PLoS ONE: Socioekonomski i Nutritivni čimbenici račun za Udruge rak želuca s indijanskog podrijetla u Latinskoj Americi koji pomiješan Population

Sažetak pregled

karcinoma želuca je jedan od najsmrtonosnijih vrsta raka i njezina učestalost varira u svijetu, s andske regije Južne Amerike pokazuju visoke stope incidencije. Istraživali smo genetsku strukturu stanovništva iz Lima (Peru) i izvodi studije u case-control genetski udruge za testiranje doprinos afričkih, europskih, ili indijanske pretke na rizik za rak želuca, kontrolu za učinak ne-genetskih čimbenika , Široki set socioekonomskog, prehrani i klinike informacija je prikupljen za svakog sudionika u istraživanju i porijeklo procijenjen je na temelju 103 porijeklu informativnih oznaka. Iako je gradsko stanovništvo iz Lima se obično smatra kao Mestizo (tj pomiješan s Afrikancima, Europljana i Indijanaca), bilježimo veliki dio indijanske pretke (78,4% u slučajevima i 74,6% za kontrolu) i vrlo niska afričkog podrijetla (< 5%). Utvrdili smo da je veća Indijanci pojedinac porijeklo je povezana s rakom želuca, ali socioekonomskih čimbenika povezanih s obje raka želuca i indijanske nacionalnosti račun za te udruge. Stoga je velika učestalost raka želuca u Peruu se ne čini da se odnose na osjetljivosti alela uobičajene u ovoj populaciji. Umjesto toga, naši rezultati pokazuju dominantnu ulogu etničkih povezane socioekonomskih čimbenika i razlike u pristupu zdravstvenim uslugama. Budući da Indijanci su zanemarena skupina u genomskih istraživanja, predlažemo da se stanovništvo iz Lima i drugih velikih gradova iz Zapadne Južne Amerike s visokim indijanske pretke pozadini može biti zgodan mete za epidemiološke studije usmjerene na te etničke skupine. Pregled

Izvor: Pereira L Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Socioekonomski i Nutritivni čimbenici račun za Udruge rak želuca s indijanskog podrijetla u Latinskoj American umiješa stanovništva. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10,1371 /journal.pone.0041200 pregled

Urednik: Zongli Xu, Nacionalni institut za zaštitu okoliša Health Sciences, United States of America pregled

Primljeno: 1. ožujka 2012; Prihvaćeno: 18. lipnja 2012; Objavljeno: 3. kolovoz 2012 pregled

Ovo je otvorenog pristupa članak, slobodna od svih autorskih prava, a može slobodno reproducirati, distribuirati, prenositi, mijenjati, izgrađena na, ili na drugi način koristiti bilo tko za bilo koju zakonitu svrhu. Rad je dostupan pod licencijom Creative Commons CC0 javne domene predano pregled

Financiranje:. Fogarty Međunarodni centar i Nacionalni institut za rak (5R01TW007894) financirala ovu studiju. Istraživanje i njegovi sudionici dobili sredstva i stipendije iz sljedećih brazilske agencije: Brazilski National Research Council, Ministarstvo prosvjete, Ministarstvo zdravstva (PNPD-Saúde program), a Minas Gerais Državne agencije Reaearch. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

rak želuca je jedan od najsmrtonosnijih vrsta raka, što čini oko 800.000 smrtnih slučajeva godišnje, ali njegova pojava značajno varira u svijetu [1]. Najviša incidencija karcinoma želuca zabilježen je u istočnoj Aziji, Istočnoj Europi, te andske regije Južne Amerike. Doista, u peruanskim populaciji, rak želuca nalazi na drugom mjestu učestalosti kod muškaraca i treća među ženama (22,6 i 20 slučajeva na 100.000 muškaraca i žena, respektivno), kao vrsta raka s najvišim mortalitetom. Za usporedbu, učestalost raka želuca u Peruu je otprilike pet puta veća nego u SAD-u i dva puta ono u Brazilu [1]. Pregled

