DNA kopioluku profiileja mahasyövän esiasteleesioita

DNA kopioluku profiileja mahasyövän esiasteleesioita
tiivistelmä
tausta
Kromosomi epävakaus (CIN) on yleisin tyyppi perimän epävakaisuuden mahalaukun kasvaimet, mutta sen rooli pahanlaatuisen muutoksen mahalaukun limakalvon on edelleen epäselvä . Tässä tutkimuksessa, ryhdyimme tutkimaan, onko kahden morfologisesti erilliseen luokkaan mahalaukun syövän esiasteleesioita eli suoliston-tyyppinen ja pyloric rauhassyövät kantaisi eri mallien DNA kopioluvun muutoksia, mikä saattaa johtua erillisiä geneettinen polkuja mahasyövän näissä kaksi adenooma tyyppiä.
tulokset
käyttäminen 5K BAC array CGH alustan, osoitimme, että yleisin poikkeavuuksia yhteinen 11 suoliston-tyyppinen ja 10 pyloric rauhassyövät olivat voittoja kromosomien 9 (29%), 11 q ( 29%) ja 20 (33%), ja tappiot kromosomeja 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) ja 10 (33%). Yleisimmät poikkeamat suoliston-tyyppinen mahalaukun adenooma olivat voitot 11q, 9q ja 8, ja tappiot kromosomien 5q, 6, 10 ja 13, kun taas mahanportin rauhasen mahalaukun adenoomia nämä olivat voitot kromosomissa 20 ja tappiot 5q ja 6. ei kuitenkaan ole merkittäviä eroja havaittiin näiden kahden välillä adenooma tyyppiä.
Päätelmä
tulokset viittaavat siihen, että voitot kromosomeissa 8, 9q, 11q ja 20, ja tappiot kromosomien 5q, 6, 10 ja 13, edustavat todennäköisesti varhainen tapahtumia mahasyövän. Fenotyyppiset yhteisöt, suoliston-tyyppi ja pyloric rauhassyövät eivät kuitenkaan eroa merkittävästi (P ​​= 0,8) tasolla DNA kopioluvun muutoksia.
Tausta
Mahalaukun syöpä on toiseksi yleisin maligniteetti maailmanlaajuisesti ja ennusteen tämän pahanlaatuisen edelleen erittäin huono [1]. Mahalaukun syövän ilmaantuvuus ja kuolleisuus vaihtelevat eri maissa Euroopan unionissa [2]. Alankomaissa se on viidennellä sijalla kuin syy syövän kuoleman, noin 2200 uutta tapausta vuosittain [3]. Leikkaus kanssa parantava tarkoitus on hoito valinta edenneiden mahasyöpä, kun taas paikallinen endoskooppinen mucosectomy voi olla parantava alussa mahasyövässä. Tunnistamiseen ja poistamiseen mahalaukun neoplasioihin varhaisessa tai jopa premaligni tilassa pyritään vähentämään johtuvan kuoleman mahasyövän. Tämän tavoitteen saavuttamiseksi, parempi testit varhaista havaitsemista mahasyöpä tarvitaan, ja parannettu ymmärrystä biologian mahasyövän etenemisen on ratkaisevan tärkeää tässä suhteessa.
