PLoS One: Copy Number nyeresége a 8q24 és 20q11-q13 gyomorrákban gyakoribbak bél típusú, mint a diffúz típusú

absztrakt katalógusa

A jelen tanulmány célja az volt felfedezni kópiaszám eltérések (CNAS) részt vesz a karcinogenezis gyomor és megértésének klinikopatológiai significances a koreai lakosság. DNS másolatok számának segítségével elemeztük Agilent 244K vagy 400K array komparatív genomiális hibridizáció (aCGH) friss fagyasztott daganatos és kiegyenlített normális szövetek 40 gyomorrákos betegek. Néhány érzékelt CNA régiókat érvényesítésre multiplex ligálási függő próba amplifikációs (millió litert) hat a 40 beteg és testreszabott Agilent 60K aCGH független halmaza 48 gyomorrák. A mRNS-szintje a gének, a közös CNA régiók analizáltuk kvantitatív valós idejű PCR-rel. Kópiaszám nyereség gyakoribbak voltak, mint a veszteségek a teljes genom daganatszöveteken képest kiegyenlített normál szövetekben. Az átlagos száma elváltozások esetenként 64 nyereségek és veszteségek 40, és a medián aberráció hossza 44016 bp nyereségek és 4732 bp veszteségekért. Kópiaszám nyereség esetében gyakran észlelhető 7p22.1 (20%), 8q24.21 (27% -30%), 8q24.3 (22% -48%), 13q34 (20% -31%), és 20q11-q13 (25% -30%), és a veszteségek 3p14.2 (43%), 4q35.2 (27%), 6q26 (23%), és 17p13.3 (20% -23%). CNAS a 7p22.1, 13q34 és 17p13.3 nem számoltak be más populációkban. A legtöbb kópiaszám veszteségek társított down-regulációja mRNS szinten, de az összefüggést a kópiaszám nyereség és mRNS expressziós szintek változtatható gén-függő módon. Ezen túlmenően, kópiaszám nyereség inkább fordul elő gyakrabban bél típusú daganatok, mint a diffúz-típusú rákbetegségek. Összefoglalva, a jelen tanulmány azt sugallja, hogy kópiaszám nyereség a 8q24 és 20q11-q13 és veszteséget 3p14.2 gyakori lehet eseményeket gyomorrák de CNAS a 7p22.1, 13q34 és 17p13.3 lehet koreai-specifikus.

Citation: Jin DH, Park SE, Lee J. Kim KM, Kim S, Kim DH et al. (2015) Copy Number nyer a 8q24 és 20q11-q13 gyomorrákban gyakoribbak bél típusú, mint a diffúz típusú. PLoS ONE 10 (9): e0137657. doi: 10,1371 /journal.pone.0137657 katalógusa

Szerkesztő: Masaru Katoh, National Cancer Center, JAPAN katalógusa

Beérkezett: március 8, 2015; Elfogadva: augusztus 19, 2015; Megjelent: szeptember 11, 2015 katalógusa

Copyright: © 2015 Jin és mtsai. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra katalógusa

Az adatok elérhetősége: Minden lényeges adatot belül a papír és az azt támogató információs fájlokat. A aCGH-244K és 400K-aCGH adatok tölthetők le az NCBI Gene Expression Omnibus portál (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo, nyilvántartási száma: GSE69318 és GSE69266 -kal). Katalógusa

Forrás: Ezt a munkát támogatták a Nemzeti R &D Program Rákellenes Minisztérium egészségügyi és Népjóléti (p0270), és a Korea Egészségipari Fejlesztési Intézet (KHIDI) által finanszírozott, az egészségügyi Minisztérium & Welfare (HI14C1979), a Koreai Köztársaságban. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető katalógusa

A gyomorrák a harmadik vezető oka a rák halnak meg világszerte. Annak ellenére, hogy jelentős előrelépés a diagnózis és a kezelés a gyomorrák, ötéves túlélési arány a gyomorrák betegek marad 30% alatt a legtöbb országban [1]. Ezen kívül mintegy fele átesett betegek kuratív sebészi eltávolítását is kialakulhatnak helyi-regionális vagy távoli áttét ellenére multimodalitásra terápiás megközelítést és halnak meg a betegség [2,3]. Bár a legtöbb gyomorrák megjelenítéséhez hasonló klinikai jellemzői, jelentős heterogenitás a kórszövettani és a kapcsolódó molekuláris változások [4]. Ennek megfelelően fontos, hogy azonosítani molekuláris biomarkerek részt vesz a karcinogenezis gyomorrák korai felismerés és célzott terápia a betegség.

