Swanson je, na osnovi literature odkritje poudarek na resurrecting že objavljen, se pa zanemariti znanja. V tej študiji smo predlagali model dvostopenjskega procesa odkrivanja in ustvarjajo hipotezo med anandamid in raka želodca. Poleg tega je bil potencial razmerje potrjuje nadaljnje poskuse. Zdravljenje anandamid povzročilo celičnega cikla prerazporeditev želodca rakavih celic. Najpomembneje je, da je bila sprememba celičnega cikla, posredovane s strani nekaterih genov iz B smislu zaprtega odkritja, kar kaže na potencialno vlogo B-izrazov. Odkritje temelji na literaturi Swanson se zbira le podatke za morebitne interakcije, ampak tudi možnost za opazovanje večji ozadju skriva za temi neposredne povezave in je neprecenljivo odkritje orodje za preiskovalce
Navedba. Dong W, Liu Y, Zhu W, Mou Q, Wang J, Hu Y (2014) Simulacija Swanson je literatura, ki temelji na Discovery: anandamid Zdravljenje zavira rast želodca raka celic in Vitro Urednik: Valli De Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, Italija Prejeto: 12. januar 2014; Sprejeto: 25. maj 2014; Objavljeno: 20 junij 2014 Copyright: © 2014 Dong et al. To je odprtega dostopa članek razširja pod pogoji Creative Commons Attribution License, ki omogoča neomejeno uporabo, distribucijo in razmnoževanje v katerem koli mediju, pod pogojem, da prvotni avtor in vir knjižijo Financiranje:. Ta študija je sofinanciran s strani kitajske občanov Oncology Society (program onkologije, daje CGOS-03-2013-1-1-00600). Med financerji imel nobene vloge pri oblikovanju študije, zbiranje in analizo podatkov, sklep, da se objavi, ali pripravi rokopisa nasprotujočimi si interesi.. Avtorji so izjavili, da ne obstajajo konkurenčni interesi Uvod hiter razvoj znanosti je pripeljalo do eksponentne rasti v naši bazi znanja. Zato je velik izziv za zdravstvene preiskovalci pridobiti in vključiti najpomembnejše, posodobljene informacije iz dnevnega poplavi objavljene literature. Na primer, skupno število publikacij, ki jih je iskalni izraz "raka želodca, indeksiranih v letu 2012 povečala za več kot 4-krat v primerjavi z letom 1980. Pogosto je najpomembnejša informacija kaže, da se spregledajo ali zanemarijo v tekočih študij [1]. Poleg tega, z naraščajočo specializacijo na področju znanosti in tehnologije, obstaja večje izzive pri izmenjavi informacij cross-funkcionalno, saj je znanstveno razumevanje postaja vse bolj osredotočen in manj raznolika. Vendar pa je treba smiselno razmerje obstaja med različnimi raziskovalnimi področji. Zato je bolj pomembno, da se določi prezreti znanje kot samega rasti informacije [2]. Swanson (1990) razvija in izvaja novo orodje za rudarsko obstoječo bazo znanja za neprijavljene oziroma premalo poroča odnosov in obudila že objavljena, vendar zanemarjena hipotez, proces je znan kot odkritje, ki temelji na literaturi [3]. Ta proces deluje kot način za povezavo 2 navidezno nepovezanih ugotovitve, če je navedeno drugače v tej obliki: če "je povezana z B" in "B je povezan s C", nato hipotezo, da je "A povzroča C" je odločno zavzel [4 ]. Čeprav ta pristop ne zagotavlja trden dokaz, odkritje je, samo po sebi, v veliko pomoč pri odkrivanju prej neznane odnose [5]. Poleg tega lahko pomaga preiskovalci dostop do konteksta in rudnik znanje, ki se ne bi pokazala uporabo tradicionalnih iskanje. V tej študiji smo izvedli pristop 2 korakih za simulacijo metodologije odkrivanja, ki temeljijo literature Swanson v 2 področja biološke raziskovalne literature, ki se običajno ne bibliografiji povezani: rak želodca in psihologija. želodčni rak je eden izmed najpogosteje diagnosticirajo raka, je drugi najpogostejši vzrok smrti, povezanih z rakom na svetu in resen