PLOS NËMMEN: Decisioun enger Microarray ënnerschriwwe an engem Diagnostic Test: Eng Optakt vun Benotzerdefinéiert 74 Gene Singular fir Ännerung an Cepheid Iwwregens hätt vun Gastric Cancer

Wat VerfÜgung

Background VerfÜgung

Gastric Kriibs (GC) ass mat héije veruerteelt Tariffer assoziéiert an engem encadréiere hätt um fortgeschratt Etappen. Ausserdeem, ginn et keng efficace Methoden, fir gastric Kriibs op eng fréi Etapp diagnosing oder d'Resultat fir den Zweck fir en Patient-spezifesch Behandlung Optioune vun auswielen. Dofir ass et wichteg nei Methode fir GC Diagnos ze ermëttelen. VerfÜgung

Methodik /Principal effektiv VerfÜgung

Fir hiren Asaz an enger diagnostic Kader erliichtert, eng Grupp vun 74 Genen mat diagnostic an prognostic Informatiounen an engem personaliséierten microarray iwwersat gouf eng reduzéiert Formatioun vu 1.042 Ämter wouvun gëeegent fir héich duerch dat Veraarbechtung. An dësem Rapport, weisen mir fir d'éischte Kéier, datt d'Douane Mini-Partie kann als zouverlässeg diagnostic Outil zu gastric Kriibs benotzt ginn. Mat enger AUC Wäert vun 0.565 (95% CI 0.305-0.825) gët eng perfekt Test, d'Sensibilitéit an Spezifizitéit vun Diagnos vun der ROC rop huet berechent 70% an 80% ze gin, bzw.. VerfÜgung

Konklusiounen /Grousses VerfÜgung

D'Donnéeën déi beweisen haut de reproducibility an Segele vun de klenge Mooss-feieren microarray. D'Partie ass en excellent Hëllefsprogramm fir classifying an d'Resultat vun Krankheet an gastric Kriibs Patienten en VerfÜgung

Fro:. Yin Y, ZHUO W, Zhao Y, Chen S, Li J, Wang L, et al. (2013) Decisioun enger Microarray ënnerschriwwe an engem Diagnostic Test: Eng Optakt vun Benotzerdefinéiert 74 Gene Singular fir Ännerung an Cepheid Iwwregens hätt vun Gastric Cancer. PLoS NËMMEN 8 (12): e81561. Doi: 10.1371 /journal.pone.0081561 VerfÜgung

Redakter: Courtney G. Montgomery, Oklahoma Medical Research Foundation, Vereenegt Staate vun Amerika VerfÜgung

Arnaque: 25 Juni, 2013; Akzeptéiert: 14 Oktober 2013; Publizéiert: Dezember 3, 2013 VerfÜgung

Copyright: © 2013 Yin et al. Dëst ass eng oppen-Zougang Artikel ënnert de Bedingunge vun der Lizenz BY Creative Commons verdeelt, déi bereet benotzen Genehmegungen, Distributioun, an Reproduktioun vun all mëttelgrouss, gëtt d'Original Auteur an d'Quell Kaiser sinn VerfÜgung

Funding:. Dës Aarbecht vun der National Natural Science Foundation vu China ënnerstëtzt gouf (81302070, 81272678, 81071961) (http://www.nsfc.gov.cn), National Grondakommes Research plangen vu China (973 plangen) (2012CB945004) (www.973.gov .cn). D'funders hu keng Roll am Etude Design, Daten Kollektioun an Analyse, Décisioun, oder Virbereedung vun der mëttelalterlech Handschrëft ze publizéieren VerfÜgung

Wettsträit Interessen:.. D'Auteuren hunn deklaréiert, datt keng Competitioun Interessen existéieren VerfÜgung

