Extracto
literatura basada en el descubrimiento de enfoque de Swanson en la resurrección de los conocimientos previamente publicado, pero descuidado. En este estudio, se propone un modelo de dos etapas del proceso de descubrimiento y generar una hipótesis entre la anandamida y el cáncer gástrico. Además, la relación potencial se confirmó mediante la experimentación de seguimiento. El tratamiento dio lugar a la anandamida redistribución del ciclo celular de células de cáncer gástrico. Lo más importante es la variación del ciclo celular fue mediada por algunos genes de los B-términos del descubrimiento cerrado, lo que indica el papel potencial de los B-términos. descubrimiento basado en la literatura de Swanson no sólo recopila datos para detectar posibles interacciones, sino que también ofrece la posibilidad de observar el fondo más grande detrás de estos enlaces directos y es una herramienta de descubrimiento de un valor incalculable para los investigadores
Visto:. Dong W, Y Liu, Zhu W, Q Mou, Wang J, Hu y (2014) Simulación de descubrimiento basado en la literatura de Swanson: la anandamida tratamiento inhibe el crecimiento de células de cáncer gástrico in vitro Editor: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncológico, Instituto Nacional del Cáncer IRCCS, Italia | Recibido: 12 Enero, 2014; Aceptado: 25-may de 2014; Publicado: 20 Junio 2014 Derechos de Autor © 2014 Dong et al. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia Creative Commons Attribution License, que permite el uso ilimitado, distribución y reproducción en cualquier medio, siempre que el autor original y la fuente se acreditan Financiación:. Este estudio fue financiado por los chinos Geriatric Oncology Society (programa de oncología, otorga CGOS-03-2013-1-1-00600). Los donantes no tenía papel en el diseño del estudio, la recogida y análisis de datos, decisión a publicar, o la preparación del manuscrito Conflicto de intereses:.. Los autores han declarado que no existen intereses en competencia Introducción El rápido desarrollo de la ciencia ha dado lugar a un crecimiento exponencial de nuestra base de conocimientos. En consecuencia, es muy difícil para los investigadores médicos para recuperar e incorporar la información más relevante, actualizada desde el diluvio diario de la literatura publicada. Por ejemplo, el número total de publicaciones indexadas por "cáncer gástrico 'el término de búsqueda aumentó más de 4 veces en el 2012 en comparación con 1980. A menudo, la información más relevante tiende a ser pasado por alto o descuidado en los estudios actuales [1]. Además, con el aumento de la especialización en las áreas de la ciencia y la tecnología, existen mayores desafíos en el intercambio de información cruzada funcionalmente, ya que el conocimiento científico es cada vez más centrado y menos diversificada. Sin embargo, una relación significativa debe existir entre los diferentes campos de investigación. Por lo tanto, es más importante para determinar el conocimiento ignorado que el propio crecimiento de la información [2]. Swanson (1990) desarrolló e implementó una nueva herramienta para extraer la base de conocimientos existente para las relaciones no declaradas o declaradas de menos, y resucitar previamente publicado, pero descuidado hipótesis, un proceso conocido como el descubrimiento basado en la literatura [3]. Este proceso funciona como una manera de conectar 2 resultados aparentemente no relacionados, se indique lo contrario en esta forma: si "A se relaciona con B" y "B está relacionado con C", entonces la hipótesis de que "A causa C" es muy recomendable [4 ]. Aunque este enfoque no proporciona una prueba concluyente, el descubrimiento es, en sí mismo, muy útil en el descubrimiento de las relaciones antes desconocidas [5]. Además, puede ayudar a los investigadores el acceso de contexto y el conocimiento de minas que podrían no ser revelada mediante una búsqueda tradicional. En el presente estudio, hemos realizado una aproximación de 2 pasos para simular la metodología de descubrimiento basado en la literatura de Swanson en 2 campos de la literatura de investigación biológica que normalmente no están conectados bibliográficamente: cáncer