problem javnega zdravja [6]. Predhodne raziskave so tudi pokazale, da imajo lahko različne psiholoških dejavnikov velik vpliv na fizične bolezni. Vendar pa je razmerje med rakom želodca in psihologije je že bila zanemarjena. Zato so bile te 2 področja raziskovanja izbrane s ciljem najti zanemarjeno skupno povezavo. Postopek odkritje 2-korak ustvarila hipotezo o povezavi med anandamid in rakom želodca in če je možno skupno molekularno mrežo, ki lahko posreduje učinke. Hipoteza je bila nato eksperimentalno. Anandamid je bilo ugotovljeno, da zavira rast v 4 želodčnih raka celičnih linij, vključno BGC823, SGC7901, AGS, in N87. Citometrija je pokazala podatke, da prisotnost anandamid povzroča G2 /M ustavitev celičnega cikla v AGS in N87 celic. Poleg tega smo potrdili, da lahko anandamid ukrepati za reguliranje celičnega ciklusa, povezanih genov, vključno CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, pridobljen iz zaprtega procesa odkrivanja. Kolektivno, ti podatki kažejo, da anandamid vpliva na porazdelitev celičnega ciklusa želodčnih rakavih celic, ki jih ureja regulatorji cikla B-pogoji celic, hipoteza, ki je bila potrjena s poskusi v tej študiji, s čimer se zagotavlja preiskovalcev na alternativni pogled o vlogi anandamid. Na ta način smo lahko uspešno kosa skupaj prej skrito razmerje med 2 neenakih področjih in povečevati skupne baze znanja. Članki v MEDLINE baze podatkov National Institutes of Health (NIH) -sponsored MEDLINE /PubMed zbirka vsebuje povezave do člankov, objavljenih v več kot 5500 vodilnih revijah. Za pridobitev najbolj popolno serijo člankov za "raka želodca," vključujoč vrsto iskalnih nizov (neoplazme; v želodcu ali trebuhu neoplazme ali neoplazme; želodcu ali neoplazme, želodca ali želodca neoplazme ali želodca neoplazme ali neoplazme, želodca ali raka na želodcu ali želodec raka ali raka želodca ali raka, želodca ali raka, želodca ali raka na želodcu ali želodca rak ali rak, želodca ali raka in želodca ali želodcu raka ali želodec neoplazme) je bila uporabljena za pridobivanje ustreznih člankov. To iskanje najdena 86,536 evidence (dostop 27. oktobra, 2011), ki je vključevala vse publikacije, vnesene v to zbirko. Poleg tega, da pridobijo najbolj popolno serijo člankov za "psihologijo", vključujoč serijo iskalnih nizov (psihologija ali stranske učinke; Psihološke ali psihološki neželeni učinki ali psihološko Side Effect ali Side Effect; Psihološke ali psihosocialnih dejavnikov ali dejavnik, psihosocialne ali dejavniki; Psihosocialna ali Psihosocialna Factor ali Psihološki dejavniki ali dejavniki, psihološki ali Factor, in psihološke ali psihološki dejavnik ali psihologi ali psiholog) Vzpostavljeno 911,793 zapise. Vse te publikacije so bile shranjene v obliki Medline za zbiranje Medical predmetnih oznak (mesh) pogoje. MeSH je besednjak tezaver National Library of Medicine. MeSH iz niza pogojev, imenovanih deskriptorje, ki so razporejeni v obeh črke in hierarhične strukture, zato se lahko MeSH pogoji ugotoviti primarni fokus objave in se lahko uporabi za indeks Medline evidenc. V tej študiji, so bili ti deskriptorji filtrira z mrežasto stoplist od 5,569 deskriptorjev posebno na predmetnih področij te študije. A stoplist je seznam besed, ki jih je treba izključiti, bodisi ker so preširoke ali so brezpredmetna, saj je namenjen za iskanje. Stoplists lahko vključuje kar nekaj sto funkcionalne besede, ki niso predmet usmerjene. V tej študiji je bila dolga stoplist od 5,569 besed pripravljeni za filtriranje pogoje očesa. Uporaba Mesh kategorije, ki jih podatkovni bazi Medline in presoje preiskovalca, smo sestavili seznam zapornih pogojih, z mrežo skupine na najvišji ravni so