PLoS ONE: Konvertieren eines Microarray-Signatur in einen Diagnosetest: Ein Versuch von benutzerdefinierten 74 Gene Array für Klärung und Vorhersage der Prognose von Magenkrebs

Abstrakt

Hintergrund

Magenkrebs (GC) mit hoher Mortalität verbunden und einer ungünstigen Prognose bei fortgeschrittenen Stadien. Darüber hinaus gibt es keine wirksamen Methoden für Magenkrebs im Frühstadium diagnostizieren oder den Ausgang für den Zweck zur Vorhersage patientenspezifischen Behandlungsoptionen auszuwählen. Daher ist es wichtig, neue Methoden für die GC-Diagnose zu untersuchen.

Methodik /wesentlichen Ergebnisse

Um seine Verwendung in einem diagnostischen Einstellung erleichtern, wurde eine Gruppe von 74 Genen, die mit diagnostischen und prognostische Informationen in eine maßgeschneiderte Mikroarray übersetzt wurde ein reduzierter Satz von 1.042 Sonden enthalten, geeignet für Hochdurchsatzverarbeitung. In diesem Bericht zeigen wir zum ersten Mal, dass die eigene Mini-Array kann als zuverlässiges Diagnosewerkzeug bei Magenkrebs verwendet werden. Mit einem AUC-Wert von 0.565 (95% CI 0,305-0,825), die eine perfekte Test, um die Empfindlichkeit und Spezifität der Diagnose aus der ROC-Kurve berechnet wurden 70% und 80% betragen, beziehungsweise.

Schlussfolgerungen /Bedeutung

Die Daten zeigen deutlich die Reproduzierbarkeit und Robustheit der kleinen maßgeschneiderten Mikroarray. Das Array ist ein ausgezeichnetes Werkzeug für die Klassifizierung und das Ergebnis der Krankheit bei Patienten mit Magenkrebs die Vorhersage

Citation:. Yin Y, Zhuo W, Zhao Y, Chen S, Li J, Wang L, et al. (2013) Konvertieren eines Microarray-Signatur in einen Diagnosetest: Ein Versuch von benutzerdefinierten 74 Gene Array für Klärung und Vorhersage der Prognose von Magenkrebs. PLoS ONE 8 (12): e81561. doi: 10.1371 /journal.pone.0081561

Editor: Courtney G. Montgomery, Oklahoma Medical Research Foundation, Vereinigte Staaten von Amerika

Received: 25. Juni 2013 beginnen; Akzeptiert: 14. Oktober 2013 beginnen; Veröffentlicht: 3. Dezember 2013

Copyright: © 2013 Yin et al. Dies ist eine Open-Access-Artikel unter den Bedingungen der Lizenz Creative Commons, die uneingeschränkte Nutzung erlaubt, die Verteilung und Vervielfältigung in jedem Medium, vorausgesetzt, der ursprüngliche Autor und Quelle genannt werden

Finanzierung:. Diese Arbeit von der National Natural Science Foundation of China unterstützt wurde (81302070, 81272678, 81071961) (http://www.nsfc.gov.cn), nationale Grundlagenforschung Programm von China (973 Program) (2012CB945004) (www.973.gov .cn). Die Geldgeber hatten keine Rolle in Studiendesign, Datenerfassung und Analyse, Entscheidung oder Vorbereitung des Manuskripts zur Veröffentlichung

Konkurrierende Interessen:.. Die Autoren haben erklärt, dass keine Interessenkonflikte bestehen

Einführung

Magenkrebs (GC) hat eine hohe Inzidenz und ist die zweithäufigste Ursache der Krebssterblichkeit [1,2]. Die Prognose der GC ist stark abhängig von dem Stadium der Krankheit bei der Diagnose und der Behandlungsmethode [3]. Die 5-Jahres-Überlebensrate bei fortgeschrittenem Magenkrebs-Patienten beträgt etwa 20%, während in der Frühphase Magenkrebs es über 60% liegt [4-6]. Allerdings gibt es zum Nachweis von Krebs im Frühstadium keine wirksame und praktikable Methoden gewesen und für die mögliche Prognose die Vorhersage geeignete Behandlung für jeden Patienten zur Verfügung zu stellen. In Japan, obwohl sie effizienter könnte Magenfrühkarzinomen (EGC) durch umfangreiche Screening erkennen und zu behandeln, konnte nur Endoskopie häufig zum Nachweis EGC verwendet werden. Deshalb ist eine frühe Diagnose und die Fähigkeit, maligne und prämalignen Läsionen zu unterscheiden, wichtig sind [7]. Daher ist es wichtig, neue Methoden für die GC diagnostischen oder prognostischen Vorhersagen für klinische Anwendungen zu untersuchen.

Bestimmte Genveränderungen können mit canceration und Progression von GC in Verbindung gebracht werden [8-11]. Beispielsweise vorgeschlagen vorherigen Daten, die wir untersucht, dass Kollagen-Gene könnte ein potentielles Biomarkers sein zu unterscheiden maligne von Präkanzerosen im Magen [12]. Weil das Fortschreiten der Krankheit von prämalignen Bedingungen GC ein dynamischer Prozess [13-15] ist, könnte der Nachweis von Genveränderungen Identifizierung von krankheitsassoziierten Genen ermöglichen früher als pathologische Untersuchungen. Darüber hinaus bietet die Genexpression zusätzliche Informationen über den Zustand eines Patienten [16]. Daher kann Microarray-Analyse ein wichtiges und nützliches Verfahren zur Diagnose und Risikoabschätzung bei Magenkrebs sein.

Darüber hinaus maßgeschneiderte mit Mini-Arrays für die klinische Praxis kann nicht nur billiger, sondern auch Eingang RNA weniger Probe erfordern für die Kennzeichnung und die Hybridisierung und die Datenverarbeitungszeit wesentlich verringert werden kann mit normalen Mikroarrays im Vergleich [17]. Eine benutzerdefinierte Microarray von 70 Genen, die für die Prognose von Brustkrebs, die von der Food and Drug Administration (FDA) genehmigt wurde, prüft die Machbarkeit von benutzerdefinierten Microarray in der klinischen Anwendung [18,19]. Zwar gibt es für bestimmte Gruppen von Genen für die GC-Diagnose mehrere Studien haben, ist der Microarray-Technologie derzeit nicht als Diagnosewerkzeug bei Magenkrebs eingesetzt.

In diesem Papier beschreiben wir zum ersten Mal die Entwicklung eines Diagnose GC Mini-Array angepasst und zeigen, dass die eigene Mini-Array als zuverlässiger diagnostischer und Vorhersage-Tool bei Magenkrebs verwendet werden könnten.

Ergebnisse

• PLoS ONE: Mutation bei Intronic Repeats der Ataxia-Telangiectasia Mutierte (ATM) Gene und ATM-Protein-Verlust in Primärmagenkrebs mit Mikrosatelliten-Instability
• PLoS ONE: Rhoe Fördert Metastasierung in Magenkrebs durch einen Mechanismus ab, über die verstärkte Expression von CXCR4