Recavarren-Arce i sur. i Correa predložio progresija model za razvoj crijevne tipa želučanog adenokarcinoma, koji se sastoje od prijelaza iz površnog gastritisa do metaplazije na displaziju i konačno, želučani adenokarcinom [2], [3]. Preobilje socio-ekonomskih, ekoloških i prehrambenih čimbenika modulirati ovo napredovanje i individualni rizik u konačnici razvoj karcinoma želuca. Kronična infekcija želuca od strane bakterija Helicobacter pylori
dovodi do kronične upale je jedan od glavnih faktora pripisati rizik [4], iako je manje od 2% H. pylori pregled nosači razvoj raka želuca [5]. Helicobacter pylori pregled raznolikost također utječe na rizik od domaćina raka želuca, a prisutnost bakterijske virulencije faktora CAG + je jedan od najvažnijih faktora rizika. Iako je to zloba faktor ima frekvenciju od oko 60% u europskim i američkim stanovništvom, ona dostiže više od 90% u peruanskoj stanovništva [6]. Također, dok su Indijanci pojedinci iz izoliranih populacija zaraženi uglavnom autohtonih sojeva koji nalikuju azijski sojevi, zbog pleistocenu azijskog porijekla Indijanaca, pojedinci koji žive u srednjim i velikim urbanim centrima, čak i ako oni mogu imati dominantnu Indijanci podrijetlo, su zaraženi uglavnom europskim ili hibridnih sojeva donijeli u Ameriku nakon 15. stoljeća. Ovi sojevi uglavnom je zamijenjen manje opasna, ili snažne autohtoni sojevi [7], [8]. Pregled

Siromaštvo je također u korelaciji sa želučanom adenokarcinom [9] i dok je povišena konzumacija obrađenog ili dimljeni hranu i sol su faktori rizika, česte unos svježeg voća i povrća je zaštitni [10], [11], [12], [13]. Ljudska genetska raznolikost je jednako relevantno [14]. Uočene razlike u učestalosti karcinoma želuca u svijetu može biti zbog čimbenika okoliša ili na prisutnost varijante osjetljivosti genetske koji su češći u osoba sa visokom incidencijom bolesti, ali identifikacija i diskriminacija tih faktora je izazovan. Iako je uobičajeno osjetljivosti genetske varijante su identificirani u europskim i kineskim populacije od genoma-širok i kandidat-gena udruge studija u genima kao što su PLCE pregled [15], IL1B pregled [14], IL8 pregled [16], [17], [18], IL1RN pregled [19], i PTGS2 pregled [20], te varijante čine mali dio od genetska varijanca povezan sa sporadičnim raka želuca. pregled

Peru, s visoka učestalost karcinoma želuca, ima najveći Indijanci stanovništva u Južnoj Americi [21] i velikih gradova, kao što su Lima se naseljavaju ljudi koji su klasificirani kao Mestizo ( odnosno, osobe s smjesi od Afrikanaca, Europljana i Indijanaca). Ako je ljudska genetska osnova za visoku učestalost raka želuca u andske regije, očekujemo da se pomiješa stanovništva iz Lima sklanjanje genetske varijante računovodstvo za ovu visoku učestalost, te ako te varijante su češći u indijanskoj genetsku pozadinu ova populacija, to bi bilo moguće koristiti genoma širom strategiju smjese mapiranje otkriti ove varijante. Dodavanjem mapping studije nedavno su pomogli identificirati varijante povezane s rakom prostate [22] u afroameričkih populacija, ali ovaj pristup je još da se u potpunosti primijeniti na Latinske Amerike ili Latino /latino američke populacije. U tom kontekstu, ciljevi ovog case-control studija genetski udruge su: (i) za procjenu etnički sastav i povezanu genetsku strukturu pacijenata koji pohađaju velike bolnice u Limi; (Ii) za testiranje, ako pojedinac Indijanci, europski i afrički ancestries su faktori rizika za rak želuca, kontrolu za učinak ne-genetskih čimbenika (npr socioekonomski, prehrambene i klinička). Socioekonomski, prehrani i klinički podaci dobiveni za svakog sudionika u istraživanju i porijeklo procijenjen je na temelju 103 precima-informativni markera (ciljevi). Utvrdili smo da je veća Indijanci pojedinac porijeklo je povezana s rakom želuca, ali da socioekonomski čimbenici povezani kako s rakom želuca i nacionalnosti račun za te udruge. Unatoč visokoj učestalosti raka želuca među Peruanci s pretežno indijanske pretke, naši rezultati ne ukazuju na jasnu genetske osnove za ovu razliku u učestalosti. Umjesto toga, oni ukazuju na dominantnu ulogu etničkih povezane socioekonomski i ljudskih ekoloških čimbenika i razlike u pristupu zdravstvenim uslugama. Pregled