prikazane v tabeli 1. Podrobni podatki o MeSH kategoriji je mogoče najti na http: //www.nlm.nih .gov /mreže /2012 /mesh_bro-wser /MeSHtree.Dhtml. odprti postopek odkritje odprti postopek odkritje začne z znanstvenega problema in generacije hipotezo. V tej študiji, so bili izbrani področja raka želodca in psihologije za iskanje skritih odnosov. Vzpostavljeno smo publikacij v zvezi z rakom želodca in psihologije, kot je opisano zgoraj. Nato je bil profil MeSH zgrajena za začetek temo A ali B. Zgradili smo temo profilov z opredelitvijo ustrezno podskupino značilnih izrazov iz izbora besedila. Pogoji so bili pridobljeni iz dokumentov, in oceniti njihovo relativno pomembnost kot deskriptorjev temo. V tej študiji, so bili naši profili tehtane vektorji MeSH pogoji, kot je prikazano spodaj za temo X i: (1), kjer je m j predstavlja Mesh izraz, w i , j predstavlja svojo težo, s skupno n izrazov v besednjaku MeSH [7]. Potem, ko so bili zgrajeni teme a in B, končna kombinacija-C profil, je bila zgrajena z uporabo Java applet, ki smo razvita. V tem postopku so bile odpravljene izrazi v obeh profilov A in B, skupaj s pogoji, ki so bili prisotni v A profilu samo. Končno, MeSH izrazi, ki so bili prisotni le v profilu B in le redko pojavil v profilu so bili izbrani in imenovani profil C. Izrazi v profilu C pokazala tesne povezave s temo B in malo ali brez povezave na temo A. Z drugimi besedami, ostala ti pojmi tesno povezanih s "psihologijo", vendar so redko poročali o skupaj z "rak želodca." Vendar, prej neprijavljen lahko obstajajo povezave, ki se lahko odkrili s pomočjo naknadnega postopka Zaprt odkritje proces zaprt proces odkritje je bila izvedena s pomočjo spletnega modela Arrowsmith (http:. //arrowsmith.psych. uic.edu/arrowsmith_uic/index.html, University of Illinois, Chicago, Oddelek za psihiatrijo), ki je zasnovan za pomoč pri razumevanju in priznavanju skrite povezave med sestavnimi deli literature A in C [8], [9]. Smo začeli zaprt postopka odkrivanja v prvih 2 Medline iskanja z uporabo obdelave Arrowsmith: A iskanje tema profil in C izraz iskanje literature. Dalje, program Arrowsmith ustvarila seznam pogojev, ki jih lahko najdemo v naslovih obeh A in C literature dostopov. Te besede so bile analizirane ustvariti B-seznam, uporabi tretjo stopnjo filtriranja, s: na koncu smo ustvarili naš seznam B-konceptov in nato gledati ustrezne AB in BC literaturi dostopov. celične kulture celične linije, ki se uporabljajo v tej študiji, so bili vsi želodca rakave celične linije. Celične linije N87 in AGS smo dobili od American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA, USA). celične linije AGS izvira iz drobcev tumorja odstranjenimi od bolnika, ki je bil 54-letnik kavkaški ženska in je ni dobil predhodno terapijo. celične linije N87 izvira iz metastaz jeter za dobro diferenciranim želodcu raka kavkaškega moškega, odvzetem pred citotoksično terapijo. AGS in N87 celice smo gojili v mediju Dulbeccovem modificiranem Eagle stranke (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, ZDA), dopolnjenem z 10% fetalnega govejega seruma (FBS). V celične linije BGC823 in SGC7901 bili s sedežem na Kitajskem. Celično linijo BGC823 je bila ustanovljena leta 1984 z 60 prehodov za celične kulture v obdobju 2 let iz kirurškega primerek pacienta z rakom želodca, ki je bil diagnosticiran kot nizko diferencirani adenokarcinom. SGC7901 celično linijo je bilo ustanovljeno leta 1979 in izhaja iz limfnega metastazami adenokarcinomom želodca za 56-letnega kitajskega ženske. Je BGC823and SGC7901 Celice smo gojili v mediju, modificiranem Dulbeccovem Eagle je (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, ZDA), dopolnjen