PLoS ONE: Sociaal-economische en Nutritional factoren verantwoordelijk zijn voor de Vereniging van maagkanker met Indiaanse Voorouders in een Latijns-Amerikaans gemengd Bevolking

Abstract

Maagkanker is een van de meest dodelijke vormen van kanker en de incidentie varieert over de hele wereld, met de Andes-regio van Zuid-Amerika tonen hoge incidentie. We evalueerden de genetische structuur van de bevolking van Lima (Peru) en voerde een case-control genetische associatie studie naar de bijdrage van de Afrikaanse, Europese of Native American afkomst testen om te riskeren voor maagkanker, de controle voor het effect van niet-genetische factoren . Een brede reeks van sociaal-economische, de voeding, en de kliniek informatie werd verzameld voor elke deelnemer in de studie en afkomst werd geschat op basis van 103 afkomst informatief markers. Hoewel de stedelijke bevolking van Lima meestal wordt beschouwd als mestizo (dat wil zeggen, gemengd uit Afrikanen, Europeanen en indianen), zagen we een grote fractie van Indiaanse afkomst (78,4% van de gevallen en 74,6% voor de controles) en een zeer lage Afrikaanse afkomst (< 5%). We hebben vastgesteld dat hogere Native American individuele afkomst wordt geassocieerd met maagkanker, maar sociaal-economische factoren die samenhangen met zowel maagkanker en Indiaanse afkomst account voor deze vereniging. Daarom is de hoge incidentie van maagkanker in Peru niet te zijn gerelateerd aan gevoeligheid allelen gebruikelijk in deze populatie. In plaats daarvan, onze resultaat suggereert een overheersende rol voor etnisch-geassocieerde sociaal-economische factoren en verschillen in de toegang tot de gezondheidszorg. Aangezien indianen zijn een verwaarloosde groep in genomische studies, stellen we voor dat de bevolking van Lima en andere grote steden van West-Zuid-Amerika met een hoge Indiaanse afkomst achtergrond kan handig zijn doelstellingen voor epidemiologisch onderzoek gericht op deze etnische groep.

Citation: Pereira L, R Zamudio, Soares Souza-G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Sociaal-economische en Nutritional factoren verantwoordelijk zijn voor de Vereniging van maagkanker met Indiaanse Voorouders in een Latijns-Amerikaanse gemengd Bevolking. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10.1371 /journal.pone.0041200

Editor: Zongli Xu, National Institute of Environmental Health Sciences, de Verenigde Staten van Amerika

Ontvangen: 1 maart 2012; Aanvaard: 18 juni 2012; Gepubliceerd: 3 augustus 2012

Dit is een open-access artikel, vrij van auteursrechten, en mag vrij worden gereproduceerd, gedistribueerd, verzonden, gewijzigd, gebouwd op, of anderszins gebruikt door iedereen voor elk rechtmatig doel. Het werk wordt onder de Creative Commons CC0 publieke domein toewijding ter beschikking gesteld

Financiering:. Fogarty International Center en het National Cancer Institute (5R01TW007894) gefinancierd deze studie. De studie en haar deelnemers kregen ook de financiering en beurzen uit de volgende Braziliaanse agentschappen: Brazilian National Research Council, Ministerie van Onderwijs, ministerie van Volksgezondheid (PNPD-Saúde Program), en de Minas Gerais State onderzoeksdag 'Agency. De financiers hadden geen rol in de studie design, het verzamelen van gegevens en analyse, besluit te publiceren, of de voorbereiding van het manuscript

Competing belangen:.. De auteurs hebben verklaard dat er geen tegenstrijdige belangen bestaan ​​

Introductie

Maagkanker is een van de meest dodelijke soorten kanker en bedraagt ​​ongeveer 800.000 sterfgevallen per jaar, maar de frequentie varieert aanzienlijk wereldwijd [1]. De hoogste incidentie van maagkanker wordt waargenomen in Oost-Azië, Oost-Europa, en de Andes-regio van Zuid-Amerika. Inderdaad, in de Peruaanse bevolking, maagkanker tweede plaats incidentie bij mannen en derde bij vrouwen (22,6 en 20 gevallen per 100.000 respectievelijk mannen en vrouwen), waarbij het type kanker het hoogste sterftecijfer. Relatief, de incidentie van maagkanker in Peru ongeveer vijf keer hoger dan in de Verenigde Staten en tweemaal die waargenomen in Brazilië [1].