Aféierung VerfÜgung

Gastric Kriibs (GC) huet eng héich Heefegkeet an ass den zweete Spëtzekandidat Ursaach vum Kriibs veruerteelt [1,2]. Iwwregens hätt vun GC ass absolut ofhängeg op der Etapp vun der Krankheet bei Diagnos an der Behandlung Method [3]. De 5-Joer Iwwerliewe Taux vun fortgeschratt gastric Kriibs Patienten ass ronn 20%, bei fréi-Etapp gastric Kriibs et virun 60% ass [4-6]. Mä, do hu fir z'entdecken fréi Etapp Kriibs keng effektiv an machbar Methode gouf a fir d'Méiglechkeet hätt en adequat Behandlung fir all Patient ze bidden. An Japan, wann si méi effizient kéint fréi gastric Kriibs (EGC) duerch Tierken Duerchmusterung z'entdecken an de Plëséier, konnt nëmmen endoscopy allgemeng fir d'Detectioun EGC benotzt ginn. Dofir fréi Diagnos an der Fähegkeet malignant an premalignant lesions fir z'ënnerscheeden wichteg sinn [7]. Dofir ass et wichteg nei Methode fir GC diagnostic oder prognostic Prognosen fir Medeziner Applikatiounen ze ermëttelen. VerfÜgung

Verschidden Gentherapie hire Restaurant hätt mat canceration an Werdegang vun GC verbonne ginn [8-11]. Zum Beispill, proposéiert virdrun Donnéeën mir studéiert datt collagen Genen vläicht e Potential uweist gin fir z'ënnerscheeden malignant aus premalignant lesions am Mo. [12]. Well de Werdegang vun Krankheet aus premalignant Konditiounen GC engem dynamesche Prozess [13-15] ass, konnt d'Detectioun vum Gene hire Restaurant Identifikatioun vun Krankheet-verbonne erlaben Genen fréi wéi agebousst Examen. Ausserdeem gëtt Gentherapie Ausdrock zousätzlech Informatiounen iwwer engem Patient d'Konditioun [16]. Dofir, kann microarray Analyse eng wichteg an nëtzlech Method fir Diagnos a Gefor stratification zu gastric Kriibs ginn. VerfÜgung

Zousätzlech, perséinlëche mat Mini-flamenden Ofgrond fir Medeziner Praxis kann net nëmme méi bëlleg ginn, mä och Infor- RNS manner Prouf verlaange kann fir Etikette an hybridization, an d'Donnéeë Veraarbechtung Zäit méi reduzéiert ginn hätt mat normal microarrays Verglach [17]. E Brauch microarray vun 70 Genen fir d'Iwwregens hätt vun Broscht Kriibs, déi vun der Food an Cargolux Administration (Kondom) guttgeheescht huet, kontrolléiert d'Machbarkeet vun Mooss microarray zu Krankheete benotzt [18,19]. Obwuel et op verschidde Gruppe vu Genen fir GC Diagnos puer Studien ginn hunn, ass de microarray Technologie weideres net als diagnostic Outil zu gastric Kriibs benotzt. VerfÜgung

An dësem Pabeier, beschreiwen mir fir d'éischt Kéier d 'Entwécklung vun enger diagnostic GC Mini-Gamme adaptéiert a beweisen, datt d'Douane Mini-Gamme als zouverlässeg diagnostic an Cepheid Outil zu gastric Kriibs benotzt ginn hätt. VerfÜgung

Resultater VerfÜgung

E Brauch Mini-Gamme vun engem Grupp vu méiglech Genen Zesummenhang mat GC canceration a Fortschrëtt VerfÜgung

An enger viregter Etude, déi mer eng oligonucleotide microarray vun 38.500 Genen ze ënnersicht systematesch Ënnerscheed Gentherapie Ausdrock ënner 33 Echantillon aus normal, premalignant, an malignant lesions am Mo. [12]. A Ëmwandlung vun 696 ënnerscheet-Ausdrock Genen an der offizieller Etude fonnt huet an de Brauch Mini-Gamme als Deel vun enger wëssenschaftlecher Recherche baséieren entworf. Ausserdeem, fir e puer Gruppen an déi sech Genen fonnt, datt méiglecherweis enk ze GC dinn huet, och de Client Mini-Gamme 44 abegraff collagen Genen Zesummenhang [20-22], 54 Genen fir Sex Hormon kenne a Weeër, fonnt ënnerscheet-Ausdrock Genen an aner Studien, an 915 normalization Genen (detailléierte Donnéeën an Dësch S1). An dëser Etude, engem 1042-Gentherapie Ausdrock Profil gouf als mächtegen Diagnos an Estimatioun vun Krankheet Resultat vun gastric Kriibs Patienten etabléiert. VerfÜgung

Verglach vun den 1042-Gene Singular Performance mat Dat vum Original 25k Microarray VerfÜgung

