PLoS ONE: Konvertavimas mikrogardeliq Parašas į diagnostinį testą: pagal užsakymą 74 Gene Array Bandomoji paaiškinti ir prognozavimo skrandžio Cancer

Anotacija

Fonas

Skrandžio vėžys (GC) yra susijęs su didelio mirtingumo ir nepalankiai prognozei ne stadijose. Be to, nėra jokių veiksmingų metodų diagnozuojant skrandžio vėžį ankstyvoje stadijoje arba prognozuoti rezultatus už pasirinkdami pacientus specifinio gydymo galimybes tikslui. Todėl, ji yra svarbu ištirti naujus metodus GC diagnozę.

metodika /Principal išvados

Kad būtų lengviau ją naudoti diagnostikos nustatymo, iš 74 genų su diagnostine ir prognozuojamų informacijos grupė buvo išverstos į individualų microarray, kuriame sumažintas rinkinys 1,042 zondai tinka didelio našumo apdorojimas. Šiame pranešime, mes įrodyti pirmą kartą, kad užsakymą mini-matrica gali būti naudojamas kaip patikimą diagnostinė priemonė, skrandžio vėžio. Su AUC vertė 0,565 (95% PI 0,305-0,825), nurodant puikus testas, jautrumą ir specifiškumą diagnozuojant nuo ROC kreive buvo apskaičiuota, kad 70% ir 80%, atitinkamai.

Išvados /Reikšmė

duomenys aiškiai rodo, kad atgaminimas bei tvirtumą mažame užsakymą pagamintas microarray. Masyvas yra puikus įrankis klasifikavimo ir prognozuoti ligos skrandžio vėžiu sergančių pacientų rezultatus

nurodomoji dalis:. Yin Y Zhuo W Zhao Y Chen S ličio J Wang L et al. (2013) Konvertavimas mikrogardeliq Parašas į diagnostinis tyrimas: pagal užsakymą 74 Gene Array Bandomoji paaiškinti ir prognozavimo skrandžio vėžio prognozę. PLoS ONE 8 (12): e81561. Doi: 10,1371 /journal.pone.0081561

redaktorius: Courtney G. Montgomeris, Oklahomos medicinos tyrimų fondas, Jungtinės Amerikos Valstijos

Įstojo: Gegužės 25, 2013 m Priėmė: Balandis 14, 2013 m Paskelbta: Lapkritis 3, 2013

Visos teisės saugomos: © 2013 Yin et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Šis darbas parėmė Nacionalinės Gamtos mokslo fondo Kinijos (81302070, 81272678, 81071961) (http://www.nsfc.gov.cn), Nacionalinis pagrindinių mokslinių tyrimų programą Kinijos (973 programa) (2012CB945004) (www.973.gov .cn). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys (GC) turi aukštą dažnį ir yra antra pagrindinė priežastis, dėl vėžio mirtingumo [1,2]. GC prognozė yra labai priklauso nuo diagnozės ligos ir gydymo metodas [3] etape. 5 metų išgyvenamumas pažangių skrandžio vėžiu sergančių pacientų yra apie 20%, o ankstyvos stadijos skrandžio vėžiu yra didesnis nei 60% [4-6]. Tačiau nebuvo jokių veiksminga ir perspektyvu metodai aptikti ankstyvojoje stadijoje vėžys ir prognozuoti galimą prognozę teikti tinkamą gydymą kiekvienam pacientui. Japonijoje, nors jie galėtų efektyviau aptikti ir gydyti anksti skrandžio vėžiu (EGC) per didelę atranką, tik endoskopijos gali būti visuotinai naudojamas aptikimo EGC. Tai yra, kodėl ankstyva diagnozė ir gebėjimas atskirti piktybinius ir ikivėžinių pakitimų yra svarbūs [7]. Todėl svarbu ištirti naujus būdus GC diagnostikos ar prognostinių prognozes klinikinėje praktikoje.