Recavarren-Arce et al. en Correa voorgesteld een progressie model voor de ontwikkeling van intestinale type maagdarmkanker, die bestaan ​​uit een overgang van oppervlakkige gastritis tot metaplasie om dysplasie en tenslotte, maagdarmkanker [2], [3]. Een overvloed aan socio-economische, milieu en voedingsfactoren moduleren deze progressie en het individuele risico van uiteindelijk het ontwikkelen van maagkanker. Chronische infectie van de maag door de bacterie Helicobacter pylori
leidt tot chronische ontsteking is een belangrijke risicofactor toegeschreven [4], hoewel minder dan 2% van H. pylori
vervoerders ontwikkelen maagkanker [5]. Helicobacter pylori verkopen Diversity beïnvloedt ook het risico op maagkanker gastheer en de aanwezigheid van de bacteriële virulentie factor cag + is een van de belangrijkste risicofactoren. Hoewel deze virulentiefactor een frequentie van -60% in Europese en Amerikaanse bevolking, bereikt het meer dan 90% in de Peruaanse populatie [6]. Ook, terwijl Native American individuen uit geïsoleerde populaties zijn besmet door vooral inheemse stammen die Aziatische stammen lijken, als gevolg van het Pleistoceen Aziatische afkomst van de indianen, individuen die in middelgrote en grote stedelijke centra, zelfs als ze kan een overheersende Indiaanse afkomst hebben, besmet zijn door grotendeels Europese of hybride stammen na de 15e eeuw naar Amerika gebracht. Deze stammen waren grotendeels vervangen minder virulent of krachtig inheemse stammen [7], [8].

Armoede correleert ook met maagdarmkanker [9] en terwijl verhoogde consumptie van verwerkte of gerookt voedsel en zout zijn risicofactoren, frequent inname van verse groenten en fruit is beschermend [10], [11], [12], [13]. Menselijke genetische diversiteit is ook relevant [14]. De waargenomen verschillen in de incidentie van maagkanker wereldwijd kan worden veroorzaakt door omgevingsfactoren of de aanwezigheid van genetische gevoeligheid varianten die frequenter bij populaties met een hoge incidentie van de ziekte, maar de identificatie en discriminatie van deze factoren is een uitdaging. Hoewel gemeenschappelijke gevoeligheid genetische varianten geïdentificeerd in Europese en Chinese bevolking door genoom-brede en kandidaat-gen associatiestudies in genen zoals PLDA
[15], IL1B
[14], IL8
[16], [17], [18], IL1RN
[19], en PTGS2
[20], deze varianten zijn goed voor een klein deel van de genetische variatie in verband met sporadische maagkanker.

Peru, met zijn hoge incidentie van maagkanker, heeft de grootste Indiaanse bevolking in Zuid-Amerika [21] en de grote steden zoals Lima worden bevolkt door mensen ingedeeld als mestizo ( dat wil zeggen, mensen met een vermenging van Afrikanen, Europeanen en indianen). Als er een menselijke genetische basis voor de hoge incidentie van maagkanker in het Andesgebied, verwachten we dat de vermengde bevolking van Lima naar genetische varianten goed voor deze hoge incidentie haven, en als deze varianten kwamen vaker voor in de Native American genetische achtergrond van deze populatie, zou het mogelijk zijn om het genoom-brede strategie vermenging mapping om deze varianten te ontdekken. Vermenging mapping studies hebben onlangs geholpen om varianten geassocieerd met prostaatkanker [22] in de Afro-Amerikaanse bevolking te identificeren, maar deze aanpak is nog niet volledig worden toegepast op de Latijns-Amerikaanse en Latino /Hispanic Amerikaanse bevolking. In deze context, de doelstellingen van deze case-control genetische associatie studie zijn: (i) de etnische samenstelling en de daarmee samenhangende genetische structuur van de patiënten het bijwonen van grote ziekenhuizen in Lima te beoordelen; (Ii) om te testen of de individuele Native American, Europese en Afrikaanse voorgeslachten zijn risicofactoren voor maagkanker, de controle voor het effect van niet-genetische factoren (dat wil zeggen, sociaal-economische, voedings- en klinisch). Sociaal-economische, dieet, en klinische informatie werd verzameld voor elke deelnemer in de studie en afkomst werd geschat op basis van 103 voorgeslacht-informatieve markers (AIMS). We hebben vastgesteld dat hogere Native American individuele afkomst wordt geassocieerd met maagkanker, maar dat sociaal-economische factoren die verband houden met zowel maagkanker en etniciteit account voor deze vereniging. Ondanks de hoge incidentie van maagkanker onder Peruanen met overwegend Indiaanse afkomst, hebben onze resultaten niet wijzen op een duidelijke genetische basis voor deze discrepantie in incidentie. Integendeel, ze suggereren een overheersende rol voor etnisch-geassocieerde sociaal-economische en menselijke ecologische factoren en verschillen in de toegang tot de gezondheidszorg.

