PLoS One: konvertálása microarray Signature egy diagnosztikai vizsgálat: A Trial of Custom 74 Gene Array Tisztázási és előrejelzése a gyomorrák prognózisa

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

A gyomorrák (GC) társul magas halálozási arány és a kedvezőtlen prognózissal előrehaladott szakaszában. Ezen túlmenően, nincs hatékony módszerek diagnosztizálására gyomorrák korai szakaszában vagy előrejelzésére az eredmény a kiválasztása céljából a beteg-specifikus kezelési lehetőségek. Ezért fontos, hogy vizsgálja meg új módszerek GC diagnózist.

Módszertan /fő eredményei katalógusa

megkönnyítése való felhasználása során a diagnosztikai környezetben, egy csoport 74 gének diagnosztikai és prognosztikai információt lefordították egy testreszabott microarray tartalmazó csökkentett készlet 1042 próbák alkalmasak nagy áteresztőképességű feldolgozás. Ebben a jelentésben bemutatjuk az első alkalom, hogy az egyéni mini-tömb lehet használni, mint egy megbízható diagnosztikai eszköz a gyomorrák. Az AUC értéke 0,565 (95% CI 0,305-0,825), jelezve, egy tökéletes teszt érzékenysége és specificitása diagnózis a ROC görbe számoltuk, hogy 70% és 80% volt.

Következtetések /Jelentés katalógusa

Az adatok világosan mutatják a reprodukálhatóság és megbízhatóságát a kis egyedi microarray. A tömb egy kiváló eszköz segítségével és előrejelzésére eredményét betegség gyomorrákos betegek. Katalógusa

Citation: Yin Y, Zhuo W, Zhao Y, Chen S, Li J., Wang L. et al. (2013) konvertálása microarray Signature egy diagnosztikai vizsgálat: A Trial of Custom 74 Gene Array Tisztázási és előrejelzése a gyomorrák prognózisa. PLoS ONE 8 (12): e81561. doi: 10,1371 /journal.pone.0081561 katalógusa

Szerkesztő: Courtney G. Montgomery, Oklahoma Medical Research Foundation, az Amerikai Egyesült Államok katalógusa

Beérkezett: június 25, 2013; Elfogadva: október 14, 2013; Megjelent: december 3, 2013 katalógusa

Copyright: © 2013 Yin és mtsai. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Forrás: Ez a munka támogatta a Nemzeti Természettudományi Alapítvány Kína (81302070, 81272678, 81071961) (http://www.nsfc.gov.cn), a Nemzeti Alap Research Program of China (973 program) (2012CB945004) (www.973.gov .cn). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a gyomorrák (GC) magas előfordulási gyakorisága és a második vezető daganatos halálok [1,2]. A prognózis a GC nagymértékben függ a betegség stádiumától a diagnózis és a kezelés módjától [3]. Az 5 éves túlélés előrehaladott gyomorrákban szenvedő betegek mintegy 20%, míg a korai stádiumú gyomorrák ez 60% feletti [4-6]. Azonban nem voltak hatékony és megvalósítható kimutatására korai szakaszban rák és előrejelzésére a lehető prognózis, hogy a megfelelő kezelést az egyes betegek számára. Japánban, bár tudtak hatékonyabban felismeri és kezelni a korai gyomorrák (EGC) keresztül kiterjedt szűrés, csak endoszkópia lehetne általánosan használt kimutatására EGC. Ez az, amiért a korai diagnózis és képes megkülönböztetni a rosszindulatú és premalignus elváltozások fontos [7]. Ezért fontos, hogy vizsgálja meg új módszerek GC diagnosztikai vagy prognosztikai előrejelzések klinikai alkalmazásokhoz.

