Plos ONE: Družbeno-ekonomski in Prehranski dejavniki račun za Združenja Rak želodca z Amerindian prednikov v latinskoameriški primešamo prebivalstva

Povzetek

Rak želodca je ena od najbolj smrtonosnih vrst raka in njegova pojavnost se spreminja po vsem svetu, z andske regije Južne Amerike, ki kaže visoko stopnjo pojavnosti. ocenili smo genetsko strukturo prebivalstva iz Lima (Peru) in izvedli primerov in kontrol genetsko združenje študijo za testiranje prispevek afriških, evropskih, ali indijanske prednike tveganju za raka želodca, nadzor za učinek ne-genetskih dejavnikov . Širok nabor socialno-ekonomskega, prehranskih in klinike podatki so bili zbrani za vsakega udeleženca v raziskavi in ​​prednikov je bil ocenjen na podlagi 103 prednike informativnih označevalcev. Čeprav je mestno prebivalstvo Lima običajno šteje kot mestizo (tj pomešamo z Afričani, Evropejci in Indijanci), smo opazili visok delež indijanskega rodu (78,4% v primerih, in 74,6% za kontrole) in zelo nizka African predniki (< 5%). Ugotovili smo, da je višja Native American posameznik prednikov povezana z rakom želodca, ampak socialno-ekonomskih dejavnikov, povezanih tako z rakom želodca in indijanske etničnosti račun za tega združenja. Zato je visoka pojavnost raka želodca v Peruju ne zdi, da so povezani z občutljivostjo alelov pogosti pri tej populaciji. Namesto, naš rezultat kaže prevladujočo vlogo etničnih povezano socialno-ekonomskih dejavnikov in neenakosti pri dostopu do zdravstvenih storitev. Ker so Indijanci zanemarjeno skupina v genomskih raziskavah, vam predlagamo, da se lahko populacija Lima in drugih velikih mestih iz zahodne Južne Amerike z visoko indijanske prednike ozadju priročno cilji za epidemiološke študije, ki se osredotočajo na etnično skupino.

Citation: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012), Socialno-ekonomski in Prehranski dejavniki račun za Združenja Rak želodca z Amerindian prednikov v latinskoameriški primešamo prebivalstva. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10,1371 /journal.pone.0041200

Urednik: Zongli Xu, National Institute of Environmental Health Sciences, Združene države Amerike

Prejeto: 1. marec 2012; Sprejeto: 18. junij 2012; Objavljeno: 3. avgust 2012

To je odprtega dostopa člena se brez vseh avtorskih pravic, in se lahko prosto reproducirati, distribuirati, prenašati, spreminjati, nadgrajevati, ali kako drugače uporablja vsakdo za vse zakonite namene. Delo je na voljo pod Creative Commons CC0 javni domeni predanost

Financiranje:. Fogarty International Center in National Cancer Institute (5R01TW007894) te študije financira. Študija in njeni udeleženci prejeli tudi sredstva in štipendije iz naslednjih brazilskih agencij: brazilskega Nacionalni raziskovalni svet, Ministrstvo za šolstvo, Ministrstvo za zdravje (PNPD-Saúde programa), in Minas Gerais državne Reaearch agencije. Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa

nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi

Uvod

rak želodca je eden izmed najbolj smrtonosnih vrst raka, kar predstavlja približno 800.000 smrti letno, vendar je pogostnost bistveno razlikuje po svetu [1]. Najvišja incidenca raka želodca je opaziti v vzhodni Aziji, vzhodni Evropi in andske regije Južne Amerike. Dejansko je v perujski prebivalstva, želodčni rak na drugem mestu incidence pri moških in tretjina žensk (22,6 in 20 primerov na 100.000 moških in ženskah, v tem zaporedju), pri čemer je vrsta raka z najvišjo stopnjo umrljivosti. Primerjalno je incidenca raka želodca v Peruju je približno petkrat višja kot v ZDA in dvakrat so ga opazili v Braziliji [1].

