Plos ONE: prognostični Pomen Tag SNP rs1045411 v HMGB1 od Aggressive Rak želodca v kitajski Population

Povzetek

Prepričljivi dokazi so pokazale, da ima skupina visoko mobilnost box-1 (HMGB1) gen ključno vlogo pri razvoja in napredovanja raka. Ta študija je namenjen za oceno učinkov posameznih nukleotidnih polimorfizmov (SNP) v HMGB1
gen o preživetju bolnikov z rakom želodca (GC). Tri tag SNP iz HMGB1
gena so bili izbrani in genotipizacijo uporabo Sequenom IPEX genotipizirajoči sistema v kohorti 1030 bolnikov GC (704 v učni množici, 326 v nizu validacije). Multivariatno Cox modela sorazmerna nevarnosti in Kaplan-Meier Curve so bili uporabljeni za analizo prognoze. AG /AA genotipov SNP rs1045411 v HMGB1
gene so bistveno povezana z boljšo celokupno preživetje (OS) v niz 704 bolnikov, GC, ko v primerjavi z GG genotipov (HR = 0,77, 95% CI: 0.60-0.97 P
= 0,032). Ta prognostični učinek je bil preverjen v samostojni sklop potrjevanja in združimo analizo (HR = 0,80, 95% CI: 0,62-0,99, P
= 0,046; HR = 0,78, 95% CI: 0,55-0,98, P
= 0,043, v tem zaporedju). V razslojeni analizi je bil zaščitni učinek rs1045411 genotipov AG /AA bolj izrazit pri bolnikih z neugodnim plasteh, v primerjavi z bolniki z ugodnim slojev. Poleg tega so bili med rs1045411 genotipov in razvrščanje Lauren, diferenciacijo, stopnjo ali adjuvantno kemoterapijo opozoriti močne skupne napovedovanje vplivov na OS bolnikov GC. Poleg tega, funkcionalna test pokazala pomembnega učinka rs1045411 na HMGB1
izražanja. Naši rezultati kažejo, da rs1045411 v je HMGB1
značilno povezana s kliničnimi izidi bolnikov kitajskih GC po operaciji, še posebej pri tistih z agresivnim status, ki utemeljuje dodatno potrditev v drugih etničnih populacij

Navedba.: Bao G Qu F, je L Zhao H, Wang N, Ji G, et al. (2016) prognostični pomen Tag SNP rs1045411 v HMGB1
od Aggressive Rak želodca v kitajskega prebivalstva. PLoS ONE 11 (4): e0154378. doi: 10,1371 /journal.pone.0154378

Urednik: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, UNITED STATES

Prejeto: 23. januar, 2016; Sprejeto: 12. april, 2016; Objavljeno: 26 april 2016

Gre za odprt dostop članek, brez vseh avtorskih pravic, in se lahko prosto reproducirati, distribuirati, prenašati, spreminjati, nadgrajevati, ali kako drugače uporablja vsakdo za vse zakonite namene. Delo je na voljo pod Creative Commons CC0 javni domeni predanost

Data Dostopnost:.. Vsi pomembni podatki so v papirju in njene dodatne informacije datotek

Financiranje: To delo je bilo podprto z nepovratnimi sredstvi od National Natural Science Foundation Kitajske (št 81272201 in št 81572916 do SI; št 81200330 do SZ)

nasprotujočimi si interesi. avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

. Uvod

rak želodca (GC) je četrti najpogostejši rak na svetu, kar predstavlja približno 8% novih raka in 10% smrti zaradi raka [1]. Od teh primerov, 70% je prišlo v državah v razvoju, in polovico vse svetovne porabe je prišlo v vzhodni Aziji, predvsem na Kitajskem [2]. V zadnjih nekaj desetletjih, kljub znatnemu povečanju investicij in napredek v diagnostiki in zdravljenju GC, celotno preživetje (OS) za napredno GC je še vedno žalostna, s 5-letno stopnjo preživetja manj kot 25% [3 ]. Trenutno preživetje in prognoza pacientov GC vedno odvisne od faze tumorja v času diagnoze. Vendar pa zaradi jasno pomembnih razlik v isti stopnji, sama faza tumor ne zadostuje napovedati prognozo GC [4]. Zato, da bi odkrili nove molekularne podpisov, kot so zanesljivi prognozi za GC zelo pomembna in zahtevna. V zadnjih letih so študije osredotočila na preiskavo genskih variant, ki lahko povzročijo, da razvoj in napredovanje GC [5].

