PLoS One: prognosztikai jelentősége Tag SNP rs1045411 a HMGB1 az agresszív gyomorrák a kínai Population

absztrakt katalógusa

Lenyűgöző bizonyítékok azt sugallják, hogy high mobility group box-1 (HMGB1) gén játszik döntő szerepet rák kialakulásában és előrehaladásában. Ezen tanulmány célja, hogy értékelje a hatását egyetlen nukleotid polimorfizmusok (SNP) HMGB1 katalógusa gén fennmaradásának gyomorrák (GC) betegeknél. Három tag SNP-re HMGB1 katalógusa gén választottak ki, és genotipizált segítségével Sequenom IPEX genotípus-rendszer egy kohorsz 1030 GC beteg (704 tanító, 326 validálási sorozatban). Többváltozós Cox és Kaplan-Meier görbe használtuk prognózis elemzés. AG /AA genotípus az SNP rs1045411 HMGB1 katalógusa gén szignifikáns összefüggést mutattak a jobb teljes túlélést (OS) egy sor 704 GC betegek képest GG genotípus (HR = 0,77, 95% CI: 0,60-0,97 P katalógusa = 0,032). Ez prognosztikai hatást hitelesítették független validálási sorozatban és összegzett elemzés (HR = 0,80, 95% CI: 0,62-0,99, P katalógusa = 0,046; HR = 0,78, 95% CI: 0,55-0,98, P katalógusa = 0,043, sorrendben). Ebben rétegzett elemzés védőhatása rs1045411 AG /AA genotípus szembetűnőbb volt betegek hátrányos rétegek betegekhez képest kedvező rétegek. Továbbá, az erős közös prediktív hatások OS GC betegek között megfigyelt rs1045411 genotípusok és Lauren besorolás, differenciálódás, színpadi vagy adjuváns kemoterápiát. Továbbá, a funkcionális vizsgálat azt jelzi, jelentős hatással az rs1045411 a HMGB1 katalógusa kifejezést. Eredményeink arra utalnak, hogy rs1045411 HMGB1 katalógusa szignifikánsan összefügg a klinikai eredmények a kínai GC betegek műtét utáni, különösen azokban az agresszív állapot, amely képes garantálni a további érvényesítés más etnikai csoportokban. Katalógusa

Citation: Bao G, Qu F, Ő L, Zhao H, Wang N, Ji G., et al. (2016) prognosztikai jelentősége Tag SNP rs1045411 HMGB1 Vélemények a Agresszív gyomorrák a kínai népesség. PLoS ONE 11 (4): e0154378. doi: 10,1371 /journal.pone.0154378 katalógusa

Szerkesztő: Qing-Yi Wei, Duke Cancer Institute, Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: január 23, 2016; Elfogadva: 12. április 2016; Megjelent: április 26, 2016 katalógusa

Ez egy nyílt hozzáférés cikket, mentesen minden szerzői jogot, és szabadon másolható, terjeszthető, továbbított, módosított, épül, vagy más módon bárki felhasználhatja bármilyen törvényes célra. A munka legyen elérhető a Creative Commons CC0 közkincs elkötelezettség. Katalógusa

Az adatok elérhetősége: minden releváns adat a papír és az azt támogató információs fájlokat. Katalógusa

Forrás: Ezt a munkát támogatták National Természettudományi Alapítvány Kína (No. 81272201 és 81572916 számú GB; No. 81200330 a NW). katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. katalógusa

Bevezetés katalógusa

a gyomorrák (GC) a negyedik leggyakoribb daganat a világon, számviteli mintegy 8% -a új rák és 10% -a rákos halálesetek [1]. Ilyen esetben a 70% -os visszaesés a fejlődő országokban, és a fél világ teljes történt Kelet-Ázsiában, elsősorban Kínában. [2] Az elmúlt néhány évtizedben, jelentős növekedése ellenére a befektetési és előrelépés a diagnózis és a kezelés GC, a teljes túlélés (OS) haladó GC még lehangoló, egy 5 éves túlélési arány kevesebb, mint 25% [3 ]. Jelenleg a túlélés és a prognózist GC betegek továbbra is függ a színpadon a daganat a diagnózis idején. Azonban, mivel az nyilvánvalóan fontos különbségek belül ugyanabban a fázisban, a tumor stádiuma önmagában nem elegendő ahhoz, hogy megjósolni a prognózisa GC [4]. Ezért, hogy felfedezzék a molekuláris aláírás megbízható prognosztikai GC nagyon fontos és igényes. Az utóbbi években a kutatások középpontjában a vizsgálat genetikai variánsok hajlamosítanak kialakulásában és progressziójában GC [5]. Katalógusa

