Une étude pilote fournira des données pour des tests plus poussés de l'analyse du microbiome intestinal

Le microbiote intestinal, composé par les micro-organismes qui vivent dans nos intestins, peut nous donner des informations sur notre santé, puisque sa composition peut dépendre de facteurs tels que l'alimentation, le mode de vie ou nos pathologies. De plus, savoir quelles bactéries spécifiques se trouvent dans nos intestins pourrait aider à prédire des maladies comme le cancer du côlon. De nouvelles avancées dans les méthodes de séquençage du génome, et des outils bioinformatiques qui nous permettent d'analyser les données, nous ont aidés à identifier des milliers de nouveaux micro-organismes présents dans nos intestins grâce à l'analyse de leur génome.

Une équipe de chercheurs de l'Institut de recherche biomédicale Bellvitge (IDIBELL) et de l'Institut catalan d'oncologie (ICO) a réalisé un test pilote dans l'analyse du génome du microbiote intestinal. Dans cette étude, ils ont analysé, par deux méthodes de séquençage différentes, biopsies du côlon et prélèvements fécaux de neuf patients. L'objectif a été de mettre en œuvre des techniques de séquençage et des outils d'analyse bioinformatique.

Il s'agit de la première étude d'un projet qui se veut beaucoup plus vaste. Les données obtenues dans ce test pilote serviront de base à la conception de la méthode d'analyse pour le projet Colonbiome. Ce vaste projet vise à trouver des marqueurs du microbiote pouvant être utilisés pour la détection précoce du cancer du côlon. Pour faire ça, des biopsies du côlon et des échantillons de selles seront prélevés sur des patients sains et des patients à différents stades du cancer colorectal. Ensuite, le génome du microbiote sera séquencé pour identifier les différences entre les groupes.

Des données accessibles à tous

Toutes les données obtenues dans cette étude pilote ont été saisies dans les Archives européennes des nucléotides, une base de données publique et collaborative, où tous les types de séquences génomiques sont partagés au profit de l'ensemble de la communauté scientifique. En outre, tous les résultats de ce premier essai pilote ont été publiés dans le Données scientifiques journal, également un journal public, où à la fois les séquences et les méthodes d'analyse bioinformatique utilisées sont détaillées.

Cette étude vise non seulement à être utile pour les travaux futurs du groupe, mais il vise également à être utile à tous les groupes de recherche qui effectuent des analyses similaires ou essaient de nouveaux outils bioinformatiques, qui ont libre accès à tous les résultats obtenus dans cette étude. En outre, les chercheurs assurent qu'ils rendront également publics tous les détails des études ultérieures, continuer à contribuer à la collaboration et au progrès dans le domaine.

Les deux méthodes de séquençage

Deux méthodes de séquençage ont été comparées dans l'étude :les 16s et le Shotgun. La première est centrée sur la séquence d'un seul gène des micro-organismes, tandis que le second nous donne la séquence complète de l'ensemble du génome. Bien que le séquençage d'un seul gène implique moins de sensibilité, ça peut être moins cher. Par ailleurs, le séquençage d'un gène présent uniquement dans le microbiote permet d'analyser des échantillons de biopsie sans l'interférence du génome humain. En outre, le test pilote a montré que les deux techniques sont cohérentes. Bien que le séquençage complet soit plus sensible et puisse distinguer plus d'espèces de micro-organismes, les résultats ne sont pas contradictoires avec le séquençage d'un seul gène.

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