Recavarren-Arce et al. in Correa predlagala model napredovanja za razvoj črevesne tipa adenokarcinomom želodca, ki je sestavljen iz prehoda iz površnega gastritis, da metaplazijo za displazijo in končno, želodca adenokarcinom [2], [3]. Množico socialno-ekonomskih, okoljskih in prehrambenih dejavnikov modulirajo to napredovanje in individualno tveganje na koncu razvoj raka želodca. Kronično vnetje želodca, ki ga povzroča bakterija Helicobacter pylori
vodi do kroničnega vnetja je pomemben dejavnik pripisati tveganja [4], vendar manj kot 2% H. pylori
prevozniki razvoj raka želodca [5]. Helicobacter pylori
raznolikost vpliva tudi tveganje za raka želodca gostiteljice in prisotnost bakterij Virulenco faktorja CAG + je eden izmed najbolj pomembnih dejavnikov tveganja. Medtem ko ima ta virulence dejavnik frekvenco ~60% v populacijah evropskih in ameriških, je v perujski prebivalstva dosega več kot 90% [6]. Tudi, ko so indijanski posamezniki iz izoliranih populacij, okuženih z večinoma avtohtonih sort, ki spominjajo na azijski sevi, zaradi azijskega porekla pleistocena Indijancev, posamezniki, ki živijo v srednje velikih in velikih urbanih središčih, čeprav imajo lahko prevladujočo Native American prednikov, okuženih s pretežno evropskih ali hibridnih sort vložijo v Ameriki po 15. stoletju. Ti sevi so v veliki meri nadomestil manj virulentni ali živahna avtohtonih sevov [7], [8].

Revščina povezana tudi z adenokarcinomom želodca [9], in medtem ko so povišana poraba predelane ali prekajene hrane in soli dejavnike tveganja, pogosto uživanje svežega sadja in zelenjave, je zaščitna [10] [11] [12] [13]. Človeška genetska raznovrstnost je pomembna tudi [14]. Opažene razlike v pojavnosti raka želodca na svetu je lahko posledica okoljskih dejavnikov ali prisotnosti dovzetnosti genetskih variant, ki so pogostejši pri populacijah z visoko incidenco bolezni, vendar identifikacija in diskriminacijo teh dejavnikov je zahtevna. Čeprav so bili pogosti občutljivosti genetske variante opredeljene v evropskih in kitajskih prebivalstva do genomskih svetu in kandidat gen asociacijskih študij v genih, kot so PLCE
[15], IL1B
[14], IL8
[16] [17] [18], IL1RN
[19], in PTGS2
[20], te variante predstavljajo majhen del od genetske variance povezana z sporadične rakom želodca.

Peru, s svojo visoko incidenco raka želodca, je največji Native American prebivalstva v Južni Ameriki [21] in velika mesta, kot so Limi so poseljena z ljudmi, ki so razvrščene kot mestizo ( tj posamezniki s primesjo z Afričani, Evropejci in Indijanci). Če je človek genetska osnova za visoke incidence raka želodca v andski regiji, pričakujemo zmešamo prebivalstvo Lima pristanišče genske variante računovodstva za to visoko pojavnostjo, in če so te variante bolj pogosti v Native American genetsko ozadje ta populacija, da bi bilo mogoče uporabiti strategijo genom na ravni mešanja kart, da odkrijete te variante. Študije dodatek kartiranje so pred kratkim pomagali identificirati variante, povezanih z rakom prostate, [22] v afriško-ameriških prebivalstva, vendar je ta pristop še ni v celoti uporablja za populacije latinskoameriških ali latino /Hispanic ZDA. V tem okviru so cilji tega primerov in kontrol genetsko združenje študije so: (i) za oceno etnično sestavo in sorodno genetsko strukturo bolnikov, ki obiskujejo velike bolnišnice v Limi; (Ii) za test, če evropska in afriška ancestries so individualne Native American dejavniki tveganja za raka želodca, nadzor za učinek ne-genetskih dejavnikov (to je, socialno-ekonomski, prehranski in klinične). Socialno-ekonomski, prehransko in klinične informacije smo zbrali za vsakega udeleženca v raziskavi in ​​prednikov je bil ocenjen na podlagi 103 prednike-informativne označevalcev (cilj). Ugotovili smo, da je višja Native American posameznik prednikov, povezanih z rakom želodca, ampak da socialno-ekonomski dejavniki, povezane tako z rakom želodca in etničnosti račun za tega združenja. Kljub visoki pojavnosti raka želodca med Peruvians s pretežno indijanskega rodu, naši rezultati ne kažejo jasne genetske osnove za te razlike v pojavnosti. Namesto, da kažejo na prevladujočo vlogo etničnih povezano socialno-ekonomske in človeške ekoloških dejavnikov in neenakosti pri dostopu do zdravstvenih storitev.

