PLoS ONE: Prognostički značaj Tag SNP rs1045411 u HMGB1 od agresivnog raka želuca u kineskoj populaciji

Sažetak pregled

uvjerljiv dokazi sugeriraju da je visoka mobilnost grupa box-1 (HMGB1) gen igra ključnu ulogu u razvoju i progresiji karcinoma. Cilj ovog rada bio je procijeniti učinke polimorfizama (SNP-ova) u HMGB1 pregled gena na preživljavanje raka želuca (GC) bolesnika. HMGB1 pregled gena odabrani su tri oznake SNP iz te genotipiziran koristeći Sequenom iPEX genotipizacija sustav u skupini od 1030 GC bolesnika (704 u trening setu, 326 u validacije setu). Multivarijatna Cox modelu proporcionalnog rizika i Kaplan-Meier krivulja korišteni su za prognozu analizu. AG /AA genotipova SNP rs1045411 u HMGB1 pregled gena značajno su povezane s boljim ukupno preživljenje (OS) u setu 704 GC bolesnika u usporedbi s genotipa GG (HR = 0,77, 95% CI: 0.60-0.97 P pregled = 0,032). Taj prognostičkim učinak je potvrđen u nezavisnom skupu validacije i udružuje analizu (HR = 0,80, 95% CI: 0,62 do 0,99, P pregled = 0,046; HR = 0,78, 95% CI: 0,55-0,98, P pregled = 0,043, respektivno). U stratificirani analize zaštitni učinak rs1045411 genotipova AG /AA je izraženija u bolesnika s nepovoljnim slojevima, u usporedbi s bolesnicima s povoljnim slojevima. Osim toga, snažne zajedničke prediktivni učinci na OS GC bolesnika zabilježena je između rs1045411 genotipova i Lauren klasifikaciji, diferencijacija, fazi ili adjuvantne kemoterapije. Osim toga, funkcionalna analiza je pokazala značajan učinak rs1045411 na HMGB1 pregled izražavanja. Naši rezultati pokazuju da rs1045411 u HMGB1 pregled značajno je povezana s kliničkim ishodima kineskih GC bolesnika nakon operacije, osobito u onih s agresivnim statusu koji opravdava daljnje provjere valjanosti u drugim etničkim populacijama pregled

Izvor.: Bao G, Qu F, je L, Zhao H, Wang N, Ji G, et al. (2016) Prognostički značaj Tag SNP rs1045411 u HMGB1 pregled od agresivnog raka želuca u kineskoj populaciji. PLoS ONE 11 (4): e0154378. doi: 10,1371 /journal.pone.0154378 pregled

Urednik: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, SAD pregled

Primljeno: 23 siječnja 2016; Prihvaćeno: 12. travnja 2016; Objavljeno: 26. travanj 2016 pregled

Ovo je otvorenog tipa članak, slobodna od svih autorskih prava, a može slobodno reproducirati, distribuirati, prenositi, mijenjati, izgrađena na, ili na drugi način koristiti bilo tko za bilo koju zakonitu svrhu. Rad je dostupan pod licencijom Creative Commons CC0 javne domene predano pregled

Podaci Dostupnost:.. Svi relevantni podaci u radu i njegove popratne podatke datoteka pregled

Financiranje: Ovaj rad je podržan od strane subvencija od Nacionalne zaklade prirodoslovni Kine (br 81272201 i broj 81572916 u UK; br 81200330 do NW) pregled

suprotstavljenih interesa. autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

. Uvod pregled

rak želuca (GC) je četvrti najčešći rak u svijetu, što čini oko 8% novih rakova i 10% smrti od raka [1]. Od tih slučajeva, 70% dogodio se u zemljama u razvoju, a polovica ukupnog svjetskog dogodila u istočnoj Aziji, uglavnom u Kini [2]. Tijekom posljednjih nekoliko desetljeća, unatoč značajnom povećanju investicija i napredak u dijagnostici i liječenju GC, ukupno preživljenje (OS) za napredno GC je još uvijek tužan, s pet godina stopa preživljavanja od manje od 25% [3 ]. Trenutno, opstanak i prognoza GC pacijenata još uvijek ovise o stadiju tumora u vrijeme dijagnoze. Međutim, s obzirom na jasno važnih razlika unutar iste fazi, tumor faza sama nije dovoljna predvidjeti prognozu GC [4]. Dakle, otkriti nove molekularne potpise kao pouzdani prognostički biljezi za GC je vrlo važna i zahtjevna. U posljednjih nekoliko godina, istraživanja su usmjerena na istraživanje genetskih varijanti koje pogodovati razvoju i progresiji GC [5]. Pregled