skupina na visoki mobilnosti box-1 (HMGB1), pomemben član skupine na visoki mobilnosti protein naddružina, vsebuje dve domeni 80-amino kislin DNA vezavo (A-box in B-box) in kislo karboksilne rep [6]. Deluje kot kromatina strukturne beljakovine v jedru in vnetnih citokinov ekstracelularno. Jedrska proteina, HMGB1 veže nespecifično na stranski žleb DNK in olajša sestavljanje ciljev DNA site-specific [7]. V nasprotju s tem, zunajcelične HMGB1 deluje kot citokin, ki se razširja infekcijskih ali poškodb izzvalo vnetne odzive [8]. Stalno sprostitev HMGB1 iz odmrlih tumorskih celic lahko ustvari mikrookolje spominja kronična vnetja; Pogoj je znano, da prispevajo k razvoju epitelijskih malignih sprememb, zlasti vnetju povezan rak [9]. V bistvu, so številne študije že pokazale, da prekomerno izražanje HMGB1 v mnogih vrstah raka [10-13], vključno z GC [14]. Poleg tega so prepričljivi dokazi potrjuje, da je HMGB1 prekomerno ekspresijo tesno povezana z razvojem tumorja s posredovanjem proliferacije, invazijo in migracijo rakastih celic [15, 16]. Zato se lahko HMGB1 zanimiva kandidatka za novo prognostični označevalec ali terapevtsko tarčo za GC.

kopičijo dokazi so pokazale, da lahko genetska ozadja vplivajo na tveganje in prognozo GC [17]. Polimorfizma posameznih nukleotidov (SNP) je najpogostejša genetske variacije, in so lahko obetavni nadomestni biomarkerjev genetskih okolij pacientov napovedati terapevtski odziv in prognoze [18]. Genetske variante so bile ugotovljene v človeški HMGB1
gene [19], vendar je povezava med HMGB1
genskega polimorfizma in izid preživetje GC ni bila nikoli določena. Glede na ključno vlogo HMGB1 v razvoj in napredovanje raka, je verjetno, da polimorfizem HMGB1
lahko vpliva na klinične rezultate GC. Tukaj, smo ocenili učinke treh tag SNP v HMGB1
na kliničnih izidov 1030 bolnikov kitajski GC (704 v seriji za učenje, 326 v samostojni sklop validacije), ki so prejeli radikalno zdravljenje resekcijo. Poleg tega je bil učinek ugotovljene ustrezne oznake SNP o regulaciji genske ekspresije dodatno pregledal in vitro
funkcionalnim testom. Kolikor nam je znano, je to prva preiskava povezave med polimorfizmi v HMGB1
in klinični izid GC.

Materiali in metode

Etika

Ta študija je bila odobrena s etike odbor četrtega vojaške Medical University. Postopki so bili izvedeni v skladu s sprejetimi smernicami in Helsinške deklaracije 1964 in njegovih poznejših sprememb ali primerljivih etičnimi standardi. Podpisan privolitev je bila pridobljena iz vsakega udeleženca, vključenih v raziskavo.

Študija prebivalstva

Skupno 1030 Han kitajskih bolnikih s primarno adenokarcinomom želodca so bili vključeni iz dveh ločenih lokacijah, Hospital Tangdu in Xijing bolnišnica prebavne bolezni, v Xi'an, Kitajska. Vse primere GC prejeli kirurško resekcijo in ni imela anamnezo druge oblike raka ali katero koli preoperativno zdravljenja proti raku ali transfuzijo krvi v 3 meseca pred operacijo. Ni bilo starost, spol ali bolezen omejitve odrske za zaposlovanje primera. Med njimi smo uporabili 704 bolnikov (Oddelek za splošne kirurgije, Tangdu Hospital, od julija 2008 do junija 2013) kot usposabljanje, določenem v tej študiji. Druga skupina 326 bolnikov (Xijing bolnišnici prebavnih bolezni, med januarjem 2008 in decembrom 2010), so bili uporabljeni kot samostojno niz potrjevanja. Cilj je bil ugotoviti klinično pomembno napovedno vrednost SNP v HMGB1
gena iz nabora usposabljanja in ga testirali v neodvisnem nizu potrjevanja.

