PLoS ONE: Sosioekonomiset ja ravitsemus tekijät selittävät Association mahasyövän kanssa Amerindian Esipolviluettelo on Latinalaisen Amerikan sekoitettu Population

tiivistelmä

Mahalaukun syöpä on yksi kaikkein vaarallisin syöpien ja sen esiintyvyys vaihtelee maailmanlaajuisesti, Andien alueen Etelä-Amerikassa osoittaa esiintyy paljon hinnat. Arvioimme geneettisen rakenteen väestön Lima (Peru) ja suorittivat tapaus-control geneettinen yhdistyksen tutkimus testata panos Afrikkalainen, Euroopan, tai intiaani syntyperä riski mahasyövän, kontrolloimalla vaikutusta ei-geneettiset tekijät . Laaja joukko sosioekonomiset, ruokavalion ja klinikka kerättiin jokaiselle osallistujalle tutkimuksessa ja syntyperä arvioitiin perustuen 103 syntyperää informatiivinen markkereita. Vaikka kaupunkiväestön välillä Lima pidetään yleensä Mestis (eli sekoitetaan alkaen afrikkalaiset, eurooppalaisten ja intiaanien), havaitsimme suuren osa intiaani syntyperää (78,4% tapauksia ja 74,6% kontrollien) ja hyvin pieni Afrikkalainen syntyperä (< 5%). Olemme todenneet, että korkeampi intiaani yksittäisten syntyperää liittyy mahasyöpä, mutta sosioekonomiset tekijät liittyvät sekä mahasyövän ja intiaani etnisen huomioon tätä yhdistystä. Siksi korkea esiintyvyys mahasyövän Perussa ei näytä liittyvän alttiusalleelien yhteisiä tässä potilasryhmässä. Sen sijaan meidän tulos viittaa siihen vaikuttaa ratkaisevasti etnisiä liittyviä sosioekonomiset tekijät ja erot terveyspalvelujen saatavuutta. Koska intiaanien laiminlyöty ryhmä genomisessa tutkimuksissa, ehdotamme, että väestön Lima ja muissa suurissa kaupungeissa Länsi-Etelä-Amerikassa, joilla on korkea intiaani syntyperä tausta voi olla kätevää tavoitteita epidemiologisissa tutkimuksissa keskittynyt tähän etnisen ryhmän.

Citation: Pereira L, Zamudio R, Soares-Souza G, Herrera P, Cabrera L, Hooper CC, et al. (2012) Sosioekonomiset ja ravitsemus tekijät selittävät Association mahasyövän kanssa Amerindian Esipolviluettelo on Latinalaisen Amerikan sekoitettu Population. PLoS ONE 7 (8): e41200. doi: 10,1371 /journal.pone.0041200

Editor: Zongli Xu, National Institute of Environmental Health Sciences, Yhdysvallat

vastaanotettu: 1 maaliskuu 2012; Hyväksytty: 18 Kesäkuu 2012; Julkaistu: 03 elokuu 2012

Tämä on avoin-yhteys artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.

Rahoitus: Fogarty International Center ja National Cancer Institute (5R01TW007894) rahoittama tämä tutkimus. Tutkimuksen ja sen osanottajat saivat rahoitusta ja apurahoja seuraavista Brasilian virastot: Brasilian National Research Council, opetusministeriö, terveysministeriön (PNPD-Saúde Program), ja Minas Geraisin valtion Reaearch Agency. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Mahalaukun syöpä on yksi kaikkein vaarallisin syöpien, noin 800000 kuolemantapausta vuodessa, mutta sen esiintyvyys vaihtelee huomattavasti eri puolilla maailmaa [1]. Suurin esiintymistiheys mahalaukun syövän havaitaan Itä-Aasiassa, Itä-Euroopassa, ja Andien alueella Etelä-Amerikassa. Itse Perun väestöstä, mahasyövän toisella sijalla esiintyvyys miehillä ja kolmas naisilla (22,6 ja 20 tapausta 100.000 miehillä ja naisilla vastaavasti), joka syövän tyypistä, jolla on korkein kuolleisuus. Verrattain ilmaantuvuus mahasyövän Perussa on noin viisi kertaa suurempi kuin Yhdysvalloissa ja kaksinkertainen havaittiin Brasiliassa [1].