Visoka mobilnost grupa box-1 (HMGB1), važan član velike mobilnosti grupe protein superobitelji, sadrži dvije domene 80-amino kiselina se veže na DNA (a-box i B-box) i kiselu karboksilnu rep [6]. Funkcionira kao kromatina strukturnog proteina u jezgri i proupalnih citokina izvan stanice. Kao nuklearnog proteina, HMGB1 veže nespecifično na manje utor DNA i olakšava montažu ciljeva DNA site-specific [7]. Nasuprot tome, izvanstaničnog HMGB1 funkcionira kao citokin koji propagira infection- ili ozljeda-izazvana upalnih odgovora. [8] Konstanta oslobađanje HMGB1 iz nekrotične tumorske stanice mogu stvoriti mikroklima nalik kronične upale; stanje poznato da doprinesu razvoju epitelnih malignoma, posebno upale povezane s karcinom [9]. U stvari, brojne studije su prethodno pokazali prekomjerna ekspresija HMGB1 u mnogim tipovima karcinoma [10-13], uključujući GC [14]. Osim toga, snažne dokaze dodatno su potvrdili da HMGB1 prekomjerna ekspresija je usko povezana s razvojem tumora uz posredovanje na proliferaciju, invaziju i migraciju stanica raka [15, 16]. Dakle, HMGB1 može biti zanimljiv kandidat kao novi prognostički biljeg ili terapijski cilj za GC. Pregled

Prikupljeni dokazi ukazuju da genetski pozadina može utjecati na rizik i prognozu GC [17]. Polimorfizma jednostrukog nukleotida (SNP) je najčešća genetska varijacija, a može biti obećavajući surogat biomarkeri genetskih pozadina pacijenata predvidjeti terapijski odgovor i prognozu [18]. Genetske varijante su identificirani u ljudski HMGB1 pregled gena [19], ali je povezanost između HMGB1 pregled polimorfizma gena i ishod GC opstanak nikada nije utvrđen. S obzirom na ključnu ulogu HMGB1 u razvoju i napredovanju raka, to je vjerojatnije da su polimorfizmi HMGB1 pregled može utjecati na kliničke ishode GC. U ovom, procjenjuje učinke tri oznake SNP-u HMGB1 pregled na kliničkim ishodima 1030 Kinezi GC bolesnika (704 u set treninga, 326 u nezavisnom skupu validacije) koji su primili radikalno liječenje resekcija. Osim toga, učinak identificiranog relevantne oznake SNP o regulaciji ekspresije gena dodatno je ispitana pomoću In vitro
funkcionalnoj analizi. Koliko je nama poznato, ovo je prvo istraživanje povezanosti između polimorfizama HMGB1 Netlogu i kliničkom ishodu GC. Pregled

materijali i postupci

Etika

Ova studija je odobren od strane etičkog povjerenstva u Četvrtoj Vojnomedicinsku Sveučilišta. Postupci su provedeni u skladu s odobrenim smjernicama i Helsinškom deklaracijom iz 1964. godine i njegove kasnije izmjene ili sličnim etičkim standardima. Potpisani informirani pristanak dobiven je od svakog sudionika uključenih u studiju. Pregled

stanovništvo Studija pregled

Ukupno 1030 Han kineskih bolesnika s primarnim želučanog adenokarcinoma su upisani od dva neovisna stranice, Tangdu bolnice i Xijing bolnica bolesti probavnog, u Xi'an, Kina. Svi slučajevi GC dobila kiruršku resekciju i nisu imali povijest drugih vrsta raka ili bilo prije zahvata antitumorski tretman ili transfuziju krvi u roku od 3 mjeseca prije operacije. Nije bilo dob, spol ili bolest ograničenja pozornice za slučaj zapošljavanja. Među njima su 704 bolesnika (Zavod za opću kirurgiju, Tangdu bolnica, između srpnja 2008. i lipnja 2013. godine) su korišteni kao treningu postavljena u ovoj studiji. Druga grupa 326 pacijenata (Xijing bolnice bolesti probavnog, između siječnja 2008. i prosinca 2010. godine) su korišteni kao nezavisni skup validacije. Cilj je bio utvrditi klinički značajnu prognostičku vrijednost SNP unutar HMGB1
gena iz skupa trening i ispitani ga u nezavisnom skupu validacije. Pregled