Resultaten

We aangeworven personen bijwonen Gastroenterology Divisies en voor een endoscopie in drie voorgeschreven grote ziekenhuizen in Lima (tabel S1). Gevallen waren verwezen voor endoscopie en waarvan biopsieën waren positief voor maagkanker bevestigd door histopathologische analyses volwassenen. De controle groep bestond uit individuen waarvan biopten negatief voor maagkanker. Individuen met intestinale metaplasie (n = 46) werden opgenomen als controles in de veronderstelling dat dit soort metaplasie het risico op maagkanker [23] geen verhoging, [24], [25].

We gebruikten een gevalideerde set van 103 AIMS [26] in te schatten Indiaanse, Europese en Indiaanse afkomst individuele voor elk van de 241 maagkanker gevallen en 300 controles aangeworven voor deze studie. De Principal Component Analysis (PCA, figuur 1) van de individuele genotypes voor onze Peruaanse monsters (met inbegrip van 296 Native Americans) en voor de Europese, Afrikaanse en Mexicaanse individuen uit HapMap-III toont aan dat de doelstellingen gebruikt discrimineren tussen de Afrikaanse, Europese en Peruaanse Native American ouderlijke bevolkingsgroepen, en dat het gemengd Mexicanen (woonachtig in Los Angeles) en de Peruaanse maag gevallen en controles bijwonen Lima ziekenhuizen zijn geplaatst tussen Europeanen en indianen. Bovendien Peruaanse maag gevallen en controles zijn relatief dichter bij de Peruaanse Native American ouderlijke populaties. Hoewel de stedelijke bevolking van Lima wordt beschouwd als mestizo (dat wil zeggen, meestal gemengd), bestudeerde de groepen hierin toonde een zeer hoge Indiaanse afkomst (78,4% van de gevallen en 74,6% voor de controles, Box in figuur 1), met een lage Afrikaanse afkomst (< 5%, figuur S1). Interessant is dat er een positief verband tussen de Indiaanse afkomst en maagkanker (logistische regressie, OR = 3,69, 95% CI van het OR: 1,34-10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), en daarmee een negatieve associatie met de Europese afkomst .

zoals verwacht, variabelen die proxies voor armoede (laag opleidingsniveau, thuis kwaliteitskenmerken zoals het gebruik van lage kwaliteit materialen, gebrek aan goede apparatuur en slechte hygiënische omstandigheden) werden geassocieerd met maagkanker (Tabel 1). Ook sommige-spijsvertering gerelateerde symptomen zoals branden (p < 0,0001), misselijkheid (p < 0,0001), braken (p < 0,0001), en zwaarte (p < 0,0001) kwamen vaker in gevallen dan in de controles, maar deze symptomen zijn waarschijnlijk een gevolg van de ziekte (Tabel 1). De variabele leeftijd was niet normaal verdeeld (p < 0,01, Kolmogorov-Smirnov test), de medianen (en afwijkingen interquartile) voor de controles en de gevallen waren 61 (standaarddeviatie (SD): 21) en 65 (SD: 25), respectievelijk jaar ( p = 0,042, Mann-Whitney test); Daarom werd deze variabele beschouwd als covariaat in verdere logistische regressie-analyses.