Demografske in kliničnih podatkov

demografski in klinični podatki so bili zbrani z osebnim anketiranjem na začetnem obisku ali spremljanje v ambulantah, zdravstvene kartoteke, ali posvetovanja s zdravijo zdravniki, tudi starost, spol, etnično pripadnost, stanovanjskem območju, ob diagnozi, čas operacije in /ali adjuvans kemoterapijo (ACT), čas za ponovitev bolezni in /ali smrti, stopnjo tumorjev, razvrščanje Lauren, diferenciacija, histološki tip in protokola zdravljenja. Nadaljnje informacije je bil posodobljen v presledkih 6 mesecev s pomočjo na kraju samem intervju, telefonske komunikacije, ali pregledom zdravstvene kartoteke usposobljeno raziskovalnih strokovnjaki. Zadnji spremljanje datum je junij 2015, mediana spremljanja trajale 51 mesecev (od 6-89 mesecev). Odstotek bolnika izgubila med sledenju je bila 9,8%. OS je bil opredeljen kot čas od operacijo na GC-specifične smrti. RFS (preživetje Ponavljanje-free) je bil opredeljen kot čas od kirurgije do datuma prve ponovitve ali daljni metastaz GC. Bolniki živ v zadnjem spremljanju sta bila cenzurirana.

Zbiranje, predelava in konzerviranje vzorcev

Pred operacijo, 5 ml venske krvi je bilo zbranih od vsake GC bolnikov izločijo DNK z E.Z.N.A. kri DNA Midi Kit (Omega Bio-Tek, Norcross, GA, ZDA). Šestdeset želodca rakave tkiva so hkrati zbrali iz nabora validacije za realnem času kvantitativno reverzno transkripcijo PCR (RT-PCR) teste.

izbor SNP in genotipizacija

kandidat tag SNP izbor HMGB1
gena smo izvedli kot postopek v dveh korakih. Prvič smo uporabili nabor spletnih izbor SNP orodij (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm) za iskanje SNP kandidatke za HMGB1
[20]. Vsi potrjeni polimorfizmi v HMGB1
gen regija, vključno s 5 kb nabavnih prvega eksona in 5 kb dolvodno od zadnjega eksona, so menili, da je kandidat SNP. Ti SNP z manjšo alelov frekvenco ≥ 5% v HapMap CHB (Han Kitajcev v Pekingu) prebivalstva in parno genetsko neravnostežje kvadrat koeficient korelacije (r ^{2) > 0.8 so bile izbrane kot SNP kandidatke. Drugič, so oznake SNP izbrana iz teh SNP kandidatk, ki uporabljajo podatkovne baze International HapMap faza projekta II kitajskega prebivalstva (http://www.hapmap.org/~~HEAD=pobj, naložena z dne 18. novembra 2013) in HAPLOVIEW različica 4.2. Končno, tri oznake SNP (pomeni r 2 = 0,981) so bili izbrani: rs1045411 (G > A), rs1412125 (T > C) in rs2249825 (C > G) .Genotyping je bila izvedena s pomočjo Sequenom iPLEX genotipizirajoči sistem (Sequenom Inc., San Diego, CA, ZDA) po protokolu proizvajalca. Laboratorijski osebe, ki se izvajajo na genotipizacije teste so bili zaslepljeni z informacijami bolnikov. so bili uporabljeni nadzor na notranjih kakovosti in negativne kontrole, da se zagotovi točnost genotipizacijo ter 5 vzorcev je bilo naključno izbranih in genotipizacijo v dveh izvodih s 100% soglasjem. Call mera za genotipizacijo gibala med 99,3% in 99,7%. Podrobne informacije o SNP in rezultati genotipizacije so bili navedeni v S1 tabeli.}

