Ploche ONE: DNA Repair Gene APE1 T1349G polymorfizmus a riziko rakoviny žalúdka v čínskej Population

abstraktné

Pozadie

apurinová /apyrimidinic endonukleáza 1 ( APE1
) má ústrednú úlohu pri oprave apurinová apyrimidic miest prostredníctvom ako jeho endonukleázy a jeho fosfodiesterázy činnosti. Bežným APE1
polymorfizmus, T1349G (rs3136820), bol už skôr preukázané, že je spojená s rizikom rakoviny.

Cieľ

Predpokladali sme, že APE1
T1349G polymorfizmus je tiež spojené s rizikom vzniku rakoviny žalúdka.

Metódy

V case-control štúdii nemocnici založené na 338 prípadov pacientov s novo diagnostikovanou rakovinou žalúdka a 362 s rakovinou bez kontrol frekvenčný uzavreté podľa veku a pohlavia, my genotyp polymorfizmus T1349G a hodnotené jeho asociácie s rizikom vzniku rakoviny žalúdka.

výsledky

V porovnaní s APE1
TT genotypu, jednotlivci s variantom TG /GG genotypy mali významne zvýšené riziko rakoviny žalúdka (pomer = 1,69, 95% CI = 1,19-2,40), ktorý bol ešte výraznejší u podskupín vo veku ≤60 rokov, samec, vôbec fajčiarov, a niekedy konzumentov. Ďalšie analýzy sa zistilo, že variant genotypy boli spojené so zvýšeným rizikom difúzneho typu, nízkou hĺbkou nádorovú infiltrácií (T1 a T2), a lymfatických uzlín rakoviny žalúdka.

Závery

APE1
T1349G polymorfizmus môže byť marker pre vývoj rakoviny žalúdka v čínskej populácie. Väčší štúdie sa vyžadujú pre overenie týchto zistení v rôznych populáciách

Citácia :. Gu D, Wang M, S Wang, Zhang Z, Chen J (2011) DNA Repair Gene APE1
T1349G polymorfizmus a riziko rakoviny žalúdka v čínskej populácie. PLoS ONE 6 (12): e28971. doi: 10,1371 /journal.pone.0028971

Editor: Paolo Peterlongo, iFOM, Fondazione Istituto di FIRC Oncologia Molecolare, Taliansko

prijatá: 19.října 2011; Prijaté: 18.listopadu 2011; Uverejnené: 19 decembra 2011

Copyright: © 2011 Gu et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané

Financovanie :. Táto štúdia bol čiastočne podporený Národnej prírodnej Science Foundation Číny (81071641), prírodné Science Foundation v provincii Jiangsu (BK2010120) a Science projekt a program v Nanjing (201001099). Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu

Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú

Úvod

karcinóm žalúdka je štvrtou najčastejšou rakovinou a druhou najčastejšou príčinou úmrtí na nádorové ochorenie na celom svete, približne 700.000 ľudí zomiera tohto malignity každý rok, a približne 1,1 milióna nových prípadov sa očakáva, že v roku 2010 [1]. V Číne to bolo predpovedané zaradiť ako treťou najčastejšou rakovinou v roku 2005 s 0,3 milióna úmrtí a 0,4 milióna nových prípadov zo rakovinou žalúdka [2]. Aj keď je známe, že faktory životného prostredia, stravovacie návyky, a Helicobacter pylori
infekcie sú spojené s rizikom rakoviny žalúdka, genetické faktory hostiteľa môže byť jedným z najdôležitejších látok v žalúdku, rakoviny. Prezentácia rakoviny žalúdka u mladých pacientov je často spojená s familiárnej klastrov [3].

poškodenie DNA indukované exogénnymi karcinogény alebo endogénnych metabolických procesov môžu byť prevedené na génové mutácie vedúce k genómovej nestabilite a malígne transformácie [4] , Genetické zmeny v génoch opravy DNA môže modulovať schopnosť opravy DNA, a v dôsledku toho meniť riziko rakoviny. Asi 150 génov ľudských opravy DNA boli identifikované údajov [5]. Sú spolupracuje v rôznymi cestami, ktoré sa špecializujú na opravy rôznych typov poškodenia DNA [6], [7]. Medzi týmito cestami základné excizní opravu (BER), cesta, ktorá prípadne spracováva najväčšie množstvo cytotoxických a mutagénne základných lézií, bolo spojené s rizikom rakoviny [8].