DNS kópiaszámát megváltozása (CNA) definiált DNS-szegmenseket 1 kb vagy nagyobb méretű, egy fontos típusú genetikai változás figyelhető meg a rákos sejtekben [5]. CNAS befolyásolhatja a génexpresszió, fenotípusos variáció és az alkalmazkodás megzavarásával közelebbi vagy távolabbi szabályozó DNS-régiók vagy megváltoztatásával gén-dózis szinteket [6,7]. Ezen túlmenően, a eloszlása ​​kópiaszám jelentősen eltérő a különböző ősi populációk, ami azt eredményezheti, különböző fogékonyság betegségek egész ősi csoportok [8]. Az utóbbi időben számos csoport elemezte elváltozásai DNS kópiaszáma a gyomorrák Az array komparatív genomiális hibridizáció (aCGH), és azonosítottunk új géneket fontos patogenezisében gyomorrák [9-14]. Például Tsukamoto és munkatársai. [10] vizsgálták CNAS 30 esetben gyomorrák használatával BAC vagy PAC-klónok, és azonosítani a leggyakoribb régiók kópiaszám hasznokban 20q13, 20q11, 8q24 és 20p12, és azok a veszteségek, mint 4q34-qter, 5q12, 18q21 és 3p14. Fan et al. [11] kimutatható CNAS 64 gyomorrák szövetek és 8 gyomorrák-sejtvonalak felhasználásával BAC klónok, és megjegyezte, hogy 20q12-20q13 és 9p21 voltak a leggyakrabban erősített és hagyni régiók, ill. Ezen felül, Cheng et al. [12] vizsgálták CNAS 27 gyomor daganatok aCGH-244K és azonosított 8p11-q24, 20q11-q13, és 7q21-q22, mint a legtöbb szerzett régiók és 4q34, 6p25, 18q12 és 18q22 mint a legtöbb elveszett régiókban. Ezekben a korábbi vizsgálatok, különböző microarray (BAC vagy PAC klón, oligo) alkalmaztunk, hogy vizsgálja CNAS gyomorrákban, valamint a bejelentett CNA régiók eltérő volt a különböző populációk tanulmányozására. Katalógusa

azonosításához CNAS fontos patogenezisében a gyomorrák a koreai népesség először végeztünk genomra kiterjedő elemzése kópiaszám segítségével aCGH-244K vagy aCGH-400K 40 gyomorrák, majd érvényesíteni a detektált CNAS testreszabott aCGH-60K egy másik sor 48 gyomor- rák. A hatások a CNAS génexpresszióra elemezték néhány gének CNAS. Katalógusa

Eredmények katalógusa

Discovery CNAS részt vesz a karcinogenitási gyomor katalógusa

Ahhoz, hogy felfedezzék CNAS részt a karcinogenezis a gyomor, a tumor és kiegyenlített normál szövetekben 40 gyomorrákos betegek analizáltuk tömb összehasonlító genomiális hibridizáció (aCGH); 30 esetben a aCGH-400K és 10 esetben a aCGH-244K. CNAS mutattunk az egész genomot, és kópiaszám nyereség gyakoribbak voltak, mint a kópiaszám veszteség (1A ábra). Száma CNAS volt teljesen más között egyének. Az átlagos száma CNAS esetenként 64 nyereségek és 40 veszteségek (1B ábra), és a medián hossza a CNA régió 44016 bp nyereségek és 4732 bp veszteségekre (ábra 1C). A közös CNAS detektáltuk context-korrigált algoritmus egy p-küszöbértéket 0,05 és átfedési küszöb 0,9 (1d). Kópiaszám előnyökhöz általánosan észlelt kromoszóma régiók 7p22.1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34 és 20q11-q13, és kópiaszám veszteségeket gyakran megfigyelhető 3p14.2, 6q26, 7q36.3, 13q34 és 18q23 . A veszteségek nagymértékben kimutatható a végein a kromoszómák, és a mérete viszonylag kicsi volt. A CNAS kevésbé gyakori kromoszóma 2. és 15. közös aberráció hosszúságú alacsony p-érték főként alá esett 1 kb-10 kb (ábra 1E). Gyakori aberrációk körül A MYC
gén 8q24.21 ábrán mutatjuk be 1F. A aCGH-244K és 400K-aCGH adatok tölthetők le az NCBI Gene Expression Omnibus portál (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) (nyilvántartási száma: GSE69318 és GSE69266 -kal). Katalógusa