Egyes gén eltéréseinek összefüggésbe hozható canceration és progresszióját GC [8-11]. Például, a korábbi adatok tanulmányoztuk azt javasolta, hogy a kollagén gén lehet egy potenciális biomarker megkülönböztetni a rosszindulatú származó premalignus károsodások a gyomorban [12]. Mivel a betegség progresszióját származó rosszindulatúvá válás előtti körülmények GC egy dinamikus folyamat, [13-15], az észlelési gén változtatások lehetővé teheti azonosítását betegséggel asszociált gének korábban, mint patológiai vizsgálatok. Ezen túlmenően, a génexpresszió további információt nyújt a beteg állapotát [16]. Ezért microarray lehet fontos és hasznos módszer a diagnózis és rizikóstratifikáció gyomorrákban. Katalógusa

Ezen felül, segítségével testre mini-tömbök a klinikai gyakorlat számára nem csak olcsóbb, de akkor is szükség kevesebb minta RNS bemenet címkézésére és hibridizáció és az adatfeldolgozási idő lényegesen csökkenteni lehetett, összehasonlítva a hagyományos microarray [17]. Az egyéni microarray 70 gének prognózisát az emlőrák, amely már jóváhagyta a Food and Drug Administration (FDA), ellenőrzi a megvalósíthatóságát egyéni microarray klinikai használatra [18,19]. Bár már számos tanulmány egyes csoportjait gének GC diagnózis, a microarray technológia jelenleg nem használják, mint diagnosztikai eszköz a gyomorrák. Katalógusa

Ebben a cikkben bemutatjuk az első alkalommal a fejlődés egy szabott diagnosztikai GC mini-tömb és igazolja, hogy az egyéni mini-tömb lehet használni, mint egy megbízható diagnosztikai és predikciós eszköz gyomorrákban.

Eredmények katalógusa

Egy egyedi mini-tömb egy csoport lehetséges kapcsolatos gének GC canceration és haladás katalógusa

Egy korábbi tanulmányban, mi olyan oligonukleotid microarray a 38.500 gének szisztematikusan megvizsgálja differenciális génexpresszió között 33 mintákban a normális, premalignus és malignus elváltozások a gyomorban [12]. A frakció 696 differenciált expressziója gének találhatók a hivatalos vizsgálat tervezését az egyedi mini-tömb részeként kutatási bázis. Ezen túlmenően, bizonyos csoportok, amelyekben gént találtunk, amelyek esetleg szorosan kapcsolódó GC, az egyéni mini-tömb is tartalmaz 44 kollagén kapcsolatos gének [20-22], 54 gének nemi hormon receptorok és utakat, differenciált expressziója gének talált más tanulmányok, és 915 normalizáció gének (a részletes adatokat táblázat S1). Ebben a vizsgálatban a 1042-génexpressziós jött létre, mint egy erős diagnózis és előrejelzője a betegség kimenetelét gyomorrákos betegek.

összehasonlítása 1042-Gene Array Teljesítmény Ez az eredeti 25k microarray katalógusa

Annak megállapításához, hogy a személyre szabott mini-tömb teszt végez hasonló az eredeti 25 k microarray [12], két minta ( LYXT és LYXS) egy azonos betegnél használták az eredeti sorozatban, hogy fejlesszék a 1042-diagnosztikai osztályozó nyertük vissza. Kifejezései 696 géneket a diagnosztikai mini-tömb nagymértékben hasonlóak (Pearson korreláció 0,957, p < 0,01), az eredeti közzétett adatok (1. ábra). Katalógusa

gének azonosítása eltérő módon fejeződnek ki rosszindulatú és premalignus gyomor szövetek

Minden adat a hibridizálást háttér-korrigált, normalizált, és elemezzük, hogy azonosítsa a differenciált-expresszió gének 40 mintát, hogy képviselje a malignus elváltozások és premalignus elváltozások (n = 20 minden csoportban). Egy sor 371 gén találtak elválasztani rosszindulatú elváltozások praemalignus elváltozások segítségével hierarchikus klaszterezés és SVM hagyja-one-out megerősítést, mivel a humán papillómavírus minta (MGF) soroltuk a rosszindulatú csoport, és öt rosszindulatú mintát (XSHT, GJFT, CXCT , XYT és QLTT) soroltuk a humán papillómavírus-csoport. A MGF és mintát vettünk a környező szövetek egy pecsétgyûrûsejtes carcinoma. A patológiai jelentés feltárta, hogy a XSHT minta mérsékelten differenciált adenocarcinoma a GJFT minta volt Közepesen jól differenciált adenocarcinoma, mivel CXCT, XYT és QLTT mintákat jól differenciált adenocarcinoma. Ezek differenciáltan expresszálódó gének benne 199 up-gének és 172 le-gének malignus elváltozások képest premalignus eltéréseket (2. ábra). Katalógusa