Fir erauszefannen, ob de beschte Mini-Gamme Test fir d'original 25 h microarrays ähnlechen stécht [12], zwee Echantillon ( LYXT an LYXS) aus enger selwecht Patienten an der original Serie benotzt fir den 1042-diagnostic classifier entwéckelen sech Sensor. Den Ausdrock vun 696 Genen generéiert der diagnostic Mini-Gamme mat sech duerchaus ähnlech (Pearson Korrelatioun vun 0,957, p &Si besteet; 0.01). Bis den Original publizéiert Donnéeën (Dorënner 1) VerfÜgung

Umeldung vun Genen differentially zu malignant ausgedréckt an premalignant gastric Stoffer VerfÜgung

All Donnéeën vun hybridizations sech Hannergrond-korrigéiert, normalized, an analyséiert d'ënnerscheet-Ausdrock Genen am 40 Echantillonen ze identifizéieren dass malignant lesions an premalignant lesions vertrieden (n = 20 vun all Grupp). Hëllef Hierarchie Käre an SVM verloossen-eent-out Confirmatioun, Eng Formatioun vun 371 Genen huet fonnt malignant lesions aus premalignant lesions ze trennen hierkommen engem premalignant Prouf (MGFS) an der malignant Grupp kleng waren, a fënnef malignant Echantillon (XSHT, GJFT, CXCT , XYT an QLTT) waren an der premalignant Grupp klassifizéiert. D'MGFS an Echantillonen gouf aus dem Ëmfeld Otemschwieregkeeten vun engem signet-Ring carcinoma gesammelt. D'agebousst Rapport verroden, datt de XSHT Prouf engem Mëttelméisseg ënnerscheet adenocarcinoma war, war de GJFT Prouf engem Mëttelméisseg ze gutt ënnerscheet adenocarcinoma hierkommen CXCT, XYT an QLTT Echantillon gutt ënnerscheet adenocarcinoma goufen. Dës differentially ausgedréckt Genen agebaut 199 up-reegelen Genen an 172 verwandelt-reegelen Genen vun malignant lesions Verglach mat premalignant lesions (Dorënner 2). VerfÜgung

Ënnerscheedung Iwwregens hätt vun gastric Kriibs VerfÜgung

An unsupervised, Hierarchie Käre sind erlaabt eis déi 20 GC malignant lesions op der Basis vun hirem souvill iwwer bedeitendst Genen vun 371 differentially ausgedréckt Genen tëscht malignant an premalignant lesions gemoos un Stärekoup. Virun allem, an déi lénks Grupp, 4 vun 10 sporadesch Patienten sech op eng fréi Etapp vun GC an der anerer mat héich ënnerscheet lesions virgestallt hierkommen an déi richteg Grupp, 2 vun 10 sporadesch Patienten aus der Grupp sech déi wäit Investitiounen bannent 5 Joer entwéckelt oder mat héijen Etapp an schlecht ënnerscheet lesions. Sou, unsupervised Käre benotzt, kann mir tëscht "gutt hätt" a "schlecht hätt d 'erhéijen an engem gewëssen Mooss (well nëmmen 3) z'ënnerscheeden. Ausserdeem huet d'Aart a Etapp vun GC vun de Patienten mat der Ënner-Kategorien aarm oder gutt hätt verbonne (Table 1, detailléiert Donnéeë vun Dësch S2).
Group 1 (Good hätt) VerfÜgung Group 2 (Poor hätt) VerfÜgung Age62.8 ± 7.1161.3 ± 7.02Gender (Mann /Fra) 7/38 /2Stage (I /II /III /IV) 2/1/7/01/0/5 /4Pathological Typ (Mëttelméisseg ze gutt ënnerscheet adenocarcinoma /LINN ënnerscheet adenocarcinoma /Signet Ring Zell carcinoma /Mucinous adenocarcinoma) 7/2/1/03/4/1 /2Metastasis mat 5 years13Table 1. D'Etapp vun gastric Kriibs Patienten an zwou Gruppen.
CSV CSV Luet

Benotzerdefinéiert vill mat minimum Zuel vun Genen fir GC Diagnos an Cepheid VerfÜgung