Kai genų pakitimai gali būti susijęs su canceration ir progresavimo GC [8-11]. Pavyzdžiui, ankstesniais duomenimis mes studijavo pasiūlė, kad kolageno genai gali būti potencialus biologinis atskirti piktybiniai nuo ikivėžinių pakitimų skrandyje [12]. Kadangi liga nuo ikivėžinių sąlygomis GC progresavimo yra dinamiškas procesas [13-15], genų pakitimų nustatymas gali leisti identifikuoti ligų susijusių genų anksčiau kaip patologiniai tyrimai. Be to, genų ekspresijos teikia papildomą informaciją apie paciento būklės [16]. Todėl Mikrogardelė analizė gali būti svarbus ir naudingas metodas diagnozuojant ir rizikos stratifikacija skrandžio vėžio.

Be to, naudojant individualų mini masyvus klinikinėje praktikoje gali būti ne tik pigiau, bet taip pat gali prireikti mažiau mėginio RNR įvestį ženklinimo ir hibridizacija ir duomenų apdorojimo metu galima gerokai sumažinti, palyginti su normaliomis mikrogardelių [17]. Pagal užsakymą Mikrogardelė 70 genų dėl krūties vėžio, kuris buvo patvirtintas Maisto ir vaistų administracija (FDA) prognozės, patikrina užsakymą microarray klinikinio vartojimo metu [18,19] įgyvendinamumą. Nors yra buvę keletas tyrimų apie tam tikrų grupių genų GC diagnozę, mikrogardeliq technologija šiuo metu nėra naudojama kaip diagnostikos priemonė skrandžio vėžio.

Šiame darbe aprašyti, pirmą kartą iš raida pritaikyti diagnostikos GC mini masyvo ir įrodyti, kad paprotys mini masyvas gali būti naudojama kaip patikimas diagnostikos ir prognozavimo priemonė skrandžio vėžio.

Rezultatai

Custom mini masyvas galimų genų grupės, susijusios su GC canceration ir pažangos

ankstesniame tyrime, mes panaudojome oligonukleotido mikrogardeliq apie 38,500 genų sistemingai išnagrinėti diferencialo genų ekspresiją tarp 33 mėginių iš normalaus, ikivėžinių ir piktybinių pažeidimų skrandžio [12]. A 696 diferencijuoti-ekspresijos genų frakcija rasti oficialią tyrimo buvo sukurtas pasirinktinį mini-masyvo kaip dalis mokslinių tyrimų bazei. Be to, kai kurias grupes, kuriose buvo rasta genų, kurie buvo galbūt glaudžiai susijusi su GC, The užsakymą mini masyvo taip pat 44 kolageno susiję genai [20-22], 54 genų lytinio hormono receptorių ir būdus, rasti diferencijuoti saviraiškos genai kituose tyrimuose, ir 915 normalizavimo genų (išsamūs duomenys stalo S1). Šiuo tyrimą, 1042-genų ekspresijos profilis buvo įsteigta kaip galingas diagnostikos ir prognozuoti ligos baigties skrandžio vėžiu sergantiems pacientams.

palyginimas 1042-Gene Array veiklos rezultatus su kitų Original mikrogardeliq
25K

Norint nustatyti, ar pritaikyti mini masyvo testas atlieka panašus į originalių 25 K mikrogardelių [12], du mėginiai ( LYXT ir LYXS) iš tos pačios pacientų naudojamų originalo serijos plėtoti 1042-diagnostikos klasifikatorius buvo paimti. Iš 696 genų, gautų naudojant diagnostinę mini masyvo išraiška buvo labai panašus (Pearsono koreliacija 0.957, p < 0,01). Pradinius paskelbtais duomenimis (1 paveikslas)