Mukaan Correa mallin patogeneesi suoliston-tyyppinen mahalaukun adenokarsinoomaa seuraa koulutusjakson krooninen aktiivinen gastriitti, koska Helicobacter pylori
infektion, mikä johtaa limakalvon atrofia, suoliston metaplasia seuraa intraepiteliaalinen neoplasia ja lopulta invasiivisen adenokarsinooma [4]. Geneettinen karakterisointi kudosnäytteiden intraepiteliaalisten neoplasia vaiheessa auttaisivat merkittävällä ymmärrystämme molekyylitason patogeneesin mahasyövän. Nämä vauriot ovat vain harvoin havaitaan, mahdollisesti johtuen nopeasta etenemisensä tässä vaiheessa kohti syöpä, ja ne ovat yleensä läsnä vain osassa biopsianäytteistä, vaikeuttavat genomisen analyysin näistä vaurioita. Analyysi vaihtoehtoisista esiasteleesioita voitaisiin siis, ainakin osittain, voi korvata. Kehittäminen mahasyöpä kautta adenooma vaiheessa, vaikkakin harvemmin, on sellainen vaihtoehtoinen reitti. Nämä adenoomia ovat joskus havaitaan gastroskopia ja läsnä suuria vaurioita, että histologisesti osoittavat intraepiteelisiin neoplasia, mikä tekee niistä sopivia genomista analyysiä. Mahalaukun adenoomia on suora pahanlaatuinen potentiaalia ja osuus on noin 20% kaikista epiteelin polyypit [5, 6]. Mahalaukun adenoomia voi olla klassinen putkimainen, tubulovillous tai villous morfologia on pääasiallisesti suolen-tyyppinen epiteelin, mutta voi myös näkyä mahaportin rauhassyövät [6]. Mahanportin rauhassyövät syntyvät syvällä limaisia ​​rauhaset mahassa ja ovat vahvasti positiivisia musiinituoton 6 [7, 8]. Huomattava osa mahalaukun adenoomien osoittavat jo etenemiseen adenokarsinooma. Ensimmäisellä diagnoosi noin 30-40% kaikista mahaportin rauhassyövät osoittavat jo painopiste karsinooma [9, 10]. Suolen-tyyppinen adenoomia tämä määrä on pienempi ja vaihtelee 28,5% ja villous adenoomien ja 29,4% varten tubulovillous tyyppi adenoomia vain 5,4% putkimaisen adenoomien [11]. Molemmat adenokarsinoomat, ex suoliston-tyyppinen adenoomien ja ex pyloric rauhassyövät osoittavat rauhasrakenteet, toisin kuin hajanainen tyyppi mahasyövän.
Keskeistä patogeneesissä useimpien syöpien, kuten monissa muissakin kiinteät syövät, on kromosomi epävakaus , jolloin voittoja ja tappioita osien tai jopa kokonaisia ​​kromosomeja [12]. Nämä kromosomi muutoksia voidaan analysoida vertaileva genominen hybridisaatio (CGH). Useat aikaisemmat tutkimukset ovat havainneet geneettisiä muutoksia mahalaukun adenoomien käyttää tätä tekniikkaa, joka voitot kromosomissa 7q, 8q, 13q, 20q, ja tappiot kromosomissa 4p, 5q, 9p 17p ja 18q [13-16]. Vaikka harvinaista ja vain havaittu adenoomia korkean asteen intraepiteliaalinen neoplasia, korkean tason monistukset on havaittu kromosomeissa 7q, 8p, 13q, 17Q ja 20q [13-16]. Mahalaukun adenokarsinoomat, johdonmukaisesti kuvatut kromosomipoikkeavuuksien ovat voitot kromosomissa 3q, 7p, 7q, 8q, 13q, 17Q ja 20q ja tappiot kromosomissa 4q, 5q, 6Q, 9P, 17p ja 18q. Korkean tason monistukset on toistuvasti havaittu 7q, 8p, 8q, 17Q, 19q ja 20q [14, 17-23]. Silti kromosomipoikkeamakoe tai DNA: n kopioiden lukumäärä muuttuu, eivät ole yhtenäisiä mahasyövän [24]. Osaryhmään eri mallien DNA kopioluvun muutokset voidaan tunnistaa, joiden on osoitettu liittyvän kliinisen tuloksen sekä [25].
Tässä tutkimuksessa, ryhdyimme tutkimaan, onko kahden morfologisesti eri ryhmiin mahasyövän esiasteleesioita eli suoliston-tyyppinen ja pyloric rauhassyövät kantaisi eri mallien DNA kopioluvun muutoksia, mikä saattaa johtua erillisiä geneettinen polkuja mahasyövän kahdessa adenooma tyyppiä.
tulokset
DNA kopioluvun muutoksia havaittiin 10 ulos 11 suolen-tyyppinen adenoomien ja 9 10: mahaportin rauhassyövät. Keskimääräinen määrä kromosomi tapahtumia, määritellään voitot ja tappiot, per kasvain oli 6,0 (vaihteluväli 0-18), mukaan lukien 2,9 (vaihteluväli 0-14) voitot ja 3,0 (vaihteluväli 0-7) tappiot. Suolen-tyyppinen adenoomia, keskimääräinen lukumäärä kromosomi tapahtumien kohti kasvain oli 6,5 (vaihteluväli 0-18), josta 3,4 (vaihteluväli 0-14) voitot ja 3,1 (vaihteluväli 0-7) tappiot, ja mahanportin rauhassyövät keskiarvon luvut olivat 5,4 (0-9), 2,4 (vaihteluväli 0-7) ja 3,0 (vaihteluväli 0-7) vastaavasti.