Recavarren-Arce et al. ja Correa ehdotti etenemisen malli kehittämiseen suoliston-tyypin mahalaukun adenokarsinooman, jotka koostuvat siirtyminen pinnallinen gastriitti ja metaplasia ja dysplasia ja lopulta, mahalaukun adenokarsinooman [2], [3]. Lukuisia sosioekonomisten, ympäristöön, ja ruokavaliotekijät modulointiin etenemistä ja yksilön riski lopulta kehittää mahasyöpä. Krooninen infektio vatsan bakteerin Helicobacter pylori
johtaa krooninen tulehdus on tärkeä johtuu riskitekijä [4], vaikkakin vähemmän kuin 2% H. pylori
harjoittajat kehittää mahasyöpä [5]. Helicobacter pylori
monimuotoisuus vaikuttaa myös riski isäntä mahasyövän, ja läsnäolo bakteerin virulenssitekijäksi CAG + on yksi asiaan liittyvät riskitekijät. Vaikka tämä virulenssitekijäksi taajuus on -60% Euroopan ja Yhdysvaltain väestö, se saavuttaa yli 90% Perun väestöstä [6]. Lisäksi, vaikka intiaani yksilöitä kantoja on vielä tartunnan useimmiten natiivi kantoja, jotka muistuttavat Aasian kantoja johtuen Pleistocene Aasiasta peräisin intiaanien, yksilöt elävät keskisuurissa ja suurissa kaupunkikeskuksissa, vaikka niillä voi olla hallitseva intiaani syntyperä, ovat tartunnan pitkälti Euroopan tai hybridikannoista tuonut Amerikassa jälkeen 15-luvulla. Nämä kannat olivat suurelta osin korvattu vähemmän virulenttia tai voimakasta natiivi kantoja [7], [8].

Köyhyys myös korreloi mahalaukun adenokarsinoomaa [9] ja samalla kohonnut kulutus jalostettujen tai savustettu ruoka ja suola ovat riskitekijöitä, usein saanti tuoreita hedelmiä ja vihanneksia on suojaava [10], [11], [12], [13]. Ihmisen geneettinen monimuotoisuus on merkitystä [14]. Havaitut erot ilmaantuvuudessa mahasyövän maailmaa saattavat johtua ympäristötekijöistä tai läsnäolon alttius geneettisiä variantteja, jotka ovat yleisempiä populaatioissa korkea taudin esiintyvyyden, mutta tunnistaminen ja syrjintää näiden tekijöiden on haasteellista. Vaikka yleinen herkkyys geneettisiä variantteja on havaittu Euroopan ja Kiinan väestön genomin laajuinen ja ehdokas-geeni yhdistyksen tutkimuksia geenejä, kuten PLCE
[15], IL1B
[14], IL8
[16], [17], [18], IL1RN
[19], ja PTGS2
[20], nämä variantit muodostavat pienen osan geneettinen vaihtelu liittyy satunnaista mahasyövässä.

Peru, ja sen suuri esiintyvyys mahasyövän, on suurin intiaani väestön Etelä-Amerikassa [21] ja suurissa kaupungeissa kuten Lima ovat asuttuja ihmiset luokitellaan Mestis ( eli yksilöiden sekoittumisen alkaen afrikkalaisten, eurooppalaisten ja intiaanien). Jos on ihmisen geneettinen perusta poikkeuksellisen korkea mahasyövän Andien alueella, odotamme sekoitetun väestön Lima satamaan geneettisiä variantteja osuus tämän korkean esiintyvyyden, ja jos nämä vaihtoehdot olivat yleisempiä intiaani geneettistä taustaa tässä populaatiossa, se olisi mahdollista käyttää genomin laajuinen strategia sekoittumisen kartoitus löytää näitä variantteja. Admixture kartoitus tutkimukset ovat viime aikoina auttaneet tunnistamaan liittyvät muunnelmat eturauhassyöpään [22] in Afrikkalainen Amerikan populaatioiden, mutta tämä lähestymistapa on vielä täysin soveltaa Latinalaisen Amerikan tai Latino /Hispanic Yhdysvaltain väestön. Tässä yhteydessä tavoitteet tämän tapaus-verrokki geneettinen yhdistys tutkimus ovat: (i) arvioimaan etninen koostumus ja siihen liittyvän geneettisen rakenteen potilaiden läsnä suurissa sairaaloissa Limassa; (Ii) testata, jos yksittäiset intiaani, Euroopan ja Afrikkalainen ancestries ovat riskitekijöitä mahasyövän, kontrolloimalla vaikutusta ei-geneettiset tekijät (so sosioekonomiset, ravitsemuksellisia ja kliiniset). Sosioekonomiset, ravinnon ja kliiniset tiedot kerättiin jokaiselle osallistujalle tutkimuksessa ja syntyperä arvioitiin perustuen 103 syntyperää-informatiivinen markkereita (tavoitteet). Olemme todenneet, että korkeampi intiaani yksittäisten syntyperää liittyy mahasyöpä, mutta sosioekonomiset tekijät liittyvät sekä mahasyövän ja etnisen huomioon tätä yhdistystä. Vaikka korkea esiintyvyys mahasyövän keskuudessa perulaisten kanssa pääasiassa intiaani syntyperä, tuloksemme eivät viittaa selvästi geneettinen perusta tätä eroa esiintymistiheys. Pikemminkin he ehdottavat hallitseva asema etnisten liittyviä sosioekonomisia ja ihmisen ekologisia tekijöitä ja erot terveyspalvelujen saatavuutta.

