Swansonin kirjallisuuteen perustuvia löytö keskittyä Resurrecting aiemmin julkaistu mutta laiminlyödään tietoa. Tässä tutkimuksessa ehdotamme kaksivaiheinen malli löytö prosessi ja tuottaa hypoteesin välillä anandamidia ja mahasyövän. Lisäksi, mahdollinen suhde vahvistettiin seuranta kokeilua. Anandamidia hoito johti solusyklin uudelleenjako mahalaukun syöpäsoluja. Tärkeintä on, että vaihtelu Solusykli välittävät joitakin geenejä B-suhteen suljetun löytö, mikä osoittaa mahdollista roolia B-ehtoja. Swansonin kirjallisuuteen perustuvia löytö paitsi kokoaa tietoja mahdolliset yhteisvaikutukset, mutta tarjoaa myös mahdollisuuksia tarkkailla suurempaa tausta takana suoria yhteyksiä ja on korvaamaton löytö työkalu tutkijoille.
Citation: Dong W, Liu Y, Zhu W, Mou Q, Wang J, Hu Y (2014) simulointi Swansonin Literature-Based Discovery: anandamidia hoito inhiboi Mahalaukun Syöpäsolut In vitro Editor: Valli De Re, Centro di Riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, Italia vastaanotettu: 12 tammikuu 2014; Hyväksytty: 25 toukokuu 2014; Julkaistu: 20 kesäkuu 2014 Copyright: © 2014 Dong et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään. Rahoitus: Tämä tutkimus rahoittivat Kiinan Geriatric Oncology Society (onkologia ohjelma, myöntää CGOS-03-2013-1-1-00600). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen. Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole. nopea kehitys tieteen on johtanut räjähdysmäinen kasvu tietopohjamme. Näin ollen on erittäin haastava lääketieteelliseen tutkijat hakea ja sisällyttää tärkeimmät, päivitettyjä tietoja päivittäisestä tulva julkaistun kirjallisuuden. Esimerkiksi kokonaismäärä julkaisuja indeksoitu hakusana "mahasyövän" kasvoi yli 4-kertaisesti vuonna 2012 verrattuna 1980. Usein tärkeimmät tiedot on taipumus unohtaa tai jättää huomiotta nykyiset tutkimukset [1]. Lisäksi yhä erikoistumista tieteen ja teknologian, suurempia haasteita olemassa jakamalla tietoa rajat toiminnallisesti, kuten tieteellinen käsitys on tulossa entistä täsmällisempiä ja vähemmän hajautettu. Kuitenkin mielekäs suhteen oltava kesken eri tutkimusaloilla. Siksi on entistä tärkeämpää määritellä huomiotta tietoa kuin tieto kasvu itsessään [2]. Swanson (1990) kehitetään ja toteutetaan uusi työkalu louhia nykyisten tietopohja ilmoittamattomia tai underreported suhteita, ja henkiin aiemmin julkaistu mutta laiminlyöty hypoteesit, prosessi tunnetaan kirjallisuudesta-pohjainen löytö [3]. Tämä prosessi toimii tapa yhdistää 2 näennäisesti toisiinsa havaintojen toisin mainita tässä muodossa: jos "A liittyvä B" ja "B liittyy C", niin hypoteesin, että "aiheuttaa C" on erittäin suositeltavaa [4 ]. Vaikka tämä lähestymistapa ei anna vakuuttavaa näyttöä siitä, löytö on sinänsä hyvin hyödyllisiä paljastamiseksi aiemmin tuntemattomia suhteita [5]. Lisäksi se voi auttaa tutkijoita pääsyn yhteydessä ja minun tietoa, ei ehkä ole paljastanut perinteisellä haku. Tässä tutkimuksessa, teimme 2-vaiheelta simuloida Swansonin kirjallisuuteen perustuva löytö metodologian 2 aloilla biologinen tutkimuskirjallisuutta, joita ei yleensä kirjallisuudesta kytketty: mahasyövässä ja psykologia. Mahalaukun syöpä on yksi yleisimmin diagnosoitu syövät, toiseksi suurin syy syöpään liittyvät kuolemat maailmanlaajuisesti, ja vakava kansanterveydellinen ongelma [6]. Aiempi tutkimus on myös osoittanut, että erilaisia psykologisia tekijöitä voi olla huomattava vaikutus fyysiseen sairauksiin. Kuitenkin suhde mahasyövän ja psykologia on aikaisemmin huomiotta. Siksi nämä 2 tutkimusaloilla valittiin, jonka tavoitteena on löytää laiminlyöty yhteinen yhteys. 