Validation a aCGHs által millió litert elemzés katalógusa

Egyes genomi egyensúlyhiány által észlelt aCGH arra validált PCR-alapú multiplex ligáció-függő próba amplifikációs (millió litert). Hat a 40 szövetminták segítségével elemeztük aCGH álltak rendelkezésre millió litert. Kópiaszámától a MYC katalógusa (8q24.21), FHIT katalógusa (3p14.2), WDR60 katalógusa (7q36.3), COL4A2 katalógusa (13q34), NFATC1 katalógusa (18q23), és a NCOA3 katalógusa (20q12) elemeztük hat illesztett tumoros és normál szöveti pár (268-1, 271-1, 272-2, 301 -1, 685-1 és 685-2). MYC katalógusa amplifikáltunk 271-1T és 301-1T (2A), NCOA3 katalógusa ben szerzett 301-1T és 685-2T (2B), a FHIT
törölték 271-1T, 301-1T és 685-1T (2A ábra). Ezek az eredmények nagyon megegyeznek kimutatható aCGH. Azonban a kópiaszám veszteségei gének, mint például a WDR60 katalógusa (2C), NFATC1 katalógusa (ábra 2D), a COL4A2 katalógusa (ábra 2E), amelyekről megállapították, elveszne aCGH nem voltak kimutathatók a millió litert. A hossza a törlés régió a WDR60 katalógusa gén kimutatható aCGH volt 2907 bp, és COL4A2 katalógusa és NFATC1 katalógusa voltak 1903 bp és 2596 bp, ill. Ezen megfigyelések alapján, akkor valószínű, hogy az aberrációk átívelő kistérségek által megfigyelt aCGH hamis lehet. Katalógusa

További érvényesítése a CNA régiók aCGH-60K katalógusa

érvényesítéséhez és csökkenjen a CNA régiók visszatérő (> 20%) kópiaszám nyereség vagy veszteség által megfigyelt aCGH a 40 mintát, akkor a további elemezték aberrációk tumor és kiegyenlített normál szövetekben másik 48 gyomorrákos betegek egy testreszabott aCGH-60K. A CNA régióban 8q24, 20q11-q13, 3p14.2 és 18q23 megmutatta egybeeső változásokat kópiaszám a aCGH-60K, de CNAS más területein, például 20p13-20p12 és 20q21.2, nem mutatott ugyanazt a mintákat mint a 244K és 400K, ezáltal arra utal, heterogén eredmények között aCGH platformokon. Ahhoz, hogy megtalálja a minimális közös régiók (MCRS) A kópiaszámától a három platformon, akkor átfedés a CNA régiók összesen 88 mintát. Az MCRS visszatérő (> 20%) kópiaszámát nyereség detektáltunk többszörös kromoszomális régiók, beleértve a 7p22.1 (20%), 7q22.1 (31% ~ 44%), 8q24.21 (27% ~ 30%), 8q24.3 (22% ~ 48%), 13q34 (20% ~ 31%), és a 20q11 ~ Q13 (25% ~ 30%) (1. táblázat és az A. táblázatban S1 fájl). Az MCRS visszatérő (> 20%) kópiaszám veszteségeket is találtak hét kromoszóma régiók, beleértve a 3p14.2 (43%) megtelepedését FHIT katalógusa (1. táblázat és B. táblázat S1 File).

Gene függő közötti társulás CNAS és az mRNS szintek

hatásának vizsgálatára CNAS génexpressziós mértünk mRNS-szintje több gén ( MYC katalógusa, SCRIB
, PUF60 katalógusa, BOP1 katalógusa, SNTA1 katalógusa, E2F1 katalógusa, CD40 katalógusa, EYA2 katalógusa NCOA3 katalógusa, FHIT katalógusa, CRK katalógusa, és Smad2 katalógusa), a közös aberráció régiók 48 tumor és kiegyenlített normális szövetek és elemezték az egyesület a CNAS. A hatás a CNAS génexpresszióra elemeztük összehasonlítva az mRNS szeres változást (FC) rákok és anélkül CNAS. A korreláció kópiaszámától és a megfelelő gén expressziója megfelelően különböző kópiaszám nyereséget vagy veszteséget. A legtöbb gén kópiaszám veszteségeket megmutatta downregulációját mRNS: az mRNS-szint csökkent expressziót a FHIT katalógusa (2. táblázat és 3A ábra), CRK katalógusa, és Smad2
gén (2. táblázat). Ugyanakkor azt találtuk, a korrelációt kópiaszám nyereség és fokozza a mRNS szintek volt gén-specifikus: az mRNS szinteket gének, mint a MYC katalógusa, PUF60 katalógusa, BOP1 katalógusa (3B ábra), és a E2F1 katalógusa pozitív kapcsolatba hozható kópiaszám nyereséget. Azonban nem találtak összefüggést a mRNS szintek és kópiaszám nyereség gének, mint a SCRIB katalógusa, BCL2L1 katalógusa, SNTA1 katalógusa, CD40 katalógusa, EYA2 katalógusa és NCOA3 katalógusa (2. táblázat) arra utal, hogy a kapcsolat a kópiaszám nyereség és kifejezés lehet gén-specifikus. katalógusa