s 5% fetalni goveji serum (FBS); Vse celične linije so se ohranili pri 37 ° C v 5% CO 2. V AGS in N87 celice (1 x 10 5) rutinsko zberemo s tripsina razklopom po zdravljenju z anandamid (Sigma, A0580), sprali s PBS in fiksna v mrzlem 75% etanola pri 4 ° C preko noči. Po obarvanjem z raztopino propidijevim jodidom (PI) za 30 minut, smo analize celičnega ciklusa izvedemo s fluorescenco aktivirano celično razvrščanje (FACS) za določanje deleža in porazdelitev celic v G1, S in G2 /M faz. za odkrivanje fosfatidilserin eksternalizacije, tripsiniziramo celice dvojno obarvali s fluorescein izotiocianatom (FITC), označenih s aneksin v (20 mg /ml) in PI (50 mg /ml) po protokolu proizvajalca (Biosea; Nelson, Nova Zelandija ). Deset tisoč celice zbirajo in analizirajo FACSorter in profili celičnega cikla smo analizirali s pomočjo Cell Quest programske opreme (Becton-Dickinson, Franklin Lakes, NJ, ZDA). BGC823, SGC7901, AGS, in N87 celice zasadimo v kulturi ploščah s 96 vdolbinami ter inkubirali z anandamid pri različnih koncentracijah, ki mu sledi 3- (4,5-dimetiltiazol-2-il) -2,5-d-iphenyltetrazolium bromid (MTT) pri 24, 48, 72 in 96 h. Po 4-h inkubacije pri 37 ° C v 5% CO 2, dodamo 200 u.l dimetilsulfoksida (DMSO), da solubiliziramo formazana. Absorbanco pri 570 nm smo določili z uporabo mikroploščnega bralca. (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, ZDA) Izražanje genov profiliranje analiza 2 različna RT2 Profiler PCR Arrays (SA Biosciences , QIAGEN) smo uporabili za analizo ravni izražanje 84 genov, ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla (Human Cell Cycle paleto, PAH-020) v AGS celicah tretiranih z anandamid ali vozila. Celice so bile pridelane na 24 po zdravljenju anandamid in skupno RNA je ekstrakcija z uporabo RNeasy Plus komplet (QIAGEN). Sintetični cDNA smo uporabili kot predlogo za izvedbo analize kvantitativne verižne reakcije s polimerazo (PCR). PCR programska oprema Analiza Array podatkov RT2 profiler (v3.5) smo uporabili za PCR analizo podatkov zaporedji. Izbrali smo GAPDH in ACTB kot referenčnih genov. Geni z izrazom krat spremembe med vzorci, večjih od 2 izbrana kot diferencialni genov. Beljakovinski lizati so ločeni z 12% Tris-glicin poliakrilamidno gelsko elektroforezo in prenese polivinilidenflorida ( PVDF) membrane (GE Healthcare, Mali Chalfont, UK). Membrane smo inkubirali z miško monoklonsko protitelo proti humani CHK-1, p-CHK-1 (Abcam, Cambridge, Velika Britanija), CDC25A, CyclinB1 (Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA, ZDA), čemur sledi hrenovo peroksidazo (HRP) označenega kozji-anti -mouse IgG (PTGLab; Chicago, IL, ZDA). β-aktin (Sigma Chemicals, St. Louis, MO, ZDA) smo uporabili kot kontrolo protein nalaganja. HO konjugat je bila odkrita s chemioluminescence ECL komplet (Amersham) in autofluorography. Intenzivnost Protein je količinsko, z uporabo programske opreme LANE 1D analizatorja (Sage ustvarjanja, Peking, Kitajska). Statistična analiza V t-test smo uporabili za analizo pomen razlike med dvema skupinama podatkov. P <. Rezultati Pridobitev MeSH pogoji za rakom želodca in psihologije V procesu odprtega odkritje, prvi korak je bil citat Mesh pogoje iz literature dostopov. Ustvarili smo 12,001 Mesh pogoje (Profile a) z uporabo besedilo za "raka želodca." Te Mesh pogoji sodelujejo vidike raka želodca, ki vključujejo diagnosticiranje, zdravljenje, zdravila, preživetja, fazo raka, delovanje celic, genov, proteinov in nekaterih kemičnih snovi kot estrov. Ustvarili smo 9,635 Mesh pogoje (Profil b) Uporaba besedilo za "psihologijo", ki so tesno povezane s socialnim okoljem, vedenje, osebnost, čustva, vrste bolezni, terapije, zdravila, kemične