Cheminės genų skirtingai išreikštos piktybiniai ir ikivėžinių skrandžio audiniai

Visi hibridizacija duomenys buvo background-ištaisyti, normalus, ir analizuojami siekiant nustatyti diferencijuotas saviraiškos genus 40 mėginių, kurie atstovauja piktybinius pakitimus ir ikivėžinių pakitimų (n = 20 kiekvienoje grupėje). Nustatyta, kad 371 genų rinkinys atskirti piktybinius pakitimus iš ikivėžinių pakitimų naudojant hierarchinę klasterių ir SVM palikti-one-out patvirtinimą, o ikivėžinis duomenų imties charakteristikos (MGFS) buvo suskirstyti į piktybinio grupei, o penki piktybiniai mėginiai (XSHT, GJFT, CXCT , XYT ir QLTT) buvo suskirstyti į ikivėžinių grupei. MGFS ir mėginio paėmimo iš supančios audinyje Sygnet karcinoma. Patologinio ataskaita atskleidė, kad XSHT pavyzdys buvo vidutiniškai diferencijuoti adenokarcinoma, The GJFT pavyzdys buvo Vidutiniškai gerai diferencijuota adenokarcinoma, o CXCT, XYT ir QLTT mėginiai buvo gerai diferencijuota adenokarcinoma. Šie skirtingai išreikšti genai įtraukti 199 iki reguliuojamų genų ir 172 žemyn reguliuojamų genų piktybinių pakitimų palyginti su ikivėžinių pakitimų (2 paveikslas).

Atskyrimas nuo skrandžio vėžio
prognozės

neprižiūrimų, hierarchinė grupavimo algoritmas leido mums klasteris 20 GC piktybinius pakitimus dėl jų panašumų išmatuotų per didelių genų 371 diferencijuotai išreikštų genų tarp piktybinių ir ikivėžinių pakitimų pagrindu. Pažymėtina, kairėje grupės, 4 iš 10 pavienių pacientų buvo ankstyvoje stadijoje GC ir kiti pateikti su labai diferencijuotų pažeidimų, o teisinga grupės, 2 10 pavienių pacientų buvo iš grupės, kuri sukūrė tolimus metastazes per 5 metus ar didele scena ir blogai diferencijuotų pažeidimų. Taigi, naudojant be priežiūros klasterių, mes galime atskirti "gera prognozė" ir "blogos prognozės" auglių tam tikru mastu (3 paveikslas). Be to, tipas ir etapas GC pacientų buvo susijęs su pogrupių blogos ar geros prognozės (1 lentelė, išsamių duomenų lentelėje S2).
Grupė 1 (Geros prognozės)
2 grupė (blogos prognozės)
Age62.8 ± 7.1161.3 ± 7.02Gender (Vyras /Moteris) 7/38 /2Stage (I /II /III /IV), 2/1/7/01/0/5 /4Pathological tipas (Vidutiniškai gerai diferencijuota adenokarcinoma /blogai diferencijuota adenokarcinoma /Signet žiedas ląstelių karcinoma /mucinous adenokarcinoma) 7/2/1/03/4/1 /2Metastasis 5 years13Table 1. skrandžio vėžiu sergantiems pacientams etapas į dvi grupes.
CSV Atsisiųsti CSV

Individualizuotos masyvas su minimalaus skaičiaus genų GC diagnostikos ir prognozavimo

be priežiūros dvimatis klasterinė analizė genų grupavimo ir GC grupavimas buvo atliktas savarankiškai, naudojant agglomerative hierarchinę grupavimo algoritmą su 371 genų kad būtų galima nustatyti piktybinius GC ir ikivėžinių pakitimų. Koreliacijos koeficientas kiekvienam geno su ligos baigtį išraiška buvo apskaičiuojamas ir buvo rasta 252 genai būti reikšmingai susijęs su ligos baigtį (koreliacijos koeficientas < -0,3 arba > 0,3) (išsamūs duomenys lentelėje S1).