Rezultati

zaposlili smo posamezniki obiskujejo gastroenterologija zavaja in predpisane za endoskopijo v treh velike bolnišnice v Limi (tabela S1). Primeri so bili odrasli iz za endoskopijo in katerih biopsije so potrdili pozitiven na raka želodca, ki histopatoloških analiz. Kontrolna skupina je bila sestavljena iz posameznikov, katerih biopsije so bili negativni za raka želodca. Posamezniki z intestinalno metaplazijo (n = 46) so bile vključene kontrole, ob predpostavki, da ta vrsta metaplazijo ne poveča tveganje za razvoj raka želodca, [23] [24] [25].

Včasih smo potrjen niz 103 cilje [26] za oceno Native ameriški, evropski in Native American individualno prednike za vsako želodca primerov rakavih 241 in 300 kontrol, najetih za te študije. Glavni Component Analysis (PCA, slika 1) posameznih genotipov za naše perujskih vzorcev (vključno s 296 Indijancev) in za evropske, afriške, in mehiške posameznikov iz HapMap-III kaže, da so bili cilji, ki se uporabljajo diskriminira med afriškimi, evropska in perujski Native ameriški starševski populacije, in da vmesnimi Mehičanov (prebivališčem v Los Angeles) in perujski želodca primerov in kontrol, ki se udeležujejo Lima bolnišnice so postavljene med Evropejci in Indijanci. Poleg tega je perujski želodca primerov in kontrol so relativno bližje perujski indijanskih starševske populacije. Čeprav je mestno prebivalstvo Lima šteje kot mestizo (tj navadno pomešamo), študiral skupine tu so pokazali zelo visoko Native American prednike (78,4% za primere, in 74,6% za nadzor, polje na sliki 1), z nizko Afriške predniki (< 5% Slika S1). Zanimivo je, da obstaja pozitivna povezava med indijanske prednike in raka želodca (logistične regresije, ali = 3,69, 95% IZ od ALI: 1.34-10.09, p = 0,011, R2 = 0,016), in posledično negativno povezanost z Evropsko prednikov .

kot je bilo pričakovati, spremenljivke, ki so pooblaščenci za revščino (nizka stopnja izobrazbe, kakovostne lastnosti domov kot je uporaba nizke kakovosti materialov, pomanjkanje dobrih naprav in slabe higienske razmere), ki so bili povezani z rakom želodca (tabela 1). Prav tako nekateri v zvezi z prebavni simptomi, kot so goreče (p < 0,0001), so bile pogostejše v primerih, ki niso v okviru nadzora, vendar pa so ti simptomi, slabost (p < 0,0001), bruhanje (p < 0.0001) in teže (0,0001 p <) verjetno posledica bolezni (tabela 1). Spremenljivka starost običajno ni bila razdeljena (p < 0,01, Kolmogorov-Smirnov test), mediane (in odstopanje interkvartilni) za nadzor in primeri so bili 61 let (standardni odklon (SD): 21) in 65 (SD: 25) let oziroma ( p = 0,042, Mann-Whitney test); zato je bila ta spremenljivka obravnava kot hkratna nadaljnje logistične regresijskih analiz.