Tulokset

Rekrytoimme henkilöitä läsnä gastroenterologian osaston ja määrätty tähystys kolmessa suuret sairaalat Lima (taulukko S1). Tapaukset olivat aikuisia tarkoitetun endoskopia ja joiden koepalat vahvistettiin positiivinen mahalaukun syövän histopatologisia analyysejä. Vertailuryhmä koostui henkilöistä, joiden koepaloja olivat negatiivisia mahasyövän. Yksilöiden suoliston metaplasiaa (n = 46) sisällytettiin kontrolleiksi olettaen että tämäntyyppinen metaplasiaa ei lisää riskiä sairastua mahalaukun syöpään [23], [24], [25].

Käytimme validoitu joukko 103 tavoitteena [26] arvioida Native Amerikan, Euroopan ja intiaani yksittäiset syntyperän kutakin 241 mahasyövän tapaukset ja 300 ohjaa palvelukseen tätä tutkimusta varten. Principal Component Analysis (PCA, kuva 1) yksittäisten genotyyppien meidän Perun näytteistä (mukaan lukien 296 intiaanien) ja Euroopan, Afrikkalainen, ja Meksikon yksilöitä HapMap-III osoittaa, että tavoitteena käytetty syrjiä Afrikkalainen, Euroopan, ja Perun intiaani vanhempien väestön ja että sekoitetaan meksikolaiset (asuvat Los Angeles) ja Perun mahalaukun tapausten ja kontrollien läsnä Lima sairaalat sijoitetaan eurooppalaisten välille ja intiaaneja. Lisäksi Perun mahalaukun tapaukset ja valvonta on suhteellisen lähempänä Perun intiaani vanhempien populaatiot. Vaikka kaupunkiväestön välillä Lima pidetään Mestis (eli tyypillisesti sekoitetaan), ryhmät tutkituista tässä osoitti erittäin intiaani syntyperää (78,4% tapauksia ja 74,6% kontrollien, Box kuvassa 1), jolla on alhainen Afrikkalainen syntyperä (< 5%, kuva S1). Kiinnostavaa on positiivinen assosiaatio intiaani syntyperä ja mahasyövän (logistinen regressio, OR = 3,69, 95%: n luottamusväli OR: 1,34-10,09, p = 0,011, R2 = 0,016), ja näin ollen negatiivinen yhdessä Euroopan syntyperä .

kuten odotettua, muuttujia, jotka ovat valtakirjoja köyhyyden (alhainen koulutustaso, koti laatuominaisuudet kuten käyttö heikkolaatuisten materiaalien puute hyviä laitteita, ja huono hygieniaolot) liittyi mahasyövän (taulukko 1). Myös jotkut ruoansulatus liittyviä oireita, kuten polttaminen (p < 0,0001), pahoinvointi (p < 0,0001), oksentelu (p < 0,0001), ja raskaus (p < 0,0001) olivat yleisempiä tapauksissa kuin verrokeilla, mutta nämä oireet ovat todennäköisesti seurausta taudin (taulukko 1). Vaihteleva iän ei jakautunut normaalisti (p < 0,01, Kolmogorov-Smirnov testi), mediaanit (ja poikkeama neljännespisteiden) kontrollille ja tapaukset olivat 61 (keskihajonta (SD): 21) ja 65 (SD: 25) vuoden kuluttua ( p = 0,042, Mann-Whitney koe); Siksi, tämä muuttuja pidettiin kovariaattina edelleen logistinen regressio analyysejä.