We gesynthetiseerd de brede set van niet-genetische variabelen die zijn verzameld in de gevallen en controles met behulp van een multivariate factoranalyse, om de dimensionaliteit van deze 43 niet te verminderen genetische variabelen vastleggen van de correlatie tussen hen (Tabel 1 en Tabel S2). Interessant is dat de eerste factor (16,38% van de totale variantie) overheerst sociaaleconomische variabelen maar bevat een subset van gecorreleerde variabelen voedingswaarde, hogere waarden van de factor die overeenkomt met rijkere omstandigheden. De tweede factor (5,95% van de totale variantie) omvat subsets sociaal-economische en nutritionele variabelen, alsmede klachten, zoals pijn. De derde factor (5,26% van de totale variantie) wordt gedomineerd door digestieve symptomen. We gebruikten de afzonderlijke coördinaten voor elk van deze drie factoren om de oorspronkelijke set van 43 synthetische variabelen vertegenwoordigen. Zowel de eerste "sociaal-economische" factor en de tweede factor geassocieerd met maagkanker (OR = 0,68, p = 0,0002 en OR = 0,7, p = 0,0008, respectievelijk) en met etniciteit (p = 0,02 en p = 0,00003 respectievelijk, waarbij hogere waarden van de factor corresponderen met betere sociaal-economische omstandigheden). De derde "spijsverteringssymptomen" factor geassocieerd met maagkanker (OR = 2,16, p < 0,0001).

De waargenomen associatie tussen Indiaanse afkomst en maagkanker kan te wijten zijn aan het effect van verstorende sociaal-economische of nutritionele variabelen geassocieerd met zowel maagkanker en afkomst. Het is algemeen bekend dat een hoge inheemse Amerikaanse of Afrikaanse afkomst wordt geassocieerd met armoede in vele steden in Amerika (zie ook [27]). Consequent, we hebben geconstateerd dat de Indiaanse afkomst wordt geassocieerd met variabelen die zijn indicatoren van armoede (waarvan vele werden ook geassocieerd met maagkanker) evenals hun synthetische "sociaal-economische" eerste factor van de multivariate analyse (tabel 1). Toen we gecontroleerd voor alle covariaten (dat wil zeggen, de drie factoren van de multivariate analyse en leeftijd), de associatie tussen maagkanker en Indiaanse afkomst niet (blijven OR = 1,28, 95% CI van het OR: 0,37-4,47, p = 0,69). Ook wanneer we afzonderlijk gecontroleerd voor de invloed van sociaal-economische omstandigheden (de eerste factor de multivariate analyse) of leeftijd, het verband tussen maagkanker en Indiaanse afkomst evenmin (aanhouden OR = 2,58, 95% Cl van de OR: 0,83 -8,07 voor factor 1 en OR = 1,01, 95% CI van de OR. 0,99-1,02 voor de leeftijd)

Discussie

We hebben een case-control studie in de stedelijke bevolking van gemengd Lima (Peru) en bepaald dat Native American individuele afkomst wordt geassocieerd met maagkanker. Echter, deze associatie lijkt voornamelijk te wijten aan de vereniging van sociaal-economische variabelen beide met maagkanker en Indiaanse afkomst te zijn. Consequent, hoewel de associatie van afkomst met maagkanker is significant (p = 0,011), voorgeslacht verklaart slechts 1,6% van de variantie in de status van de ziekte. Bij niet-genetische covariaten opgenomen, hun gezamenlijk effect voorgeslacht verklaart 22,3% van de variantie in ziektestatus. Daarom is de hoge incidentie van maagkanker in Peru [1], [28] lijkt niet te wijten aan de aanwezigheid van gemeenschappelijke gevoeligheid genetische varianten vaker in Indiaanse bevolking, maar een combinatie van sociaal-economische factoren aanwezig in deze populatie . Echter, verdere studies met grotere steekproefomvang nodig zijn op die dag te verkennen, aangezien de bevoegdheid om de voorgeschiedenis van genetische effecten op te sporen in de huidige studie was beperkt. Dit resultaat is consistent met de relatieve afname van maagkanker incidentie in de Verenigde Staten gedurende de laatste decennia, als gevolg van de verbetering van sociaal-economische omstandigheden [29].

