PLoS ONE: Prognostic merkitys Tag SNP rs1045411 vuonna HMGB1 on Aggressiivinen mahasyövän kiinalainen Population

tiivistelmä

Vakuuttava todisteita ovat ehdottaneet, että suuren liikkuvuuden ryhmä laatikko-1 (HMGB1) geeni on keskeinen rooli syövän kehittymisen ja etenemisen. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli arvioida vaikutuksia yhden nukleotidin polymorfismien (SNP) in HMGB1
geenin selviytymisen mahasyövän (GC) potilailla. Kolme tag SNP iältään HMGB1
geeni valittiin ja genotyypitetty käyttäen Sequenom IPEX genotyypityksen järjestelmän kohortin 1030 GC potilasta (704 training set 326 validointi asetettu). Coxin monimuuttuja suhteellinen riskin malliin ja Kaplan-Meier Curve käytettiin ennustetta analyysiä. AG /AA-genotyypin SNP rs1045411 in HMGB1
geeni liittyi merkittävästi parempi yleinen (OS) on joukko 704 GC potilaista verrattuna GG genotyyppiä (HR = 0,77, 95% CI: 0,60-0,97 P
= 0,032). Tämä ennustetekijöiden vaikutus varmistettiin itsenäisessä validointi asettaa ja yhdistetyssä analyysissä (HR = 0,80, 95% CI: ,62-0,99, P
= 0,046; riskisuhde = 0,78, 95% CI: 0,55-0,98, P
= 0,043, vastaavasti). Vuonna kerrostunut analyysissä, suojaava vaikutus rs1045411 AG /AA genotyyppien oli huomattavampi potilailla, joilla on haitallisia kerrostumiin, verrattuna potilaisiin, joilla suotuisa kerrostumiin. Lisäksi vahvaa yhteistä ennustava vaikutus OS GC potilaiden välillä ei havaittu rs1045411 genotyyppien ja Lauren luokittelu, erilaistuminen, vaihe tai adjuvanttihoitoa. Lisäksi toiminnallinen määritys osoitti merkittävää vaikutusta rs1045411 on HMGB1
ilme. Tuloksemme viittaavat siihen, että rs1045411 in HMGB1
liittyy merkittävästi kliinisiä tuloksia kiinalaisen GC potilaiden leikkauksen jälkeen, erityisesti ne, joilla on aggressiivinen asema, joka oikeuttaa lisävalidointia muissa etnisissä populaatioissa.

Citation: Bao G, Qu F, hän L, Zhao H, Wang N, Ji G, et al. (2016) Prognostic merkitys Tag SNP rs1045411 in HMGB1
on Aggressiivinen mahasyövän kiinalainen Population. PLoS ONE 11 (4): e0154378. doi: 10,1371 /journal.pone.0154378

Editor: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Yhdysvallat |

vastaanotettu: 23 tammikuu 2016; Hyväksytty: 12 huhtikuu 2016; Julkaistu: 26 huhtikuu 2016

Tämä on avoin pääsy artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat avustukset National Natural Science Foundation of China (nro 81272201 ja nro 81572916 GB; nro 81200330 NW).

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahasyöpää (GC) on neljänneksi yleisin syöpä maailmassa, noin 8% uusista syöpätapauksista ja 10% syöpäkuolemista [1]. Näistä tapauksista 70% tapahtui kehitysmaissa, ja puolet koko maailman tapahtui Itä-Aasiassa, pääasiassa Kiinassa [2]. Viime vuosikymmeninä, vaikka huomattava kasvu investointien ja kehitys diagnostiikassa ja hoidossa GC, yleinen (OS) kokeneille GC on edelleen synkkä, jossa on 5 vuoden pysyvyys on alle 25% [3 ]. Tällä hetkellä, selviytyminen ja ennusteen GC potilaiden edelleen riippuvaisia ​​vaiheessa kasvain aikaan diagnoosin. Kuitenkin, johtuen selvästi merkittäviä eroja saman vaiheessa kasvaimen vaiheesta yksin ei riitä ennustamaan ennuste GC [4]. Siksi löytää uusia molekyyli allekirjoitusta luotettavina ennustetekijöitä markkereita GC on erittäin tärkeä ja vaativa. Viime vuosina tutkimukset ovat keskittyneet tutkinnan geneettisiä variantteja, joka altistaa kehittymistä ja etenemistä GC [5].