Rezultati

regrutiraju smo pojedince koji pohađaju Gastroenterologija odjeljenja i propisao za endoskopiju u tri velike bolnice u Lima (tablica S1). Slučajevi su odrasli iz za endoskopiju i čiji biopsije su potvrdili pozitivno za rak želuca od patohistološke analize. Kontrolna skupina je sastavljena od pojedinaca čija biopsije su bile negativne za raka želuca. Pojedinci s intestinalne metaplazije (n = 46) uključene su kao kontrola na pretpostavci da je ova vrsta metaplazije se ne povećavaju rizik od razvoja želučanog raka [23], [24], [25]. Pregled

Mi smo koristili validirane set od 103 ciljevima [26] za procjenu Indijanac, europske i Indijanci individualni preci za svaku od 241 slučajeva raka želuca i 300 kontrola regrutirani za ovu studiju. Analize glavnih komponenata (PCA, slika 1) pojedinih genotipova za naše peruanski uzoraka (uključujući i 296 Indijanaca), a za europske, afričke i meksičkih pojedinaca iz HapMap-III pokazuju da ciljevi koji se koriste prave razliku između Afrike, Europe i peruanskim Indijanci roditeljske populacije, te da primiješanim Meksikanaca (resident u Los Angelesu) i peruanskim želučane predmetima i kontrola prisutnih Lima bolnice su smješteni između Europljana i Indijanaca. Štoviše, peruanska želučani slučajevi i kontrole su relativno bliže peruanskim indijanskih roditeljskim populacija. Iako je gradsko stanovništvo iz Lima smatra Mestizo (tj obično pomiješan), grupe ovdje studirao je pokazao vrlo visok Indijanci podrijetlo (78,4% za slučajeve i 74,6% za kontrolama, kutija na slici 1), s niskim afričkog podrijetla (< 5%, Slika S1). Zanimljivo je da postoji pozitivna povezanost između indijanskih predaka i karcinoma želuca (logističke regresije, OR = 3,69, 95% CI od ili: 1.34-10.09, p = 0,011, R2 = 0,016), a time i negativna povezanost s Europskom podrijetla . pregled

kao što se i očekivalo, varijable koje su zastupnici za siromaštvo (niska razina obrazovanja, karakteristike kvalitete kući kao što je korištenje niske kvalitete materijala, nedostatak dobrih pomagala i loših sanitarnih uvjeta) su povezani s rakom želuca (tablica 1). Također, neki probavni povezanih simptoma kao što su gori (p 0,0001), mučnina (p 0,0001), povraćanje (p < 0.0001) i težine (p < 0.0001) bili su češći u slučajevima nego u kontrolama, ali ovi simptomi su vjerojatno je posljedica bolesti (tablica 1). Varijabla dob nije normalno distribuirane (p < 0,01, Kolmogorov-Smirnov test), a medijani (i odstupanje interquartile) za kontrole i slučajevi bili 61 (standardna devijacija (SD): 21) i 65 (SD 25) godina, odnosno ( p = 0,042, Mann-Whitney test); Stoga, ta varijabla se smatra kao kovarijanta daljnjeg logističke regresijske analize. pregled