Demografski i klinički podaci

demografski i klinički podaci prikupljeni su putem osobnih intervjua na početnu posjetu ili follow-up u klinikama, medicinsku dokumentaciju, ili konzultacije kod liječenja liječnika, uključujući dob, spol, nacionalnost, stambene regiji, vrijeme postavljanja dijagnoze, vrijeme operacije i /ili adjuvantna kemoterapija (ACT), vrijeme relapsa i /ili smrti, tumora fazi, Lauren klasifikaciji, diferencijacijom, histološkog tipa, i protokola liječenja. Follow-up informacija je ažuriran na 6 mjeseci intervalima na licu mjesta intervju, telefonsku komunikaciju, odnosno pregledom medicinske dokumentacije od strane stručnog istraživanja stručnjaka. Najnoviji follow-up date je bilo u lipnju 2015. i medijan praćenja trajanje je 51 mjeseci (raspon 6-89 mjeseci). Postotak bolesnika izgubio tijekom praćenja iznosila je 9,8%. OS je definirano kao vrijeme od operacije na GC specifične smrti. RFS (opstanak Ponavljanje bez) je definirano kao vrijeme od operacije do datuma prvog recidiva ili udaljenim metastazama GC. Pacijenti na životu posljednjeg nastavka bili cenzurirani. Pregled

Prikupljanje, obrada i konzerviranje uzoraka pregled

Prije operacije, 5 ml venske krvi iz svake GC pacijenata za izdvajanje DNK pomoću E.Z.N.A. Krv DNA Midi Kit (Omega Bio-Tek, Norcross, GA, USA). Šezdeset želučani kancerogen tkiva su istovremeno okupljeni iz skupa validacije za real-time kvantitativni reverzne transkripcije PCR (RT-PCR) testovima. Pregled

Izbor SNP i genotipizacija pregled

Kandidat tag SNP Izbor HMGB1 pregled gen se obavlja kao postupak u dva koraka. Prvo, koristili smo niz web-based SNP odabir alata (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm) za traženje SNP-ova kandidata za HMGB1 pregled [20]. Svi validirani polimorfizmi u HMGB1 pregled regija gena, uključujući i 5 kb uzvodno od prvog eksona i 5 kb uzvodno od posljednjeg eksona, smatra se da je kandidat SNP-ova. Ti SNP s manje frekvencije alela ≥ 5% u HapMap kroničnog hepatitisa B (Han Kineza u Pekingu) stanovništva i parnom spojnici neravnoteže na kvadrat koeficijenta korelacije (r ^{2) > 0,8 odabrani su kao SNP kandidata. Drugo, oznaka SNP-ovi su odabrani od ovih SNP-ova kandidata koji koriste Međunarodni HapMap projekta Faza II bazu podataka kineskog stanovništva (http://www.hapmap.org/~~HEAD=pobj, pristupiti 18. studenoga 2013.) i HAPLOVIEW verzija 4.2. Konačno, tri oznake SNP-a (srednja vrijednost r 2 = 0,981) odabrane su: rs1045411 (G > A), rs1412125 (T ° C) i rs2249825 (C > G) .Genotyping izvodi se pomoću Sequenom iPLEX genotipizaciju sustav (Sequenom Inc., San Diego, CA, USA) prema protokolu proizvođača. Laboratorijski osobe koja je provela genotipizacija eseji su zaslijepljeni informacija pacijenata. Unutarnje kontrole kvalitete i negativni kontrolni korišteni su kako bi se osigurala točnost genotipizacija i 5 uzoraka su nasumično odabrane i genotipiziran u duplikatu sa 100% podudarnosti. Poziv stopa za genotipa kretao se između 99,3% i 99,7%. Detaljnije informacije o SNP i rezultata genotipizacije su navedeni u S1 tablici. Pregled}