high mobility group box-1 (HMGB1), fontos tagja a nagy mobilitás csoport fehérje szupercsalád, tartalmaz két 80 aminosav DNS-kötő domének (A-box és a B-box) és egy savas karboxil-farok [6]. Úgy működik, mint egy kromatin szerkezeti protein a sejtmagban és a gyulladáskeltő citokinek extracelluláris. Mint egy nukleáris fehérje, HMGB1 kötődik nem specifikusan a kisebb horony a DNS, és megkönnyíti a szerelvény helyspecifikus DNS célokat [7]. Ezzel szemben, az extracelluláris HMGB1 működik, mint egy citokin, amely terjed Fertozés vagy sérülése által kiváltott gyulladásos válaszok [8]. A konstans felszabadulását HMGB1 származó nekrotikus tumorsejtek létrehozhatnak egy mikrokörnyezet hasonlító krónikus gyulladás; olyan állapot ismert, hogy hozzájárulnak a epithelialis daganatok, különösen gyulladással kapcsolatos rák [9]. Tény, hogy számos tanulmány korábban igazolták a túlzott expressziója a HMGB1 számos típusú rák [10-13], beleértve a GC [14]. Sőt, kényszerítő bizonyítékok azt is megerősítette, hogy a HMGB1 túlzott expressziója szorosan összefügg a tumor fejlődését közvetítésében proliferáció, invázió és a migráció a rákos sejtek [15, 16]. Tehát a HMGB1 lehet érdekes, jelölt, mint új prognosztikai vagy terápiás célpont GC. Katalógusa

A halmozódó bizonyítékok azt sugallják, hogy a genetikai háttér hatással lehet a kockázat és prognózisa GC [17]. Egypontos nukleotid polimorfizmus (SNP) a leggyakoribb genetikai eltérés, és lehet, hogy az ígéretes helyettesítő biomarkerek a betegek genetikai háttérrel megjósolni terápiás válasz és a prognózis [18]. Genetikai variánsok azonosítottak a humán HMGB1 katalógusa gén [19], de a szövetség között HMGB1 katalógusa polimorfizmus és GC túlélésben soha nem határozták meg. Mivel a döntő szerepet a HMGB1 kialakulásának és progressziójának a rák, akkor lehetséges, hogy a polimorfizmusok HMGB1 katalógusa befolyásolhatja a klinikai kimenetelt a GC. Itt, megvizsgáltuk a hatásait három tag SNP HMGB1 katalógusa klinikai eredmények 1030 kínai GC beteg (704 a tanító, 326 a független hitelesítési set), akik reszekcióra kezelést. Ezen túlmenően, a hatása az azonosított vonatkozó jelölési SNP a génexpresszió szabályozásában tovább vizsgálták egy in vitro katalógusa funkcionális vizsgálatban. A legjobb tudásunk szerint, ez az első vizsgálat az egyesület közötti polimorfizmusok HMGB1 katalógusa és a klinikai kimenetelét GC. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Etikai

Ez a tanulmány által jóváhagyott Etikai Bizottsága a negyedik Katonai Orvostudományi Egyetem. Az eljárások szerint végeztük a jóváhagyott iránymutatások és az 1964 Helsinki Nyilatkozat és annak későbbi módosításai vagy hasonló etikai normákat. Az aláírt beleegyező nyilatkozatot kapott minden résztvevő vett részt a vizsgálatban. Katalógusa

Study lakosság katalógusa

Az összesen 1030 Han kínai betegek primer gyomor adenokarcinóma vontak két független oldalak, Tangdu Kórház és Xijing Kórház Emésztési betegség, Xi'an, Kína. Minden GC esetekben sebészi reszekció és nem volt a kórtörténetben egyéb rákok vagy preoperatív rákellenes kezelés vagy vérátömlesztés 3 hónapon belül a műtét előtt. Nem volt az életkor, a nem, vagy a betegség stádiuma korlátozások esetében felvételi. Ezek közül a 704 beteg (Általános Sebészeti Osztály, Tangdu Kórház között 2008. július június 2013) használtunk, mint a képzési meghatározott ebben a vizsgálatban. Egy másik csoport a 326 beteg (Xijing Kórház emésztőszervi betegség között január 2008 decembere és 2010) is használható, mint egy független validálási sorozatban. A cél az volt, hogy azonosítsa a klinikailag jelentős prognosztikai SNP belül HMGB1 katalógusa gén a tanító és teszteltük a független hitelesítési készlet. Katalógusa