In suoliston-tyyppinen mahalaukun adenoomia, yleisin poikkeavuuksia havaittu olivat voitot kromosomeissa 8, 9q ja 11q, ja tappiot kromosomien 5q, 6, 10 ja 13. neljässä adenoomia (36,4%), kromosomin 11q23.3 havaittiin yhteinen alue päällekkäisyys 2.6 Mb. Kromosomin 9q havaittiin neljässä adenoomien (36,4%) ja 12,6 Mb yhteinen alue päällekkäisyyttä sijaitsee kromosomissa 9q33.1-q34.13. Kromosomin 8 havaittiin kolmessa adenoomien (31%), joista kaksi adenoomien osoitti vahvistus koko kromosomin 8, ja kolmas adenooma osoitti kromosomin 8p-q22.3 ylimääräisellä 28,7 Mb voitto kromosomissa 8q24.11 -qter. Lisäksi voitot havaittiin kromosomeissa 1, 3, 6p, 7, 11p, 12p, 13q, 16, 17, 19, 20 ja 22q. Ei monistukset havaittiin suoliston-tyyppinen adenoomia.
Kromosomin 13 havaittiin seitsemässä suoliston-tyyppinen adenoomia (64%). Näistä viisi oli 11,9 Mb deleetio kromosomissa 13q21.2-21.33 ylimääräinen 7,7 Mb poistetaan kromosomissa 13q31.1-31.3. Kaksi muuta adenoomia osoitti 16,6 Mb poisto 13q14.3-31. Deleetio kromosomissa 6 havaittiin kuudessa adenoomien (55%), ja päällekkäistä aluetta 68,9 Mb sijaitsee 6cen-q22.1. Deleetio kromosomissa 5q havaittiin neljässä adenoomien (36%), joilla on yhteinen alue päällekkäisyyttä sijaitsee kromosomissa 5q22.1-q23.2. Lisäksi poistetaan koko kromosomin 10 havaittiin neljässä adenoomien (36%). Muut menetykset havaittiin suoliston-tyyppinen adenoomia sijaitsivat kromosomeissa 8q, 9P, 10, 12q, 20q ja 21. Katsaus DNA kopioluvun aberraatioita suoliston-tyyppinen adenoomia on esitetty taulukossa 1.Table 1 Katsaus DNA kopioluvun muutoksia 11 suolen-tyyppinen adenoomia

Kromosomipoikkeavuudet

reunustavien kloonit


Kasvainten ID
voitot
tappiot
Segmentin koko (Mb) B
Start

End
1
1p-p36.11
26.68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-Q23 0,2
55.26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13.78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52.05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17,32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4.80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39,63
RP11-200F15
RP11-62D23
2
1p -1p33
46.90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14.12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54.91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28.65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13.63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31.69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-Q14 0,1
10.57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18.24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12.49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-q21
57.26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 0,1
5.97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22.46
RP11-63M22
CTC-240G10
17
81.24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61.01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5,09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19.60
RP1-138B7
CTB81F12
3
-
- 4
6p21.1
3,32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76,38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9,69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-q34 0,13
12.58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3
3,04
RP11-4N9
RP11-8K10
13q21.2-q21.33
17.05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3
11,68
RP11-400M8
RP11-100A3
16q23.2-Q24 0,3
8.92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53.40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8.06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33,72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11.75
RP11-322N7
RP11-1K22
6
3
193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88,49
RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11,86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9,62
RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1,41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80,52
CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8,76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74.37
RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-pter
31.18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39.71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77.65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63.31
CTC-546C11
CTD-3138B18
20
60.87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31,25
XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33.06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8,44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88,89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145,95
GS1-77L23
CTC-489D14
9q33.1-qter
13.60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3,16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58.59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12,93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18.03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8.99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11 -
-
yleisimmät poikkeavuus havaittiin mahaportin rauhassyövät olivat voitot kromosomissa 20 ja tappiot kromosomien 5q ja 6. voitot kromosomissa 20 havaittiin neljässä adenoomien (40 %). Kolme adenoomia osoitti 9,8 Mb kromosomin 20q13.12-q13.33, ja voitto koko kromosomin 20 havaittiin muissa adenooma. Lisäksi voitot nähtiin kromosomeissa 1, 3Q, 5q, 7, 9q, 11q, 12q, 13q, 15q, 17 ja 22q. Yksi mahanportin rauhanen adenooma osoitti monistuksia, joka sijaitsee 12q13.2-q21.1 ja 20q13.3-q13.33.
