DNA-kopi nummer profiler af mavekræft forløber lesions

DNA kopital profiler af gastrisk kræft prækursorer læsioner
Abstrakt
Baggrund
Kromosomal ustabilitet (CIN) er den mest udbredte form for genomisk ustabilitet i gastriske tumorer, men dens rolle i malign transformation af maveslimhinden er stadig uklar. I den foreliggende undersøgelse, vi satte sig for at undersøge, om to morfologisk forskellige kategorier af gastrisk kræft prækursorer læsioner, dvs. tarm-type og pylorus kirtel adenomer, ville bære forskellige mønstre af DNA kopital ændringer, hvilket muligvis afspejler distinkte genetiske veje for gastrisk carcinogenese i disse to adenom typer.
Resultater
ved hjælp af en 5K BAC vifte CGH platform, viste vi, at de mest almindelige afvigelser deles af de 11 tarm-type og 10 pylorus kirtel adenomer var gevinst på kromosomer 9 (29%), 11q ( 29%) og 20 (33%), og tab af kromosomer 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) og 10 (33%). De hyppigste afvigelser i tarm-typen gastrisk adenom var gevinster på 11q, 9q og 8, og tab på kromosomer 5q, 6, 10 og 13, mens det i pylorus kirtel gastrisk adenomer disse var gevinster på kromosom 20 og tab på 5q og 6. der blev dog ikke observeret nogen signifikante forskelle mellem de to adenom typer.
Konklusion
resultaterne tyder på, at gevinster på kromosomerne 8, 9q, 11q og 20, og tab på kromosomer 5q, 6, 10 og 13, sandsynligvis repræsenterer tidligt begivenheder i gastrisk carcinogenese. De fænotypiske enheder, tarm-type og pylorus kirtel adenomer imidlertid ikke afviger væsentligt (P = 0,8) på niveau med DNA kopi nummer ændringer.
Baggrund
mavekræft er den næsthyppigste malignitet på verdensplan og prognose af denne malignitet fortsat meget dårlig [1]. Mavekræft incidens og dødelighed varierer mellem forskellige lande i Den Europæiske Union [2]. I Holland er det rangerer femte som en årsag til kræft død, med cirka 2.200 nye tilfælde hvert år [3]. Kirurgi med helbredende hensigt er behandling af valg i fremskredne tilfælde af mavekræft, mens lokale endoskopiske mucosectomy kan være helbredende i begyndelsen mavekræft. Detektering og fjernelse af gastrisk neoplasier i en tidlig eller endda præmaligne tilstand vil bidrage til at reducere dødsfald på grund af mavekræft. For at nå dette mål, er der behov for bedre test til tidlig påvisning af mavekræft, og en forbedret forståelse af biologi af gastrisk kræft progression er afgørende i denne henseende.
Ifølge Correa model, patogenese tarm-typen gastrisk adenocarcinom følger en vej af kronisk aktiv gastritis skyldes Helicobacter pylori
infektion, hvilket fører til mucosale atrofi, intestinal metaplasi efterfulgt af intraepitelialneoplasi og endelig invasiv adenokarcinom [4]. Genetisk karakterisering af vævsprøver i intraepithelial neoplasi tidspunkt ville bidrage væsentligt til vores forståelse af den molekylære patogenese mavekræft. Men disse læsioner kun sjældent påvises, muligvis på grund af hurtig progression gennem dette stadie i retning kræft, og er normalt kun til stede i dele af biopsiprøver, hæmmer genomisk analyse af disse læsioner. Analyse af alternative forstadielæsioner kunne derfor, i det mindste delvis, være en erstatning. Udvikling af mavekræft gennem et adenom fase, selv om mindre almindelig, er sådan alternativ rute. Disse adenomer er lejlighedsvis fundet under gastroskopi og til stede som store læsioner, der histologisk viser intra-neoplasi, hvilket gør dem egnede til genomisk analyse. Gastric adenomer har en direkte malignt potentiale og udgør ca. 20% af alle epiteliale polypper [5, 6]. Gastric adenomer kan have en klassisk rørformet, tubulovillous eller villøs morfologi med en overvejende intestinal type epitel, men kan også vises som pylorus kirtel adenomer [6]. Pylorus kirtel adenomer opstå fra dybe slimagtige kirtler i maven og er stærkt positive for mucin 6 [7, 8]. Et betydeligt antal af gastrisk adenomer viser allerede progression til adenocarcinom. På første diagnose omkring 30-40% af alle pylorus kirtel adenomer viser allerede fokus på karcinom [9, 10]. For tarm-typen adenomer dette tal er lavere og varierer fra 28,5% for villøse adenomer og 29,4% for tubulovillous typen adenomer kun 5,4% i de rørformede adenomer [11]. Begge adenokarcinomer, ex tarm-type adenomer og ex pylorus kirtel adenomer, viser glandulær strukturer, i modsætning til diffus typen mavekræft.