syntetisoitiin laaja joukko ei-geneettisten muuttujien kerätään tapausten ja kontrollien avulla monimuuttujatestin faktorianalyysi, vähentää dimensionaalisuus näiden 43 ei- geneettinen muuttujat syömällä korrelaatio joukossa (taulukko 1 ja taulukko S2). Mielenkiintoista on, että ensimmäinen kerroin (16,38% kokonaismäärästä varianssi) hallitsee sosioekonomiset muuttujat, mutta se sisältää osajoukon korreloi ravitsemuksellisia muuttujia, suuremmat arvot vastaava kerroin varakkaampia olosuhteissa. Toinen tekijä (5,95% koko varianssi) sisältää subsets sosioekonomisten ja ravitsemukselliset muuttujia, sekä valituksia, kuten kipu. Kolmas tekijä (5,26% koko varianssi) hallitsee ruoansulatuskanavan liittyviä oireita. Käytimme yksittäiset koordinaatit kullekin näistä kolmesta tekijästä synteettisesti edustaa alkuperäistä sarja 43 muuttujia. Sekä ensimmäinen "sosioekonominen" tekijä ja toinen tekijä liittyy mahasyövän (OR = 0,68, p = 0,0002 ja OR = 0,7, p = 0,0008, vastaavasti) ja myös etnisyyden (p = 0,02 ja p = 0,00003 vastaavasti, missä suuremmat arvot tekijän vastaavat paremmin yhteiskunnalliset olosuhteet). Kolmas "ruoansulatuskanavan oireet" tekijä liittyy mahasyövän (OR = 2,16, p < 0,0001).

Havaittu yhdistyksen välillä intiaani syntyperä ja mahasyövän saattaa johtua vaikutuksesta sekoittavia sosioekonomisia tai ravitsemuksellista muuttujat liittyvät sekä mahasyövän ja syntyperä. On tunnettua, että korkea intiaani tai Afrikkalainen syntyperä liittyy köyhyyteen monissa populaatioissa Amerikassa (katso myös [27]). Johdonmukaisesti, havaitsimme, että intiaani syntyperää liittyy muuttujia, jotka ovat indikaattoreita köyhyyden (joista monet liittyy myös mahalaukun syöpä) sekä niiden synteettiset "sosioekonominen" Ensimmäinen tekijä on monimuuttujamenetelmin (taulukko 1). Kun ohjattu kaikille covariates (eli kolme tekijät Monimuuttuja-analyysissä ja ikä), yhdistyksen välillä mahasyövän ja intiaani syntyperä ei säily (OR = 1,28, 95%: n luottamusväli OR: 0,37-4,47, p = 0,69). Samoin kun me erikseen valvottuja vaikutuksen sosioekonomiset olosuhteet (ensimmäinen tekijä monimuuttuja-analyysi) tai ikä, yhdistyksen välillä mahasyövän ja intiaani syntyperä myös ei säily (OR = 2,58, 95%: n luottamusväli OR: 0,83 -8,07 tekijä 1 ja OR = 1,01, 95%: n luottamusväli OR: ,99-+1,02 iän).

keskustelu

Teimme tapauskontrollitutkimuksessa kaupunkialueilla sekoitetun väestön Lima (Peru) ja todennut, että intiaani yksittäiset syntyperää liittyy mahasyöpä. Kuitenkin tämä yhdistys näyttää pääosin johtuvan yhdistys sosioekonomiset muuttujat sekä mahasyövän ja intiaani syntyperä. Johdonmukaisesti, vaikka yhdistys syntyperää mahalaukun syöpä on merkittävä (p = 0,011), syntyperä vain selittää 1,6% vaihtelu taudin tilasta. Kun ei-geneettisen covariates sisältyvät, niiden yhteisvaikutus kanssa syntyperä selittää 22,3%: n vaihtelu taudin tilasta. Siksi korkea esiintyvyys mahasyövän Perussa [1], [28] ei näytä johtuvan esiintyvien tavallisesta alttius geneettisiä variantteja useammin intiaani väestön vaan yhdistelmä sosioekonomiset tekijät läsnä tässä potilasryhmässä . Kuitenkin lisätutkimuksia kanssa suurempi otoskoko tarvitaan tutkia tämän havainnon, koska voima havaita syntyperä geneettisiä vaikutuksia oli pieniä nykyisessä tutkimuksessa. Tämä tulos on sopusoinnussa suhteellinen lasku mahasyövän ilmaantuvuus Yhdysvalloissa viime vuosikymmeninä johtuen parantamiseen sosioekonomiset olosuhteet [29].