Šios 252 genai buvo rangas užsakyta remiantis koreliacijos koeficiento dydžio pagrindu. Genų į "prognostinį klasifikatoriaus" numeris buvo optimizuotas paeiliui pridėti poaibius 5 genų nuo šio rangas užsakyta sąrašo viršuje ir vertinti savo galią už teisingą klasifikaciją pagal atostogos-one-out "metodą kryžminio patvirtinimo. Klasifikacija buvo atliekami atsižvelgiant į tai ekspresijos lygių likusių mėginių koreliacijos iš gerų ir prastos pacientų, atitinkamai. Tikslumas pagerėjo iki buvo pasiektas optimalus skaičius žymeklis genuose. Todėl, 74 genai buvo nustatyta, kad minimalus skaičius genų, kurie gali būti klasifikuojami kaip dvi posistemės grupių skirtingo prognozei (4 paveikslas). Su AUC vertė 0,565 (95% PI 0.305-0.825), nurodant puikus bandymas, jautrumas ir specifiškumas diagnozuojant iš ROC kreive buvo apskaičiuota, kad 70% ir 80%, atitinkamai (5 paveikslas).

remiantis genų ontologija (GO) funkcija klasifikaciją, funkcinę anotacija už genų, dalyvaujančių ląstelių ciklo invazijos ir metastazių, angiogenezę bei signalo perdavime yra žymiai aktyvinama į blogos prognozės parašu (anotacija lentelėje išvardytų S1 genų). Šie genai yra kelios grupes, kurių funkcija anotacija suteikia įžvalgą į pagrindinį biologinio mechanizmo, vedančio į dalyvaujančių Tumorigenesis ir progresavimo pagrindines funkcijas. Dalyvaujantys ląstelės ciklo, invazija ir metastazių, angiogenezę bei signalo perdavime genai buvo žymiai skirtingai išreikšti tarp dviejų parašų (pavyzdžiui, GKN1, INHBA, SPP1 ir THBS4). Tuo tarpu, neprižiūrimų klasterinė analizė, išskiriamos skirtingos prognozės navikų. Vertinant visas 74 prognozinius reporteris genus, daugiau genai priklausančių šių funkcinių kategorijų paaiškėti (pavyzdžiui, GKN1, GKN2, GIF PSCA ir LIPF).

dviejose grupėse klasifikuojami pagal 74 genų pacientai ir visa zondai yra beveik tas pats, išskyrus mėginio LCM, kuris buvo priskirtas į gerą prognozę grupės visame zondai mikrogardelės ir į blogos prognozės grupės 74-genų klasifikaciją. LCM mėginys buvo surinkta iš piktybinio audinio pacientų kenčia nuo mucinous adenokarcinoma IV etape trumpesnį gyvenimą nei kiti pacientai formalių grupių. Todėl 74-genas klasifikacija Mikrogardelė gali būti labiau patikimas.

tikrinimas 74 genų užsakymą masyvo ir koreliacijos mikrogardeliq duomenimis su prognostinę profilis

11 GC pacientų įtraukti į Ankstesnis tyrimas [12], mes apskaičiavome koreliacijos koeficientas nuo iš 74 genų su nustatytu vidutiniu profilyje šių genų navikų iš pacientų, turinčių gerą prognozę (PI) raiškos lygį. Pacientas su koreliacijos koeficientas daugiau nei -0.007 (slenksčio lėmė 13 proc tarifą klaidingų neigiamų rezultatų), tada buvo paskirtas į grupę su geros prognozes pasirašymo, o visi kiti pacientai buvo priskirti grupei su vargšais -prognosis parašas (6 pav.) Be to, išlikimo kreivė iš dviejų grupių smarkiai skiriasi (p < 0,05) (7 pav). Taigi, klasifikatorius parodė panašų veikimą dėl 11 nepriklausomų atsitiktinis navikų patvirtinimo ir patvirtino prognozavimo galia ir patikimumą prognozė klasifikacijos 74-genų užsakymą masyvo.

atkuriamumas individualų mini masyvo

Jei patvirtinti genų išraiškos duomenis iš mikrogardeliq duomenimis, mes pasirinkome diferencijuotas saviraiškos geną, INHBA ir ištyrė jos išraišką su kiekybiniais AT-PGR analizei. Mūsų duomenys rodo, kad genas gerokai pasikeitė išraišką piktybinių audinių, palyginti su ikivėžinių audinių 11 poros atitikimo mėginių, suderinamas su rezultatais, gautais iš mikrogardeliq analize (8 pav.)

