Število kopij DNA profili iz želodca predhodnika raka lesions

DNA kopiranje profilov številskim želodca poškodb predhodnikov raka
Abstract
Ozadje
kromosomska nestabilnost (CIN) je najbolj razširjena vrsta genomske nestabilnosti v želodčnih tumorjev, vendar njegova vloga v maligne transformacije želodčne sluznice je še vedno nejasen. V tej študiji smo se odpravili na študij ali bi dve morfološko različni kategoriji želodčnih lezij predhodnikov raka, tj črevesnih tipa in pilorično adenomov žleze, opravljajo različne vzorce sprememb število DNA kopijo, lahko odraža različne genetske poti iz želodca rakotvornosti v teh dveh adenom tipov.
Rezultati
Uporaba 5K BAC nizi CGH platformo, smo pokazali, da so najpogostejši aberacije, ki jih adenomov žleze 11 črevesne tipa in 10 pilorično skupni dobički kromosomov 9 (29%), 11q ( 29%) in 20 (33%) ter izgube kromosomom 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) in 10 (33%). Najpogostejši aberacije pri črevesnih tipa želodca adenom bili dobički 11q, 9q in 8, ter izgube kromosomi 5q, 6, 10 in 13, ker ti so bili v pilorično žleze želodca adenomov dobički na kromosomu 20 in izgube 5q in 6. Vendar pa so med obema vrstama adenom opazili nobenih pomembnih razlik.
Zaključek
Rezultati kažejo, da dobički kromosomov 8, 9q, 11q in 20, in izgube kromosomi 5q, 6, 10 in 13, ki bi lahko pomenijo predčasno dogodki v želodca rakotvornost. V fenotipskih subjekti, črevesne tipa in pilorično adenomov žleze, vendar ne bistveno (P = 0,8), se razlikujejo na ravni DNK sprememb števila kopij.
Ozadje
raka želodca je drugi najpogostejši malignom po vsem svetu in prognoza te maligne bolezni še vedno zelo slaba [1]. Želodca stopnje pojavnosti in umrljivosti za rakom razlikuje med različnimi državami v Evropski uniji [2]. Na Nizozemskem je na petem mestu kot vzrok smrti zaradi raka, pri čemer vsako leto približno 2.200 novih primerov [3]. Kirurgija s kurativno namenom je zdravljenje izbire v naprednih primerov raka želodca, ker lahko lokalni endoskopski mucosectomy biti kurativno v začetku rakom želodca. Odkrivanje in odstranjevanje želodčnih neoplazij v zgodnji ali celo predrakave države bodo prispevale k zmanjšanju smrti zaradi raka želodca. Za dosego tega cilja so potrebni boljši testi za zgodnje odkrivanje raka želodca, ter izboljšano razumevanje biologije želodca napredovanja raka je pri tem ključna.
Po modelu Correa, patogeneza črevesne tipa želodca adenokarcinom sledi se je odprla pot za kroničnim aktivnim gastritisom zaradi Helicobacter pylori
okužbe, ki vodi na mukozno atrofijo, intestinalno metaplazijo ji sledi intraepitelijske neoplazije in končno invazivni adenokarcinom [4]. Genetska karakterizacija vzorcev tkiv v intraepitelijskih fazi neoplazije bi bistveno prispevalo k našemu razumevanju molekularne patogeneze raka želodca. Vendar pa so le redko odkrijejo te poškodbe, verjetno zaradi hitrega napredovanja skozi to fazo proti raku, in so običajno prisotni le v delih biopsijo, kar ovira genomsko analizo teh poškodb. Analiza alternativnih poškodb predhodnikov lahko torej, vsaj delno, biti nadomestek. Razvoj raka želodca skozi fazo adenom, čeprav manj pogosto, je taka alternativna pot. Te adenomov občasno odkrijejo med gastroskopijo in prisoten kot velikih poškodb, ki histološko prikazujejo znotraj epitelne neoplazije, zaradi česar so primerni za genomske analize. Želodčne adenomov neposredno maligni potencial in predstavljajo približno 20% vseh epitelnih polipov [5, 6]. Želodčne adenomov lahko klasično cevaste, tubulovillous ali sluznice morfologijo s pretežno intestinalnega tipa epitela, ampak se lahko pojavijo tudi pilorusa adenomov žleze [6]. Pilorusa adenomov žleze izhaja iz globoke mukoidnim žlez v želodcu in so zelo pozitivne za mucin 6 [7, 8]. Precejšnje število želodčnih adenomov že kažejo napredovanje do adenokarcinom. Na prvi diagnozi okoli 30-40% vseh pilorično adenomov žleze že kažejo poudarek karcinom [9, 10]. Za črevesne tipa adenomov je ta številka nižja in se giblje od 28,5% za sluznice adenomov in 29,4% za adenomov tubulovillous tipa le 5,4% v cevastih adenomov [11]. Obe adenokarcinomov, ex črevesne tipa adenomov in ex adenomov pilorično žleze, kažejo žlezne strukture, v nasprotju s razpršenih raka želodca tipa.