Szövetsége CNAS klinikopatológiai jellemzők katalógusa

Az egyesület közötti kópiaszámától klinikopatológiai paramétereivel elemeztük 88 gyomorrákos betegek. Tizenöt gének visszatérő (> 20%) kópiaszámától választottak ki az elemzés. Kópiaszám veszteség CRK katalógusa ( P katalógusa = 0,07), Smad2 katalógusa ( P katalógusa = 0,09), FHIT katalógusa ( P katalógusa = 0,68), és a NFATC1 katalógusa ( P katalógusa = 0,11) gének nem jelentősen különböznek, diffúz típusú rákos megbetegedések és a bél típusú daganatok (3C). Azonban kópiaszám nyereség inkább fordul elő a magas előfordulási gyakorisággal bél típusú daganatok, mint a diffúz típusú rákbetegségek (ábra 3D és 3E, C. táblázat az S1-ben File). Mert SCRIB katalógusa ( P katalógusa = 0,36), PUF60 katalógusa ( P katalógusa = 0,07), MAPK15 katalógusa ( P katalógusa = 0,08), E2F1 katalógusa ( P katalógusa = 0,14), SNTA1 katalógusa ( P katalógusa = 0,15), BCL2L1 katalógusa ( P katalógusa = 0,15), NCOA3 katalógusa ( P katalógusa = 0,22), és a EYA2 katalógusa ( P katalógusa = 0,06), kópiaszám nyereség történt a magas előfordulási gyakorisággal bél típusú daganatok, mint a diffúz-típusú rákok, de a különbség nem volt statisztikailag szignifikáns. Kópiaszám nyereség MYC katalógusa ( P katalógusa = 0,03), BOP1 katalógusa ( P katalógusa = 0,03), és a CD40 katalógusa ( P katalógusa = 0,01) találtak jelentősen magas prevalenciája bél típusú daganatok, mint a diffúz típusú rák. Észlelni korral járó CNAS elemeztük összefüggést a beteg életkorától és kópiaszám változást Pearson-féle korrelációs együttható, de nem talált összefüggést találtak a kópiaszám változást 15 gének és a beteg életkora (ábra 4A). Hierarchikus klaszterezést analízist végeztünk annak érdekében, hogy csoportos betegek hasonló CNAS. A legtöbb beteg kópiaszám nyereség a 8q24 is volt kópiaszám nyereség a 20q11.21 vagy 20q13.12 (4.b ábra). Az adatokat tovább osztva 4 klaszter szerint jelenlétében kópiaszám nyereség a 8q24 és 20q11.21 (vagy 20q13.12). Kópiaszám nyereség a 8q24 szignifikánsan összefüggött a kópiaszám nyereség a 20q11.21 vagy 20q13.12 ( P katalógusa = 0,005, Fisher-féle egzakt teszt; D. táblázatában S1 File). Ezek a megfigyelések arra utalnak, hogy a két régió, 8q24 és 20q11.21 (vagy 20q13.12), lehet hasonlóan érzékenyek kópiaszám nyereség gyomorrákban. Katalógusa