gástrico y la psicología. El cáncer gástrico es uno de los cánceres más comúnmente diagnosticados, la segunda causa principal de muerte relacionada con el cáncer en todo el mundo, y un problema grave de salud pública [6]. La investigación anterior ha demostrado también que una variedad de factores psicológicos puede tener un efecto considerable sobre las enfermedades físicas. Sin embargo, la relación entre el cáncer gástrico y la psicología previamente se ha descuidado. Por lo tanto, se seleccionaron estos 2 campos de investigación con el objetivo de encontrar una conexión común descuidado. El proceso de descubrimiento de 2 pasos generó una hipótesis acerca de la correlación entre la anandamida y el cáncer gástrico y proporciona una posible red molecular común, que pueden mediar los efectos. entonces la hipótesis fue investigado experimentalmente. La anandamida se encontró para inhibir el crecimiento en 4 líneas celulares de cáncer gástrico, incluyendo BGC823, SGC7901, AGS y N87. La citometría de flujo de datos demostraron que la presencia de la anandamida inducida G2 detención del ciclo celular /M en células de AGS y N87. Además, se confirmó que la anandamida puede actuar para regular los genes asociados del ciclo celular, incluyendo chek1, CDKN1A, CDKN2A, obtenido a partir del proceso de descubrimiento de cerrado. En conjunto, estos datos indican que la anandamida afecta a la distribución del ciclo celular de células de cáncer gástrico mediante el control de los reguladores del ciclo celular B-términos, una hipótesis que fue validada experimentalmente en este estudio, proporcionando de ese modo los investigadores con una vista alternativa en cuanto al papel de la anandamida. Con este enfoque, hemos sido capaces de piece juntos con éxito una relación previamente oculta entre 2 campos dispares y añadir a la base general de conocimientos. Los artículos de la base de datos MEDLINE Los Institutos nacionales de Salud (NIH) patrocinadas por la base de datos MEDLINE /PubMed contiene enlaces a artículos publicados en más de 5500 revistas de primera línea. Para adquirir la serie más completa de artículos para "cáncer gástrico", una serie incluyente de las cadenas de búsqueda (neoplasia; de estómago o de estómago neoplasia o neoplasias; estómago o neoplasias; gástrico o gástricas Neoplasias o gástrica Neoplasia o Neoplasia; gástrico o cáncer de estómago o los cánceres de estómago o cáncer de estómago o cáncer de estómago, o cánceres; estómago o cáncer de estómago o cáncer gástrico o cáncer; gástrico o cáncer, y gástrico o cáncer gástrico o de estómago Neoplasias) se utilizan para recuperar los artículos apropiados. Esta búsqueda se recuperaron 86,536 registros (accedido el 27 de octubre, 2011), que incluía todas las publicaciones entrados en esta base de datos. Además, para adquirir la serie más completa de artículos para la "psicología", una serie incluyente de las cadenas de búsqueda (Psicología o efectos secundarios; psicológico o psicológica efectos secundarios o psicológica de reacciones secundarias o efecto secundario, psicológico o factores psicosociales o Factor; psicosocial o factores; factor psicosocial o psicosocial o factores psicológicos o factores psicológicos, o factor, y psicológicos o factor psicológico o psicólogos o psicólogo) recuperaron 911,793 registros. Todas estas publicaciones fueron salvados en formato Medline para recoger términos Medical Subject Headings (MeSH). MeSH es el vocabulario controlado tesauro de la Biblioteca Nacional de Medicina. MeSH consiste en conjuntos de términos denominados descriptores que se organizan en dos estructuras jerárquicas alfabéticos y, por lo tanto, los términos MeSH pueden identificar el foco principal de la publicación, y puede ser utilizado para indexar los registros de Medline. En este estudio, estos descriptores fueron filtradas utilizando una lista de palabras irrelevantes de la malla de 5.569 descriptores específicos para las materias de este estudio. Una lista de palabras irrelevantes es una lista de palabras que se debe excluir, ya sea porque son demasiado amplias o no tienen sentido como objetivos para una búsqueda. Stoplists pueden incluir hasta varios cientos de palabras