A pogrupio atgaminimo susijęs genų su skrandžio vėžio

74-genų užsakymą mikrogardeliq sąrašą, mes nustatėme, genų su GO klasifikaciją reprodukcijai (2 lentelė) grupę, kurioje 5 genai lytinio hormono receptorių ir kelius (ESRRG, DMRT3, DMRTA1, AMHR2 ir FOXL2), galėtų ne tik efektyviai atskiras piktybiniai nuo ikivėžinių pavyzdžių, bet ir klasifikuoti bloga ir gerą prognozę su hierarchinę grupes ir SVM (9 pav.) Be to, du lytinis hormonas genai turėjo reikšmingą differentiated- išraišką geros prognozės prastos prognozės GC (ESRRG 8.83, AR 0,37, p < 0,01).
Akcija
Sulenkite pokyčius
Akcija
Sulenkite change
AMHR20.442DMRT34.8637INHBA11.2072DMRTA10.366MMP142.009SFRP413.0683NOTCH12.2898FOXL23.291PGF2.9307SPP19.4141Table 2. Genai su GO klasifikaciją reprodukcijai 74 genų mikrogardeliq grupės.
CSV Parsisiųsti CSV

Diskusijos

Šiame tyrime mes pranešti pirmą kartą, kad paprotys Mikrogardelė gali būti veiksmingas būdas diagnozės ir prognozės prognozės GC kliniškai. Klinikinių biologinių žymenų ankstyvo skrandžio vėžio trūkumas, be jokių konkrečių pradžioje simptomų sukelia uždelstą diagnozę ir prisideda prie didelio mirtingumo skrandžio vėžio [23]. Kai kuriais atvejais, pasikeičia tik tuo genų lygiu, be patologinių pokyčių. Pokyčiai genų ekspresijos gali padėti ankstyvą diagnostiką, prognozė ir gydymo gairės pooperaciniu radiacijos ir chemoterapijos. Iš microarray technologijų plėtra leidžia apie patologinę atstatymo galimybės ir vertinant bei vadovaujant terapijos tyrimą. Be to, kuriant tikslinę mikrogardeliq įrangos gali padaryti technika labiau naudinga. Dėl prastos specifiką ir trūkumas brandaus bendrą diagnozę, paprotys Mikrogardelė nebuvo taikoma klinikinėje naudojimo skrandžio vėžio dar, nors yra tyrimų genų diagnozę.

mikrogardeliq analizė yra plačiai naudojamas technologijas studijuoti genų ekspresiją pasauliniu mastu. Keli molekuliniai tyrimai šiuo metu dirba klinikinio įvertinimo vėžio yra kilęs iš mikrogardeliq pagrindu genų ekspresijos. Vienas pavyzdys mikrogardeliq pagrindu tyrimu yra MammaPrint, užsakymą Mikrogardelė 70 genų, susijusių su ankstyvojo vystymosi tolimoje metastazių jaunų pacientų su limfa-mazgo neigiamas krūties vėžio riziką. MammaPrint ratifikavo FDA. Gebėjimas naudoti šį profilį į aukšto našumo diagnostikos nustatymo gali būti didelis privalumas į prognozei ir krūties vėžio gydymą [17-19]. Tačiau ši technologija šiuo metu nėra naudojama kaip įprastinių diagnostikos priemonė skrandžio vėžio, ir nebuvo užsakymą mikrogardelių naudojami diagnozuojant ar prognozavimas prognozavimas tyrimas. Šiame pranešime, mes įrodyti pirmą kartą, kad užsakymą mini-matrica gali būti naudojamas kaip patikimą diagnostinė priemonė, skrandžio vėžio.