Korkea liikkuvuusryhmän box-1 (HMGB1), tärkeä jäsen korkean liikkuvuuden ryhmä proteiini superperheen, sisältää kaksi 80-aminohapon DNA-sitovien domeenien (A-box ja B-box) ja happaman karboksyyli- tail [6]. Se toimii chromatin rakenteellinen proteiini tumassa ja proinflammatoristen sytokiinien solun ulkopuolelle. Ydinvoimalaitoksen proteiini, HMGB1 sitoutuu epäspesifisesti pienessä urassa DNA ja helpottaa kokoonpanoa paikkakohtaisia ​​DNA tavoitteet [7]. Sitä vastoin solunulkoiset HMGB1 toimii sytokiini, joka etenee infektio- tai vamma-herättänyt tulehdusreaktioita [8]. Jatkuva vapautuminen HMGB1 nekroottisesta kasvainsolut voivat luoda mikroympäristön muistuttava krooninen tulehdus; jonka tiedetään edistää epiteelin maligniteettien, erityisesti tulehdukseen liittyvä syöpä [9]. Itse asiassa useat tutkimukset ovat aiemmin osoittaneet, että yli-ilmentyminen HMGB1 monissa syöpätyypeissä [10-13], mukaan lukien GC [14]. Lisäksi pakottavia todisteita ovat lisäksi vahvistaneet, että HMGB1 yli-ilmentyminen liittyy läheisesti kasvainten kehittymiseen välittämällä leviämisen, invaasion ja migraatio syöpäsolujen [15, 16]. Siksi HMGB1 voi olla mielenkiintoinen ehdokas uutena prognostinen markkeri tai terapeuttinen kohde GC.

Kertyvät todisteita ovat ehdottaneet, että geneettiset taustat voivat vaikuttaa riskiä ja ennusteen GC [17]. Yhden nukleotidin polymorfismi (SNP) on yleisin geneettinen vaihtelu, ja saattaa olla lupaava korvike biomarkkerit potilaiden geneettinen tausta ennustaa hoitovasteen ja ennusteen [18]. Geneettisiä variantteja on tunnistettu ihmisen HMGB1
geeni [19], mutta yhdistys välillä HMGB1
geenin polymorfismin ja GC selviytyminen lopputulos ei ole koskaan määritetty. Koska keskeistä roolia HMGB1 kehittämisessä ja etenemiseen syövän, on todennäköistä, että polymorfismit HMGB1
voivat vaikuttaa kliinisiä tuloksia GC. Tässä me arvioi vaikutukset kolme tag SNP HMGB1
kliiniseen tulokseen 1030 Kiinan GC potilasta (704 koulutukseen asetettu, 326 itsenäisissä validointi set), jotka saivat radikaali resektio hoitoa. Lisäksi vaikutuksen on todettu merkkejä koskevat SNP sääntelystä geenien ilmentymisen edelleen tutki in vitro
toiminnallinen määritys. Parhaan tietomme mukaan tämä on ensimmäinen tutkimus yhdistyksen välisen polymorfismit HMGB1
ja kliininen tulos GC.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics

Tämä tutkimus hyväksyi Ethic komitean neljäs Military Medical University. Menettelyt suoritettiin noudattaen hyväksyttyjä suuntaviivoja ja vuoden 1964 Helsingin julistuksen ja sen myöhempien muutosten tai vastaavia eettisiä normeja. Allekirjoitettu suostumus saatiin kunkin osallistujan mukana tutkimuksessa.

Tutkimuskanta

Yhteensä 1030 han-kiinalaisten primaarisessa mahalaukun adenokarsinooman otettiin kahdesta itsenäisestä sivustoja, Tangdu sairaala ja Xijing sairaala Digestive Disease, Xi'an, Kiina. Kaikki GC tapauksesta kirurginen resektio ja ei ollut aiemmin ollut muita syöpiä tai ennen leikkausta syöpähoidon tai verensiirto vajaan 3 kuukautta ennen leikkausta. Ei ollut ikä, sukupuoli, tai sairauden vaiheen rajoituksia tapauksessa rekrytointia. Niistä 704 potilaasta (Department of General Surgery, Tangdu sairaala, heinäkuusta 2008 kesäkuu 2013) käytettiin koulutus asettaa tässä tutkimuksessa. Toinen ryhmä 326 potilasta (Xijing sairaala Digestive Disease, välillä tammikuussa 2008 ja joulukuu 2010) käytettiin itsenäisenä validointi asetettu. Tavoitteena oli tunnistaa kliinisesti merkittäviä ennusteen arvioinnissa SNP: iden sisällä HMGB1
geenin harjoitussarjassa ja testattu sen itsenäinen validointi asetettu.

