DNR kopijų skaičiaus profiliai skrandžio vėžio prekursorių pažeidimų

DNR kopijų skaičiaus profiliai skrandžio vėžio prekursorių pažeidimų
Anotacija
faktai
chromosomų nestabilumas (CIN) yra labiausiai paplitęs tipas genomo nestabilumo skrandžio auglių, tačiau jos vaidmuo piktybinę transformaciją skrandžio gleivinės vis dar neaiškus , Šioje studijoje, mes, nustatytus siekiant ištirti, ar du morfologiškai skirtingos kategorijos skrandžio vėžio prekursorių pažeidimų, ty žarnyno tipo ir prievarčio liaukų adenoma, atliks įvairius modelius DNR kopijų skaičiaus pokyčius, galbūt atspindi skirtingus genetinius kelius skrandžio kancerogenezėje šiose dviejų adenoma tipus.
rezultatai
Naudojant 5K AKK masyvo CGH platformą, mes parodė, kad dažniausi aberacijos dalijasi 11 žarnyno tipo ir 10 prievarčio liaukos adenomų buvo pelnas chromosomų 9 (29%), 11q ( 29%) ir 20 (33%), ir nuostoliai chromosomų 13q (48%), 6 (48%), 5 (43%) ir 10 (33%). Dažniausi aberacijas žarnyno tipo skrandžio adenoma pelnas 11q, 9q ir 8, ir nuostoliai chromosomos 5q, 6, 10 ir 13, o prievarčio liaukos skrandžio adenomų Tai buvo pelnas chromosomos 20 ir nuostoliai 5q ir 6. Tačiau buvo pastebėta tarp dviejų adenoma tipų jokių reikšmingų skirtumų.
Išvada Viesbutis The rezultatai rodo, kad pelnas iš 20 chromosomų 8, 9q, 11q, ir, ir nuostolių chromosomos 5q, 6, 10 ir 13 straipsnius, kurie gali atstovauti anksti įvykiai skrandžio kancerogenezėje. Į FENOTIPINĖ subjektai, žarnyno tipo ir prievarčio liaukų adenoma, tačiau neturi reikšmingo (p = 0,8) skiriasi ne iš DNR kopijų skaičiaus pokyčius lygiu.
Faktai
Skrandžio vėžys yra antras dažniausias piktybinis navikas pasaulyje ir prognozė šio piktybinių navikų išlieka labai prastas [1]. Skrandžio vėžio sergamumo ir mirtingumo rodikliai skiriasi tarp skirtingų šalių Europos Sąjungoje [2]. Nyderlanduose jis užima penktą vietą kaip vėžio mirties priežastis, o kiekvienais metais maždaug 2200 naujų atvejų [3]. Chirurgija su gydomuoju ketinimų yra pasirinkimo pažangių atvejais skrandžio vėžio gydymas, o vietos endoskopinis mucosectomy gali būti gydomasis ankstyvą skrandžio vėžio. Aptikimas ir šalinimas skrandžio neoplasias ankstyvojoje ar net ikivėžinių valstybės prisidės siekiant sumažinti mirties dėl skrandžio vėžio. Norint pasiekti šį tikslą, geriau testai ankstyvam skrandžio vėžio, reikia, ir geriau perprantant skrandžio vėžio progresavimo biologijos yra labai svarbus šioje srityje.
Pasak Correa modelis, patogenezė žarnyno tipo skrandžio adenokarcinoma taip iš lėtinį aktyvų gastritas kelias dėl Helicobacter pylori infekcijos
, todėl gleivinės atrofija, žarnyno Metaplasia po intraepitelinei navikų ir pagaliau invazinių adenokarcinoma [4]. Genetinis apibūdinimas audinių mėginių intraepitelinės neoplazijos etape gerokai prisidėti prie mūsų supratimą apie molekulinę patogenezę skrandžio vėžio. Tačiau šie pakitimai retai aptinkamas, galbūt dėl ​​greito progresavimo per šį etapą link vėžio, ir paprastai būna tik dalių biopsijos, trukdo genomo analizę šių pažeidimų. Analizė alternatyvių pirminių pažeidimų galėtų todėl, bent jau iš dalies, būti pakeisti. Plėtros skrandžio vėžiu per adenomos etape, nors mažiau paplitęs, yra toks alternatyvus maršrutas. Šie adenomos kartais aptinkama gastroskopijos metu ir metu, kaip didelių pažeidimų, kad histologiškai rodo vidaus epitelio neoplazija, kuri leidžia jiems tinka genomo analizę. Skrandžio adenomos turi tiesioginį piktybinis potencialą ir sudaro maždaug 20% ​​visų epitelio polipai [5, 6]. Skrandžio adenoma gali turėti klasikinį apskritimo formos, tubulovillous arba gaurelių morfologiją, kuriuose vyrauja žarnyno tipo epitelio, bet taip pat gali atrodyti kaip prievarčio liaukos adenomų [6]. Prievarčio liaukos adenomų kyla iš giliai gleivių liaukos, skrandžio ir tvirtai teigiama mucino 6 [7, 8]. Nemaža dalis skrandžio adenomų jau rodo progresavimą į adenokarcinoma. Iš pirmo diagnoze maždaug 30-40% visų prievarčio liaukos adenomų jau parodyti savo karcinoma [9, 10] dėmesys. Dėl žarnyno tipo adenomų šis skaičius yra mažesnis ir svyruoja nuo 28,5% už gaurelių adenomų ir 29,4% už tubulovillous tipo adenomų tik 5,4% per vamzdinių adenomų [11]. Abu adenokarcinoma, ex žarnyno tipo adenomos ir ex prievarčio liaukų adenoma, rodo liaukų struktūras, priešingai skleisti tipo skrandžio vėžiu.
