Die Wirkung der Chemotherapie von Magenkrebs (GC) ist weiterhin sehr schlecht, da der multidrug resistance (MDR). Allerdings bleibt die zugrunde liegenden Mechanismen MDR von GC weitem noch nicht voll verstanden. Das Ziel dieser Studie ist es, die mögliche Mechanismen des MDR von GC in erster Linie der langen nicht-kodierenden RNA (lncRNA) Ebene zu veranschaulichen. In dieser Studie, GC-Zellinie, SGC7901 und zwei MDR Sublinien, SGC7901 /VCR und SGC7901 /ADR wurden einer lncRNA Microarray-Analyse unterzogen. Bioinformatics und Verifizierungsexperimente wurden durchgeführt, um die potentiellen lncRNAs in der Entwicklung von MDR beteiligt zu untersuchen. Pathway-Analyse zeigte, dass 15 Bahnen entsprach herunterreguliert Transkripte und dass 20 Bahnen entsprach hochreguliert Transkripte (p-Wert Cut-off ist 0,05). GO-Analyse zeigte, dass die höchsten angereicherten GOs gezielt durch hochregulierte Transkripte "Systementwicklung" waren und die höchsten esenriched GOs durch die herunterreguliert Transkripte gezielt waren "Sterin-Biosynthese-Prozess". Unsere Studie ist die erste unterschiedlich exprimiert lncRNAs in menschlichen GC-Zelllinie und MDR Subleitungen abzufragen und zeigt an, dass lncRNAs lohnenswert sind für eine weitere Studie die neuen Biomarker-Kandidaten für die klinische Diagnose von MDR und potenzielle Ziele für die weitere Therapie.
Citation: Wang Y, Wu K, Yang Z, Zhao Q, Fan D, Xu P, et al. (2015) Multidrug-Resistance Verwandte Lange nicht-kodierenden RNA-Expression Profil Analyse von Magenkrebs. PLoS ONE 10 (8): e0135461. doi: 10.1371 /journal.pone.0135461
Editor: Jin Q. Cheng, H.Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute, UNITED STATES
Empfangen: 24. Dezember 2014; Akzeptiert: 22. Juli 2015; Veröffentlicht: 20. August 2015
Copyright: © 2015 Wang et al. Dies ist ein offener Zugang Artikel unter den Bedingungen der Lizenz Creative Commons Attribution verteilt, die uneingeschränkte Nutzung erlaubt, die Verteilung und Vervielfältigung in jedem Medium, sofern der Autor und Quelle gutgeschrieben
Datenverfügbarkeit: Alle die rohe Daten und normalisierte Daten wurden in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE69342 (GSE69342) gezeigt
Die Finanzierung. Diese Arbeit wurde von National unterstützt Programm auf Key Grundlagenforschungsprojekt ( "973" Programm, No. 2010CB529302, Nr 2010CB529305, Nr 2010CB529306); National Natural Science Foundation of China (Nr 81301763); Henan Provinz-wissenschaftlichen und technologischen Schlüsselprojekte (Nr 142102310473); Key-Programm, National Natural Science Foundation of China (Nr 81030044)
Konkurrierende Interessen:.. Die Autoren haben erklärt, dass keine Interessenkonflikte bestehen
Einführung
Multiresistenz ( MDR) bleibt ein großes Hindernis für die Chemotherapie Versagen bei der Behandlung von Magenkrebs, die weltweit eine führende Ursache von Krebs-Todesfälle ist. Mehrere multidrug resistance-assoziierte Proteine (MRPs) [1] oder miRNAs [2], die MDR vermitteln durch unterschiedliche Mechanismen wurden bisher identifiziert. Allerdings bleibt die zugrunde liegenden Mechanismen MDR von GC weitem noch nicht voll klar.
Genomen Sequenzierung zeigte, dass Eukaryoten-Genomen eine überraschend große Anzahl von nicht-kodierenden Transkripten im Vergleich zu Prokaryoten Genome kodieren. Unter diesen nicht-kodierenden Transkripte sind viele lange nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs), die an Transkriptions oder post-Transkriptionsebenen bei der Regulierung der mRNA Transkription oder Translation eine wichtige Rolle spielen. lncRNAs sind RNAs, die Codierung Potenzial fehlt, das sind > 200 bp und Konto für mindestens 80% der Transkripte des gesamten Genoms [3]. Thesaurierend Daten zeigen, dass lncRNA eine wichtige Rolle bei der Regulation der mRNA spielt [4], Organell Biogenese [5], die subzelluläre Handel von Molekülen [6] und Zellentwicklung [7] [8].