Demografiset ja kliiniset tiedot

demografiset ja kliiniset tiedot kerättiin henkilökohtaista haastatteluja käynnin tai seurantaa klinikoilla, potilastiedot, tai kuulemisen hoitavat lääkärit, kuten ikä, sukupuoli, kansallisuus, asuin- alue, aika diagnoosi, leikkauksen aikana ja /tai adjuvanttihoitoa (ACT), aika taudin uusiutumisen ja /tai kuolema, kasvain vaiheessa Lauren luokittelu, erilaistuminen, histologinen tyyppi, ja hoitokäytäntö. Seurantatiedot päivitettiin 6 kuukauden välein läpi paikan päällä haastattelussa, puhelimet, tai tarkistamalla potilastiedot koulutetun tutkimusspesialistia. Uusin seuranta-tasalla oli kesäkuu 2015 ja mediaani seuranta kesto oli 51 kuukautta (vaihteluväli 6-89 kuukautta). Prosenttiosuus Potilaan menetetty seuranta-aikana oli 9,8%. OS määriteltiin aika leikkauksesta GC-erityisiä kuolema. RFS (Toistuva-elinaika) määriteltiin aika leikkauksesta, jona ensimmäinen uusiutuminen tai kaukana etäpesäke GC. Potilaat elossa viimeisessä seurannassa sensuroitiin.

kerääminen, käsittely ja säilyttäminen yksilöiden

Ennen leikkausta, 5 ml laskimoverta kerättiin kustakin GC potilaiden poimia DNA käyttäen E.Z.N.A. veri DNA Midi Kit (Omega Bio-Tek, Norcross, GA, USA). Kuusikymmentä mahalaukun syöpä- kudoksia samanaikaisesti kerättiin validointi asetettu reaaliaikaiset kvantitatiiviset käänteistranskriptio-PCR (RT-PCR) määritykset.

SNP valinta ja genotyypityksen

Ehdokas tag SNP valikoiman HMGB1
geenin suoritettiin kuten kaksivaiheisella menettelyllä. Ensinnäkin, käytimme joukon web-pohjainen SNP valintatyökaluja (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm) ja etsi ehdokas SNP HMGB1
[20]. Kaikki validoitu polymorfismien HMGB1
geenialueen, mukaan lukien 5 kb ylävirtaan ensimmäisen eksonin ja 5 kb alavirtaan viimeisen eksonin, katsottiin ehdokas SNP. Ne SNP vähäisellä alleelin frekvenssi ≥ 5% HapMap CHB (han-kiinalaisten Peking) Väestön ja pareittain kytkentäepätasapaino- potenssiin korrelaatiokerrointa (r ^{2) > 0.8 valittiin ehdokkaaksi SNP. Toiseksi tag SNP valittiin näiltä ehdokas SNP käyttämällä kansainvälisen HapMap II vaihe tietokanta Kiinan väestön (http://www.hapmap.org/, näytetty 18 marraskuu 2013) ja HAPLOVIEW versio 4.2. Lopuksi kolme tag SNP (keskiarvo r 2 = 0,981) valittiin: rs1045411 (G > A), rs1412125 (T > C) ja rs2249825 (C > G) .Genotyping toteutettiin käyttäen Sequenom iPLEX genotyypityksen järjestelmä (Sequenom Inc., San Diego, CA, USA) valmistajan protokollan. Laboratoriossa henkilöt toteutettiin genotyypin määritykset sokaissut potilaiden tietoja. Sisäinen laadunvalvonta ja negatiivisia kontrolleja käytettiin varmistamaan genotyypityksen tarkkuuden, ja 5 näytteet valittiin sattumanvaraisesti ja genotyyppi kahtena 100% aloista. Call korko genotyypityksen vaihtelivat 99,3% ja 99,7%. Yksityiskohtaiset tiedot SNP ja -genotyypitystulosten lueteltiin S1 taulukossa.}