Ključni element v patogenezi večine želodca raka, kot v mnogih drugih tumorjev, je kromosomsko nestabilnost , zaradi česar dobičke in izgube delov ali celo celih kromosomov [12]. Te spremembe kromosomske lahko analiziramo s primerjalno genomsko hibridizacijo (CGH). Več prejšnje študije so odkrili genetske spremembe v želodcu adenomov uporabo te tehnike, pri čemer je dobiček iz kromosomov 7q, 8q, 13q, 20q, in izgube na kromosom 4P, 5q, 9p 17p in 18q [13-16]. Čeprav je redka in opazili samo pri adenomov z visoko stopnjo intraepitelijske neoplazije, so ojačitve visoki ravni odkrije na kromosomi 7q, 8P, 13q, 17Q in 20q [13-16]. Pri želodčnih adenokarcinome dosledno opisane kromosomske aberacije so dobički na kromosomu 3q, 7p, 7q, 8q, 13q, 17Q in 20q in izgub iz kromosomov 4-kvadrantnem, 5q, 6Q, 9P, 17P in 18q. ojačitve na visoki ravni že večkrat odkrije na 7q, 8p, 8q, 17Q, 19q in 20q [14, 17-23]. Kljub temu, kromosomske aberacije, ali število kopij DNK spreminja, niso enotni pri raku želodca [24]. Podskupine z različnimi vzorci DNA kopijo število sprememb, se lahko prizna, kar je bilo dokazano, da so povezani s kliničnim izidom, kot tudi [25].
V tej študiji smo se odpravili na študij ali dve morfološko različnih vrst raka želodca prekurzorja poškodbe, tj črevesne tipa in pilorično adenomov žleze, bi nosili različne vzorce sprememb število DNA kopijo, lahko odraža različne genetske poti iz želodca rakotvornost v dveh vrstah adenom.
bili rezultati
DNA kopiranje spremembe številka v opazili 10 od 11 intestinalnega tipa adenomov in 9 od 10 adenomov pilorično žleze. Povprečno število kromosomskih dogodkov, ki je opredeljen kot dobički in izgubami, na tumorja je 6,0 (razpon 0-18), vključno z 2,9 (razpon 0-14) dobiček in 3,0 (razpon 0-7) izgube. V črevesne tipa adenomov je bilo povprečno število kromosomskih dogodkov na tumor 6,5 (razpon 0-18), od katerih je 3,4 (razpon 0-14) dobičke in 3.1 (razpon 0-7) izgube, in v pilorično žleze adenomov srednjo število je bilo 5,4 (razpon 0-9), 2,4 (razpon 0-7) in 3,0 (razpon 0-7) oz.