Šiame straipsnyje mes apibūdinti individualų diagnostikos skrandžio vėžio mini masyvo plėtrą ir aprašyti savo patikimą naudojimą diagnostikos nustatymas. Daugelis klinikinių tyrimų koreliuoja pakitimus atskirų genų, kurių skrandžio vėžio rezultatus išraiška, dažnai prieštaringų rezultatų. Pavyzdžiai apima CXCL1, HOXA10 ir metilinimas yra PCDH10 [24-26]. Tačiau, šie genai nebuvo įtrauktos į mūsų mini-masyvo. Tai yra įmanoma, kad kiti tyrimai daugiau dėmesio šių genų funkcijas, o mes sutelktas į mRNR išraiškos. 74-genas užsakymą masyvas gali būti įmanoma prognozavimo priemonė skrandžio vėžio. Duomenys aiškiai rodo atgaminimas bei tvirtumą mažame užsakymą pagamintas microarray. Pagal užsakymą microarray galėtų suteikti keletą privalumų, pavyzdžiui, tikslią informaciją apie atkryčio rizika, palyginti su įprastiniais klinikiniais kriterijais ir tokiu būdu pagerinti už pagalbinį gydymą reikalavimo gaires.

Tuo tarpu, nes 2 kartus dažniau vyrai nei moterys su GC [1], keletas didesnių epidemiologiniai tyrimai rodo, kad lyčių buvo reikšmingas nepriklausomos prognostinis faktorius bendro išgyvenamumo GC pacientų [27,28 ] ir vyrų dominavimas skrandžio vėžio koreliuoja su 10-15 metų vėlavimo žarnyno tipo skrandžio vėžio atsiradimo moterims, palyginti su vyrais, [29]. Šioje 74 genų užsakymą mini masyvo profilio, 5 genai buvo skirtingai išreikšta tarp piktybinių pažeidimų ir ikivėžinių pakitimų GC (ESRRG, DMRT3, DMRTA1, AMHR2 ir FOXL2). Ši sekso susijusių genų su galimų vaidmenų GC grupė pirmą kartą buvo pasiūlytas, ir yra keletas tyrimų šioje genų, susijusių su vėžio grupei. Svarbu pažymėti, kad naujausias tyrimas pranešė Matson ir kolegomis parodė galimą asociacijos ir kelią iš DMRT1, FOXL2 ir lyčių hormono [30]. DMRT1, DMRT3 ir DMRTA1 visi įtraukti į genų šeimos, kuri turi cinko pirštų kaip DNR surišantis motyvas (DM domenas) bendro, kuris taip pat yra pagrindinis reguliatorius vyrų plėtros musių ir nematodai klasterius. Be to, pagrindiniai genų šiuo būdu yra visi įtraukti į mūsų duomenų. Duomenys gali pateikti mums su mokslinių tyrimų kryptimi sekso susijusių genų GC ir atskleisti galimą kelią ir mechanizmą GC canceration.

Todėl, masyvas gali būti puiki priemonė klasifikavimo ir prognozuoti ligos baigtį skrandžio vėžiu sergantiems pacientams. Tačiau, yra keletas mūsų profilyje apribojimus. Mėginiai turėtų būti išplėsta, siekiant patikrinti klinikinį galiojimą ir atkuriamumas.