Pagrindinis bruožas yra daugelio skrandžio vėžio patogenezės, kaip ir daugelyje kitų kietų vėžio, yra chromosomų nestabilumas , todėl pelno ir nuostolių dalis ar net ištisos chromosomos [12]. Šie chromosomų pokyčiai gali būti analizuojami lyginamosios genomo hibridizacijos (CGH). Keli ankstesni tyrimai aptiko genetinius pakitimus skrandžio adenomų naudojant šią techniką, yra pelnas chromosomos 7Q, 8q, 13q, 20Q, ir nuostolius chromosomos 4P, 5q, 9p 17p ir 18q [13-16]. Nors nedažnai ir tik pastebėta adenomų su aukštos kokybės intraepitelinei navikų, aukšto lygio amplifikacijos aptikta chromosomos 7Q, 8p, 13q, 17q ir 20Q [13-16]. Skrandžio adenokarcinomos, nuosekliai aprašyti chromosomų aberacijos yra pelnas chromosomų 3Q, 7p, 7Q, 8q, 13q, 17q ir 20Q ir nuostolių chromosomų 4Q, 5q, 6Q, 9p, 17p ir 18q. Aukšto lygio amplifikacijos ne kartą buvo aptikta 7Q, 8p, 8q, 17q, 19q ir 20Q [14, 17-23]. Vis dėlto, chromosomų aberacijas arba DNR kopijų skaičiaus pokyčių, nėra vienodos skrandžio vėžio [24]. Pogrupiai su skirtingais modeliais DNR kopijų skaičiaus pakitimai gali būti pripažinta, kuris buvo įrodyta, kad būti susijęs su klinikiniais rezultatais, taip pat [25].
Šiame tyrime mes, nustatytus siekiant ištirti, ar dviejų morfologiškai skirtingas kategorijas skrandžio vėžio pirmtakų pažeidimai, ty žarnyno tipo ir prievarčio liaukų adenoma, atliks įvairius modelius DNR kopijų skaičiaus pokyčius, galbūt atspindi skirtingus genetinius kelius skrandžio kancerogenezėje dviejuose adenoma tipų.
rezultatai
DNR kopijų skaičiaus pokyčiai buvo stebimi 10 iš 11 žarnyno tipo adenomų ir 9 iš 10 prievarčio liaukos adenomų. Vidutinis skaičius chromosomų įvykių, kuris apibrėžiamas kaip pelno ir nuostolių, už naviko buvo 6,0 (intervalas 0-18), įskaitant 2,9 (intervalas 0-14) pelnas ir 3,0 (intervalas 0-7) nuostolių. Be žarnyno tipo adenomų, vidutinis skaičius chromosomų įvykių per naviko buvo 6,5 (intervalas 0-18), iš kurių 3,4 (svyravo 0-14) pelnas ir 3,1 (svyravo nuo 0-7) nuostoliai, o prievarčio liaukos adenomų vidurkis numeriai buvo 5,4 (nuo 0-9), 2.4 (diapazonas 0-7) ir 3,0 (nuo 0-7) atitinkamai.
žarnyno tipo skrandžio adenomų, dažniausios aberacijos pastebėti buvo pelnas chromosomų 8, 9q ir 11q ir nuostoliai chromosomos 5q, 6, 10 ir 13 keturiomis adenomų (36,4%), pelnas chromosomų 11q23.3 buvo pastebėtas su bendra regiono sutampa 2,6 Mb. Pelnas iš chromosomų 9q buvo pastebėtas keturis adenomų (36,4%) ir 12,6 Mb bendros regiono sutampa esančio chromosomų 9q33.1-q34.13. Pelnas iš chromosomos 8 buvo stebimas trimis adenomų (31%), iš kurių du adenomų parodė pelnas visą chromosomą 8, o trečiasis adenomos parodė, kad chromosomų 8p-q22.3 pelną su papildoma 28,7 Mb pelnas chromosomos 8q24.11 -qter. Be to, prieaugis buvo pastebėta chromosomų 1, 3, 6p, 7, 11P, 12P, 13q, 16, 17, 19, 20 ir 22q. Nėra amplifikacijos buvo matyti iš žarnyno tipo adenomų.