snovi, itd Prvih deset MeSH izrazi iz vsako temo so prikazani v tabeli 2. Odkritje anandamid v profilu C (BA) Uporaba omenjeni Java applet, smo odpravili izrazi, ki se pojavljajo v profil iz profila B, pri čemer edini izrazi prisotni v profilu B, vendar nikoli ne pojavlja v profilu. Ta nov sklop je bila opredeljena kot "profila C." Pogoji v profilu C so poročali, da imajo več kot 1 odnos s psihologijo, vendar zelo malo ali nič publikacije hkrati sklicujeta tako psihologijo in raka na želodcu. Vendar pa lahko obstajajo že pred tem opisani povezave, ki niso bili odkrili, ali so bili prezrti. Da bi še dodatno raziskati možne povezave med temi področji, smo razdeljeni pogoje profila C v 6 kategorij, vključno z vedenjem, orgle in tkiva, razpoloženja, bolezni, zdravila in kemične snovi, in drugo. Vsak čas imela svojo frekvenco; izrazi, ki imajo višje frekvence in reprezentativnosti so prikazani v tabeli 3. Na koncu smo izbrali 1 izraz iz kategorije drog in kemične snovi, anandamid, za nadaljnji študij. Razlogi za našo izbiro so povzeti v nadaljevanju: Čeprav je bilo ugotovljeno nekaj študij preučuje tako anandamid in raka na želodcu skupaj [10], [11], naše delo vstajenja se osredotoča na analizo poti ali mehanizem, ki morda niso znane. Napoved odnosa med anandamid in želodca raka Naša hipoteza o anandamid in rak želodca je bil preizkušen z zaprtih procesih odkrivanja. Ta postopek smo izvedli s pomočjo spletnega modela Arrowsmith; začenši z boleznijo raka želodca (A) in vsebino anandamid (C), smo iskali skupne vmesne B smislu. B-seznam vsebuje naslov besede in besedne zveze (pogoji), ki so se pojavili tako v literaturi A in c. Kot ugotovljene med A in C poti postali bolj pogosti, je povečala verjetno veljavnost naše hipoteze. Po potrebnih omenjenih korakov filtra so 446 pogoji prisotni na trenutne B seznamu, razvrščeni glede na predvidene pomembnosti. Dalje, smo omejeni s temi pogoji, ki jih semantičnih kategorij Genes & Molekularna Zaporedja in Gene & Beljakovinski Imena in zbrani ciljnih genov, ki sodelujejo pri različnih signalnih mehanizmov, vključno celični cikel, apoptoza, vnetja in itd (tabela 4). Hkrati je bila pot omrežje zgrajeno, da se prikaže skupno molekularno regulativni mrežo med rakom želodca in delovanja anandamid. Kot je razvidno na sliki 1, so ti geni razstavljena visoko odvisnost kaže regulatorne razmerja med njimi. Da bi še dodatno preveri veljavnost teh ciljnih genov, več beljakovin /genov smo izbrali kot primere, da se preveri njihov odnos do raka želodca ali anandamid skozi Arrowsmith SISTEMA. In kot je prikazano v tabeli 5, skupina kritičnih genov, vključenih v številnih poteh, ki so povezani tako, da rak želodca in anandamid. Vse te namige pomenila potencialno skrite povezave med anandamid in raka želodca, ki je bila vredna nadaljnje preiskave. anandamid, kot član Endokanabinoidni družina, znan tudi kot N Če želite raziskati učinek anandamid na proliferacijo želodčnih rakavih celic, BGC823, SGC7901, AGS, in N87 so bili zdravljeni z naraščajočimi koncentracijami sintetična anandamid. Nato je širjenje teh celičnih linij zazna MTT. Rezultati kažejo, da anandamid močno znižala cene orožja teh 4 želodčnega raka celičnih linijah na način, ki je odvisen od odmerka, s statistično značilno znižalo ( p < 0,01 anandamid zmanjša sposobnost rasti AGS in N87 celic, medtem ko je imel majhen učinek na apoptozo v AGS in N87 celic (slika 2D). Zato mora obstajati drugi razlogi, ki so privedli do zmanjšane orožja. Da bi še dodatno pregleda lastnosti zaviranja rasti s anandamid je faza celičnega ciklusa ni bilo mogoče zaznati citometrije toka. So AGS in N87 celic na logaritemski rasti obdobju smo