Vita katalógusa

A változás gén-dózis által CNA is egyre inkább elismerik, mint fontos eleme a tumorigenezis. Ahhoz, hogy felfedezzék az új CNAS szerepet játszhat a gyomorrák, végeztünk genomra kiterjedő elemzése CNAS tumor és kiegyenlített normális szövetek 88 gyomorrákos betegek és az azonosított ismétlődő (> 20%) kópiaszám nyereség a több kromoszóma régiók, beleértve a 7p22 0,1, 8q24.21, 8q24.3, 13q34, 20q11 ~ Q13 és ismétlődő veszteségek 3p14.2, 4q35.2, 6q26 és 17p13.3. A CNAS a 7p22.1, 13q34 és 17p13.3 nem számoltak be más populációkban. A 7p22.1 azonosított régiók a jelen tanulmány tartalmazza a FBXL18, ACTB, ACTG1 és RNF216 géneket. Bár CNAS a 7p22.1 nem számoltak be a gyomorrák, számos tanulmány számolt hatásukat a petefészekrák kialakulásának az világos sejtes adenocarcinoma [15] és az endometriózis. [16] Ebben a vizsgálatban a kópiaszám eltérései MYC katalógusa (8q24.21), FHIT katalógusa (3p14.2), és a NCOA3 katalógusa (20q12) kerültek érvényesítésre millió litert, de a kópiaszám veszteség ( WDR60 katalógusa, COL4A2 katalógusa, NFATC1 katalógusa) kb 2000bp nem érvényesíti millió litert. Nem sikerült végrehajtani a részletes számítási becslése álpozitív aránya tömbalapú hívás. Ehelyett összehasonlítottuk a prevalenciája kópiaszám veszteségek között aCGH-244k & -400K És a aCGH-60K rendkívül sűrű próbák méreteinek megfelelően kópiaszám veszteség: 1 kB-5KB, 5KB-10KB, 10KB-50 kb, 50 kb-100kb, és 100k-. Statisztikailag szignifikáns különbséget találtunk csak a kópiaszám veszteségek kisméretűek (1 kB-5KB) (E táblázat S1 File). Ezen túlmenően, a jelentős különbségeket találtunk a kromoszómális lókusz-specifikus módon: Nem találtunk különbséget kromoszómák 3., 6., 16., 17., és 20. (az adatokat nem mutatjuk). Ezért lehetséges, hogy a kópiaszám veszteségei a kis méret detektált aCGH-244K és aCGH-400K hamis lehet bizonyos lókuszok.

Továbbá elemeztük minimális közös régiói visszatérő (≥10%) amplifikáció vagy törlés 88 gyomorrák (táblázat F S1 fájl), és összehasonlították őket a nagy gyomorrák TCGA (The Cancer Genome Atlas) tanulmány (14), valamint három korábbi vizsgálatok (G. táblázat S1 File). A TCGA tanulmány áll 295 primer gyomor adenocarcinoma és az azonosított 30 fokális amplifikációs és 45 fokális törléseket. Erősítés (≥ 5 másolat) a 8q24.21 ( MYC katalógusa), 17q12 ( ERBB2 katalógusa stb), 20q11.1-q13.33 (EYA2 katalógusa, NCOA3 katalógusa stb), és a törlés (0 példányban) a 3p14.2 ( FHIT katalógusa) figyeltek meg adatokat, valamint az adatokat a TCGA és mások vizsgálatai (táblázat G S1 File). Azonban CNAS a 7p22.1, 13q34 és 17p13.3 nem számoltak be a TCGA tanulmányi és más populációkban. A számos régióban az CNAS azonosított TCGA vizsgálatban nagyobb volt, mint a jelen tanulmány, amely azt eredményezheti, a különböző alcsoportok minta tagjai. A TCGA tanulmány áll nagyobb bél típusú (66,4%), mint a diffúz típusú rákok (23,4%). Katalógusa

Ezek a gének találhatók 8q24.21, MYC ismert, hogy elősegíti a növekedését és szaporodását a normális gyomor-sejtek, és kiütése MYC
korlátozza a növekedését és szaporodását gyomorrák-sejtek [17]. MYC
kódol egy transzkripciós faktor, amely szabályozza a különböző gének kapcsolódó proliferáció, differenciálódás és apoptózis [18]. MYC
amplifikáljuk és a túlzott kifejezve gyomorrák [19], és expresszióját fokozatosan növekszik, mint a rák fejlődik [20]. MYC
amplifikációt társított agresszív viselkedés gyomorrák-sejtek [21,22]. Ebben a vizsgálatban, a másolatok száma nyeresége MYC katalógusa találtak magas előfordulási gyakoriság az intesztinális típusú rák, mint a diffúz típusú rákok, támogatja az a megfigyelés, hogy a MYC protein expressziója gyakrabban figyelhető meg intestinal- írja tumorok, mint a diffúz típusú tumorok [23]. Elemeztük a hatása MYC katalógusa CNAS a teljes túlélést egyes típusokon belül. Betegek kópiaszám nyeresége MYC katalógusa gyenge volt a teljes túlélés, mint azok nélkül, de a különbség nem volt statisztikailag szignifikáns diffúz típusú és a bél típusú daganatok (S1 ábra). A kópiaszám nyereség a POU5F1B katalógusa (POU tartomány 5. osztály transzkripciós faktor 1B) pszeudogén a 8q24.21 találtak 27% az elemzett minták. POU5F1B katalógusa ismeretes, hogy a kapcsolódó mRNS bőség és agresszív fenotípus gyomorrák. [24] katalógusa