Panaikinimai chromosomos 13 nepastebėta septynių žarnyno tipo adenomų (64%). Iš jų penki parodė 11,9 Mb naikinimui chromosomos 13q21.2-21.33 su papildomu 7,7 Mb ištrynimą chromosomos 13q31.1-31.3. Kiti du adenomos parodė 16,6 Mb naikinimui 13q14.3-31. Deleciją chromosomos 6 buvo pastebėtas šešių adenomų (55%), su užleidžiamų regione 68.9 Mb esančių 6cen-q22.1. Iš chromosomų 5q išbraukta buvo pastebėtas keturis adenomų (36%) su bendro regiono sutampa esančio chromosomų 5q22.1-q23.2. Be to, buvo pastebėta, tam tikrą skaičių visų chromosomos 10 išbraukta iš keturių adenomos (36%). Kiti nuostoliai pastebėtas žarnyno tipo adenomos įsikūręs chromosomos 8q, 9p, 10, 12Q, 20Q ir 21. Visų DNR kopijų skaičiaus aberacijos žarnyno tipo adenomų apžvalga parodyta lentelė 1.Table 1 apžvalga DNR Kopijuoti skaičius keičia 11 žarnyno tipo adenomų

chromosomų aberacijas

Gretutinės klonai


Naviko ID
pelnas
nuostoliai

segmentus dydis (MB)

Pradėti
Nemokama Baigti

1
1P-p36.11
26.68
RP11-465B22
RP1-159A19
5q13.2-Q23 0,2
55.26
RP11-115I6
CTB-1054G2
6p21.33-p21.1
13.78
RP11-346K8
RP11-227E22
6p21.1 -q16.1
52.05
RP11-89I17
RP3-393D12
9q33.1-34.2
17.32
RP11-27I1
RP11-417A4
11q23.3
4.80
RP11-4N9
RP11-730K11
13q21.1-q31.3
39.63
RP11-200F15
RP11-62D23
2
1p -1p33
46.90
RP11-465B22
RP11-330M19
6p21.33-p21.1
14.12
RP11-346K8
RP11-121G20
6p21.1 -q16.2
54.91
RP11-554O14
RP11-79G15
8p-q22.3
105,67
GS1-77L23
RP11-200A13
8q24.11 -qter
28.65
RP11-278L8
RP5-1056B24
9q33.1-q34.2
13.63
RP11-85O21
RP11-417A4
11p11.2 -q13.5
31.69
RP11-58K22
RP11-30J7
11q23.3
2,62
RP11-4N9
RP11-62A14
12q13.11-Q14 0,1
10,57
RP11-493L12
RP11-571M6
13q21.1-q21.33
18.24
RP11-200F15
RP11-335N6
13q31.1 -q31.3
12.49
RP11-533P8
RP11-62D23
16p13.3-Q21
57.26
RP11-243K18
RP11-405F3
16q21-q22 0,1
5.97
RP11-105C20
RP11-298C15
16q22.1-q24.3
22.46
RP11-63M22
BTK-240G10
17
81.24
GS1-68F18
RP11-567O16
19
61.01
CTB-1031C16
GS1-1129C9
20q11.21-q11.23
5.09
RP3-324O17
RP5-977B1
20q13.12-qter
19.60
RP1-138B7
CTB81F12
3 UAB -
- 4
6p21.1
3.32
RP11-79J5
RP11-121G20
6p12.3-q22.1
76.38
RP11-79G12
RP11-59D10
7
156,89
RP11-510K8
CTB-3K23
8q22.3-q23.3
9.69
RP11-142M8
RP11-261F23
9q33.1-Q34 0,13
12.58
RP11-55P21
RP11-83N9
11q23.3 pervežimas 3.04
RP11-4N9
RP11-8K10 pervežimas 13q21.2-q21.33
17,05
RP11-240M20
RP11-77P3
13q31.1-q31.3 pervežimas 11.68
RP11-400M8
RP11-100A3 pervežimas 16q23.2-Q24 0,3
8.92
RP11-303E16
RP4-597G12
20p-q13.2
53.40
CTB-106I1
RP5-1162C3
20q13.31-qter
8.06
RP5-1167H4
CTB-81F12
22q
33.72
XX-P8708
CTB-99K24
5
12q24.31-qter
11,75
RP11-322N7
RP11-1K22
6 193,37
RP11-299N3
RP11-279P10
6cen-q24.1
88.49
3

RP11-91E17
RP11-86O4
7
156,09
RP11-510K8
RP11-518I12
8
144,26
RP11-91J19
RP5 -1118A7
13q21.1-q21.33
11.86
RP11-640E11
RP11-452P23
13q31.1-q31.3
9.62 pervežimas RP11-400M8
RP11-306O1
20q13.2-q13.31
1.41
RP11-212M6
RP4-586J11
7
5q21.1-qter
80.52 pervežimas CTC -1564E20
RP11-281O15
10
132,19
RP11-29A19
RP11-45A17
13q21.33-31.1
8.76
RP11-209P2
RP11 -470M1
8
5q22.1-q23.2
13.28
RP11-276O18
RP11-14L4
6p12.3-q22.1
74.37 pervežimas RP11 -89l17
RP11-149M1
9p21.1-pter
31.18
RP11-147I11
RP11-12K1
10
133,18
RP11-10D13
RP11 -45A17
13q14.3-q31.3
39.71
RP11-211J11
RP11-306O1
17
