Pilotstudie wird Daten für weitere Tests der Darmmikrobiomanalyse liefern

Die Darmmikrobiota, bestehend aus den Mikroorganismen, die in unserem Darm leben, kann uns Auskunft über unsere Gesundheit geben, da seine Zusammensetzung von Faktoren wie der Ernährung, den Lebensstil oder unsere Pathologien. Außerdem, zu wissen, welche spezifischen Bakterien sich in unserem Darm befinden, könnte helfen, Krankheiten wie Dickdarmkrebs vorherzusagen. Neue Fortschritte bei Genomsequenzierungsmethoden, und Bioinformatik-Tools, die es uns ermöglichen, die Daten zu analysieren, haben uns geholfen, Tausende neuer Mikroorganismen in unserem Darm durch die Analyse ihres Genoms zu identifizieren.

Ein Forscherteam des Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) und des Catalan Institute of Oncology (ICO) hat einen Pilotversuch zur Analyse des Darmmikrobiota-Genoms durchgeführt. In dieser Studie, Sie analysierten, durch zwei verschiedene Sequenzierungsmethoden, Kolonbiopsien und Stuhlproben von neun Patienten. Ziel war die Implementierung von Sequenzierungstechniken und bioinformatischen Analysewerkzeugen.

Es ist die erste Studie eines Projekts, das wesentlich umfangreicher sein soll. Die in diesem Pilotversuch gewonnenen Daten dienen als Grundlage für das Design der Analysemethode für das Colonbiome-Projekt. Dieses breit angelegte Projekt zielt darauf ab, Mikrobiota-Marker zu finden, die zur Früherkennung von Dickdarmkrebs verwendet werden können. Um dies zu tun, Kolonbiopsien und Stuhlproben werden von gesunden Patienten und Patienten in verschiedenen Stadien von Dickdarmkrebs entnommen. Dann wird das Genom der Mikrobiota sequenziert, um Unterschiede zwischen den Gruppen zu identifizieren.

Daten für alle verfügbar

Alle in dieser Pilotstudie gewonnenen Daten wurden in das Europäische Nukleotidarchiv eingegeben, eine öffentliche und kollaborative Datenbank, wo alle Arten von Genomsequenzen zum Nutzen der gesamten wissenschaftlichen Gemeinschaft geteilt werden. Zusätzlich, alle ergebnisse dieses ersten pilottests wurden im Wissenschaftliche Daten Tagebuch, auch eine öffentliche Zeitschrift, wo sowohl die Sequenzen als auch die verwendeten bioinformatischen Analysemethoden detailliert beschrieben werden.

Diese Studie soll nicht nur für die zukünftige Arbeit der Gruppe nützlich sein, es soll aber auch für alle Forschungsgruppen hilfreich sein, die ähnliche Analysen durchführen oder neue bioinformatische Werkzeuge ausprobieren, die freien Zugang zu allen Ergebnissen dieser Studie haben. Zusätzlich, die Forscher versichern, dass sie auch alle Details der nachfolgenden Studien veröffentlichen werden, um weiterhin zur Zusammenarbeit und zum Fortschritt auf diesem Gebiet beizutragen.

Die beiden Sequenzierungsmethoden

In der Studie wurden zwei Sequenzierungsmethoden verglichen:die 16er und die Shotgun. Die erste konzentriert sich auf die Sequenz eines einzelnen Gens der Mikroorganismen, während die zweite uns die vollständige Sequenz des gesamten Genoms liefert. Obwohl die Sequenzierung eines einzelnen Gens weniger Sensibilität mit sich bringt, es kann billiger sein. Außerdem, Die Sequenzierung eines Gens, das nur in der Mikrobiota vorhanden ist, ermöglicht es uns, Biopsieproben ohne Eingriffe in das menschliche Genom zu analysieren. Zusätzlich, Der Pilottest hat gezeigt, dass beide Techniken konsistent sind. Obwohl die vollständige Sequenzierung empfindlicher ist und mehr Arten von Mikroorganismen unterscheiden kann, die Ergebnisse stehen nicht im Widerspruch zur Einzelgen-Sequenzierung.

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