PLoS ONE: socialiniai ir ekonominiai ir mitybos veiksniai atsiskaityti už skrandžio vėžio asociacijos su Amerindėnų Kilmės A Lotynų Amerikos susimaišė gyventojams

Anotacija

Skrandžio vėžys yra viena iš labiausiai mirtinų rūšių vėžio ir jo dažnis skiriasi visame pasaulyje, su Andų regione Pietų Amerikoje, kuriame paplitusioms. Mes įvertinome genetinę struktūrą gyventojų nuo Limos (Peru) ir atliko atvejo-kontrolės genetinis asociacijos tyrimą išbandyti Afrikos, Europos, ar Amerikos indėnų protėviai prisidėti prie rizikos skrandžio vėžio, kontroliuoti, kad ne genetinių veiksnių poveikio , Platus rinkinys socialinės ir ekonominės, mitybos ir klinikos informacijos buvo renkami kiekvienu dalyviu tyrimo ir proseneliai buvo apskaičiuota remiantis 103 protėvių informaciniams žymekliais. Nors miesto gyventojų iš Lima paprastai laikomas Metis (ty, susimaišė iš afrikiečių, europiečių ir indėnų), mes nustatėme aukštą frakciją Amerikos indėnų protėviai (78,4%, tais atvejais, ir 74,6% kontroliniuose) ir labai mažas Afrikos Kilmės (< 5%). Mes nustatėme, kad didesnis Indėnai individualus Kilmės yra susijęs su skrandžio vėžiu, tačiau socialinių ir ekonominių veiksnių, susijusių tiek su skrandžio vėžio ir Amerikos indėnų tautybės sąskaitą šios asociacijos. Todėl didelis sergamumas skrandžio vėžiu Peru neatrodo būti susiję su bendrais šioje populiacijoje jautrumą alelių. Vietoj to, mūsų rezultatas rodo dominuojantį vaidmenį tautinių susijusių socialinių ir ekonominių veiksnių ir skirtumų galimybę naudotis sveikatos priežiūros paslaugomis. Nuo Indėnai yra apleisti grupė genomo tyrimų, mes rekomenduojame, kad gyventojai iš Lima ir kitų didžiųjų miestų iš Vakarų Pietų Amerikoje su dideliu Amerikos indėnų protėvių fone gali būti patogu tikslai epidemiologinių tyrimų orientuota į šios etninės grupės.

nurodomoji dalis: Pereira L, Zamudio R Soares-Souza G Herrera P Cabrera, L, Hooper CK, ir kt. (2012) socialinius ir ekonominius bei mitybos veiksniai atsiskaityti už skrandžio vėžio asociacijos su Amerindėnų Kilmės A Lotynų Amerikos susimaišė gyventojų. PLoS vieną iš 7 (8): e41200. Doi: 10,1371 /journal.pone.0041200

redaktorius: Zongli Xu nacionalinis institutas aplinkos sveikatos mokslų, Jungtinės Amerikos Valstijos

Įstojo: Kovo 1, 2012; Priėmė: Birželis 18, 2012 m Paskelbta rugpjūčio 3, 2012

Tai atviros prieigos straipsnio be visų autorių, ir gali būti laisvai atgaminti, platinti, perduoti, keisti, pastatytas ant, ar jos kitaip nenaudojamos niekam bet kuriam teisėtam tikslui. Darbas prieinamas pagal Creative Commons CC0 viešo atsidavimą

Finansavimas:. Fogarty International centras ir Nacionalinis vėžio institutas (5R01TW007894) finansuojamas šį tyrimą. Tyrimas ir jo dalyviai taip pat gavo finansavimą ir stipendijas iš šių Brazilijos agentūrų: Brazilijos nacionalinės mokslinių tyrimų tarybos, Švietimo ir mokslo ministerija, Sveikatos apsaugos ministerija (PNPD-health programa) ir Minas Gerais valstijos Reaearch agentūra. Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Skrandžio vėžys yra viena iš labiausiai mirtinų rūšių vėžio, sudaro maždaug 800.000 mirčių per metus, tačiau jo dažnis labai skiriasi visame pasaulyje [1]. Didžiausias sergamumas skrandžio vėžiu yra stebimas Rytų Azijoje, Rytų Europoje, ir Andų regione Pietų Amerikoje. Iš tiesų, Peru gyventojų, skrandžio vėžys užima antrą vietą sergamumo tarp vyrų ir trečią vietą tarp moterų (22,6 ir 20 atvejų per atitinkamai 100.000 vyrų ir moterų), yra vėžio tipo su aukščiausiu mirtingumą. Palyginti, skrandžio vėžio atvejų Peru yra maždaug penkis kartus didesnis nei JAV ir du kartus pastebėta Brazilijoje [1].

