Forskere utvikler verktøy som fremskynder analyse og publisering av biomedisinske data

Forskere ved Icahn School of Medicine på Mount Sinai har utviklet et verktøy som fremskynder analyse og publisering av biomedisinske data fra mange måneder eller år til bare minutter, transformere måten forskere kommuniserer resultatene av studiene sine. Inntil nå, den primære metoden som er tilgjengelig for deling av biomedisinske forskningsdata har vært gjennom trykt publikasjon i vitenskapelige tidsskrifter. Det nye verktøyet, BioJupies, er avhengig av skyteknologi for å analysere og visualisere store datamengder, slik som den ervervet ved genom -sekvensering, som beskrevet i november 2018 -utgaven av Cell Systems .

RNA -sekvensering er den vanligste eksperimentelle metoden som brukes til å profilere celler i biomedisinsk forskning. I de senere år, sekvenseringsteknologi har revolusjonert måten forskere undersøker genetiske data på, og denne fremskritt spiller en avgjørende rolle i oppdagelse og utvikling av medikamenter. Tradisjonelt, RNA -sekvenseringsanalyse krever omfattende dataprogrammeringskunnskaper og tilgang til lokale databehandlingsfasiliteter med høy ytelse, bremse hastigheten biomedisinske data kan analyseres, delt, og publisert.

Gjennom opprettelsen av BioJupies, brukere kan nå laste opp og analysere sine RNA -sekvenseringsdata på en brøkdel av tiden som gjort tidligere. Plattformen bruker en cloud computing-rørledning som reduserer kostnadene for RNA-sekvensering av databehandling til mindre enn ett øre per prøve. BioJupies produserer også en komplett, åpen kilde, interaktiv rapport fra de behandlede dataene som gir plass til 300, 000 offentlig tilgjengelige RNA -sekvenseringsdatasett som skal hentes, analysert på nytt, og gjenbrukes for å styrke biomedisinsk forskning.

"Ettersom mengden biomedisinske data som genereres fortsetter å stige eksponensielt, så bør verktøyene som brukes til å analysere og dele dem, "sa Avi Ma'ayan, PhD, Direktør for Mount Sinai Center for Bioinformatics, Professor, Institutt for farmakologiske vitenskaper, fakultet ved Icahn Institute for Data Science, og seniorforfatter av publikasjonen. "BioJupies akselererer ikke bare måten vi analyserer og tolker data på, men det gir også en helt ny måte å dele resultater med det globale forskningsmiljøet. "

Siden ny genomisk teknologi har gjort det mulig å samle inn enorme mengder biomedisinsk informasjon som kan utnyttes for presisjonsmedisinsk innsats, tilgjengelighet, interoperabilitet, og gjenbruk av disse dataene har blitt avgjørende for vitenskapelig forskning. BioJupies baner vei for forskere uten beregningsbakgrunn til å utføre RNA -sekvensanalyse uten å måtte samarbeide med bioinformatikere, slik at flere medisinske og vitenskapelige fremskritt kan blomstre i vår datarike verden.

• Forskere undersøker om dietter med lite gluten kan anbefales for personer uten allergi
• Studie gir ny innsikt i utbrudd av norovirus,