A demográfiai és klinikai adatok katalógusa

a demográfiai és klinikai adatokat gyűjtöttünk a személyes interjúk az első látogatáskor vagy nyomon követés a klinikák, orvosi feljegyzések, vagy konzultáció kezelőorvosok, mint a kor, a nem, az etnikai hovatartozás, a lakossági régió, a diagnózis idején, a műtét ideje alatt és /vagy adjuváns kemoterápia (ACT), visszaesés időpontjában és /vagy halált, tumorstádium Lauren besorolás, differenciálás, szövettani típusa és kezelési protokoll. A nyomon követés információk frissítése 6 hónapos időközönként a helyszíni interjú, telefonos kommunikáció, illetve annak vizsgálata orvosi feljegyzések képzett kutatási szakemberek. A legutóbbi nyomonkövetési dátum Június volt 2015-ben és a követés medián időtartama 51 hónap (6-89 hónap). A százalékos beteg elveszett a követés alatt 9,8% volt. Az OS-t az az idő, a műtéttől a GC-specifikus halálozás. RFS (ismétlődés túlélés) volt az az idő, a műtét időpontját az első kiújulás vagy a távoli áttét a GC. Életben lévő betegek az utolsó nyomonkövetési cenzorálták. Katalógusa

összegyűjtése, feldolgozása és megőrzése minták katalógusa

A műtét előtt 5 ml vénás vért vettünk minden GC betegek kivonat DNS felhasználásával E.Z.N.A. vér DNS-Midi Kit (Omega Bio-Tek, Norcross, GA, USA). Hatvan gyomor rákos szöveteket egyidejűleg gyűjtött az érvényesítési készlet valós idejű kvantitatív reverz transzkripciós PCR (RT-PCR) vizsgálatokban. Katalógusa

SNP kiválasztás és genotípus-katalógusa

A jelölt tag SNP kiválasztása HMGB1 katalógusa gén végeztük, mint egy két lépésből álló eljárást. Először is használt egy web-alapú SNP kiválasztási eszközök (http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpfunc.htm) keresni jelölt SNP a HMGB1 katalógusa [20]. Minden hitelesített polimorfizmusok HMGB1 katalógusa gén régióban, többek között 5 kb upstream az első exon és 5 kb downstream az utolsó exon, tekintettük jelölt SNP. Azok SNP egy minor allél frekvencia ≥ 5% HapMap CHB (han kínai Beijing) népesség és a páros kapcsolódási egyenlőtlenség négyzetes korrelációs együttható (r ^{2) > 0,8 választottunk jelölt SNP. Másodszor, tag SNP közül kerültek ki ezek a jelölt SNP a Nemzetközi HapMap Project Phase II adatbázist a kínai lakosság (http://www.hapmap.org/, elérhető november 18, 2013), és HAPLOVIEW verzió 4.2. Végül három tag SNP (jelent r 2 = 0,981) választottunk ki: rs1045411 (G > A), rs1412125 (t > C), és rs2249825 (C > G) .Genotyping végeztünk Sequenom Iplex genotipizálás rendszer (Sequenom Inc., San Diego, CA, USA) alkalmazásával a gyártó protokollja. A laboratórium a személyek, akik végeztek a genotípus-vizsgálatok nem ismerték a betegek adatait. Belső minőségi ellenőrzések és negatív kontrollokat alkalmaznak annak biztosítására, genotipizálás pontosságot, és az 5. mintát véletlenszerűen kiválasztott és genotipizált két példányban, 100% -os konkordancia. Lehívási mértékének genotípus között mozgott 99,3% és 99,7%. A részletes információk a SNP-k és genotípus-eredményeket felsorolt ​​S1 táblázatban. Katalógusa}