Medžiagos ir metodai

Pacientai ir mėginiai

Keturiasdešimt chirurginiu rezekcijos skrandžio vėžio mėginiai ir gretimų ne naviko bandiniai buvo gauti iš sero Run Run Shaw ligoninė, mokyklos medicinos Zhejiang universiteto ir buvo naudojamas per 2007 metų birželio iki 2011 m gegužės Mes surinkome piktybiniai ir ikivėžinių audinius iš skirtingų regionų rezekcijos skrandžio nuo kiekvieno paciento, kuris buvo atliktas operacija. Keturiasdešimt sugrupuoti audinio mėginiai iš dvidešimties pacientams, sergantiems pirmine skrandžio vėžiu, kuriems buvo atlikta operacija (dvidešimt piktybinių pažeidimų, dvidešimt ikivėžinių pažeidimai) buvo pasirinkta oligonukleotidas mikrogardeliq analizės (1 lentelė, išsamių duomenų lentelėje S2). Visi surinktų mėginių buvo nustatyti, įterptųjų, tamsintas su H & E ir diagnozuota Lauren "ir PSO klasifikaciją nepriklausomai trys profesionalūs patologai. Dvylika poriniai mėginiai su piktybinių ir ikivėžinių pakitimų iš pacientų, kuriems buvo atlikta operacija buvo pasirinktas kiekybinis atvirkštinės transkripcijos-PCR (kiekybinis RT-PCR). Rezultatai nuo kiekybinio RT-PGR buvo palyginti su patologiniais įrašų iš prisidedančių institucija. Galutinis patologinis analizė buvo nustatomas konsensuso būdu ir, jei reikia, peržiūrimi. "Piktybiniai" reiškia įvairių tipų skrandžio vėžio. "Ikivėžinių" rodo atrofijos gastritas, žarnyno Metaplasia ir /arba displazija. Bandiniai buvo iš karto užšaldomos skystame azoto ir saugomi -80 ° C temperatūroje, kol tolesniam apdorojimui. Parašė informuotas sutikimas buvo gautas iki mėginio paėmimo ir tyrimo protokolas buvo patvirtintas klinikinių tyrimų etikos komiteto seras Run Run Shaw ligoninėje.

Individualus Mini masyvas

originalus pritaikytą 8 * 15k mini masyvo pateikta 1042 canceration ir prognozės susiję genai identiškas zondai į pirmąjį masyvo [12]. Mini-masyvas įtraukti 696 diferencijuotai išreikštus genus tarp piktybinių pažeidimų ir ikivėžinių pakitimų GC pacientams, kad mes rasti praėjusiais 38, 500 genų lustai, 44 kolageno susiję genai, 54 genų lytinio hormono receptorių ir kelius, ir diferencijuotas saviraiškos genus rasti kiti tyrimai, kurie buvo pastebėtas trimis egzemplioriais. Kiekvienas masyvo taip pat apima 1042 zondai hibridizacijos ir spausdinimo kokybės kontrolės, taip pat 915 normalizuoti genus (išsamūs duomenys lentelėje S1). Aštuoni identiški mini matricos yra pateikti dėl vieno 1 "x 3" skaidrės, leidžianti aštuoni individualūs hibridizacija būti atliekami tuo pačiu metu (pritaikytas Šanchajus biochip Co. Ltd., Agilent Technologies).

oligonukleidų Mikrogardelė

RNR buvo išskirta ir išgrynintas naudojant TRIzol reagento (Invitrogen, JAV) ir RNeasy Mini Kit (Qiagen, Vokietija) per standartines procedūras rekomenduojamų gamintojų. Lygiai ir savybės Crna buvo matuojamas kurį Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, JAV), ir RNR kokybės buvo kontroliuojama standartinio 2100 RiN > = 7,0 ir 28S /18S > = 0,7. Juodos buvo suskaidyta su Genų Chip Imties valymas modulio (Affymetrix, JAV) ir paženklinti viena spalva, naudojant Agilent Padidinti notacija metodą. Hibridizacija, dažymo, plovimo ir skenavimo procedūros buvo atliktos, kaip aprašyta Genų Chip išraiška analizė Techninė vadove (Affymetrix, JAV).

analizė oligonukleotidas mikrogardeliq duomenų

Iš mikrogardeliq rezultatai nuskaitomi kurį Agilent skenerio. Duomenys buvo normalizuotas ir suartinti po vaizdo įsigijimo ir kiekybinio identifikuoti genus su dideliais diferencialinių išraiškos naudojant požymių išskyrimas programinę įrangą. Atviro kodo aiškinama kompiuteris kalba (R), buvo naudojamas statistinės skaičiavimo ir grafikos [12]. Pirminiai duomenys užsakymą microarray buvo įkeltas į ArrayExpress kaip prisijungimas skaičius A MEXP-2338.