Ľudské apurinová /apyrimidinic endonukleázou ( APE), APE1
(tiež známy ako APE
, APEX stroje a REF-1
), je zapojený do dráhy BER [9 ]. APE1
gén sa nachádza na chromozóme 14q11.2-Q12, a skladá sa z piatich exónov klenout 2.21 kb. Hydrolýzou 3'-blokovanie fragmenty z oxidované DNA, APE1
produkuje normálne 3'-hydroxylové nukleotidových koncov, ktoré sú nevyhnutné pre syntézu DNA opravy a podviazanie na jednoduchú alebo dvojitú zlomov [10], [11] , Celkom 18 polymorfizmov v APE1
boli hlásené [12], ale najviac skúmaný polymorfizmus je T G transverze (T1349G, tiež známy ako Asp148Glu, rs3136820).

Posledný sme vykonali meta-analýzu na všetkých oprávnených štúdií prípad kontroly odhadnúť APE1
T1349G polymorfizmus a riziko vzniku rakoviny, vrátane rakoviny pľúc, rakoviny močového mechúra, rakoviny hrubého čreva, rakoviny prsníka, rakoviny pankreasu, hlavy a krku, leukémia, rakovina pažeráka, karcinóm žlčových ciest, rakoviny štítnej žľazy, rakoviny prostaty a [13]. Zistili sme, že APE1
T1349G variant genotypy boli spojené s mierne zvýšeným rizikom všetkých typov rakoviny (OR = 1,08, 95% CI = 1.00-1.18 v dominantnom modelu), čo naznačuje, že tento polymorfizmus je nízka -penetrance rizikovým faktorom pre vývoj rakoviny [13]. Viac nedávno, niektoré štúdie hlásená APE1
T1349G polymorfizmus bol spojený s rizikom rakoviny žalúdka a prognózu [14], [15], [16], [17]. Avšak tieto epidemiologické výsledky zostávajú v rozpore, ale nie nezvratné.

V tejto štúdii, skúmať vplyv APE1
T1349G polymorfizmu na riziko vzniku rakoviny žalúdka, sme genotyp polymorfizmus a vyhodnotené asociácia medzi APE1
T1349G polymorfizmus a riziko rakoviny žalúdka v našom pokračujúcom nemocnice báze, case-control štúdii u čínskej populácie.

materiály a metódy

etika Vyhlásenie

Etická komisia Nanjing lekárskej univerzity schválil výskumný protokol. Počas epidemiologických rozhovorov, písomný informovaný súhlas bol daný všetkým subjektom. Okrem toho, vyškolený výskumný pracovník podávať štandardný dotazník na získanie informácií o demografických charakteristikách.