Et centralt element i patogenesen af ​​de fleste gastrisk kræft, som i mange andre faste cancerformer, er kromosomal ustabilitet , hvilket resulterer i gevinster og tab af dele eller endda hele kromosomer [12]. Disse kromosomale ændringer kan analyseres ved komparativ genomisk hybridisering (CGH). Flere tidligere undersøgelser har påvist genetiske ændringer i gastrisk adenomer ved hjælp af denne teknik, bliver gevinster på kromosom 7q, 8Q, 13q, 20Q, og tab på kromosom 4p, 5q, 9p 17p og 18q [13-16]. Selvom ualmindeligt, og kun observeret i adenomer med høj kvalitet intraepitelial neoplasi, er blevet opdaget højt niveau amplifikationer på kromosomer 7q, 8 p, 13q, 17q og 20q [13-16]. I gastrisk adenokarcinomer, konsekvent beskrevet kromosomafvigelser er gevinster på kromosom 3q, 7p, 7q, 8Q, 13q, 17q og 20q og tab på kromosom 4q, 5q, 6Q, 9p, 17p og 18q. Højtstående amplifikationer er gentagne gange blevet fundet på 7q, 8 p, 8Q, 17q, 19q og 20q [14, 17-23]. Alligevel kromosomafvigelser eller DNA-kopi nummer ændrer sig, ikke er ensartet i gastrisk kræft [24]. Undergrupper med forskellige mønstre af DNA kopiantal ændringer kan, anerkendes som har vist sig at være forbundet med kliniske resultater samt [25].
I den foreliggende undersøgelse, satte vi os for at undersøge, om to morfologisk forskellige kategorier af mavekræft forstadielæsioner, dvs. tarm-type og pylorus kirtel adenomer, ville bære forskellige mønstre af DNA kopital ændringer, hvilket muligvis afspejler distinkte genetiske veje gastrisk carcinogenese i de to adenom typer.
blev observeret Resultater
DNA kopital ændringer i 10 ud af 11 tarm-type adenomer og 9 ud af 10 pylorus kirtel adenomer. Det gennemsnitlige antal kromosomale begivenheder, der defineres som gevinster og tab pr tumor var 6,0 (spændvidde 0-18), herunder 2,9 (range 0-14) gevinster og 3,0 (range 0-7) tab. I tarm-type adenomer, det gennemsnitlige antal kromosomale begivenheder pr tumor var 6,5 (interval 0-18), hvoraf 3,4 (spændvidde 0-14) gevinster og 3,1 (range 0-7) tab, og i pylorus kirtel adenomer middelværdien tal var 5,4 (interval 0-9), 2,4 (interval 0-7) og 3,0 (interval 0-7) henholdsvis.