Funkcionalni test

Funkcionalni učinki tag SNP rs1045411, ki se nahajajo v 3'UTR HMGB1
gena so raziskovali s pomočjo luciferazno reporterski testa. Na kratko, je bil 49-bp double-strand DNA, ki nosi bodisi divje genotip ali varianto genotip rs1045411 sintetizira in klonirali v pMIR-POROČILO vektorja (Ambion, Austin, Tex, ZDA) z uporabo omejitev encimov Spe I in Hind III (Takara, Dalian, Kitajska). Vsi konstrukti so bili potrjeni s zaporedja DNK. linije človekovih GC celic SGC-7901 in embrionalne ledvične človeška vrsta HEK-293T, v kateri je bila ima-miR-505 razpoznavna, da se s pomočjo TaqMan microRNA Reverse Transcription komplet (Applied biosistemske, Foster City, CA, ZDA), kot je bilo prej pozitivno izrazil opisano v [21], so co-transfekciji s bodisi pMIR-rs1045411-A ali pMIR-rs1045411-G (200ng /dobro), z ali brez anti-pokoj-505 (Applied Biosystems, Foster City, CA, ZDA) in notranji nadzor reporter plazmid pRLTK (Promega, Madison, WI, ZDA) (20 ng /vdolbinico) z Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, ZDA) v 24-tudi ploščo z 2 x 10 ^{5 celic na dobro. SGC-7901 in celične linije HEK293 smo nabavili pri Type Culture Collection kitajske akademije znanosti (CAS) (Šanghaj, Kitajska), kjer so bili preverjeni z odkrivanjem mikoplazmami, DNK-odvzemanje prstnih, odkrivanje izoencima in odkrivanje celic vitalnost. Zamrznjene viala vsake 147 celične linije, ki se je takoj razširjeni in zamrzne, ko se je prejel od prodajalca, je oživel in se uporabljajo za te študije. Po 48 urah smo zbrali celice za določitev luciferazno aktivnost z dvojno-luciferaza novinar test sistem komplet (Promega, Madison, WI, ZDA) z luminometer (Tecan, Männedorf, Švica). Vse Transfekcije smo izvedli v treh izvodih, in vsi poskusi so neodvisno ponovi trikrat.}

Da bi še dodatno oceniti učinek tag SNP rs1045411 genotipov na izražanje HMGB1
mRNA, skupno RNA smo izolirali iz 60 vzorcev tkiva GC (30 z genotipom AA in 30 z AG /GG genotipov rs1045411) v skladu z navodili proizvajalca. Nato smo cDNA sintetiziramo z uporabo PrimeScript RT reagenta komplet (Takara, Dalian, Kitajska). RT-PCR smo izvedli s pomočjo naslednjih HMGB1
začetnih oligonukleotidov: naprej, 5'-TAAGAAGCCGAGAGGCAAAA-3 "; obratno, 5'-AGGCCAGGATGTTCTCCTTT- 3 'in β-aktin uporabimo kot notranjo kontrolo (primerji: naprej, 5'-AAGACGTACTCAGGCCATGTCC-3'; obratno, 5'-GACCCAAATGTCGCAGTCAG-3 ') [13]. Relativna izraz HMGB1
ravni mRNA je bila določena z relativno metodo količinsko in 2 ^{-ΔΔCt analizo.}

Statistična analiza

Statistika analize so bile izvedene s pomočjo IBM SPSS Statistics 19.0 programske opreme (IBM). Običajno porazdeljene zvezne spremenljivke so izražene kot povprečje ± SD, medtem ko so bile nenormalno porazdeljene zvezne spremenljivke izražena kot mediana in razpon. Pearsonov χ ^{2-testa smo uporabili za testiranje razlike v kategorične spremenljivke. Razlika normalno porazdeljenih zveznih spremenljivk med dvema skupinama smo analizirali s pomočjo študentov je t
-test, Mann-Whitney U test, medtem ko je bila uporabljena za primerjavo nenormalno porazdeljenih zveznih spremenljivk. Multivariatno Cox sorazmerna nevarnosti regresijski model je bil uporabljen za oceno vpliva posameznih SNP in značilnosti bolnikov na OS ali RFS. razmerja ogroženosti (ur) in 95% intervali zaupanja (CIS) smo ocenili s prilagoditvijo za starost, spol, razvrščanje Lauren, diferenciacija, stadij TNM in ACT. Kaplan-Meier krivulje in testi log-rang so bili uporabljeni tudi za oceno vpliva posameznih SNP v času preživetja. Statistika pomen je bila določena na ravni 0,05 in vse P
Vrednosti v tej študiji so bili dvostranski.}