Viisi pyloric rauhassyövät (50%) osoitti menetys kromosomissa 5q, joista kaksi oli menettänyt koko kromosomin käsivarsi, kun taas kaksi adenoomia osoitti 22,4 Mb poisto 5q11.2-q13.3 ja yksi adenooma 40,3 Mb poisto 5q21.1-q31.2. Menetys kromosomi 6 havaittiin neljässä mahaportin rauhassyövät (40%), joista kolme oli täydellinen menetys 6Q ja yksi adenooma osoitti 51,2 Mb poisto 6p21.1-q16.3. Muut kromosomaalisen tappiot havaittiin kromosomien 1p, 2q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14 q, 16, 18q, 20q, ja 21. Katsaus DNA kopioluvun aberraatioita mahanportin rauhassyövät on esitetty taulukossa 2.Table 2 Katsaus DNA kopioluvun muutokset 10 mahaportin rauhassyövät

Kromosomipoikkeavuudet

Rinnakkaistoimenpiteillä klooneja


Kasvainten ID
voitot
tappiot
Segmentin koko (Mb )
Alku
End
12
1q21.3-q23.3
9,95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-q43
14.07
RP11-375H24
RP11-80B9
3q
111,59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 0,3
9.11
RP11-20O22
RP11-451H23
6Q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77,48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63.47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 -
-
14
4
191,13
CTC-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
CTD-2276O24
RP11-281O15
14 q
83.81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10.84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16,81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16.04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-q15
2,58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6.86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32.53
XX-p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13.57
RP11-85C21
GS1-135I17
10p12.1-qter
110,28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17,72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1
10,84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP4-586J11
17
1p34.3-pter
35.59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203,62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66.00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40.27
CTD-2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39.06
CTD-2323H12
RP11-451H23
6Q
113,61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
36.14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11,24
RP11-15M15
RP5-1022E24
18
5q11.2-q21 0,2
51.24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51.24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-q13
66,82
GS1-41L13
RP11-265B8
10
133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18.39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3
17,39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-q13 0,3
24.64
RP4-592P18
CTD-2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-q26 0,3
77.21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-q23
31.31
RP11-46D1
RP11-154H12
22q13.2-qter
10.02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9p-q13
66.57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-q21 0,1 (vahvistus) B 19.50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55.56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-Q23
23.28
RP11-383D22
CTC-964M9
20q13.13-q13.33 (vahvistus) B 14.62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43.15
CTD-2265D9
RP11-28I9
5q
130,26
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62.57
CTB-62I11
RP11-506N21
6Q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
yleisin aberraatioita yhteinen molemmille suoliston-tyypin ja mahanportin rauhassyövät oli kromosomin 9q (29%), 11 q (29%), ja 20q (33%) ja menetys kromosomissa 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) ja 13q (48%). Vertaamalla suoliston-tyyppinen ja pyloric rauhassyövät CGH Multiarray paljasti kahdeksan kloonit olla merkittävästi erilainen, joista kuusi sijaitsee kromosomissa 6q14-q21 (p = 0,02 ja 0,05) ja kaksi kloonia kromosomissa 9p22-p23 (p = 0,02 ja 0,04, vastaavasti) (kuvio 1). Ei geenit sijaitsevat alueilla, joita nämä kloonit ovat olleet tiedossa olla mukana syöpään liittyvät biologisiin prosesseihin. Silti CGH Multiarray Region, korjauksen jälkeen lukuisten tuotti väärä löytö määrä (FDR) on 1 kaikilla näillä alueilla, mikä osoittaa merkittäviä eroja näiden kahden eri tyyppisiä adenoomia klo kromosomitasolla. Valvomatta hierarkkinen klusterianalyysin tuotti 2 klustereita. Mitään merkittävää yhdistykset löytyy täältä (p = 0,8). Kuvio 1 vertailu DNA kopioluvun muutoksia suoliston ja mahaportin rauhanen tyyppi mahalaukun adenoomia. P-arvo (Y-akseli) laskettiin jokaiselle klooni, joka perustuu Wilcoxonin testi siteitä, ja piirrettynä kromosomi järjestyksessä kromosomista 1-22 (X-akseli). Kahdeksan kloonit saavuttanut tason merkitys (p < 0,05), mutta ei säilyttää huomattavan alhainen väärä löytö korko korjauksen jälkeen monivertailu.