V želodcu adenomov na črevesno tipa, so bili najpogostejši aberacije opazili dobički kromosomih 8, 9q in 11q in izgube od kromosomi 5q, 6, 10 in 13. v štirih adenomov (36.4%), opazili dobiček hromozomskih 11q23.3 s skupno območju prekrivanja 2,6 Mb. Gain hromozomskih 9q opazili v štirih adenomov (36,4%) z 12,6 Mb skupnem območju prekrivanja, ki se nahaja na kromosomu 9q33.1-q34.13. Dobiček iz kromosoma 8 opazili v treh adenomov (31%), od katerih sta dva adenomov pokazala dobiček celotnega kromosoma 8, tretji adenom pokazala dobiček kromosomov 8P-q22.3 z dodatnim 28,7 Mb dobiček na kromosomu 8q24.11 -qter. Poleg tega so na kromosomih 1, 3, 6P, 7, 11P, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 in 22q opazili dobički. Ni ojačitve so opazili pri adenomov na črevesno tipa. V sedmih adenomov intestinalnega tipa (64%) so opazili
izbrisi na kromosomu 13. Od tega jih je pet pokazala 11,9 Mb izbris kromosoma 13q21.2-21.33 z dodatnim 7,7 Mb izbris na kromosomu 13q31.1-31.3. Druga dva adenomov pokazala 16,6 Mb izbris 13q14.3-31. Izbris na kromosomu 6 je bilo opaziti v šestih adenomov (55%), z prekrivajo regiji 68,9 Mb, ki se nahajajo na 6cen-q22.1. Izbris kromosoma 5q opazili v štirih adenomov (36%) s skupno območju prekrivanja, ki se nahaja na kromosomu 5q22.1-q23.2. Poleg tega so opazili črtanje celotnega kromosoma 10 v štirih adenomov (36%). Druge izgube opazili pri črevesnih tipa adenomov so se nahajali na kromosomi 8q, 9P, 10, 12q, 20q in 21. Pregled vseh število kopij DNA odstopanj od adenomov črevesne tipa je prikazan v tabeli 1.Table 1 Pregled DNA število kopij spremeni v 11 adenomov črevesnih tipa

kromosomske aberacije

spremljajočih klonov


tumorja ID
dobički
izgub
velikosti
odsekih (Mb)

Začetek
Proste konec
1
1p-p36.11
26.68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-Q23 0,2
55.26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13,78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52.05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17.32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4.80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39.63
RP11-200F15
RP11-62D23
2
1P -1p33
46.90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14.12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54.91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28.65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13.63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31.69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2.62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-V14 0,1
10.57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18.24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12.49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-Q21
57.26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 0,1
5.97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22.46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81,24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61.01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5,09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19,60
RP1-138B7
CTB81F12
3 -
-
4
6p21.1
3.32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76,38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9.69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-Q34 0,13
12.58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3,04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17.05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11.68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-Q24 0,3
8,92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53.40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8.06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33.72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11.75
RP11-322N7
RP11-1K22
6
3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88.49
RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11.86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9.62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1,41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80.52
CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8.76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74.37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-pter
31.18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39.71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77,65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63.31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60,87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31,25
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33.06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8.44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88,89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145,95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13.60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3.16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58.59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12.93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18.03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8,99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11
- -
najpogostejši aberacija opazili pilorično adenomov žleze so dobički na kromosomu 20 in izgube kromosomi 5q in 6. dobički kromosoma 20 so zabeležili v štirih adenomov (40 %). Tri adenomov pokazala 9,8 Mb dobiček kromosomov 20q13.12-q13.33 in opazili dobiček celega kromosoma 20 v drugi adenom. Poleg tega so bili dobički videti na kromosomih 1, 3q, 5q, 7, 9q, 11q, 12q, 13q, 15q, 17 in 22q. Ena piloricne adenom žleza pokazala ojačitve, ki se nahaja na 12q13.2-q21.1 in 20q13.3-q13.33.
Five pilorično adenome ščitnice (50%) je pokazala izgubo kromosomov 5q, od katerih sta dva so izgubili celo kromosom sredinski naslon za roko, medtem ko sta adenomov pokazala 22,4 Mb izbris 5q11.2-q13.3 in eno adenom 40.3 Mb izbris 5q21.1-q31.2. Izguba kromosoma 6, so opazili pri štirih adenomov pilorično žleze (40%), od katerih so trije pokazali popolno izgubo 6Q in enega adenoma pokazali 51,2 Mb izbris 6p21.1-q16.3. Drugi kromosomske izgube so bile na kromosomih 1p, 2Q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20q, in 21. opazili Pregled število kopij DNA odstopanj od adenomov na pilorično žleze je prikazano v tabeli 2.Table 2 Pregled števila kopij DNA spremeni v 10 pilorično adenomov žleze

kromosomske aberacije

Spremljevalni kloni


tumorja ID
dobički
izgub
velikost segmenta (Mb )
Proste Začetek
End
12
1q21.3-q23.3
9,95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-Q43
14.07
RP11-375H24
RP11-80B9
3q
111.59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 0,3
9.11
RP11-20O22
RP11-451H23
6q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77.48
RP11-4F24
RP11-313F15
20.
