Swanson literatūros pagrindu atradimas dėmesys atgaivinti anksčiau paskelbta, bet apleisti žinias. Šiame tyrime mes siūlome dviejų pakopų modelį atradimų proceso ir generuoti hipotezes tarp anandamide ir skrandžio vėžio. Be to, potencialus santykiai buvo patvirtinta tolesnės eksperimentams. Anandamide gydymas lėmė ląstelių ciklo perskirstymo skrandžio vėžio ląsteles. Svarbiausia, kad ląstelių ciklo svyravimai buvo tarpininkaujant kai kurių genų iš B požiūriu uždara atradimas, nurodant galimą vaidmenį B-sąlygomis. Swanson literatūros pagrindu atradimas ne tik lygina duomenis galimos sąveikos, bet taip pat suteikia galimybę stebėti didesnį foną už šių tiesioginių nuorodų ir yra neįkainojamas atradimas priemonė tyrėjų
nurodomoji dalis:. Dong W Liu Y zhu W Mou Klausimas Wang J Hu Y (2014) Modeliavimas Swanson literatūroje-Based atradimas: Anandamide gydymo slopina augimo skrandžio vėžio ląstelių in vitro parsisiųsti ir silico redaktorius: Valli de Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS Nacionalinio vėžio instituto, Italija Įstojo: sausio 12, 2014; Priėmė: Gegužės 25, 2014 m Paskelbta: Birželis 20, 2014 Visos teisės saugomos: © 2014 Dong et al., Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos Finansavimas:. Šis tyrimas buvo finansuojamas iš Kinijos Geriatrijos onkologijos draugija (onkologijos programą, suteikia CGOS-03-2013-1-1-00600). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja Įvadas sparti mokslo lėmė eksponentinio augimo mūsų bazėje. Vadinasi, tai yra labai sudėtinga medicinos tyrėjai gauti ir įtraukti aktualiausią, atnaujintą informaciją iš dienos tvanas paskelbta literatūroje. Pavyzdžiui, iš viso leidinių indeksuojami paieškos žodį 'skrandžio vėžio "išaugo daugiau nei 4 kartus 2012 m, palyginti su 1980 m Dažnai aktualiausia informacija yra linkęs būti pamiršta ar apleisti dabartinėmis studijų [1]. Be to, didėjant specializacijos mokslo ir technologijų srityse, didesniais iššūkiais egzistuoja keistis informacija tarpvalstybiniu funkciškai, kaip mokslinį supratimą vis labiau sutelkta, ir mažiau diversifikuotas. Tačiau prasmingas santykiai turi egzistuoti tarp skirtingų mokslinių tyrimų sričių. Todėl svarbesnis nustatyti ignoruojamas žinių, nei pati informacija augimo [2]. Swanson (1990) sukūrė ir įgyvendino romanas įrankis Mine esamą žinių bazę nepranešta arba underreported santykius ir prikelti anksčiau skelbtas, bet apleisti hipotezes, procesas žinomas kaip literatūros pagrindu atradimas [3]. Šio proceso funkcijos kaip sujungti 2 pažiūros nesusijusių išvadas būdu, kitaip šioje formoje: jei "A yra susijęs su B" ir "B yra susijęs su C", tada hipotezė, kad "A pažeidžia C" yra tvirtai pasiūlė [4 ]. Nors šis metodas nepateikia įtikinamų įrodymų, atradimas yra savaime labai naudinga atskleisti anksčiau nežinomų santykius [5]. Be to, ji gali padėti tyrėjams naudotis kontekstą ir mano žinių, kad galėtų kas nebus atidengta, naudojant tradicinius paiešką. Šiame tyrime mes atliko 2 pakopų metodą imituoti Swanson literatūros pagrindu atradimas metodiką 2 laukai biologinės mokslinės literatūros, kurios paprastai nėra bibliografiškai sujungti: skrandžio vėžys ir psichologija. Skrandžio vėžys yra vienas iš dažniausiai diagnozuota vėžio, antra pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirties visame pasaulyje, ir rimta visuomenės sveikatos problema [6]. Ankstesni tyrimai taip pat parodė, kad psichologinių veiksnių įvairovė gali turėti didelį poveikį fizinių ligų. Tačiau tarp skrandžio vėžio ir psichologijos santykiai anksčiau buvo ignoruojamos. Todėl šie 2 mokslinių tyrimų sritys buvo atrinktos su surasti pamirštą bendrą ryšį tikslo. 