megkülönböztesse gyomorrák prognózisa katalógusa

Egy ellenőrizetlen, hierarchikus csoportosítási algoritmus lehetővé tette számunkra, hogy klaszter 20 GC rosszindulatú elváltozások alapján a hasonlóságok alatt mért jelentős gének 371 differenciáltan expresszálódó gének között rosszindulatú és premalignus elváltozások. Nevezetesen, a bal-csoport, 4 10 sporadikus betegek korai szakaszában a GC és a többiek bemutatott erősen differenciált elváltozások, míg a jobb csoport, 2 10 sporadikus betegek csoportjából, hogy a fejlett távoli metasztázisok 5 éven belül vagy nagy színpadon, és rosszul differenciált elváltozások. Így, felügyelet nélkül klaszterezés, tudjuk különböztetni a "jó prognózisú" és a "rossz prognózis" tumorok bizonyos mértékig (3. ábra). Ezen túlmenően, a típusától és stádiumától GC A betegek kapcsolódó alcsoportok rossz vagy jó prognózisú (1. táblázat, a részletes adatok táblázatban S2). Matton 1. csoport (Jó prognózis) katalógusa 2. csoport (rossz prognózis) hotelben Age62.8 ± 7.1161.3 ± 7.02Gender (férfi /nő) 7/38 /2Stage (I /II /III /IV) 2/1 /1/7 /0/5 /4Pathological típus (Közepesen jól differenciált adenocarcinoma /rosszul differenciált adenocarcinoma /pecsétgyűrű sejtes karcinóma /Mucinosus adenokarcinóma) 7/2 /3/1 /4/1 /2Metastasis 5 years13Table 1. szakaszában gyomorrákos betegek két csoportra.
CSV letöltése CSV

Egyéni tömb minimális számú gének GC diagnózis és előrejelzés katalógusa

a nem felügyelt kétdimenziós klaszteranalízis gén klaszterek és GC csoportosítás végeztük függetlenül segítségével hierarchikus csoportosítás algoritmust 371 gént amely azonosítja a rosszindulatú GC és premalignus elváltozások. A korrelációs együttható a kifejezés minden egyes gén a betegség kimenetele kiszámítottuk, és 252 gént találtunk szignifikáns összefüggést a betegség kimenetele (korrelációs koefficiens < -0.3 vagy > 0,3) (részletes táblázat adatai S1).

Ezek a 252 géneket rang rendezett alapján nagysága a korrelációs együttható. A gének száma a "prognosztikai osztályozót" optimalizáltuk egymás után adagolt részhalmazainak 5 gén a tetején ezt a rangot rendezett listát és értékelik a teljesítményt helyes osztályozása a "hagyjuk-one-out" eljárás kereszt-érvényesítés. Osztálybasorolás korrelációja alapján az expressziós szintek a fennmaradó mintát a jó és a gyenge beteg, ill. A pontosság javult, amíg az optimális számú marker gének született. Ezért a 74 gén határozza meg, hogy a minimális számú gének lehet minősíteni két alcsoportban a különböző prognózis (4. ábra). Az AUC értéke 0,565 (95% CI 0,305-0,825), jelezve, egy tökéletes teszt érzékenysége és specificitása diagnózis a ROC görbe számoltuk, hogy 70% és 80% volt (5. ábra).

alapján Gene ontológia (GO) függvény osztályozás, a funkcionális annotáció a részt vevő gének a sejtciklus, invázió és metasztázis, angiogenezis, és jelátviteli jelentősen fokozódik a rossz prognózist aláírás (annotáció gének táblázatban felsorolt ​​S1). Ezek a gének között több csoport, amelyre a funkció kommentár betekintést nyújt a mögöttes biológiai mechanizmus, ami a legfontosabb funkciók részt a tumorok és a progresszió. A részt vevő gének a sejtciklus, invázió és metasztázis, angiogenezis, és a jelátvitel szignifikánsan eltérően expresszált között két aláírással (például GKN1, INHBA, SPP1 és THBS4). Eközben felügyelet nélkül klaszteranalízis különbséget tesz a prognosztikai daganatok. A készítmény valamennyi 74 prognosztikai riporter gének, több gén tartozó ezeket a funkcionális kategóriákba nyilvánvalóvá válnak (például GKN1, GKN2, GIF PSCA és LIPF).