77.65
GS1-68F18
RP11-398J5
19
63.31
BTK-546C11
BTD 3138B18
20
60.87
RP4-686C3
RP4-591C20
22q
31.25 pervežimas XX -bac32
CTA-722E9
9
5q14.3-q23.2
33.06
RP11-302L17
RP11-14L4
6p22.2-q22.3
8.44
RP11-91n3
RP11-88h24
6p12.1-q24.1
88.89
RP11-7h16
RP11-368P1
8
145,95
GS1-77L23
BTK-489D14
9q33.1-qter
13.60
RP11-91G7
GS1-135I17
10
133,18
RP11-10D13
RP11-45A17
11q23.3
3.16
RP11-4N9
RP11-215D10
13q14.3-qter
58.59
RP11-240M20
RP11-480K16
20q13.2-q13.31
1,96
RP11-55E1
RP5-832E24
21cen-q21.3
17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
10
8q22.3-q23.3
12.93
RP11-142M8
RP11-143P23
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q21.1-q21.33
18.03
RP11-322F18
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
8.99
RP11-533P8
RP11 -505P2
11 -
- CR.LT dažniausiai aberacijos pastebėtas prievarčio liaukos adenomų buvo pelnas chromosomos 20 ir nuostoliai chromosomos 5q ir 6. pelnas chromosomos 20 buvo pastebėtas keturis adenomų (40 %). Trys adenomos parodė 9,8 Mb pelnas chromosomų 20q13.12-q13.33 ir pelnas visą chromosomą 20 buvo pastebėtas kitos adenoma. Be to, pelnas buvo pastebėtas chromosomų 1, 3Q, 5q, 7, 9q, 11q, 12q, 13q, 15q, 17 ir 22q. Vienas prievarčio liaukos adenomos parodė amplifikaoija, esančius 12q13.2-q21.1 ir 20q13.3-q13.33.
Penki prievarčio liaukos adenomų (50%) parodė nuostolį chromosomų 5q, iš kurių du buvo prarastas visą chromosomą rankos, o du adenomos parodė 22,4 Mb naikinimui 5q11.2-q13.3 ir vienas adenoma 40,3 MB išbraukta iš 5q21.1-q31.2. Praradimas chromosomos 6 buvo pastebėtas keturis prievarčio liaukos adenomų (40%), iš kurių trys parodė visišką praradimą 6Q ir vienas adenomos metu parodytas 51.2 Mb naikinimui 6p21.1-q16.3. Kitos chromosomų nuostoliai buvo pastebėta chromosomų 1P, 2Q, 4, 9p, 10, 12q 13q, 14q, 16, 18q, 20Q, ir 21. DNR kopijų skaičiumi aberacijos iš prievarčio liaukos adenomų apžvalga rodomas 2.Table lentelė 2 apžvalga DNR kopijų skaičiaus pokyčiai 10 prievarčio liaukos adenomų

chromosomų aberacijas

gretutinės klonai


Naviko ID
pelnas
Nuostoliai
Segmento dydis (MB )
Nemokama Pradėti
End
12
1q21.3-q23.3
9,95
RP11-98D18
RP11-5K23
1q42.13-Q43
14.07
RP11-375H24
RP11-80B9
3q
111.59
RP11-312H1
RP11-23M2
5q35.1-Q35 0,3
9.11
RP11-20O22
RP11-451H23
6q
115,76
RP11-524H19
RP5-1086L22
7
156,09
RP11 -510K8
RP11-518I12
17
77,48
RP11-4F24
RP11-313F15
20
63.47
CTB-106I1
CTB-81F12
13 -
- CR.LT 14
4
191,13
BTK-963K6
RP11-45F23
5q
128,59
BTD 2276O24
RP11-281O15
14q
83,81
RP11-98N22
RP11-73M18
16
89,71
RP11-344L6
RP4-597G12
20q13.2 -q13.33
10.84
RP4-724E16
CTB-81F12
15
9q33.2-q34.3
16.81
RP11-57K1
RP11-83N9
11q23.2-q24.3
16.04
RP11-635F12
RP11-567M21
12q14.3-Q15
2,58
RP11-30I11
RP11-444B24
20q13.31-q13.33
6.86
RP5-1153D9
RP5-963E22
22q
32.53
XX p8708
CTA-722E9
16
9q33.3-qter
13.57
RP11-85C21
GS1-135I17 pervežimas 10p12.1-qter
110,28
RP11-379L21
RP11-45A17
11q23.1-q24.3
17.72
RP11-107P10
RP11-567M21
13q31.1-q32.1 pervežimas 10.84
RP11-661D17
RP11-40H10
20q13.2-q13.31
RP11-55E1
RP4-586J11
17 1.96
1p34.3-pter
35.59
RP1-37J18
RP11-204L3
1p33-qter
203.62
RP4-739H11
RP11-551G24
2q31.1-qter
66.00
RP11-205B19
RP11-556H17
5q21.1-q31.2
40.27
BTD 2068C11
RP11-515C16
5q31.3-qter