I tarm-gastriske adenomer, de mest almindelige afvigelser observerede var gevinster på kromosomerne 8, 9q og 11q, og tab på kromosomer 5q, 6, 10 og 13. i fire adenomer (36,4%), forstærkning af kromosom 11q23.3 blev observeret med en fælles region med overlap på 2,6 Mb. Gain af kromosom 9q blev observeret i fire adenomer (36,4%) med en 12,6 Mb fælles region af overlapning lokaliseret på kromosom 9q33.1-q34.13. Gevinst på kromosom 8 blev observeret i tre adenomer (31%), hvoraf to adenomer viste gevinst på hele kromosom 8, og den tredje adenom viste en gevinst på kromosom 8p-q22.3 med en ekstra 28,7 Mb gevinst ved kromosom 8q24.11 -qter. Derudover blev der observeret gevinster på kromosom 1, 3, 6p, 7, 11 p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 og 22q. Ingen amplifikationer blev set i de intestinale-type adenomer. Salg Deletioner på kromosom 13 blev observeret i syv intestinal-type adenomer (64%). Af disse fem viste en 11,9 Mb sletning af kromosom 13q21.2-21.33 med en ekstra 7,7 Mb sletning på kromosom 13q31.1-31.3. De andre to adenomer viste en 16,6 Mb sletning af 13q14.3-31. En deletion på kromosom 6 blev observeret i seks adenomer (55%), med et overlappende område på 68,9 Mb placeret på 6cen-q22.1. En sletning af kromosom 5q blev observeret i fire adenomer (36%) med en fælles region overlapning beliggende på kromosom 5q22.1-q23.2. Desuden blev en deletion af hele kromosom 10 observeret i fire adenomer (36%). Andre observeret i intestinal-type adenomer tab var placeret på kromosomer 8q, 9P, 10, 12q, 20Q og 21. En oversigt over alle DNA kopital aberrationer af intestinal-type adenomer er vist i tabel 1.Table 1 Oversigt over DNA kopi nummer ændrer sig i 11 tarm-typen adenomer

Kromosomale afvigelser

flankerende kloner


Tumor ID
Gevinster
Tab
Segment størrelse (Mb)

Hjem myHotelVideo.com: End
1
1p-p36.11
26.68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-q23 0,2
55,26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13,78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52,05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17,32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4,80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39,63
RP11-200F15
RP11-62D23
2
1p -1p33
46.90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14.12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54,91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28,65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13,63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31,69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-Q14 0,1
10.57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18.24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12.49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-Q21
57,26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 0,1
5.97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22,46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81,24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61.01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5,09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19.60
RP1-138B7
CTB81F12
3
- -
4
6p21.1
3.32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76,38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9,69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-q34 0,13
12.58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3,04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17.05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11,68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-Q24 0,3
8.92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53,40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8,06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33,72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11.75
RP11-322N7
RP11-1K22
6
3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88,49
RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11.86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9,62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1.41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80,52
CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8,76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74,37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-pter
31,18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39,71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77,65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63,31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60,87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31,25
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33.06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8,44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88,89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145,95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13,60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3,16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58,59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12.93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18.03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8.99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11
- -
hyppigste aberration observeret i pylorus kirtel adenomer blev gevinster på kromosom 20 og tab på kromosomer 5q og 6. gevinst på kromosom 20 blev set i fire adenomer (40 %). Tre adenomer viste en 9,8 Mb gevinst på kromosom 20q13.12-q13.33, og blev observeret gevinst på hele kromosom 20 i den anden adenom. Desuden blev gevinster set på kromosom 1, 3q, 5q, 7, 9q, 11q, 12q, 13q, 15q, 17 og 22q. En pylorus kirtel adenom viste amplifikationer, som ligger på 12q13.2-q21.1 og 20q13.3-q13.33.