Funktionaalinen määritys

Toiminnalliset vaikutukset tag SNP rs1045411 sijaitsee 3'UTR HMGB1
geeni tutkittiin läpi käyttämällä lusiferaasireportterisysteemillä määritys. Lyhyesti, 49-emäsparin kaksisäikeisen DNA kuljettaa joko villi genotyyppi tai variantti genotyyppi rs1045411 syntetisoitiin ja kloonattiin pMIR-REPORT vektori (Ambion, Austin, Tex, USA) käyttäen restriktioentsyymejä Spel ja Hindlll (Takara, Dalian, Kiina). Kaikki konstruktit varmistettiin DNA-sekvensoinnilla. Ihmisen GC solulinjat SGC-7901 ja ihmisalkion munuais- solulinja HEK-293T, jossa on-miR-505 oli tunnistettavissa olevan positiivisesti esitettävä käyttäen TaqMan microRNA Reverse Transcription Kit (Applied Biosystem, Foster City, CA, USA) kuten aikaisemmin on kuvattu [21], kotransfektoitiin joko pMIR-rs1045411-A tai pMIR-rs1045411-G (200 ng /kuoppa) kanssa tai ilman anti-miR-505 (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) ja sisäisen valvonnan reportteriplasmidilla pRLTK (Promega, Madison, WI, USA) (20 ng /kuoppa) käyttäen Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) 24-kuoppaisen levyn 2 x 10 ^{5 solua kuoppaa kohti. SGC-7901 ja HEK293 solulinjat hankittiin Type Culture Collection Kiinan tiedeakatemia (CAS) (Shanghai, Kiina), jossa ne varmistettiin mycoplasma tunnistus, DNA-sormenjälkien, isotsyymi havaitseminen ja solujen elinvoimaisuus havaitsemiseen. Jäätynyt injektiopullo kunkin 147 solulinjan, joka oli välittömästi laajennettiin ja pakastettiin kun vastaanotetaan myyjä, oli elvytetty ja käytettiin tässä tutkimuksessa. 48 tunnin kuluttua solut kerättiin määrittämiseksi lusiferaasiaktiivisuus käyttäen dual-lusiferaasireportteri- määritysjärjestelmää Kit (Promega, Madison, WI, USA) luminometrillä (Tecan, Mannedorf, Sveitsi). Kaikki transfektiot suoritettiin kolmena rinnakkaisena, ja kaikki kokeet itsenäisesti toistettiin kolme kertaa.}

edelleen vaikutuksen arvioimiseksi tag SNP rs1045411 genotyyppien ekspressioon HMGB1
mRNA kokonais-RNA eristettiin 60 GC kudosnäytteet (30 AA genotyyppi ja 30 kanssa AG /GG genotyypin rs1045411) mukaisesti valmistajan ohjeita. Sitten cDNA syntetisoitiin käyttämällä PrimeScript RT reagenssipakkaus (Takara, Dalian, Kiina). RT-PCR suoritettiin käyttämällä seuraavia HMGB1
alukkeita: eteenpäin, 5'-TAAGAAGCCGAGAGGCAAAA-3 '; käänteinen, 5'-AGGCCAGGATGTTCTCCTTT- 3 ', ja β-aktiini käytettiin sisäisenä kontrollina (alukkeet: eteenpäin, 5'-AAGACGTACTCAGGCCATGTCC-3'; taaksepäin, 5'-GACCCAAATGTCGCAGTCAG-3 ') [13]. Suhteellinen ilmentyminen HMGB1
mRNA määritettiin käyttäen suhteellista kvantifiointimenetelmän ja 2 ^{-ΔΔCt analyysi.}

Tilastollinen

Tilastot analyysit suoritettiin käyttäen IBM SPSS tilastot 19,0 ohjelmistot (IBM). Normaalisti jakautuneiden jatkuvien muuttujien ilmaistiin keskiarvona ± SD, kun taas poikkeuksellisen jaettu jatkuvien muuttujien ilmaistiin mediaani ja alue. Pearsonin χ ^{2-testiä käytettiin testaamaan eroja kategorisen muuttujia. Ero normaalisti jakautuneiden jatkuvien muuttujien kahden ryhmän välillä analysoitiin Studentin t
-testi, kun taas U-testi käytettiin vertailussa poikkeuksellisen jakautuneiden jatkuvien muuttujien. Coxin monimuuttuja suhteellinen vaara regressiomallin sovellettiin vaikutuksen arvioimiseksi yksittäisten SNP ja potilaan ominaisuuksien OS tai RFS. Hazard suhde (t) ja 95%: n luottamusvälit (CI) arvioitiin korjattuna iän, sukupuolen, Lauren luokittelu, erilaistuminen, TNM ja ACT. Kaplan-Meier käyrät ja log-rank testejä käytettiin myös arvioimaan vaikutuksia yksittäisten SNP on elinaika. Tilastot merkitys asetettiin tasolle 0,05 ja kaikki P
arvot tässä tutkimuksessa oli kaksi puolta.}