Recavarren-Arce ir kt. ir Correa pasiūlė progresavimo modelį žarnyno tipo skrandžio adenokarcinoma vystymosi, kuris susideda iš perėjimo nuo paviršutiniško gastritas į metaplazijos į displaziją ir galiausiai, skrandžio adenokarcinoma [2], [3]. Iš socialinių ir ekonominių, aplinkos ir mitybos veiksnių gausa moduliuoti šį progresavimą ir individualią riziką galiausiai kuriant skrandžio vėžiu. Lėtinis infekcija bakterija skrandyje, Helicobacter pylori
todėl lėtinis uždegimas yra pagrindinė priskirtini rizikos veiksnys [4], nors ir mažiau nei 2% H. pylori
vežėjai plėtoti skrandžio vėžiu [5]. Helicobacter pylori
įvairovė taip pat turi įtakos priimančiosios skrandžio vėžio riziką, o bakterijų virulentiškumo faktorius CAG + buvimas yra viena iš aktualiausių rizikos veiksnių. Nors ši virulentiškumo faktorius turi ~60% Europos ir JAV gyventojų dažnumą, pasiekia daugiau nei 90% Peru gyventojų [6]. Be to, nors Amerikos indėnų asmenys iš izoliuotų populiacijų yra užsikrėtę daugiausia vietinių padermių, primenančius Azijos padermės, atsižvelgiant į pleistoceno Azijos kilmės Indėnai, asmenys, gyvenantys vidutinių ir didelių urbanistinių centrų, net jei jie gali turėti vyraujantį Indėnai, protėvius yra užsikrėtę daugiausia Europos ar hibridinių padermių atnešė į Ameriką po 15 a. Šie kamienai buvo didžia dalimi pakeitė mažiau virulentiška ar stipriai gimtoji atmainos [7], [8].

Skurdas taip pat koreliuoja su skrandžio adenokarcinoma [9], ir nors padidėjęs vartojimas perdirbtų arba rūkyta maisto ir druska yra rizikos veiksniai, dažnas suvartojamų šviežių vaisių ir daržovių yra apsauginis [10], [11], [12], [13]. Žmogaus genetinė įvairovė taip pat yra svarbi [14]. Pastebėti skirtumai skrandžio vėžio atvejų visame pasaulyje gali būti dėl aplinkos veiksnių ar jų jautrumo genetinių variantų, kurie yra dažnesnės populiacijų didelis sergamumas ligą, bet identifikavimo ir diskriminacija iš šių veiksnių yra sudėtinga. Nors bendra jautrumo genetiniai variantai buvo nustatyti Europos ir Kinijos populiacijos genomo ir kandidatas genų asociacijos tyrimų genų, pavyzdžiui, PLCE
[15] IL1B
[14], IL8
[16], [17], [18], IL1RN
[19], ir PTGS2
[20], šie variantai sudaro nedidelę dalį genetinė variacija, susijusi su atsitiktinio skrandžio vėžio.

Peru, su savo didelis sergamumas skrandžio vėžiu, turi didžiausią Amerikos indėnų gyventojų Pietų Amerikoje [21] ir didelių miestų, tokių kaip Lima yra apgyvendintos žmonių klasifikuojami kaip Metis ( ty, asmenys su priemaiša iš afrikiečių, europiečių ir indėnų). Jei yra žmogaus genetinis pagrindas didelis sergamumas skrandžio vėžiu Andų regione, mes tikimės, kad susimaišiusios gyventojų iš Lima uosto genetinius variantus apskaičiuodami šio didelio sergamumo, ir jei šie variantai buvo labiau paplitusi Amerikos indėnų genetinio fono šios populiacijos, būtų galima naudoti genomo strategiją priemaišų žemėlapių atrasti šiuos variantus. Priemaišas kartografavimo tyrimai neseniai padėjo nustatyti variantus, susijusius su prostatos vėžiu [22] Afrikos-Amerikos gyventojų, bet šis metodas dar turi būti visiškai taikoma Lotynų Amerikos arba Latino /Ispanas JAV gyventojų. Atsižvelgiant į tai, šios bylos kontrolės genetinis asociacijos tyrimo tikslai yra: (i) įvertinti tautinę sudėtį ir su juo susijusių genetinę struktūrą pacientų, lankančių didelių ligoninių Limoje; (Ii) patikrinti, ar individualus Indėnai, Europos ir Afrikos ancestries yra rizikos veiksniai skrandžio vėžio, kontroliuoti, kad ne genetinių veiksnių (pvz, socialinės ir ekonominės, mitybos ir klinikinės) poveikį. Socialinius ir ekonominius, maisto ir klinikinė informacija buvo surinkta kiekvieno dalyvio tyrimo ir proseneliai buvo apskaičiuota remiantis 103 protėvių-informatyvus žymekliai (tikslų). Mes nustatėme, kad didesnis Indėnai individualus Kilmės yra susijęs su skrandžio vėžiu, bet socioekonominiai veiksniai, susiję tiek su skrandžio vėžiu ir etninė sąskaitą šios asociacijos. Nepaisant didelio sergamumo skrandžio vėžiu tarp Peru vyrauja Amerikos indėnų protėviai, mūsų rezultatai nerodo, kad aiškiai genetinio pagrindo šio neatitikimo dažnumo. Atvirkščiai, jie rodo dominuojantį vaidmenį tautinių susijęs socialinis ir ekonominis ir žmogaus ekologinių veiksnių ir skirtumų galimybės gauti sveikatos priežiūros paslaugas.