Funkcionalni test pregled

Funkcionalni učinci tag SNP rs1045411 nalazi u 3'UTR HMGB1
gena Istraživani su putem korištenjem luciferaze testa. Ukratko, 49-bp dvostruko cjedilu DNA nosi bilo divlji genotip ili varijanta genotipom rs1045411 je sintetiziran i kloniran u pMIR-REPORT vektor (Ambion, Austin, TX, USA) upotrebom restrikcijskih enzima Spe I i Hind III (Takara, Dalian, Kina). Svi konstrukti su potvrđen je DNA sekvencom. Ljudska GC stanične linije SGC-7901 i ljudskog embrija stanice bubrega HEK-293, u kojoj ima-Mir-505 je prepoznat će se pozitivno izrazio pomoću TaqMan mikrornk reverzne transkripcije kit (Applied biosustava, Foster City, CA, USA) kao što je prethodno opisano u [21], su ko-transfektirane bilo pMIR-rs1045411-a ili pMIR-rs1045411-G (200ng /i) sa ili bez anti-Mir-505 (tnom City, CA, USA) i unutarnje kontrole reporter plazmid pRLTK (Promega, Madison, WI, USA) (20 ng /) pomoću Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) u 24 jažica s 2 × 10 ^{5 stanica po dobro. SGC-7901 i stanične linije HEK293 kupljeni su od Type Culture Collection kineske akademije znanosti (CAS) (Šangaju, Kina), gdje su ovjeren od otkrivanja mikoplazma, DNA-Fingerprinting, otkrivanje izozimsku i otkrivanja stanica vitalnost. Smrznuti bočicu svake 147 stanične linije, koje se odmah širokog i zamrznut pri čemu je primio od dobavljača, je oživljen i korišten za ovu studiju. Nakon 48 sati, stanice su skupljene za određivanje aktivnosti luciferaze korištenjem Dual-Luciferase reporter ispitivanje sustava kit (Promega, Madison, WI, USA) s luminometru (Tecan, Mannedorf, Švicarska). Sve transfekcije provedene su u triplikatu, i svi su eksperimenti neovisno ponovljen tri puta. Pregled}

Kako bi se dalje procijeni učinak genotipova oznaka SNP rs1045411 na ekspresiju HMGB1 pregled mRNA, ukupna RNA je izolirana iz 60 uzoraka GC tkiva (30 AA genotipa i 30 s AG /GG genotipa rs1045411) u skladu s uputama proizvođača. Zatim cDNA se sintetizira PrimeScript RT seta (Takara, Dalian, Kina). RT-PCR je izveden upotrebom sljedećih HMGB1
primera: naprijed, 5'-TAAGAAGCCGAGAGGCAAAA-3 '; obrnuti, 5'-AGGCCAGGATGTTCTCCTTT- 3 ', i β-aktin korištena je kao interna kontrola (primera: naprijed 5'-AAGACGTACTCAGGCCATGTCC-3' reverzni 5'-GACCCAAATGTCGCAGTCAG-3 ') [13]. Relativna izraz HMGB1 pregled razine mRNA je određena relativna metoda kvantifikacije i 2 ^{-ΔΔCt analizu. Pregled}

Statistička analiza pregled

Statistika analize provedene su pomoću IBM SPSS Statistics 19.0 software (IBM). Normalno distribuirane kontinuirane varijable su izraženi kao srednja vrijednost ± SD, dok je nenormalno raspodijeljenih kontinuirane varijable su izraženi kao medijan i raspon. Pearsonov χ ^{2-test je korišten za testiranje razlike kategoričke varijable. Razlika normalno distribuirane kontinuirane varijable između dviju skupina bila je analizirana upotrebom Studentov t pregled -test, a Mann-Whitney U test korišten je za usporedbu abnormalno raspoređenih kontinuirane varijable. Multivarijatna Cox proporcionalni opasnost regresijski model primijenjen je za procjenu učinka pojedinih SNP-a i karakteristike pacijenata na OS ili RFS. omjeri opasnosti (sati) i 95% intervali pouzdanosti (CIS) su procijenjene s prilagodbom za dob, spol, Lauren klasifikaciji, diferenciranje, TNM stadiju i djelovati. Kaplan-Meier krivulje i log-rank testovi su također korišteni za procjenu učinka pojedinih SNP-ova na vrijeme preživljavanja. Statistika značajnosti postavljena je na razini od 0,05, a sve P
vrijednosti iskazane u ovoj studiji bili su dvostrani. Pregled}