Unsupervised zwee-Dimensiounen Stärekoup Analyse vun der Gentherapie Käre an GC Käre war onofhängeg eng agglomerative Hierarchie Käre Algorithmus mat 371 Genen benotzt gesuergt dat kéint malignant GC an premalignant lesions z'identifizéieren. D'Korrelatioun souguer gemaach vun der Ausdrock fir all Gentherapie mat Krankheet Resultat war berechent, a sech 252 Genen fonnt vill mat Krankheet Resultat assoziéiert gin (Korrelatioun souguer gemaach &Si besteet; -0,3 oder > 0.3) (detailléierte Donnéeën an Dësch S1). VerfÜgung

Dës 252 Genen huet Geleeënheet-bestallt op der Basis vun der Hellegkeet vun der Korrelatioun ass souguer gemaach ginn. D'Zuel vun de Genen an der "prognostic classifier" war vun Rei Schan subsets vun 5 Genen vun uewen vun dëser Geleeënheet-bestallt Lëscht optimiséiert an Evaluéieren seng Kraaft fir richteg Klassifikatioun mat der "verloossen-eent-out" Method fir Kräiz-publizéieren. Klassifikatioun baséiert op der Korrelatioun vun der Ausdrock Niveau vun de Rescht Echantillon vun der gutt an aarme Patienten gemaach ginn, respektiv. Der Richtegkeet verbessert bis déi optimal Zuel vu Lakonien Genen erreecht gouf. Dofir, goufen 74 Genen de Minimum Zuel vun Genen ze bestëmmen dass den zwou Ënner Gruppe vu verschiddene hätt (Dorënner 4) klassifizéiert ginn hätt. Mat enger AUC Wäert vun 0.565 (95% CI 0.305-0.825) gët eng perfekt Test, d'Sensibilitéit an Spezifizitéit vun Diagnos vun der ROC rop berechent sech 70% an 80% ze gin, bzw. (Dorënner 5). VerfÜgung

op d'Gene Ontologie (bEI) Funktioun Klassifikatioun Grond, sinn déi funktionell Annotation fir d'Équipe Genen zu Zell Zyklus, Iwwerfall a Metastasen, angiogenesis, an Signal transduction vill an der aarmséileg hätt Ënnerschrëft (Annotation vun Genen an Dësch S1 opgezielt) upregulated. Dës Genen och verschidden Gruppen fir déi d'Funktioun Annotation zu tumorigenesis an Werdegang Abléck an d'Basisdaten biologescher Mechanismus amgaang ze Schlëssel Funktiounen Équipe gëtt. D'Genen vun der Zell Zyklus Équipe, Iwwerfall a Metastasen, angiogenesis, an Signal transduction vill sech tëscht zwou Ënnerschrëften (zum Beispill, GKN1, INHBA, SPP1 an THBS4) differentially ausgedréckt. Mëttlerweil, ënnerscheet unsupervised Stärekoup Analyse tëscht verschiddene prognostic erhéijen. Vun Evaluéieren all 74 prognostic reporter Genen, méi Genen fir dësen funktionell Kategorien gehéiert offensichtlech ginn (zum Beispill, GKN1, GKN2, GIF, PSCA an LIPF). VerfÜgung

D'Patienten zu der zwee vun de 74. Genen kleng Gruppen an de ganzen Ämter si bal d'selwecht, ausser fir d'Prouf LCM, déi an de gudde hätt Grupp an de ganze Ämter microarray an un der armen hätt Grupp vun de 74-Gentherapie Klassifikatioun séiert war. D'LCM Prouf war vun der malignant Otemschwieregkeeten vun engem Patient Leed vun mucinous adenocarcinoma zu Bühn IV mat engem kuerz Liewensdauer wéi déi aner Patienten an der offizieller Gruppen gesammelt. Dofir, kéint den 74.-Gentherapie Klassifikatioun microarray méi gräifbar ginn. VerfÜgung

Préifen vun der 74. Genen Mooss lackeleg an Korrelatioun vun der microarray Date mat der prognostic Profil VerfÜgung