63.47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 -
-
14
4
191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10.84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16.81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16.04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-Q15
2.58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6.86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32.53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13.57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110,28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17.72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10.84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1.96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-pter
35,59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203.62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66.00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40.27
CTD-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39.06
CTD-2323H12
RP11-451H23
6q
113.61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
36.14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11.24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-Q21 0,2
51.24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51.24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-V13
66,82
GS1-41L13
RP11-265B8
10
133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-Q13 0,3
24.64
RP4-592P18
CTD-2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-Q26 0,3
77,21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-Q23
31.31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10.02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9P-V13
66.57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-Q21 0,1 (ojačanje)
19.50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55.56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-Q23
23.28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (ojačitve)
14,62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43.15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130,26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62.57
CTB-62I11
RP11-506N21
6q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
najpogostejših aberacije oba črevesnih tipa in pilorično žlez adenomov so v skupni rabi dobiček kromosoma 9q (29%), 11q (29%) in 20q (33%) in izguba kromosoma 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) in 13q (48%). S primerjavo črevesno-type in pilorično adenome ščitnice, CGH Multiarray pokazala osem klonov, da je bistveno drugačna, šest od katerih je bilo nahaja na kromosomu 6q14-Q21 (p = 0,02 do 0,05) in dva kloni na kromosomu 9p22-P23 (p = 0,02 in 0,04 oz) (slika 1). Ni geni, ki se nahajajo v regijah, ki jih teh klonov zajetih je bilo znano, da se vključijo v bioloških procesih, povezanih z rakom. Kljub temu, CGH Multiarray regija, po popravku za množice, dala lažno stopnjo odkrivanja (FDR) od 1 za vse te regije, kar kaže nobenih bistvenih razlik med dvema različnima vrstama adenomov na ravni kromosomov. Nenadzorovana hierarhična analiza cluster dala 2 grozdov. Ni bistvenih združenja so na voljo tukaj (p = 0,8). Slika 1 Primerjava DNK kopirati število sprememb pri črevesnih in pilorično vrste žleza želodca adenomov. A p vrednost (Y-os) smo izračunali za vsako klona, ​​ki temelji na testu Wilcoxon z vezmi in narisan v kromosomsko vrstnem redu od kromosoma 1 do 22 (X-os). Osem kloni dosegla stopnjo pomembnosti (p < 0,05)., Vendar ni uspel ohraniti precej nizko stopnjo lažno odkritje po korekciji za multiple primerjave
Razprava PODJETJA
Glede na heterogeno fenotip raka želodca, ta študija namenjena predvsem za primerjavo sprememb številko kopije med intestinalnega tipa adenomov in pilorusa adenomov žleze, da bi našli vodi v smeri genetskih poti vključenih v patogenezo raka želodca. Adenom do raka je opaziti napredovanje v 30-40% adenomov na pilorično žleze in pri približno 5-30% od adenomov črevesne tipa (znašajo od 5% v cevastih adenomov, da skoraj 30% za tubulovillous in sluznice adenomov) [9-11], ki označuje neposredno maligni potencial teh dveh vrst adenom in izdelavo želodca adenomov primeren model za odkrivanje zgodnjih dogodkov v želodcu rakotvornost.
adenomov pilorično žleze tvorijo kratkim priznan subjekt [8, 26]. Kolikor nam je znano, ta vrsta adenomov še nikoli ni bila analizirana s polja CGH prej. Povprečno število dogodkov v tej vrsti adenom znašala 5,4 (0-9), z 2,4 (0-7) dobičkov in 3 (0-7) izgube. To je primerljivo s povprečnim številom aberacij v črevesnega tipa adenomov (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) in 3,1 (0-7) oziroma). V pilorično adenomov žleze, so pogoste dobiček na kromosomu 20 in izgub kromosomi 5q in 6, medtem ko črevesne tipa adenomov predvsem pokazala dobiček na kromosomih 8, 9q in 11q in izgube kromosomi 5q, 6, 10 in 13 ta študija, dobiček iz kromosoma 7 je bilo manj pogosto kot prej [16] je pokazala. Čeprav so ti pogosto spremenjeni regije razlikujejo med dvema vrstama adenomov, hierarhično cluster analize ni ločiti skupine. Poleg tega CGH Multiarray regija ni pokazala nobenih bistvenih razlik po korekciji za multiple primerjave. To pomanjkanje statistično pomembnih razlik je lahko zaradi omejene velikosti vzorca v kombinaciji z dejstvom, da je na splošno, adenomov kažejo malo kromosomske aberacije. Po drugi strani pa bi bilo preprosto, da ti morfološko različni subjekti ne razlikujejo glede na kromosomskih dobičkov in izgub. Iskanje ni velike razlike na ravni kromosomske ne izključuje drugih genetske in biološke razlike, kot so stanje mutacije ali promotor metilacije določenih genov.
