Swanson v literatúre založené na objav zameranie na oživenie zablokovaný, ale zanedbané znalosti. V tejto štúdii, navrhujeme dvojstupňový model procesu získavania a tvoriť hypotézu medzi andamidov a rakoviny žalúdka. Ďalej je možné vzťah bol potvrdený nadväzujúce experimentovanie. Liečba anandamid následok bunkového cyklu redistribúciu buniek karcinómu žalúdka. A čo je najdôležitejšie, variácia bunkového cyklu bola sprostredkovaná niektoré gény z B, pokiaľ ide o uzavreté objave, čo naznačuje potenciálnu úlohu B-podmienok. Swanson v literatúre založené na objav zhromažďuje nielen údaje o možných interakciách, ale tiež poskytuje možnosť pozorovať väčšiu pozadie za týchto priamych väzieb a je neoceniteľný objav nástroj pre vyšetrovateľov
Citácia :. Dong W, Liu Y, zhu W, Moju Q, J Wang Hu Y (2014) Simulácia literatúra-Based Discovery Swanson je: Anandamid Liečba inhibuje rast žalúdočnej nádorových buniek in vitro stroje a in silico Editor: Valli De Re, Centro di riferimento Oncologico, IRCCS National Cancer Institute, Taliansko prijatá: 12. januára 2014; Prijaté: 25. mája 2014; Uverejnené: 20.júna 2014 Copyright: © 2014 Dong et al. Toto je článok o otvorený prístup distribuovaný pod podmienkami Creative Commons Attribution licencie, ktorá umožňuje neobmedzené použitie, distribúciu a reprodukciu v nejakom médiu, za predpokladu, že pôvodný autor a zdroj sú pripísané Financovanie :. Táto štúdia bola financovaná z čínskeho Geriatrické Oncology Society (onkologického programu, udelí CGOS-03-2013-1-1-00600). Platcovia mal žiadnu úlohu v dizajne štúdie, zber a analýzu dát, rozhodnutie publikovať, alebo prípravu rukopisu Konkurenčné záujmy: .. Autori vyhlásili, že žiadne konkurenčné záujmy neexistujú Úvod rýchly rozvoj vedy viedol k exponenciálnemu rastu v našej znalostnej databáze. V dôsledku toho, že je veľmi náročné pre lekárske vyšetrovatelia načítať a začleniť najdôležitejšie, aktualizované informácie z denného záplave publikovanej literatúry. Napríklad, celkový počet publikácií indexovaných 'rakoviny žalúdka "hľadaný výraz vzrástla o viac ako 4-krát v roku 2012 v porovnaní s 1980. Často je najviac relevantné informácie majú tendenciu byť prehliadaná alebo zanedbaná v bežných štúdiách [1]. Navyše, s rastúcou špecializáciu v oblastiach vedy a techniky, existujú väčšie problémy pri podávaní informácií naprieč funkčne, vo vedeckom skúmaní sa stáva cielenejšie a menej diverzifikované. Avšak, zmysluplný vzťah musí existovať medzi rôznymi oblasťami výskumu. Preto je dôležité určiť ignorované znalosti než nárast informácií ako takého [2]. Swanson (1990) vyvinula a implementovala nový nástroj pre baňa existujúce vedomostnú základňu pre nenahlásených a underreported vzťahov, a vzkriesiť zablokovaný ale zanedbané hypotézy, proces známy ako literatúra založená na objave [3]. Tento proces funguje ako spôsob pripojenia 2 zdanlivo nesúvisiace zistenie, v tejto podobe nie je uvedené inak: Ak je "A súvisí s B" a "B súvisí s C", potom je hypotéza, že "spôsobuje C" je silne navrhol [4 ]. Aj keď tento prístup neposkytuje nezvratný dôkaz, objav je sám o sebe veľmi užitočné pri odhaľovaní skôr neznáme vzťahy [5]. Ďalej môže pomôcť vyšetrovateľom prístup kontext a moje vedomosti, ktoré nemusia byť odhalený pomocou tradičného vyhľadávania. V tejto štúdii sme vykonali 2-krok prístup k simulácii Swanson literatúre založené na zisťovanie metodiku 2 oblasti biologické odbornej literatúry, ktoré nie sú normálne bibliograficky pripojený: rakovina žalúdka a psychológie. Karcinómu žalúdka je jedným z najčastejšie diagnostikovaných nádorov, druhou najčastejšou príčinou úmrtí na nádorové ochorenie na celom