Fem pylorus kirtel adenomer (50%) viste tab af kromosom 5q, hvoraf to havde mistet en hel kromosom arm, viste mens to adenomer en 22,4 Mb sletning af 5q11.2-q13.3 og en adenom en 40,3 Mb sletning af 5q21.1-q31.2. Tab af kromosom 6 blev observeret i fire pylorus kirtel adenomer (40%), hvoraf tre viste et fuldstændigt tab af 6Q og en adenom viste en 51,2 Mb sletning af 6p21.1-q16.3. Andre kromosomale tab blev observeret på kromosomer 1P, 2q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20Q, og 21. En oversigt over DNA kopital aberrationer af pylorus kirtel adenomer er vist i tabel 2.Table 2 Oversigt over DNA-kopi nummer ændrer sig i 10 pylorus kirtel adenomer

Kromosomale afvigelser
Salg Flankerende kloner


Tumor ID
Avance
Tab
Segment størrelse (Mb ) myHotelVideo.com: Start
End
12
1q21.3-q23.3
9,95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-q43
14.07
RP11-375H24
RP11-80B9
3q
111,59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 0,3
9.11
RP11-20O22
RP11-451H23
6Q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77,48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63,47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 -
-
14
4
191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10.84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16,81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16.04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-Q15
2,58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6,86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32,53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13,57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110,28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17,72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10.84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-pter
35,59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203,62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66.00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40,27
CTD-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39.06
CTD-2323H12
RP11-451H23
6Q
113,61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
36.14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11.24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-Q21 0,2
51.24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51.24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-Q13
66,82
GS1-41L13
RP11-265B8
10
133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18,39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-Q13 0,3
24,64
RP4-592P18
CTD-2200O3
13q12.11-q14.3
31,58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-q26 0,3
77,21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-q23
31.31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10.02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9 p-q13
66,57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-Q21 0,1 (forstærkning)
19.50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55,56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-q23
23,28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (forstærkning)
14,62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43.15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130,26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62,57
CTB-62I11
RP11-506N21
6Q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
De mest almindelige afvigelser deles af både tarm-type og pylorus kirtel adenomer var gevinst på kromosom 9q (29%), 11q (29%), og 20q (33%) og tab af kromosom 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) og 13q (48%). Ved at sammenligne tarm-type og pylorus kirtel adenomer, CGH Multiarray afslørede otte kloner at være væsentligt anderledes, hvoraf seks blev placeret på kromosom 6q14-Q21 (p = 0,02 til 0,05) og to kloner på kromosom 9p22-p23 (p = 0,02 og 0,04, henholdsvis) (figur 1). Ingen gener placeret i de regioner, der er omfattet af disse kloner er blevet kendt for at være involveret i kræftrelaterede biologiske processer. Alligevel CGH Multiarray Region, efter korrektion for mangfoldighed, gav et falsk opdagelse sats (FDR) på 1 for alle disse regioner, hvilket indikerer ingen signifikante forskelle mellem de to forskellige typer af adenomer på kromosomale niveau. Unsupervised hierarkisk klyngeanalyse gav 2 klynger. Ingen signifikante associationer blev fundet her (p = 0,8). Figur 1 Sammenligning af DNA kopi antal ændringer i tarm og pylorus kirtel gastriske adenomer. En p-værdi (Y-akse) blev beregnet for hver klon, baseret på en Wilcoxon test med bånd, og plottet i kromosomale rækkefølge fra kromosom 1 til 22 (x-akse). Otte kloner nået niveauet for signifikans (p < 0,05)., Men undlod at fastholde en markant lav falsk opdagelse sats efter korrektion for multiple sammenligning
Diskussion
I betragtning af den heterogene fænotype af mavekræft, nærværende undersøgelse primært rettet at sammenligne kopital ændringer mellem tarm-typen adenomer og pylorus kirtel adenomer, for at finde fører mod genetiske pathways involveret i patogenesen af ​​gastrisk cancer. Adenom-til-carcinom observeres progression i 30-40% af pylorus kirtel adenomer og i ca. 5-30% af de intestinale-type adenomer (varierende fra ca. 5% i rørformede adenomer til næsten 30% for tubulovillous og villøs adenomer) [9-11], hvilket indikerer den direkte maligne potentiale af disse to adenom typer og gøre gastrisk adenomer en passende model til påvisning af tidlige hændelser i gastrisk carcinogenese.