Keskustelu
Koska heterogeeninen fenotyyppi mahasyövän, tässä tutkimuksessa ensisijaisesti vertailla kopioluvun muutoksia välillä suoliston-tyyppinen adenoomien ja pyloric rauhassyövät jotta löydettäisiin johtaa kohti geneettinen reittejä patogeneesiin liittyvien mahasyövän. Adenooma-to-karsinooma etenemistä havaitaan 30-40% mahanportin rauhassyövät ja noin 5-30%: Suolen-tyypin adenoomia (joka vaihtelee noin 5% putkimainen adenoomien lähes 30% tubulovillous ja villous adenoomia) [9-11], joka osoittaa suoraan pahanlaatuinen potentiaalia näiden kahden adenooman tyyppiä ja tehdä mahalaukun adenoomia sopivan mallin havaitsemiseksi aikaisin tapahtumien mahasyövän.
Mahaportin rauhassyövät muodostavat hiljattain tunnustettu kokonaisuus [8, 26]. Parhaan tietomme mukaan tämän tyyppinen adenoomien ei ole koskaan analysoitu array CGH ennen. Keskimääräinen tapahtumien lukumäärä tämäntyyppisessä adenooma oli 5,4 (0-9), jossa on 2,4 (0-7) voitot ja 3 (0-7) tappiot. Tämä on verrattavissa keskimääräinen lukumäärä poikkeavuuksien suolen-tyypin adenoomia (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) ja 3,1 (0-7) vastaavasti). Vuonna pyloric rauhassyövät usein tapahtumia oli voitto kromosomissa 20 ja tappiot kromosomien 5q ja 6, kun taas suolen-tyyppinen adenoomia pääosin osoitti voitto kromosomeissa 8, 9q, ja 11q, ja tappiot kromosomien 5q, 6, 10 ja 13. Tässä työssä kromosomin 7 harvinaisempi kuin havaittu aiemmin [16]. Vaikka nämä usein muuttuneet alueet vaihtelevat kahden adenoomia, hierarkkinen Klusterianalyysit ei erotellut ryhmiä. Lisäksi CGH Multiarray alue ei paljastunut merkittäviä eroja korjauksen jälkeen monivertailuja. Tämä puute tilastollisesti merkitseviä eroja saattaa johtua rajallisen otoksen koko yhdistettynä siihen, että yleensä adenoomia juurikaan kromosomipoikkeavuuksia. Toisaalta, se voi yksinkertaisesti olla, että nämä morfologisesti eri yksiköiden eivät eroa kannalta kromosomi voittoja ja tappioita. Löytäminen ei ole merkittäviä eroja vuoden kromosomitasolla ei estä muita geneettisiä ja biologisia eroja esimerkiksi mutaation tai promoottori metylaatiostatuksen geenejä.
Aberrations jo havaittu adenoomia voi olla aikaisin tapahtumia vaiheittaisen kasaantua muutoksia, jotka saattavat aiheuttaa etenemistä of adenooma ja karsinooma. Kuten odotettua, keskimääräinen lukumäärä kromosomaalisen tapahtumia oli pienempi adenoomia verrattuna karsinoomien [13, 14, 27]. Lisäksi korkea monistukset ovat harvinaisia ​​adenoomien, kun taas karsinoomien usein osoittavat korkeatasoista monistuksia [13, 16].