sintetizirali smo širok skup negenetskim varijabli prikupljeni u slučajevima i kontrole za upotrebu multivarijantne faktora analize, smanjiti dimenzionalnost ovih 43 ne- genetski varijable po hvatanje korelaciju među njima (Tablica 1 i Tablica S2). Zanimljivo je da je prvi faktor (16.38% ukupne varijance) dominira socioekonomskih varijabli, ali uključuje podskup korelirani prehrambenih varijabli, veće vrijednosti faktora odgovara bogatijih uvjetima. Drugi faktor (5,95% od ukupne varijance) ima podskupove socioekonomskih i prehrambenih varijabli, kao i prigovore, kao što je bol. Treći faktor (5.26% od ukupne varijance) dominiraju simptomi probavnog vezane. Koristili smo pojedine koordinate za svaki od ova tri faktora za sintetički predstavljaju originalni set od 43 varijabli. I prvi "socioekonomski" faktor, a drugi faktor su povezani s rakom želuca (OR = 0,68, p = 0,0002 i OR = 0,7, p = 0,0008, odnosno) i sa etniciteta (p = 0,02 ip = 0,00003, odnosno, gdje je veće vrijednosti faktora odgovaraju boljim socioekonomskim uvjetima). Treći "probavni simptomi" faktor povezan je s rakom želuca (OR = 2,16, p 0,0001). Pregled

Promatrana povezanost između indijanskih predaka i raka želuca može biti posljedica učinka zbunjujućih socioekonomskih i prehrambenih varijabli povezana i sa rakom želuca i podrijetla. Poznato je da visoke Indijanci ili afričkog podrijetla je povezana sa siromaštvom u mnogim populacijama u Americi (vidi također [27]). Dosljedno, primijetili smo da Indijanci podrijetlo povezano je s varijablama koje su pokazatelji siromaštva (od kojih su mnogi također su povezani s rakom želuca), kao i njihove sintetske "socioekonomskog" prvi faktor multivarijatne analize (Tablica 1). Kada smo pod kontrolom za sve kovarijanata (tj, tri čimbenika multivarijatne analize i dobi), povezanost između raka želuca i indijanskih predaka ne traju (OR = 1,28, 95% CI od ili: 0.37-4.47, p = 0,69). Isto tako, kada smo posebno kontrolirano učinka socioekonomskim uvjetima (prvi faktor multivarijatne analize) ili dob, povezanost između raka želuca i indijanske pretke i ne traju (OR = 2,58, 95% CI od ili: 0,83 -8,07 za faktor 1 i OR = 1,01, 95% CI od ili:. 0.99-1.02 za dob) pregled

Rasprava pregled

Izvršili smo case-control studija u urbanoj primješanim stanovništva iz Lima (Peru), a utvrđeno je da Indijanci pojedinac porijeklo je povezana s rakom želuca. Međutim, ova povezanost čini u prvom redu biti zbog organizaciji socioekonomskih varijabli kako s rakom želuca i sa indijansko podrijetlo. Dosljedno, iako je udruga podrijetla s rakom želuca je značajna (p = 0,011), porijeklo samo objašnjava 1,6% varijance u stanju bolesti. Kada su uključene negenetskim kovarijable, njihov zajednički učinak sa precima objašnjava 22,3% varijance u stanju bolesti. Stoga je velika učestalost raka želuca u Peruu [1], [28] ne čini da se zbog prisutnosti zajedničkog osjetljivosti genetskih varijanti češće u populacijama Indijanaca, nego u kombinaciji socioekonomskih čimbenika prisutnih u ovoj populaciji , Međutim, daljnje studije s većim veličinama uzorka su potrebne za istraživanje ovog opažanje, jer je moć da otkrije porijeklo genetske učinke bio je ograničen u studiji. Ovaj rezultat je u skladu s relativnim smanjenjem incidencije raka želuca u SAD-u tijekom posljednjih desetljeća, s obzirom na poboljšanje socio-ekonomskih uvjeta [29]. Pregled