tarkkuus Syntyperän arvioiden riippuu useista asioista. Ensimmäinen on määrä ja luonne markkereita käytetään arvioitaessa seoksena. 103 Tavoitteet Tässä tutkimuksessa käytetty sisältävät riittävästi tietoa tuottaa hyväksyttävän sekoittumisen arvioiden [26], [30]. Galanter et ai. ovat osoitti myös, että paneeli on yli 88 Tavoitteet sisältää riittävästi tietoa arvioida yksittäisiä sekoitettuna tarkkuudella [31]. Toinen läpitunkeva menetelmiin kysymys arvioitaessa seoksessa on vaikeuksia käyttää tietoja edustavin vanhempien Afrikkalainen, Euroopan, ja intiaani väestön lisätyssä ryhmässä. Tässä tapauksessa me sisällytetty proxy että vanhempien väestölle Euroopan ja Afrikkalainen yksilöitä HapMap hanke, ja joukko Perun intiaanien Perun Andeilla ja lähialueilla Itä alueilla. Vaikka tämä vaihtoehto ei ehkä ole paras, 103 SNP käytetty, joka pyrkii, lieventää tätä kysymystä, koska niiden taajuudet ovat hyvin erilaisia ​​eri vanhempien etnisten ryhmien ja erittäin homogeeninen ne [26]. Näin ollen, käyttämällä markkereita nämä ominaisuudet tekee myös tulokset vankka valintaa optimaalisella vanhempien populaatioissa. Kolmanneksi, erilaisia ​​menetelmiä arvioida yksittäisten sekoittuminen voi tuottaa hieman erilaisia ​​tuloksia jopa alkaa samasta aineisto. Voit testata luotettavuutta meidän sekoittumisen tulosten suhteen sekoittumisen arviointimenetelmiä, me analysoitiin uudelleen datan käyttäen vaihtoehtoisia maksimi todennäköisyyden lähestymistapoja ehdottama Tang et al. [32] ja toteutettu ohjelmiston Frappe, ja menetelmä Alexander et al. toteutettu ohjelmiston Admixture v. 1.2 [33]. Kolme menetelmiä tuotti korreloi tulosta (kuva S2) ja sama kuvio yhdessä mahasyöpä (tuloksia ei ole esitetty).

Perun yksilöt syntyneet maaseudulla on enemmän intiaani syntyperä keskimäärin yli tehdä asukkaat suurten kaupunkikeskusten (taulukko 1). Eräässä tapauskontrollitutkimuksessa, tapaukset voivat usein sisältää yksilöiden enemmän intiaani syntyperä, koska niitä kutsutaan pienistä maaseudun terveyskeskuksissa suurten kaupunkien sairaaloihin saamaan parempaa hoitoa. Tämän asian malli on vähemmän vaikutusta valvontaa, joten ne voivat luoda vääriä yhdistys intiaani syntyperää tautiin. Olemme kuitenkin kirjattu paikat syntymän kaikille TET, ja siten ohjata tätä potentiaalia sekoittavien tekijä: kun sisältyi -paikka (Lima vs. maaseutu) kovarianssina logistisessa regressio, yhdistys intiaani syntyperää mahalaukun syöpä säilyi, vaikkakin alhaisemmalla merkitys (p = 0,05 vs. p = 0,011). Olemme päätellä, että yhdistyksen välillä mahasyövän ja syntyperä ei ole artefakti lähetteiden maaseudulla yksilöiden korkea intiaani syntyperä Tutkimuksemme sairaaloihin. Tämä tulos korostaa kerätä syntymäpaikka ja oleskelua tietoja geneettistä yhdistyksen tutkimuksia sairauksien Latinalaisessa Amerikassa ja muilla alueilla, joilla suurin osa Euroopan kolonisaatio ja sekoittumisen tapahtui kaupungeissa, ja kotoperäisten yksilöt ovat vallitsevia maaseudulla, kuten Melanesia ja Etelä-Afrikassa .

tässä tutkimuksessa olemme mukana kontrolleina yksilöiden suoliston metaplasiaa (n = 46), olettaen, että tämä ei lisää riskiä sairastua mahalaukun syöpään [23], [24], [25]. Tämä oletus ei ole yleisesti hyväksytty [34]. Kun vaihtoehtoisesti oletetaan kolme järjestysluku luokkiin sairauden riskin (ts yksilöille suoliston metaplasiaa, suoliston metaplasiaa, ja mahalaukun syöpä), tämä eteneminen, arvioi järjestysasteikko logistinen regressio liittyy myös intiaani syntyperä (OR = 2,83, 95 % CI OR: 1,10-7,29, p = 0,031), mutta jälleen kerran, tämä yhdistys ei säily, kun hallinnassa kaikkien covariates (kerroin 1, 2 ja 3 ja ikä) (OR = 1,08, 95% CI OR : 0,35-3,34, p = 0,897). Siten tuloksemme eivät riipu sisällyttämistä suoliston metaplasiaa yksilöiden verrokkeina.