Fir d'11 GC Patienten an der abegraff virdrun Etude [12], mir déi Korrelatioun souguer gemaach ginn vun de Niveau vun den Ausdrock vun der 74. Genen mat der sech duerchschnëttlech Profil vun dësen Genen vun erhéijen vu Patienten mat gutt hätt (CI) berechent. E Patient mat engem Korrelatioun souguer gemaach vu méi wéi -0.007 (de loung e schéinen 13 Prozent Taux vun falschen negativ Resultater) war dunn mat der gudder-Iwwregens hätt Ënnerschrëft un der Grupp gehéiert, an all aner Patienten goufen an de Grupp mat den aarme uechtzéng -prognosis Ënnerschrëft (Dorënner 6). Zousätzlech, schwankt d'Iwwerliewe rop vun den zwou Gruppe mat Ofstand (p &Si besteet; 0,05) (Dorënner 7). Soumat huet de classifier enger ähnlecher Leeschtung op der Confirmatioun vun 11 onofhängeg sporadesch erhéijen a confirméiert de predictive Muecht an Segele Iwwregens hätt Klassifikatioun vun der Douane weder 74-Gentherapie. VerfÜgung

Reproducibility vun perséinlëche Mini-Gamme VerfÜgung

d'Donnéeë vun der Gentherapie Ausdrock vun der microarray Donnéeën ze validéieren, kucke mir e ënnerscheet-Ausdrock Gentherapie, INHBA, an iwwerpréift hiren Ausdrock mat grouss RT-Hinnen alleguer Analyse. Eis Daten huet, datt d'Gentherapie vill Ausdrock am malignant Stoffer geännert Verglach zu premalignant Stoffer zu 11 Pair-stemmt Echantillonen, konsequent mat de Resultater vun der microarray Analyse kritt (D'Grondidee 8). VerfÜgung

A sub Grupp vun Reproduktioun verbonne Genen mat gastric Kriibs VerfÜgung

an der 74-Gentherapie Mooss microarray Lëscht, hunn mir e Grupp vu Genen mat der bEI Klassifikatioun vun Reproduktioun (Table 2), an déi 5 Genen fir Sex Hormon kenne a Weeër (ESRRG, DMRT3, DMRTA1, AMHR2 an FOXL2), konnt net nëmmen effektiv Trennung malignant aus premalignant Echantillon mä och mat Hierarchie Käre an SVM (Dorënner 9) aarm a gutt hätt klassifizéieren. Zousätzlech, zwee Sex Hormon Genen bedeitendst differentiated- Ausdrock vu gutt hätt aarmséileg hätt vun GC (ESRRG 8,83, ar 0,37, p &Si besteet; 0.01) hat. VerfÜgung Symbol änneren VerfÜgung falen VerfÜgung Symbol VerfÜgung falen change
AMHR20.442DMRT34.8637INHBA11.2072DMRTA10.366MMP142.009SFRP413.0683NOTCH12.2898FOXL23.291PGF2.9307SPP19.4141Table 2. Genen mat GO Klassifikatioun vun Reproduktioun vun 74 Genen microarray Grupp. VerfÜgung CSV CSV Luet

Diskussioun VerfÜgung

Am Moment studéieren, Rapport mir fir d'éischte Kéier, datt d'Douane microarray eng efficace Method kéint fir Diagnos an Cepheid vun hätt am GC klinesch. E Manktem vu Krankheete biomarkers fir fréi gastric Kriibs ouni spezifesch fréi Symptomer féiert zu verspéiten Diagnos an dréit zu der héich veruerteelt vun gastric Kriibs [23]. An e puer Fäll, geschéien Verännerungen nëmme bei der Gentherapie Niveau, mat kee agebousst änneren. Ännerungen an der Gentherapie Ausdrock hätt zu fréi Diagnos Hëllef, hätt, a Behandlung Orientatioun fir Thes Stralung an Chimiotherapie goen. D'Entwécklung vun microarray Technologien erlaabt der Etude vun der Méiglechkeet vun agebousst reversal an der Evaluatioun an d'Leedung vun der Therapie. Zousätzlech, kéint cibléiert microarray Equipement schafen maachen der Technik méi nëtzlech. Well vun den aarme Spezifizitéit an hunn vun alen gemeinsame Diagnos, huet d'Douane microarray net zu Krankheete benotzt fir gastric Kriibs applizéiert gouf nach, obwuel et Studien an der Gentherapie Diagnos sinn. VerfÜgung