Rezultatai

įdarbino asmenis lankančių Gastroenterologijos skyriai ir paskyrė už iš trijų endoskopija didelių ligoninių Lima (S1 lentelėje). Bylų buvo perduota už endoskopija ir kurių biopsijos buvo patvirtinta teigiamas skrandžio vėžio histopatologinių analizių suaugusieji. Kontrolinė grupė buvo sudaryta iš asmenų, kurių biopsijos buvo neigiami skrandžio vėžio. Asmenys, turintys žarnyno metaplazijos (n = 46) buvo įtrauktos kaip kontrolės prielaida, kad šis metaplazijos tipas nedidina susirgti skrandžio vėžiu [23] riziką [24], [25].

Mes naudojome įteisintas rinkinys 103 tikslus [26], kad būtų įvertinti Gimtoji Amerikos, Europos ir Amerikos indėnų individualų protėvius kiekvienam iš 241 skrandžio vėžio atvejų ir 300 kontrolės įdarbinti šiame tyrime. Pagrindinis komponentas analizė (PBS, 1 paveikslas) atskirų genotipų mūsų Peru mėginių (įskaitant 296 Indėnai) ir Europos, Afrikos ir Meksikos asmenų iš HapMap-III rodo, kad siekiama naudojami diskriminuoti Afrikos, Europos ir Peru Indėnai tėvų populiacijos, ir kad susimaišė meksikiečiai (rezidentas Los Andžele) ir Peru skrandžio atvejais ir kontrolės lankančių Lima ligonines patenka tarp europiečių ir indėnų. Be to, Peru skrandžio dėklai ir kontrolė yra gana arčiau Peru indėnų tėvų populiacijos. Nors miesto gyventojų iš Lima laikoma Metis (ty, paprastai susimaišė), tirtų grupių čia parodė labai aukštą Indėnai protėvius (78,4% atvejus ir 74,6% už kontrolę, dėžutė 1 paveiksle), su mažai Afrikos Pirmtakės (< 5%, S1 pav). Įdomu tai, kad yra teigiamas ryšys tarp Amerikos indėnų protėviai ir skrandžio vėžio (logistinės regresijos, arba = 3,69, 95% PI iš Arba: 1.34-10.09, p = 0,011, R2 = 0,016), todėl neigiamas ryšys su Europos protėvius .

Kaip ir tikėtasi, kintamieji, kurie yra pakaitiniai skurdo (žemas išsilavinimo lygis, namų kokybės charakteristikos, kaip antai žemos kokybės medžiagų, gerų prietaisų trūkumo ir prastos sanitarijos sąlygų naudojimui) buvo susijusios su skrandžio vėžiu (lentelė 1). Be to, kai virškinimo susiję simptomai, pvz deginimas (p < 0,0001), pykinimas (p < 0,0001), vėmimas (p < 0,0001), ir sunkumas (p < 0,0001) buvo dažnesni tais atvejais, negu kontrolinės grupės, tačiau šie simptomai tikėtina, kad ligos (1 lentelė) pasekmė. Kintamasis amžius paprastai platinamos (p < 0,01, Kolmogorovo-Smirnovo testas), vidurkiai (ir nuokrypis interkvartilinis) kontrolės ir atvejų buvo 61 (standartinis nuokrypis (SN): 21) ir 65 (SD 25) metų (atitinkamai p = 0,042, Mann-Whitney testas); Todėl šis kintamasis buvo laikomas kintamųjų, į tolesnį logistinę regresiją analizes.