Ongelma meidän koeasetelma on, että valvonta valittiin oireenmukaista yksilöt läsnä gastroenterologian palvelu, joille tähystys ja useimmissa on maha- vaurio: 6 histologisesti normaali mahan limakalvoa, 248 gastriitti, ja 46 kanssa metaplasiaa. Voidaan väittää, että optimaalinen ohjaus koostuisi vain henkilöt, joilla on normaali mahan limakalvon. Kuitenkin vain tähystys on mahdollista tarkasti selville puuttuessa mahavaurioita, ja suorittamalla tähystys vain tutkimustarkoituksiin, ei motivoi mahalaukun liittyviä oireita ei enää eettisesti hyväksyttäviä. Toisaalta, käyttäen kontrolleina henkilöiden väestössä, joille ei suoritettu tähystys ei välttämättä ole parempi vaihtoehto, koska tämä strategia olisi sisällytettävä valvonnan yksilöiden havaitsematta gastriitti [35] ja muita vastaavia vaurioita. Siksi uskomme, että tarkastukset ovat parempi toiminnallinen valinta tähän tutkimukseen, koska ne ovat yksilöitä osallistuvat samat gastroenterologian palvelut kuin tapaukset, ja koska ne on suoritettu tähystys, me tarkasti tietää niiden asemaan mahalaukun limakalvon. Myös Latinalaisessa Amerikassa on huomattava määrä väestöstä kerrostumista johtuvat sosioekonomiset tasolle ja syntyperä, jotka korreloivat suurissa kaupunkikeskuksissa Latinalaisessa Amerikassa (lisäksi tässä tutkimuksessa, katso Avena ym. 2012 [30] varten esimerkiksi Buenos Aires ja Campbell et al. 2012 [27]). Valitsemalla kesken tarkastusten hoitaja samassa sairaalassa kuin tapauksissa olemme lieventämiseksi muut voivat aiheuttaa väestön kerrostuminen tapausten ja kontrollien välillä.

Tässä tutkimuksessa raportoivat yllättävän suuren intiaani syntyperää (> 74%) sekä kontrolleissa ja tapauksissa hoitava julkiset sairaalat päässä nyt kosmopoliittinen kaupunki Lima, kansallinen pääoma, joka oli myös pääkaupunki espanjalainen Perun varakuningaskunta viisi vuosisataa ja siksi keskellä espanjalainen siirtomaavallan. Suuret kaupungit Ecuadorissa, Perussa, Boliviassa, ja Pohjois-Argentiinassa isäntäväestölleen jonka tavallista kulttuurinen tunnistamista Mestis
todennäköisesti sivuutetaan suuria Amerindian geneettistä taustaa. Nämä kaupunkiväestön usein kansoittavat maahanmuuttajia maaseudulla. Tuloksemme viittaavat siihen, että suuret kaupungit Länsi Etelä-Amerikan isännöi miljoonia yksilöitä pääasiassa Amerindian geneettinen tausta. Contemporary kansainvälinen Etelä-to-pohjoinen migraatiot Etelä-Amerikan kaupungit Andien alueella ovat leviämässä myös geneettisen taustan intiaanien kaikkialla maailmassa, ja on odotettavissa, että lähes miljoona Yhdysvallat maahanmuuttajat tulevat Andien [36] on korkea intiaani tausta. Ei olisi yllättävää, jos näitä populaatioita, luokitellaan "Hispano /Latino" Yhdysvalloissa, oli enemmän Amerindian syntyperä kuin US yksilöt luokitellaan intiaani.

Yhteenvetona osoitimme, että kaupunkiympäristössä sekoitettu populaatio Lima, intiaani yksittäiset syntyperää liittyy mahasyöpä, mutta tämä selittyy yhdistys sosioekonomiset muuttujat sekä mahasyövän ja intiaani syntyperä. Vaikka korkea esiintyvyys mahasyövän Perun väestölle erittäin intiaani syntyperä, tuloksemme osoittavat, että tämä epidemiologinen havainto ei perustu geneettisen perusteella, mikä viittaa hallitseva rooli sosioekonomiset tekijät ja erot terveyspalvelujen saatavuutta. Raportoimme yllättävän korkea intiaani syntyperää (> 74%) henkilöillä osallistuu sairaaloissa päässä nyt kosmopoliittisessa Lima. Koska intiaanien laiminlyöty ryhmä genomisessa tutkimuksissa, ehdotamme, että väestön Lima ja muissa suurissa kaupungeissa Länsi Etelä-Amerikassa saattaa olla kätevä kohteita epidemiologisista tutkimuksista keskittyi intiaani väestön. Pursuit tämän avenue tutkimuksen myöhemmin suurempia tutkimuksia alkaa kuilun [37] geneettisissä tutkimuksissa ja niiden mahdollisista eduista eurooppalaisten yksilöiden että muista yleensä heikommin populaatiot.