39.06
BTD 2323H12
RP11-451H23
6q
113.61
RP11-89D6
CTB-57H24
10
134,52
RP11-10D13
RP11-122K13
13q31.1-qter
36.14
RP11-388E20
RP11-245B11
20q13.2-qter
11.24 pervežimas RP11-15M15 pervežimas RP5-1022E24 pervežimas 18
5q11.2-q21 0,2
51.24
CTC-1329H14
RP1-66P19
6p12.1-q16.3
51.24
RP11-7H16
RP11-438N24
9pter-Q13
66.82
GS1-41L13
RP11-265B8
10
133,04
RP11-10D13
RP11-45A17
13q21.1-q21.33
18,39
RP11-240M20
RP11-335N6
13q31.1-q31.3
12.45
RP11-551D9
RP11-100A3
21cen-q21.3 pervežimas 17.39
RP11-193B6
RP11-41N19
19
1p32.3-p21.1
50.40
RP11-117D22
RP5-1108M17
5q11.2-Q13 0,3
24.64
RP4-592P18
BTD 2200O3
13q12.11-q14.3
31.58
RP11-187L3
RP11-327P2
15q12-Q26 0,3
77.21
RP11-131I21
CTB-154P1
18q21.1-Q23 pervežimas 31.31
RP11-46D1
RP11-154H12 pervežimas 22q13.2-qter
10.02
CTA-229A8
CTA-799F10
20
9P-Q13
66.57
GS1-41L13
RP11-274B18
12q13.2-q21 0,1 (amplifikacijos)
19.50
RP11-548L8
RP11-255I14
12q21.2-qter
55.56
RP11-25J3
RP11-1K22
18q21. 31-Q23
23.28
RP11-383D22
BTK-964M9
20q13.13-q13.33 (amplifikacijos)
14.62
RP5-1041C10
RP5-1022E24
21
5p
43.15
BTD-2265D9
RP11-28I9
5q
RP11-269M20
RP11-451H23
6p
62,57 130,26
CTB-62I11
RP11-506N21
6q
106,73
RP11-767J14
RP5-1086L22
labiausiai paplitusių aberacijos dalijasi tiek žarnyno tipo ir prievarčio liaukų adenomos prieaugis chromosomų 9q (29%), 11q (29%), ir 20Q (33%) ir nuostolių chromosomos 5 (43%), 6 (48%), 10 (33%) ir 13q (48%). Lyginant žarnyno tipą ir prievarčio liaukos adenomų, CGH Multiarray atskleidė aštuonis klonai bus gerokai kitoks, iš kurių šeši buvo įsikūręs chromosomų 6q14-q21 (p = 0,02 iki 0,05) ir du klonai chromosomos 9p22-23 psl (p = 0,02 ir 0,04, atitinkamai) (1 pav.) Nėra genai esantys regionuose, kuriems taikomas šių klonų buvo žinoma, kad dalyvauti vėžiu susijusių biologinių procesų. Vis dėlto, CGH Multiarray Regionas, po korekcijos gausos, davė klaidingą atradimas norma (FDR) 1 visiems šiems regionams, nurodant jokių reikšmingų skirtumų tarp dviejų skirtingų tipų adenomų tuo chromosomų lygmenyje. Neprižiūrimų hierarchinė klasterinė analizė davė 2 grupes. čia buvo rasta jokių reikšmingų asociacijos (p = 0,8). 1 pav palyginimas DNR kopijų skaičiaus pakitimus žarnyno ir prievarčio liauka tipo skrandžio adenomų. P-reikšmė (Y ašis) buvo apskaičiuojamas už kiekvieną kloną, remiantis Wilcoxon testą su ryšiais, ir brėžiamas chromosomų kad iš chromosomos 1 iki 22 (X ašis). Aštuoni klonai pasiekė reikšmingumo lygmuo (p < 0,05)., Tačiau nesugebėjo išlaikyti labai mažai klaidingą atradimas rodiklis po korekcijos kelių lyginant
Diskusijos
Atsižvelgiant į nevienalytė fenotipą skrandžio vėžio, pirmiausia skirta ši studija palyginti kopija skaičiaus kitimas tarp žarnyno tipo adenomų ir prievarčio liaukos adenomų, siekiant rasti veda link genetinių kelius dalyvaujančių skrandžio vėžio patogenezėje. Adenoma iki karcinoma progresavimas pastebėtas 30-40% prievarčio liaukos adenomų ir maždaug 5-30% visų žarnyno tipo adenomų (svyruoja nuo maždaug 5% vamzdžio adenomų beveik 30% tubulovillous ir gaurelių adenomų) [9-11], nurodant tiesioginį piktybinis galimą šių dviejų adenoma tipų ir padaryti skrandžio adenomų tinkamą modelį aptikti ankstyvus įvykius skrandžio kancerogenezėje.