Microarray Analyse ass engem oft benotzt Technologie fir ënnersicht Gentherapie Ausdrock op enger globaler Skala. Puer molekulare assays Moment an de Medeziner Beurteelung vun Cancers agestallt sinn aus microarray-baséiert Gentherapie Ausdrock profiling ofgeleet. Ee Beispill vun engem microarray-baséiert assay ass MammaPrint, enger Mooss microarray vun 70 Genen verbonne mat der Gefor vun der fréi Entwécklung vun fernen Metastasen zu jonk Patienten mat lymph-Node negativ Broscht Kriibs. MammaPrint gouf vun de Kondom ratifizéiert. D'Géigner vun dëser Profil an engem héich duerch dat diagnostic Kader ze benotzen kéint e groussen Virdeel am hätt a Behandlung vun Broschtkriibs Kriibs [17-19] gin. Allerdéngs ass d'Technik op weideres net als eng Iddi diagnostic Outil zu gastric Kriibs benotzt, an et huet keen Etude vun Mooss microarrays an der Diagnos oder Cepheid vun hätt benotzt ginn. An dësem Rapport, weisen mir fir d'éischte Kéier, datt d'Douane Mini-Partie kann als zouverlässeg diagnostic Outil zu gastric Kriibs benotzt ginn. VerfÜgung

An dësem Pabeier, beschreiwen mir d'Entwécklung vun engem personaliséierten diagnostic gastric Kriibs Mini-Gamme a beschreiwen seng verléisslech Benotzung vun enger diagnostic Kader. Vill Krankheete Studien hunn hire Restaurant an der Expressioun vun eenzelne Genen mat gastric Kriibs Resultat soll, dacks mat widderspréchlech Resultater. Beispiller och CXCL1, HOXA10, an methylation vun PCDH10 [24-26]. Allerdéngs huet dësen Genen net an eiser mini-Gamme abegraff. Et ass méiglech, datt d'aner Studien méi Opmierksamkeet d'Funktioune vun dësen Genen bezuelt, wobäi mir op der Ausstralung vun mRNAs konzentréiert. Déi 74-Gentherapie Mooss vill kann eng méiglech predictive Hëllefsprogramm fir gastric Kriibs ginn. D'Daten déi beweisen haut de reproducibility an Segele de klenge Mooss-feieren microarray. D'Benotzung vun engem Mooss microarray hätt e puer Virdeeler bidden, wéi korrekt Informatiounen iwwert Terrain Risiko Verglach mat konventionelle Medeziner Critèren, a wäert also derwäert fir d'Noutwendegkeete vun adjuvant Therapie verbesseren. VerfÜgung

Mëttlerweil, well vun enger 2-fantastesch héich Heefegkeet vun Männercher wéi zu Weibercher mam GC [1], e puer Schréck epidemiological Ëmfroen hindeit, datt Geschlecht e wesentleche onofhängeg prognostic Faktor fir globale Iwwerliewe vun GC Patienten war [27,28 ] an männlech treffen vun gastric Kriibs deemolegt Weltbild mat engem 10-15 Joer Verspéidung vun der gezu vun intestinal Typ gastric Kriibs an Fraen am Verglach mat Männer [29]. An dëser Profil vun der 74. Gentherapie Mooss Mini-onerfëllt, goufen 5 Genen tëscht malignant lesions an premalignant lesions vun GC (ESRRG, DMRT3, DMRTA1, AMHR2 an FOXL2) differentially ausgedréckt. Dëse Grupp vun Sex-verbonne Genen mat méiglechen Mesuren am GC war éischte proposéiert, an et sinn puer Studien op dëser Grupp vu Genen mat Cancers assoziéiert. Et ass wichteg ze notéieren, datt d'läscht Etude Rapport vun Matson a Kollegen eng méiglech Veräin an Passerelle vun DMRT1, FOXL2 an d'Geschlecht Hormon [30] weisen. DMRT1, DMRT3, an DMRTA1 sinn all an engem Koup vun der Gentherapie Famill abegraff datt e Zénk Fanger-wëll DNA-verbindlech Motiv (DM Domain) gemeinsam hunn, déi an flitt an nematodes och e Schlëssel regulator vun männlech Entwécklung ass. Ausserdeem, sinn d'Haaptgrënn Genen vun dëser Passerelle all an eisen Daten abegraff. D'Donnéeë kënnen eis mat enger Recherche Richtung fir Sex-verbonne Genen am GC an engem méiglech Passerelle an Mechanismus vun GC canceration opzeweisen. VerfÜgung