2-žingsnis atradimas procesas generuoja hipotezes apie ryšį tarp anandamide ir skrandžio vėžio koreliacijos ir pateikė galimą bendrą molekulinį tinklą, kuris gali tarpininkauti poveikį. tada hipotezė buvo tiriama eksperimentiškai. Anandamide buvo nustatyta, kad slopina augimą 4 skrandžio vėžio ląstelių linijų, įskaitant BGC823, SGC7901, AGS, ir N87. Tėkmės citometrijos duomenys parodė, kad Anandamide sukeltas G2 /M ląstelės ciklo arešto AGS ir N87 ląstelių buvimą. Be to, mes patvirtino, kad Anandamide gali veikti reguliuoti ląstelės ciklo susijusius genus, įskaitant CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, gauta iš uždaro atradimų proceso. Bendrai, šie duomenys rodo, kad Anandamide paveikia ląstelių ciklo paskirstymą skrandžio vėžio ląstelių reguliuojant B-terminai ląstelės ciklo reguliavimo, hipotezė, kuri buvo patvirtinta eksperimentiškai šiame tyrime, taip suteikiant tyrėjams pakaitinį nuomones dėl anandamide vaidmenį. Naudojant šį metodą, mes galėjome sėkmingai suvesti anksčiau paslėptą ryšį tarp 2 skirtingų sričių ir įtraukti į bendrą žinių bazę. Į MEDLINE duomenų bazės National Institutes of Health (NIH) -sponsored MEDLINE /PubMed duomenų bazėje yra nuorodos į paskelbtus daugiau nei 5500 pirmaujančių žurnalų straipsnių. Norėdami įsigyti labiausiai pilną seriją straipsnių "skrandžio vėžiu," visa apimančio serijos paieškos stygos (navikas, skrandžio arba skrandžio navikas ar navikų, skrandžio ar navikai; Skrandžio ar skrandžio navikai ar skrandžio navikai ar navikai; Skrandžio ar vėžys skrandžio ar skrandžio adenokarcinoma ar skrandžio vėžys ar nuo vėžio; skrandžio ar vėžio, skrandžio ar vėžys, skrandžio arba skrandžio vėžio ar Vėžys; skrandžio ar vėžio ir skrandžio arba skrandžio vėžio ir skrandžio navikų) buvo naudojama išgauti atitinkamus straipsnius. Ši paieška Gauta 86,536 įrašus (atvertas spalio 27, 2011), kurioje dalyvavo visos įvestus į šią duomenų bazę leidinius. Be to, įsigyti labiausiai pilną seriją straipsnių "psichologija", įtrauki serijos paieškos stygos (psichologijos ar šalutinį poveikį; Psichologinė ar psichologinių šalutinis poveikis arba Psichologinė šalutinis poveikis arba šalutinis poveikis; Psichologinė ar Psichosocialiniai veiksniai ar veiksnio; Psichosocialinė ar veiksniai; Psichosocialinė arba Psichosocialinė koeficientas arba psichologiniai veiksniai arba veiksniai; Psichologiniai ar veiksnio ir psichologinio ar psichologinis veiksnys arba Psichologai ar psichologą) Gauta 911,793 įrašus. Visi šie leidiniai saugomi Medline formatu rinkti Medicinos teminiuose (mesh) sąlygas. tinklelis kontroliuojamas žodynas tezauras Nacionalinės medicinos bibliotekos. MeSH sudaro rinkinių požiūriu vadinamas aprašai, kurie yra išdėstyti abiejose raidžių ir hierarchinių struktūrų, todėl Mesh terminai gali nustatyti pagrindinis dėmesys paskelbimo, ir gali būti naudojamas su indeksu MEDLINE įrašų. Šiame tyrime, šie aprašai buvo filtruojamas naudojant Mesh stoplist iš 5,569 aprašais būdingą dalykinių sričių, šio tyrimo. stoplist yra žodžių sąrašas, kuris turėtų būti atmesti, arba nes jie yra per plati ar yra prasmės, nes tikslus paiešką. Stoplists gali būti tiek, kiek kelių šimtų funkcinių žodžių, kurie netaikomi orientuotas. Šiame tyrime, ilgas stoplist iš 5,569 žodžių buvo sudarytas filtruoti Mesh sąlygas. Naudojant MeSH kategorijas, kurias teikia Medline duomenų bazėje ir tyrėjų nuožiūra, mes parengė sąrašus Stop sąlygomis, su aukščiausio lygio MeSH kategorijas rodomų 1 lentelėje Išsami informacija tinklinio audeklo akies kategorijas galima rasti adresu http: //www.nlm.nih .gov /akių /2012 /mesh_bro-wser /MeSHtree.Dhtml. Atidaryti atradimas procesas atvira atradimas procesas