prievarčio liaukos adenomų sudaro neseniai pripažino organizacija [8, 26]. Kiek mums žinoma, tai adenomų tipas niekada nebuvo prieš analizuojami masyvo CGH. Vidutinis įvykių skaičius šioje adenoma tipo buvo 5,4 (0-9), su 2,4 (0-7) pelno ir 3 (0-7) nuostolių. Tai galima palyginti su vidutine skaičius aberacijas žarnyno tipo adenomų (6,5 (0-18), 3,4 (0-14) ir 3.1 (0-7) atitinkamai). Be prievarčio liaukos adenomų, dažnai reiškiniai buvo pelnas 6 chromosomos 20 ir nuostolių chromosomos 5q ir, o žarnyno tipo adenomos daugiausia parodė pelnas apie 11q chromosomų 8, 9q, o ir nuostoliai chromosomos 5q, 6, 10 ir 13. Šis tyrimas, pelnas chromosomos 7 buvo mažiau paplitęs nei anksčiau rastų [16]. Nors šie dažnai keičiasi regionai skiriasi tarp dviejų tipų adenomų, hierarchinė klasterinė analizė nebuvo atskirti grupes. Be to, CGH Multiarray Regionas neatskleidė jokių reikšmingų skirtumų po korekcijos daugeliui lyginimų. Šis statistiškai reikšmingų skirtumų nebuvimas gali būti dėl ribotos imties dydis kartu su tuo, kad apskritai, adenoma parodyti mažai chromosomų aberacijas. Kita vertus, tai gali būti tiesiog, kad šie morfologiškai skirtingos imones nesiskiria kalbant apie chromosomų pelno ir nuostolių. jau aptiktos adenomų rasti jokių reikšmingų skirtumų tuo chromosomų lygmenyje nėra užkertamas kelias kitų genetinių ir biologinių skirtumų, tokių kaip mutacijų ar rengėjas metilinimo statuso konkrečių genų.
aberacijos gali būti ankstyvieji įvykiai laipsniško proceso kaupti pokyčius, kurie gali sukelti progresavimą iš adenoma į karcinoma. Kaip ir tikėtasi, vidutinis skaičius chromosomų įvykių buvo mažesnis adenomos, palyginti su karcinomų [13, 14, 27]. Be to, aukšto lygio amplifikacijos yra neįprasta adenomų, o karcinomos dažnai rodo aukšto lygio amplifikaoija [13, 16].
Rasti tiek žarnyno tipo ir prievarčio liaukos adenomų, pavyzdžiui, nuostolių chromosomų aberacijos 5q, taip pat dažnai aptinkamos skrandžio karcinoma [15, 19, 28]. Ankstesnės CGH rezultatai parodė žymiai didesnį skaičių chromosoma 5q nuostolių žarnyno tipo karcinoma, palyginti su difuzinis tipo karcinoma [29]. Chromosomų 6, taip pat prarado abiejose adenomų tipų, dažniausiai išbraukiama skrandžio karcinoma, kaip nustatyta Loh tyrimų [30, 31]. Be to, chromosomos 6q išbraukta buvo pranešta, kad dalyvauja pradiniame etape skrandžio kancerogenezėje, nes chromosoma 6Q išbrauktas dažnai aptinkama ankstyvos skrandžio vėžiu, taip pat žarnyno metaplazijos [31, 32]. Nuostoliai chromosomų 10 ir 13 buvo anksčiau pastebėta adenomų ne žemesnius dažnius. Skrandžio karcinoma, abu pelnas ir nuostoliai chromosomos 10 ir 13 buvo pastebėta ankstesniuose CGH tyrimų [15, 19, 21, 33]. Chromosomų 10 uostų onkogenas FGFR2
(10q26) ir naviko slopintuvas genų PTEN /MMAC1
(10q23) ir DMBT1
(10q25-Q26), tiek dalyvauja kancerogenezėje, kuris galėtų paaiškinti abiejų pelnas stebėjimas ir nuostoliai chromosomų 10 skrandžio karcinoma [34-36]. Iš tiesų chromosomų 13 uostai auglio slopinamojo genai tokie kaip BRCA2
(13q12.3) ir Retinoblastoma geno (RB1 pervežimas) (13q14). Priešingai, pelnas chromosomų 13q buvo susietas su storosios žarnos adenomos-to-karcinoma progresavimo ir stiprinimas chromosomos 13 buvo pastebėta skrandžio adenomų sunkių intraepitelinei neoplazija [14, 37]. Todėl konkretus vaidmuo chromosoma 13 aberacijos skrandžio vėžio dar reikia išspręsti.
Dažniausia kopijų skaičiaus prieaugis buvo pastebėta chromosomų 8, 9q, 11q ir 20. Ypač pelnas ir 20 chromosomų 8 sutampa su ankstesnio (masyvas) CGH studijos abiejų skrandžio adenomų ir skrandžio karcinoma [13-16, 19, 25], apkaltinančius šiuos kaip anksti įvykius tumorogenezės. Nors pelnas chromosomų 11q nebuvo aprašytas kaip dažnai įvykio adenomų, į karcinomos pelnas arba amplifikacijos chromosomos 11q yra įprasta [13-16]. Šioje studijų pelnas chromosomų 11q buvo dažnai pastebėta adenomų, o tai reiškia, kad piktybinis galimą šių adenomų.