inkubirali pri 10 uM anandamid ali etanolu topila 24 ur, nato ustavilo v fazi G2 celičnega ciklusa (slika 3A in 3B). Da bi raziskali vpliv anandamid o napredovanju celičnega ciklusa podrobneje, so AGS in N87 celice sinhronizirani v fazi G1, ki ga v serumu lakote. Celični cikel smo analizirali ko smo celice sprosti iz tega blokade z kompletnem mediju v prisotnosti ali odsotnosti anandamid. Celice, predelane z etanolom topila namesto anandamid smo uporabili kot kontrolo. Kot je prikazano na sliki 3C smo AGS celice sinhronizirani z več kot 70% vsebnosti G1 fazo DNA, ko so bile vzgojene v prosti serumu kulture. S 6 h, je bilo približno 46% kontrolnih celic G1 fazi in jo 12 ur, je bila večina (57,45%) v S fazi. Med 12 in 24 ur, so bile celice v G2 /M fazi doživel hiter mitoze, in 24 ur, so vstopili v naslednji cikel celic. Vendar, ko so celice zdravijo z anandamid po izpustitvi iz G1 fazi je bilo 33,47% obdelanih celic aretiran v G2 /M fazi do 24, in pokazala zamudo vstop v naslednjem ciklu celice. Podoben trend je opaziti tudi pri N87 celic (slika 3D). Če povzamemo, ti rezultati kažejo, da zdravljenje anandamid povzročil G2 /M aretacije je prišlo v AGS in N87 celic. Za analizo molekularne mehanizme, ki so odgovorni za povečana zaustavitev celičnega cikla, ki ga anandamid povzroča, smo uporabili 2 različna RT2 Profiler PCR nizi (SA bioznanosti, Qiagen), za določitev ravni izražanja genov, ki sodelujejo pri regulaciji celičnega cikla. Geni z izrazom krat spremembe med celicami, zdravljenih z anandamid in vozilom večja od 2 so bili izbrani kot diferencialni genov. Rezultati so pokazali, da AGS celice, ki se zdravijo z anandamid 24 ur prikaže skupno povečanje izražanju G2 /M, povezane zastoj geni, vključno gadd45 in p21 waf in navidezno zmanjšanje regulatorjev celičnega ciklusa G2 vključno CHEK1, CHEK2, CDC25, CCNA2, CCNB1, CDKN1A, CDKN2A, itd (slika 4A). Da bi še dodatno raziskati, ali anandamid povzročila aretacijo celičnega ciklusa, ki ga G2 /M kontrolne točke, smo izvedli Western blot analizo AGS celic po zdravljenju anandamid 24 h. Celice, predelane z etanolom topila namesto anandamid smo uporabili kot kontrolo. Kot je prikazano na sliki 4B in 4C, anandamid povzročilo povečanje CHK-1 fosforiliran in zmanjšale nivoje izražanja ciklin B1 in CDC25A primerjavi z ugotovitvami v kontrolnih celicah. Ti podatki kažejo, da zdravljenje anandamid privedlo do povečane aktivnosti na G2 /M kontrolnimi točkami. Z uporabo metodologije odkrivanja, ki temeljijo na literaturi Swanson je lahko preiskovalci ugotoviti, nove odnose med na videz nepovezanih področjih, in obudila prej objavljeni vendar zapostavljene hipoteze [15]. V tej raziskavi smo simulirali metodologijo za odkrivanje, ki temeljijo literature Swanson v 2 področjih medicinski literaturi, ki niso bili v bibliografiji, povezane: rak želodca in psihologije. Po procesu odkrivanja 2 korakih, je anandamid izbrana in napovedal, da je povezan z rakom želodca. Zatem se je potencialna povezava med rakom želodca in anandamid potrjuje nadaljnje poskuse. Tako smo uspešno simulirali odkritja, ki temelji na literaturo, ker hipoteze ustvarili nov odnos, ki se je izkazal za zanesljivega. Rak želodca je multifaktorska bolezen, s ko so poročali o številnih spremenljivk povzročitelji, vključno s H . pylori Pri bioloških preiskovalcev, vodenje up-to-tekočem z trenutnim objavljene raziskave je pomemben del koli raziskovalca opis delovnega mesta, in skoraj vsak objavljen članek je priložnost, da bi našli nove povezave med zdravilom in boleznijo. Vendar pa je sedanji obseg razpoložljivih bioloških znanosti je ogromna. Uporaba seznanjenega tradicionalnega iskanja, lahko preiskovalci