Exacte voorgeslacht schattingen afhankelijk van verschillende zaken. De eerste is het aantal en de aard van de markers gebruikt om vermenging te schatten. De 103 AIMS gebruikt in deze studie bevat voldoende informatie om aanvaardbare hulpstof schattingen [26], [30] produceren. Galanter et al. Ook bleek dat een panel van meer dan 88 AIMS bevat voldoende informatie om individuele mengsel schatten nauwkeurig [31]. Een tweede doordringende methodologische kwestie bij het schatten van vermenging is de moeilijkheid in het gebruik van gegevens uit de meest representatieve ouderlijke Afrikaanse, Europese en Indiaanse bevolking van het gemengd groep. In dit geval, inclusief wij als proxy voor het ouderlijk bevolkingsgroepen Europese en Afrikaanse personen uit de HapMap project, en een set van de Peruaanse indianen uit de Peruaanse Andes en de aangrenzende Oost-gebieden. Hoewel deze keuze niet optimaal is, de 103 SNPs gebruikt, waarbij AIMS, beperkt dit probleem omdat hun frequenties zijn erg verschillend tussen de ouderlijke etnische groepen en zeer homogene daarbinnen [26]. Zo is het gebruik van merkers met deze kenmerken maakt de resultaten robuust de keuze van suboptimale ouderlijke populaties. Ten derde, verschillende methoden in te schatten individuele vermenging kan enigszins verschillende resultaten te produceren, zelfs uitgaande van dezelfde dataset. Om de robuustheid van onze vermenging testresultaten met betrekking tot het mengsel schattingsmethodes, opnieuw geanalyseerd we de gegevens volgens de volgende meest waarschijnlijke benaderingen door Tang et al voorgesteld. [32] en uitgevoerd in de software Frappe en de methode van Alexander et al. geïmplementeerd in software Toevoegsel v. 1,2 [33]. De drie methoden geproduceerde sterk gecorreleerd resultaten (figuur S2) en hetzelfde patroon van associatie met maagkanker (gegevens niet getoond).

Peruvian personen geboren op het platteland hebben meer Indiaanse afkomst gemiddeld doen dan inwoners van grote stadscentra (tabel 1). In een case-control studie, kunnen gevallen zijn vaak voorzien van personen met meer Indiaanse afkomst, omdat ze worden genoemd, van kleine landelijke gezondheidscentra van grote stedelijke ziekenhuizen om betere gezondheidszorg te ontvangen. Deze verwijzing patroon heeft minder effect op de controles, en daarom kan een valse vereniging van Indiaanse afkomst met de ziekte te maken. Echter, noteerden we geboorteplaatsen voor alle deelnemers aan de studie, en daarmee gecontroleerde dit potentieel verstorende factor: als we de plaats van geboorte (Lima versus platteland) als een covariaat in de logistische regressie, de vereniging van Indiaanse afkomst met maagkanker opgenomen hield, ofschoon met een lagere significantie (p = 0,05 vs. p = 0,011). We concluderen dat de associatie tussen maagkanker en afkomst is niet een artefact van de verwijzingen van het platteland personen met een hoge Indiaanse afkomst aan onze studie ziekenhuizen. Dit resultaat onderstreept het belang van het verzamelen van de geboorteplaats en woonplaats gegevens voor genetische associatiestudies met ziekten in Latijns-Amerika en andere regio's waar de meeste Europese kolonisatie en vermenging vond plaats in steden, en nog veel meer autochtone individuen overheersen in landelijke gebieden, zoals in Melanesië en Zuid-Afrika .

In deze studie hebben we opgenomen als controles individuen met intestinale metaplasie (n = 46), ervan uitgaande dat dit niet het risico op maagkanker [23] doen toenemen, [24], [25]. Echter, is deze veronderstelling niet onomstotelijk [34]. Wanneer wij als alternatief aannemen drie ordinale categorieën van ziekterisico (dat wil zeggen, mensen zonder intestinale metaplasie, met intestinale metaplasie, en maagkanker), deze vooruitgang, beoordeeld door een ordinale logistische regressie wordt ook geassocieerd met Indiaanse afkomst (OR = 2,83, 95 % Cl van de OR: 1,10-7,29, p = 0,031), maar nogmaals, deze vereniging blijven bij de besturing voor covariaten (factor 1, 2 en 3 en leeftijd) (OR = 1,08, 95% Cl van de OR : 0,35-3,34, p = 0,897). Zo hoeft de resultaten niet afhankelijk van de opname van intestinale metaplasie individuen als controle.