Točnost podrijetla procjene ovisi o nekoliko pitanja. Prvi je broj i priroda markera korištenih za procjenu primjesu. 103 ciljevima koji se koriste u ovom istraživanju sadrži dovoljno informacija za proizvodnju prihvatljive miješanje odrediti procjene [26], [30]. Galanter et al. su također pokazali da je ploča s više od 88 ciljevima sadrži dovoljno informacija za procjenu individualnog smjesi s točnošću [31]. Druga raširena metodološki problem u procjeni primjesu je poteškoća u korištenju podataka iz najreprezentativnijih roditeljskih Afrike, Europe i indijanskih populacija iz primješanim grupe. U tom slučaju, uključeni smo, kao zamjena za roditeljske populacije europskih i afričkih pojedinaca iz HapMap projekta, te niz peruanskih Indijanaca iz peruanskim Andama i susjednim istočnim područjima. Dok je ovaj izbor ne mora biti optimalna, a 103 SNP koristi, budući da ima za cilj, ublažiti taj problem jer su njihove frekvencije su vrlo različiti među roditeljskih etničkim skupinama i vrlo homogena u njima [26]. Dakle, korištenje markera s tim karakteristikama čini naše rezultate robustan izboru nepovoljnim roditeljskih populacija. Treće, različite metode za procjenu pojedinca primjesa može proizvesti neznatno različite rezultate čak i polazeći od istog skupa podataka. Na test robusnosti naših smjesi rezultata u odnosu na načine procjene primjesa, reanalyzed smo podatke pomoću alternativne najvećom vjerojatnošću pristupa predložio Tang et al. [32], a provodi se u softverskom frape, a metoda koju Alexander et al. implementiran u softveru smjesi v. 1.2 [33]. Tri metode koje proizvodi visoko korelirana rezultata (Slika S2), a isti obrazac povezanosti s rakom želuca (podaci nisu prikazani). Pregled

Peruanski pojedinci rođeni na selu imaju više Indijanci preci u prosjeku nego napraviti stanovnici velikih urbana središta (Tablica 1). U case-control studiji, slučajevi mogu često uključuju osobe s više indijanske pretke jer su iz iz malih sela domovima zdravlja na velikim urbanim bolnicama za primanje bolju zdravstvenu zaštitu. Ovo upućivanje uzorak ima manji učinak na kontrolu, i stoga može stvoriti neželjeno društvo indijanske pretke s bolešću. Međutim, zabilježili smo mjesta rođenja za sve sudionike istraživanja, a time i kontrolira taj potencijalni zapanjujuće faktor: kad smo uključili mjesto rođenja (Lima vs prirodi) kao kovarijata u logističke regresije, u organizaciji indijanske pretke s rakom želuca uporan, premda pri nižem značajnosti (p = 0,05 vs. p = 0.011). Možemo zaključiti da je povezanost između raka želuca i podrijetlo nije artefakt upućivanja selu pojedinaca s visokim indijansko podrijetlo od naših studija bolnicama. Ovaj rezultat naglašava važnost prikupljanja Mjesto rođenja i boravka podatke za genetička istraživanja povezanosti s bolestima u Latinskoj Americi i drugim regijama, gdje je većina europske kolonizacije i primjesa dogodili u gradovima, a još autohtoni pojedinci prevladavaju u ruralnim područjima, kao što je u Melanezija i Južnoj Africi . pregled

U ovom istraživanju smo uključeni kao kontrola pojedinaca s intestinalne metaplazije (n = 46), uz pretpostavku da to ne povećava rizik od razvoja želučanog raka [23], [24], [25]. Međutim, ova pretpostavka nije univerzalno prihvaćena [34]. Kada smo alternativno pretpostaviti tri redne kategorije rizika od neke bolesti (tj pojedinci bez intestinalne metaplazije, s intestinalne metaplazije, a sa rakom želuca), ovom progresijom, vrednovala redni logističke regresije je također povezan s indijansko podrijetlo (OR = 2,83, 95 % CI od CV: 1.10-7.29, p = 0,031), ali opet, ova udruga ne ustrajati kada nalaz svih kovarijanata (faktor 1, 2 i 3 i starosnoj dobi) (OR = 1,08, 95% CI od OR : 0,35-3,34, p = 0,897). Dakle, naši rezultati ne ovise o uključivanju intestinalne metaplazije pojedince kao kontrola. Pregled