susintetinti platų rinkinį Negenetinių kintamųjų surinktų atvejais ir kontrolės, naudojant daugiamatis faktoriaus analizė, siekiant sumažinti jų 43 Ne Dimensija genetiniai kintamieji pagal užfiksuoti koreliaciją tarp jų (1 lentelė ir lentelė S2). Įdomu tai, kad pirmasis faktorius (16,38% Bendros variacijos) dominuoja pagal socialines ir ekonomines kintamųjų bet apima tarpusavyje susijusių mitybos kintamųjų poaibį, didesnes vertes faktoriaus, atitinkančią turtingesni sąlygomis. Antrasis veiksnys (5,95% nuo bendro dispersija) apima sutrumpinti socialinės-ekonominės ir mitybos kintamųjų, taip pat Skundai, tokie kaip skausmo. Trečiasis faktorius (5,26% visos dispersijos) dominuoja virškinimo susijusių simptomų. Mes naudojamas atskirus koordinatės, kiekvieno iš šių trijų veiksnių, į kuriuos sintetiniu būdu parodytų tikrojo rinkinį 43 kintamųjų. Tiek pirmasis "socialinį ir ekonominį" faktorius ir antrasis veiksnys yra susijęs su skrandžio vėžio (OR = 0,68, p = 0,0002 ir ARBA = 0,7, p = 0,0008, atitinkamai), taip pat su etninėse grupėse (p = 0,02 ir p = 0,00003 atitinkamai, kur didesnės vertės koeficiento atitinka geresnių socialinių ir ekonominių sąlygų). Trečiasis "virškinimo trakto simptomai" faktorius yra susijęs su skrandžio vėžiu (OR = 2,16, p < 0,0001).

Pastebėjus ryšys tarp Amerikos indėnų protėviai ir skrandžio vėžio gali būti dėl to, kad prieštaringų socialinių ir ekonominių arba mitybos kintamųjų poveikis susijęs su tiek skrandžio vėžio ir proseneliai. Jis yra gerai žinoma, kad didelės Amerikos indėnų ar Afrikos Kilmės asocijuojasi su skurdu daugelyje populiacijų Amerikoje (taip pat žr [27]). Nuosekliai, mes nustatėme, kad Amerikos indėnų protėviai yra susijęs su kintamųjų, kurie yra rodikliai skurdo (iš kurių daugelis taip pat buvo susiję su skrandžio vėžiu), taip pat jų sintetiniai "socialinio ir ekonominio" pirmojo faktoriaus Dispersinės analizės (1 lentelė). Kai mes kontroliuoja visų kintamųjų (ty trys veiksniai Dispersinės analizės ir amžių), tarp skrandžio vėžio ir Amerikos indėnų protėviai asociacija neišsilaiko (arba = 1.28, 95% PI iš Arba: 0.37-4.47, p = 0,69). Be to, kai mes atskirai kontroliuojami dėl socialinių ir ekonominių sąlygų poveikio (pirmas faktorius Dispersinės analizės) arba amžiaus, tarp skrandžio vėžio ir Amerikos indėnų protėviai asociacija taip pat neišsilaiko (arba = 2.58, 95% PI iš Arba: 0,83 -8,07 1 faktoriaus ir AR = 1,01, 95% PI iš Arba:. 0.99-1.02 pagal amžių)

Diskusijos

Mes atlikome atvejo-kontrolės tyrimą miesto mišinyje su gyventojų iš Limoje (Peru) ir nustatė, kad Indėnai individualus Kilmės yra susijęs su skrandžio vėžiu. Tačiau ši asociacija atrodo pirmiausia būtų dėl socialinių ir ekonominių kintamųjų tiek su skrandžio vėžiu ir su Amerikos indėnų protėviai asociacijos. Nuosekliai, nors proseneliai su skrandžio vėžio asociacija yra reikšmingas (p = 0,011), Kilmės paaiškina tik 1,6% nuo ligos būklės dispersijos. Kai negenetiniai kintami dydžiai yra įtraukti, jų bendras poveikis su protėvių paaiškina 22,3% nuo ligos būklės dispersijos. Todėl didelis sergamumas skrandžio vėžiu Peru [1], [28], neatrodo, kad būtų dėl bendro jautrumo genetinių variantų buvimas dažniau Amerikos indėnų gyventojų, o prie socialinių ir ekonominių veiksnių yra šioje populiacijoje , Tačiau tolesni tyrimai su didesniais imtys yra reikalinga ištirti šią pastabą, nes maitinimas aptikti Kilmės genetinius pasekmes buvo ribotos dabartinės studijų. Šis rezultatas yra suderinamas su santykinio sumažėjimo skrandžio vėžio atvejų Jungtinėse Valstijose per pastaruosius dešimtmečius dėl socialinių ir ekonominių sąlygų gerinimo [29].