Dofir, kéinten d'Partie zegutt gin fir classifying an d'Resultat vun Krankheet an gastric Kriibs Patienten virausgesot. Mä et sinn e puer Aschränkungen an eiser Profil. D'Echantillon soll de Medeziner Validitéit an reproducibility fir z'iwwerpréiwen erweidert ginn. VerfÜgung

spontan a Methode VerfÜgung

kennen an Echantillon VerfÜgung

Forty- surgically resected gastric Kriibs uplanzen an bascht Net-entholl uplanzen sech aus Sir Run Run Shaw Spidol, School vun Medezin Zhejiang Uni kritt a sech während Juni 2007 bis de Mee 2011 Mir gesammelt malignant an premalignant Stoffer aus verschiddene Regioune vun der resected Mo vun all Patient deen Agrëff mécht benotzt. Véierzeg gruppéiere Otemschwieregkeeten Echantillon vun zwanzeg Patienten mat der Primärschoul gastric Kriibs deen Agrëff mécht (zwanzeg malignant lesions, zwanzeg premalignant lesions) huet fir oligonucleotide microarray Analyse (Table 1, detailléiert Donnéeë vun Dësch S2) an dëse Match gaangen. E, an festgestallte mat Lauren senger an DÉI Klassifikatioun onofhängeg vun dräi berufflech pathologists; All vum gesammelt Echantillon waren mat H &fix, Ënnerbewosstsinn, geschriwwen. Zwielef vläit Echantillon mat malignant an premalignant lesions vu Patienten, déi Agrëff mécht sech fir grouss ëmgedréint Transkriptiouns-Hinnen alleguer (grouss RT-Hinnen alleguer) an dëse Match gaangen. D'Resultater aus grouss RT-Hinnen alleguer sech mat der agebousst records vun der Contributioun Institutioun Verglach. Finale agebousst Analyse gouf vun Konsens alles an iwwerschafft wann néideg. "Malignant" bezitt sech op verschidden Zorte vun gastric Cancers. "Premalignant" bedeit atrophic gastritis, intestinal metaplasia an /oder dysplasia. D'uplanzen sech direkt an flëssegem Stéckstoff gefruer an bei -80 ° C bis weider Ofwécklung gespäichert. Schrëftlech informéiert Averständnes war virun Prouf Kollektioun kritt, an der Etude Protokoll war vun der Fuerschung IFLA- Comité vun Sir Run Run Shaw Hospital guttgeheescht. VerfÜgung

Concierge Mini-Singular VerfÜgung

Den Original perséinlëche 8 * 15k Mini-Gamme enthale 1042 canceration an hätt Genen sëlwecht fir den Ämter op der original vill wëssenschaftlech [12]. De Mini-Gamme abegraff 696 differentially ausgedréckt Genen tëscht malignant lesions an premalignant lesions vun GC Patienten déi mir hunn an de leschte 38, 500 Gentherapie Fritten, 44 collagen Zesummenhang Genen, 54 Genen fir Sex Hormon kenne a Weeër, an ënnerscheet-Ausdrock Genen fonnt an aner Studien déi an triplicates iewer goufen. All Partie och 1042 Ämter fir hybridization an Dréckerei Qualitéitskontroll souwéi 915 normalization Genen (detailléierte Donnéeën an Dësch S1). Eight identesch Mini-flamenden Ofgrond si präsent op engem eenzege 1 "× 3" Rutsch, Délaie fir aacht eenzelne hybridizations gläichzäiteg gesuergt gin (perséinlëche zu Shanghai BioChip Co. Ltd., Agilent Technologies). VerfÜgung

Oligonucleotide microarray VerfÜgung

D'total RNS ofgebaut gouf a sidd mat der TRIzol Reagent (Invitrogen, USA) an RNeasy Mini Kit (QIAGEN, Däitschland) via Standard Prozedure vun de Produzenten recommandéieren. D'Niveauen a Qualitéiten vun Crna sech duerch eng Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, USA), an d'Qualitéit vun RNS gemooss gouf vun der Norm 2100 RIN > kontrolléiert haten; = 7.0 an 28s /18S > = 0,7. Crna war mam Gene Chip Sample Donatiounen Modul fragmentaresch (Affymetrix, USA) a mat enger eenzeger Faarw Bezeechnung benotzt der Agilent mellen Method vergréisseren. Hybridization, staining, wäschen an Scannen Prozedure goufen wéi an der Expression Analys Chip Gene beschriwwen duerchgefouert technesch manuell (Affymetrix, USA). VerfÜgung