A betegeket a két csoportban által minősített 74 gének és az egész szondák közel azonos, kivéve a minta LCM, amely sorolták a jó prognózisú csoport az egész szondák microarray és a rossz prognózissal csoport a 74-gén besorolás. Az LCM mintát vettünk a rosszindulatú szövet a szenvedő beteg mucinosus adenocarcinoma szakaszban IV rövidebb élettartamúak, mint a többi beteg a formális csoportokban. Ezért a 74-gén besorolás microarray lehet sokkal megbízhatóbb. Katalógusa

Ellenőrzés a 74 gének egyedi tömb és korrelációs A microarray adatok prognosztikai profilt katalógusa

A 11 GC beteg is részt vett korábbi tanulmány [12], kiszámoltuk a korrelációs együttható szintjének a kifejezés a 74 gének a meghatározott átlagos profilját ezen gének származó tumorokban szenvedő betegek jó prognózisú (CI). A beteg a korrelációs együttható nagyobb mint -0,007 (a küszöbérték eredményezett 13 százalékos aránya a hamis negatív eredmények) ezután hozzárendelve a csoport a jó prognózis aláírás, és az összes többi páciens került a csoport a szegények -prognosis aláírás (6. ábra). Ezen túlmenően, a túlélési görbéje a két csoport jelentősen változik (p < 0,05) (7. ábra). Így az osztályozó mutatott hasonló teljesítményt érvényesítéséről szóló 11 független sporadikus daganatok és megerősítette a prediktív erejét és megbízhatóságát a prognózis besorolása a 74 gén egyedi tömb. Katalógusa

reprodukálhatósága szabott mini-tömb katalógusa

adatok érvényesítésére génexpressziós a microarray adatok, úgy döntött, egy differenciált expressziója gén INHBA, és megvizsgálta annak kifejezése kvantitatív RT-PCR analízis. Adataink azt mutatják, hogy a gén expressziója jelentősen megváltozott malignus szövetekben, mint a humán papillómavírus szövetek 11 pár illeszkedő mintát, összhangban a kapott eredmények a microarray (8. ábra). Katalógusa

A alcsoport szaporodás asszociált gének a gyomorrák katalógusa

a 74-gén egyedi microarray lista, találtunk egy géncsoport a GO besorolása szaporodás (2. táblázat), ahol 5 gén szexhormont receptorokat és utak (ESRRG, DMRT3, DMRTA1, AMHR2 és FOXL2), nemcsak hatékonyan külön rosszindulatú és humán papillómavírus mintákat, hanem osztályozza rossz és a jó prognózisú hierarchikus klaszterezés és SVM (9. ábra). Ezen kívül két nemi hormon gén volt szignifikáns differentiated- kifejezése jó prognózis rossz prognózist GC (ESRRG 8,83, AR 0,37, p < 0,01).
Symbol katalógusa szeres változást katalógusa Symbol katalógusa Fold change
AMHR20.442DMRT34.8637INHBA11.2072DMRTA10.366MMP142.009SFRP413.0683NOTCH12.2898FOXL23.291PGF2.9307SPP19.4141Table 2. A gének GO besorolása szaporodásának 74 gének microarray csoport.
CSV letöltése CSV