Funkcionális vizsgálat katalógusa

A funkcionális hatások tag SNP rs1045411 található 3'UTR a HMGB1 katalógusa gén vizsgáltuk át a luciferáz riporter vizsgálat. Röviden, a 49-BP kettős szálú DNS-t hordozó akár vad genotípus vagy variáns genotípusa rs1045411 szintetizáljuk és klónozzuk a pMIR-Report vektorba (Ambion, Austin, Tex, USA) restrikciós enzimek segítségével Spe I és Hind III (Takara, Dalian, Kína). Minden A konstrukciókat DNS-szekvenálással igazoltuk. Emberi GC sejtvonalak SGC-7901 és a humán embrionális vese sejtvonal HEK-293T, amelyben van-miR-505-t azonosítottak, hogy pozitívan által kifejezett TaqMan mikro-RNS reverz transzkripciós kit (Applied Biosystem, Foster City, CA, USA) az előzőekben leírt [21], kotranszfektáltunk akár pMIR-rs1045411-a vagy pMIR-rs1045411-G (200 ng /lyuk), vagy anélkül anti-miR-505 (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) és a belső kontroll riporter plazmid pRLTK (Promega, Madison, WI, USA) (20 ng /mérőhely) Lipofectamine 2000 (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) egy 24-lyukú lemezen, 2 × 10 ^{5 sejt per lyuk. SGC-7901 és HEK293 sejtvonalak vásárolt a Type Culture Collection a Kínai Tudományos Akadémia (CAS) (Sanghaj, Kína), ahol ellenőrizték a Mycoplasma detektálás, a DNS-ujjlenyomat, izoenzim felismerés és sejt vitalitást felderítése. Egy üveg fagyasztott minden egyes 147 sejtvonal, melyet azonnal kiterjesztett és lefagyasztott érkeznek az eladó volt, resuscitated és felhasználhatók a jelen tanulmányban. 48 óra elteltével a sejteket összegyűjtöttük, hogy meghatározzák a luciferáz aktivitás egy kettős luciferáz riporter vizsgálati rendszer készlettel (Promega, Madison, WI, USA), a luminométer (Tecan, Mannedorf, Svájc). Minden transzfekciót végeztünk háromszoros ismétlésben, és az összes kísérletet függetlenül háromszor megismételjük.}

Ahhoz, hogy tovább hatásának megállapítása címke SNP rs1045411 genotípusok a kifejezés a HMGB1
mRNS, a teljes RNS-t izoláltunk 60 GC szövetmintákat (30 AA genotípus és 30-as AG /GG genotípusok rs1045411), összhangban a gyártó utasításai szerint. Ezután cDNS állítottunk elő PrimeScript RT reagens készlet (Takara, Dalian, Kína). RT-PCR-t végeztünk a következő HMGB1
primerek: előre, 5'-TAAGAAGCCGAGAGGCAAAA-3 '; fordított, 5'-AGGCCAGGATGTTCTCCTTT- 3 ', és a β-aktin használtunk belső kontrollként (primerek: előre, 5'-AAGACGTACTCAGGCCATGTCC-3'; vissza, 5'-GACCCAAATGTCGCAGTCAG-3 ') [13]. Relatív expresszióját HMGB1
mRNS szintek alkalmazásával határoztuk meg a relatív mennyiségi módszer és 2 ^{-ΔΔCt elemzést.}

Statisztikai analízis

Statisztikai elemzéseket végeztünk az IBM SPSS Statistics 19.0 szoftver (IBM). Normális eloszlású folytonos változókat átlag ± SD, míg kórosan elosztott folyamatos változók fejeztük medián és tartomány. Pearson-féle χ ^{2-tesztet használtuk, hogy teszteljék a különbségeket kategorikus változók. A különbség a normál eloszlású folytonos változók két csoport között elemeztük a Student t katalógusa próba, míg Mann-Whitney U-tesztet alkalmaztunk összehasonlítására kirívóan elosztott folytonos változók. Többváltozós Cox regressziós modellt alkalmazták, hogy értékelje a hatása egyes SNP és a betegek jellemzőit az operációs rendszer vagy RFS. Kockázati arányok (HR) és a 95% -os konfidencia intervallum (CI) becsültük az életkor, a nem, Lauren besorolás, differenciálás, TNM és az ACT. Kaplan-Meier görbék és a log-rank teszt is, hogy értékelje az értelemben az egyes SNP-k a túlélési időt. Statisztikai szignifikancia szinten 0,05 és minden P katalógusa értékek ebben a tanulmányban kétoldalú. Katalógusa}