tikslumas protėvių skaičiavimais, priklauso nuo keleto klausimų. Pirmasis yra skaičius ir žymenų, naudojamų apskaičiuoti priemaišų pobūdis. 103 Tikslai, naudojami šiame tyrime yra pakankamai informacijos, kad gaminti priimtinus priemaišų sąmatas [26], [30]. Galanter ir kt. Taip pat parodė, kad daugiau nei 88 TIKSLAI panelė yra pakankamai informacijos, kad būtų nustatyta individuali mišinyje su tikslumu [31]. Antrasis visur metodologinis klausimas vertinant priemaišų yra naudojant duomenis iš tipiškiausių tėvų Afrikos, Europos ir Amerikos indėnų populiacijos mišinyje su grupės sunku. Tokiu atveju, mes įtraukti kaip pakaitalą tėvų gyventojų Europos ir Afrikos asmenims nuo HapMap projektą, ir iš Peru indėnų rinkinį iš Peru Andų kalnų ir kaimyninių Rytų srityse. Nors šis pasirinkimas negali būti optimalus, naudojami 103 SNP, yra tikslus, sušvelnina šį klausimą, nes jų dažniai yra labai skirtingi tarp tėvų etninių grupių ir labai homogeniška per juos [26]. Taigi, žymenų naudojimas šių charakteristikų teikia mūsų rezultatus tvirtą į optimalias tėvinių populiacijų pasirinkimą. Trečia, skirtingi metodai įvertinti atskirų priemaišos gali sukelti šiek tiek skirtingus rezultatus net pradeda iš to paties rinkinio. Norėdami išbandyti mūsų priemaišų rezultatų patikimumą atžvilgiu Mišinį vertinimo metodų, mes ištirti pakartotinai duomenis naudojant alternatyvų maksimalų-tikimybę požiūrių pasiūlytą Tang et al. [32] ir įgyvendinamos programinės įrangos Frappe ir pateikė Alexander et al metodas. 1,2 įgyvendinama programinė įranga priemaišų v. [33]. Trys būdai pagaminti labai koreliuoti rezultatai (S2 pav) ir tas pats modelis kartu su skrandžio vėžiu (duomenys neparodyti).

Peru asmenys gimę kaime turi daugiau Indėnai protėvius vidutiniškai nei daryti gyventojams didelis miestų centrai (1 lentelė). Be atvejo-kontrolės tyrimo, bylos gali dažnai apima asmenis, turinčius daugiau Amerikos indėnų protėviai, nes jie vadinami nuo mažų kaimo sveikatos centruose didelių miestų ligoninėse gauti geresnę sveikatos priežiūrą. Šiame kreipimesi modelis turi mažesnį poveikį kontrolės, ir todėl gali sukurti parazitinės asociacija Amerikos indėnų protėviai su liga. Tačiau, mes įrašyti gimimo vietos visiems tyrimo dalyviams, ir taip kontroliuoja šį galimą stulbinantis faktas: kai mes įtraukti gimimo vietą (Lima vs kaimo), kaip į logistinę regresiją kovariantą, kad Amerikos indėnų protėviai kartu su skrandžio vėžiu išliko, nors ir ne taip reikšmės (p = 0,05 vs p = 0,011). Galime daryti išvadą, kad tarp skrandžio vėžio ir proseneliai asociacija nėra referalų Užmiestis asmenims su dideliu Amerikos indėnų protėviai mūsų studijų ligoninėse artefaktas. Šis rezultatas pabrėžia rinkti gimtinė ir gyventi duomenis genetinių asociacijos tyrimų su ligomis Lotynų Amerikos ir kitų regionų, kur dauguma Europos kolonizacija ir įmaišyti įvyko miestuose svarbą ir daugiau autochtoninis asmenys dominuoja kaimo vietovėse, pavyzdžiui, Melanezijos ir Pietų Afrikos .

šiame tyrime mes įtraukti kaip kontrolę asmenims, turintiems žarnyno metaplazijos (n = 46), darant prielaidą, kad tai nepadidins susirgti skrandžio vėžiu [23] riziką [24], [25]. Tačiau ši prielaida nėra visuotinai priimtas [34]. Kai mes alternatyviai prisiimti tris skaitvardžiai kategorijas ligų rizika (ty, asmenys be žarnyno metaplazijos, su žarnyno metaplazijos ir su skrandžio vėžiu), šio progresavimo, įvertintas pasitelkus ran logistinę regresiją taip pat susijęs su Amerikos indėnų protėviai (OR = 2,83, 95 % PI OR: 1.10-7.29, p = 0,031), tačiau ir vėl, šis junginys neišsilaiko, kai kontroliuojama visų kintamų dydžių (3 kartus 1, 2, ir ir su amžiumi) (arba = 1,08, 95% PI AR : 0,35-3,34, p = 0,897). Taigi, mūsų rezultatai neturi priklausyti nuo žarnyno Metaplasia asmenų kaip kontrolės įtraukimo.