2-vaihe löytö prosessi syntyy hypoteesi korreloimisesta anandamidia ja mahasyövän ja edellyttäen mahdollinen yhteinen molekyyli verkosto, joka saattaa välittää vaikutuksia. Hypoteesi jälkeen tutkittiin kokeellisesti. Anandamidia havaittiin inhiboivan kasvua 4 mahasyövän solulinjoissa, mukaan lukien BGC823, SGC7901, AGS, ja N87. Virtaussytometria tiedot osoittivat, että läsnäolo anandamidia aiheuttama G2 /M solusyklin pysähtymisen AGS ja N87 soluja. Lisäksi olemme vahvistaneet, että anandamidia voi toimia säätelemään solusyklin liittyvät geenit, mukaan lukien CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, saadaan suljetun hakuprosessia. Yhdessä nämä tulokset osoittavat, että anandamidia vaikuttaa solusyklin jakautumista mahalaukun syöpäsolujen säätelemällä B-terms solusyklin sääntelyviranomaisten, hypoteesi, joka oli validoitu kokeellisesti tässä tutkimuksessa, mikä tarjoaa tutkijoille vaihtoehtoisella näkemykseen roolista anandamidia. Tätä lähestymistapaa käyttäen pystyimme onnistuneesti koota aiemmin piilotettu suhde 2 erilaisia kenttiä ja lisätä yleistä tietopohjaa. artikkelit MEDLINE tietokantaan National Institutes of Health (NIH) -sponsored MEDLINE /PubMed-tietokanta sisältää linkkejä artikkeleihin julkaistu yli 5500 johtava lehdissä. Hankkia täydellisin artikkelisarja "mahasyövän," osallistavan sarjassa etsintämerkkijonoja (kasvain, mahalaukku tai Vatsa kasvain tai kasvaimet; Maha tai kasvaimet, mahalaukun tai Mahalaukun kasvaimet tai mahalaukun kasvain tai kasvain; Mahalaukun tai Syöpä Maha tai mahasyöpä tai mahasyöpä tai syöpä; Maha tai Syövät; Maha tai mahalaukku tai mahasyövän tai syöpä; Mahalaukun tai Syövät ja Mahalaukun tai syöpien tai vatsan kasvaimet) käytettiin noutaa asianmukaisen artikkeleita. Tämä haku haetaan 86536 kirjaa (näytetty 27. lokakuuta, 2011), joka sisälsi kaikki julkaisut tulivat tietokantaan. Lisäksi hankkia täydellisin artikkelisarja "psykologia" osallistavan sarjassa etsintämerkkijonoja (Psychology tai Side Effects; Psykologiset tai Psykologiset Side Effects tai psykologiset sivuvaikutus tai haittavaikutus; Psykologiset tai Psykososiaaliset tekijät tai tekijän; psykososiaaliset tai tekijät; Psykososiaaliset tai psykososiaalinen Factor tai psykologiset tekijät tai tekijät; Psykologiset tai tekijä, ja psykologisen tai psykologinen tekijä tai psykologit tai psykologi) haetaan 911793 kirjaa. Kaikki nämä julkaisut pelastuivat Medline muodossa keräämiseen Medical Subject Headings (MeSH) ehdot. MeSH on sanaston sanasto kansalliskirjaston of Medicine. MeSH muodostuvat pelkistä termejä kutsutaan kuvaajia, jotka on järjestetty sekä aakkosjärjestykseen ja hierarkkisia rakenteita siten MeSH ehdot pystytään tunnistamaan pääpaino julkaisun, ja sitä voidaan käyttää indeksoida Medline kirjaa. Tässä tutkimuksessa näitä kuvaajia suodatettiin käyttäen MeSH stoplist on 5569 kuvaajia erityisiä hallitsee tyydyttävästi tämän tutkimuksen. stoplist on luettelo sanoista, jotka olisi jätettävä joko koska ne ovat liian laajoja tai ovat merkityksettömiä kohteina haku. Stoplists voi kuulua jopa useita satoja toiminnallisia sanoja, jotka eivät kuulu suuntautuneita. Tässä tutkimuksessa pitkä stoplist on 5569 sanaa koottiin suodattamaan MeSH ehdot. Käyttämällä MeSH luokat antamat Medline tietokanta ja tutkijan harkinnan, me koottu luetteloita stop-termejä, jossa ylimmän tason MeSH luokat näkyvät taulukossa 1. Lisätietoa MeSH luokkia löytyy osoitteesta http: //www.nlm.nih gov /mesh /2012 /mesh_bro-wser /MeSHtree.Dhtml. avoimet hakuprosessia avoimen löytö prosessi alkaa tieteellisen ongelman ja sukupolven hypoteesi. Tässä tutkimuksessa aloilla mahasyövän