pylorus kirtel adenomer udgør en nylig anerkendt enhed [8, 26]. Så vidt vi ved, har denne type af adenomer aldrig blevet analyseret ved matrix CGH før. Det gennemsnitlige antal hændelser i denne type adenom var 5,4 (0-9), med 2,4 (0-7) gevinster og 3 (0-7) tab. Dette kan sammenlignes med det gennemsnitlige antal aberrationer i tarm-type adenomer (6,5 (0-18), 3.4 (0-14) og 3,1 (0-7) henholdsvis). I pylorus kirtel adenomer, hyppige begivenheder var gevinst på kromosom 20 og tab på kromosomer 5q og 6, mens tarm-type adenomer hovedsageligt viste gevinst på kromosomerne 8, 9q og 11q, og tab på kromosomer 5q, 6, 10 og 13. I den foreliggende undersøgelse gevinst på kromosom 7 var mindre udbredt end tidligere [16] fundet. Selv om disse ofte ændrede områder er forskellige mellem de to typer af adenomer, hierarkisk klynge analyser ikke adskille grupperne. Desuden har CGH Multiarray Region ikke konstateret væsentlige forskelle efter korrektion for multiple sammenligninger. Denne mangel på statistisk signifikante forskelle kan skyldes den begrænsede stikprøvestørrelse kombineret med det faktum, at der generelt, adenomer viser små kromosomforandringer. På den anden side kunne det simpelthen være, at disse morfologisk forskellige enheder ikke adskiller i form af kromosomale gevinster og tab. Finde ingen signifikante forskelle på den kromosomale niveau ikke
hinder andre genetiske og biologiske forskelle såsom mutation eller promotor methylering status af specifikke gener. Afvigelser allerede påvist i adenomer kan være tidlige begivenheder i den trinvise proces med akkumulerende ændringer, som kan forårsage progression af adenom til carcinom. Som forventet var det gennemsnitlige antal af kromosomale hændelser var lavere i adenomer sammenlignet med carcinomer [13, 14, 27]. Desuden højt niveau amplifikationer er ualmindelige i adenomer, mens karcinomer viser ofte højt niveau amplifikationer [13, 16].
Den afvigelser findes i både tarm-type og pylorus kirtel adenomer, såsom tab på kromosom 5q, er også ofte opdages i gastriske carcinomer [15, 19, 28]. Tidligere CGH Resultaterne viste en signifikant højere antal kromosom 5q tab i tarm-typen karcinom i forhold til diffus typen karcinom [29]. Kromosom 6, også tabt i begge typer adenomer, ofte udgår i gastriske carcinomer som bestemt ved LOH undersøgelser [30, 31]. Desuden har kromosom 6Q deletion blevet rapporteret at være involveret i en tidlig fase af gastrisk carcinogenese, da kromosom 6Q deletioner ofte opdages tidligt gastrisk cancer og også i intestinal metaplasi [31, 32]. Tab af kromosomerne 10 og 13 er tidligere blevet observeret i adenomer ved lavere frekvenser. I gastriske carcinomer har begge gevinster og tab på kromosom 10 og 13 blevet observeret af tidligere CGH undersøgelser [15, 19, 21, 33]. Kromosom 10 havne oncogenet FGFR2
(10q26) og tumorsuppressorgener PTEN /MMAC1 Hotel (10q23) og DMBT1
(10q25-q26), begge er involveret i carcinogenese, hvilket kunne forklare observation af både gevinster og tab af kromosomer 10 i gastriske carcinomer [34-36]. Faktisk kromosom 13 havne tumorsuppressorgener såsom BRCA2
(13q12.3) og retinoblastoma gen (RB1
) (13q14). I modsætning hertil har gevinst på kromosom 13q blevet korreleret til kolorektal adenom-til-carcinom progression, og amplifikation af kromosom 13 er blevet observeret i gastriske adenomer med svære intraepitelialneoplasi [14, 37]. derfor fortsat Den præcise rolle af kromosom 13 aberration i mavekræft skal løses.
fleste hyppige kopi nummer gevinster blev observeret på kromosomerne 8, 9q, 11q og 20. Særligt gevinster kromosomer 8 og 20 er i overensstemmelse med tidligere (array) CGH studier i både gastrisk adenomer og gastriske carcinomer [13-16, 19, 25], der implicerer dette så tidlige hændelser i tumorudvikling. Selv gevinst på kromosom 11q ikke er blevet beskrevet som en hyppig begivenhed i adenomer, i carcinomer forstærkningen på kromosom 11q er almindelig [13-16]. I den foreliggende undersøgelse gevinst på kromosom 11q blev hyppigt observeret i adenomer, hvilket indebærer den maligne potentiale af disse adenomer.