Tulokset

Distribution potilaiden ominaisuuksien ja ennusteen analyysi

GC potilaiden ominaisuudet oli yhteenvetona S2 taulukossa. Koska myöhään päättymispäivä potilaan ilmoittautuminen training set mediaani seuranta-aika oli lyhyempi harjoitussarjassa (46 kuukautta, jotka vaihtelevat 6-80 kuukautta) kuin itsenäisissä validointi set (72 kuukautta, jotka vaihtelevat 6-89 kuukautta). Siten verrattuna potilaiden itsenäisessä validointi asetettu, kuin harjoitussarjassa oli alhaisempi taudin uusiutumisen (58,4% vs
. 66,8%, P
= 0,005) ja kuoleman (41,4% vs
. 55,8%, P
= 0,001). Ei ollut eroja opetusjoukolla ja validointi asettaa iän, kasvainpaikkaa, Lauren luokitus, TNM, erilaistumisen ja ACT ( P
arvo vaihtelee +0,082-+0,898). Viimeistään seurannassa 641 potilasta (423 ja 218 koulutuksessa ja validointi asetettu, vastaavasti) kehittyi uusiutuminen ja 482 kuoli (300 ja 182 koulutuksessa ja validointi asetettu, vastaavasti). Coxin monimuuttuja regressio analyysi osoitti, että oli olemassa merkittävä enemmän kuolemia ja uusiutumisen riskiä potilailla, joilla on diffuusi tyyppi, huono erilaistumista ja kasvain vaiheen III ja IV verrattuna potilailla, joilla on suoliston tyyppi, hyvin /kohtalainen erilaistumista ja kasvaimen vaiheen I ja II keskuudessa training set validointi asettaa ja yhdistetyssä analyysissä. Lisäksi platina-pohjainen ACT leikkauksen jälkeen havaittiin merkittävä suojaava vaikutus sekä OS ja RFS GC potilaista (S3 taulukko).

Association of HMGB1
SNP kliinisten tutkimusten tulosten kanssa GC potilailla

arvioinut yhdistys HMGB1
SNP genotyypit GC kliiniseen tulokseen käyttämällä Coxin monimuuttuja regressioanalyysi korjattuna iän, sukupuolen, kasvainpaikkaa, Lauren luokittelu, erilaistuminen, TNM ja ACT (kuten on esitetty taulukossa 1). Tulokset osoittivat, että tag SNP rs1045411 oli merkitsevästi yhteydessä OS GC potilaiden koulutukseen asetettu. Verrattuna potilaisiin, joilla oli GG-genotyyppi, joilla variantti alleelien (AG ja AA genotyyppien) oli huomattavasti pienempi kuoleman riski (riskisuhde = 0,77, 95% CI: +0,60-,97, P
= 0,032). Tämä merkittävä havainto vahvistettiin riippumaton validointi asettaa ja yhdistetty analyysi, jossa HRS 0,80 (95% CI: 0,62-0,99; P
= 0,046) ja 0,78 (95% CI: 0,55-0,98; P
= 0,043), tässä järjestyksessä. Kaplan-Meier -käyrät analyysi myös voimakas yhteys OS. Potilaat kuljettavat AG /GG genotyypin rs1045411 oli parempi OS kuin teki ne, joilla GG genotyypin koulutukseen set ( P
= 0,024, kuvio 1A), validointi setti ( P
= 0,017, Kuva 1B ) ja yhdistetty analyysi ( P
= 0,001, Kuva 1C).

ositettu analyysi assosiaatiosta rs1045411 OS isännän muuttujat

Olemme suorittaneet kerrostunut analyysit arvioimiseksi yhdistysten välillä genotyyppien rs1045411 ja OS GC potilaiden iän, Lauren luokittelu, erilaistuminen, TNM ja ACT. Merkittävät suojaavat vaikutukset myönnetty rs1045411 oli huomattavampi haitalliset osaryhmään HR alue 0,39-0,69 (kuvio 2A). Lisätietoja merkittävästä vähentynyt kuolema riskejä variantti sisältävän genotyyppien (AG /AA) on rs1045411 havaittiin vanhemmilla potilailla (HR = 0,69, 95% CI: 0,48-0,99), diffuusi tyyppi (HR = 0,67, 95% CI: +0,47-+0,95), huono eriyttäminen (HR = 0,66, 95% CI: +0,45-+0,95), kliinisessä vaiheessa III ja IV (HR = 0,58, 95% CI: 0,37-0,93) ja ilman ACT (HR = 0,39, 95 % CI: ,20-+0,76). Lisäksi esillä ositettu analyysi osoitti tilanne on samankaltainen myös RFS kanssa HR alue +0,44-0,79 (kuvio 2B). Tulokset osoittivat, että AG /AA genotyyppien rs1045411 myönnetyn edullisemman ennusteen haitallisia ryhmissä.