Er is een probleem in onze experimentele opzet is dat de controles werden geselecteerd als symptomatische individuen bijwonen van een gastro-enterologie service, een endoscopie en de meeste van hen met het ondergaan gastrische lesie: 6 met histologisch normaal maagslijmvlies, 248 met gastritis en met 46 metaplasie. Men zou kunnen stellen dat de optimale controle zou bestaan ​​alleen door individuen met een normale maagslijmvlies. Echter alleen via een endoscopie is het mogelijk om nauwkeurig bepalen van de afwezigheid van gastrische lesies en uitvoeren van een endoscopie research doeleinden, niet plaatsvinden gastrische symptomen is niet langer ethisch aanvaardbaar. Anderzijds, gebruikt als controles individuen uit de algemene populatie die endoscopie ondergingen niet noodzakelijkerwijs een betere keuze, aangezien deze strategie zou zijn opgenomen als controles personen met undetected gastritis [35] en dergelijke letsels. Daarom zijn wij van mening dat onze controles zijn de betere operationele keuze voor dit onderzoek, omdat ze mensen het bijwonen van de gastro-enterologie dezelfde diensten als de zaken, en omdat zij een endoscopie hebben ondergaan, we nauwkeurig de status van hun maagslijmvlies weten. Ook in Latijns Amerika is er een aanzienlijke mate van populatie stratificatie door sociaal-economische niveau voorgeslacht, die gecorreleerd in grote stedelijke centra in Latijns-Amerika (naast deze studie Zie Avena et al. 2012 [30] voor een voorbeeld Buenos Aires en Campbell et al., 2012 [27]). Door te kiezen voor controles onder bedienden van hetzelfde ziekenhuis dan gevallen, we beperken deze andere potentiële bron van de bevolking stratificatie tussen patiënten en controles

In deze studie rapporteren we een verrassend hoge Indiaanse afkomst (> 74%). Beide in controles en gevallen het bijwonen van de openbare ziekenhuizen van de inmiddels kosmopolitische stad Lima, de hoofdstad, dat was ook de hoofdstad van de Spanjaard Onderkoninkrijk Peru voor vijf eeuwen en dus, het centrum van de Spanjaard koloniale macht. Grote steden in Ecuador, Peru, Bolivia en Noord-Argentinië gastheer bevolkingsgroepen wier gebruikelijke culturele identificatie als mestizo
waarschijnlijk voorbij aan hun grote Indiaanse genetische achtergrond. Deze stedelijke bevolking worden vaak bevolkt door immigranten uit landelijke gebieden. Onze resultaten suggereren dat de grote steden van West-Zuid-Amerika hosten miljoenen individuen van overwegend Indiaanse genetische achtergrond. Hedendaagse internationale Zuid-to-Noord migraties uit Zuid-Amerikaanse steden van het Andesgebied worden ook de verspreiding van de genetische achtergrond van de Amerikaanse Indianen over de hele wereld, en de verwachting is dat de bijna een miljoen Verenigde Staten immigranten afkomstig uit de Andes-landen [36] hebben een hoog niveau van Native American achtergrond. Het zou niet verrassend zijn als deze populaties, geclassificeerd als "Hispano /Latino" in de Verenigde Staten, had meer Indiaanse afkomst dan US individuen geclassificeerd als Native American.

Tot slot hebben we aangetoond dat in de stedelijke bevolking vermengd van Lima, wordt Native American individuele afkomst in verband met maagkanker, maar dit is te verklaren door de vereniging van sociaal-economische variabelen met zowel maagkanker en Indiaanse afkomst. Ondanks de hoge incidentie van maagkanker in de Peruaanse bevolking met een zeer hoge Indiaanse afkomst, ons resultaat toont aan dat deze epidemiologische waarneming is niet afhankelijk van een genetische basis, hetgeen duidt op een overheersende rol voor de sociaal-economische factoren en verschillen in de toegang tot de gezondheidszorg. Wij rapporteren een verrassend hoge Indiaanse afkomst (> 74%) bij personen bijwonen van ziekenhuizen uit de nu kosmopolitische stad Lima. Aangezien indianen zijn een verwaarloosde groep in genomische studies, stellen we voor dat de bevolking van Lima en andere grote steden in West-Zuid-Amerika kan handig zijn doelwit van epidemiologische studies gericht op de Indiaanse bevolking. Uitoefening van deze laan van het onderzoek in grotere studies vervolgens zal beginnen om de kloof [37] in de genetische studies en hun potentiële voordelen tussen de Europese burgers en die van andere over het algemeen minder goed bereikbaar populatie sluiten.