Rezultati

Distribucija karakteristika pacijenata i prognoza analiza

karakteristike GC pacijenata je prikazana u tablici S2. Zbog kasnog datuma završetka upisa pacijenata za trening seta, medijan praćenja put je kraći u trening seta (46 mjeseci, u rasponu od 6 do 80 mjeseci), nego da je u nezavisnom skupu validacije (72 mjeseci, u rasponu od 6-89 mjeseci). Tako je u usporedbi s pacijentima u nezavisnom skupu valjanosti, koji je u trening seta imali niže stope relapsa (58,4% vs Netlogu. 66,8%, P pregled = 0,005) i smrt (41,4% vs pregled. 55,8%, P pregled = 0,001). Nije bilo razlike između treninga skupa i vrednovanje određenog u smislu dobi, sijelo tumora, Lauren klasifikacija, TNM stadij, diferencijacija i ACT ( P pregled vrijednost u rasponu od 0,082 do 0,898). U najnovijem praćenja, 641 bolesnika (423 i 218 u obuku i provjeru valjanosti set, respektivno) razvila recidiv i 482 umrlo (300 i 182 u obuku i provjeru valjanosti set, respektivno). Multivarijatna Cox regresijska analiza pokazala je da postoje značajne veći smrt i povratak rizika u bolesnika s difuznom tipu, slabe diferencijacije i tumora fazi III i IV u usporedbi s onim pacijentima s crijevnom tipa, i /umjereno diferencijacija i tumor faza I i II među trening set, skup za validaciju i skupna analiza. Osim toga, ACT platine nakon operacije su pokazali značajan zaštitni učinak na oba OS-a i RFS GC bolesnika (S3 tablici). Pregled

Udruga HMGB1 pregled SNP s klinički ishod u GC bolesnika

Ispitivali smo povezanost HMGB1 pregled SNP genotipova s ​​GC klinički ishod koriste Multivarijantna Cox regresijska analiza s mogućnošću podešavanja za dob, spol, tumora stranice, Lauren klasifikaciji, diferenciranje, TNM stadiju i djelovati (kao što je što je prikazano u tablici 1). Rezultati su pokazali da je oznaka SNP rs1045411 značajno je povezan s operativnim sustavom GC pacijenata u trening seta. U usporedbi s bolesnicima s GG genotipom, oni s varijantom alela (AG i AA genotipa) imali su značajno niži rizik smrti (HR = 0,77, 95% CI: 0.60-0.97, P pregled = 0,032). Ovo značajno otkriće je potvrđeno u samostalnoj setu validacije i udružuje analizu, s sati od 0,80 (95% CI: 0.62-0.99; P pregled = 0,046) i 0,78 (95% CI: 0,55 - 0,98; P pregled = 0,043), respektivno. Kaplan-Meier krivulje analiza također daje snažnu povezanost s OS-om. Pacijenti koji nose AG /GG genotipa rs1045411 imao bolji OS od učinio oni s GG genotipom na trening set ( P pregled = 0,024, Slika 1A), provjera set ( P
= 0,017, sl 1B ) i spoje analiza ( p pregled = 0.001, slika 1C). pregled

Slojevito analiza udruge rs1045411 s OS varijablama domaćin

proveli smo slojevitih analize za procjenu udruge između genotipova rs1045411 i OS GC bolesnika po dobi, Lauren klasifikaciji, diferenciranje, TNM stadiju i djelovati. Značajne zaštitni učinci stečena rs1045411 je više dolazi do izražaja u nepovoljnim podskupina s nizom HR od 0.39 do 0.69 (Slika 2a). Za detalje, značajan smanjeni rizik od smrti povezane s HPV varijanta sadrži (AG /AA) rs1045411 zabilježen je u starijih bolesnika (HR = 0,69, 95% CI: ,48-,99), difuzni tip (HR = 0,67, 95% CI: ,47-0,95), loša diferencijaciju (HR = 0,66, 95% CI: 0,45 - 0,95), klinički stadij III i IV (HR = 0,58, 95% CI: 0,37-0,93) i bez ACT (HR = 0,39, 95 % CI: 0,20 - 0,76). Osim toga, predloženi slojevita analiza pokazuje sličan trend RFS s rasponom od 0,44 do HR 0.79 (Slika 2B). Rezultati su pokazali da AG /AA genotipova rs1045411 dodijelio povoljnijeg prognozu u nepovoljnim grupama. Pregled

