O estudo piloto fornecerá dados para testes adicionais de análise do microbioma intestinal

A microbiota intestinal, composto pelos microrganismos que vivem em nossos intestinos, pode nos dar informações sobre nossa saúde, uma vez que sua composição pode depender de fatores como a dieta, o estilo de vida ou nossas patologias. Além disso, saber quais bactérias específicas estão em nossos intestinos pode ajudar a prever doenças como o câncer de cólon. Novos avanços nos métodos de sequenciamento do genoma, e ferramentas de bioinformática que nos permitem analisar os dados, nos ajudaram a identificar milhares de novos microrganismos presentes em nossos intestinos por meio da análise de seu genoma.

Uma equipa de investigadores do Instituto de Investigação Biomédica Bellvitge (IDIBELL) e do Instituto Catalão de Oncologia (ICO) realizou um teste piloto de análise do genoma da microbiota intestinal. Neste estudo, eles analisaram, por dois métodos de sequenciamento diferentes, biópsias de cólon e amostras fecais de nove pacientes. O objetivo tem sido implementar técnicas de sequenciamento e ferramentas de análise de bioinformática.

É o primeiro estudo de um projeto que pretende ser muito mais extenso. Os dados obtidos neste teste piloto servirão de base para o desenho do método de análise do projeto Colonbiome. Este amplo projeto visa encontrar marcadores de microbiota que possam ser usados ​​para a detecção precoce do câncer de cólon. Para fazer isso, biópsias de cólon e amostras fecais serão coletadas de pacientes saudáveis ​​e pacientes em diferentes estágios de câncer colorretal. Em seguida, o genoma da microbiota será sequenciado para identificar as diferenças entre os grupos.

Dados disponíveis para todos

Todos os dados obtidos neste estudo piloto foram inseridos no Arquivo Europeu de Nucleotídeos, um banco de dados público e colaborativo, onde todos os tipos de sequências genômicas são compartilhados para o benefício de toda a comunidade científica. Além disso, todos os resultados deste primeiro teste piloto foram publicados no Dados Científicos Diário, também um jornal público, onde as sequências e os métodos de análise de bioinformática usados ​​são detalhados.

Este estudo não visa apenas ser útil para o trabalho futuro do grupo, mas também pretende ser útil para todos os grupos de pesquisa que estão realizando análises semelhantes ou tentando novas ferramentas de bioinformática, que têm acesso aberto a todos os resultados obtidos neste estudo. Além disso, os pesquisadores asseguram que também tornarão públicos todos os detalhes dos estudos subsequentes, para continuar contribuindo para a colaboração e o progresso no campo.

Os dois métodos de sequenciamento

Dois métodos de sequenciamento foram comparados no estudo:o 16s e o Shotgun. O primeiro é focado na sequência de um único gene dos microrganismos, enquanto o segundo nos dá a sequência completa de todo o genoma. Embora o sequenciamento de um único gene implique menos sensibilidade, pode ser mais barato. Além disso, o sequenciamento de um gene presente apenas na microbiota permite analisar amostras de biópsia sem a interferência do genoma humano. Adicionalmente, o teste piloto mostrou que ambas as técnicas são consistentes. Embora o sequenciamento completo seja mais sensível e possa distinguir mais espécies de microrganismos, os resultados não são contraditórios ao sequenciamento de um único gene.

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