Rezultati

Distribucija značilnosti bolnikov in prognoza analiza

lastnosti GC bolnikov je bila povzeta v S2 tabeli. Zaradi poznega končni datum vpisa pacientov za sklop usposabljanja, je bila mediana spremljanja čas krajši v seriji za učenje (46 mesecev, od 6 do 80 mesecev), kot da je v neodvisnem nizu potrjevanja (72 mesecev, in sicer od 6-89 mesecev). Tako je v primerjavi z bolniki v samostojni sklop validacije, tistih v seriji za učenje imela nižjo stopnjo ponovitve (58,4% vs.
66,8%, P
= 0,005) in smrti (41,4% vs
. 55.8%, P
= 0,001). Bilo je med naborom usposabljanje in potrjevanje, določenem glede na starost ni razlik, na mestu tumorja, klasifikacija Lauren, oder TNM, diferenciacija in ACT ( P
vrednost v razponu od 0.082 do 0.898). Na zadnji spremljanja, 641 bolnikov (423 in 218 v usposabljanja in potrjevanja niza, oziroma) razvil ponovitve in 482 je umrl (300 in 182 v usposabljanja in potrjevanja niza, oziroma). Multivariatno Cox regresijska analiza je pokazala, da je bilo znatno večje smrt in ponovitev tveganja pri bolnikih z difuzno tipa, slabo diferenciacijo in stadija tumorja III in IV, v primerjavi z bolniki s črevesno tipa, ter /zmerno diferenciacija in stopnja tumor I in II med nizom usposabljanja, set potrditev in skupna analiza. Poleg tega je na osnovi platine ACT po operaciji je pokazala pomembno zaščitni učinek tako na OS in RFS bolnikov GC (S3 tabeli).

Združenje HMGB1
SNP s kliničnim izidom pri bolnikih GC

smo ocenili s pridružitvijo HMGB1
SNP genotipov s kliničnim izidom GC uporabo multivariatno Cox regresijsko analizo s prilagoditvijo glede na starost, spol, lokacija tumorja, klasifikacija Lauren, diferenciacija, stadij TNM in ACT (kakor prikazano v tabeli 1). Rezultati so pokazali, da je oznako SNP rs1045411 je bistveno povezano z OS bolnikov GC v učni množici. V primerjavi z bolniki z GG genotipom, tiste, ki imajo variante alelov (AG in AA genotipov) je imela bistveno manjšo nevarnost smrti (HR = 0,77, 95% CI: 0.60-0.97, P
= 0,032). Ta pomembna ugotovitev je bila potrjena v neodvisnem nizu potrjevanja in združimo analizo, s HRS 0,80 (95% IZ: 0.62-0.99; P
= 0,046) in 0,78 (95% IZ: 0,55-0,98; P
= 0,043), v tem zaporedju. Kaplan-Meier krivulje analiza tudi močno povezavo z OS. Bolniki, ki prevažajo AG /GG genotipov rs1045411 imeli boljši OS, kot so se ti z GG genotipom v učni množici ( P
= 0,024, slika 1A), potrjevanje set ( P
= 0,017, slika 1B ) in skupna analiza ( P
= 0.001, slika 1C).

Stratificirano analiza o pridružitvi rs1045411 z OS, ki ga gostijo spremenljivke

opravili smo stratifikacije analize za oceno združenja med genotipi rs1045411 in OS bolnikov GC po starosti, razvrstitev Lauren, diferenciacija, stadij TNM in ACT. Pomembne zaščitni učinki, ki jih podeljuje rs1045411 je bil izrazitejši v neugodnih podskupinah z dosegom HR od 0,39 do 0,69 (slika 2A). Za podrobnosti, znatno zmanjšala nevarnost smrti je bila pri starejših bolnikih (HR = 0,69, 95% IZ: 0,48-0,99), povezano z genotipi, ki vsebujejo variante (AG /aa) rs1045411, razširjen tip (HR = 0,67, 95% CI: 0,47-0,95), slaba diferenciacija (HR = 0,66, 95% IZ: 0,45-0,95), klinični stadij III in IV (HR = 0,58, 95% IZ: 0,37-0,93) in brez ACT (HR = 0,39, 95 % IZ: 0,20-0,76). Poleg tega je sedanja slojevit analiza je pokazala podoben trend pri RFS z vrsto HR od 0,44 do 0,79 (slika 2B). Rezultati so pokazali, da AG /AA genotipov rs1045411 podelil več prognozo v neugodnih skupin.