klausimas mūsų eksperimentinio dizaino yra tai, kad kontrolė buvo pasirinktas kaip simptominis asmenų lankančių Gastroenterologijos paslaugą, išgyvena endoskopija ir dauguma iš jų su skrandžio pažeidimas: 6 su histologiškai normalų skrandžio gleivinę, 248 su gastritu, ir 46 su metaplazijos. Būtų galima teigti, kad optimalus valdymas būtų sudarytas tik asmenims, turintiems normalią skrandžio gleivinę. Tačiau tik per endoskopija tai galima tiksliai išsiaiškinti skrandžio pažeidimų nebuvimą, ir atlikdamas mokslinių tyrimų tikslais tik, o ne motyvuotomis skrandžio susijusių simptomų endoskopija nebėra etiškai priimtinas. Kita vertus, naudojant kaip kontrolę asmenų iš gyventojų, kurie nepergyveno endoskopija nebūtinai yra geresnis pasirinkimas, nes ši strategija būtų įtrauktas kaip kontrolę asmenims, turintiems nepastebimai gastritas [35] ir kitų panašių pažeidimų. Todėl manome, kad mūsų kontrolė yra geriau veikti pasirinkimas šiame tyrime, nes jie yra asmenys, dalyvaujantys tuos pačius Gastroenterologijos paslaugas tais atvejais, o nuo jos jau buvo endoskopija, mes tiksliai žinoti savo skrandžio gleivinės būklę. Be to, Lotynų Amerikoje yra didelis lygis gyventojų stratifikacijos dėl socialinės ir ekonominės lygio ir protėvius, kurie yra susiję dideli urbanistinių centrų Lotynų Amerikoje (be šio tyrimo, matyti Avena et al., 2012 [30] dėl pavyzdyje Buenos Airės ir Campbell et al., 2012 [27]). Pasirinkę kontrolę tarp palydovų tos pačios ligoninės, nei tais atvejais, mes sumažinti šį Kitos galimos šaltinį gyventojų stratifikacija tarp atvejų ir kontrolės

Šiame tyrime mes pranešime stebėtinai aukštą Indėnai protėvius (> 74%). Tiek kontrole ir atvejų, lankančių valstybinės ligoninės nuo dabar kosmopolitinis miestas Lima, nacionalinio kapitalo, kad taip pat buvo ispanas Peru vicekaralystė kapitalas penkis šimtmečius, todėl iš ispanas kolonijinės galios centro. Dideli miestai Ekvadoras, Peru, Bolivija, ir Šiaurės Argentina priimančiųjų gyventojų, kurių įprasta kultūrinė identifikacija kaip Mestizo
tikėtina ignoruoja savo didelį Amerindėnų genetinę fone. Šie miestų gyventojai dažnai apgyvendintas imigrantų iš kaimo vietovių. Mūsų rezultatai rodo, kad didelių miestų Vakarų Pietų Amerikoje vyks milijonus individų daugiausia Amerindėnų genetinio fono. Šiuolaikinės tarptautinės Pietų-to-šiaurės migracija iš Pietų Amerikos miestuose iš Andų regione, taip pat skleidžiant genetinę fone Indėnai visame pasaulyje, ir tikimasi, kad beveik vienas milijonas JAV imigrantai iš Andų šalių [36] yra didelė Indėnai fonas. Nebūtų keista, jei šie gyventojai, klasifikuojami kaip "Hispano /Latino" Jungtinėse Amerikos Valstijose, turėjo daugiau Amerindėnų protėvius, nei mums asmenims klasifikuojami kaip Amerikos indėnų.

Taigi, mes parodė, kad miesto mišinyje su gyventojų iš Lima, Amerikos indėnų individualus Kilmės yra susijęs su skrandžio vėžiu, tačiau tai paaiškinti socialinių ir ekonominių kintamųjų, kurių tiek skrandžio vėžio ir Amerikos indėnų protėviai asociacijos. Nepaisant didelio sergamumo skrandžio vėžiu Peru gyventojų labai aukšto Amerikos indėnų protėviai, mūsų rezultatai rodo, kad tai epidemiologinis stebėjimas nesiremia genetinis pagrindas, tai rodo vyraujantį vaidmenį socialinių ir ekonominių veiksnių ir skirtumų galimybės gauti sveikatos priežiūros paslaugas. Mes pranešti stebėtinai aukštą Indėnai protėvius (> 74%) asmenims, lankantiems ligonines nuo dabar kosmopolitinis miestas Lima. Nuo Indėnai yra apleisti grupė genomo tyrimų, mes rekomenduojame, kad gyventojai iš Lima ir kitų didžiųjų miestų Vakarų Pietų Amerikoje gali būti patogu tikslai epidemiologinių tyrimų orientuota į Amerikos indėnų gyventojų. Siekiant šio mokslinius tyrimus, vėliau didesnių tyrimų prospekte pradės atotrūkį [37] genetinių tyrimų ir jų potencialią naudą tarp Europos asmenims ir iš kitų paprastai mažiau gerai tarnavo gyventojų.