smo sintetizirali široko sklop non-genetskih spremenljivk, zbranih v primerih in kontrole z uporabo multivariatne faktorske analize, da se zmanjša število dimenzij teh 43 ne- genetske spremenljivke po zajemanje korelacijo med njimi (tabela 1 in tabela S2). Zanimivo je, da je prvi faktor (16,38% celotne variance) prevladujejo socialno-ekonomskih spremenljivk, vendar vključuje tudi podskupino korelacijski prehranske spremenljivk, višje vrednosti faktorja, ki ustreza premožnejšim pogoji. Drugi faktor (5,95% celotne variance) vključuje dele družbenoekonomskih in prehranske spremenljivk, kot tudi pritožbe, kot so bolečine. Tretji faktor (5.26% celotne variance) prevladujejo simptomov, povezanih z prebavo. Uporabili smo posamezne koordinate za vsako od teh treh dejavnikov sintetično predstavlja prvotno niz 43 spremenljivk. Sta prvi "družbenogospodarskih" faktor in drugi dejavnik so povezane z rakom želodca (OR = 0,68, p = 0,0002 in OR = 0,7, p = 0,0008 oz) in tudi z etničnosti (p = 0,02 in p = 0,00003 vsakokrat, kadar višje vrednosti faktorja ustrezajo boljše socialno-ekonomske razmere). Tretji "prebavni simptomi" faktor je povezan z rakom želodca (OR = 2,16, p < 0,0001).

opaženega povezava med indijanske prednike in rakom želodca je lahko posledica učinka zavajajočih družbenogospodarske ali prehranske spremenljivk povezana tako z rakom želodca in prednikov. Znano je, da je visoka indijanski ali afriške prednike, povezane z revščino v mnogih populacijah v Ameriki (glej tudi [27]). Dosledno, smo ugotovili, da je indijanski prednikov povezana s spremenljivkami, ki so kazalniki revščine (od katerih so mnoge povezane tudi z rakom želodca), kakor tudi njihove sintetične "socialno-ekonomske" prvi faktor multivariatne analize (tabela 1). Ko smo pod nadzorom vseh spremenljivk (tj trije dejavniki multivariatne analize in starosti), povezava med rakom želodca in indijanske prednike ne vztrajajo (OR = 1,28, 95% CI za OR: 0.37-4.47, p = 0,69). Prav tako, ko smo ločeno nadzorom za vpliv socialno-ekonomskih pogojev (prvi faktor v multivariatne analize) ali starosti, povezava med rakom želodca in indijanske prednike tudi ne vztrajajo (OR = 2,58, 95% CI za OR: 0,83 -8,07 za faktor 1 in OR = 1,01, 95% iZ od ALI:. 0.99-1.02 za starost)

Pogovor

smo izvedli študijo primerov in kontrol v urbanem dodanim prebivalstva iz Lima (Peru) in ugotovila, da je indijanski posameznik prednikov povezana z rakom želodca. Vendar pa ta povezava zdi predvsem posledica združenja socialno-ekonomskih spremenljivk, tako z rakom želodca in s indijanskega rodu. Dosledno, čeprav je pomembno združenje prednikov z rakom želodca (p = 0,011), prednikov pojasnjuje le 1,6% variance v stanje bolezni. Ko so vključeni ne-genetski spremenljivki, njihov skupni učinek prednikov pojasnjuje 22,3% variance v stanje bolezni. Zato je visoka pojavnost raka želodca v Peruju [1], [28] ne zdi, da je zaradi prisotnosti skupnih dovzetnosti genskih variant pogostejše v indijanskih prebivalstva, temveč za kombinacijo socialno-ekonomskih dejavnikov, prisotnih v tej populaciji . Vendar pa so potrebne nadaljnje študije večje velikosti vzorcev za raziskovanje tega opazovanje, saj je bila moč odkriti prednike genetske okvare omejena na trenutne študije. Ta rezultat je v skladu z relativno zmanjšanje pojavnosti raka želodca v ZDA v zadnjih desetletjih, zaradi izboljšanja socialno-ekonomskih razmerah [29].