prasideda mokslinės problemos ir hipotezės kartos. Šiame tyrime, skrandžio vėžiui ir psichologijos srityse buvo atrinkti ieškoti paslėptų santykius. Mes paimti leidinius, susijusius su skrandžio vėžiu ir psichologijos kaip aprašyta anksčiau. Be to, Mesh profilis buvo pastatytas pradėti A arba B temą. Mes pastatytas temą profilius, nustatant atitinkamą poaibį būdingų terminų iš teksto atrankos. Terminai buvo paimti iš dokumentų ir įvertinti jų santykinę svarbą aprašų tema. Šiame tyrime, mūsų profiliai svertinis vektoriai, kurių tinklo akies sąlygomis, kaip parodyta žemiau teminis X i: Rīga, (1) kur m J atstovauja Mesh terminą, W i j atstovauja savo svorio, su n sąlygomis iš viso Mesh žodyno [7]. Po a ir B temos buvo pastatyti, galutinis derinys-C aprašymą-buvo pastatytas naudojant Java applet, kad mes sukurta. Taikydami šią procedūrą, terminai, nurodyti A ir B abu profilius buvo pašalintas kartu su terminais, kurie buvo tik pateikti į profilį. Galiausiai Mesh terminai, kurie buvo pateikti tik B profilio ir retai atsirado profilio buvo pasirinktos ir vadinamas C profilį. Į C profilį Taisyklės parodė glaudžius ryšius su tema B ir nedaug arba jų nėra nuorodų į temą A. Kitaip tariant, šios sąvokos liko glaudžiai susijęs su "psichologijos", bet retai pranešė kartu su "skrandžio vėžio." Tačiau, anksčiau nedeklaruota gali egzistuoti ryšys, kuris gali būti atidengta naudojant Tolesnė procedūra uždaras atradimas procesas uždara atradimas procesas buvo atliekamas naudojant žiniatinklio modelį Arrowsmith ( "http:. //arrowsmith.psych. uic.edu/arrowsmith_uic/index.html; Ilinojaus universitetas, Čikaga, departamento psichiatrijos), kuri yra skirta padėti suprasti ir pripažinimo paslėptų jungčių tarp A ir C literatūra komponentų [8], [9]. Mes inicijavo uždarą atradimų procesą su pirmaisiais 2 Medline paieškos naudojant Arrowsmith apdorojimas: tema Profilis ieškoti ir C trukmės literatūros paiešką. Be to, Arrowsmith programa generuoja terminų, kurie gali būti rasti abiejų A ir C Literatūra paieškų pavadinimų sąrašą. Šie žodžiai buvo analizuojami generuoti B-list, naudojant trečiosios filtravimo žingsnį pagal: Galiausiai, mes generuoja mūsų sąrašą B sąvokas ir tada žiūrima atitinkamus AB ir BC literatūra paieškų. visų ląstelių linijas, naudojami šiame tyrime buvo skrandžio vėžio ląstelių linijos. Į N87 ir AGS ląstelių linijos buvo gauta iš amerikiečių tipas Kultūros kolekcijos (ATCC, Manassas, VA, USA). AGS ląstelių linija buvo kilęs iš fragmentų naviko rezekcijos iš paciento, kuris buvo 54-metų Kaukazo moterų ir negavo jokio gydymo būdas. N87 ląstelių linija buvo kilęs iš kepenų metastazės gerai diferencijuota skrandžio karcinoma baltaodis vyrų, kurių buvo imtasi prieš citotoksinį gydymą. AGS ir N87 ląstelės buvo auginamos Dulbecco modifikuota Eagle terpėje (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, Kalifornija, JAV), papildyta 10% vaisiaus galvijų serumo (FBS). Ląstelių linijų BGC823 ir SGC7901 buvo įkurta Kinijos. BGC823 ląstelių linija buvo įkurta 1984 metais per 60 ištraukų ląstelių kultūra 2 metų laikotarpiui nuo chirurginės egzempliorius skrandžio vėžiu, kuris buvo diagnozuotas kaip mažas diferencijuotai adenokarcinoma. SGC7901 ląstelių linija buvo įkurta 1979 metais ir kilęs iš limfinės metastazių skrandžio adenokarcinoma 56-erių metų Kinijos moterų. Į BGC823and SGC7901 ląstelės buvo auginamos Dulbecco modifikuota Eagle terpėje (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, JAV), papildyta 5% vaisiaus galvijų serumo (FBS); Visi mobilieji linijos buvo palaikoma 37 ° C 5% CO 2. AGS ir N87 ląsteles (1 × 10 5) buvo nuolat surenkamos tripsinu po gydymo su anandamide (Sigma, A0580), nuplauti