Skupni učinek med rs1045411 in razvrščanje Lauren, diferenciacijo, stopnjo ali ACT OS
na

Prejšnje študije imajo pokazale, da tako genetske variacije in klinične značilnosti interakcijo, da igrajo ključne vloge v napredovanje GC [17]; in da če ne obstajajo interakcije, učinki kliničnih elementov na napredovanja tumorja bo spremenjena z genotipi. Zato je bila skupna analiza opravljena za oceno morebitnega modulacijski učinek rs1045411 v teh kliničnih značilnosti (klasifikacija Lauren, diferenciacijo, odrski in ACT), ki predstavlja stanje napredovanja tumorja na OS bolnikov GC. Kot je prikazano v tabeli 2, je bila pomembna interakcija med genotipi rs1045411 in razvrščanje Lauren, diferenciacijo, stopnjo ali ACT (vse P
_{interakcija < 0,001). V primerjavi s posamezniki, ki opravljajo AG /AA genotipov in črevesne vrste, tiste z GG genotipom in razpršenega tipa imela bistveno večjo nevarnost smrti (HR = 2,09, 95% CI: 1.42-3.08, P
< 0,001). Podobne rezultate so bile ugotovljene tudi pri bolnikih, ki imajo GG genotip s slabo diferenciacijo (HR = 2,48, 95% CI: 1.70-3.62, P
< 0,001), pri bolnikih z GG genotipa faze III /IV ( HR = 2,99, 95% CI: 2,04-4,38, P
< 0,001), in pri bolnikih, ki imajo GG genotip z ACT (HR = 4,49, 95% CI: 2.70-7.45, P
. < 0,001) v primerjavi z ustrezno referenčno skupino}

Funkcionalni učinki rs1045411 na izražanje genov

Bioinformatika analiza (http://www.microrna.org/microrna/home. ne) pokazala bližino tag SNP rs1045411 do napovedanega microRNA zavezujoč mest (HSA-miR-505) na 3'-neprevedene regije (3'UTR) za HMGB1
genov [22] (slika 3A ). Najprej smo potrdili izraz miR-505 v SGC-7901 in celičnih linij HEK-293T, in ugotovili, da so imeli miR-505 relativno višji nivo ekspresije (slika 3B). Da bi raziskali, ali genotipov tag SNP rs1045411 v 3'UTR HMGB1
gen lahko spremeni izražanje genov, dve celične linije so transfekciji s luciferaza novinar plazmidi, ki vsebujejo bodisi divje (GG) ali varianto (AA) genotip SNP rs1045411 (slika 3c). Rezultati so pokazali, da SNP rs1045411 bistveno pokazala učinek na normaliziran luciferazno aktivnost v obeh transfektiranih celic. V primerjavi s celicami transfekciji s konstrukti, ki prevažajo divje genotip (GG) za SNP rs1045411, celice transfekciji s konstrukti, ki prevažajo varianta genotip (AA) razstavljen znatno zmanjšala luciferazno aktivnost. Učinek anti-miR-505 na luciferazno aktivnost reporterskih plazmidov smo ocenili tudi v študiji. Rezultati so pokazali, da je luciferaza aktivnost dveh UTR konstrukti (p-MIR-G in p-MIR-A), je znatno povečal, anti-miR-505 v obeh celičnih linijah z izločajo razlik luciferazno aktivnost med dvema reporterskih plazmidov. Poleg tega smo uporabili kvantitativno RT-PCR, naj preuči vpliv SNP rs1045411 genotipov na HMGB1 mRNA izražanja v 60 GC tkiva (30. z GG genotip in 30 z AG /AA genotipov) iz niza potrjevanja. Kot je prikazano na sliki 3D, smo ugotovili, da je raven mRNA izraz HMGB1 je bila bistveno višja od prevoznikov z divjimi (GG) genotipa rs1056560 kot tisti, ki izvajajo varianto (AG /AA) genotipov (1,04 ± 0,50 vs
. 0,79 ± 0,37, P
= 0,004).