Materiaalit ja menetelmät

Oppiaineet

tässä tutkimuksessa aluksi palvelukseen 576 osallistuvista henkilöistä Gastroenterologia Osastot seuraavista kolmesta sairaalat Lima, vuosien 2006 ja 2009: Arzobispo Loayza, Dos de Mayo (sekä hallituksen sulkea), ja syöpään erikoistunut Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Kukin osallistuja vastasi kyselyn ennätys ikä, sukupuoli, syntymäpaikka ja oleskelun, ja muut sosioekonomiset, ravitsemuksellisia ja kliiniset tiedot (taulukko 1). Tapaukset olivat aikuisia tarkoitetun endoskopia ja joiden koepalat vahvistettiin positiivinen mahalaukun syövän histopatologista analyysiä. Vertailuryhmä sai myös koostuu aikuisista tarkoitettujen endoskopia, mutta joiden koepaloja osoittautui negatiiviseksi mahasyövän. Yksilöiden syöpää edeltävät vauriot, kuten dysplasia (n = 3) tai läsnä mahan kasvaimia muiden kuin mahasyövän (n = 16), suljettiin pois tutkimuksesta. Yksilöiden suoliston metaplasiaa (n = 46) sisällytettiin kontrolleina (katso keskustelu). Lopullinen määrä aiheita pidetään testata yhdistyksen tutkimuksessa oli 241 mahalaukun syöpätapausta ja 300 ohjaa.

Lisäksi kerätään näytteitä 296 intiaani henkilöt käytettiin vanhempien väestön arvioida syntyperän mahasyövän tapaukset ja valvontaa. Näitä ovat 23 viljelijät Pichacani (Puno), joka kuuluu hallitseva Andien Quechua etninen ryhmä, sekä 87 Shimaa ja 186 Ashaninka päässä Matsiguenga etninen ryhmä, ratkaistaan ​​välillä Andeilla ja Amazonin alueen. Kaikkien mahasyövän tapaukset ja valvontaa ja intiaanien, poimimamme genominen DNA käyttäen fenoli-kloroformi- menetelmällä kuvanneet Sambrook et al. muutoksin, tai Gentra Puregene veri (Qiagen, USA) [38]. Tutkimus oli hyväksynyt Sisäiset asiakasriskiluokitukset Asociación Benéfica PRISMA, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins University, Universidade Federal de Minas Geraisin sairaala Arzobispo Loayza, sairaala Dos de Mayo ja Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Kaikki tutkimukseen osallistuneet kunhan kirjallinen lupa.

Esivanhemmat informatiivinen markkereita (tavoitteet) ja genotyypityksen

Voit arvioida kansallisuus kullekin koehenkilöistä, me genotyyppi 106 SNP jotka ovat informatiivisia varten Afrikkalainen, Euroopan, ja intiaani syntyperä [26]. Genotyyppaustulokset suoritettiin Biomedical Genominen Center of Lastenklinikan Oakland Research Institute (University of Minnesota, MN, USA), käyttämällä Sequenom iPLEX alustan (San Diego, CA, USA). Lyhyesti, se perustuu alleeli-spesifinen aluke pidennys, jota seuraa erottaminen vaihtoehtoisia alleelien massaspektrometrialla. Genotyyppaustulokset mukana neljä multipleksoidun määrityksissä, kolme sisältävä 26 SNP ja toinen sisälsi 28 SNP. Ennen genotyypitys DNA-näytteet tehtiin Quality Control (QC) menettely, joka koostui: (1) ei-alleelinen kvantitatiivinen-PCR-analyysi, joka mittaa määrä PCR-monistettavissa DNA ja (2) päätepiste lukeman Taqman SNP genotyypin määritys (Applied Biosystems, Palo Alto, CA, USA), joka sen lisäksi, että saadaan aikaan toinen arviointi kyky PCR-monistamaan kunkin näytteen, on herkkä indikaattori näytteen ja näytteen ristikontaminaation. Sen jälkeen poistimme SNP rs30125 ja rs888861, joka osoitti puhelutaajuuden < 95%, keskimääräinen puhelun korko SNP oli 99,7%. Niistä 106 markkereita, 104 voimakkaasti syntyy puhelun hinnat vähintään 95% näytteistä, mutta SNP rs2592888 ei ole genotyyppien julkisesti saatavilla Hapmap väestön ja SNP suljettiin muihin analyyseihin. Siten käytimme genotyyppien varten 103 SNP arvioida sekoittumisen (katso taulukko S3 täydellistä luetteloa, niiden alleelifrekvenssit tutkimuksessa populaatiot).

