melyet egy utolsó kiterjesztés 72 ° C 7 percig. A protokoll rs28384375 amplifikációs állt egy kezdeti denaturáció 15 percen át 95 ° C hőmérsékleten, majd 35 ciklus követett denaturálással 94 ° C-on 30 s, lánckapcsolódás 56 ° C-on 1 percig és 72 ° C 1 perc , majd egy végső extenzió 72 ° C-on, 7 percig. A protokoll rs1050171 állt egy kezdeti denaturáció 15 percen át 95 ° C hőmérsékleten, majd 35 ciklus követett denaturálással 94 ° C-on 30 s, lánckapcsolódás 53 ° C-on 1 percig és 72 ° C 1 perc, melyet egy utolsó kiterjesztés 72 ° C-on 7 percig.}

A ligálási reakció minden egyes tárgy hajtottuk végre egy végső térfogata 10 ul, amely 1 × NEB Taq DNS ligáz puffer, 12,5 pmol próba mix 0,05 ul Taq DNS-ligáz [NEB Biotechnology (Peking)], valamint 1 mikroliter multi-PCR-termék. A szonda szekvenciákat táblázatban mutatjuk be az S2. Összesen 35 ciklust, amely 95 ° C-on 2 perc, 94 ° C-on 30 s, és 60 ° C-on 2 percig végeztük. A fluoreszkáló termékeket a ligáz kimutatási reakciók differenciált ABI sequencer 377 (ábra S1). Annak igazolására, a pontossága a PCR-LDR genotipizálási módszer, a közvetlen DNS-szekvenálás a véletlenszerűen kiválasztott PCR-termékek végeztünk. Aránya a szekvenáló minták körülbelül 5%. A PCR-LDR genotípus-eredmények azt mutatták, teljes egyetértésben a direkt DNS-szekvenálás eredménye. Katalógusa

Statisztikai elemzések katalógusa

Minden statisztikai analízist végzett SPSS szoftver verzió 16.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Összehasonlítani a megfigyelt genotípus frekvenciák a kontroll csoportban a várható frekvenciák a Hardy-Weinberg (HWE) teszteltük egy jóságát fit χ ^{2-tesztet. Esetek és a kontrollok hasonlítottuk össze a demográfiai jellemzők, életmódbeli tényezők, valamint a allélgyakoriság egyes SNP a χ 2}

• PLoS One: A polimorfizmus (rs2295080) a mTOR promoter régió és társítását gyomorrák a kínai Population
• PLoS One: prognosztikus Cancer Stem Cell Marker CD133 Expression gyomorrákban: módszeres Review