Yhteinen vaikutus välillä rs1045411 ja Lauren luokittelu, erilaistuminen, vaihe tai ACT OS

Aiemmat tutkimukset ovat osoittanut, että sekä geneettiset variaatiot ja kliinisiä tekijöitä vuorovaikutuksessa kriittisiä rooleja GC etenemistä [17]; ja että jos vuorovaikutusta olemassa, vaikutuksia kliinisten elementtien taudin etenemiseen korjataan genotyypit. Siksi yhteinen analyysi suoritettiin voidaan arvioida, moduloiva vaikutus rs1045411 näissä kliinisissä ominaisuudet (Lauren luokittelu, erilaistuminen, vaihe ja ACT) edustaa asemaa syövän etenemisen OS GC potilaista. Kuten taulukosta 2, oli merkittävä vuorovaikutus genotyyppejä rs1045411 ja Lauren luokittelu, erilaistuminen, vaihe tai ACT (kaikki P
_{vuorovaikutuksen < 0,001). Verrattuna yksilöitä kuljettavat AG /AA genotyyppien ja suoliston tyyppi, joilla GG-genotyyppi ja hajanainen tyyppi oli merkitsevästi lisääntynyt kuoleman riski (riskisuhde = 2,09, 95% CI: 1,42-3,08, P
< 0,001). Samanlainen tuloksia havaittiin myös potilailla kuljettavat GG genotyypin huono erilaistumista (HR = 2,48, 95% CI: 1,70-3,62, P
< 0,001), potilailla, joilla on GG genotyypin vaiheen III /IV ( HR = 2,99, 95% CI: 2,04-4,38, P
< 0,001), ja potilailla kuljettavat GG genotyypin ACT (HR = 4,49, 95% CI: 2,70-7,45, P
< 0,001) verrattuna vastaavaan viiteryhmän.}

toiminnallinen vaikutukset rs1045411 geenien ilmentymisen

bioinformatiikan analyysi (http://www.microrna.org/microrna/home. do) paljasti lähellä tag SNP rs1045411 ennustettua microRNA sitoutumiskohtia (HSA-miR-505) on 3'-alue (3'UTR) on HMGB1
geeni [22] (kuvio 3A ). Ensin vahvisti ilmaus miR-505 SGC-7901 ja HEK-293T-solulinjojen, ja havaitsi, että miR-505 oli suhteellisesti korkeampi ekspressiotaso (kuvio 3B). Tutkia, onko genotyypin tag SNP rs1045411 3'UTR on HMGB1
geeni voisi muuttaa geenin ilmentymistä, kaksi solulinjaa transfektoitiin lusiferaasireportterista plasmideja, jotka sisältävät joko luonnossa (GG) tai variantin (AA) genotyyppi SNP rs1045411 (kuvio 3C). Tulokset osoittivat, että SNP rs1045411 merkittävästi osoittivat vaikutusta normalisoitu lusiferaasiaktiivisuuden molemmat transfektoiduissa soluissa. Verrattuna soluihin, jotka on transfektoitu konstruktien kuljettavat villi genotyyppi (GG) SNP rs1045411, jotka on transfektoitu konstruktien kuljettaa variantti genotyyppi (AA) osoitti merkittävästi vähentynyt lusiferaasiaktiivisuus. Vaikutus anti-miR-505 lusiferaasiaktiivisuutta toimittaja plasmidien arvioitiin myös tutkimuksessa. Tulokset osoittivat, että lusiferaasiaktiivisuus kahden UTR konstruktien (p-MIR-G ja p-MIR-A) on merkittävästi lisääntynyt anti-miR-505 sekä solulinjoissa eliminoitu eroja lusiferaasiaktiivisuuden kahden toimittaja plasmideihin. Lisäksi käytimme kvantitatiivinen RT-PCR vaikutuksen tutkimiseksi SNP rs1045411 genotyyppien on HMGB1 mRNA: n ekspression 60 GC kudoksissa (30 kanssa GG genotyypin ja 30 kanssa AG /AA genotyyppien) validoinnista asetettu. Kuten kuviossa 3D, huomasimme, että mRNA: n ilmentymisen taso HMGB1 oli merkitsevästi korkeampi harjoittajat villin (GG) genotyyppi rs1056560 kuin ne, jotka suoritetaan muunnos (AG /AA) genotyyppien (1,04 ± 0,50 vs
. 0,79 ± 0,37, P
= 0,004).