Analys vun oligonucleotide microarray Donnéeën VerfÜgung

D'Resultater vun der microarray sech duerch eng Agilent Scanner gescannt. Date goufen normalized an conversed nom Bild Acquisitioun an quantification d'Genen mat groussen Ënnerscheed Ausstralung Software benotzen Spillfilmer Extraktioun z'identifizéieren. Eng oppe Quell interpretéiert Computer Sprooch (R) war fir statistesch Rechenaufgaben an Grafiken benotzt [12]. D'Matière Donnéeën vun Mooss microarray huet zu der ArrayExpress als Bäitrëtt Zuel A-MEXP-2338 eropgeluede goufen. VerfÜgung

Sécuritéit Design VerfÜgung

Mir enger Method benotzt baséiert op der Gentherapie Ausdrock Profiler gastric Cancers ze klassifizéieren an prognostic oder diagnostic Kategorien. D'Method abegraff folgend Schrëtt: (1) Design vun engem Mooss Mini-Gamme mat enger Grupp vun Genen méiglecherweis am Zesummenhang mat GC canceration a Fortschrëtt baséiert op virdrun Studien, (2) Auswiel vun ënnerscheet-Ausdrock Genen tëscht malignant an premalignant lesions (fantastesch änneren > 2 Mol an p &Si besteet; 0,05) (3), unsupervised zwee-Dimensiounen Stärekoup Analyse vun der Gentherapie Käre an GC Käre onofhängeg benotzt en agglomerative Hierarchie Käre sind gesuergt (4), Auswiel vun am Schrëtt Kandidat Genen aus Genen ausgewielt discriminating 2 no fir hir Korrelatioun mat der Kategorie (gudd oder schlecht hätt) (5), Determinatioun vun der optimal Formatioun vun reporter Genen engem Congé-eent-out Kräiz Confirmatioun Prozedur (6), prognostic oder diagnostic Cepheid baséiert op der Gentherapie Ausdrock vun der optimal Hëllef Formatioun vun reporter Genen [18,19], (7) bEI Annotation vun reporter Genen, an (8) Analyse vun Korrelatioun vun der microarray Date mat der prognostic Profil VerfÜgung

Chemeschen RT-Hinnen alleguer Analyse VerfÜgung

d'total RNS aus Echantillon ofgebaut gouf reversely an cDNA ausserdeem fir 15 min an um 85 ° C fir 15 sec. Hinnen alleguer Reaktioune SYBR® premis EX Taq TM Kit benotzt huet fir 30 sec op 95 ° C standing fir 15 sec op 95 ° C vun 40 Zykle duerno, 60 ° C fir 10 sec, an 72 ° C fir 40 sec mat der 7500 Real- Zäit Hinnen alleguer System (Obwuel Biosystems, USA). D'housekeeping Gentherapie β-actin als eng intern Kontroll. De Stiermer primer Haaptrei vun INHBA ass GTGATGGCAAGGTCAACATCT, an d'Géigendeel eent ass GCGGTAGTGGTTGATGACTGT. VerfÜgung

statistique Analyse VerfÜgung

Mir proportional-Risikoe Réckgang Analyse benotzt der Associatioun tëscht der Korrelatioun souguer gemaach ginn (CI) an Investitiounen ze ajustéieren fir aner Variabelen. D'p-Wäerter mat der Chance nennen verbonne sinn berechent benotzt Fisher d'exakt Test. VerfÜgung

Ennerstëtzung Informatiounen VerfÜgung Table S1. Den Informatiounen vun Genen vun Schrëtt vun Methoden VerfÜgung de Mini-lackeleg fir ze designen an der Final 74 Mini-Gamme Genen. VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0081561.s001 VerfÜgung (XLS) VerfÜgung Table S2. D'Detailer vun der Informatioun vun lesions fir microarray VerfÜgung. VerfÜgung Doi: 10,1371 /journal.pone.0081561.s002 VerfÜgung (Intrigue) VerfÜgung

• PLOS NËMMEN: stattfannen um Intronic Widerhuelung vun der esouguer-Telangiectasia Mutated (ophieft) Gene a ophieft Protein Verloscht vun primär Gastric Cancer mat Microsatellite Instability
• PLOS NËMMEN: RhoE förderen Metastasen zu Gastric Cancer duerch e Mechanissem ofhängeg op Geographie Expression vun CXCR4