Materialen en methoden

onderwerpen

Voor deze studie we in eerste instantie gerekruteerd 576 personen bijwonen Gastroenterologie afdelingen van de volgende drie ziekenhuizen in Lima, tussen 2006 en 2009: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (zowel door de overheid heerste), en de -kanker gespecialiseerde Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Elke deelnemer antwoordde een vragenlijst op te nemen leeftijd, geslacht, geboorteplaats en woonplaats, en andere sociaal-economische, voedings- en klinische informatie (tabel 1). Gevallen waren verwezen voor endoscopie en waarvan biopsieën waren positief voor maagkanker bevestigd door histopathologische analyse volwassenen. De controlegroep werd ook samengesteld uit volwassen individuen verwezen voor endoscopie, maar waarvan de biopten bleek negatief voor maagkanker. Personen met premaligne laesies zoals dysplasie (n = 3) of aanwezigheid van andere dan maagkanker maag tumoren (n = 16) werden uitgesloten van de studie. Personen met intestinale metaplasie (n = 46) werden opgenomen als controles (zie Discussie). Het uiteindelijke aantal van de onderwerpen die te testen in de associatie studie was 241 maagkanker gevallen en 300 controles.

We hebben ook verzamelde monsters uit 296 Native American individuen die werden gebruikt als ouderlijke populaties afstamming van de maagkanker gevallen schatten en controles. Deze omvatten 23 boeren uit Pichacani (Puno), die behoren tot de belangrijkste Andes-Quechua etnische groep, evenals 87 Shimaa en 186 Ashaninka uit de Matsiguenga etnische groep, vestigde zich tussen de Andes en het Amazonegebied. Voor maagkanker patiënten en controles en voor de indianen geëxtraheerd werden genomische DNA met de fenol- chlorophorm beschreven door Sambrook et al. met aanpassingen of de Gentra Puregene bloed (Qiagen, USA) [38]. Dit onderzoek werd goedgekeurd door IRBs van Asociación Benefica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, de Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Gerais, Ziekenhuis Arzobispo Loayza, Ziekenhuis Dos de Mayo en het Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Alle deelnemers aan het onderzoek mits schriftelijke toestemming.

Voorouders informatieve markers (AIMS) en genotypering

Om etniciteit te schatten voor elk van de proefpersonen, we genotype 106 SNP's die informatief zijn voor de Afrikaanse, Europese en Indiaanse afkomst [26]. De genotypering werd uitgevoerd bij het Biomedical Genomic Center van het Children's Hospital Oakland Research Institute (University of Minnesota, MN, USA), met behulp van de Sequenom IPLEX platform (San Diego, CA, USA). In het kort is het gebaseerd op een alleel-specifieke primerverlenging vervolgens afscheiding van alternatieve allelen door massaspectrometrie. De genotypering betrokken vier multiplex assays, drie met 26 SNPs en één met 28 SNP's. Voordat genotypering, DNA monsters onderging een kwaliteitscontrole (QC) procedure bestond uit: (1) een niet-allelische kwantitatieve PCR analyse die de hoeveelheid PCR amplificeerbaar DNA en (2) een eindpunt lezing meet van een Taqman SNP genotypering assay (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA) die, naast het verschaffen van een tweede beoordeling van het vermogen van PCR om elk monster te amplificeren, is een gevoelige indicator van monster tot monster kruisbesmetting. Nadat we de SNPs rs30125 en rs888861, die een call rate <toonde verwijderd, 95%, de gemiddelde gespreksduur tarief voor de SNPs was 99,7%. Van de 106 merkers, 104 robuust gegenereerd beltarieven ten minste 95% van de monsters, maar de SNP rs2592888 er geen genotypen openbaar voor HapMap populaties en de SNP werd uitgesloten van verdere analyse. Zo gebruikten we genotypes voor 103 SNPs om vermenging (zie tabel S3 voor de volledige lijst, met hun allel frequenties in de studie populaties).