LncRNA Dysregulation wurde in mehreren Arten von Krankheiten beteiligt sind, einschließlich Krebs [ 4 , 9 , 10 ]. Es kann nämlich lncRNAs wichtige Rolle in der Karzinogenese, Metastasierung und Invasivität von mehreren malignen Tumoren spielen durch Onkogen-Expression beeinflussen. Zum Beispiel kann der COX-2-lncRNA, SCHRITTMACHER, kann als ein neues potentielles Ziel für die COX-2-Modulation bei der Entzündung und Krebs wirken [11]; RNAi-vermittelte Knock-down von LINC01081 in normalen fetalen Lungen-Fibroblasten zeigten, dass diese lncRNA regelt positiv FOXF1 Transkriptebene, ferner, dass Abnahme der LINC01081 Ausdruck anzeigt, kann mit Versatz der Lungenvenen auf die Entwicklung von alveolaren kapillaren Dysplasie beitragen [12]; lncRNA HOTAIR kann auch ein wertvoller Indikator für Darmkrebs-Management sein [13] und MALAT1 könnte als potentieller prognostischer Indikator betrachtet werden und kann ein Ziel für die Diagnose und Gentherapie für Pankreasgang Adenokarzinom sein [14]; Überexpression von lncRNA H19 verbessert Karzinogenese und Metastasierung von Magenkrebs und der Wirkung von H19 in GC wird durch den direkten Hochregulation von ISM1 und die indirekte Unterdrückung der Expression über CALN1 miR-675 [15] vermittelt. Daher vorläufigen Einblick in die molekularen Mechanismen der MDR von GC zu bekommen, untersuchten wir die lncRNA Expressionsprofil von GC MDR Subleitungen. Hier untersuchten wir die differentiell Expressionsprofile von lncRNAs und mRNAs zwischen GC Zelllinie SGC7901 und MDR Subleitungen SGC7901 /ADR und SGC7901 /VCR mit lncRNA Microarray-Analyse. Vergleich von differentiell exprimierten Transkripte zwischen den Subleitungen und Elternzelllinie ergab 15 Bahnen, die nach unten reguliert Transkripte entsprach und 20 Bahnen, die zu entsprach hochreguliert Transkripte (p-Wert Cut-off war 0,05). Gene Ontology (GO) Analyse zeigte, dass die meisten hoch angereichertem GO Bedingungen für die hochregulierte Transkripte waren "Systementwicklung", "Nukleosomen" und "Bindung" und die am stärksten angereichert GO Bedingungen für die nach unten reguliert Transkripte waren "Sterin Biosyntheseprozess "," Zellperipherie "und" Steroid-Dehydrogenase-Aktivität ". Unsere Ergebnisse zeigten, dass die lncRNA und mRNA-Expressionsprofile signifikant zwischen MDR Subleitungen und elterliche CELLine unterschieden. Dieser Befund legt nahe, dass die aberrante Expression von lncRNAs könnte zur Entwicklung von MDR von GC bei. Eine weitere Untersuchung der Unterschiede in lncRNA Expressionsprofilen neue potenzielle Methoden zum Umkehren MDR Phänotyp von GC liefern.
Ergebnisse
Das Darmmikrobiom verändert sich beim Kochen von pflanzlichen Lebensmitteln,
Umgang mit Reizdarmsyndrom
Die Modulation der Mikrobiota und die Wiederherstellung der Eubiose könnten helfen, COVID-19-Komplikationen einzudämmen
Darmbakterien im Zusammenhang mit stärkeren Muskeln bei älteren Menschen
Sodbrennen verstehen
So stärken Sie Ihr Immunsystem im Kampf gegen das Coronavirus
Ein ungesundes Darmmikrobiom reduziert das Beschneiden der Synapsen des Gehirns,
beeinträchtigt das Lernen Eine neue Studie von Weill Cornell Medicine und der Cornell University hat weitere Erklärungen dazu gefunden, wie Darmmikroben mit den Gehirnneuronen kommunizieren. Die Studi
Genetik kann die Zusammensetzung des Mikrobioms stärker beeinflussen als Umweltfaktoren
Forscher, die Mäuse am Technion-Israel Institute of Technology untersuchen, haben herausgefunden, dass das Mikrobiom viel stärker von der Genetik beeinflusst wird als von der mütterlichen Geburtsumgeb
Bluttest auf mikrobielle DNA könnte vor Krebs warnen
Eine neue Studie in der Zeitschrift veröffentlicht Natur am 11. März 2020, könnte die derzeit vertretenen Ansichten über die Entstehung und Diagnose von Krebs verändern. Die Forscher haben eine neue