PBS, ir fiksuoto šaltame 75% etanolio, esant 4 ° C temperatūroje per naktį. Po nudažant propidiumo jodido (PI) tirpalu 30 min, ląstelės ciklo analizė buvo atliekama fluorescencinė aktyvuota ląstelių rūšiavimo (FACS) nustatyti procentą ir platinimą ląstelių G1, S ir G2 /M fazėse. aptikimo fosfatidilserinas išorės, tripsinizuojamos ląstelės buvo dukart tamsintas su fluoresceino izotiocijanato (FITC) konjuguoto aneksinu (20 mikrogramų /ml) ir VšĮ (50 mikrogramų /ml) pagal gamintojo protokolu (Biosea; Nelson, Naujoji Zelandija ). Dešimt tūkstančių ląstelės buvo renkami ir analizuojami FACSorter ir ląstelės ciklo profiliai buvo analizuojami naudojant Mobilusis Quest programinę įrangą (Becton Dickinson-Franklin Lakes, NJ, JAV). BGC823, SGC7901, AGS, ir N87 ląstelės buvo padengtą į 96-šulinėlių auginimo plokščių ir inkubuojami su anandamide esant skirtingoms koncentracijoms, o po to 3- (4,5-dimetiltiazol-2-il) -2,5-d-iphenyltetrazolium bromidas (MTT) 24, 48, 72, ir 96 h. Po to, kai 4-h inkubacijos 37 ° C temperatūroje 5% CO 2, 200 pL dimetilsulfoksido (DMSO) buvo įtraukta į soliubilizuotų formazano. Absorbcija esant 570 nm buvo nustatoma naudojant microplate skaitytuvą. (Bio-Rad Laboratories "; Hercules, CA, JAV) Genų ekspresijos analizė 2 skirtingi RT2 Profiler PGR matricos (SA biomokslai , QIAGEN) buvo naudojami analizuoti raiškos lygį 84 genų, dalyvaujančių reguliuojant ląstelių ciklo (žmogaus ląstelės ciklo masyvo, PAH-020) į AGS ląstelių gydomiems anandamide ar transporto priemonės. Ląstelės buvo nuimami 24h po Anandamide gydymo ir RNR buvo gavyba naudojant RNeasy Plus rinkinį (QIAGEN). Sintetinis kDNR buvo naudojamas kaip šabloną atlikti kiekybinis polimerazės grandininės reakcijos (PCR) analizę. RT2 Profiler PGR Array duomenų analizės programinė įranga (v3.5) buvo naudojamas PGR masyvo duomenų analizė. Mes pasirinkome GAPDH ir ACTB kaip nuoroda genuose. Genai su išraiškos kartų pokyčius tarp mėginių didesnis kaip 2 yra pasirinktas kaip diferencialinių genuose. Baltymų Lizatai atskirti 12% tri-glicino poliakrilamido gelyje ir perkelti į polivinilidenfluorido ( PVDF) membranos ( "GE Healthcare"; Mažasis Chalfontas, Jungtinė Karalystė). Membranos buvo inkubuojami su pele monokloniniai antikūnai prieš žmogaus Chk1 p-Chk1 (Abcam, Kembridžas, Jungtinė Karalystė), Cdc25A, CyclinB1 (Santa Krusas Biotechnologijos, Santa Krusas, Kalifornija, JAV), po krienų peroksidazės (HRP) žymėto ožkų kovos -mouse IgG (PTGLab; Chicago, IL, JAV). β-aktino (Sigma cheminių medžiagų; St. Louis, MO, JAV) buvo naudojamas kaip baltymų krovimo valdymu. HRP konjuguota buvo nustatomas pagal chemioluminescence ECL komplektas (Amersham) ir autofluorography. Baltymų intensyvumas buvo įvertintas naudojant LANE 1D Analyzer programinę įrangą ( "Sage kūrimas, Pekinas, Kinija). Stjudento t-testas buvo naudojamas analizuoti skirtumo reikšmę tarp dviejų grupių duomenys. P . ≪ Rezultatai įsigijimas kurių tinklinio audeklo akių sąlygomis skrandžio vėžio ir psichologijos atvirame atradimų proceso, pirmas žingsnis buvo išgauti Mesh sąlygas iš literatūros paieškų. Mes sukurtas 12,001 MeSH terminus (Profilis a) Taikant už tekstą "skrandžio vėžio." Šie tinklų sąlygas, susijusius aspektus skrandžio vėžio, kuris apima diagnozavimą, gydymą, vaistus, išlikimą, vėžio stadijos, ląstelių funkciją, genus, proteinus, ir kai cheminių medžiagų kaip esterių. Mes sukurtas 9,635 MeSH terminus (Profilis b) Naudojant už "psichologija" text, kurie yra glaudžiai susiję su socialine aplinka, elgesys, asmenybė, jausmai, rūšių ligų, gydymą, vaistų, cheminių medžiagų ir tt dešimt Mesh sąlygas iš kiekviena tema yra rodomas lentelėje 2. Discovery