Išvada
Šie duomenys rodo, kad pelnas iš 20 chromosomų 8, 9q, 11q ir ir nuostolių chromosomos 5q, 6, 10 ir 13 yra pirmieji įvykiai skrandžio kancerogenezėje. Nepaisant FENOTIPINĖ skirtumų, žarnyno tipo ir prievarčio liaukos adenomos reikšmingai nesiskiria bent DNR kopijų skaičiaus pokyčius lygiu.
Metodai
medžiagos
Dvidešimt viena parafino įterptųjų skrandžio adenoma, 11 žarnyno tipo ir 10 prievarčio liaukų adenoma, buvo įtrauktas į šį tyrimo (2A pav ir 2B). Auglio ir paciento duomenys pateikti 3 lentelėje Kiekvienu atveju, navikas plotas, kurį sudaro ne mažiau kaip 70% naviko ląstelių buvo pažymėtos 4 mkm hematoksilinu ir eozinu tamsintas audinio pjūvio. Kaimyniniai 10-15 serijos audinio atkarpos 10 mkm buvo tamsintas hematoksilinu ir atitinkama navikas plotas buvo microdissected naudojant chirurginį ašmenimis. Galutinis 4μm skyriuje "sumuštinis" buvo nudažomi su hemotoxylin ir eozinu, palyginti su pirmuoju skaidrės kontrolei. Po deparaffinization, DNR buvo išgauti stulpelio pagrįstas metodas (QIAamp DNR Mini kit; Qiagen, Westburg, Leusdenas, NL) [38] .table 3 Naviko ir paciento informacija
Naviko tapatybę patvirtinantis
adenoma tipas
laipsnio displazijos

Lytis

Amžiaus
Naviko tapatybę patvirtinantis
adenoma tipas
laipsnio dysplasie
Lytis
Amžius
1
žarnyno
Vidutinis
Vyras
75
12
prievarčio liaukos
Nuosaikiųjų
Vyras
78
2
žarnyno
Nuosaikiųjų
Vyras
45
13
prievarčio liaukos
Lengvas
Male
50
3
Žarnų
Vidutinis
Vyras
80
14
prievarčio liauka
Rimtas
Moteris
76
4
žarnyno
Vidutinis pervežimas Vyras
79
15
prievarčio liaukos
Saikingas
Moteris
85
5
Žarnų
Vidutinis
Vyras
76
16
prievarčio liaukos
Nuosaikiųjų
Vyras
63
6
Žarnų
Vidutinis
Vyras
75
17
prievarčio liauka
Lengvas
Moteris
86
7
Žarnų
Švelnus
Vyras
57
18
prievarčio liauka
Vidutinis
Moteris
59
8
žarnyno
Nuosaikiųjų pervežimas Vyras
64
19
prievarčio liauka
Vidutinis
Vyras
69
9
žarnyno
Mild
Male
63
20
prievarčio liaukos
Vidutinis
Moteris
78
10
žarnyno
Mild
Male
75
21
prievarčio liaukos
Vidutinis
Vyras
?
11
žarnų
Vidutinis
Moteris
2 45
pav Haematoxilin ir eozino dažymo (originalas priartinimas × 400) žarnyno tipo (A) ir prievarčio liaukos ( B), skrandžio adenomos. A. Žarnų tipo adenomos skrandžio sudarytas iš netaisyklingos išdėstyti liaukų, sudarytą iš žarnyno tipo epitelio su eozinofilinė citoplazmoje ir išsiplėtusias branduolių. B. prievarčio liaukos adenomos skrandžio sudarytas iš tankiai atgal atgal supakuoti liaukos sudarytas iš ląstelių su šviesiai citoplazmą ir nedideliais apvaliais hyperchromatic branduolių.
Genomo DNR gaunama iš periferinio kraujo iš dešimties įprastų žmonių buvo sujungtos (nei dešimt patelių ar dešimt vyrų , priklausomai nuo paciento lyties, iš kurios buvo gautas adenomos) ir naudojamas kaip kontrolinė etaloninė DNR.