Natančnost ocen prednike je odvisna od več vprašanj. Prvi je število in narava označevalcev uporabljenih za oceno primesi. V 103 je cilj, ki se uporabljajo v tej študiji vsebujejo dovolj informacij za izdelavo sprejemljive ocene zmesi [26], [30]. Galanter sod. so prav tako pokazali, da je plošča več kot 88 Namen vsebuje dovolj podatkov za oceno individualne primesi z natančnostjo [31]. Druga prodorna metodološko vprašanje pri ocenjevanju primesi je težava pri uporabi podatkov iz najbolj reprezentativnih starševskih afriških, evropskih in indijanskih populacij dodanim skupine. V tem primeru smo vključili kot približek za starševske populacije evropskih in afriških posamezniki iz projekta HapMap in niz perujskih Indijancev iz perujskih Andov in sosednjih vzhodnih območjih. Medtem ko je ta izbira ne sme biti optimalna, uporabljene 103 SNP, pri čemer je cilj, omilili to težavo, saj so njihove frekvence zelo razlikujejo med starševskih etničnimi skupinami in zelo homogeno znotraj njih [26]. Tako je uporaba markerjev teh značilnosti postane naše rezultate trdnih pri izbiri neoptimalnih starševskih prebivalstva. Tretjič, različne metode za oceno individualne dodatek lahko povzroči nekoliko različne rezultate tudi izhajajoč iz istega nabora podatkov. Za preizkus trdnosti naših rezultatov primesi v zvezi z metodami ocenjevanja primesi, smo reanalyzed podatke z uporabo alternativnih maksimalno-verjetnosti pristopi, ki jih Tang et al predlagano. [32] in se izvaja v frape programske opreme, in način, Alexander et al. izvaja programska oprema primesi v. 1.2 [33]. Vse tri metode proizvedenih visoko korelirani Rezultati (Slika S2) in isti vzorec povezavi z rakom želodca (podatki niso prikazani).

Perujski posamezniki, rojeni na podeželju več Native American prednike v povprečju niso storili prebivalci velikih urbana središča (tabela 1). V študiji primerov in kontrol, lahko primeri pogosto vključujejo osebe z več indijanske prednike, saj so navedene od majhnih podeželskih zdravstvenih centrov za velike mestne bolnišnice prejeti boljše zdravstveno varstvo. Ta napotitev vzorec ima manjši učinek na nadzor, in zato lahko ustvarijo lažne združenje indijanskega rodu z boleznijo. Vendar pa smo zabeležili kraje rojstva za vse udeležence študijskih in s tem nadzoruje to potencialno moteč dejavnik: ko smo vključili kraj rojstva (Lima proti podeželju) kot sospremenljivko v regresijo, združenja indijanskega rodu z rakom želodca vztrajal, čeprav je manj pomembni (p = 0,05 v primerjavi p = 0,011). Sklepamo, da je povezava med rakom želodca in predniki ni artefakt napotitev podeželja posameznikov z visoko indijanske prednike naših študijskih bolnišnicah. Ta rezultat poudarja pomen zbiranja podatkov rojstna hiša in prebivanje genetskih asociacijskih študij z boleznimi, v Latinski Ameriki in drugih regijah, kjer je večina Evropska kolonizacija in primesi prišlo v mestih, in še več avtohtone posamezniki prevladujejo na podeželju, kot na primer v Malezijo in Južni Afriki .

V tej študiji smo vključili kot Nadzor nad posamezniki z intestinalno metaplazijo (n = 46), ob predpostavki, da to ne poveča tveganje za razvoj raka želodca, [23] [24] [25]. Vendar pa ta predpostavka ni splošno sprejeta [34]. Ko smo izmenično prevzemajo tri ordinalnih kategorije tveganja za nastanek bolezni (tj posamezniki brez intestinalno metaplazijo, z intestinalno metaplazijo in z rakom želodca), ta napredovanja, ki ga vrstilnega logistično regresijo ocenjena je povezano tudi z indijanskega rodu (OR = 2.83, 95 % CI za OR: 1.10-7.29, p = 0,031), ampak spet, to združenje ne vztrajajo pri nadzorom vseh spremenljivk (faktor 1, 2 in 3 in starost) (OR = 1,08, 95% CI v OR : 0,35-3,34, p = 0,897). Tako, naši rezultati niso odvisni od vključitve intestinalno metaplazijo posameznikom kontrol.