Pogovor

v tej študiji smo raziskovali povezavo genetskih polimorfizmov v HMGB1
gena z prognoza bolnikov GC s dvostopenjsko analizo usposabljanja in potrjevanja sklopov. Pokazali smo, da se AG /AA genotipov tag SNP rs1045411 v HMGB1
3'-UTR značilno povezana z boljšo OS v niz 704 bolnikov GC v primerjavi z GG genotipov. Ta pomembna povezava je bila potrjena v neodvisnem nizu validacijske 326 bolnikov, GC, kakor tudi skupni analizi vseh 1030 bolnikov GC. Funkcionalna testa so pokazali, da je imel SNP rs1045411 genotipi bistveno vplivali na mRNA izražanja HMGB1
in GC tkivih, kot tudi dve tumorske celične linije. Poleg tega je bil ugoden napovedni učinek rs1045411 bolj očitno pri neugodnih podskupinah bolnikov GC. Poleg tega je skupna analiza je pokazala veliko interakcije genov klinični elementov. Kolikor nam je znano, je ta raziskava prvič poročali o pridružitvi med HMGB1
genskih polimorfizmov in GC prognozo. Po opravljenem postopku, HMGB1
SNP rs1045411 se lahko uporabljajo kot prognostični označevalec v kombinaciji s tradicionalnimi kliničnih prognozo dejavnikov pri odločanju GC individualno obravnavo.

Vse večje dokazi kažejo, da je povišana HMGB1 povezano s tumorsko metastaziranje in slabo prognozo [16, 23-26], zaradi česar HMGB1 privlačen biomarkerja tumorja. Predlagano je bilo, da HMGB1 deluje kot potencialno onkogenih proteina za spodbujanje tumorske napredek [15, 27, 28] in njene čezmernim pri rakavih celicah vpliva na protirakavo odziva celic T preko aktivacije znotrajcelične signalizacije [15, 29]. Dejansko je bila povišana ekspresija HMGB1 odkrili v bolnikov z GC in drugih vrst raka [30-32], in njegova ekspresija je tesno povezan s tumorigeneze [33], tumorske invazije in metastaza [29]. Poleg tega Chung et al [34] pokazala, da so serumsko koncentracijo HMGB1 tudi bistveno povezano s tumorsko invazijo, metastaze, rast, kot tudi slabo prognozo. Kolektivno, te ugotovitve potrjujejo pomembno vlogo HMGB1 v preoblikovanju raka, rast tumorja in invazije.

Kljub obsežnim preiskavam HMGB1 izražanja v tkivih in njegovo ustrezno serološke dejavnosti na razvoj raka, obstaja nekaj študij, ki se osredotočajo na učinek SNP v HMGB1
gen na prognozo raka ali odziva na zdravljenje doslej. V skupini kitajskih bolnikov z rakom na pljučih, dva SNP, rs141215 in rs2249825, je bila povezana z odzivi kemoterapijo na osnovi platine [35]. Podobno je pri bolnikih z ustnim ploščatoceličnim karcinomom, druga HMGB1
polimorfizma na rs3742305 SNP je bila povezana z napredovanja tumorja in preživetje ponovitve brez [36]. Vendar pa smo izločili rs3742305 SNP iz te študije, ker je v močni povezavi neravnovesja z rs1045411 SNP. V tej raziskavi smo ugotovili, da vsebuje varianto (AG /AA) genotipov tag SNP rs1045411 so bistveno povezana z boljšo OS pri bolnikih z GC, ki podpira pomembno vlogo HMGB1 v razvoju GC.