Poikkeamia löytyy sekä suoliston-tyypin ja pyloric rauhassyövät kuten tappiot kromosomissa 5q, ovat myös usein havaitaan in mahakarsinoomat [15, 19, 28]. Edelliset CGH tulokset osoittivat huomattavasti suurempi määrä kromosomin 5q tappioiden suoliston-tyyppinen syöpä verrattuna hajanainen tyyppi carcinoma [29]. Kromosomi 6, menetti myös molemmissa adenoomia, usein Poistetaan mahakarsinoomat määritettynä LOH tutkimuksissa [30, 31]. Lisäksi kromosomi 6Q poisto on raportoitu olevan mukana varhaisessa vaiheessa mahasyövän, koska kromosomi 6Q poistot usein havaitaan varhaisessa mahasyövän ja myös suoliston metaplasiaa [31, 32]. Häviöt kromosomien 10 ja 13 on aiemmin havaittu adenoomien alemmilla taajuuksilla. Vuonna mahakarsinoomat, sekä voittoja ja tappioita kromosomin 10 ja 13 on havaittu edellisissä CGH tutkimuksissa [15, 19, 21, 33]. Kromosomi 10 satamissa onkogeenin FGFR2
(10q26) ja tuumorisuppressorigeeneille PTEN /MMAC1
(10q23) ja DMBT1
(10q25-q26), molemmat mukana Karsinogeneesin joka voisi selittää havainnon sekä voitot ja tappiot kromosomien 10 mahakarsinoomat [34-36]. Itse kromosomi 13 satamiin tuumorisuppressorigeeneille kuten BRCA2
(13q12.3) ja Retinoblastoomageenillä (RB1
) (13q14). Sen sijaan, kromosomin 13q on korreloitu peräsuolen adenoomia-to-karsinooma etenemistä, ja monistaminen kromosomin 13 on havaittu mahalaukun adenoomia, joilla on vaikea intraepiteliaalinen neoplasia [14, 37]. Tarkka merkitys kromosomi 13 poikkeavuus mahasyövän ollen on ratkaistava. Dating usein kopiomäärä voitot havaittiin kromosomeissa 8, 9q, 11q ja 20. Erityisesti voitot kromosomien 8 ja 20 ovat yhdenmukaisia ​​aiempien (array) CGH tutkimukset sekä mahalaukun adenoomien ja mahakarsinoomat [13-16, 19, 25], syytetään tämä jo tapahtumista tuumorigeneesiä. Vaikka kromosomin 11q ei ole kuvattu yleinen tapahtuma adenoomien, vuonna karsinoomien voitto tai vahvistus kromosomissa 11q on yhteinen [13-16]. Tässä tutkimuksessa kromosomin 11q oli usein havaittu adenoomia, mikä pahanlaatuinen potentiaalia näiden adenoomien.
Päätelmä
Nämä tulokset osoittavat, että voitot kromosomeissa 8, 9q, 11q ja 20 ja tappiot kromosomeja 5q, 6, 10 ja 13 ovat varhainen tapahtumia mahasyövän. Huolimatta fenotyyppiset erot, suoliston-tyyppi ja mahaportin rauhanen adenooma eivät eroa merkittävästi tasolla DNA kopioluvun muutoksia. Tool Menetelmät
Materiaali
Kaksikymmentäyksi parafinoidut mahalaukun adenoomia, 11 suoliston-tyypin ja 10 pyloric rauhassyövät kuuluivat tähän tutkimuksessa (kuvio 2A ja 2B). Kasvaimen ja potilastiedot annetaan taulukossa 3. Kussakin tapauksessa kasvain alue koostuu vähintään 70% kasvainsolujen oli rajoittunut 4 um: hematoksyliinillä ja eosiini värjätään kudoksen osassa. Vieressä 10-15 sarja kudosleikkeiden on 10 um värjättiin hematoksyliinillä ja vastaava kasvaimen alue microdissected käyttäen kirurgista terää. Lopullinen 4 um "sandwich" -osiossa tehtiin ja värjättiin hemotoksyliinillä ja eosiinilla, verrata ensimmäiseen dia kontrollina. Sen jälkeen deparaffinization, DNA uutettiin pylvääseen perustuva menetelmä (QIAamp DNA Mini Kit, Qiagen, Westburg, Leusden, NL) [38] .table 3 Kasvain ja potilastietoja