Medžiagos ir metodai

Dalykai

šiame tyrime mes pradžių įdarbinti 576 asmenys, dalyvaujantys Gastroenterologijos skyriai šių trijų ligoninių, esantys Lima, tarp 2006 ir 2009: Arzobispo Loayza Dos de Mayo (tiek vyriausybės valdė), o vėžio specializuojasi Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Kiekvienas dalyvis atsakė į klausimyną rekordiškai amžių, lytį, gimimo vietą ir apsigyvenimo sąlygų bei kitų socialinės ir ekonominės, mitybos ir klinikinės informacijos (1 lentelė). Bylų buvo perduota už endoskopija ir kurių biopsijos buvo patvirtinta teigiamas skrandžio vėžio histopatologiniams analizės suaugusieji. Kontrolinė grupė buvo sudaryta iš suaugusių asmenų perduodami endoskopija, bet kurių biopsijos pasirodė neigiamas skrandžio vėžio. Asmenys turintys ikivėžinių pakitimų, tokių kaip displazijos (n = 3) arba su buvimo, išskyrus skrandžio vėžio skrandžio navikų (n = 16) buvo pašalinti iš tyrimo. Asmenys, turintys žarnyno metaplazijos (n = 46) buvo įtrauktos kaip kontrolės (žr Diskusijos). Galutinis tiriamųjų skaičius laikomas bandymo asociacijos tyrimo metu buvo 241 skrandžio vėžio atvejų ir 300 kontrolės.

Taip pat surinkti mėginiai iš 296 Amerikos indėnų asmenų, kurie buvo naudojami kaip tėvų gyventojų įvertinti protėvius skrandžio vėžio atvejų ir kontrolė. Tai apima 23 ūkininkus nuo Pichacani (Puno), priklausanti didžiąją Andų kečujų etninės grupės, taip pat 87 Shimaa ir 186 Ashaninka iš Matsiguenga etninei grupei, nusistovėjusią tarp Andų ir Amazonės regione. Visiems skrandžio vėžio atvejų ir kontrolės vykdymą ir už Indėnai, išėmėme genomo DNR naudojant fenolio-chlorophorm metodas, kurį aprašė Sambrook et al. su pakeitimais, arba Gentra Puregene kraujo komplektas (Qiagen, JAV) [38]. Šis tyrimas patvirtino IRBs Asociación Benéfica Prisma "," Universidad Peruana Cayetano Heredia, Johns Hopkins universiteto Universidade Federacinės de Minas Gerais, ligoninės Arzobispo Loayza ligoninės Dos de Mayo ir Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas. Visi dalyviai Tyrimo jei parašyta informuoto sutikimo.

Kilmės informaciniai žymekliai (tikslus) ir genotipo

Jei apskaičiuoti etniškumas kiekvienam iš studijų dalykų, mes genotipą 106 SNP, kurie yra informatyvūs Afrikos, Europos ir Amerikos indėnų protėviai [26]. Genotipa- buvo atliktas tuo Biomedicininių Genomo centras Vaikų ligoninė Oakland tyrimų instituto (Minesotos universiteto, MN, JAV), naudojant Sequenom IPLEX platformą (San Diego, CA, JAV). Trumpai tariant, jis grindžiamas alelėms specifinę grunto pratęsimo po atskyrimo alternatyvių alelių masės spektrometrija. Genotipa- dalyvavo keturi sutankintų bandymo rezultatais, trys, kurių sudėtyje yra 26 SNP ir vieną yra 28 SNP. Prieš genotipas DNR mėginiai buvo atlikta kokybės kontrolės (QC) procedūrą, kuri sudarė: (1) ne alelių kiekybiniam PGR analizei, kad priemonės, PGR amplifikuotam DNR ir (2) ekvivalentinio taško skaitymo kiekį iš TaqMan SNP genotipo nustatymo tyrimai (Applied Biosystems, Palo Alto, Kalifornija, JAV), kad, be to, teikiant antrąją vertinimą PGR gebėjimas išplėtoti kiekvieną mėginį, yra jautri rodiklis pavyzdLio imties kryžminio užteršimo. Kai mes pašalino SNP rs30125 ir rs888861, kurie parodė pareikalavimo tarifas < 95%, vidutinė pokalbių norma VNP-ai buvo 99,7%. 106 žymekliai, 104 ryžtingai sukurtas pokalbių tarifus ne mažiau kaip 95% mėginių, tačiau SNP rs2592888 nėra genotipai viešai prieinama už Hapmap gyventojų ir SNP buvo pašalintas iš tolesnių analizės. Taigi, mes naudojome genotipus už 103 VNP-ai įvertinti priemaišų (žr Stalo S3 už pilną sąrašą su jų alelių dažnių studijų populiacijas).