Array CGH
Array CGH buvo atliktas iš esmės, kaip aprašyta anksčiau [39]. Trumpai tariant, 300 ng naviko ir pagalbos DNR, sekso nesutapimus, kaip eksperimentinės kontrolės, buvo paženklinti atsitiktinės gruntavimui (Bioprime DNR ženklinimas sistemos, Invitrogen, Breda, Nyderlandai), kiekvienas iš 50μL apimties. Ne įtraukti nukleotidai buvo ištrintas naudojant ProbeQuant G-50 microcolumns (Amersham biomokslai). Cy3 paženklinti bandymo genomo DNR ir Cy5 ženklinami nuoroda DNR buvo sujungti ir bendrai nusodinamas 100μg žmogaus Lopšys-1 DNR (Invitrogen, Breda, Nyderlandai), pridedant 0,1 tūrio 3 M natrio acetato (pH 5,2) ir 2,5 apimčių ice- šaltas 100% etanolis. Nuosėdos surinktos filtruojant po centrifuguojant 14,000 apsisukimų per minutę 30 minučių, esant 4 ° C, ir ištirpinama 130 mikrol, hibridizacija mišinys, turintis 50% formamido, 2 × SCC ir 4% SDS. Hibridizacija tirpalas šildomas 10 minučių 73 ° C iki denatūruoti DNR, o po to 60-120 minučių inkubacijos 37 ° C temperatūroje, kad būtų galima vaikiškos-1 DNR blokuoti pasikartojančių sekų. Mišinys kryžminosi ant masyvą, kuriame yra apie 5000 klonai pastebėtas trimis egzemplioriais ir pasklisti palei visą genomą su vidutiniu 1,0 Mb rezoliucijos. Klonai susideda iš Sanger BAC klonas komplektas su vidutiniu rezoliucijos palei visą genomą 1,0 MB [40] OncoBac nustatyti [41], ir pasirinktas klonai interesų, gauta iš Vaikų ligoninės Oakland tyrimų instituto (Chori). Pasirinktos klonai susideda iš AKK klonų kolekciją chromosomos 6 spragas didesnius nei 1 Mb, ir visą aprėpties contigs tam tikruose regionuose dėl chromosomų 8, 13 ir 20. Hibridizacija buvo atliekama per hibridizacijos stoties (Hybstation12 - Perkin Elmer Gyvosios gamtos mokslai, Zaventem, Belgija) ir inkubuojama 38 h 37 ° C temperatūroje. Po to, kai hibridizacijos, skaidres buvo plaunamos tirpalas, kuriame yra 50% formamido, 2 × SCC, pH 7 3 minutes 45 ° C temperatūroje, o po to 1 minutės plovimo pakopos kambario temperatūroje su PN buferiniu tirpalu (PN: 0,1 M sodiumphosphate, 0,1% nonidet P40, pH 8), 0,2 × SSC, 0,1 × SLS ir 0,01 × SLS.
Vaizdo įsigijimas ir duomenų analizė
vaizdus masyvų įsigijo nuskaitymo (AGILENT DNR mikrogardeliq Skeneriai- Agilent Technologies, Palo Alto, JAV ) ir kiekybinis signalo ir fono intensyvumo kiekvienoje vietoje už dviejų kanalų Cy3 ir Cy5 atliko Imagene 5.6 Programinė įranga (Biodiscovery Ltd, Marina del Rey, Kalifornija, JAV). Vietinis fonas buvo atimama iš signalo mediana intensyvumas ir navikai atskaitos rodiklius buvo apskaičiuota. Proporcijos buvo normalizuoti prieš visų autosomes santykis režimu. Klonai su prastos kokybės vienos iš trimis egzemplioriais ir hibridizacijos su standartinio nuokrypio (SD) ≤ 0,22 ir klonų su > trūksta vertybes visose adenomų 50% buvo atmesti, paliekant 4648 klonai tolesnei analizei. Visi vėlesni tyrimai buvo atlikti atsižvelgiant į klonas poziciją iš UCSC May2004 įšaldymas žmogaus Golden Path.
Masyvas CGH sklandžiai [42, 43], buvo naudojamas automatiniam aptikimui ribines vertes, siekiant nustatyti kopijų skaičiaus padidėjimą ir sumažėjimą. Nuo kokybės skirtumai yra stebimas DNR, gauta iš formalinu fiksuoto parafine skrandžio audinių, buvo taikomos skirtingos išlyginimu parametrai, priklausomai nuo hibridizacijos kokybės. Dėl masyvo CGH profilius su standartiniu nuokrypiu arba mažesnis 0,15, tarp 0,15 ir 0,20 arba tarp 0,20 ir 0,22, taikomieji švelninamasis parametrus, siekiant nustatyti pelną ir nuostoliai buvo 0,10, 0,15 ir 0,20 atitinkamai. Prisijungti 2 navikas, kad referencinis santykinis virš 1 buvo laikomas amplifikacijos.
Statistinė analizė
neprižiūrimų hierarchinės klasterinės analizės buvo atlikta analizuoti genomo profilių visų adenomų naudojant TMEV programinė įranga 3.0.3 [44] paskirstymus , Remiantis normalizuotas išlyginti žurnale 2 naviko prie įprastų fluorescencijos intensyvumo rodiklių, hierarchinė medis buvo pastatytas naudojant parametrus pilnas sąsajas ir Euklido atstumą. Pearsono Chi-kvadrato testas buvo naudojamas analizuojant koreliacijas tarp grupių narystė ir adenomos tipo (SPSS 11.5.0 Windows, SPSS Inc, Čikaga, IL, JAV).

• Downregulation jungiamojo audinio augimo faktoriaus slopina augimą ir invazija skrandžio vėžio ląsteles ir sumažina pilvaplėvės dissemination
• Asociacija tarp Helicobacter pylori genotipų ir sunkumo lėtiniu gastritu, dvylikapirštės žarnos opa ir skrandžio gleivinės interleukino-8 lygių: įrodinėjimas iš Artimųjų East