upoštevati omejene povezave med drog /molekule in bolezni, vendar ne sme priznati večje okolje, skozi katerega deluje odnose, niti prepoznati druge možne odnose v tem okolju. Zato, informacijske znanosti in priklic so zelo uporabna orodja za biološke znanstveniki. Odkritje temelji na literaturi Swanson je usmerjena na resurrecting že objavljene, vendar zanemarjene hipoteze. Če se ugotovi neposredna povezava, ki se zdi, da se zanemarja, potem je delo vstajenja izkaže, da je za analizo poti ali mehanizem, ki morda niso znane. Z drugimi besedami, metodologija odkritje, ki temelji na literaturi Swanson ne le podatki rudniki za možne interakcije med bolezni in bolezni, bolezni in zdravila, ali bolezni in molekule, ampak tudi nam daje možnost, da opazujejo večje ozadje ozadju te neposredne povezave, tako kot pot omrežje molekularna v naši raziskavi kaže na morebitno povezavo med rakom želodca in delovanja anandamid. Z analizo podatkov v zvezi s tem smo pridobili interakcije in mehanizme med navidezno nepovezanimi temami in njihov klinični pomen in pomen. Zato je odkritje Swanson 's-temelji literatura je učinkovito orodje, da poiščejo priključene obstoječe znanje iz empiričnih rezultatov, ki jih prinaša na svetlobo odnose, ki so bili vpleteni in še "zapostavljenih" (Marc Weeber, 2001). Prav tako smo naleteli nekateri izzivi v procesu odkrivanja. Ena od težav je bilo s pogoji MeSH, sami, in dodatni vizualni pregled pa je morala naslednje ekstrakcijo uporabo našega meri javanski programček. V procesu odprtem odkritje, pogosto ne morejo priznati, okrajšav, ki lahko predstavljajo različne besede, zato smo jih ignorira kljub njihovi potencialni pomen. Poleg tega so bili nekateri od izrazov, zbranih pomožni besede, kar je povzročilo odpuščanje. Poleg tega so bili primeri, ko so Sopomenke sprva šteje ločeno zaradi svoje črkovanje, in je ta podvajanja treba rešiti ročno. Kljub temi vprašanji, ki temelji na literaturi odkritje povečanje metodologija jasno predstavlja prednost v procesu odkrivanja novih odnosov iz različnih področjih. Swanson prvotno razvili metodologijo za odkrivanje, ki temeljijo literature in je izpopolnjevanje ta postopek za 30 let, z namenom pomagati preiskovalci odkrili neznane ali neznanih odnose med študijami; problem, ki je ostala slabo razumel do sedaj. Z uporabo te metodologije Discovery, smo ugotovili potencialne interakcije med anandamid in raka želodca, ki je bil globoko pokopan v velike količine razpoložljivih podatkov, in ki je zdaj zanesljivo potrjena z eksperimentiranjem.
in silico
. PLoS ONE 9 (6): e100436. doi: 10,1371 /journal.pone.0100436
Metode in materiali
MeSH pogoji
Stoplists
Flow citometrična analiza stanja celičnega cikla in apoptozo
MTT test
Western blot analiza
0,05 je štela kot statistično značilne
Ugotavljanje učinka anandamid na želodca rakavih celic
-arachidonoylethanolamine ali AEA, je pokazala, da aktivirate 2 ločeni G-proteinom sklopljen kanabinoidnih receptorjev, vnesite kanabinoidnih receptorjev 1 (CB1) in tip je kanabinoidnega receptorja 2 (CB2) [ ,,,0],12]. Anandamid se sintetizira iz N-arachidonoyl fosfatidiletanolamina (nape) in njegovo propadanje predvsem katalizira maščobne kisline hidrolaze (FAAH) encima, ki katalizira tudi pretvorbo na nižji stopnji od anandamid v etanolamina in arahidonske kisline. Struktura anandamid vsebuje funkcionalne skupine amidov, estrov in etrov dolgoverižnih polinenasičenih maščobnih kislin [13]. Te spojine kažejo "cannabimimetic dejavnost"; z drugimi besedami, delujejo kot "D-9-tetrahidrokanabinola (THC) mimetikov", aktivne sestavine konoplje. V anandamid struktura delnice kritične farmakofor s THC-ja [14] (slika 2A).