Vita katalógusa

A jelen tanulmányban beszámolunk az első alkalom, hogy az egyéni microarray lehet hatékony módszer a diagnózis és a prognózis előrejelzésére GC klinikailag. A hiányzó klinikai biomarkerek korai gyomorrák esetén specifikus korai tüneteket okoz késleltetett diagnózis és hozzájárul a magas halálozási gyomorrák [23]. Néhány esetben, változások következnek be csak a gén szinten, nem patológiás változást. Változások a génexpresszió segítse a korai diagnózis, prognózis, és a kezelés útmutatást posztoperatív sugárkezelés és a kemoterápia. A fejlesztés a microarray technológia lehetővé teszi, hogy a tanulmány a lehetőségét kóros megfordítása és az értékelési és útmutatást a terápia. Ezen túlmenően, ami a célzott microarray berendezés lehet, hogy a technika még hasznosabbá. Mert a szegények sajátosságait és hiány érett közös diagnózis, az egyéni microarray még nem alkalmazták a klinikai alkalmazás során gyomorrák még, bár vannak vizsgálatok gén diagnózis.

A microarray elemzés egy széles körben alkalmazott technológia tanulmányozására génexpresszió globális szinten. Számos molekuláris vizsgálatok jelenleg alkalmazott klinikai értékelése rák származnak microarray-alapú génexpressziós profil. Egy példa a microarray-alapú assay MammaPrint, egy egyéni microarray 70 gének kapcsolódó kockázata, hogy a korai fejlesztés a távoli metasztázisok fiatal betegeknél nyirokcsomó-negatív emlőrákban. MammaPrint ratifikálta az FDA. Az a képesség, hogy ezt a profilt egy nagy áteresztőképességű diagnosztikai beállítást lehet nagy előnye a prognózis és a kezelés az emlőrák [17-19]. Azonban a technológia egyelőre nem használják rutin diagnosztikai eszköz a gyomorrák, és ott már nem végeztek egyéni microarray diagnosztizálására alkalmazott vagy előrejelzése prognózist. Ebben a jelentésben bemutatjuk az első alkalom, hogy az egyéni mini-tömb lehet használni, mint egy megbízható diagnosztikai eszköz a gyomorrák.

Ebben a cikkben bemutatjuk a fejlesztés egy testreszabott diagnosztikai gyomorrák mini-tömb jellemezze a megbízható felhasználást diagnosztikai beállítást. Számos klinikai tanulmány korrelált változások a kifejezés az egyes gének gyomorrák eredmény, gyakran ellentmondó eredményeket. Példák CXCL1, HOXA10, és metilációs a PCDH10 [24-26]. Azonban ezek a géneket nem tartalmazza, a mi mini-tömbben. Lehetséges, hogy a más tanulmányok fizetett több figyelmet a funkciók ezen gének, míg mi összpontosított mRNS-ének expresszióját. A 74-gén egyedi tömb lehet egy lehetséges prediktív eszköz gyomorrák. Az adatok egyértelműen mutatják a reprodukálhatóság és megbízhatóságát a kis egyedi microarray. Használata egyéni microarray nyújthat számos előnye van, mint például a pontos információkat kiújulás kockázata, mint a hagyományos klinikai kritériumok, és így javítja a iránymutatást a követelmény az adjuváns terápia.

Közben, mert egy 2-szer nagyobb számban a férfiaknál, mint a nőknél a GC [1], több nagyobb epidemiológiai felmérések azt mutatják, hogy a nemek közötti szignifikáns független prognosztikai faktornak bizonyult az összesített túlélésre GC betegeknél [27,28 ] és a férfi túlsúlya gyomorrák korrelál egy 10-15 éves fellépésének késleltetése az intestinalis típusú gyomorrák nőknél, mint a férfiak [29]. Ebben a profilban a 74 gén egyedi mini-tömb, 5 gének eltérő expressziót között rosszindulatú elváltozásokat és praemalignus elváltozások GC (ESRRG, DMRT3, DMRTA1, AMHR2 és FOXL2). Ez a csoport a nemek asszociált gének lehetséges szerepeket GC-ben javasolta először, és kevés tanulmány ebben a csoportban a gének járó rák. Fontos megjegyezni, hogy a legújabb tanulmány által jelentett Matson és munkatársai mutattak lehetséges összefüggést, és útja DMRT1, FOXL2 és a nemi hormon [30]. DMRT1, DMRT3 és DMRTA1 mind benne vannak a klaszter a gén család egy cink-ujj-szerű DNS-kötő motívumot (DM tartomány) közös, ami szintén kulcsfontosságú szabályozó férfi fejlődés legyek és fonálférgek. Továbbá, a fő gének ebben a folyamatban mind benne vannak adataink. Az adatok nyújthat számunkra a kutatási irány a szex-asszociált gének GC és láthatóvá válik egy lehetséges út, és mechanizmusa GC canceration.