Problem u našem eksperimentalnom dizajnu je da su kontrole odabran kao simptomatskih pojedinaca koji pohađaju gastroenterologiju uslugu, prolazi kroz endoskopiju i većina od njih su želuca lezija: 6 s histološki normalne sluznice želuca, 248 s gastritisom, a 46 s metaplazije. Moglo bi se reći da je optimalna kontrola će se sastojati samo od strane osobe s normalnim želučane sluznice. Međutim, samo kroz endoskopije je moguće precizno utvrditi odsustvo oštećenja probavnog sustava, te obavljanje endoskopiju za istraživačke svrhe, a ne motivirani simptoma želučanog vezanih više nije etički prihvatljivo. S druge strane, a za kontrolu pojedinaca iz opće populacije koji nisu bili endoskopiju nije nužno bolji izbor jer je ova strategija bi se uključiti kao kontrola osoba s neotkrivenom gastritis [35] i drugih sličnih lezija. Stoga vjerujemo da će naše kontrole su bolji operativni izbor za ovu studiju, jer su pojedinci koji pohađaju iste Gastroenterologija usluge kao predmeta, a budući da su podvrgnuta endoskopiju, mi točno znamo status njihove želučane sluznice. Također, u Latinskoj Americi postoji znatan stupanj raslojavanja stanovništva zbog socioekonomskog razini i predaka, koji su u korelaciji u velikim urbanim centrima u Latinskoj Americi (osim ovog istraživanja, vidi Avena i sur. 2012 [30] na primjer u . Buenos Aires i Campbell i sur 2012 [27]). Odabirom kontrole među polaznicima istoj bolnici nego ćemo slučajevima ublažiti taj drugi potencijalni izvor raslojavanja stanovništva između predmeta i kontrola pregled

U ovoj studiji smo izvješće iznenađujuće visoku Indijanci podrijetlo (> 74%). I u kontrolama i predmetima koji pohađaju javne bolnice od sada kozmopolitskom gradu Lima, nacionalnog kapitala koji je ujedno i glavni grad Španjolac Banskoj Perua pet stoljeća i stoga se u središtu Španjolac kolonijalne vlasti. Veliki gradovi u Ekvador, Peru, Bolivija, a sjeverna Argentina populacija domaćina čija je uobičajena kulturna identifikacija kao melez pregled vjerojatno zanemaruje svoju veliku indijanskog genetsku pozadinu. Te urbane populacije često napučena doseljenici iz ruralnih područja. Naši rezultati pokazuju da veliki gradovi zapadne Južne Amerike domaćin milijune pojedinaca pretežno indijanskog genetsku pozadinu. Suvremene međunarodne South-u-sjever migracije iz Južne Amerike gradova iz andske regije i šire genetsku pozadinu Indijanaca u svijetu, te se očekuje da će gotovo milijun United States imigranti dolaze iz andske zemlje [36] imaju visoke razine Indijanci u pozadini. To ne bi bilo iznenađujuće ako ove populacije, klasificirani kao "Hispano /Latino" u Sjedinjenim Američkim Državama, imao je više indijanskog porijeklo od nas pojedinaca klasificirane kao Indijanci. Pregled

Na kraju, pokazali smo da se u urbanom primješanim stanovništva iz Lima, Indijanci pojedinac porijeklo je povezana s rakom želuca, ali to se objašnjava u organizaciji socioekonomskih varijabli s obje raka želuca i indijansko podrijetlo. Unatoč visokoj incidenciji karcinoma želuca u peruanskoj stanovništva s vrlo visokim indijanske pretke, naši rezultati pokazuju da je ova epidemiološka opažanje ne ovisi o genetskoj osnovi, što ukazuje na dominantnu ulogu socioekonomskih čimbenika i razlike u pristupu zdravstvenim uslugama. U radu je iznenađujuće visok Indijanci podrijetlo (> 74%) kod osoba koje pohađaju bolnice od sada kozmopolitski grad Lima. Budući da Indijanci su zanemarena skupina u genomskih istraživanja, predlažemo da se stanovništvo iz Lima i drugih velikih gradova u zapadnoj Južnoj Americi mogu biti prikladne mete epidemioloških studija usmjerenih na populacijama Indijanaca. Obavljanje ovaj put istraživanja u naknadno većih studija počet će zatvoriti taj jaz [37] u genetičkim studijama i njihove potencijalne koristi između europskih pojedinaca i onih iz drugih slabije služili populacija. Pregled