) pri 100 um. Poleg tega AGS in celičnih linij N87 prikažejo bolj občutljive in dramatično zmanjšanje ( p < 0,01
) tudi pri 50 koncentraciji iM (Slika 2B). Poleg tega smo proučevali vpliv anandamid pri nižjih koncentracij na proliferacijo celic v želodcu rakavih celic. Kot je prikazano na sliki 2C, pomembnega, zmanjšanje odvisnosti od odmerka ( p < 0,01
) v širjenju AGS in N87 celic opazili z inhibicijo. Vendar anandamid pri nižjih koncentracijah proizvaja zelo malo vpliva na BGC823 in SGC7901 celičnih linijah (podatki niso prikazani). Zato so bili AGS in N87 celične linije bolj občutljivi na anandamid kot BGC823 in SGC7901 celičnih linij.
Učinek zdravljenja anandamid o porazdelitvi celičnega cikla želodca rakavih celic
Vpliv anandamid na regulatorjev celičnega ciklusa
Pogovor
, high-natrija prehrana, pitje in kajenje [16]. Prejšnje študije v našem laboratoriju so specializirani za rakom želodca; Zato je cilj te študije je bil, da bi našli nova znanja na področju raziskav raka področju želodca. Ta pristop, s pomočjo odkritje, ki temelji na literaturi Swanson je privedlo do identifikacije anandamid, član od endokanabinoidi. Anandamid so poročali, da kažejo lastnosti anti-orožja pri zdravljenju nekaterih vrst raka, vključno z nevroblastoma, raka prostate in melanoma [17] - [20]. Mayato [21] poročajo tudi raziskave anandamid raka želodca. Raziskali so zaviralni učinek anandamid na želodčnih rakave celice in pojasniti funkcijo anandamid za povečanje citotoksični učinek paklitaksela in njihove ugotovitve v zvezi z učinki anandamid na celično rast, so v skladu z rezultati te študije. Vendar pa so nekateri geni (CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, CCNB1, itd) iz B glede na tesnem odkritju regulatorji celičnem ciklusu, kar kaže, da anandamid so lahko povezane s celičnem ciklusu raka želodca. Kot je bilo pričakovati, PCR v realnem času in Western Blot testi ugotovili, da so izrazi teh regulatorjev celičnega ciklusa bistveno spremenila po anandamid zdravljenju. Pretočno citometrijo analize potrjuje, da anandamid povzroča G2 /M zaustavitev celičnega cikla v želodčnih rakavih celic skozi aktivno G2 /M kontrolnimi točkami. To predstavlja prvič, da je bila prerazporeditev celica cikel odkriti v želodčnih rakavih celic po zdravljenju z anandamid neposredno in posebej. Poleg tega rezultati so pokazali, da bi lahko B-pogoji lahko deluje kot posrednik za efektorji med boleznijo in ciljev odkritja.
Alkohol poškoduje mikrobiom v ustih
Črevesna mikrobiota bi lahko napovedala resnost COVID-19
Surova hrana za hišne živali je nevarna za ljudi in živali
Presaditev blata pri določenih darovalcih je boljša od drugih
Črevesne imunske celice so lahko odgovorne za spremembe metabolizma, ugotavlja študija
Ženske, rojene s carskim rezom, imajo večje tveganje za debelost in sladkorno bolezen
Kaj nam lahko starodavni iztrebki povedo o razvoju človeškega črevesnega mikrobioma?
Podatki o starodavni mikrobioti predstavljajo bistven vir za proučevanje evolucije bakterij in raziskovanje biološkega širjenja kroničnih bolezni skozi zgodovino. Mednarodna skupina raziskovalcev je
Je carski rez dober za zdravje otrok?
Nedavna študija, ki jo je objavil Inštitut za ekonomske raziskave VATT, kaže, da je nenačrtovan CS opravil za indikacijo, ki bi se ji morda lahko izognili, ima vzročno-posledično povezavo z astmo že o
Raziskave povezujejo razširjenost SARS-CoV-2,
bolnišnične površine in mikrobiomi pacientov Raziskovalci so odkrili večjo bakterijsko raznolikost v bolnišničnih prostorih SARS-CoV-2 in površinah v sobi, kar kaže, da ima lahko bakterijska raznolik