funcionales que no están sujetos orientados. En este estudio, una larga lista de palabras irrelevantes de 5.569 palabras fue compilado para filtrar los términos MeSH. El uso de categorías MeSH proporcionados por la base de datos Medline y juicio del investigador, hemos compilado una lista de ventanillas términos, con las categorías MeSH de alto nivel que se muestran en la Tabla 1. Información detallada sobre las categorías MeSH se puede encontrar en http: //www.nlm.nih .gov /malla /2012 /mesh_bro-wser /MeSHtree.Dhtml. proceso de descubrimiento abierto el proceso de descubrimiento abierto comienza con un problema científico y la generación de una hipótesis. En este estudio, se seleccionaron los campos de cáncer gástrico y la psicología para buscar relaciones ocultas. Se recuperaron las publicaciones relacionadas con el cáncer gástrico y la psicología como se ha descrito anteriormente. A continuación, el perfil MeSH se construyó para iniciar el tema A o B. Hemos construido perfiles tema mediante la identificación de un subconjunto relevante de los términos característicos de la selección de texto. Términos fueron extraídos de los documentos y evaluados por su importancia relativa como descriptores del tema. En este estudio, nuestros perfiles eran vectores ponderados de términos MeSH, como se muestra a continuación para un tema X i: (1) donde m j representa un término MeSH, w i , j representa su peso, con un total de n términos en el vocabulario MeSH [7]. Después de los temas a y B se construyeron, con la combinación de una final C-perfil se construyó utilizando un applet de Java que nos desarrollado. En este procedimiento, se eliminaron los términos que aparecen en los dos perfiles A y B, junto con los términos que sólo estaban presentes en la Un perfil. Por último, los términos MeSH que sólo estaban presentes en el perfil B y rara vez aparecieron en la Un perfil se seleccionaron y llamaron al perfil C. Los términos en el perfil C mostraron conexiones estrechas con el tema B y pocos o ningún vínculo al tema A. En otras palabras, estos conceptos se mantuvo estrechamente asociados con la "psicología", pero rara vez se informó, junto con "cáncer gástrico." Sin embargo, no declarada previamente pueden existir conexiones, lo que puede ser descubierto usando el procedimiento posterior proceso de descubrimiento cerrado el proceso de descubrimiento de cierre se realizó utilizando el modelo basado en la web Arrowsmith (http:. //arrowsmith.psych. uic.edu/arrowsmith_uic/index.html; Universidad de Illinois, Chicago, Departamento de Psiquiatría), que está diseñado para ayudar en la comprensión y el reconocimiento de las conexiones ocultas entre los componentes de la literatura a y C [8], [9]. Iniciamos el proceso de descubrimiento cerrado con las 2 primeras búsquedas en Medline utilizando el procesamiento Arrowsmith: Un perfil de búsqueda tema y C búsqueda bibliográfica plazo. A continuación, el programa de Arrowsmith genera una lista de términos que se podían encontrar en los títulos de la literatura recuperaciones A y C. Estas palabras fueron analizadas para generar una lista B, utilizando una tercera etapa de filtrado, por: Finalmente, generamos nuestra lista de B-conceptos y luego se observan las correspondientes recuperaciones literatura AB y BC. cultivo de células Las líneas celulares utilizadas en este estudio fueron todas las líneas celulares de cáncer gástrico. Las líneas celulares N87 y AGS se obtuvieron de la American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA, EE.UU.). línea de células AGS se derivó a partir de fragmentos de un tumor resecado de un paciente que fue de 54 años de edad las mujeres de raza blanca y no habían recibido tratamiento previo. línea celular N87 se deriva de una metástasis del hígado de un carcinoma bien diferenciado estómago de un varón caucásico tomada antes de la terapia citotóxica. células AGS y N87 se cultivaron en medio de Eagle modificado por Dulbecco (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.), suplementado con 10% de suero bovino fetal (FBS). Las líneas celulares BGC823 y SGC7901 se establecieron en China. La línea celular BGC823 se estableció en 1984 a través de 60 pasajes de cultivo