Eredmények katalógusa

megoszlása ​​betegek jellemzői és a prognózis elemzés

GC betegek jellemzői foglalta össze a S2 táblázatban. Mivel a késői befejezés időpontját beteg beiratkozás a tanító, a medián követési idő rövidebb volt a tanító (46 hónap, 6-tól 80 hónap), mint a független validációs szett (72 hónap, kezdve 6-89 hónap). Így összehasonlítva a betegek számára a független hitelesítési készlet, azok a tanító volt alacsonyabb a visszaesés (58,4% vs katalógusa. 66,8%, P katalógusa = 0,005) és a halál (41,4% vs katalógusa. 55,8%, P katalógusa = 0,001). Nem volt különbség a tanító és érvényesítési meghatározott életkor, tumor helyén, Lauren besorolás, TNM, a differenciálás és az ACT ( P katalógusa érték közötti 0,082-0,898). Legkésőbb utánkövetés 641 beteg (423 és 218 a képzési és érvényesítési set-kal) kifejlesztett visszaesést és 482 halt meg (300 és 182 a képzési és érvényesítési set-kal). Többváltozós Cox regressziós analízis azt mutatta, hogy jelentősen magasabb a halál és a kiújulás kockázata azoknál a betegeknél, diffúz típusú, gyenge differenciálódás és a tumor stádium III és IV képest betegek bél típusú, jól /közepesen differenciálódás és a tumor stádium I és II között tanító, validálási sorozatban és összevont elemzése. Ezen túlmenően, a platina-alapú ACT műtét után mutatott szignifikáns védőhatást mindkét OS és az RFS GC beteg (S3 táblázat). Katalógusa

Egyesület HMGB1 katalógusa SNP klinikai kimenetellel GC betegek

megvizsgáltuk az összefüggést a HMGB1 katalógusa SNP genotípus GC klinikai eredmény a többváltozós Cox regressziós analízissel az életkor, a nem, a tumor helyén, Lauren besorolás, differenciálás, TNM és ACT (például az 1. táblázat mutatja). Az eredmények azt mutatták, hogy a tag SNP rs1045411 szignifikáns összefüggést OS GC betegek tanító. Betegekhez képest a GG genotípus, akiknek variáns allél (AG és AA genotípus) szignifikánsan alacsonyabb volt a halál kockázata (HR = 0,77, 95% CI: 0,60-0,97, P katalógusa = 0,032). Ez a jelentős megállapítást megerősítette a független hitelesítési készlet és összevont analízis a HR 0,80 (95% CI: 0,62-0,99; P katalógusa = 0,046) és 0,78 (95% CI: 0,55-0,98; P katalógusa = 0,043), ill. Kaplan-Meier görbék elemzése is, amennyiben erős szövetség túléléssel. Hordozó betegek AG /GG genotípusok rs1045411 jobb, OS, mint azok a GG genotípus tanító ( P katalógusa = 0,024, 1A ábra), érvényesítési készlet ( P katalógusa = 0,017, 1B ábra ) és összesített analízis ( P = 0,001 katalógusa ábra 1C). katalógusa

rétegzett elemzés szövetség rs1045411 OS által gazdaváltozókat katalógusa

Mi végzett rétegzett elemzés, hogy értékelje a társulások genotípusok között a rs1045411 és OS GC betegek életkora, Lauren besorolás, differenciálás, TNM és az ACT. A jelentős védőhatása által biztosított rs1045411 szembetűnőbb volt kedvezőtlen alcsoportok egy HR tartomány 0,39-0,69 (2A ábra). A részleteket a jelentős csökkenése a halál kockázat a változat-tartalmú genotípus (AG /AA) az rs1045411 volt megfigyelhető az idősebb betegeknél (HR = 0,69, 95% CI: 0,48-0,99), a diffúz típusú (HR = 0,67, 95% CI: 0,47-0,95), a rossz differenciálódása (HR = 0,66, 95% CI: 0,45-0,95), a klinikai stádium III és IV (HR = 0,58, 95% CI: 0,37-0,93), és anélkül, hogy az ACT (HR = 0,39, 95 % CI: 0,20-0,76). Továbbá, a jelen rétegzett elemzés hasonló tendenciát mutattak, az RFS egy HR tartomány 0,44-0,79 (2B ábra). Az eredmények azt mutatták, hogy AG /AA genotípus az rs1045411 biztosított kedvezőbb prognózist a hátrányos csoportok. Katalógusa