ja psykologian valittiin etsimään piilotettuja suhteita. Me haetaan koskevista julkaisuista mahasyövässä ja psykologian edellä kuvatulla tavalla. Seuraavaksi MeSH profiilin rakennettiin aloittamisen A tai B aiheeseen. Rakensimme aihe profiileja tunnistamalla relevantti alaryhmä ominaisuus termejä valinnasta tekstiä. Ehdot poimittiin asiakirjoista ja arvioitiin niiden suhteellinen merkitys kuin kuvaajien aiheen. Tässä tutkimuksessa meidän profiilit olivat painotetut vektorit MeSH termejä, kuten on esitetty alla aihe X i: (1), jossa m j edustaa MeSH termi, w i , j edustaa sen paino, joissa on yhteensä n termejä MeSH sanaston [7]. Kun aiheet A ja B rakennettiin, lopullinen yhdistelmä-C profiili-rakennettiin käyttäen Java-sovelma, että me kehitetty. Tässä menettelyssä, termit esiintyvät sekä A- ja B-profiilit eliminoitiin, sekä termejä, jotka olivat läsnä vain A-profiilin. Lopuksi MeSH ehdot, jotka olivat läsnä vain B profiilin ja harvoin esiintynyt A profiilin valittiin ja kutsutaan C profiilin. Termit C profiilin osoittivat tiiviit yhteydet aihe B ja vähän tai ei lainkaan yhteyksiä viestiin A. Toisin sanoen, nämä käsitteet pysyi tiiviisti "psykologia", mutta harvoin on raportoitu yhdessä "mahasyövässä." Kuitenkin, aiemmin ilmoittamattoman yhteydet voivat olla, joka voidaan paljastui käyttäen jatkomenettely. Suljettu hakuprosessia suljetun löytö prosessi suoritettiin käyttäen web-pohjainen malli Arrowsmith (http: //arrowsmith.psych. uic.edu/arrowsmith_uic/index.html, University of Illinois, Chicago, psykiatrian), joka on suunniteltu auttamaan ymmärtämistä ja tunnustamista piilotettu yhteyksiä A- ja C kirjallisuudessa komponentit [8], [9]. Me aloitti suljettu löytö prosessi ensimmäisen 2 Medline hakuja käyttäen Arrowsmith käsittely A aihe profiilihaussa ja C termi kirjallisuudesta. Seuraavaksi Arrowsmith ohjelma tuotti luettelo ehdoista, jotka voivat löytyä otsikot sekä A ja C kirjallisuus hakuja. Nämä sanat analysoitiin tuottaa B-listan, käyttämällä kolmatta suodatus askel, jonka: Lopuksi syntyy lista B-käsitteitä ja sitten katsoa vastaavan AB ja BC kirjallisuus hakuja. Soluviljely käytetyt solulinjat esillä olevassa tutkimuksessa olivat kaikki mahasyövässä solulinjoissa. N87 ja AGS solulinjat saatiin American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA, USA). AGS solulinja oli peräisin fragmenteista kasvaimen resektoitiin potilaalta, joka oli 54-vuotias valkoihoinen nainen ja ollut saanut aiempaa hoitoa. N87 solulinja oli peräisin maksasta etäpesäke on hyvin eriytetty vatsa syöpä on valkoihoinen mies otettu ennen sytotoksisen hoidon. AGS ja N87-soluja viljeltiin Dulbeccon modifioidussa Eaglen väliaineessa (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), johon oli lisätty 10% naudan sikiön seerumia (FBS). Solulinjat BGC823 ja SGC7901 perustettiin Kiinassa. BGC823 solulinja perustettiin vuonna 1984 kautta 60 kohtia soluviljelmässä 2 vuoden kirurgisesta yksilöä mahasyöpä potilas, joka oli diagnosoitu alhainen eriytetty adenokarsinooma. SGC7901 solulinja perustettiin vuonna 1979 ja johdettu imusuonten etäpesäke mahalaukun adenokarsinooma 56-vuotta vanha kiinalainen nainen. BGC823and SGC7901-soluja viljeltiin Dulbeccon modifioidussa Eaglen väliaineessa (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), johon oli lisätty 5% naudan sikiön seerumia (FBS); Kaikkia solulinjoja pidettiin 37 ° C: ssa 5% CO 2. AGS ja N87-solut (1 x 10 5) rutiininomaisesti talteen trypsiinillä pilkkomalla käsittelyn jälkeen anandamidin (Sigma, A0580), pestiin PBS: llä ja kiinnitettiin kylmällä 75% etanolilla 4 ° C: ssa yön yli. Värjäyksen jälkeen propidiumjodidilla (PI) liuosta 30 minuutin ajan, solusyklin analyysi suoritettiin fluoresenssilla aktivoitujen solujen lajittelu (FACS) prosenttiosuuden määrittämiseksi ja jakelu solujen G1, S ja G2 /M-vaiheessa. havaitsemiseksi fosfatidyyliseriinin ulkoistamismallin, trypsinoitiin solut kaksinkertainen värjättiin fluoreseiini-isotiosyanaatti (FITC) konjugoitua anneksiini V (20 ug /ml) ja PI (50 ug /ml), mukaan valmistajan protokollan (Biosea; Nelson, Uusi-Seelanti ). Kymmenen tuhatta solut kerättiin ja analysoitiin FACSorter, ja solusyklin profiilit analysoitiin käyttämällä Cell Quest -ohjelmistoa (Becton-Dickinson, Franklin Lakes, NJ, USA). BGC823, SGC7901, AGS, ja N87-solut maljattiin 96-kuoppaisille viljelylevyille ja inkuboitiin anandamidia eri pitoisuuksina, ja sen jälkeen 3- (4,5-dimetyylitiatsol-2-yyli) -2,5-d-iphenyltetrazolium bromidia (MTT) 24, 48, 72, ja 96 h. Sen jälkeen kun 4-tunnin inkuboinnin 37 ° C: ssa 5% CO 2, 200 ui dimetyylisulfoksidia (DMSO) lisättiin liuottamaan formatsaani. Absorbanssi aallonpituudella 570 nm määritettiin käyttäen mikrolevylukijaa (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA). 2 eri RT2 Profiler PCR Arrays (SA Biosciences , QIAGEN) käytettiin analysoimaan ekspressiotasoja 84 osallistuvien geenien säätelyyn solukierron (Human Cell Cycle array, PAHS-020) in AGS käsiteltyjä soluja anandamidia tai ajoneuvoon. Solut kerättiin 24 tunnin kohdalla sen jälkeen, kun anandamidia hoidon ja kokonais-RNA oli uuttamalla käyttäen RNeasy Plus -kittiä (QIAGEN). Synteettinen cDNA: ta käytettiin templaattina suorittamaan määrällisiä polymeraasiketjureaktio (PCR) analyysi. RT2 Profiler PCR Array Tietojen analysointi ohjelmistot (v3.5) käytettiin PCR-array data-analyysi. Valitsimme GAPDH ja ACTB referenssinä geenejä. Geenien ekspression kanssa kertamuutoksia näytteiden välillä on suurempi kuin 2 valitaan ero geenejä. Protein lysaatit erotettiin 12% Tris-glysiini-polyakryyliamidigeelielektroforeesilla ja siirrettiin polyvinylideenifluoridi ( PVDF) kalvoja (GE Healthcare, pikku Chalfont, UK). Membraaneja inkuboitiin hiiren monoklonaalisella vasta-aineella ihmisen Chk1, p-Chk1 (Abcam, Cambridge, UK), CDC25A, CyclinB1 (Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA, USA), minkä jälkeen piparjuuriperoksidaasiin (HRP) -leimattua vuohen anti -hiiri IgG (PTGLab, Chicago, IL, USA). β-aktiini (Sigma Chemicals, St. Louis, MO, USA) käytettiin proteiinin lastaus ohjaus. HRP konjugaatti havaita chemioluminescence ECL (Amersham) ja autofluorografialla. Proteiini intensiteetti kvantifioitiin käyttäen LANE 1D Analyzer ohjelmisto (Sage Creation, Peking, Kiina). Studentin t-testiä käytettiin analysoida merkitystä eroa kahden ryhmän data. P < hankinta MeSH ehdot mahasyövän ja psykologia Avoimessa hakuprosessissa ensimmäinen askel oli poimia MeSH ehdot kirjallisuudesta hakujen. Meillä syntyy 12001 MeSH ehdot (Profile A) käyttämällä tekstin "mahasyövän." Nämä MeSH ehdot mukana näkökohtia mahasyövän, jotka sisältävät diagnoosin, hoidon, lääkityksen, selviytymistä, syöpä vaiheessa solujen toimintaa, geenien, proteiinien, ja jotkin kemialliset aineet kuten estereitä. Meillä syntyy 9635 MeSH ehdot (Profile B) käyttäen tekstiä "psykologia", jotka liittyvät läheisesti sosiaaliseen ympäristöön, käyttäytyminen, persoonallisuus, tunteet, mahdollisista sairauksista, hoito, lääkkeet, kemiallinen aine, jne. Kymmenen MeSH termejä kunkin aiheen näkyvät taulukossa 2. Discovery of anandamidia C profiilin (BA) B käyttäen edellä mainitun Java-sovelman, me eliminoidaan termit esiintyvät A profiilin B profiilin, jättäen vain termejä läsnä B profiilin, mutta ei