Aberacije že odkrite v adenomov lahko zgodnji dogodki v korakih procesu kopičijo sprememb, ki lahko povzročijo napredovanje adenom do karcinoma. Kot je bilo pričakovati, je bilo povprečno število kromosomskih dogodkov nižja v adenomov primerjavi s karcinomi [13, 14, 27]. Poleg tega, ojačitve visoki ravni so redki v adenomov, medtem ko karcinomi pogosto kažejo ojačitve na visoki ravni [13, 16].
Najdemo tako v črevesni tipa in pilorično žlez adenomov, kot so izgube na kromosomu 5q aberacije, so prav tako pogosto odkrijejo v želodčnih karcinomov [15, 19, 28]. Prejšnji rezultati CGH pokazale bistveno večje število izgub kromosom 5q v črevesnih tipa raka v primerjavi z razpršeno vrste raka [29]. Kromosoma 6, izgubila tudi v obeh vrstah adenomov, pogosto črta v želodčnih karcinomov, kot je določeno s študijami loh [30, 31]. Poleg tega so poročali kromosom 6q izbris, da se vključijo v zgodnji fazi želodca rakotvornosti, saj se kromosom 6Q izbrisi pogosto odkrijejo v zgodnjem raku želodca in tudi intestinalno metaplazijo [31, 32]. Izgube kromosomov 10 in 13 so že opazili pri adenomov pri nižjih frekvencah. Pri želodčnih karcinomov, so opazili tako dobički in izgube kromosoma 10 in 13, ki jih prejšnjih študij CGH [15, 19, 21, 33]. Kromosom 10 pristanišč onkogena FGFR2
(10q26) in zaviralnih genov PTEN /MMAC1
(10q23) in DMBT1
(10q25-Q26), ki sta vključeni v rakotvornosti, ki bi lahko pojasnili opazovanje obeh dobičkov in izgube kromosomov 10 v želodcu karcinomov [34-36]. Pravzaprav so kromosomske 13 luke zaviralnih genov, kot so BRCA2
(13q12.3) in retinoblastom gena (RB1
) (13q14). V nasprotju s tem pa je bil dobiček kromosoma 13q povezana s kolorektalnim napredovanje adenom-z rakom, in ojačanje kromosoma 13, so opazili v želodčnih adenomov s hudimi intraepitelijske neoplazije [14, 37]. Natančno vlogo kromosoma 13 aberacija raka želodca, zato je treba še rešiti.
Najpogostejši kopiranje število dobički so opazili na kromosomih 8, 9q, 11q in 20. Zlasti dobički kromosomov 8 in 20, so v skladu s prejšnjo (matrike) študije CGH v obeh želodca adenomov in želodčnih karcinomov [13-16, 19, 25], nakazujejo, da je to zgodnje dogodke v tumourigenesis. Čeprav je dobiček kromosoma 11q ni bila opisana kot pogost dogodek v adenomov, v karcinomov dobiček ali ojačanje na kromosomu 11q je skupna [13-16]. V tej študiji dobiček kromosomu 11q so pogosto opazili v adenomov, kar pomeni maligni potencial teh adenomov.
Zaključek
Ti podatki kažejo, da se dobički kromosomov 8, 9q, 11q in 20 in izgube kromosomi 5q, 6, 10 in 13 so zgodnji dogodki želodca rakotvornost. Kljub fenotipskih razlik, črevesne tipa in piloricne adenom žleze se bistveno ne razlikujejo na ravni DNK kopijo sprememb številko.