A 8q24.3 és 20q11-q13 régióban több száz gén (A táblázat S1 File), de sokan valószínűleg részt onkogenezis. Között található gének ezekben a régiókban elemeztük az mRNS-szintje SCRIB katalógusa, PUF60 katalógusa, és BOP1
8q24.3 és SNTA1 katalógusa E2F1 katalógusa, CD40 katalógusa, EYA2 katalógusa, és NCOA3
20q11-q13 (2. táblázat). A jelen tanulmányban, a másolatok száma nyeresége SCRIB katalógusa, SNTA1 katalógusa, CD40 katalógusa, EYA2 katalógusa, és NCOA3 katalógusa voltak nem társított egy szoros változást mRNS-szintre. Azonban a PUF60 katalógusa, BOP1 katalógusa, és E2F1 katalógusa gének szignifikánsan overexpresszált tumor szövetekben kópiaszám nyereséget. PUF60 katalógusa volt overexpresszált rákok CNAS ( P katalógusa = 0,038), de a kifejezés nem volt szignifikáns különbség a két tumorszövetmintákból illesztett normál szövetekben mintákban nélkül CNAS ( P katalógusa = 0,111). PUF60 (poli-U kötő splicing faktor 60kDa), egy biztosítós kötő fehérje-kölcsönható represszor (FIR), szerepet játszik a nukleáris folyamatokat, mint a pre-mRNS splicing és transzkripciós szabályozása. Ezen túlmenően, PUF60 visszaszorítja MYC
transzkripció a P2 promotor keresztül a mag-TFIIH bazális transzkripciós faktor [25]. Nemrégiben Gumireddy et al. [26] beszámolt arról, hogy PUF60 szükséges a szabályozó funkcióját transzlációs szabályozó IncRNA (treRNA), amely részt vesz a tumor invázió és metasztázis. Kópiaszám nyereség PUF60
mutat pozitív korrelációt kifejezés gyomorrákban [27] és a petefészekrák [28]. Ezek a megfigyelések azt sugallják, hogy kópiaszám nyereség PUF60
lehet a fő mechanizmus alapját képező túlzott expressziója a gén gyomorrák.

Ezzel szemben PUF60, a BOP1 és E2F1 találták over-ben kifejezett tumor szövetekben kópiaszámú nyereséget, valamint azoknál, akik nem. Kópiaszám nyereség BOP1 katalógusa és E2F1 katalógusa ebben a vizsgálatban történt 23% -os és 25% -os mintát vizsgált, ill. A megnövekedett mRNS szeres változást BOP1 katalógusa szignifikáns volt a daganatos szövetekben kópiaszám nyereség ( P katalógusa = 0,024), valamint azoknál, akik nem ( P katalógusa < 0,001) . BOP1 (blokk proliferáció 1) egyik összetevője a PeBoW (pes1, Bop1 és WDR12) komplex, amely szükséges a érését 28S és 5.8S riboszóma RNS és megalakult a 60S riboszóma [29]. BOP1 játszik onkogén szerepet hepatocelluláris karcinóma indukáló epithelialis-mesenchymalis tranzíció (EMT) és előmozdítása aktin citoszkeleton átalakítás [30]. A BOP1
gén ismert, hogy a túlzott kifejezve végbél rák 8q erősítés [31], és adagolási növekedése BOP1
gén asszociált a növekedés BOP1
mRNS vastagbélrákban [32]. Az E2F1 is over-ben kifejezett tumor szövetekben kópiaszámú nyereség ( p
< 0,001), és az említett nélkül ( p
= 0,03). E2F1 döntő szerepet játszik a kontroll a sejtciklus és aktivitását szabályozzák keresztül kötődés retinoblasztóma fehérje egy sejtciklus-függő módon. Túlzott expressziója E2F1 társul a fejlesztés a különböző daganatok, és a megnövekedett kópiaszáma E2F1
van ismert módon kapcsolódó, több mint-gén expresszióját a melanoma [33] és a méhnyakrák [ ,,,0],34]. Ezen megfigyelések alapján valószínű, hogy a teljes hatás a kópiaszám nyeresége génexpresszió gyomorrák változik egy gén-függő módon. Katalógusa