koskaan esiintyy A-profiilin. Tämä uusi sarja tunnistettiin "C profiilin." Ehdot C profiilin ilmoitettiin olevan yli 1 suhde psykologian, mutta vähän tai ei lainkaan julkaisuja samanaikaisesti vertailemalla sekä psykologiaa ja mahasyövän. Kuitenkin aiemmin ilmoittamatta yhteyksiä voi olla, että ei ole löydetty, tai jätettiin huomiotta. tutkimaan edelleen mahdollisista yhteyksistä näiden alojen, me luokitellaan ehdot C profiilin osaksi 6 luokat, myös käyttäytyminen, urut ja kudos, tunnelmia, sairaudet, lääkkeet ja kemialliset aineet, ja muut. Jokainen termi hallussaan omaa taajuus; ehdot, joilla on korkeampia taajuuksia ja edustavuus on esitetty taulukossa 3. Lopuksi valitaan 1 termi huumeiden ja kemiallisten aineiden luokka, anandamidilla, jatkotutkimuksiin. Syyt valikoimaan voidaan tiivistää seuraavasti: Vaikka harvat tutkimukset havaittiin tutkimalla sekä anandamidia ja mahasyövän yhdessä [10], [11], työmme ylösnousemuksesta keskittyy analysoimaan polkuja tai mekanismeja, jotka ehkä ole tiedossa. ennustaminen suhde anandamidia ja mahasyövän hypoteesi anandamidia ja mahasyövän testattiin läpi suljetun hakuprosessia. Tämä prosessi suoritettiin käyttäen web-pohjainen malli Arrowsmith; alkaen taudista mahasyövän (A) ja sisällön anandamidia (C), etsittiin yhteisiä väli B-termejä. B-luetteloa otsikon sanoja ja lauseita (ehdot), joka ilmestyi sekä A- ja C-kirjallisuutta. Koska polkuja välillä havaittu A ja C yleistyi, se lisäsi todennäköisesti pätevyyden hypoteesia. Sen jälkeen tarvittavat edellä mainitun suodattimen vaiheiden 446 ehdot olivat läsnä nykyiseen B-lista, sijoittui mukaan ennusti merkitystä. Seuraavaksi rajoitettu nämä ehdot semanttisesti luokat Genes & Molecular sekvenssit ja Gene & Proteiini nimet ja kerätään kohdegeenien mukana eri signalointireittejä, kuten solusyklin, apoptoosin, tulehdus ja jne (taulukko 4). Samanaikaisesti väylä verkosto rakennettiin esittelemään yhteinen molekyyli sääntelyverkon välillä mahasyövän ja anandamidia toimintaa. Kuten kuviosta 1 nähdään, nämä geenit esiintyi voimakasta riippuvuutta osoittaa sääntelyn väliset suhteet. Tutkimaan edelleen, ovatko nämä kohdegeenien, useita proteiineja /geenejä valittiin esimerkeiksi tarkastaa niiden suhde mahasyöpä tai anandamidia kautta Arrowsmith SYSTEM. Ja kuten on esitetty taulukossa 5, ryhmä kriittisen osallistuvien geenien useita reittejä, jotka liittyvät sekä mahasyövän ja anandamidia. Kaikki nämä vihjeitä hiljaista mahdollisesti piilotettu yhteys anandamidia ja mahasyövän, joka oli arvoinen lisätutkimuksia. anandamidia, jäsenenä endokannabinoidijärjestelmä perhe, joka tunnetaan myös nimellä N tutkia vaikutuksen anandamidia proliferaatioon mahalaukun syöpäsolujen BGC823, SGC7901, AGS, ja N87 käsiteltiin kasvavilla pitoisuuksilla synteettinen anandamidia. Myöhemmin leviämisen näistä solulinjoista havaittiin MTT. Tulokset osoittivat, että anandamidia voimakkaasti vähentänyt leviämisen hinnat näiden 4 mahasyövän solulinjoja annoksesta riippuvaisella tavalla, tilastollisesti merkittäviä vähennyksiä ( p < 0,01 anandamidia vähensi kasvua kyky AGS ja N87-solut, kun se oli vain vähän vaikutusta apoptoosin AGS ja N87-soluja (kuvio 2D). Siksi täytyy olla muita syitä, jotka johtivat vähentynyt proliferaatio. edelleen tutkia ominaisuuksia kasvun inhibition anandamidia, The solusyklin vaihe havaittiin virtaussytometrialla. AGS ja N87 solujen kauden logaritminen kasvu inkuboitiin 10 uM anandamidia tai etanolia liuottimena 24 tuntia, sitten pysähtyi G2 vaiheessa solusyklin (kuvio 3A ja 3B). Tutkia vaikutuksen anandamidia solusyklin etenemisen yksityiskohtaisemmin, AGS ja N87 solut synkronoitu G1 vaiheessa seerumin nälkään. Solusyklin analysoitiin, kun solut vapautettiin tästä salpauksesta täydellistä elatusainetta läsnä ollessa tai poissa ollessa anandamidia. Solut käsiteltiin etanolilla liuottimella sijasta anandamidia käytettiin verrokkeina. Kuten kuviosta 3C nähdään, AGS solut synkronoidaan yli 70% G1 vaiheessa DNA-pitoisuus, kun niitä oli kasvatettu vapaa-seerumin kulttuuri. 