keskustelu

Tässä tutkimuksessa selvitimme yhdistys geneettisten polymorfismien HMGB1
geeni ennuste GC potilaiden kaksivaiheinen analyysi koulutuksen ja validointi sarjoiksi. Olemme osoittaneet, että AG /AA-genotyypin tag SNP rs1045411 in HMGB1
3'-UTR liittyvät merkittävästi parempi OS joukko 704 GC potilaista verrattuna GG genotyyppiä. Tämä merkittävä yhdistys vahvistettiin riippumattomalla validointi joukko 326 GC potilaiden sekä yhdistetyn analyysin kaikista 1030 GC potilaille. Funktionaalinen määritys osoitti, että SNP rs1045411 genotyypit oli merkittävä vaikutus mRNA ilmaus HMGB1
GC kudoksissa sekä kaksi tuumorisolulinjoissa. Lisäksi suotuisa ennustetekijöiden vaikutus rs1045411 oli selvempää haitalliset alaryhmien GC potilaista. Lisäksi yhteinen analyysissä havaittiin merkittävä vuorovaikutus geenien kliinisen elementtejä. Parhaan tietomme mukaan tämän tutkimuksen ensimmäistä kertaa raportoitu yhdistyksen välillä HMGB1
geenipolymorfismien ja GC ennustetta. Kun aitous on vahvistettu, HMGB1
SNP rs1045411 voidaan käyttää ennustetyövälineenä merkki yhdistettynä perinteiseen kliininen ennuste tekijöitä päätöksenteossa GC yksilöllisen kohtelun.

kasvava todisteet viittaavat siihen, että kohonnut HMGB1 on liittyy kasvaimen etäpesäke ja huono ennuste [16, 23-26], mikä HMGB1 houkuttelevan kasvain biomarkkereiden. On ehdotettu, että HMGB1 toimii mahdollisesti kasvaimia synnyttävän proteiinin edistää kasvaimen kehitykseen [15, 27, 28], ja sen yli-ilmentyminen syöpäsoluissa vaikuttaa syövän T-soluvasteen aktivaation kautta solunsisäisen signaloinnin [15, 29]. Todellakin, kohonnut ilmentyminen HMGB1 on havaittu potilailla, joilla on GC ja muiden syöpien [30-32], ja sen ilmentyminen liittyy läheisesti kasvaimien syntyyn [33], kasvaimen invaasion ja metastaasin [29]. Lisäksi Chung et al [34] osoittivat, että seerumin HMGB1 tasot olivat myös merkittävästi liittyvän kasvaimen invaasio, etäpesäkkeiden, kasvun, samoin kuin huono ennuste. Yhdessä nämä havainnot tukevat tärkeä rooli HMGB1 syövän muutos, kasvaimen kasvua ja invaasiota.

Huolimatta laajasta tutkimukset HMGB1 ilmaisun kudoksissa ja sen vastaavan serologinen toimintaa syövän kehittymistä, on olemassa muutamia tutkimuksia keskittyen vaikutus SNP HMGB1
geeni syövän ennusteeseen tai hoitovastetta toistaiseksi. Vuonna ryhmä kiinalaisia ​​potilaita keuhkosyöpä, kaksi SNP, rs141215 ja rs2249825, on liittynyt platinapohjaisen kemoterapian vastausten [35]. Samoin potilailla, joilla on suun kautta okasolusyöpä, toinen HMGB1
polymorfismi SNP rs3742305 on liittynyt taudin etenemiseen ja uusiutumisen elinaika [36]. Olemme kuitenkin jätetty SNP rs3742305 peräisin olevassa tutkimuksessa, koska se on vahva kytkentäepätasapainossa kanssa SNP rs1045411. Nykyisessä tutkimuksessa, huomasimme, että variantti sisältäviä (AG /AA) genotyypin tag SNP rs1045411 liittyi merkittävästi parempi OS potilailla GC, tukeva tärkeä rooli HMGB1 GC evoluution.

Koska SNP rs1045411 sijaitsee 3'UTR alueella HMGB1
geeni, se voi vaikuttaa ilmentämiseen HMGB1
geenin GC potilailla. Tähän mennessä, kuitenkaan, ei ole olemassa tutkimuksia arvioida toimintoja SNP rs1045411. Olemme havainneet, että rs1045411 on lähellä ennustetun microRNA sitoutumiskohta (on-miR-505) [22], mikä viittaa siihen, että tällainen vaihtelu tässä asemassa voi vaikuttaa mRNA: n stabiilisuudessa ja sitoutumisaktiivisuus microRNA, jolloin muuntavan geenin ilmentymisen [ ,,,0],37]. Todellakin, meidän lusiferaasireportterista määrityksissä vahvisti merkittävän vaikutuksen rs1045411 jälkeisestä transkription säätelyyn HMGB1
geenin miR-505-riippuvaisella tavalla. Lisäksi tutkimalla HMGB1 mRNA-ilmentymisen määrä 60 GC kudosnäytteistä genotyypin tietoihin SNP rs1045411, huomasimme, että kudokset kuljettavat variantti sisältäviä (AG /AA) genotyypit oli merkitsevästi vähentynyt HMGB1 mRNA ekspressiotasoja verrattuna homotsygoottista villi (GG ) genotyyppi. Yhdessä meidän kokeelliset tiedot osoittivat, että suotuisa ennustetekijöiden vaikutus myönnetty variantti sisältäviä (AG /AA) genotyypin rs1045411 läheisesti liittyy poikkeava ilmentymä HMGB1
.