Materijali i metode

tema pregled

Za ovu studiju smo na početku regrutira 576 ljudi pohađaju Gastroenterologija podjelama sljedeća tri bolnice u Lima, između 2006. i 2009. godine: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (obje vlade vladaju) i rak-specijalizirana Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Svaki sudionik je odgovorio na upitnik u rekordnom dob, spol, mjesto rođenja i prebivališta, i ostale socio-ekonomski, prehrambene i kliničkim podacima (Tablica 1). Slučajevi su odrasli iz za endoskopiju i čiji biopsije su potvrdili pozitivno za rak želuca by patohistološku analizu. Kontrolna skupina je također sastavljena od odraslih osoba iz za endoskopiju, ali čija je biopsija pokazala negativan za rak želuca. Pojedinci s predmalignih lezija, kao što su displazija (n = 3) ili s prisustvu želučanog tumora osim raka želuca (n = 16) su isključeni iz istraživanja. Pojedinci s intestinalne metaplazije (n = 46) uključene su kao kontrola (vidi raspravu). Konačan broj ispitanika smatra da testirati u studiju udruge bio je 241 želučani slučajeva raka i 300 kontrola. Pregled

Također smo prikupili uzorke iz 296 indijanskih pojedinaca koji su korišteni kao roditeljske populacije procijeniti porijeklu slučajeva raka želuca i kontrole. To uključuje 23 poljoprivrednika iz Pichacani (Puno), pripadaju dominantnim Andski Quechua etničke grupe, kao i 87 Shimaa i 186 Ashaninka iz Matsiguenga etničkoj skupini, naselili između Anda i amazonske regije. U svim slučajevima rak želuca i kontrola, a za američkim domorocima, navodimo genomske DNA pomoću metode fenol kloroformu su opisali Sambrook et al. uz modifikacije, ili Gentra Puregene krvi kit (Qiagen, USA) [38]. Ovo istraživanje je odobren od strane IRBs Asociación Benéfica Prisma, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Gerais, bolnice Arzobispo Loayza, bolnice Dos de Mayo i Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Svi sudionici u istraživanju pod uvjetom pismeni informirani pristanak. Pregled

preci informativne markeri (ciljevi) i genotipizacija pregled

Za procjenu etničke pripadnosti za svaki od ispitanika, genotipiziran smo 106 SNP-ova koji su informativni za afričke, Europska i Indijanci podrijetlo [26]. Genotipizacija je izveden u biomedicinskom genomske Centar Dječjoj bolnici Oakland Research Institute (University of Minnesota, MN, USA), koristeći Sequenom iPLEX platformu (San Diego, CA, USA). Ukratko, ona se temelji na alel-specifične početnice produženje zatim rastavljanjem alternativnih alela masenom spektrometrijom. Genotipizacija je uključivao četiri multipleksiranih testove, tri sadrže 26 SNP-ova i jedan koji sadrže 28 SNP-ova. Prije genotipa, DNA uzorci su podvrgnuti kontroli kvalitete (QC) postupak koji se sastoji od: (1) ne-aleličke kvantitativnom-PCR analize koja mjeri količinu PCR-amplifikaciju DNA i (2) end-point čitanja iz TaqMan SNP genotipizacija pokus (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA), koji, osim za drugi procjenu sposobnosti PCR za pojačavanje svaki uzorak je osjetljiv pokazatelj uzorka do uzorka-kontaminacije. Nakon što smo uklonili SNP-ovi rs30125 i rs888861, koje su imale stopu poziva < 95%, prosječna stopa poziv za SNP bila je 99,7%. Od 106 markera, 104 robusno generirana cijene poziva u trajanju od najmanje 95% uzoraka, ali za SNP rs2592888 nema genotipova javno dostupan za Hapmap populacije, a SNP je isključena iz daljnje analize. Dakle, koristili smo genotipova za 103 SNP procijeniti smjese (vidi Tablicu S3 za potpuni popis, sa svojim učestalosti alela u studiji populacije). Pregled