Metode
Material
Enaindvajset-parafin vgrajeni želodca adenoma, 11 črevesne tipa in 10 pilorično adenomov žleze, so bili vključeni v to študijo (Slika 2A in 2B). Tumorja in bolnikov podatki so podani v tabeli 3. Za vsak primer je tumor površina sestoji vsaj 70% tumorskih celic razmejeno na 4 um hematoksilinom in eozinom poglavje obarvanih tkiva. Sosednji 10-15 serijske odseki tkiv 10 um smo obarvali s hematoksilinom in ustrezna površina tumorja smo microdissected pomočjo kirurškega rezilo. Končno 4μm poglavje "sendvič", je bila narejena in obarvajo z hemotoxylin in eozinom, se primerja s prvo prosojnico kot kontrole. Po deparaffinization je DNA, pridobljeni z metodo, ki temelji na stolpcu (QIAamp DNA mini komplet za; Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table 3 tumorja in podatki bolnik
tumorja ID-
tip Adenoma
razred displazije
Spol

Starost
tumorja ID-
tip Adenoma
razred dysplasie
Spol
Starost
1
črevesne
Zmerna
Male
75
12
pilorično žleze
Zmerna
moški
78
2
črevesne
Zmerna
moški
45
13
pilorično žleze
Blaga
male
50
3
Črevesne
Zmerna
moški
80
14
pilorično žleze
Huda
ženska
76
4
črevesne
Zmerna
Male
79
15
pilorično žleze
Zmerna
ženska
85
5
Črevesne
Zmerna
Male
76
16
pilorično žleze
Zmerna
Moški
63
6
Črevesne
Zmerna
Moški
75
17
pilorično žleza
Blaga
ženska
86
7
Črevesne
Blaga
Moški
57
18
pilorično žleza
Zmerna
ženska
59
8
črevesne
Zmerna
Male
64
19
pilorično žleza
Zmerna
moški
69
9
črevesne
Mild
Male
63
20
pilorično žleze
Zmerna
ženska
78
po 10
črevesne
Mild
Male
75
21
pilorično žleze
Zmerna
Moški
?
11
črevesne
Zmerna
ženski
45
Slika 2 Haematoxilin in eozinom obarvanje (originalni povečavi × 400) črevesne tipa (A) in pilorično žleze ( B) želodčnih adenomov. A. intestinalna tipa adenom želodca, ki ga sestavljajo nepravilno razporejeni žlez, sestavljenih iz intestinalnega tipa epitela z eozinofilnim citoplazmi ter povečanimi jedra. B. pilorično žleze adenoma želodca sestavljen iz gosto hrbtni pakirane žleze, sestavljen iz celic s svetlo citoplazmo in majhnimi okroglimi hyperchromatic jedra.
Genomske DNK, pridobljen iz periferne krvi, iz desetih zdravih posameznikih smo zbrali (bodisi deset samice ali deset samcev glede na spol pacienta, iz katerega je bila pridobljena adenoma) in se uporablja kot referenčno kontrolni DNA.