Vprašanje naše zasnove poskusa je, da so kontrole izbrali simptomatičnih posameznikov, ki obiskujejo gastroenterologija storitev, doživlja endoskopijo in večina od njih z želodcu lezije: 6 s histološko normalno želodčne sluznice, 248 z gastritis in 46 z metaplazijo. Lahko bi trdili, da bi bilo optimalno vodenje sestavljen le posamezniki z normalnim želodčne sluznice. Vendar pa samo z endoskopijo je mogoče natančno ugotoviti odsotnost želodca poškodb ter izvajanje endoskopijo za raziskovalne namene, ne spodbudijo simptomov, povezanih z želodčnih ni več etično sprejemljivo. Po drugi strani, pri čemer se kontrole posameznikov iz prebivalstva, ki ni narejena endoskopijo ni nujno boljša izbira, ker bi ta strategija vključena kot Nadzor nad posamezniki s neodkrite gastritis [35] in drugih podobnih poškodb. Zato menimo, da so naše kontrole bolje delovati izbira za te študije, ker so posamezniki, ki obiskujejo iste gastroenterologija storitve kot primere, in ker so bili obdelani endoskopijo, bomo natančno vedeli, stanje njihove želodčne sluznice. Tudi v Latinski Ameriki pa je precejšen delež prebivalstva razslojevanja zaradi socialno-ekonomski ravni in prednikov, ki so povezana v velikih urbanih središčih v Latinski Ameriki (poleg te študije, glej Avena et al. 2012 [30], na primer v Buenos Aires in Campbell et al., 2012 [27]). Z izbiro kontrol med spremstvom v isti bolnišnici kot primere, bomo ublažili ta drugi potencialni vir prebivalstva razslojevanja med primerov in kontrol

V tej študiji smo poroča presenetljivo visoko Native American prednike (> 74%). Oba v kontrolah in primerih, ki se udeležujejo javnih bolnišnic od zdaj svetovljansko mesto Lima, nacionalnega kapitala, ki je bil tudi glavno mesto Španec Viceroyalty Peru pet stoletij in zato, središče Španec kolonialne oblasti. Velika mesta v gostiteljske populacije Ekvador, Peru, Bolivija in severna Argentina, katerih običajna kulturna identifikacija mestizo
verjetno ne upošteva njihovo veliko Amerindian genetsko ozadje. Te mestno prebivalstvo pogosto obljudena priseljenci iz podeželja. Naši rezultati kažejo, da velika mesta zahodne Južne Amerike gosti milijone posameznikov, pretežno Amerindian genetsko ozadje. Sodobne mednarodne migracije jug-to-sever iz južnoameriških mest iz andske regije tudi širjenje genetsko ozadje Indijancev po vsem svetu, in se pričakuje, da se skoraj milijon ZDA priseljencev, ki prihajajo iz andskih držav [36] imajo visoko stopnjo Native American ozadje. Ne bi bilo presenetljivo, če te populacije, razvrščene kot "Hispano /Latino" v Združenih državah Amerike, je imel več Amerindian prednike od nas posameznikov, opredeljenih kot Indijanca.

Na koncu smo pokazali, da v mestnem dodanim prebivalstva Lima, je indijanski posameznik prednikov, povezanih z rakom želodca, vendar je to mogoče pojasniti z združenjem socialno-ekonomskih spremenljivk z obema rakom želodca in indijanskega rodu. Kljub visoki pojavnosti raka želodca v perujski prebivalstva z zelo visoko indijanskega rodu, naši rezultati kažejo, da je ta epidemioloških ugotovitev ne zanašajo na genetski osnovi, kar kaže na prevladujočo vlogo za socialno-ekonomskih dejavnikov in neenakosti pri dostopu do zdravstvenih storitev. Poročamo presenetljivo visoko Native American prednike (> 74%), pri posameznikih, ki obiskujejo bolnišnice od zdaj svetovljansko mesto Lima. Ker so Indijanci zanemarjeno skupina v genomskih raziskavah, vam predlagamo, da se lahko populacija Lima in drugih velikih mestih v zahodni Južni Ameriki priročne tarče epidemioloških študij, ki se osredotočajo na indijanskih populacije. Opravljanju tega načina raziskav v naknadno večjih študij se bo začel za zapolnitev vrzeli [37] v genetskih raziskavah in njihovih potencialnih koristi med evropskimi posamezniki in tistimi iz drugih splošno manj dobro služil prebivalstvu.