Bár kópiaszám nyereség a 13q34 nem jelentettek gyomorrák, a nyereség találtak 20-30% a minták vizsgálták. Kópiaszám nyereség a 13q34 ismert, hogy kapcsolatos a progresszió cervicalis intraepithelialis neoplasia a pikkelyes sejtes karcinóma [35], valamint a kis bél-adenokarcinóma [36]. Kópiaszám nyereség a 17q12 gyakori a gyomorrák. A jelen vizsgálatban, több gén, beleértve a ERBB2 katalógusa, GRB7 katalógusa, STARD3 katalógusa, PPP1R1B katalógusa, RARA katalógusa, és C17orf37, amplifikáltunk 15-20% -a 88 esetben, amely összhangban van más tanulmányok [37,38]. Mi nem értékeli a korreláció a kópiaszám és expressziós szintje a gének, hanem több kutatócsoport beszámolt arról, hogy a gének fontos a fejlesztés a gyomorrák. Közülük, ERBB2 (HER2) katalógusa gyakran amplifikálódik és a túlzott kifejezve gyomor rák [39-41], és amplifikációja HER2
jelentősen összefüggött a rossz túlélés, különösen a bél típusú gyomorrák [42]. Immunoreaktivitása ERBB2 is előfordul magasabb előfordulási aránya a bél típusú, mint a diffúz altípus [43]. Továbbá a PPP1R1B-STARD3
fúziós transzkript humán gyomorrák növeli kolónia képződését aktiválásán keresztül phosphatidylinosil-3-kináz és AKT jelátviteli [44]. Gyakori erősítés a GRB7 katalógusa és pozitív változásokat kifejezés számoltak gyomorrákban [41,43]. Katalógusa

A leggyakoribb veszteségek ebben a vizsgálatban nem észleltek a 3p14.2 (39% diffúz-típusú és 37% a bél típus), ahol a FHIT katalógusa található. FHIT
egy jól ismert, hogy tumor szuppresszor gén [45], és gyakran részt vesz a veszteséget a heterozigótaság (LOH), és deléciók a humán tumorokban [46]. Elsődleges gyomor carcinoma jelentenek átrendeződés a FHIT katalógusa gén 20 30 (67%) minták mutatott távollét FHIT katalógusa fehérje expresszióját [47]. Veszteség FHIT katalógusa fehérje expressziója korrelál a betegség progresszióját és gyenge differenciálódás gyomorrákban [48]. A jelen vizsgálatban, azt tapasztaltuk, hogy FHIT
expresszió csökkent gyomor rák, vagy anélkül a CNA, ami arra utal, hogy a gén-dózis, valamint más mechanizmusok szabályozzák A FHIT
expresszió gyomorrák. A szomatikus mutáció missense (exon 6 kodon 61, ACG → ATG) a FHIT katalógusa szintén azonosították a gyomorrák kialakulása [49]. Továbbá nagy gyakorisággal promoter hipermetiláció FHIT katalógusa (62%) figyelhető meg gyomorrák [50]. Ezért, integráló kópiaszám adatok további genomi adatok nélkülözhetetlenek, hogy átfogóan megértéséhez genetikai szabályozás a génexpresszió [51].

Szám másolása veszteségek több gén ebben a vizsgálatban nem volt szignifikáns különbség a két diffúz típusú rákok és intesztinális típusú rák. Azonban a prevalenciája kópiaszám nyereség eltérő volt a két típusú bizonyos gének, ami arra utal, hogy a környezeti tényezők lehetnek befolyásos kópiaszám nyereség, mint veszteség. Ezen kívül betegek kópiaszám nyeresége 8q24.21 és 8q24.3 inkább van nyeresége 20q11-q13, ami arra utal, mindkét régió számára egyformán érzékenyek kópiaszám variáció. Ez a tanulmány erősen korlátozott, mivel a kis minták számát és a hiányzó túlélési adatok. További tanulmányok egy nagy kohorsz van szükség, hogy megértsék a funkcionális jelentőségét CNAS felfedezett ebben a vizsgálatban. Ezen túlmenően, az mRNS méréseket nem végeztünk egy genom szintjén. Elemeztük közötti kapcsolat mRNS szintek néhány gén ismert, hogy fontos patogenezisében a humán rák és a CNAS. Szignifikáns korrelációt találtunk expressziós szintjét MYC katalógusa, PUF60 katalógusa, BOP1 katalógusa, és E2F1 katalógusa gének és CNAS (2. táblázat) . Statisztikailag szignifikáns korrelációt CNAS a MYC katalógusa, PUF60 katalógusa, és E2F1 katalógusa gének és expressziós szintje is tapasztaltuk, Fan et al. (11). Ugyanakkor további vizsgálatot igényel, hogy világosan megértsék a CNAS génexpressziós. Összefoglalva, a jelen tanulmány azt sugallja, hogy a DNS kópiaszám nyer a 8q24.21, 8q24.3, 20q11-20q13 és veszteséget 3p14.2 gyakori lehet eseményeket a gyomorrák. Azonban CNAS a 7p22.1, 13q34 és 17p13.3 lehet koreai-specifikus. Ezen túlmenően, a másolatok száma nyereség gyakoribb lehet a bél típusú, mint a diffúz típusú gyomorrák. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Vizsgálati csoport és DNS kivonás katalógusa