Array CGH
matrike CGH smo izvedli v bistvu tako kot prej [39] opisano. Na kratko, 300 ng tumor in referenčne DNA, spol neusklajenost kot eksperimentalno kontrolo so označeni z naključnim grundiranje (Bioprime DNK Označevanje sistema, Invitrogen, Breda, NL), vsako v volumnu 50 ul. Ki niso vključene nukleotidi so bili odstranjeni s pomočjo ProbeQuant G-50 mikrokolonah (Amersham Biosciences). Cy3 označeni testno genomske DNA in Cy5 označenega referenčnega DNA smo združili in sooborjenih z 100 ug človeškega Zibelka-1 DNA (Invitrogen, Breda, NL) z dodatkom 0,1 volumna 3 M natrijevega acetata (pH 5,2) in 2,5 volumnov Ledeno hladno 100% etanol. Oborino zberemo s centrifugiranjem pri 14.000 obratih na minuto za 30 minut pri 4 ° C in raztopimo v hibridizacije zmes 130 ul, ki vsebuje 50% formamida 2 x SCC in 4% SDS. Raztopino hibridizacijo smo segrevali 10 minut pri 73 ° C, da se denaturira DNA, čemur sledi 60-120 minutah inkubacije pri 37 ° C, da se omogoči Zibelka-1 DNA blokirati ponavljajoče sekvence. Zmes smo hibridizirali na matriki, ki vsebuje približno 5000 kloni potrebe ugotovijo v trojniku in širijo vzdolž celotnega genoma s povprečno ločljivostjo 1,0 Mb. Kloni so sestavljeni iz klona Sanger BAC določen s povprečno resolucijo vzdolž celotnega genoma 1,0 Mb [40] je OncoBac nastavite [41], in izberemo klone interesa, pridobljene iz Otroški bolnišnici Oakland Research Institute (CHORI). Izbrani kloni obsegajo zbirko BAC klonov na kromosomu 6 zapolnjevanje vrzeli večje od 1 Mb, in polno pokritost contigs na določenih območjih na kromosomih 8, 13 in 20. hibridizacija je bil, ki se opravljajo v hibridizacije postaje (Hybstation12 - Perkin Elmer life Sciences, Zaventem, BE) ter inkubiramo 38 ur pri 37 ° C. Po hibridizaciji smo drsi sprali z raztopino, ki vsebuje 50% formamida 2 x SCC, pH 7 za 3 minute pri 45 ° C, čemur sledi 1 minuto pranje korakov pri sobni temperaturi s PN pufrom (PN: 0.1 M sodiumphosphate, 0,1% Nonidet P40, pH 8), 0,2 x SSC, 0,1 x SCC in 0,01 × SCC. pridobitev
slike in analiza podatkov
slike nizi so bili pridobljeni s skeniranjem (Agilent DNA mikromrež Scanner- tehnologije Agilent, Palo Alto, ZDA ) in količinsko signalov in ozadja intenzivnosti za vsako mesto po dveh kanalih Cy3 in Cy5 je opravil Imagene 5,6 programske opreme (Biodiscovery doo, Marina del Rey, CA, ZDA). Lokalni ozadje odšteli od signala so bile izračunane mediana intenzivnosti in tumorji, da se sklicujejo na razmerja. Razmerja smo normalizirali proti načinu razmerij vseh autosomes. Kloni s slabo kvaliteto ene od treh izvodih in hibridizacijo s standardnim odklonom (SD) ≤ 0,22 in klone z > 50% manjkajočih vrednosti v vseh adenomov so bili izključeni, pri čemer 4648 klonov za nadaljnjo analizo. Vse nadaljnje analize so bile izvedene glede na položaj klon od zamrznitve UCSC maj 2004 človeškega Golden Path.
Array CGH gladko [42, 43], je bila uporabljena za avtomatsko detekcijo mejnih vrednostih določiti število kopij dobičke in izgube. Ker je sprememba kakovosti opazili DNK, pridobljene iz-formalin fiksni parafinski vgrajeni želodca tkivu, so bile uporabljene različne parametre, glajenje, odvisno od kakovosti hibridizacije. Za niz CGH profile s standardnim odklonom manjše ali enako 0,15, med 0,15 in 0,20 ali med 0,20 in 0,22, uporabljena glajenje parametrov za določitev dobički in izgube, ki je bila 0,10, 0,15 in 0,20 oz. Log 2 tumor na referenčno razmerje od 1, je bilo obravnavano kot pomnoževanje.
Statistična analiza
nenadzorovano hierarhično analizo grozdov je bila izvedena analizirati porazdelitev v genomskih profilov vseh adenomov uporabljajo TMEV programske opreme 3.0.3 [44] . Na podlagi normalizirane zgladili dnevniku 2 tumorja v normalnih razmerij intenzivnosti fluorescence, je hierarhično drevo zgrajena z uporabo parametrov popolna povezovalni in evklidski razdalje. Pearson hi-kvadrat test je bil uporabljen za analizo korelacije med članstvom grozdov in vrsto adenom (SPSS 11.5.0 za okna, SPSS Inc., Chicago, IL, ZDA).

• Downregulation vezivnega rastnega faktorja tkivo zavira rast in invazijo želodčnih rakavih celic in zmanjša peritonealno razširjanje
• Zveza med Helicobacter pylori genotipov in resnosti kronični gastritis, peptični ulkus in interlevkin-8 nivojev želodčni sluznici: Dokazi iz študije na Bližnjem vzhodu