Konklusion
Disse data indikerer, at gevinster på kromosomerne 8, 9q, 11q og 20 og tab på kromosomer 5q, 6, 10 og 13 er tidlige begivenheder i gastrisk carcinogenese. Trods de fænotypiske forskelle, behøver intestinal-type og pylorus kirtel adenom ikke signifikant på niveauet af DNA kopital ændringer. Salg Metoder
Materiale
Enogtyve paraffinindlejrede gastriske adenomer, 11 intestinal-type og 10 pylorus kirtel adenomer, blev inkluderet i denne undersøgelse (figur 2A og 2B). Tumor og patientdata er angivet i tabel 3. For hver tilfælde blev en tumor område bestående i mindst 70% af tumorcellerne afgrænset på en 4 um hematoxylin og eosin farvede vævssnit. Tilstødende 10-15 serielle vævssnit på 10 um blev farvet med hematoxylin og det tilsvarende tumorområdet blev mikrodissekeres anvendelse af en kirurgisk kniv. En endelig 4 um afsnittet "sandwich" blev lavet og farvet med hemotoxylin og eosin, sammenlignes med den første slide som kontrol. Efter afparaffinering, blev DNA ekstraheret ved en kolonne-baserede metode (QIAamp DNA mini kit, Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table 3 Tumor og patientinformation
Tumor ID
Adenom typen
Grad af dysplasi
Køn

Alder
Tumor ID
Adenom typen
Grad af dysplasie
Køn
Alder
1
Intestinal
Moderat
Male
75
12
pyloric kirtel
Moderat
Male
78
2
Intestinal
Moderat
Mand
45
13
pyloric kirtel
Mild
Mand
50
3
Intestinal
Moderat
Male
80
14
pyloric kirtel
Svær
Female
76
4
Intestinal
Moderat
Male
79
15
pyloric kirtel
Moderat
Female
85
5
Intestinal
Moderat
Male
76
16
pyloric kirtel
Moderat
Male
63
6
Intestinal
Moderat
Male
75
17
pyloric kirtel
Mild
Female
86
7
Intestinal
Mild
Mand
57
18
pyloric kirtel
Moderat
Female
59
8
Intestinal
Moderat
Mand
64
19
pyloric kirtel
Moderat
Male
69
9
Intestinal
Mild
Mand
63
20
pyloric kirtel
Moderat
Female
78
10
Intestinal
Mild
Mand
75
21
pyloric kirtel
Moderat
Mand
?
11
intestinal
Moderat
Female
45
Figur 2 Haematoxilin og eosin farvning (original forstørrelse × 400) af intestinal-type (A) og pylorus kirtel ( B) gastriske adenomer. A. Intestinal-typen adenom i maven sammensat af uregelmæssigt anbragte kirtler sammensat af intestinal type epitel med eosinofil cytoplasma og forstørrede kerner. B. pyloric kirtel adenom i maven består af tæt ryg mod ryg pakket kirtler, der består af celler med bleg cytoplasma og små runde hyperkromatiske kerner.
Genomisk DNA opnået fra perifert blod fra ti normale individer blev samlet (enten ti kvinder eller ti mænd afhængigt af køn af patienten, hvorfra adenom opnåedes) og anvendt som kontrol reference-dna.