6 h, noin 46% valvonnan soluja G1-vaiheessa, ja 12 h, suurin osa (57,45%), oli S-vaiheessa. Välillä 12 ja 24 tunnin kuluttua solut olivat G2 /M vaiheessa ja tehtiin nopea mitoosia, ja 24 h, ne merkitään seuraavan solusyklin. Kuitenkin, kun solut käsiteltiin anandamidia vapautumisen jälkeen G1 vaiheessa 33.47% käsiteltyjen solujen pidätettiin G2 /M vaiheessa jopa 24, ja osoitti viivästynyt tuloa seuraavan solusykliä. Samanlainen suuntaus on havaittu myös N87-soluissa (kuvio 3D). Yhdessä nämä tulokset osoittavat, että anandamidia hoito aiheutti G2 /M pidätys havaittu AGS ja N87 soluja. Jotta analysoida molekyylitason mekanismeja vastuussa lisääntynyt solukierron pysähtymisen aiheuttamia anandamidia, käytimme 2 eri RT2 Profiler PCR pakat (SA Biosciences, QIAGEN) määrittämiseksi ekspressiotasot liittyvien geenien säätelyyn solusyklin. Geenit kanssa ilme kertamuutoksia solujen välillä käsitelty anandamidia ja ajoneuvon suurempi kuin 2 valittiin ero geenejä. Tulokset osoittivat, että AGS solut käsitelty anandamidia 24 tunnin näyttöön lisääntymisestä kokonaisuudessaan ilmaus G2 /M pidätys liittyviä geenejä, mukaan lukien GADD45 ja p21 waf ja ilmeinen väheneminen G2 solussa lukiertosäätelijöistä lukien CHEK1, CHEK2, CDC25, CCNA2, CCNB1, CDKN1A, CDKN2A, jne. (kuvio 4A). Tutkia tarkemmin, ovatko anandamidia aiheutti solusyklin pysähtymiseen G2 /M tarkastuspiste ohjaus, teimme western blot -analyysin AGS soluissa anandamidia hoitoa 24. Solut käsiteltiin etanolilla liuottimella sijasta anandamidia käytettiin verrokkeina. Kuten kuviossa 4B ja 4C, anandamidi aiheutti kasvua Chk1 fosforylaation ja vähensi ekspressiotasot sykliini B1 ja CDC25A verrattuna huomautukset kontrollisoluissa. Nämä tiedot osoittivat, että anandamidia hoito lisäsi aktiivisuutta G2 /M tarkistuspisteitä. Käyttämällä Swansonin kirjallisuuteen perustuvia löytö menetelmiä, tutkijat voivat määrittää uusia suhteita näennäisesti liity kentät ja elvyttää aiemmin julkaistu mutta laiminlyödään hypoteesit [15]. Esillä olevassa tutkimuksessa simuloitiin Swansonin kirjallisuuteen perustuva löytö metodologiaa 2 lääketieteellisen tutkimuskirjallisuutta, joita ei ole kirjallisuudesta kytketty: mahasyövässä ja psykologia. Jälkeen 2-vaihe hakuprosessissa anandamidilla valittiin ja ennustettu olevan sidoksissa mahasyövän. Seuraavaksi mahdollinen suhde mahasyövän ja anandamidia varmistettiin seurannan kokeilua. Siksi olemme menestyksekkäästi simuloitu kirjallisuuteen perustuvia löytöjä koska hypoteesit syntyy uusi suhde, joka on todettu luotettavaksi. Mahalaukun syöpä on monitekijäinen sairaus, jossa on lukuisia aiheuttajaa muuttujia jota ilmoitettiin, kuten H . pylori Biologisten tutkijat, pitäminen ajan tasalla nykyinen julkaistu tutkimus on kriittinen osa tahansa tutkijan työnkuva, ja lähes jokainen julkaisi artikkelin on mahdollisuus löytää uusia yhteyksiä huumeiden ja sairaus. Kuitenkin nykyinen volyymi käytettävissä biologinen tiede on valtava. Käyttämällä ilmoitti perinteinen hakua, tutkijat voivat tarkkailla rajoitettu yhteyksiä lääke /molekyylin ja tauti, mutta ei ehkä tunnista ympäristöönsä, jonka kautta suhteet toimivat, eikä tunnistaa muut mahdolliset suhteita tässä ympäristössä. Siksi informaatiotieteet