Zajedničko djelovanje između rs1045411 i Lauren klasifikaciji, diferencijaciju fazi ili Zakon o OS Netlogu

Prethodne studije pokazali da su važni i genetički varijacije i kliničke značajke interakciju da imaju presudne uloge u GC napredovanja [17]; a gdje postoje interakcije, učinci kliničkih elemenata napredovanja tumora će modificirati genotipova. Dakle, zajednička analiza je provedena za procjenu potencijalnog modulirajući učinak rs1045411 u ovim kliničkim karakteristikama (Lauren klasifikacija, diferencijacije, scensku i ACT) koja predstavlja stanje napredovanja tumora na OS GC pacijenata. Kao što je prikazano u tablici 2, postojala je značajna interakcija između genotipova rs1045411 i Lauren klasifikaciji, diferencijaciju fazi ili ACT (sve P pregled _{interakcija < 0,001). U usporedbi s osobama koje nose AG /AA genotipa i crijeva tip, oni s GG genotipa i difuznog tipa imali su značajno veći rizik smrti (HR = 2,09, 95% CI: 1.42-3.08, P izvoznici < 0,001). U slični rezultati su također naći u pacijenata koji nose GG genotipa s lošom diferencijacije (HR = 2,48, 95% CI: 1.70-3.62, P izvoznici < 0,001), u bolesnika s GG genotipa fazi III /IV ( HR = 2,99, 95% CI: 2,04-4,38, P izvoznici < 0,001), te u bolesnika koji nose GG genotipa sa Zakonom (HR = 4,49, 95% CI: 2.70-7.45, P
. < 0,001) u usporedbi s odgovarajućim referentne skupine pregled}

Funkcionalni učinci rs1045411 na gensku ekspresiju pregled

Bioinformatics analiza (http://www.microrna.org/microrna/home. učiniti) otkriva blizinu tag SNP rs1045411 predviđenoj mikrornk vezna mjesta (HSA-mir-505) u 3 '-netransliranoj regiji (3'UTR) u HMGB1 pregled gena [22] (slika 3A ). Mi smo prvi put potvrdio izraz Mir-505 u SGC-7901 i staničnih linija HEK-293, te je utvrdio da Mir-505 je imao relativno visoku razinu ekspresije (slika 3B). Da bi istražili da li su genotipovi tag SNP rs1045411 u 3'UTR HMGB1 pregled gen mogao promijeniti gensku ekspresiju, dvije stanične linije su transficirane luciferaze reporter plazmida koji sadrže bilo divlje (GG) ili varijantu (AA) genotip SNP rs1045411 (Slika 3c). Rezultati su pokazali da SNP rs1045411 značajno pokazuje učinak na normaliziranu aktivnosti luciferaze u oba transfektiranim stanicama. U usporedbi sa stanicama presječenim samo sa konstruktima nose divlji genotip (GG) od SNP rs1045411, stanice su transfektirane s konstruktima nose varijantu genotip (AA) izložena značajno smanjena aktivnosti luciferaze. Učinak anti-Mir-505 na aktivnost luciferaze reporterskih plazmida također je procijenjena u ispitivanju. Rezultati su pokazali da je aktivnost luciferaze od dva UTR konstruktima (p-MIR-G i p-MIR-A) je bila značajno povećana anti-Mir-505 u obje stanične linije u eliminirani razlikama aktivnosti luciferaze dviju reporter plazmida. Osim toga, koristili smo kvantitativne RT-PCR da se istraži djelovanje SNP rs1045411 genotipova na HMGB1 mRNA ekspresije u 60 GC tkiva (30 s GG genotipa i 30 s AG /AA genotipa) od valjanosti set. Kao što je prikazano na slici 3D-u, otkrili smo da razina ekspresije mRNA HMGB1 bila je značajno viša u prijevoznike s divljim (GG) genotipa rs1056560 od onih koji su nosili varijantu (AG /AA) genotipova (1,04 ± 0,50 vs Netlogu . 0,79 ± 0,37, p pregled = 0,004). pregled