Tehát a tömb lehet egy kiváló eszköz osztályozására és előrejelzésére eredményét betegség gyomorrákos betegek. Azonban vannak bizonyos korlátozások a profilunkba. A mintákat ki kell terjeszteni, hogy ellenőrizze a klinikai érvényesség és a reprodukálhatóság. Katalógusa

Anyagok és módszerek katalógusa

Betegek és minták

Negyven műtétileg eltávolított gyomorrák példányok és a szomszédos, nem daganatmintákat nyert Sir Run Run Shaw Kórház, School of Medicine Zhejiang Egyetem és készítése közben 2007. június 2011. május összegyűjtöttük rosszindulatú és humán papillómavírus szövetek különböző régióiban az eltávolított gyomorból minden beteg műtéten átesett. Negyven csoportosított szövetminta húsz primaer gyomorrák műtéten átesett (húsz rosszindulatú elváltozások, húsz praemalignus léziók) választottunk oligonukleotid microarray (1. táblázat, a részletes adatok táblázatban S2). Az összes begyűjtött mintákat rögzített, beágyazott, festettük H &E, és diagnosztizáltak Lauren és a WHO osztályozás függetlenül három hivatásos patológusok. Tizenkét páros minták malignus és premalignus elváltozások átesett betegek műtét választottunk kvantitatív reverz transzkripciós PCR (RT-PCR). Az eredmények kvantitatív RT-PCR összehasonlították a kóros rekordokat a hozzájáruló intézmény. Végső patológiai elemzés szerint konszenzussal és szükség esetén módosítható. A "malignus" kifejezés különféle típusú gyomor rák. "Premalignus" jelzi atrophiás gastritis, intestinalis metaplasia és /vagy dysplasia. A mintákat azonnal lefagyasztottuk folyékony nitrogénben, és -80 ° C-on, amíg a további feldolgozás. Írásos beleegyezését adta előtt mintavétel, és a vizsgálati protokollt jóváhagyta a Klinikai Kutatási Etikai Bizottságának Sir Run Run Shaw Kórház. Katalógusa

Egyedi Mini-Array katalógusa

Az eredeti szabott 8 * 15k mini-tömb tartalmaz 1042 canceration és a prognózis kapcsolatos gének azonos a szondákat az eredeti tömb [12]. A mini-tömb tartalmaz 696 differenciáltan expresszálódó gének között rosszindulatú elváltozásokat és praemalignus elváltozások GC betegek, hogy mi található a korábbi 38 500 gén-chip, 44 kollagén kapcsolatos gének, 54 génjei nemi hormon receptorok és utakat, és a differenciált expresszió gének találhatók más vizsgálatok is kiszúrták háromszoros ismétlésben. Mindegyik tömb tartalmaz 1042 hibridizációs próbák és a nyomtatási minőség-ellenőrzés, valamint a 915 normalizáció gének (részletes táblázat adatai S1). Nyolc azonos mini tömbök vannak jelen egy 1 "x 3" csúszda, amely lehetővé teszi a nyolc egyedi hibridizálás végezhető egyidőben (testre Shanghai BioChip Co. Ltd., Agilent Technologies).