Közös hatás között rs1045411 és Lauren besorolás, differenciálódás, színpadi vagy ACT OS katalógusa

Korábbi tanulmányok látható, hogy a genetikai variációk és a klinikai jellemzők kölcsönhatása döntő szerepet játszanak a GC progresszió [17]; és hogy hol kölcsönhatások léteznek, hatásait klinikai elemek tumor progresszió módosítani kell genotípusok. Ezért közös elemzést végeztek, hogy felmérjék az esetleges befolyásoló hatásának rs1045411 ezekben a klinikai jellemzők (Lauren osztályozás, a differenciálás, színpadi és ACT) képviselő státuszát tumor progressziót OS GC betegeknél. Ahogy a 2. táblázatban látható, volt egy jelentős kölcsönhatás a genotípusok között az rs1045411 és Lauren besorolás, differenciálódás, színpadon, vagy az ACT (összes P katalógusa _{kölcsönhatás < 0,001). Összehasonlítva végző egyének AG /AA genotípus és a bél típusú, akiknek GG genotípus és a diffúz típusú szignifikánsan növelte a halál kockázatát (HR = 2,09, 95% CI: 1,42-3,08, P katalógusa < 0,001). A hasonló eredmények is találtak hordozó betegekben GG genotípus gyenge differenciálódás (HR = 2,48, 95% CI: 1,70-3,62, P katalógusa < 0,001), a betegek GG genotípus szakasz III /IV ( HR = 2,99, 95% CI: 2,04-4,38, P katalógusa < 0,001), és a hordozó betegeknél GG genotípus ACT (HR = 4,49, 95% CI: 2,70-7,45, P
< 0,001) összehasonlítva a megfelelő referencia-csoport. katalógusa}

funkcionális hatásai rs1045411 génexpressziós katalógusa

Bioinformatikai analízis (http://www.microrna.org/microrna/home. do) kiderült, közel a címke SNP rs1045411 megjósolt mikro-RNS-kötőhelyek (HSA-miR-505) a 3'-le nem fordított terület (3'UTR) a HMGB1 katalógusa gén [22] (3A ). Mi első megerősített expresszióját miR-505 SGC-7901 és a HEK-293T sejt vonalak, és megállapította, hogy a miR-505 volt a viszonylag magasabb expressziós szint (3B ábra). Annak vizsgálatára, hogy a genotípusok tag SNP rs1045411 a 3'UTR a HMGB1
gén génexpressziójának megváltoztatására, két sejtvonalakat transzfektáltunk luciferáz riporter tartalmazó plazmidokkal vagy a vad (GG) vagy variáns (AA) genotípusa SNP rs1045411 (3C). Az eredmények azt igazolták, hogy az SNP rs1045411 jelentősen mutatott hatást a normalizált luciferázaktivitást mindkét transzfektált sejtekben. Összehasonlítva a transzfektált sejtek konstrukciókkal hordozó vad genotípus (GG) Az SNP rs1045411, transzfektált sejtek konstrukciókkal hordozó variáns genotípus (AA) mutatott szignifikáns csökkenése a luciferáz aktivitást. Az anti-miR-505 a luciferáz aktivitását riporter plazmidok is vizsgálták a vizsgálatban. Az eredmények azt mutatták, hogy a luciferáz aktivitását két UTR konstrukciók (p-MIR-G és a p-MIR-A) szignifikánsan nőtt, az anti-miR-505 mindkét sejtvonalak szüntetni különbségek a luciferáz aktivitás két riporter plazmid. Sőt, mi használt kvantitatív RT-PCR-rel, hogy megvizsgálják, milyen hatása SNP rs1045411 genotípusok HMGB1 mRNS expressziójának 60 GC szövetekben (30 GG genotípus és a 30-as AG /AA genotípus) validálási készlet. Ábrán látható a 3D, azt találtuk, hogy az mRNS expressziós szint a HMGB1 szignifikánsan magasabb volt a hordozók vad (GG) genotípusát rs1056560, mint azok, akik végzett variáns (AG /AA) genotípus (1,04 ± 0,50 vs katalógusa . 0,79 ± 0,37, P katalógusa = 0,004). katalógusa