Voorouders schat

We geraamd individuele afkomst met de schatten volgende drie ouderlijke samengestelde groepen van niet-verwante individuen: (1) West-Afrikaanse Yoruba uit Nigeria (YRI - 118 individuen uit de HapMap II /III-project); (2) Utah personen met Europese afkomst verkrijgbaar bij de Centre d'Etude du polymorfise Humain-
CEPH collectie (CEU - 60 personen uit de HapMap II Project) en (3) 296 Peruaanse indianen door onze groep verzameld . De genotypes voor de Afrikanen en Europeanen werden verkregen uit het publiek HapMap databank [39], terwijl de indianen werd het genotype voor deze studie.

We schatten de individuele afkomst en haar 90% geloofwaardigheid interval met behulp van de methode geïmplementeerd in de programma Structuur 2.3.3 [40], [41]. Het past een Bayesiaanse kans model van de bevolking van de structuur en de vermenging met behulp van een Markov Chain Monte Carlo (MCMC) procedure, het schatten van de bijdrage van K ouderlijke bevolking om de genomen van individuen uit de gemengd bevolking. We zijn ervan uitgegaan dat de HapMap YRI en CEU en onze Native American monsters werden vertegenwoordiger van de ouderlijke bevolking en dat de maagkanker patiënten en controles uit Lima waren gemengd individuen. Voor deze data set, elke structuur run hadden 50.000 burn-in stappen, gevolgd door 250.000 MCMC stappen, en werd driemaal herhaald om te controleren op de robuustheid van de resultaten. Deze lengte van de vlucht en de controleprocedure uit te sluiten de ongewenste ontbreken van convergentie van de Markov Chains, dat gebeurt wanneer de procedure voor de ruimte van model parameters niet goed te verkennen. Alle proeven werden uitgevoerd uitgaande van drie clusters (K = 3), werd lambda ingesteld op 1,0 en α parameters werden geschat voor elk van de drie clusters, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 en we niet a priori informatie over de individuen uit gebruiken ouderlijke bevolking naar de clustering (USEPOPINFO = 0) bij te staan.

Statistische analyse

om de genetische structuur van onze monsters in het kader van de ouderlijke diversiteit bevolking vertegenwoordigen, voerden we principal component analysis (PCA) individuele genotypen (figuur 1), zoals geïmplementeerd in de software Adegenet en Ade4 O milieu [42], [43]. Wij gebruikten ook Ade4 een clustering methode gebaseerd op de PCA tweedimensionale representatie van individuen en hun populatie zwaartepunt, ontwerpen tweedimensionale ellipsen dispersie toegepast. In aanvulling op geslacht, leeftijd en zelf-gerapporteerde etniciteit, een brede set van sociaal-economische, voedings- en klinische informatie werd verzameld, waaronder burgerlijke staat, geboorteplaats, opleidingsniveau, huishoudelijke omstandigheden, eetgewoonten, frequentie van de consumptie van fruit, groenten, vlees en gevogelte, infusies, evenals gastrische symptomen. Deze informatie werd georganiseerd in binaire, ordinale, of categorische variabelen, zoals beschreven in Tabel S4). We uitgesloten variabelen die meer dan 10% ontbrekende gegevens had, en een laatste set van 43 variabelen werden opgenomen in de daaropvolgende analyses. Om de dimensionaliteit van deze set van persoonlijke, sociaal-economische, voedings- en klinische niet-genetische variabelen te verminderen hebben we een multivariate factor analyses met behulp van het statistisch pakket voor de Social Sciences (SPSS) software (SPSS 19 voor Windows, SPSS Inc, Chicago, IL , VERENIGDE STATEN VAN AMERIKA). De factoranalyse synthetiseert de variantie van de oorspronkelijke reeks variabelen in een gespecificeerde kleine aantal getransformeerde variabelen (in dit geval 3), genaamd factoren. Elke factor vangt gecorreleerde gegevens over de oorspronkelijke gegevensreeks maar de factoren ongecorreleerd waaronder [44].

De associatie tussen deze niet-genetische variabelen of haar vertegenwoordiging verkregen door multivariate factor testen analyses maagkanker (a binary

• PLoS ONE: High γ-straling gevoeligheid is geassocieerd met een verhoogd risico maagkanker in een Chinese Han Bevolking: A Case-Control Analysis
• PLoS ONE: een meta-analyse van interleukine-10 -592 Promoter polymorfisme geassocieerd met maagkanker Risk