oligonukleotid microarray-

A teljes RNS-t extraháltunk és tisztítottunk a TRIzol reagens (Invitrogen, USA) és RNeasy Mini Kit (Qiagen, Németország) keresztül szabványos ajánlott eljárásokat a gyártók. A szintek és tulajdonságait cRNS mértük egy Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent, USA), és a minősége a RNS-t mutatott, a szabvány által 2100 RIN > = 7,0 és 28S /18S > = 0,7. A cRNS töredezett a Gene Chip Sample Razzia Module (Affymetrix, USA) és jelzett egyetlen színt az Agilent nagyításhoz jelölési módszer. Hibridizáció, festés, mosás és szkennelési eljárással végeztük, ahogy az a Gene Chip Expression Analysis technikai kézikönyv (Affymetrix, USA). Katalógusa

elemzése oligonukleotid microarray adatok katalógusa

Az eredmények a microarray voltak beolvasott Agilent szkennert. Adatok normalizálódtak és társalogtak után képfelvétel és számszerűsítése, hogy azonosítsa a gének jelentős eltérés kifejezéseket Feature Extraction szoftverrel. Egy nyílt forráskódú értelmezett számítógépes nyelv (R) használtuk a statisztikai számítási és grafikus [12]. A nyers adatokat egyéni microarray került fel a ArrayExpress mint elérési száma A-MEXP-2338. Katalógusa

Vizsgálati terv katalógusa

Mi egy módszert alapul génexpressziós profilokat minősítette gyomorrák be prognosztikai, diagnosztikai kategóriákban. A módszer a következő lépésekből állt: (1) tervezés egy egyedi mini-tömb csoportba tartozó gén valószínűleg összefüggenek a GC canceration és haladás alapján a korábbi tanulmányok (2) kiválasztása differenciált expressziója gének között rosszindulatú és premalignus elváltozások (széthúzható változás, hogy a 2-szer és p < 0,05) (3), a felügyelet nélküli kétdimenziós klaszteranalízis gén klaszterek és GC csoportosítás függetlenül végrehajtható segítségével hierarchikus klaszterezés algoritmus (4), a kiválasztás diszkriminatív jelölt gének gének 2. lépésben kiválasztott szerint hogy azok összhangban vannak-kategória (jó vagy rossz prognózisú) (5), meghatározzuk az optimális készlet riporter gének egy szabadság-one-out cross hitelesítési eljárás (6), prognosztikai, diagnosztikai becslés alapján a gén kifejeződését az optimális sor riporter gének [18,19], (7) GO annotálása riporter gének, valamint (8) elemzése összefüggést a microarray adatok prognosztikai profilt katalógusa

kvantitatív RT-PCR analízis katalógusa

a kivont teljes RNS-minták reverz transzkripcióval cDNS-be a prime script TM RT reagenskészlet (Takara, Japán), 37 ° C-on 15 percig és 85 ° C-on 15 mp. PCR-reakciókat használva SYBR® Premis EX Taq TM kit végeztük 95 ° C-on 30 másodpercig, majd 40 ciklus 95 ° C-on 15 másodperc, 60 ° C-on 10 másodperc és 72 ° C-on 40 sec a 7500 Valós idő PCR System (Applied Biosystems, USA). A háztartási gén β-aktin szolgált belső ellenőrzés. A forward primer szekvenciája INHBA van GTGATGGCAAGGTCAACATCT, és a fordított egyik GCGGTAGTGGTTGATGACTGT. Katalógusa

A statisztikai elemzés katalógusa

Mi használt arányos-veszélyek regressziós analízis beállítani a szövetség között a korrelációs együttható (CI) és az áttétek a többi változó. A p-értékek, esélyrátákat kerül kiszámításra Fisher-teszt. Katalógusa

alátámasztó információk katalógusa táblázat S1.
információk gének lépésekben módszerek tervezése mini-tömb és a végső 74 mini-tömb géneket.
doi: 10,1371 /journal.pone.0081561.s001 katalógusa (XLS) hotelben táblázat S2.
információk részleteit elváltozások microarray.
doi: 10,1371 /journal.pone.0081561.s002 katalógusa (DOC) hotelben

• PLoS One: mutáció Intronic megismétli az ataxia-teleangiectasia mutáns (ATM) és Gene ATM Protein veszteség a Primary gyomorrák Microsatellite Instability
• PLoS One: RhoE Elősegíti metasztázis gyomorrákban mechanizmuson keresztül függően fokozott expressziójának CXCR4