celular en el período de 2 años a partir de una pieza quirúrgica de un paciente de cáncer de estómago que se diagnosticó un precio tan bajo diferenciadas adenocarcinoma. SGC7901 línea celular se estableció en 1979 y deriva de una metástasis linfática de adenocarcinoma gástrico de un 56 años de edad, de sexo femenino chino. Las células BGC823and SGC7901 se cultivaron en medio de Dulbecco modificado de Eagle (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.), suplementado con 5% de suero bovino fetal (FBS); Todas las líneas celulares se mantuvieron a 37 ° C en 5% de CO 2. Las células AGS y N87 (1 × 10 5) se recogieron de forma rutinaria por digestión con tripsina después del tratamiento con la anandamida (Sigma, A0580), se lavó con PBS, y se fijaron en etanol frío al 75% a 4 ° C durante la noche. Después de la tinción con solución de yoduro de propidio (PI) durante 30 min, el análisis del ciclo celular se realizó por células activadas por fluorescencia (FACS) para determinar el porcentaje y distribución de las células en el G1, S, y G2 /M fases. para la detección de la externalización de fosfatidilserina, las células tratadas con tripsina fueron doble manchado con isotiocianato de fluoresceína (FITC) conjugado con Anexina V (20 mg /ml) y PI (50 mg /ml) de acuerdo con el protocolo del fabricante (Biosea; Nelson, Nueva Zelanda ). Se recogieron diez mil células y se analizaron por FACSorter, y los perfiles del ciclo celular fueron analizados utilizando el software Cell Quest (Becton-Dickinson, Franklin Lakes, Nueva Jersey, EE.UU.). MTT ensayo BGC823, SGC7901, AGS y N87 células se sembraron en placas de cultivo de 96 pocillos y se incubaron con la anandamida a diferentes concentraciones, seguido de 3- (4,5-dimetiltiazol-2-il) -2,5-d-iphenyltetrazolium bromuro (MTT) a las 24, 48, 72 y 96 h. Después de 4 h de incubación a 37 ° C en 5% de CO 2, se añadieron 200 l de sulfóxido de dimetilo (DMSO) para solubilizar el producto de formazán. La absorbancia a 570 nm se determinó utilizando un lector de microplacas. (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, EE.UU.) perfiles de expresión génica análisis El 2 diferentes RT2 Profiler PCR Arrays (SA Biosciences , QIAGEN) se utilizaron para analizar los niveles de expresión de 84 genes implicados en la regulación del ciclo celular (array ciclo celular humano, PAHS-020) en células AGS tratados con anandamida o vehículo. Las células se recogieron a las 24 horas después del tratamiento la anandamida y el ARN total fue de extracción usando el kit RNeasy Plus (QIAGEN). El ADNc sintético se utilizó como plantilla para llevar a cabo análisis de reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (PCR). El software de análisis de datos de la matriz de PCR RT2 perfilador (v3.5) se utilizó para el análisis de datos de la matriz de PCR. Elegimos el GAPDH y ACTB como genes de referencia. Los genes con expresión pliegan los cambios entre las muestras de más de 2 son seleccionados como genes diferenciales. Proteína lisados se separaron por electroforesis en gel de poliacrilamida de Tris-glicina 12% y se transfirieron a fluoruro de polivinilideno ( PVDF) membranas (GE Healthcare, Little Chalfont, Reino Unido). Las membranas se incubaron con anticuerpo monoclonal de ratón contra Chk1 humana, p-Chk1 (Abcam; Cambridge, Reino Unido), CDC25A, CyclinB1 (Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA, EE.UU.), seguido de peroxidasa de rábano (HRP) marcado con anticuerpo de cabra anti -mouse IgG (PTGLab; Chicago, IL, EE.UU.). β-actina (Sigma Chemicals, St. Louis, MO, EE.UU.) se utilizó como control de carga de proteínas. El conjugado HRP se detectó mediante un chemioluminescence ECL kit (Amersham) y autofluorography. la intensidad de la proteína se cuantificó usando el software CARRIL 1D Analyzer (Sage Creación, Beijing, China). El análisis estadístico Se utilizó la prueba t de Student para analizar la significación de la diferencia entre los dos grupos de datos. P <. Resultados Adquisición de términos MeSH para cáncer gástrico y la psicología En el proceso de descubrimiento abierta, el primer paso fue extraer los términos MeSH de las recuperaciones de la literatura. Hemos generado 12.001 términos