Materiali in metode

Predmeti

v tej raziskavi smo najprej zaposlila 576 posameznikov, ki skrbijo za gastroenterologijo zavaja naslednjih treh bolnišnic v Limi, med letoma 2006 in 2009: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (tako vlada odločilo), in -rak specializirano Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Vsak udeleženec je odgovoril na vprašalnik rekordno starost, spol, kraj rojstva in prebivališča, in drugih socialno-ekonomski, prehranske in kliničnih podatkov (tabela 1). Primeri so bili odrasli iz za endoskopijo in katerih biopsije so potrdili pozitiven na raka želodca s histopatološko analizo. Kontrolna skupina je bila sestavljena tudi odraslih posameznikov iz za endoskopijo, vendar katerih biopsije, negativni za raka želodca. Posamezniki z predrakavih lezij kot displazije (n = 3), ali s prisotnostjo razen raka želodca želodčnih tumorjev (n = 16) so bili izključeni iz študije. Posamezniki z intestinalno metaplazijo (n = 46) so bili vključeni kot kontrole (glej razpravo). Končno število predmetov, ki veljajo za testiranje v raziskavi združenja je 241 želodca primerov raka in 300 kontrol.

Prav tako smo zbrali vzorce iz 296 indijanskih posameznikov, ki so bili uporabljeni kot starševske populacije oceniti prednike primerov želodčnega raka in kontrole. Ti vključujejo 23 kmetov iz Pichacani (Puno), ki sodijo v pretežni Andske Quechua etnične skupine, kot tudi 87 Shimaa in 186 Ashaninka iz etnične skupine Matsiguenga, ustaljeno med Andih in amazonskega območja. Za vse primere želodčnih in kontrolami rakom ter za Indijancev smo ekstrahirali genomske DNA z uporabo metode fenol-chlorophorm ga opisal Sambrook et al. s spremembami, ali krvni komplet GENTRA Puregene (Qiagen, ZDA) [38]. Ta preiskava je bila odobrena s IRBs Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Gerais, Bolnišnica Arzobispo Loayza, Bolnišnica Dos de Mayo in Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Vsi sodelujoči v študiji o tem pisno privolitev.

prednike informativne markerji (cilj) in genotipizacija

Za oceno etičnost za vsako od študijskih predmetov, smo genotipizacijo 106 SNP, ki so informativne za afriške, Evropska in Native American prednikov [26]. Genotipizacijo je bila izvedena na biomedicinske genomske centra Otroški bolnišnici Oakland Research Institute (University of Minnesota, MN, ZDA), z uporabo platforme Sequenom iPLEX (San Diego, CA, ZDA). Na kratko, se opira na podaljšek osnovnim alel-specifični čemur sledi ločitev alternativnih alel ga masne spektrometrije. Genotipizacijo vključene štiri multipleksne teste, tri, ki vsebujejo 26 SNP in enega, ki vsebujejo 28 SNP. Pred genotipizacije, vzorce DNK doživel postopek za nadzor kakovosti (QC), ki je vključeval: (1) brez alelov kvantitativno-PCR analizo, ki meri količino PCR-pomnožljivem DNA in (2) končne točke branje iz TaqMan SNP genotipizacijo test (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, ZDA), ki je poleg zagotavljanja drugega presojo sposobnosti PCR za razširitev vsak vzorec, je občutljiv pokazatelj kontaminacije vzorca s vzorec. Ko smo odstranili rs30125 in rs888861 SNP, ki je pokazala stopnjo klic < 95%, je povprečna stopnja poziv za SNP 99,7%. Od 106 označevalcev, 104 robustno ustvarila cene klicev za vsaj 95% vzorcev, ampak za rs2592888 SNP ni genotipi javno dostopni za HapMap populacije in SNP je bil izključen iz nadaljnjih analiz. Tako smo uporabili genotipe za 103 SNP oceniti primesi (glej preglednico S3 za celoten seznam, s svojimi alelov frekvenc v študijskih populacijah).