Rasprava pregled

U ovoj studiji, istražili smo povezanost genetičkih polimorfizama u HMGB1
gena s prognoza GC pacijentima u dvije faze analize obuke i provjere valjanosti setovima. Pokazali smo da je AG /AA genotipova tag SNP rs1045411 u HMGB1
3'-UTR značajno su povezane s boljim OS u nizu 704 GC bolesnika u usporedbi s GG genotipa. To je značajna povezanost potvrđena u nezavisnoj validacije skupa 326 GC pacijenata, kao i udruženu analizu svih 1030 GC pacijenata. Funkcionalna analiza je pokazala da je SNP rs1045411 genotipovi imali su značajan utjecaj na ekspresiju mRNA HMGB1 pregled u GC tkiva, kao i dvije tumorske stanice. Nadalje, povoljan prognostički učinak rs1045411 je očitije u nepovoljnim podskupina GC pacijenata. Osim toga, zajednička analiza pokazala značajnu interakciju gena-klinički elemenata. Koliko je nama poznato, ova studija prvi put prijavio povezanost HMGB1 pregled genskih polimorfizama i GC prognozu. Nakon potvrde autentičnosti, HMGB1 pregled SNP rs1045411 može se koristiti kao prognostički biljeg u kombinaciji s tradicionalnim kliničkom prognozom faktora za donošenje odluka o GC pojedinog tretmana. Pregled

Sve veći dokazi upućuju na to da povišena HMGB1 je povezan s metastaza tumora i lošom prognozom [16, 23-26], što HMGB1 atraktivan tumora biomarkera. Sugerirano je da HMGB1 funkcionira kao potencijalno onkogene proteine ​​promicati napredak tumora [15, 27, 28], a pojačana ekspresija u stanicama raka pogađa antikancerogeno odgovor T-stanica kroz aktivacijom unutarstaničnih signalnih [15, 29]. Štoviše, pojačana ekspresija HMGB1 je otkrivena u pacijenata s GC i drugih vrsta raka [30-32] i njegova ekspresija je usko povezana s tumorigenesis [33], metastazirajući tumor [29]. Nadalje, Chung et al [34] su pokazali da serumska razina HMGB1 također su značajno povezane s tumorske invazije, metastaza, rasta, kao i lošom prognozom. Zajedno, ovi nalazi podržavaju važnu ulogu HMGB1 u transformaciji rak, rast tumora i invaziji. Pregled

Unatoč opsežnim istraživanjima HMGB1 izražavanja u tkivima i njegov odgovarajući serološki aktivnosti na razvoju raka, postoji nekoliko studija s naglaskom na učinak SNP u HMGB1 pregled gen u prognozi raka ili terapijskog odgovora do sada. U skupini kineskih bolesnika s rakom pluća, dva SNP-ovima, rs141215 i rs2249825, povezani su s odgovorima kemoterapije na bazi platine [35]. Slično tome, u bolesnika s oralnim karcinomom skvamoznih stanica, drugi HMGB1 pregled polimorfizam na SNP rs3742305 je povezana s progresijom tumora i recidiva bez preživljavanje [36]. Međutim, isključeni smo SNP rs3742305 iz ovog istraživanja jer je u snažnom spojnici neravnoteže sa SNP rs1045411. U ovom istraživanju, otkrili smo da je varijanta koja sadrži (AG /AA) genotipovi tag SNP rs1045411 su značajno povezane s boljim OS u bolesnika s GC, podržava važnu ulogu HMGB1 u evoluciji GC. Pregled

Od SNP rs1045411 se nalazi u 3'UTR regiji HMGB1 pregled gena, to može utjecati na ekspresiju HMGB1
gena u GC pacijenata. Do danas, međutim, ne postoje istraživanja s ciljem procjene funkcije SNP rs1045411. Otkrili smo da rs1045411 je u neposrednoj blizini predviđenom mjestu vezivanja mikrornk (ima-Mir-505) [22], što ukazuje da je takva varijacija na tom položaju može utjecati na stabilnost mRNA i obvezujuća aktivnost na mikrornk, čime moduliranje ekspresije gena [ ,,,0],37]. Doista, naši luciferaze testovi potvrdili su značajan utjecaj rs1045411 na post-regulaciji transkripcije HMGB1
gena u Mir-505-zavisan. Osim toga, uvidom HMGB1 mRNA razina ekspresije u uzorcima 60 GC tkiva s genotipom podacima SNP rs1045411, otkrili smo da se tkiva nose varijantu koja sadrži (AG /AA) genotipovi imali značajno smanjen HMGB1 mRNA razine ekspresije u odnosu na one s homozigotni divljini (GG ) genotip. Uzeti zajedno, naši eksperimentalni podaci pokazuju da je povoljan prognostički učinak uručio varijantu koja sadrži (AG /AA) genotipovi rs1045411 usko je povezana s ekspresiji HMGB1 Netlogu. Pregled