Array CGH
Array CGH blev udført i det væsentlige som tidligere [39] beskrevne. Kort fortalt, 300 ng tumor og referencestoffer DNA'er, sex-mismatch som eksperimentel kontrol, blev mærket ved tilfældig priming (Bioprime DNA Labelling System, Invitrogen, Breda, NL), hver i et volumen på 50 pi. Ikke inkorporerede nukleotider blev fjernet ved anvendelse ProbeQuant G-50 mikrokolonner (Amersham Biosciences). Cy3-mærket test genomisk DNA og Cy5 mærket reference-dna blev kombineret og co-udfældet med 100 ug af human Cot-1-DNA (Invitrogen, Breda, NL) ved tilsætning af 0,1 volumen 3 M natriumacetat (pH 5,2) og 2,5 volumener is- kold 100% ethanol. Bundfaldet blev opsamlet ved centrifugering ved 14.000 rpm i 30 minutter ved 4 ° C og opløst i 130 pi hybridisering blanding indeholdende 50% formamid, 2 x SCC og 4% SDS. Hybridiseringsopløsningen blev opvarmet i 10 minutter ved 73 ° C for at denaturere DNA'et, efterfulgt af 60-120 minutters inkubation ved 37 ° C for at tillade den Cot-1-DNA til at blokere repetitive sekvenser. Blandingen blev hybridiseret på et array indeholdende ca. 5000 kloner spottet i tre eksemplarer og fordelt langs hele genomet med en gennemsnitlig opløsning på 1,0 Mb. Klonerne består af Sanger BAC klon sæt med en gennemsnitlig opløsning langs hele genomet på 1,0 Mb [40], den OncoBac sæt [41], og udvalgte kloner af interesse, opnået fra Børnehospital Oakland Research Institute (Chori). De udvalgte kloner omfatter en samling af BAC-kloner på kromosom 6 udfylde hullerne større end 1 Mb, og fuld dækning contigs om specifikke områder på kromosomerne 8, 13 og 20. Hybridisering blev udført i en i en hybridisering station (Hybstation12 - Perkin Elmer Life Sciences, Zaventem, BE) og inkuberet i 38 timer ved 37 ° C. Efter hybridisering blev objektglassene vasket i en opløsning indeholdende 50% formamid, 2 x SCC, pH 7 i 3 minutter ved 45 ° C, efterfulgt af 1 minuts vasketrin ved stuetemperatur med PN-puffer (PN: 0,1 M sodiumphosphate, 0,1% Nonidet P40, pH 8), 0,2 x SSC, 0,1 × SCC og 0,01 × SCC.
billede erhvervelse og dataanalyse
Billeder af arrays blev erhvervet ved scanning (Agilent mikromatrice scanner- Agilent teknologier, Palo Alto, USA ) og kvantificering af de intensiteter for hver plet for de to kanaler Cy3 og Cy5 signal- og baggrund blev udført af Imagene 5.6 software (BioDiscovery Ltd, Marina del Rey, CA, USA). Lokal baggrund blev trukket fra signalet median intensiteter og tumorer at refererer nøgletal blev beregnet. Forholdene blev normaliseret mod den tilstand af forholdene mellem alle autosomer. Kloner med dårlig kvalitet af en af ​​de tre eksemplarer og hybridisering med en standardafvigelse (SD) ≤ 0,22 og kloner med > 50% manglende værdier i alle adenomer blev udelukket, forlader 4648 kloner til yderligere analyse. Alle efterfølgende analyser blev udført overvejer klon position fra UCSC May2004 indefrysning af den menneskelige Golden Path.
Array CGH glat [42, 43], blev anvendt til automatiseret detektering af breakpoints til at bestemme kopital gevinster og tab. Eftersom der observeres variation i kvaliteten i DNA opnået fra formalin-fikserede paraffin-indlejrede gastriske væv blev forskellige udjævning parametre anvendt, afhængigt af kvaliteten af ​​hybridisering. For vifte CGH profiler med en standardafvigelse mindre eller lig med 0,15, mellem 0,15 og 0,20 eller mellem 0,20 og 0,22, den anvendte udjævning parametre til at bestemme gevinster og tab var 0,10, 0,15 og 0,20 hhv. Log 2 tumor at referere forholdet over 1 blev betragtet som forstærkning.
Statistisk analyse
Unsupervised hierarkisk klyngeanalyse blev udført for at analysere fordelinger af de genomiske profiler af alle adenomer bruger TMEV software 3.0.3 [44] . Baseret på normaliseret glattet log 2 tumor til normale fluorescensintensitetsforhold blev en hierarkisk træ konstrueret ved hjælp af parametrene komplet lift og euklidisk afstand. Pearson Chi-square test blev anvendt til analyse af korrelationer mellem medlemskab klynge og adenom type (SPSS 11.5.0 til vinduer, SPSS Inc., Chicago, IL, USA).

• Nedregulering af bindevæv vækstfaktor hæmmer væksten og invasion af gastriske cancerceller og dæmper peritoneal formidling
• Association mellem Helicobacter pylori genotyper og sværhedsgraden af ​​kronisk gastritis, mavesår sygdom og gastrisk slimhinde interleukin-8 niveauer: Beviser fra en undersøgelse i Mellemøsten