Az összesen 88 beteg, 35 nő és 53 férfi, aki átesett kuratív sebészi eltávolítását gyomorrák között 2004 november és 2010. október a sebészeti Osztály a Samsung Medical Center, Szöul, Korea, vett részt a vizsgálatban. A sebészeti úton eltávolított tumor szöveteket gyűjtöttünk megszerzését követően írásos beleegyezést minden a beteg. Ez a tanulmány által jóváhagyott Samsung Medical Center (SMC) Intézményi Review Board (IRB). A tumorok voltak lefagyasztottuk folyékony nitrogénben, és -80 ° C-on, amíg szükséges. Mielőtt a DNS-extrakció a friss fagyasztott szöveteket, a metszeteket helyeztük a tárgylemezen és megfestjük H &E, hogy értékelje a keveredés tumoros és nem-tumoros szövetekben. Tumoros és nem tumoros területek mikrodisszektált gondosan mikroszkóp alatt. A mikrodisszektált szöveteket emésztettük proteináz K-val, és a genomi DNS-t izoláltunk az utasítások szerint a gyártó (DNeasy Tissue kit, Qiagen, Valencia, CA). A minta 43 diffúz típusú rákos megbetegedések, 41 bél típusú, és 4 vegyes típusú daganatok. Katalógusa

CNA analízis aCGH katalógusa

A aCGH szerint végeztük a gyártó ajánlásait. Miután a DNS hibridizáció és mosás lemezeket szkennelt azonnal Agilent microarray scanner, és a nyers adatokat nyerték a Feature Extraction Software az alapértelmezett CGH paraméter beállításokat (Agilent Technologies). A vélt CNA időközönként minden egyes mintában azonosítottuk Agilent Genomic Workbench v7.0.4.0 szoftver. Cy5 /Cy3 arányok alakították log _{2-transzformált értékeket. Centralizáció és fuzzy nulla korrekciót alkalmazott microarray. A rendellenesség észlelésének 2. módszer (ADM-2) algoritmus küszöb 6,0 azonosítására használt CNAS az egyes minták és meghatározzák aberráció frekvenciák gyomorrák minta (5. ábra). Az alábbi szűrők alkalmaztuk: minimális számú próbák régió > = 3, minimális abszolút átlagos log aránya régió > = 0,25. Közös aberrációt mutattunk használatával összefüggésben korrigált algoritmus p-érték < 0,05 és átfedés küszöb 0,9. A CNAR (Copy Number módosítása régió) definiáltuk az unió több mint 90 százaléka átfedő rendellenes szegmensek több mintát. A UCSC genom összeszerelés hg19 használtuk, mint az emberi referencia genom szekvencia. Minden platform (244K, 400K, és 60K), az a tömb globális Lowess normalizációs módszert alkalmazták, hogy korrigáljuk a helyi térben orientált és folyamatos térbeli színátmenetek. Miután a belül tömb normalizáció, a kvantilis közötti tömb normalizálás vittük összehasonlítani az aberráció eredmények egész tömbök. Ezek normálnunk végeztük a limma csomag az R. Az MCR (Minimal közös régió) úgy határozzuk meg, mint a 100 százalékos átfedő közös régió között minta a CNAR. Számos MCRS a CNAR szerint lehetséges átfedő frekvencia. Az MCR az erősítés és törlés elemeztük. Erősítés és törlést meghatározni, amikor a normalizált log2 arány ≥0.8 és ≤-0,8, ill. Minden statisztikai módszerek és vizualizációs egyes aberrált régiók végeztünk R statisztikai nyelv v.3.0.2 (www.r-project.org). Katalógusa}

Multiplex Ligation-függő próba amplifikációs (millió litert) Elemzés katalógusa

millió litert elemzést végeztünk a SALSA millió litert készlet P200 (MRC-Holland, Amsterdam, Hollandia) alkalmazásával, a gyártó utasításai [52]. A P200 készlet tartalmaz 14 belső kontroll próbák értékelése DNS-denaturáló és DNS mennyisége, valamint az X és az Y kromoszóma. DNS mintákat hígítottuk TE-5 ul és melegítettünk 98 ° C-on 5 percig PCR csövekbe egy thermocycler egy fűtött fedéllel. Az adagolás befejezése után 1,5 ul millió litert, puffer és 1,5

• PLoS One: Jelentős Szövetsége interleukin4 intron 3 VNTR polimorfizmusa a fogékonyság a gyomorrák egy dél-indiai népesség Telangana
• PLoS One: Az apoptotikus hatását HIF-1α gátlása kombinált glükózt plusz inzulin kezelés hatása gyomorkarcinóma hipoxiás Conditions