Esipolviluettelo arvioi

ennakoitu syntyperä käyttäen seuraavat kolme vanhempien ryhmää kokoonpanossa sukulaisyksilöistä: (1) Länsi-Afrikkalainen joruba Nigeriasta (YRI - 118 yksilöitä HapMap II /III hanke); (2) Utah yksilöiden Euroopan syntyperä saatavilla Centre d'Etude du Polymorphisme Humain-
CEPH collection (CEU - 60 yksilöitä HapMap II Project) ja (3) 296 perulaisten intiaanien keräämiä ryhmämme . Genotyypit afrikkalaisten ja eurooppalaisten saatiin julkisista HapMap tietokantaa [39], kun taas intiaanien genotyypattiin Tutkimusta varten.

arvioidaan yksilön sukujuuret ja sen 90%: uskottavuus välein menetelmällä toteutettu ohjelman rakenne 2.3.3 [40], [41]. Se sopii Bayes todennäköisyys malli väestörakenteesta ja sekoittumisen käyttämällä Markovin ketju Monte Carlo (MCMC) menettely, arvioimalla osuus K vanhempien väestön genomien yksilöitä sekoitetusta väestöstä. Oletimme, että HapMap YRI ja CEU ja meidän intiaani näytteet edustivat vanhempien väestön ja että mahasyövän tapausten ja kontrollien välillä Lima sekoitettiin yksilöitä. Tämän tieto asettaa, kukin rakenne run oli 50,000 burn-portaittain seurasi 250.000 MCMC vaiheita, ja toistettiin kolme kertaa, jotta tarkistamalla tulosten luotettavuus. Tämä pituus ajon ja Tarkistustoimenpiteen sulkea haitallisista puute lähentyminen Markovin ketjut, mikä tapahtuu, kun menettely ei kunnolla tutkia tilaa mallin parametreja. Kaikki ajot suoritettiin olettaen kolme klustereita (K = 3), lambda asetettiin 1,0, ja α parametrit arvioidaan jokaisen kolmen klustereiden GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0,05 ja emme käytä ennalta tietoja yksityishenkilöiden vanhempien populaatiot avustaa klustereiden (USEPOPINFO = 0).

tilastollinen

edustavat geneettisen rakenteen meidän näytteitä yhteydessä vanhempien väestön monimuotoisuuden, suoritimme pääkomponenttianalyysi (PCA) yksittäisten genotyyppien (kuvio 1), kuten se on toteutettu ohjelmiston Adegenet ja Ade4 tutkimus- ympäristölle [42], [43]. Käytimme myös Ade4 soveltaa klusterointimenetelmä joka perustuu PCA kaksiulotteista kuvaa yksilöiden ja väestön painopisteen, suunnittelemalla kaksiulotteisessa ellipsin hajonta. Lisäksi sukupuolen, iän ja itse ilmoitettu etnisyys, kattavia sosioekonomisia, ravitsemuksellisia ja kliiniset tiedot kerättiin kuten siviilisääty, syntymäpaikka, koulutustaso, kotitalouden olosuhteet, ruokatottumukset, taajuus kulutus hedelmiä, vihanneksia, liha ja siipikarja, infuusiot, sekä mahalaukun liittyviä oireita. Tämä tieto järjestettiin binary, järjestys- tai kategorisen muuttujia, kuten taulukosta S4). Me ulkopuolelle muuttujia, oli yli 10% puuttuvat tiedot, ja lopulliset 43 muuttujia olivat mukana myöhemmissä analyyseissä. Vähentää dimensionaalisuus Tästä henkilökohtainen, sosioekonomiset, ravitsemuksellisia, ja kliininen ei-geneettisten muuttujien suoritimme Monimuuttuja tekijä analyysit käyttämällä Statistical Package for Social Sciences (SPSS) ohjelmisto (SPSS 19 for Windows, SPSS Inc., Chicago, IL , YHDYSVALLAT). Kerroin analyysi syntetisoi varianssi alkuperäisen muuttujia tietyn vähäisen määrän transformoitujen muuttujien (tässä tapauksessa 3), jota kutsutaan tekijät. Jokainen tekijä kaappaa vastaaviin tietoa alkuperäisestä aineisto mutta tekijät ovat korreloimattomia joukossa [44].

testaamiseksi yhdistyksen näiden ei-geneettisten muuttujien tai sen edustus on saatu monimuuttuja faktorianalyysit kanssa mahasyövän (binary

• PLoS ONE: Korkea γ-säteily Herkkyys liittyy lisääntynyt mahalaukun syöpäriski kiinalaisessa Han Asukasluku: Case-Control analyysi
• PLoS ONE: Meta-analyysi interleukiini-10 -592 Promoottori polymorfismi Associated kanssa mahasyövän Risk