Študijné predmety

Podrobné metódy náboru študijných predmetov pre túto štúdiu boli popísané skôr [18]. V stručnosti, 338 novo diagnostikovaných, histopatologicky potvrdilo pacientov s rakovinou žalúdka a 362 kontrolných orgánov s rakovinou bez regrutovali z miest Yangzhong a Yixin, dve oblasti vysokého výskytu a úmrtnosti na rakovinu žalúdka v provincii Jiangsu v Číne v období od marca 2006 do júla 2008 . Medzi vylučovacie kritériá predchádzajúcej rakovinu metastázovať rakovinu pred ostatnými alebo neznámymi pôvodu a predchádzajúce rádioterapii alebo chemoterapii. Kontroly boli kmitočtu uzavreté na prípady podľa veku (± 5 rokov) a pohlavie. Kontrolné orgány s rakovinou prosté sa regrutovali z tých, ktorí hľadali zdravotnú starostlivosť, žijúci v rovnakých obytných oblastiach. Pred náboru, informovaný súhlas bol získaný od každého z oprávnených subjektov. Pre každého jednotlivca, demografické údaje, ako aj údaje o stave fajčenia a alkoholu bola získaná prostredníctvom face-to-face rozhovorov. Jedinci, ktorí fajčili raz denne po dobu dlhšiu ako 1 rok boli definované ako vôbec fajčiarov. Ever fajčiarov, ktorí prestali fajčiť po dobu dlhšiu ako 1 rok boli definované ako bývalých fajčiarov a ďalších fajčiarov ako aktívnych fajčiarov. Jednotlivci, ktorí konzumovali jeden alebo viac alkoholických nápojov za týždeň počas aspoň 1 roka, keď boli považované za konzumentov, a zvyšok bol definovaný ako nikdy konzumentov. Po rozhovore, asi 5 ml vzorka venózna krv bola odobratá z každého účastníka.

genotypu

genómovej DNA bola extrahovaná z lymfocytov periférnej krvi pomocou proteinázy K štiepenie, s následnou extrakciou fenol-chloroformom a zrážanie etanolom [19]. APE1
T1349G polymorfizmus sa stanoví za použitia polymerázovej reťazovej reakcie, polymorfizmus dĺžky reštrikčných fragmentov (PCR-RFLP), ktorá bola popísaná skôr [20], [21]. Navrhli sme primer 5'-TAATTCTGTTTCATTTCTATAGGCTA-3 '(dopredu) a 5'-TGCATTAGGTACATATGCTGTT-3' (reverzný) k zosilneniu cieľového fragmentu APE1
. Vzorky boli podrobené denaturácia pri teplote 95 ° C po dobu 5 minút, nasleduje 30 cyklov zahrievania pri teplote 95 ° C počas 30 s, Annealing pri 55 ° C počas 40 s, potom sa predĺženie pri 72 ° C počas 45 s a konečná inkubácie pri 72 ° C počas 10 min. PCR produkty 108 bp boli štiepené pomocou FspB
restrikčné I enzýmom, identifikovať genotypy polymorfizmus T1349G. Po štiepenie enzýmom, variantné alela G vyrába 2 fragmenty 82 bp a 20 bp, a T alelou divokého typu za následok v jednom 108-bp fragment.

genotypu analýzy sa uskutočnili dva osoby samostatne v slepá štúdia. Približne 10% vzoriek bolo náhodne vybraných pre potvrdenie, a výsledky boli úplne zhodné.

Štatistická analýza

Rozdiely medzi prípadmi a kontrolami vo vybraných demografických premenných, fajčenie, užívanie alkoholu, a každá alela a genotyp z polymorfizmov APE1
gén boli hodnotené pomocou Chi-kvadrát testu. Chi-kvadrát test bol tiež použitý na posúdenie rozdielu medzi APE1
polymorfizmus a patologickým charakteristikám. Asociácia medzi APE1
genotypy a rizikom rakoviny žalúdka boli odhadnuté výpočtom pomerov kurzových (ORS) a ich 95% intervaly spoľahlivosti (CIS) z bezpodmienečné jednorozmerné a mnohorozmerné logistickej regresnej analýzy. Tieto analýzy boli opakované podľa stratifikácie pre pohlavie (muž, žena), fajčenie (nikdy) a pitie stavu (nie, áno). Pre stratifikácii podľa veku, vek cutoff 60 rokov bola použitá v tejto štúdii, ako to bolo Priemerný vek zaradených pacientov a kontrol. Okrem toho genotypová špecifické riziká bola tiež odhadnuté oddelene pre kardio /noncardia nádoru mieste, črevné /difúzna histotype, T1 /T2 /T3 /T4 hĺbky nádorové infiltrácie a záporným /kladným lymfatických uzlín. Hardy-Weinberg rovnováha genotypových distribúciách kontrol "bola testovaná pomocou testu dobrota-of-fit chi-kvadrát. Obojstranný testy štatistickej významnosti boli vykonané pomocou softvéru SAS (verzia 8.2; SAS Institute, Inc., Cary, NC).