MeSH (Perfil A) utilizando el texto para "cáncer gástrico". Estos términos MeSH aspectos de cáncer gástrico que incluyen el diagnóstico, el tratamiento, la medicación, la supervivencia, la etapa del cáncer, la función de células, genes, proteínas implicadas, y algunas sustancias químicas como ésteres. Hemos generado 9.635 términos MeSH (Perfil B) con el texto de la "psicología", que están estrechamente relacionados con el entorno social, el comportamiento, la personalidad, los sentimientos, las clases de enfermedades, terapia, medicamentos, sustancias químicas, etc. Los diez mejores términos MeSH de cada tema se muestran en la Tabla 2. Descubrimiento de la anandamida en el perfil C (BA) Uso del applet de Java antes mencionado, que elimina los términos que aparecen en el perfil a partir del perfil B, dejando únicos términos presentes en el perfil B, pero nunca aparece en la Un perfil. Este nuevo conjunto fue identificado como el "perfil C." Los términos en el perfil C que se ha logrado más de 1 relación con la psicología, pero pocas o ninguna referencia a las publicaciones de forma simultánea tanto en la psicología y cáncer gástrico. Sin embargo, pueden existir conexiones antes publicados que no se han descubierto, o fueron ignoradas. Para explorar más a fondo las posibles relaciones entre estos campos, se clasificaron los términos del perfil C en 6 categorías, incluyendo la conducta, órgano y tejidos, estados de ánimo, las enfermedades, las drogas y sustancias químicas, y otros. Cada término poseía su propia frecuencia; los términos que poseen las frecuencias más altas y representatividad se muestran en la Tabla 3. Por último, se seleccionaron 1 término de la categoría de sustancia química de drogas y, anandamida, para su posterior estudio. Las razones de nuestra selección se resumen a continuación: a pesar de que se encontraron pocos estudios que examinan tanto la anandamida y el cáncer gástrico en conjunto [10], [11], nuestro trabajo de la resurrección se centra en el análisis de las vías o mecanismos que podrían no ser conocidos. Predicción de la relación entre anandamida y el cáncer gástrico Nuestra hipótesis relativa a la anandamida y el cáncer gástrico se puso a prueba a través del proceso de descubrimiento cerrado. Este proceso se llevó a cabo utilizando el modelo basado en la web Arrowsmith; partiendo de la enfermedad del cáncer gástrico (A) y la sustancia de la anandamida (C), se realizaron búsquedas de B-términos intermedios comunes. Las palabras del título de la lista B contenida y frases (términos) que aparecieron en la literatura con A y C. Como las vías que se encuentran entre A y C se hicieron más comunes, se incrementó la probable validez de nuestra hipótesis. Siguiendo los pasos antes mencionados filtros necesarios, 446 términos estaban presentes en la B-lista actual, clasifican de acuerdo a la relevancia predicho. A continuación, se restringió estos términos por categorías semánticas de Genes & Las secuencias moleculares y Gene & Nombres de las proteínas y se recogieron los genes diana implicados en diferentes vías de señalización que incluyen el ciclo celular, apoptosis, inflamación y etc (Tabla 4). Al mismo tiempo una red vía se construyó para visualizar la red de regulación molecular común entre el cáncer gástrico y la acción anandamida. Como se ve en la Figura 1, estos genes exhiben alta dependencia que indica las relaciones de regulación entre ellos. Para examinar aún más la validez de estos genes diana, varias proteínas /genes fueron seleccionados como ejemplos para verificar su relación con el cáncer gástrico o anandamida a través del sistema ARROWSMITH. Y como se muestra en la Tabla 5, un grupo de genes críticos implicados en varias vías que están relacionados tanto con el cáncer gástrico y de la anandamida. Todas estas pistas implicaba una conexión potencialmente oculta entre la anandamida y el cáncer gástrico, que era digno de mayor investigación. La anandamida, como miembro de la familia endocannabinoide, también conocido como N Para explorar el efecto de la anandamida en la proliferación de células de cáncer gástrico, BGC823, SGC7901, AGS y N87 fueron tratados con concentraciones crecientes de anandamida