Vita katalógusa

a jelen tanulmányban azt vizsgáltuk, hogy génpolimorfizmusainak HMGB1 katalógusa gént prognózisát GC betegek kétlépcsős elemzés képzési és érvényesítési készletek. Kimutattuk, hogy az AG /AA genotípus tag SNP rs1045411 HMGB1 katalógusa 3'-UTR szignifikánsan társul a jobb OS egy sor 704 GC betegek képest GG genotípus. Ez szignifikáns összefüggést megerősítette független hitelesítési készlet 326 GC beteg, valamint egy összevont elemzését 1030 GC betegeknél. Funkcionális vizsgálat azt jelezte, hogy az SNP rs1045411 genotípusok jelentős hatása volt a mRNS expressziója HMGB1
GC szövetekben, valamint a két tumor sejtvonalakon. Emellett a kedvező prognosztikai hatását rs1045411 nyilvánvalóbb volt, hogy a kedvezőtlen alcsoportokban GC betegeknél. Továbbá, a közös elemzés szignifikáns interakciót gén klinikai elemekkel. A legjobb tudásunk szerint, ez a tanulmány az első alkalommal számolt be a szövetség között HMGB1 katalógusa gén polimorfizmusok és GC prognózist. A validált, HMGB1 katalógusa SNP rs1045411 lehet használni, mint egy prognosztikai kombinálva a hagyományos klinikai prognózisa tényezők a döntéshozatalban a GC egyéni bánásmód. Katalógusa

A növekvő bizonyítékok azt sugallják, hogy az emelkedett HMGB1 összefügg a tumor metasztázis és rossz prognózist jelent [16, 23-26], így HMGB1 vonzó tumor biomarker. Azt javasolták, hogy a HMGB1 működik, mint egy potenciálisan onkogén protein elősegíti a tumor haladás [15, 27, 28], és annak overexpresszió a rákos sejtekben befolyásolja a rákellenes T-sejt-válasz aktiválása révén intracelluláris jelátviteli [15, 29]. Valóban, a megemelkedett expresszióját HMGB1 észlelt betegek GC és más típusú rák [30-32], és expresszióját szorosan kapcsolódik a tumorigenezis [33], a tumor invázió és metasztázis. [29] Továbbá, Chung és munkatársai [34] kimutatták, hogy a szérum HMGB1 szintek is szignifikáns összefüggést a tumor invázió, metasztázis, a növekedés, valamint a rossz prognózissal. Együttesen ezek az eredmények támogatják fontos szerepet HMGB1 daganatos transzformációt, a tumor növekedését és invázióját. Katalógusa

Annak ellenére, hogy a széles körű vizsgálatok HMGB1 kifejezés a szövetekben és a megfelelő szerológiai tevékenységét rák evolúció, van néhány tanulmány összpontosítva a hatás a SNP HMGB1 katalógusa gén rák prognózis vagy a kezelésre adott válasz eddig. Egy csoport a kínai tüdőrákos betegek, két SNP, rs141215 és rs2249825, összefüggésbe hozták a platina-alapú kemoterápia válaszok [35]. Hasonlóképpen, a betegek szájüregi laphámrák, a másik HMGB1 katalógusa polimorfizmus az SNP rs3742305 járt a tumor progresszió és a kiújulás-mentes túlélés [36]. Mi azonban kizárt az SNP rs3742305 a jelen tanulmány, mert az erős kiegyensúlyozatlan kapcsoltságban az SNP rs1045411. A jelen vizsgálatban azt találtuk, hogy változat-tartalmú (AG /AA) genotípusok tag SNP rs1045411 szignifikáns összefüggést mutattak a jobb OS betegeknél GC, támogató fontos szerepet HMGB1 GC evolúció.

Mivel az SNP rs1045411 található, a 3'UTR régiójában HMGB1
gén, ez befolyásolhatja a kifejezés a HMGB1
gén GC betegeknél. Eddig azonban még nem végeztek vizsgálatokat, hogy értékelje a funkciók a SNP rs1045411. Azt találtuk, hogy rs1045411 szoros közelségben van a megjósolt mikro-RNS-kötő hely (van-miR-505) [22], ami arra utal, hogy egy ilyen variáció ebben a pozícióban befolyásolhatja a stabilitást a mRNS és kötő aktivitást a mikro-RNS, és ezáltal génexpresszió [ ,,,0],37]. Valóban, a luciferáz riporter vizsgálat megerősítette jelentős befolyása rs1045411 a poszt-transzkripciós szabályozása HMGB1 katalógusa gén miR-505-függő módon. Sőt, megvizsgálva HMGB1 mRNS expressziós szint 60 GC szöveti minták genotípus adatait SNP rs1045411, azt találtuk, hogy a szöveteket hordozó változat-tartalmú (AG /AA) genotípusok szignifikánsan csökkent HMGB1 mRNS expressziós szintek képest a homozigóta vad (GG ) genotípus. Mindezzel együtt, a kísérleti adatok azt mutatták, hogy a kedvező prognosztikai hatását által biztosított változat-tartalmú (AG /AA) genotípusok rs1045411 szorosan összefüggő kóros expressziója HMGB1 katalógusa.