anandamide C profiliu (BA) Naudojant minėtą Java programėlė, mes pašalintas terminai, įtraukti į profilį iš B profilio, paliekant tik terminai, esančių B profilio, bet niekada jo nesimatytų profilį. Šis naujas rinkinys buvo įvardyta kaip "C profilio." Terminai C profilyje buvo pranešta, kad turi daugiau nei 1 santykius su psichologija, bet nedaug arba jų nėra leidiniai vienu nuorodos tiek psichologijos ir skrandžio vėžio. Tačiau anksčiau nepranešama ryšiai gali egzistuoti, kad nebuvo aptikta arba buvo ignoruojami. Jei toliau tirti galimą ryšį tarp šių sričių, mes suskirstyti į C profilį Taisyklės į 6 kategorijas, įskaitant elgsenos, vargonams ir audinio, nuotaikas, ligos, vaistai ir cheminių medžiagų, ir kiti. Kiekviena sąvoka turėjo savo dažnį; terminai, turintys aukštesnius dažnius ir reprezentatyvumą rodomi 3 lentelėje Galiausiai, mes išrinkome 1 terminą nuo narkotikų ir cheminės medžiagos kategorija, anandamide, tolesnei analizei. Už mūsų parinkimo motyvai yra apibendrinti toliau: Nors buvo rasta keletas tyrimų nagrinėjant tiek anandamide ir skrandžio vėžys kartu [10], [11], mūsų darbas prisikėlimo dėmesys analizuojant būdus ar priemones, kurios gali būti nežinoma. Prognozė santykių Anandamide ir skrandžio vėžys Mūsų hipotezė dėl Anandamide ir skrandžio vėžio buvo patikrinta per uždarą atradimų proceso. Šis procesas buvo atliekamas naudojant žiniatinklio modelį Arrowsmith; pradedant nuo skrandžio vėžio (A) ir anandamide medžiagos (C) ligos, mes ieškoti bendrų tarpinio produkto B-sąlygomis. B-pateikto sąrašo pavadinimas žodžiai ir frazės (sąlygos), kad atsirado tiek A ir C literatūroje. Kaip tapo labiau paplitęs rastos tarp A ir C keliai, padidėjo tikėtiną pagrįstumą mūsų hipotezę. Po būtinus minėtų filtrų žingsnius, 446 terminai buvo pateikti dėl dabartinės B sąrašą, užėmė pagal prognozuojamą reikšmę. Be to, mes apribojo šias sąlygas semantinių kategorijų genų & Molekuliniai sekas ir Genų & Baltymų Vardai ir surinkti tikslinių genų, dalyvaujančių įvairių signalinių kelių, įskaitant ląstelių ciklo, apoptozės, uždegimas ir tt (4 lentelė). Kartu yra kelias tinklas buvo pastatytas rodyti bendrą molekulinė reguliavimo tinklą tarp skrandžio vėžio ir Anandamide veiksmų. Kaip matyti 1 paveiksle, šie genai eksponuojami aukštos priklausomybę, nurodydamas reguliavimo ryšius tarp jų. Toliau nagrinėti šių tikslinių genų galiojimą, keletas baltymų /genai buvo pasirinktos kaip pavyzdžiai, kad patikrintų jų ryšį su skrandžio vėžio ar anandamide per Arrowsmith sistema. Ir, kaip parodyta 5 lentelėje pateikta kritinių genų grupė dalyvauja keliomis trasomis, kurios yra susietos tiek skrandžio vėžio ir į anandamide. Visi šie įkalčiais reiškė potencialiai paslėptą ryšį tarp anandamide ir skrandžio vėžio, kuris buvo vertas tolesnio tyrimo. Anandamide, kaip narys Endokanabinoidinė šeima, taip pat žinomas kaip N Jei ištirti anandamide poveikį skrandžio vėžio ląstelių proliferaciją, BGC823, SGC7901, AGS, ir N87 buvo gydomi didėjančių koncentracijų sintetinis Anandamide. Vėliau, šių ląstelių linijų proliferacija aptikti MTT. Rezultatai parodė, kad Anandamide stipriai sumažino platinimo tarifus šių 4 skrandžio vėžio ląstelių linijų dozės priklausomu būdu, statistiškai reikšmingai sumažėjo (, p < 0,01 Anandamide sumažino augimo gebėjimas AGS ir N87 ląstelių, o tai turėjo mažai įtakos apoptozę AGS ir N87 ląstelių (pav 2D). Todėl turi būti ir kitų priežasčių, dėl kurių į sumažėjusią proliferaciją. Jei toliau nagrinėti, ar augimo slopinimas charakteristikas anandamide, The ląstelės ciklo fazė buvo aptiktas tėkmės citometrijos. AGS ir N87 ląstelės tuo laikotarpiu logaritminis augimo buvo inkubuojami su 10 