Výsledky

Distribúcia vybraných charakteristík medzi rakovinou žalúdka prípady a kontrolné orgány sú zhrnuté v tabuľke 1. Podľa výsledkov genotypu a dotazníkových dát, sme zahrnuli 338 prípadov rakoviny žalúdka a 362 rakovinou bez kontroly, ktorí mali všetky tieto sú k dispozícii v tejto analýze dát. Priemerný vek v čase diagnózy za prípadov rakoviny žalúdka bol 61,7 rokov (štandardná odchýlka (SD) ± 12,3) a priemerný vek pri zistení z kontrol bol 62,4 rokov ((SD) ± 10,5). Tam boli v rozložení veku a pohlavia žiadne štatisticky významné rozdiely medzi prípadmi a kontrolami. Avšak vyšší výskyt fajčenia a pitia sú spojené s rakovinou žalúdka ( P Hotel &0,05). Okrem toho, u pacientov s rakovinou žalúdka kardia a non-kardio bolo 143 (42,3%) a 195 (57,5%), v danom poradí. Histologické typy boli 192 (56,8%), pre črevné a 146 (43,2%) pre difúzny karcinómu žalúdka. Pre hĺbku nádorovú infiltráciou, T1, T2, T3, T4 a bolo 104 (30,8%), 64 (18,9%), 126 (37,3%) a 44 (13,0%), v danom poradí. A pozitívne lymfatické uzliny boli zistené vo 174 (51,5%) prípadoch.

genotypom a alel frekvencia APE1
T1349G polymorfizmus medzi prípadmi a kontrolami a združenia s rizikom vzniku rakoviny žalúdka sú je uvedené v tabuľke 2. frekvenciách genotypov TT, TG, a GG boli 20,4%, 54,7% a 24,9% v skupine rakoviny, v porovnaní s 30,4%, 50,5% a 19,1% u normálnych zdravých jedincov, v danom poradí. Frekvencia alely G bol 52,2% u prípadov, čo je výrazne vyššia ako u kontroly 44,3% ( P
= 0,003). Následná analýza odhalila významnú asociáciu heterozygotná (TG) a homozygotná (GG) variant genotypu APE1
T1349G s rizikom rakoviny žalúdka (OR = 1,61, 95% CI = 1.12-2.32 pre TG proti TT a OR = 1,92, 95% CI = 1,23 - 2,99 GG proti TT, v tomto poradí). Okrem toho sme zistili, že jedinci s variantných TG /GG genotypov signifikantne vyššie riziko rakoviny žalúdka ako tí s genotypom TT (OR = 1,69, 95% CI = 1.19-2.40). Ďalej rozvrstvené analýzy ukázali, že zvýšené riziko bolo viac evidentné v podskupín aged≤60 rokov (OR = 2,00, 95% CI = 1.11-3.61), samec (OR = 1,65, 95% CI = 1,07 - 2,55), vôbec fajčiarov ( OR = 2,00, 95% CI = 14 /01-5 /3), a vôbec konzumentov (OR = 2,18, 95% CI = 18.01.-03.4.) (tabuľka 3). Avšak, vzhľadom k obmedzenej veľkosti vzorky štúdie, všetky dáta z vrstvenej analýz boli predbežné.