Kasvainten ID
adenooma tyyppi
Grade dysplasian
Sukupuoli

Ikä
Kasvainten ID
adenooma tyyppi
arvosana dysplasie
Sukupuoli
Ikä
1
Suoliston
Kohtalainen
Mies
75
12
Mahaportin rauhanen
Kohtalainen
Mies
78
2
Suoliston
Kohtalainen
Mies
45
13
Mahaportin rauhanen
Lievä
Mies
50
3
Suoliston
Kohtalainen
Mies
80
14
Mahaportin rauhanen
Vaikea
Female
76
4
Suoliston
Kohtalainen
Mies
79
15
Mahaportin rauhanen
Kohtalainen
Nainen
85
5
Suoliston
Kohtalainen
Mies
76
16
Mahaportin rauhanen
Kohtalainen
Mies
63
6
Suoliston
Kohtalainen
Mies
75
17
Mahaportin rauhanen
Lievä
Female
86
7
Suoliston
Lievä
Male
57
18
Mahaportin rauhanen
Kohtalainen
Female
59
8
Suoliston
Kohtalainen
Male
64
19
Mahaportin rauhanen
Kohtalainen
Mies
69
9
Suoliston
Lievä
Mies
63
20
Mahaportin rauhanen
Kohtalainen
Female
78
10
Suoliston
Lievä
Mies
75
21
Mahaportin rauhanen
Kohtalainen
Male
?
11
suoliston
Kohtalainen
Female
45
Kuvio 2 Haematoxilin ja eosiini värjäyksen (alkuperäinen suurennos x 400) suoliston-tyypin (A) ja mahanportin rauhanen ( B) mahalaukun adenoomia. A. Suoliston-tyyppinen adenoomia vatsan koostuu epäsäännöllisesti järjestetty rauhaset koostuvat suolen-tyyppinen epiteelin eosinofiilinen sytoplasma ja laajentuneen ytimeksi. B. Mahaportin rauhanen adenoomia vatsan koostuu tiheään selät pakattu rauhaset koostuvat solujen vaalean solulimassa ja pieni pyöreä hyperchromatic ytimeksi.
Saatu genominen DNA ääreisverenkierron kymmenestä normaaleista yksilöistä yhdistettiin (joko kymmenen naarasta tai kymmenen urosta riippuen sukupuolesta potilaan, josta kasvain on saatu) ja käytettiin kontrollina viitteenä DNA.
Array CGH
Array CGH suoritettiin oleellisesti, kuten aikaisemmin on kuvattu [39]. Lyhyesti, 300 ng kasvain ja viite DNA: t, sukupuoli-varalta kokeellinen valvonta, leimattiin satunaisaluke- (Bioprime DNA Labelling System, Invitrogen, Breda, Alankomaat), joista kukin on 50 ui. Non sisällytetty nukleotidit poistettiin käyttämällä ProbeQuant G-50 mikropylväillä (Amersham Biosciences). Cy3-leimatun genomisen DNA: n ja Cy5: llä leimattua viite DNA yhdistettiin ja kerasaostuvat 100 ug ihmisen Cot-1 DNA: ta (Invitrogen, Breda, Alankomaat), lisäämällä 0,1 tilavuutta 3 M natriumasetaattia (pH 5,2) ja 2,5 tilavuutta jää- kylmää 100% etanolia. Sakka kerättiin sentrifugoimalla 14000 rpm: ssä 30 minuutin ajan 4 ° C: ssa, ja liuotetaan 130 ul: hybridisointiseoksessa sisälsi 50% formamidia, 2 x SCC: n ja 4% SDS: ää. Hybridisaatio- liuosta kuumennettiin 10 minuutin ajan 73 ° C: ssa DNA: n denaturoimiseksi, ja sen jälkeen 60-120 minuutin inkuboinnin 37 ° C: ssa, jotta Cot-1 DNA: ta estää toistuvia sekvenssejä. Seos hybridisoitiin on joukko, joka sisältää noin 5000 klooneja laikullinen kolmena kappaleena ja leviävät pitkin koko genomista, joiden keskimääräinen resoluutio 1,0 Mb. Kloonit koostuvat Sanger BAC klooni asetettu joiden keskimääräinen resoluutio pitkin koko genomin 