Ker SNP rs1045411 se nahaja v regiji 3'UTR HMGB1
gen lahko vpliva na izražanje HMGB1
gena pri bolnikih GC. Do danes pa ni študij za oceno funkcij rs1045411 SNP. Ugotovili smo, da rs1045411 je v neposredni bližini predvideno microRNA vezivnega mesta (ima-miR-505) [22], kar kaže, da se lahko takšna sprememba na tem položaju vpliva na stabilnost mRNA in zavezujoče dejavnost microRNA, tako znižano izražanje genov [ ,,,0],37]. Dejansko, naši luciferazne novinar testi potrdili pomemben vpliv rs1045411 na post-transkripcijske ureditvi HMGB1
gena v miR-505-odvisne mode. Poleg tega se s preučevanjem HMGB1 mRNA nivo izražanja v vzorcih 60 GC tkiva s podatki genotip SNP rs1045411, smo ugotovili, da so tkiva, ki prevažajo vsebuje varianto (AG /AA) genotipov so imeli občutno zmanjšala raven izražanja HMGB1 mRNK, v primerjavi s tistimi, s homozigotno naravi (GG ) genotip. Skupaj, naši eksperimentalni podatki kažejo, da je ugodna prognostično učinek jo podeljuje vsebuje varianto (AG /AA) genotipov rs1045411 je tesno povezana z aberantno izražanje HMGB1
.

Naša trenutna študija je pokazala, da so bile pomembne ali mejnih zaščitni učinki, ki vsebuje varianto (AG /AA) genotipov SNP rs1045411 na OS in RFS bolnikov GC skoraj v celoti na voljo v negativen (ne pa tudi v ugodnih) strata bolnikov. To se sklada s prejšnjimi študijami, ki kažejo, da je SNP vplivajo na preživetje raka bolj izrazit pri določenih bolnikih podskupini. Na primer, Wang et al
[38], so poročali, da je PSCA
rs2294008 je bistveno povezan s preživetjem izidov med razpršenega tipa raka želodca pa rak ni črevesno tipa želodca. Pu et al
[39] so tudi predlagali, da se v zvezi z microRNA genetske variante bolj izrazito povezana z majhnim preživetjem ne pljučnega raka pri bolnikih v zgodnji fazi. Prav tako smo opazili precejšnje posledice interakcije med rs1045411 genotipov in kliničnih elementov, kot so razvrščanje Lauren, diferenciacija, klinični fazi, in adjuvantno kemoterapijo v zvezni prognozo GC. Te pomembne korelacije predlagal, da bi morali SNP rs1045411 potencialne moduliranim vloge v teh kliničnih lastnosti, ki predstavljajo napredovanje tumorja. Vendar pa še vedno z njimi povezane mehanizme je treba še raziskati v prihodnje.

Ta študija ima več različnih funkcij. Najprej so vključili bolnike, v glavnem prihajajo iz Shaanxi in sosednjih območjih, ki je primerna za izvajanje raziskav, ki temeljijo na prebivalstvo zaradi geografskega stabilnosti z nizko stopnjo mobilnosti. Drugič, relativno velika velikost populacije, vpisanih v tej raziskavi nam je omogočilo, da izvede fazi, slojevit analize, usposabljanja in potrjevanja sklopov, ki so omejene na zavajajočih dejavnikov za tumor in heterogenosti zdravljenja. Eden od glavnih omejitev te študije je, da lahko relativno majhno število prebivalcev v nizu veljavnosti pomeni lažno negativne. Poleg tega, ker je bila naša raziskava omejena na Han Kitajci, ne moremo izključiti vprašanje posploševanja. Nadaljnje študije v večjih populacijah in drugih etike so utemeljene.

Na splošno, kot prvi študiji opazuje učinek HMGB1
genski polimorfizmi na GC prognozo v kitajskega prebivalstva, naši podatki jasno kažejo, da je oznako SNP rs1045411 v HMGB1
gene ima pomemben učinek na klinični izid bolnikov GC, zlasti pri bolnikih z napredovalo fazo ali drugih agresivnih clinicopathological statusa. Sedanja Študija je potencialno klinično pomembne, da pomaga izboljšati terapevtske odločitve pri zdravljenju GC.

Podpora Informacije
S1 tabelo. informacije tipizacije in rezultati HMGB1 SNP je
doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s001
(DOC)
S2 tabeli. Izbrano demografske in klinične značilnosti želodčnega raka populaciji bolnikov
doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s002
(DOC)
S3 tabeli. Porazdelitev značilnosti bolnikov in analiza prognoza v nizu usposabljanje in set Validacija
doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s003
(DOC)

• Plos ONE: Tumor Content Graf-Assisted HER2 /CEP17 Digitalni PCR analiza želodca Rak biopsijo
• Plos ONE: prognostični pomen za molekularno analizo peritonealni tekočini za bolnike z želodčnim rakom: metaanalizi