prednikov ocenjuje

smo ocenili posamezne prednike uporabo po tri starševske skupine, sestavljene iz nepovezanih posameznikov: (1) zahodnoafriški Yoruba iz Nigerije (YRI - 118 posameznikov iz HapMap II /projekt III); (2) Utah posamezniki z Evropsko prednikov ki so na voljo na Centre d'Etude du Polymorphisme Humain-
CEPH zbirko (CEU - 60 posameznikov iz projektu HapMap II) in (3) 296 perujske Indijancev, ki jih naše skupine, zbrane . V genotipi za Afričani in Evropejci smo pridobili iz podatkovne baze javnega HapMap [39], medtem ko so Indijanci genotip za to študijo.

smo ocenili posamezne prednike in njegova 90% verodostojnost interval metodi izvaja v Program Struktura 2.3.3 [40], [41]. To ustreza Bayesian verjetnost model strukture prebivalstva in primesi uporabi postopek Markov Chain Monte Carlo (MCMC), ocenjevali prispevek K starševskih prebivalstva do genomov posameznikov iz dodanim prebivalstva. Predpostavili smo, da so bili HapMap YRI in CEU in naše indijanske vzorci reprezentativni starševske populacije in da so bile v želodcu primerov raka in kontrole iz Lima primešamo posamezniki. Za ta nabor podatkov, je imela vsaka struktura run 50.000 opekline-in korake, ki mu sledi 250.000 MCMC korakih, in smo ponovili trikrat, da se omogoči preverjanje robustnosti rezultatov. Ta dolžina rok in postopek preverjanja izključuje neželeno pomanjkanje konvergence Verige Markova, ki se zgodi, ko se postopek ni pravilno raziskati prostor parametrov modela. Vse proge smo izvedli ob predpostavki treh skupin (K = 3), je lambda nastavljen na 1,0, in parametri, a so bili ocenjeni za vsako od treh skupin, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 in nismo uporabili načelno podatke za posameznike iz starševskega populacije pomagati povezovanje (USEPOPINFO = 0).

Statistična analiza

za predstavljajo genetsko strukturo naših vzorcev v okviru starševskega raznovrstnost prebivalstva, smo izvedli analizo glavnih komponent (PCA) posameznih genotipov (slika 1), kot se izvajajo v programski opremi Adegenet in Ade4 za R okolja [42], [43]. Uporabili smo tudi Ade4 uporabiti metodo za povezovanje, ki temelji na PCA dvodimenzionalni predstavitvi posameznikov in njihovega prebivalstva centroida, oblikovanje dvo-dimenzionalni elipse razpršenosti. Poleg spola, starosti in samo-poročajo narodnosti, je bil širok nabor socialno-ekonomskega, prehranske in kliničnih podatkov, zbranih vključno z osebnim statusom, kraj rojstva, stopnji izobrazbe, razmerami v gospodinjstvu, prehranjevalnih navad, pogostosti uživanja sadja, zelenjave, meso in perutnina, čaji, kot tudi simptomi, povezani z želodca. Ta informacija je bila organizirana v binarni, ordinalnih ali kategorične spremenljivke, kot je opisano v tabeli S4). Nismo spremenljivke, ki so imele več kot 10% manjkajočih podatkov, in končni del 43 spremenljivk so bili vključeni v nadaljnje preiskave. Da bi zmanjšali število dimenzij tega sklopa osebno, socialno-ekonomski, prehranski in klinično brez genskih spremenljivk smo izvedli analize multivariatne dejavnik, s pomočjo programske opreme za statistični paket za družbene vede (SPSS) (SPSS 19 za Windows, SPSS Inc., Chicago, IL , ZDA). Analiza je dejavnik sintetizira varianco prvotni nabor spremenljivk v določenem manjše število transformiranih spremenljivk (v našem primeru 3), imenovanih dejavnikov. Vsak dejavnik zajema korelaciji informacije o prvotni nabor podatkov, vendar so dejavniki so nepovezano med njimi [44].

Če želite preizkusiti povezavo med temi non-genskih spremenljivk ali zastopanja, pridobljenih z multivariatno faktorjem analize z rakom želodca (binarna

• Plos ONE: Visoko γ-sevanjem občutljivost je povezana z večjim Rak želodca Tveganje v kitajski Han Prebivalstvo: primera-Control Analysis
• Plos ONE: Meta-analiza interlevkin-10 -592 Promotor polimorfizem, ki sodelujejo v Rak želodca tveganja