mikromolių anandamide arba etanolis tirpiklio 24 h, tada sustojo G2 fazėje ląstelės ciklo (3a pav ir 3B). Ištirti anandamide poveikį ląstelių ciklo progresavimo išsamiau, AGS ir N87 ląstelės buvo sinchronizuojami G1 fazės koncentracija serume bado. Ląstelės ciklo buvo analizuojami, kai ląstelės buvo paleistas iš šio blokados su visiškai terpėje buvimo ar nebuvimo anandamide. Ląstelės gydomiems etanolio tirpiklyje vietoj anandamide buvo naudojamas kaip kontrolės. Kaip matyti iš Fig.3C, AGS ląstelės buvo sinchronizuoti su daugiau nei 70% G1 fazės DNR kiekį po to, kai jie buvo auginami kultūros laisvos serumo. Iki 6 val, apie 46% kontrolinių ląstelių buvo G1 fazės ir 12 h, dauguma (57,45%) buvo S fazėje. Tarp 12 ir 24 h, ląstelės buvo G2 /M etapo ir buvo atlikta greitai mitozė, ir 24 h, jie įrašytas kitą ląstelių ciklo. Tačiau, kai ląstelės buvo gydomi anandamide po išleidimo iš G1 fazėje 33.47% iš paveiktų ląstelių buvo suimtas G2 /M etapą iki 24h, ir parodė atidėtas patekti į kitą ląstelės ciklo. Panaši tendencija buvo pastebėta N87 ląstelių (3D pav.) Kartu paėmus, šie rezultatai rodo, kad Anandamide gydymas sukėlė G2 /M suėmimą pastebėtas AGS ir N87 ląsteles. Siekiant išanalizuoti molekulinius mechanizmus, atsakingus už padidėjo ląstelės ciklo areštas sukelia anandamide, mes panaudojome 2 skirtingus RT2 Profiler PGR matricos (SA "biomokslų, QIAGEN) nustatyti raiškos lygius genų, dalyvaujančių ląstelių ciklo reguliavimu. Genai su išraiškos kartų pokyčius tarp gydytų anandamide ir transporto ląstelių didesnis nei 2 buvo atrinkti kaip diferencialinių genuose. Rezultatai parodė, kad AGS ląstelės gydomi anandamide 24 h rodomas bendrą padidėjimą G2 išraiškos /M arešto susiję genai įskaitant GADD45 ir p21 WAF ir akivaizdus sumažėjimas G2 ląstelės ciklo reguliavimo, įskaitant CHEK1, CHEK2, CDC25, CCNA2, CCNB1, CDKN1A, CDKN2A ir tt (4A pav.) Toliau tirti, ar Anandamide sukelia ląstelių ciklo areštus G2 /M kontrolės punkto kontrolės, mes atlikome Vakarų dėmė analizė AGS ląstelių po Anandamide gydymo 24h. Ląstelės gydomiems etanolio tirpiklyje vietoj anandamide buvo naudojamas kaip kontrolės. Kaip nurodyta 4B paveiksle, ir 4C, Anandamide sukėlė iš Chk1 fosforilinimo padidėjimas ir sumažėjimas ekspresijos lygį cikloniniai B1 ir Cdc25A palyginti su kontrolinės ląstelių pastabas. Šie duomenys rodo, kad Anandamide gydymas lėmė padidėjęs aktyvumas ne G2 /M kontrolės punktuose. Naudojant Swanson literatūros pagrindu atradimas metodiką, tyrėjai gali nustatyti naujus santykius tarp, atrodytų, nesusijusių sričių, ir prikelti anksčiau nepaskelbta, bet apleisti hipotezės [15]. Šioje studijoje, mes imituoti Swanson literatūros pagrindu atradimas metodiką 2 sričių medicinos mokslo literatūroje, kurie nebuvo bibliografiškai sujungti: skrandžio vėžio ir psichologija. Po 2 pakopų atradimų proceso, Anandamide buvo pasirinktas ir prognozuojama, kad būti susijęs su skrandžio vėžiu. Kitas potencialus ryšys tarp skrandžio vėžio ir anandamide buvo patvirtinta tolesnės eksperimentams. Taigi, mes sėkmingai sumodeliuoti literatūra pagrindu atradimus, nes hipotezės sukurtas naujoviškas santykius, kad buvo įrodyta, kad būti patikimas. Skrandžio vėžys yra daugiaveiksnė liga, su atsižvelgdamas buvo pranešta apie daug priežastinių kintamųjų, įskaitant H , pylori biologinių tyrėjų, išlaikyti up-to-date su dabartine paskelbtų mokslinių tyrimų yra svarbi sudedamoji dalis bet kurios tyrėjo darbo aprašymas, ir beveik kiekvienas paskelbtas straipsnis yra galimybė rasti naujų ryšių tarp narkotikų ir ligos. Tačiau dabartinė apimtis turimą biologijos mokslo yra milžiniškas. Naudojant informuotam tradicinės paieškoje, tyrėjai gali stebėti