sintético. Posteriormente, la proliferación de estas líneas celulares se detectó mediante MTT. Los resultados demostraron que la anandamida reduce fuertemente las tasas de proliferación de estas 4 líneas celulares de cáncer gástrico de una manera dependiente de la dosis, con reducciones estadísticamente significativas ( p < 0,01 anandamida reducido la capacidad crecimiento de células AGS y N87, mientras que tenía poco efecto sobre la apoptosis en las células AGS y N87 (Figura 2D). Por lo tanto, tiene que haber otras razones que llevaron a la disminución de la proliferación. Para examinar más a fondo las características de inhibición del crecimiento por la anandamida, la fase del ciclo celular se detectó por citometría de flujo. Los AGS y células N87 en el período de crecimiento logarítmico fueron incubadas con 10 mM anandamida o disolvente de etanol durante 24 h, luego se detuvo en la fase G2 del ciclo celular (Figura 3A y 3B). Para investigar el efecto de la anandamida en la progresión del ciclo celular en mayor detalle, las células AGS y N87 fueron sincronizadas en la fase G1 por privación de suero. El ciclo celular se analizó cuando las células se liberan de este bloqueo con medio completo en presencia o ausencia de la anandamida. Las células tratadas con el disolvente etanol en lugar de la anandamida se emplearon como controles. Como se ve en la Figura 3C, las células AGS se sincronizaron con contenido de ADN de fase G1 más de 70% después de que se hicieron crecer en cultivo libre de suero. Por 6 h, aproximadamente el 46% de las células control estaban en fase G1, y por 12 horas, la mayoría (57,45%) se encontraban en la fase S. Entre 12 y 24 h, las células estaban en fase G2 /M y se sometieron a mitosis rápida, y por 24 h, entraron en el siguiente ciclo celular. Sin embargo, cuando las células fueron tratadas con la anandamida después de la liberación de la fase G1, 33,47% de las células tratadas fueron detenidos en la fase G2 /M de hasta 24 horas, y mostró una entrada retardada en el siguiente ciclo celular. Una tendencia similar se observó en las células N87 (Figura 3D). Tomados en conjunto, estos resultados indican que el tratamiento causó la anandamida G2 /M detención observada en las células AGS y N87. Con el fin de analizar los mecanismos moleculares responsables de la aumento de la detención del ciclo celular causada por la anandamida, que utiliza matrices 2 RT2 de perfiles diferentes de PCR (SA Biosciences, QIAGEN) para determinar los niveles de expresión de genes implicados en la regulación del ciclo celular. Los genes con expresión pliegan los cambios entre las células tratadas con la anandamida y el vehículo más grande que 2 fueron seleccionados como los genes diferenciales. Los resultados mostraron que las células AGS tratados con anandamida durante 24 h muestran un aumento general de la expresión de G2 /M genes relacionados de detención incluyendo GADD45 y p21 waf y una aparente disminución en los reguladores del ciclo celular G2 incluyendo chek1, CHEK2, CDC25, CCNA2, CCNB1, CDKN1A, CDKN2A, etc. (Figura 4A). Para investigar más a fondo si la anandamida provocó la detención del ciclo celular mediante el control de punto de control G2 /M, se realizó un análisis de transferencia Western de las células AGS después del tratamiento durante 24 horas la anandamida. Las células tratadas con el disolvente etanol en lugar de la anandamida se emplearon como controles. Como se muestra en la Figura 4B y 4C, la anandamida provocó un aumento de la fosforilación de Chk1 y la disminución de los niveles de expresión de la ciclina B1 y CDC25A en comparación con las observaciones en las células de control. Estos datos sugirieron que el tratamiento anandamida condujo a una mayor actividad en los puestos de control G2 /M. Utilizando la metodología de descubrimiento basado en la literatura de Swanson, los investigadores pueden determinar nuevas relaciones entre campos aparentemente no relacionados, y resucitar con anterioridad hipótesis publicadas pero olvidadas [15]. En el presente estudio, hemos simulado metodología de descubrimiento basado en la literatura de Swanson en 2 campos de la literatura de investigación médica que no han sido