ja haku ovat erittäin hyödyllisiä työkaluja biologit. Swansonin kirjallisuuteen perustuvia löytö keskittyy resurrecting aiemmin julkaistu mutta laiminlyödään hypoteeseja. Jos suora yhteys, joka näyttää laiminlyödään havaitaan, sitten työ ylösnousemuksen osoittautuu analysoida polkuja tai mekanismeja, jotka ehkä ole tiedossa. Toisin sanoen, Swansonin kirjallisuuteen perustuvia löytö menetelmää paitsi kaivosten tietoja mahdollisista yhteisvaikutuksista sairaus ja sairauksien, tautien ja huumeiden tai sairauden ja molekyyli, mutta myös antaa meille mahdollisuudet tarkkailla suurempaa tausta takana suoria yhteyksiä, kuten rakenteisen verkko tutkimuksessamme viittaa välistä mahdollista yhteyttä mahasyövän ja anandamidia toimintaa. Analysoimalla tiedot tässä yhteydessä saimme vuorovaikutusten ja mekanismien välillä näennäisesti toisiinsa aiheita ja niiden kliinistä merkitystä ja merkitystä. Siksi Swanson 's kirjallisuuteen perustuva löytö on tehokas työkalu etsiä liitetyn olemassa olevaan tietoon empiiriset tulokset tuomalla valon suhteita, jotka ovat osallisina ja vielä "laiminlyöty" (Marc Weeber, 2001). Myös kohdanneet joissakin haasteita löytö prosessi. Yksi ongelma oli kanssa MeSH ehdot, itse, ja lisäksi silmämääräisesti tarvittiin seuraavat uuttamalla käyttämällä mukautettuja Java-sovelma. Avoimessa hakuprosessissa usein pysty tunnistamaan lyhenteet, jotka voivat edustaa eri sanoja, ja siksi huomiotta niitä huolimatta niiden mahdollinen merkitys. Lisäksi joitakin ehtoja kerättyjen olivat ylimääräisiä sanoja seurauksena irtisanotaan. Lisäksi oli tapauksia, jolloin synonyymit alun perin laskettiin erikseen, koska niiden oikeinkirjoituksen ja nämä päällekkäisyydet oli ratkaistava käsin. Huolimatta näistä asioista, kirjallisuudesta perustuvan löytö menetelmiä kasvua selvästi esittelee etua prosessissa löytää uusia suhteita eri alojen tutkimuksen. Swanson perin kehitetty kirjallisuudesta perustuvan löytö menetelmiä ja on jalostamalla tätä prosessia 30 vuotta tarkoituksena on auttaa tutkijoita löytää tuntematon tai tunnistamaton suhteita tutkimukset; ongelma, joka on pysynyt huonosti asti. Käyttämällä tätä Discovery menetelmää, löysimme potentiaalinen vuorovaikutusta anandamidia ja mahasyövän, joka oli syvästi haudattu valtavia määriä saatavilla olevien tietojen ja joka on nyt luotettavasti vahvistettu kokeellisesti.
ja In Silico
. PLoS ONE 9 (6): e100436. doi: 10,1371 /journal.pone.0100436
Johdanto
Menetelmät ja materiaalit
MeSH ehdot
Stoplists
virtaussytometrianalyysin solusyklin tilan ja apoptoosin
MTT-määritystä
geeniekspressioprofilointi analyysi
Western blot-analyysi
Tilastollinen
0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä.
Tulokset
havaitseminen vaikutuksen anandamidia mahalaukun syöpäsolujen
-arachidonoylethanolamine tai AEA, on osoitettu aktivoivan 2 erillistä G-proteiiniin kannabinoidireseptorit, kannabinoidin reseptorin tyypin 1 (CB1) ja kannabinoidireseptorin tyypin 2 (CB2) [ ,,,0],12]. Anandamidia syntetisoidaan N-arakidonoyyli fosfatidyylietanoliamiini (niska) ja sen hajoamistuotteet ensisijaisesti katalysoi rasvahappoamidi hydrolaasi (FAAH) entsyymiä, joka myös katalysoi loppupään muuntaminen anandamidia osaksi etanoliamiinia ja arakidonihapon. Rakenne anandamidia sisältää funktionaalisia ryhmiä amidien, estereiden ja eettereiden pitkäketjuisten monityydyttymättömien rasvahappojen [13]. Näillä yhdisteillä "cannabimimetic toimintaa"; Toisin sanoen, ne toimivat kuin "D-9-tetrahydrokannabinoli (THC) jäljittelijät" aktiivinen ainesosa kannabiksen. Anandamidia rakenne osakkeiden kriittinen Farmakoforeja THC [14] (kuvio 2A).