ribotas ryšius narkotikų /molekulės ir ligos, tačiau gali neatpažinti didesnį aplinką per kurią santykiai veikti, nei nustatyti kitas galimas santykius per tą aplinką. Todėl, informatika ir paieška yra labai naudingi įrankiai biologinių mokslininkai. Swanson literatūros pagrindu atradimas yra sutelktas atgaivinti anksčiau paskelbta, bet apleisti hipotezes. Jei tiesioginis ryšys, kad, atrodo, būti apleisti aptinkamas, tada prisikėlimo darbas pasirodo analizuoti kelius ar mechanizmus, kurie gali būti nežinoma. Kitaip tariant, Swanson literatūroje pagrindu atradimas metodika ne tik šachtos duomenys galimos sąveikos tarp ligos ir ligos, ligų ir narkotikų, arba ligos ir molekulės, bet taip pat suteikia mums su potencialą stebėti didesnį foną už šių tiesioginių nuorodų, kaip ir molekulinė kelias tinklas mūsų tyrime rodo galimą ryšį tarp skrandžio vėžio ir anandamide veiksmų. Iki analizuoti duomenis šiame kontekste mes gauti sąveiką ir tarp, atrodytų, nesusijusių temų ir jų klinikinę svarbą ir reikšmę mechanizmus. Todėl Swanson s literatūros pagrindu atradimas yra veiksminga priemonė siekti prijungtą turimas žinias iš empirinių rezultatų nušviečiantis santykius, kurie yra padariusiu ir dar "apleistų" (Markas Weeber, 2001). Mes taip pat susidūrė su kai kurie atradimų proceso iššūkiai. Viena problema buvo su Mesh sąlygomis, save, ir papildoma apžiūra buvo reikalaujama tokią gavybą naudojant mūsų užsakymą Java programėlė. Vykdant atvirą atradimų proceso, mes dažnai nesugeba atpažinti santrumpas, kurios gali atstovauti skirtingus žodžius, todėl mes jas ignoravo, nepaisant jų galimo svarbą. Be to, kai kurie iš surinktų požiūriu buvo pagalbiniai žodžiai, todėl atleidimo iš darbo. Be to, buvo atvejų, kai sinonimai pradžių buvo skaičiuojami atskirai, nes jų rašybos, ir šie kartojamos turėjo būti išspręstas rankiniu būdu. Nepaisant šių problemų, literatūros pagrindu atradimas metodika padidėjimas aiškiai pristato pranašumą atrasti naujus santykius iš įvairių sričių mokslinių tyrimų procesą. Swanson iš pradžių sukūrė literatūros pagrindu atradimas metodiką ir buvo patobulinti šį procesą 30 metų su padėti tyrėjams atrasti nežinoma ar neatpažintus ryšius tarp tyrimų tikslas; problema, kad išliko menkai suprantama iki šiol. Naudojant šį atradimą metodiką, mes nustatėme galimą sąveiką anandamide ir skrandžio vėžio, kuris buvo giliai palaidotas didžiulius kiekius turimus duomenis, ir kurios jau patikimai patvirtinta eksperimentais.
. PLoS ONE 9 (6): e100436. Doi: 10,1371 /journal.pone.0100436
Metodai ir medžiagos
straipsniai
Mesh terminai
Stoplists
Mobilusis kultūra
tėkmės citometrijos analizė ląstelių ciklo būseną ir apoptozė
MTT
Vakarų dėmė analizė
Statistinė analizė
0,05 buvo laikomas statistiškai reikšmingas
aptikimas į anandamide poveikį skrandžio vėžio ląstelių
-arachidonoylethanolamine arba ARA, buvo parodyta, kad suaktyvintumėte 2 skirtingus G baltymu sujungtas receptorius kanabinoidinius, kanabonoidinius receptorių tipo 1 (CB1) ir kanabonoidinių receptorių tipo 2 (CB2) [ ,,,0],12]. Anandamide yra sintetinamas iš N-arachidonoyl fosfatidiletanolamino (sprando) ir jos degradacija pirmiausia katalizuoja riebalų rūgštis amido hidrolizės (FAAH) fermento, kuris taip pat katalizuoja pasroviui konversija anandamide į etanolamine ir arachidono rūgšties. Iš anandamide struktūra apima funkcines grupes amidų, esterių, ir eterius ilgos grandinės polinesočiųjų riebalų rūgščių [13]. Šie junginiai eksponatas "cannabimimetic veikla"; Kitaip tariant, jie veikia kaip "D-9-tetrahidrokanabinolio (THC) Mimikrijos", veiklioji medžiaga kanapių. Į Anandamide struktūra akcijos kritinių pharmacophores su THC [14] (2A pav.)