pridružení medzi APE1
T1349G polymorfizmu a patologickým charakteristiky žalúdka riziko rakoviny nádoru rozdelení na mieste, histologických typ, hĺbka nádorové infiltrácia a lymfatických uzlín sú uvedené v tabuľke 4. Štatistická analýza odhalila významné združenia TG /GG genotypy s rizikom kardia tumoru a non-kardio nádoru (OR = 1,61, 95% CI = 1.01-2.56 a OR = 1,79, 95% CI = 1,17 - 2,73, v tomto poradí). Štatisticky trend k vyššiemu riziku difúzna typu rakoviny žalúdka bola zistená pre TG /GG genotypov (OR = 2,09, 95% CI = 1.29-3.42), ale nebol zistený žiadny významný rozdiel medzi žalúdočné rakoviny čriev typu a normálnymi kontrolami (OR = 1,46, 95% CI = 0,97 - 2,20). Ďalšie analýzy stratifikácia hĺbky nádoru infiltrácie ukázali, že zvýšené riziko bolo výraznejšie medzi T1 (OR = 2,73, 95% CI = 1.50-4.99) a T2 (OR = 2,17, 95% CI = 1.08-4.33), ale boli žiadne významné rozdiely medzi distribúciami v podskupinách T3 a T4 (OR = 1,28, 95% CI = 0.80-2.04, a OR = 1,26, 95% CI = 0,61 - 2,60, v tomto poradí). Okrem toho, že bolo významné zvýšenie rizika u karcinómu žalúdka pozitívnymi uzlinami (OR = 1,80, 95% CI = 1,16 - 2,80), aj keď nie je v karcinómu žalúdka s negatívnymi uzlinami (OR = 1,62, 95% CI = 0,99 - 2,51) s TG /GG genotypov v porovnaní s genotypom TT.

Diskusia

v tejto nemocnici na báze case-control štúdii sme skúmali združenia APE1
T1349G polymorfizmus a riziko rakoviny žalúdka v čínskej populácie. Zistili sme, že polymorfizmus T1349G prispel k riziku rakoviny žalúdka, ktorá bola výraznejšia medzi podskupinami aged≤60 rokov, muž, vôbec fajčiarov a od tej napájačky. Okrem toho je polymorfizmus T1349G bolo spojené so zvýšeným rizikom pre difúzne typu, nízkou hĺbkou nádorovú infiltrácií (T1 a T2), a lymfatických uzlín rakoviny žalúdka.

APE1 je základným enzýmom v dráhe BER, ktorý je primárnym mechanizmom pre opravu poškodenia DNA spôsobené oxidáciou a alkyláciou [7]. T1349G polymorfizmus je najčastejšou polymorfizmus, ktoré vedú k substitúcii jednej aminokyseliny bol identifikovaný v všeobecnej populácii [12]. To nebola stanovená v prípade, že G variant alela má vplyv na endonukleázy a viazanie DNA aktivít [22]. Avšak, GG genotyp bol spájaný so štatisticky významne dlhší bunkového cyklu G2 oneskorenie v porovnaní s TT a TG genotypov, čo naznačuje, že táto substitúcia aminokyselina môže prispievať k precitlivenosti na ionizujúce žiarenie [23]. Naša štúdia zistila, že variant alela G bolo spojené s výrazne zvýšeným rizikom rakoviny žalúdka, čo je v súlade s našimi skôr publikovanými výsledky meta-analýzy [13]. V predchádzajúcich štúdiách, Canbay et al. [15] zistili významné rozdiely vo frekvenciách G alely APE1
T1349G polymorfizmus medzi pacientmi s rakovinou žalúdka a kontrolných orgánov v tureckej populácie. Avšak, Palli et al. [16] nespozorovali významnú asociáciu tohto polymorfizmu s rakovinou žalúdka vo svojej štúdii. Dôvodom týchto rôznych nálezov zostáva nejasné, čo by mohlo vzhľadom k malej veľkosti vzorky alebo etnicky rôznorodá.