1,0 Mb [40] mukaan OncoBac asetettu [41], ja valitut kloonit kohteisiin, saatu Lastenklinikan Oakland Research Institute (Chori). Valitut kloonit käsittävät kokoelma BAC-kloonien kromosomissa 6 puutteiden suurempi kuin 1 Mb, ja koko maan kattavan jatkumot tietyille alueille kromosomeissa 8, 13 ja 20. Hybridisaatio suoritettiin hybridisaatiopussiin asema (Hybstation12 - Perkin Elmer Life Sciences, Zaventem, Belgia) ja inkuboitiin 38 tuntia 37 ° C: ssa. Hybridisaation jälkeen kalvot pestiin liuoksessa, joka sisälsi 50% formamidia, 2 x SCC, pH 7 3 minuuttia 45 ° C: ssa, mitä seurasi 1 minuutin pesuvaiheet huoneenlämpötilassa PN-puskurilla (PN: 0,1 M natriumfosfaattipuskurilla, 0,1% nonidet P40, pH 8), 0,2 x SSC, 0,1 x SCC ja 0,01 x SCC.
Image hankintaa ja tietojen analysointi
Kuvia taulukoiden hankittiin skannaus (Agilent DNA Microarray Skannerit Agilent Technologies, Palo Alto, USA ) ja kvantifiointi signaalin ja taustan intensiteettiä kunkin paikan kaksi kanavaa Cy3 ja Cy5 suoritettiin Imagene 5,6 ohjelmisto (Biodiscovery Ltd, Marina del Rey, CA, USA). Paikallinen tausta vähennettiin signaalin mediaani intensiteettejä ja kasvaimia viite-suhteet laskettiin. Suhteet normalisoitiin vastaan ​​tila suhteet kaikkien autosomeiksi. Kloonit huonolaatuista yksi kolmen rinnakkaisen ja hybridisaatio keskihajonta (SD) ≤ 0,22 ja klooneja > 50% puuttuvia arvoja kaikissa adenoomien suljettiin, jättäen 4648 klooneja tarkempaa analysointia varten. Kaikki seuraavat analyysit tehtiin ottaen huomioon klooni asentoonsa UCSC toukokuu 2004 jäädyttämisen Ihmisen Golden Path.
Array CGH sileä [42, 43], käytettiin automatisoitua havaitsemiseen keskeytyskohtia määrittää kopiomäärän voittoja ja tappioita. Koska vaihtelu laatu on havaittu DNA saatu formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotettu mahalaukun kudosten eri tasoitusta parametreja sovelletaan, laadusta riippuen hybridisaation. Array CGH profiilit keskihajonta pienempi tai yhtä suuri kuin 0,15, 0,15 ja 0,20 tai 0,20 0,22, levitetyn tasoitus parametrien määrittämiseksi voitot ja tappiot olivat 0,10, 0,15 ja 0,20 vastaavasti. Log 2 kasvain viitenumeroita suhde yli 1 pidettiin vahvistusta.
Tilastollinen
valvomaton hierarkkinen klusterin analyysi suoritettiin analysoida jakaumia genomisen profiilien adenoomien käyttävät TMEV ohjelmisto 3.0.3 [44] . Perustuen normalisoitui tasoitetaan log 2 kasvaimen normaaliin fluoresenssi-intensiteetin suhde, hierarkkinen puu rakennettiin käyttäen parametreja täydellinen sidos ja euklidinen etäisyys. Pearson Chi-square testiä käytettiin analysoitaessa korrelaatiot klusterin jäsenyys ja adenooma tyyppi (SPSS 11.5.0 for Windows, SPSS Inc., Chicago, IL, USA).

• Downregulation sidekudoksen kasvutekijä estää niiden kasvun ja invaasion mahasyövän solujen ja vaimentaa vatsakalvon levitys
• Association välillä Helicobacter pylori genotyyppien ja vakavuus krooninen gastriitti, mahahaava tauti ja mahalaukun limakalvon interleukiini-8 tasoa: Evidence suoritetusta tutkimuksesta Lähi East