Nykyinen tutkimus osoitti että merkittävä tai raja suojaavia vaikutuksia variantin sisältävien (AG /AA) genotyypin SNP rs1045411 OS ja RFS GC potilaista havaittiin lähes kokonaan kielteiset (mutta ei suotuisissa) kerrostumiin potilasta. Tämä on samaa mieltä aiempien tutkimusten osoittavat, että SNP vaikuttaa syövän selviytymisen näkyvämpi tietyillä alaryhmässä potilailla. Esimerkiksi Wang et al
[38] ovat raportoineet, että PSCA
rs2294008 liittyy merkittävästi selviytymisen tulosten joukossa hajanainen-tyyppinen mahasyöpä mutta ei suoliston-tyyppinen mahasyöpä. Pu et al
[39] ovat myös ehdottaneet, että microRNA liittyviä geneettisiä variantteja on enemmän huomattavan liittyy ei-pienisoluinen keuhkosyöpä selviytymisen alkuvaiheen potilailla. Havaitsimme myös merkittävä yhteisvaikutus välillä rs1045411 genotyyppien ja kliiniset tekijät kuten Lauren luokitusta, erilaistuminen, kliiniseen vaiheeseen, ja adjuvanttihoitoa modulointiin ennustetta GC. Nämä merkittävät korrelaatiot ehdotti, että SNP rs1045411 voisi olla potentiaalia moduloivaa rooleja näissä kliinisiä tekijöitä edustavat syövän etenemiseen. Kuitenkin taustalla olevien mekanismien vielä tutkitaan edelleen tulevaisuudessa.

Tämä tutkimus on useita eri ominaisuuksia. Ensinnäkin otetuista potilaista pääosin kotoisin Shaanxin ja sen lähialueilla, mikä on johtamiseen soveltuvat väestöön perustuva tutkimus, koska maantieteellisen vakautta alhainen liikkuvuus nopeudella. Toiseksi suhteellinen suuri väestömäärä ilmoittautunut tässä tutkimuksessa antoi meille mahdollisuuden toteuttaa vaiheessa ositetut analyysi koulutukseen ja validointi sarjaa, mikä rajoitti häiritsevien tekijöiden kasvaimen ja hoidon heterogeenisyys. Yksi merkittävä rajoitus tämän tutkimuksen on, että suhteellinen pieni väestö validoinnissa joukko voi aiheuttaa vääriä negatiivisia. Koska Tutkimuksemme rajoittui han-kiinalaisten, emme voi sulkea pois yleistettävyyttä kysymys. Jatkotutkimuksissa suuremmissa väestö ja muut ethnics perusteltua.

Kaiken kuin ensimmäisessä tutkimuksessa tarkkailemalla vaikutusta HMGB1
geenipolymorfismien GC ennusteeseen kiinalaisessa väestöstä, meidän tiedot viittaavat vahvasti siihen, että tunnisteen SNP rs1045411 in HMGB1
geeni on merkittävä vaikutus kliiniseen tulokseen GC potilaiden, erityisesti potilaille, joilla on pitkälle tai muita aggressiivisia kliinis tila. Tämä tutkimus on mahdollinen kliininen merkitys pyrittäessä tarkentamaan terapeuttista päätöksiä hoidossa GC.

tukeminen Information
S1 Taulukko. Tiedot ja -genotyypitystulosten of HMGB1 SNP.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0154378.s001
(DOC)
S2 Taulukko. Valitut demografiset ja kliiniset ominaisuudet mahasyövän potilasryhmässä.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0154378.s002
(DOC)
S3 Taulukko. Jakelu potilaiden ominaisuuksien ja ennusteen analyysi Training joukko ja Validation asetettu.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0154378.s003
(DOC) B

• PLoS ONE: Kasvain Content Chart-avusteinen HER2 /CEP17 Digital PCR-analyysi mahasyövän biopsianäytteistä
• PLoS ONE: Prognostic merkitys Molecular Analysis of peritoneaalinesteeseen potilailla, joilla on mahasyövän: Meta-analyysi