podrijetlo procjenjuje pregled

Procijenili smo individualni podrijetlo pomoću Sljedeća tri roditeljske skupine koje se sastoje od nepovezanih pojedinaca: (1) zapadnoafričkih joruba iz Nigerije (YRI - 118 pojedinci iz HapMap II /projekta III); (2) Utah pojedinci s Europskom podrijetla dostupni na Centre d'Etude du Polymorphisme Humain-
CEPH zbirke (CEU - 60 pojedinci iz HapMap II Projekta) i (3) 296 peruanski Indijanci prikupljene od strane naše grupe , Genotipovi za Afrikanaca i Europljana dobiveni su iz javno HapMap baze podataka [39], dok su Indijanci genotipizirane za ovu studiju. Pregled

Procijenili smo individualni podrijetlo i njezin 90% vjerodostojnost interval uporabom postupka provodi se u Struktura programa 2.3.3 [40], [41]. To se uklapa u Bayesovska vjerojatnosti strukturi stanovništva i miješanjem pomoću Markov Chain Monte Carlo (MCMC) postupak, procjenu doprinosa K roditeljskih populacija u genomima pojedinaca iz primješanim stanovništva. Pretpostavili smo da je HapMap YRI i CEU, a naši Indijanci uzorci bili predstavnik roditeljskih populacija, te da su slučajevi raka želuca i kontrole iz Lima pomiješa pojedinaca. Za ovaj skup podataka, svaki struktura run imala 50.000 burn-in korake nakon čega 250.000 MCMC koraka, te je ponovio tri puta kako bi se omogućilo provjere robusnosti rezultata. Ova dužina staze i postupka provjere isključuje nepoželjnu nedostatak konvergencije od Markovljevih lanaca, što će se dogoditi kada se postupak ne treba istraživati ​​prostor parametara modela. Sve staze su provedena uz pretpostavku tri klastera (k = 3), lambda je bio postavljen na 1,0, a parametri a procijenjene su za svaku od tri skupine, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05, a nismo koristili a priori informacije za pojedince iz roditeljske populacije kako bi se pomoglo u klastere (USEPOPINFO = 0). pregled

Statistička analiza pregled

za predstavljaju genetsku strukturu naših uzoraka u kontekstu roditeljske raznolikosti populacije, proveli smo Metodom glavnih komponenata (PCA) pojedinih genotipova (slika 1), kako je implementirano u softveru Adegenet i Ade4 za R okoliš [42], [43]. Također smo koristili Ade4 primijeniti metodu stvaranja klastera koji se temelji na PCA dvodimenzionalni reprezentacije pojedinaca i njihovog stanovništva težišta, projektiranje dvo-dimenzionalni elipse disperzije. Osim spolu, dobi i samoprocjeni etničke pripadnosti, širok skup socioekonomskog, prehrambene i kliničkih informacija je prikupljen uključujući građanskog statusa, mjesto rođenja, razina obrazovanja, uvjeti za domaćinstvo, prehrambene navike, učestalost konzumacije voća, povrća, mesa i peradi, infuzije, kao i simptoma povezanih s lučenjem želučane. Ova informacija je organizirana u binarnom, redni, ili kategoričke varijable, kao što je opisano u tablici S4). Mi smo isključeni varijable koje su imale više od 10% podataka koji nedostaju, a zadnji dio 43 varijabli su bili uključeni u kasnijim analizama. Kako bi smanjili dimenzionalnost tog skupa osobnih, socioekonomski, prehrambene i klinička negenetskim varijabli Izvršili smo multivarijatne faktorska analiza pomoću statističkog paketa za društvene znanosti (SPSS) softver (SPSS 19 za Windows, SPSS Inc., Chicago, IL , USA). Analiza faktora sintetizira varijance izvornog skupa varijabli u određenom manjeg broja transformiranih varijabli (u našem slučaju 3), nazivaju faktorima. Svaki faktor snima korelaciji informacije o izvornom skupu podataka, ali da su faktori uncorrelated među njima [44]. Pregled

Kako bi se ispitala povezanost između tih ne-genetskih varijabli ili njegova zastupljenost dobivenih multivarijatne faktor analiza s rakom želuca (binarni