) 100 mikromolių. Be to, AGS ir N87 ląstelių linijas demonstravo jautresnis ir dramatiškas sumažėjimas ( P < 0,01
), net 50 mikromolių koncentracija (2b pav.) Be to, mes išnagrinėjo anandamide poveikį mažesnėmis koncentracijomis apie ląstelių proliferaciją skrandžio vėžio ląsteles. Kaip parodyta 2C dydis, didelis, priklauso nuo dozės sumažėjimas ( P < 0,01
) daugėja AGS ir N87 ląstelių buvo pastebėtas su slopinimu. Tačiau Anandamide mažesnėmis koncentracijomis gaminama mažai įtakos BGC823 ir SGC7901 ląstelių linijas (duomenys neparodyti). Todėl, AGS ir N87 ląstelių linijos buvo jautresni anandamide nei BGC823 ir SGC7901 ląstelių linijų.
poveikis Anandamide gydymą ląstelių ciklo paskirstymo skrandžio vėžio ląstelių
poveikis anandamide apie ląstelių ciklo reguliavimo
Diskusijos
, aukštos natrio dietos, gerti, ir rūkyti [16]. Ankstesni tyrimai mūsų laboratorijoje specializuojasi skrandžio vėžio; Todėl šio tyrimo tikslas buvo rasti naujų žinių skrandžio vėžio mokslinių tyrimų srityje. Šis požiūris, naudojant Swanson literatūros pagrindu atradimą, paskatino anandamide identifikavimo, A endocannabinoids narys. Anandamide buvo pranešta eksponuoti kovos su ginklų platinimu savybes gydant tam tikrų rūšių vėžio, įskaitant neuroblastoma, prostatos karcinoma ir melanomos [17] - [20]. Mayato [21] taip pat pranešė tyrimus anandamide skrandžio vėžio. Jie tyrė slopinamąjį poveikį anandamide skrandžio vėžio ląsteles ir patikslino anandamide funkciją, siekiant pagerinti citotoksinis efektas paklitakselio ir jų išvadas dėl anandamide poveikį ląstelių augimą atitinka šio tyrimo rezultatai. Tačiau kai kurie genai (CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, CCNB1 ir tt) iš B kalbant apie glaudų atradimas buvo ląstelės ciklo reguliavimo, o tai rodo, kad Anandamide gali būti susiję su ląstelės ciklo skrandžio vėžio. Kaip ir tikėtasi, realaus laiko PGR ir Vakarų dėmė tyrimai nustatė, kad tų ląstelių ciklo reguliavimo išraiška buvo gerokai pakeistos po Anandamide gydymą. Tėkmės citometrijos tyrimai dar kartą patvirtino, kad Anandamide sukeltas G2 /M ląstelės ciklo areštas skrandžio vėžio ląsteles aktyviai G2 /M kontrolės punktuose. Tai reiškia, kad pirmą kartą, kad ląstelės ciklo perskirstymas buvo aptikti skrandžio vėžio ląstelių po to, kai gydomas su anandamide tiesiogiai ir atskirai. Be to, rezultatai parodė, kad B-terminai potencialiai gali veikti tarpininkauti tarp ligos ir atradimo tikslų vykdymo įtaisai.
Žmogaus mikrobiomas apipjauna gleivinius glikanus,
turintys įtakos SARS-CoV-2 infekcijai Tarptautinė mokslininkų komanda atliko tyrimą, kuris parodė, kad žmogaus mikrobiomos skirtumai gali turėti įtakos sunkaus ūminio kvėpavimo sindromo koronaviruso 2
Svarbiausi dalykai ir pagrindiniai dalykai iš 2019 m. Bostono bakterijų susitikimo (BBM)
Bostono bakterijų susitikimas (BBM) yra kasmetinė konferencija, į kurią susirenka bakteriologijos ekspertai iš Bostono apylinkių ir viso pasaulio. Jo 25 tūkst iteracija įvyko birželio 6 d tūkst ir
Genetiškai keičiamos žarnyno bakterijos sumažina gaubtinės ir tiesiosios žarnos vėžio riziką pelėms
Mokslininkai nustatė, kad pelių žarnyne esančių bakterijų genų redagavimas gali padėti sumažinti uždegimą ir susijusią kolorektalinio vėžio riziką. UT Pietvakarių mokslininkų tyrimas šią savaitę buvo