conectados bibliográficamente: cáncer gástrico y la psicología. Después de un proceso de descubrimiento de 2 a paso, se seleccionó la anandamida y predijo que ser relacionado con el cáncer gástrico. A continuación, la relación potencial entre cáncer gástrico y la anandamida se confirmó mediante la experimentación de seguimiento. Por lo tanto, hemos simulado con éxito descubrimientos basados en la literatura debido a las hipótesis generaron una nueva relación que se ha demostrado ser fiable. El cáncer gástrico es una enfermedad multifactorial, con haber sido reportados numerosas variables causales, incluyendo H . pylori Para los investigadores biológicos, manteniendo puesta al día con la investigación publicada corriente es un componente crítico de descripción de las funciones de cualquier investigador, y el artículo publicado casi todos es una oportunidad para encontrar nuevos vínculos entre las drogas y la enfermedad. Sin embargo, el volumen actual de la ciencia biológica disponible es enorme. Uso de la búsqueda tradicional informado, los investigadores pueden observar vínculos limitados entre un fármaco /molécula y una enfermedad, pero pueden no reconocer el entorno más amplio a través del cual operan las relaciones, ni identificar otras posibles relaciones dentro de ese entorno. Por lo tanto, ciencias de la información y la recuperación son herramientas muy útiles para los científicos biológicos. descubrimiento basado en la literatura de Swanson se centra en la resurrección de hipótesis previamente publicados, pero olvidadas. Si se detecta una conexión directa que parece ser descuidado, entonces el trabajo de la resurrección resulta ser de analizar las vías o mecanismos que podrían no ser conocidos. En otras palabras, la metodología de descubrimiento basado en la literatura de Swanson no sólo las minas de datos para detectar posibles interacciones entre la enfermedad y la enfermedad, la enfermedad y el fármaco o la enfermedad y la molécula, sino que también nos ofrece la posibilidad de observar el fondo más grande detrás de estos enlaces directos, como el la red vía molecular en nuestro estudio sugiere una posible relación entre el cáncer gástrico y la acción anandamida. Mediante el análisis de los datos, en este contexto, hemos obtenido las interacciones y los mecanismos entre temas aparentemente no relacionados y su importancia clínica y significación. Por lo tanto, el descubrimiento basado en la literatura Swanson 's es una herramienta eficaz para buscar el conocimiento existentes conectadas a partir de los resultados empíricos sacando a la luz las relaciones que están implicados y, sin embargo "descuidadas" (Marc Weeber, 2001). También encontramos algunos desafíos en el proceso de descubrimiento. Un problema fue con los términos MeSH, ellos mismos, y la inspección visual adicional era necesaria después de la extracción usando nuestra costumbre applet de Java. En el proceso de descubrimiento abierta, a menudo somos incapaces de reconocer las abreviaturas que pueden representar diferentes palabras, y que, por tanto, ignoró ellos a pesar de su importancia potencial. Además, algunos de los términos recogidos se palabras auxiliares, lo que resulta en la redundancia. Por otra parte, hubo casos en que los sinónimos se contaron inicialmente por separado debido a su ortografía, y estas duplicaciones tuvo que ser resuelto manualmente. A pesar de estas cuestiones, el aumento de la metodología de descubrimiento basado en la literatura presenta claramente una ventaja en el proceso de descubrir nuevas relaciones de diversos campos de la investigación Swanson desarrolló originalmente la metodología de descubrimiento basado en la literatura y ha estado refinando este proceso para 30 años con el objetivo de ayudar a los investigadores a descubrir relaciones desconocidos o no identificados entre los estudios; un problema que ha permanecido poco conocidos hasta ahora. Utilizando esta metodología de descubrimiento, hemos encontrado una posible interacción entre la anandamida y el cáncer gástrico, que estaba profundamente enterrado en la enorme cantidad de datos disponibles, y que ahora se ha confirmado de forma fiable mediante experimentación.