) 100 uM. Lisäksi AGS ja N87 solulinjat näkyy herkemmän ja dramaattinen lasku ( p < 0,01
) jopa 50 uM (kuvio 2B). Lisäksi tutkimme vaikutus anandamidia pienemmillä pitoisuuksilla soluproliferaatioon mahalaukun syöpäsoluja. Kuten kuviossa 2C, merkittävää annoksesta riippuvaa vähenemistä ( p < 0,01
) nopeaan lisääntymiseen AGS ja N87-solujen havaittiin eston. Kuitenkin, anandamidi pienemmillä pitoisuuksilla on tuotettu vain vähän vaikutusta BGC823 ja SGC7901 solulinjoissa (tietoja ei esitetty). Näin ollen, AGS ja N87 solulinjat olivat herkkiä anandamidia kuin BGC823 ja SGC7901 solulinjat.
vaikutus anandamidia hoidon solusyklin jakautumista mahalaukun syöpäsolujen
vaikutus anandamidia solusyklin sääntelyviranomaisten
Keskustelu
, korkea-natrium ruokavalion, juominen ja tupakointi [16]. Aiemmat tutkimukset laboratoriossamme ovat erikoistuneet mahasyövän; joten Tämän tutkimuksen tavoitteena oli löytää uuden tiedon mahasyövän tutkimusala. Tämä lähestymistapa, käyttäen Swansonin kirjallisuuteen perustuvia löytö, johti tunnistamiseen anandamidia, jäsen endokannabinoidit. Anandamidia on raportoitu olevan anti-leviämisen ominaisuuksia hoidettaessa tiettyjä syöpiä, mukaan lukien neuroblastooma, eturauhassyöpä ja melanooma [17] - [20]. Mayato [21] myös raportoitu tutkimus anandamidia mahasyövän. He tutkivat estävää vaikutusta muihin anandamidia mahalaukun syöpäsolujen ja selvennetty toiminta anandamidia parantaa sytotoksista vaikutusta paklitakselin, ja niiden johtopäätöksiä vaikutuksista anandamidia solujen kasvuun ovat yhdenmukaisia tämän tutkimuksen tulokset. Kuitenkin jotkut geenit (CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, CCNB1 jne) päässä B-ehdot lähellä löytö olivat solusyklin sääntelyviranomaisten, mikä viittaa siihen, että anandamidilla saattavat liittyä solusyklin mahasyövän. Kuten odotettua, reaaliaikainen PCR ja western blot määritys havainnut, että ilmaisuja näiden solujen lukiertosäätelijöistä merkittävästi muuttunut annettaessa anandamidia hoitoa. Virtaussytometria analyysit vahvistivat lisäksi, että anandamidia indusoi G2 /M solukierron pysähtymisen mahasyövän soluissa aktiivisella G2 /M tarkistuspisteitä. Tämä on ensimmäinen kerta, kun solusyklin uudelleenjako havaittiin mahalaukun syöpäsoluissa jälkeen hoidetaan anandamidia suoraan ja erikseen. Lisäksi tulokset osoittivat, että B-ehdot saattavat toimia välittäjänä Efektoreja korostanut taudin löytö tavoitteet.
Suoliston mikrobiston dysbioosi voi aiheuttaa vakavan toissijaisen infektion COVID-19-potilailla
Yleinen geneettinen muunnelma selittää, miksi immunoterapia epäonnistuu usein Crohnin taudissa
DNA:n metakoodaus voisi parantaa ihmisten ruokavalion analysointia
Uusi tutkimus tunnistaa suolen mikrobiomin ja aivohalvausten välisen yhteyden
Probiootit voivat tarjota terapeuttisia etuja biopolaarisille potilaille
Antibiootti X-206 tehokas SARS-CoV-2:ta vastaan in vitro
Ennenaikaisten imeväisten kasvuongelmat, jotka liittyvät muuttuneisiin suolistobakteereihin
Ennenaikaisilla imeväisillä, jotka eivät kasva odotetusti tai menestyvät, voi olla ongelmia mikrobiominsa kehityksessä, uusi tutkimus ehdottaa. Chicagon Ann &Robert H. Lurien lastensairaalan tutkija
Painonpudotuslääke Wegovy on FDA:n hyväksymä
Yhdysvaltain elintarvike- ja lääkevirasto (FDA) on hyväksynyt Wegovy (semaglutidi) -injektion (2,4 mg kerran viikossa) krooniseksi painonhallintahoidoksi lihaville tai ylipainoisille aikuisille, joill
Tutkimukset osoittavat, miten suoliston mikrobit vaikuttavat mahainfluenssaan
Uusi tutkimus osoittaa, että suoliston mikrobit voivat moduloida norovirusinfektion (mahainfluenssa, tai talven oksenteluvika), suoliston sijainnin perusteella. Julkaistu lehdessä Luonnon mikrobiolog