V Okrem toho sme zistili, že polymorfizmus T1349G bolo spojené so zvýšeným rizikom rakoviny žalúdka u podskupiny mladších jedincov ( age≤60 rokov), ale nie starší predmety. Slabý imunitný systém a ohromujúce nahromadený prejav k environmentálnym karcinogénom u starších jedincov môže prispievať k vekovému rozdielu sme zaznamenali [24]. Starší jedinci sú vystavení vyššiemu riziku vzniku rakoviny žalúdka, čo je viac pravdepodobné, že vzhľadom na starnutie účinku skôr než priamymi genetickými vplyvmi. Preto je zmena vo APE1
génu môže byť viac vplyvný v skorému výskytu rakoviny žalúdka, hoci tento výsledok potrebuje viac potvrdení. Tabakový dym obsahuje stovky chemických látok, ktorá bola jednoznačne určené ako hlavný príčinný faktor pre rakovinu žalúdka [25]. Naše výsledky ukazujú, že riziká sa spájajú s polymorfizmom T1349G bol viac viditeľný u fajčiarov. To môže byť spôsobené tým, že cigaretový dym generuje reaktívne výrobu kyslíka druhovú a vyvoláva adukty DNA [26]. Štúdie preukázali, že príjem zvýšenie alkoholu môže zvýšiť riziko vzniku rakoviny, vrátane rakoviny žalúdka [27]. Konzistentne, naše výsledky tiež odhalili, že subjekty, ktoré majú niekedy pod vplyvom alkoholu s polymorfizmus T1349G majú zvýšené riziko vzniku rakoviny žalúdka. Avšak, naša malá veľkosť vzorky nemusí mať dostatočný výkon, aby sa zistil výrazný interakciu medzi génmi a prostredia; Takto sú potrebné rozsiahlejšie štúdie s podrobnejšími údajmi expozície životného prostredia za účelom overenia týchto zistení.

Črevné a difúzne typy majú odlišný epidemiológiu a patogenéze. Črevné typu rakovina žalúdka je medzinárodná variácie a prevláda vo vysoko rizikových geografických oblastiach, najmä v Japonsku, Kórei a Číne, zatiaľ čo difúzna typ rakoviny žalúdka má jednotné geografickej rozdelenie [28], [29]. Boli navrhnuté faktory prostredia hrá významnú úlohu v etiológii intestinálneho typu rakoviny žalúdka, a môže prispieť genetické faktory citlivosti viac rozptýlené typu vzniku rakoviny žalúdka. Zaujímavé je, že sme zistili, že účinok polymorfizmu T1349G bola spojená s rozptýlené typu karcinómu žalúdka, ale nie intestinálneho typu rakoviny žalúdka. Ďalej sme zistili, že polymorfizmus T1349G bolo spojené so zvýšeným rizikom pre nízku hĺbkou nádorovú infiltrácií (T1 a T2), a lymfatických uzlín rakoviny žalúdka, ktorá môže slúžiť ako biomarker žalúdka nádorových metastáz. Avšak, pretože zistiteľné veľkosť účinku v našej štúdii bola relatívne malá (n = 11 pre TT genotypu v T1 a T2 podskupín), klinická užitočnosť našich zistení by mali interpretovať opatrne. Okrem toho, biologický mechanizmus vo vzťahu k APE1
varianta, APE1
génovej expresie, a vývoj rakoviny žalúdka a metastázy zostáva byť preskúmané.

Na záver, naše štúdie naznačuje, že APE1
T1349G polymorfizmus môže byť spojené s rizikom vzniku rakoviny žalúdka v čínskej populácie. Veľké prospektívnej populačnej štúdie na báze s etnicky rozmanité skupiny obyvateľov sú oprávnené overenie týchto zistení.

• PLoS ONE: Zmeny v Helicobacter pylori cytotoxin asociovaných génov a ich vplyv na progresiu k rakoviny žalúdka: Dôsledky pre prevenciu
• Ploche ONE: znižujúce množstvo RPL6 podľa siRNA inhibuje proliferáciu a progresiu bunkového cyklu na žalúdočné rakovinu bunkových línií ľudského