Kilmės apskaičiavo

apskaičiuota individuali protėvius naudojant po tris tėvų grupes, sudarytas iš nesusijusių asmenų: (1) Vakarų Afrikos volofų iš Nigerijos (YRI - 118 asmenys iš HapMap II /III projektas); (2) Jutos asmenys su Europos protėvius galima rasti Centre d'Etiudas du Polymorphisme Humain- pervežimas CEPH kolekcija (CEU - 60 asmenys iš HapMap II projektas) ir (3) 296 Peru indėnų mūsų grupės surinktus , Už afrikiečių ir europiečių genotipai buvo gauta iš viešojo HapMap duomenų bazę [39], o Indėnai buvo genotipą šiame tyrime.

įvertino individualų protėvius ir jo 90% patikimumo intervalas naudojant metodą įgyvendinami programos struktūra 2.3.3 [40], [41]. Jis tinka Bajeso tikimybių modelis gyventojų struktūros ir priemaišų naudojant Markovo grandinės Monte Karlo (MCMC) procedūrą, įvertinant K tėvų gyventojų prisideda prie individų genomai nuo mišinyje su gyventojų. Mes prielaidą, kad HapMap YRI ir CEU ir mūsų Amerikos indėnų mėginiai buvo tipiškas tėvų gyventojų ir kad skrandžio vėžio atvejų ir kontrolės iš Lima buvo susimaišiusios asmenys. Dėl šios duomenų rinkinio, kiekvienas Struktūra paleisti turėjo 50.000 įdirbio veiksmus po to 250,000 MCMC žingsnius, ir buvo kartojamas tris kartus, kad būtų galima patikrinti dėl rezultatų atsparumą. Šis paleisti ir tikrinimo procedūros trukmę pašalinti nepageidaujamą trūksta konvergenciją Markovo grandinės, kurios atsitinka, kai procedūra nėra tinkamai ištirti modelio parametrų erdvę. buvo atliktas visi veikia darant prielaidą, tris grupes (K = 3), lambda buvo nustatyti iki 1,0, ir alfa parametrai būtų vertinami už kiekvieną iš trijų grupių, GENSBACK = 2, MIGRPRIOR = 0.05 ir mes ne naudoti a priori informaciją asmenų iš tėvų populiacijos padėti klasterių (USEPOPINFO = 0).

Statistinė analizė

Jei atstovauti genetinę struktūrą mūsų mėginius iš tėvų gyventojų įvairovės kontekste mes atliekamas pagrindinis komponentas analizė (PBS) atskirų genotipų (1 paveikslas), kuris įgyvendinamas per programinės įrangos Adegenet ir Ade4 R aplinkoje [42], [43]. Mes taip pat naudojamas Ade4 taikyti grupavimo metodą, grindžiamą asmenų PBS dvimatis atstovavimo ir jų gyventojų centroidė, projektavimas dviejų matmenų elipsės dispersijos. Be lytį, amžių ir savarankiškai pranešė tautybę, platus rinkinys socialinės ir ekonominės, mitybos ir klinikinės informacijos buvo surinkta įskaitant pilietinį statusą, gimimo vietą, išsilavinimą, buitinių sąlygų, mitybos įpročius, vartojimo dažnumą vaisių, daržovių, mėsa ir naminių paukščių, infuzijos, taip pat skrandžio-susiję simptomai. Ši informacija buvo surengta dvejetainis, skaitvardžiai, ar kategorinių kintamųjų, kaip išsamiai S4 lentelė). Mes be kintamųjų, kurie turėjo daugiau nei 10% trūkstamus duomenis, ir galutinis rinkinys 43 kintamųjų įtraukimą į vėlesnius analizės. Siekiant sumažinti šią asmens, socialinės ir ekonominės, mitybos ir klinikinė ne genetinių kintamųjų Dimensija mes atliekame daugiamatis faktorius analizės, taikant Statistikos paketas Socialinių mokslų (SPSS) Programinė įranga (SPSS 19 for Windows, SPSS Inc, Čikaga, IL , JAV). Koeficientas analizė sintezuoja originalaus rinkinio kintamųjų nustatytą nepilnamečio skaičius transformuotų kintamųjų dispersiją (mūsų atveju 3), vadinamas veiksnių. Kiekvienas veiksnys fiksuoja koreliuoja informaciją apie pradinį rinkinį, tačiau šie veiksniai yra uncorrelated tarp jų [44].

Norėdami patikrinti ryšį tarp šių Negenetinių kintamųjų ar jo atstovavimo gautų daugiamatis faktorius asociaciją analizuoja su skrandžio vėžiu (dvejetainis

• PLoS ONE: Aukštas γ spinduliuotei jautrumas susijęs su padidėjusia skrandžio vėžio riziką Kinijos Han Gyventojų: atvejo ir kontrolės Analysis
• PLoS ONE: meta-analizė interleukino-10 -592 Rėmėjas polimorfizmas susijęs su skrandžio vėžiu Risk