Tyrimo dizainas

naudojamas metodas, paremtas genų ekspresijos profilius klasifikuoti skrandžio vėžio į prognostiniai ar diagnostines kategorijas. Šis metodas apima šiuos veiksmus: (1) dizainas užsakymą mini masyvo su genų galimai susiję su GC canceration ir pažangos, remiantis ankstesniais tyrimais grupės (2), atranka diferencijuoti-ekspresijos genų tarp piktybinių ir ikivėžinių pakitimų (fold Pakeisti > 2 kartus ir p < 0,05) (3), be priežiūros dvimatis klasterinė analizė genų klasterių ir GC grupavimas atliekamas savarankiškai, naudojant agglomerative hierarchinę grupavimo algoritmą (4), atranka diskriminuoti kandidates genus iš genų 2 žingsnyje pasirinkote pagal jų koreliacija su kategorija (geras ar blogos prognozės) (5), nustatymas optimalaus rinkinio reporteris genų naudojant atostogos-vienas iš kryžminio patvirtinimo procedūrą (6), prognostinė ar diagnostikos prognozavimas remiantis genų ekspresijos optimalus rinkinys reporteris genų [18,19], (7) GO anotaciją reporteris genų ir (8) koreliacijos mikrogardeliq duomenų analizė su prognostinę profilis

Kiekybinė PGR analizė

iš viso išskirta RNR iš mėginių buvo transkribuoti į cDNR naudojant svarbiausias scenarijaus TM RT reagentų rinkinį (TAKARA, Japonija), esant 37 ° C temperatūroje 15 min, o 85 ° C temperatūroje 15 sek. PGR reakcijos, naudojant SYBR® Premis ex Taq TM rinkinys buvo atliekamas 95 ° C temperatūroje 30 sekundžių, po to 40 ciklų, esant 95 ° C temperatūroje 15 sekundžių, 60 ° C temperatūroje 10 sekundžių, ir 72 ° C temperatūroje 40 sek su 7500 tikruoju laiko PGR sistema ( "Applied Biosystems, JAV). Į namų ūkį genų β-aktino tarnavo kaip vidaus kontrolės. Pirmyn gruntas seka INHBA yra GTGATGGCAAGGTCAACATCT ir atvirkštinis vienas GCGGTAGTGGTTGATGACTGT.

Statistinė analizė

Mes naudojome Proporcinis pavojai regresinę analizę reguliuoti tarp koreliacijos koeficientą (PI) ir metastazių asociaciją kitų kintamųjų. P-vertybės, susijusios su šansai koeficientai būtų apskaičiuojami naudojant Fisher'io testą.

Pagalbinė informacija
S1 lentelėje.
genų informaciją žingsnių metodus projektuojant mini-masyvas ir galutinius 74 mini masyvo genus.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0081561.s001
(xls)
S2 lentelėje.
nuo pažeidimų dėl microarray informacijos detales.
Doi: 10,1371 /journal.pone.0081561.s002
(DOC)

• PLoS ONE: mutacija Intronic pasikartojimai ir ataksija-telangiectasia mutavo (OEV) genas ir ATM baltymų praradimą pirminis navikas su MIKROSATELITŲ nestabilumas
• PLoS ONE: RhoE Skatina metastazių skrandžio vėžiu per mechanizmo Priklauso nuo Glaudesnis Išsireiškimas CXCR4