y in silico
. PLoS ONE 9 (6): e100436. doi: 10.1371 /journal.pone.0100436
Métodos y Materiales
términos MeSH
Stoplists
Flujo de análisis de citometría de estado del ciclo celular y la apoptosis
análisis de transferencia de Western
0,05 se consideró estadísticamente significativa
Detección del efecto de la anandamida en células de cáncer gástrico
-arachidonoylethanolamine o AEA, se demostró que para activar 2 g distintos receptores acoplados a la proteína de cannabinoides, el tipo receptor cannabinoide 1 (CB1) y el tipo de receptor cannabinoide 2 (CB2) [ ,,,0],12]. La anandamida se sintetizó a partir de N-araquidonoil fosfatidiletanolamina (NAPE) y su degradación es catalizada principalmente por la enzima ácido graso amida hidrolasa (FAAH), que también cataliza la conversión corriente abajo de la anandamida en etanolamina y ácido araquidónico. La estructura de la anandamida incluye los grupos funcionales de las amidas, ésteres, y éteres de ácidos grasos poliinsaturados de cadena larga [13]. Estos compuestos presentan "actividad canabimiméticos"; en otras palabras, funcionan como "D-9-tetrahidrocannabinol (THC) miméticos", el ingrediente activo del cannabis. Las acciones de la estructura de la anandamida farmacóforos críticos con THC [14] (Figura 2A).
) a 100 mM. Por otra parte, los AGS y líneas celulares N87 mostraron una disminución más sensible y dramático ( p < 0,01
) incluso a una concentración de 50 mM (Figura 2B). Además, se examinó el efecto de la anandamida en concentraciones más bajas en la proliferación celular en células de cáncer gástrico. Como se muestra en la Figura 2C, a, disminución significativa dependiente de la dosis ( p < 0,01
) en la proliferación de las células AGS y N87 se observó con una inhibición. Sin embargo, la anandamida en concentraciones más bajas produce poco efecto en las líneas celulares BGC823 y SGC7901 (datos no mostrados). Por lo tanto, las líneas celulares AGS y N87 fueron más sensibles a la anandamida de líneas celulares BGC823 y SGC7901.
Efecto del tratamiento de la anandamida en la distribución del ciclo celular de las células de cáncer gástrico
Efecto de la anandamida en reguladores del ciclo celular
Discusión
, las dietas de alto contenido de sodio, beber y fumar [16]. Estudios previos en nuestro laboratorio se han especializado en el cáncer gástrico; Por lo tanto, el objetivo de este estudio era encontrar nuevos conocimientos en el campo de la investigación del cáncer gástrico. Este enfoque, utilizando el descubrimiento basado en la literatura de Swanson, condujo a la identificación de la anandamida, un miembro de los endocannabinoides. La anandamida se ha informado que exhiben propiedades anti-proliferación en el tratamiento de ciertos tipos de cáncer, incluyendo neuroblastoma, carcinoma de próstata y melanoma [17] - [20]. Mayato [21] también informó de la investigación sobre la anandamida en el cáncer gástrico. Se investigó el efecto inhibidor de la anandamida en células de cáncer gástrico y aclararse la función de la anandamida para mejorar el efecto citotóxico de paclitaxel, y sus conclusiones con respecto a los efectos de la anandamida en el crecimiento celular son consistentes con los resultados de este estudio. Sin embargo, algunos genes (chek1, CDKN1A, CDKN2A, CCNB1, etc.) de los B-términos de la descubrimiento cerca eran reguladores del ciclo celular, lo que sugiere que la anandamida podría estar relacionado con el ciclo celular en el cáncer gástrico. Como era de esperar, en tiempo real PCR y ensayos de Western blot detectan que las expresiones de los reguladores del ciclo celular se alteró significativamente después del tratamiento anandamida. Ensayos de citometría de flujo confirmó además que la anandamida inducida G2 detención del ciclo celular /M en células de cáncer gástrico a través de los puestos de control activo G2 /M. Esto representa la primera vez que se ha detectado la redistribución del ciclo celular en células de cáncer gástrico después de ser tratado con la anandamida directamente y por separado. Además, los resultados indicaron que los B-términos potencialmente podrían funcionar para mediar entre los efectores de la enfermedad y los objetivos de descubrimiento.
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