A jelenlegi vizsgálat igazolta, hogy a jelentős vagy határvonal védő hatásait a változat-tartalmú (AG /AA) genotípusok SNP rs1045411 OS és az RFS GC betegek találtak szinte teljesen a káros (de nem kedvező) rétegek betegeknél. Ez megegyezik a korábbi vizsgálatok kimutatták, hogy SNP befolyásolja a rák túlélési szembetűnőbb speciális alcsoportja betegeknél. Például, Wang és munkatársai katalógusa [38] arról számoltak be, hogy a PSCA katalógusa rs2294008 szignifikánsan összefügg a túlélési eredmények között diffúz típusú gyomorrák, de nem bél típusú gyomorrák. Pu és munkatársai katalógusa [39] azt is javasolta, hogy a mikro-RNS-kapcsolódó genetikai variánsok több feltűnően társított nem kissejtes tüdőrák túlélési korai stádiumú betegeknél. Azt is megfigyelték, jelentős kölcsönhatás a rs1045411 genotípusok és a klinikai elemeket, mint Lauren besorolás, differenciálódás, a klinikai stádium és adjuváns kemoterápia moduláló prognózisát GC. Ezek szignifikáns korreláció azt javasolta, hogy az SNP rs1045411 esetleg potenciálisan moduláló szerepet ezekben a klinikai jellemzők képviselő tumor progresszióját. Ugyanakkor a mögöttes mechanizmusokat tovább kell vizsgálni a jövőben. Katalógusa

A jelen tanulmány számos különböző funkciókat. Először is, a beválogatott betegek főleg származik Shaanxi és a szomszédos területeken, amely alkalmas vezető lakossági alapú kutatás, mert a földrajzi stabilitás csekély mobilitási ráta. Másodszor, a relatív nagy populáció mérete beiratkozott jelen tanulmány lehetővé tette számunkra, hogy végezzen a szakaszban rétegzett elemzés képzési és érvényesítési készlet, amely korlátozta a zavaró tényezők a tumor és a kezelés heterogenitás. Egyik fő korlátja ennek a tanulmánynak, hogy a viszonylag kis népesség a validációs halmaz eredményezhet fals negatív. Továbbá, mivel a tanulmány arra korlátozódnak, han kínai, nem tudjuk kizárni a általánosíthatóságot kérdés. Jövőkutatás nagyobb populációk és más etnikumok indokoltak. Katalógusa

Összességében, mint az első tanulmány, betartva a hatása HMGB1 katalógusa gén polimorfizmusok GC prognózis a kínai népesség, adataink azt sugallják, hogy tag SNP rs1045411 HMGB1 katalógusa gén jelentős hatása van a klinikai kimenetelét GC betegek, különösen a betegek előrehaladott vagy más agresszív klinikopatológiai állapotát. A jelen tanulmány lehetséges klinikai jelentősége abban finomítani terápiás döntések kezelésére GC. Katalógusa

alátámasztó információk
S1 táblázat. Az információs és genotipizálás eredményeit HMGB1 SNP. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0154378.s001 katalógusa (DOC) hotelben S2 táblázat. Válogatott demográfiai és klinikai jellemzői gyomorrák betegcsoportban. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0154378.s002 katalógusa (DOC) hotelben S3 táblázat. Megoszlása ​​betegek jellemzői és a prognózis elemzés a tanító és a validációs halmaz. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0154378.s003 katalógusa (DOC) hotelben

• PLoS One: Tumor Content kör segített HER2 /CEP17 Digitális PCR analízise Gyomorrák biopsziás minták
• PLoS One: prognosztikai jelentősége molekuláris elemzése peritoneális folyadék számára gyomorrákos betegeknél: A meta-analízis