Naš trenutni studija pokazala koje su pronađene značajne ili granični zaštitni učinci varijantu koja sadrži (AG /AA) genotipovi SNP rs1045411 na OS i RFS GC pacijenata gotovo u potpunosti suprotni (ali ne u povoljnim) slojevima pacijenata. To se slaže sa prethodnim studijama koje pokazuju da SNP utječu na preživljavanje raka više dolazi do izražaja u pojedinim pacijentima podskupine. Na primjer, Wang sur pregled [38] su izvijestili da PSCA
rs2294008 značajno je povezana sa preživljavanje rezultati kod difuzne tipa raka želuca, ali ne i crijevni tipa raka želuca. Pu i sur pregled [39] su također predložili da mikrornk vezane uz genetske varijante je još znakovito povezan s ne opstanak malih stanica raka pluća kod pacijenata u ranoj fazi. Također smo uočili značajne interakcije učinak između rs1045411 genotipova i kliničkih elemenata kao što su Lauren klasifikaciji, diferencijaciju fazi kliničkog ispitivanja i adjuvantne kemoterapije u modulaciji prognozu GC. Ove značajne korelacije predložio da SNP rs1045411 bi potencijalno mogao imati modulirajući uloge u ovim kliničkim karakteristikama koje predstavljaju progresije tumora. Međutim, temeljni mehanizmi još treba dodatno istražiti u budućnosti.

Ovo je istraživanje više različitih mogućnosti. Prvo, upisani pacijenti uglavnom dolaze iz Shaanxi i susjednih područja, koji je pogodan za provođenje istraživanja populacijske bazi zbog geografske stabilnosti s niskom stopom mobilnosti. Drugo, relativna velika veličina populacije upisani u ovoj studiji nam je omogućilo da provede stage-stratificirani analize u obuci i validacije seta, koji je ograničen određeni čimbenici tumora i heterogenosti liječenja. Jedan od glavnih Nedostatak ovog istraživanja je u tome što je relativni mala populacija u setu validacije može dovesti do lažnih negativa. Štoviše, budući da naša studija je bila ograničena na Han Kineza, ne možemo isključiti mogućnost problem generalizacije. Buduće studije u većim populacijama i drugih etnici su opravdano. Pregled

Sve u svemu, kao prva studija koja promatra učinak HMGB1 pregled polimorfizama gena na GC prognozu u kineskoj populaciji, naši podaci snažno upućuju na tu oznaku SNP rs1045411 u HMGB1 pregled gen ima značajan učinak na klinički ishod GC bolesnika, osobito u bolesnika s uznapredovalom stadiju ili druge agresivne kliničkopatološkim status. Ova studija ima potencijal kliničko značenje u pomaganju kako bi oplemenili terapijske odluke u liječenju GC. Pregled

popratne podatke
S1 tablicu. Informiranja i određivanje genotipa rezultati HMGB1 SNP pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s001 pregled (DOC) pregled S2 stol. Odabrani demografske i kliničke osobitosti želučanog raka populaciji bolesnika pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s002 pregled (DOC) pregled S3 stol. Distribucija karakteristika pacijenata i prognoza analiza u setu za obuku i provjeru valjanosti set pregled doi:. 10,1371 /journal.pone.0154378.s003 pregled (DOC) pregled

• PLoS ONE: Tumor Sadržaj Chart-Assisted HER2 /CEP17 Digitalni PCR analiza raka želuca biopsija Specimens
• PLoS ONE: Prognostički značaj za molekularnu analizu peritonealnoj tekućini za pacijente s rakom želuca: Meta-Analysis