svete, a závažný problém verejného zdravotníctva [6]. Doterajší výskum tiež preukázal, že rôzne psychologické faktory môžu mať značný vplyv na fyzikálne ochorenia. Avšak, už skôr bol zanedbávaný vzťah medzi rakovinou žalúdka a psychológie. Preto sa tieto 2 oblastí výskumu boli vybrané s cieľom nájsť zanedbané spoločné pripojenie. Proces zisťovania 2-step vytvorila hypotézu o koreláciu medzi Anandamid a rakovinou žalúdka a za predpokladu možnú spoločnú molekulárnej sieť, ktorá môže sprostredkovať účinky. Hypotéza bola potom skúmaná experimentálne. Bolo zistené, anandamid k inhibíciu rastu v 4 žalúdočných nádorových bunkových línií, vrátane BGC823, SGC7901, AGS, a N87. Prietoková cytometria dáta ukázali, že prítomnosť anandamid indukované G2 /M bunkového cyklu zastaviť v AGS a N87 buniek. Ďalej sme potvrdili, že anandamid môže pôsobiť na reguláciu bunkového cyklu spojené gény, vrátane CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, získané z uzavretého procesu zisťovania. Súhrnne tieto dáta ukazujú, že anandamid vplyv na distribúciu bunkového cyklu nádorových buniek žalúdka regulovaním regulátory cyklu B-buniek, termíny hypotézu, že bola overená experimentálne v tejto štúdii, čím vyšetrovateľom alternatívny pohľad, pokiaľ ide o úlohu andamidov. Použitie tohto prístupu, sme boli schopní úspešne dokopy skôr skryté vzťahy medzi 2 rôznorodých oblastiach a pridajte do celkového základu vedomostí. Články v MEDLINE databázy National Institutes of Health (NIH) -sponsored MEDLINE /PubMed databáza obsahuje odkazy na články publikované vo viac ako 5500 popredných časopisoch. Ak chcete získať čo najúplnejšie sériu článkov o "rakoviny žalúdka," inkluzívne radu vyhľadávacích reťazcov (novotvaru žalúdka alebo žalúdočné nádorové nádory; žalúdka alebo nádory, žalúdka alebo žalúdočné nádory alebo žalúdočné novotvaru alebo novotvaru, žalúdka alebo rakovina žalúdka alebo karcinóm žalúdka alebo rakovina žalúdka alebo rakovina, žalúdka alebo rakoviny, žalúdka alebo rakovina žalúdka alebo rakovina žalúdka alebo rakovina, žalúdka alebo rakoviny a žalúdka alebo žalúdočné rakoviny žalúdka alebo nádory) bol použitý na získanie príslušných článkov. Toto hľadanie vyvolané 86,536 záznamy (prístupné z 27. októbra, 2011), ktorý zahŕňal všetky publikácie do tejto databázy. Okrem toho, získať čo najúplnejšie sériu článkov o "psychológiu", inkluzívne radu vyhľadávacích reťazcov (psychológia alebo vedľajšie účinky; Psychologické alebo psychické nežiaduce účinky alebo psychické nežiaduce účinky alebo nežiaduce účinky; psychologická alebo psychosociálne faktory alebo faktor; psychosociálne alebo faktory; psychosociálne alebo psychosociálne faktor alebo psychologické faktory alebo faktory; psychologické alebo faktor, a psychologické alebo psychologický faktor alebo psychológovia alebo psychológa) vyvolané 911,793 záznamy. Všetky tieto publikácie boli uložené vo formáte Medline pre zber Medical Subject Headings (mesh) termíny. Mesh je riadený slovník tezaurus z National Library of Medicine. MeSH sa skladá zo sady, pokiaľ ide zvané deskriptory, ktoré sú usporiadané v oboch abecedy a hierarchických štruktúr, a preto zhliadnutí môže identifikovať hlavné zameranie publikácie, a môže byť použitý na indexu Medline záznamov. V tejto štúdii sú tieto obsluhy sa filtrujú s použitím okami stoplist z 5,569 deskriptorov špecifické pre daný subjekt oblastí tejto štúdie. A stoplist je zoznam slov, ktorá by mala byť vylúčená, a to buď pretože sú príliš všeobecné alebo sú bezvýznamné ako ciele pre vyhľadávanie. Stoplists môže obsahovať až niekoľko sto funkčné slová, ktoré nie sú predmetom orientované. V tejto štúdii dlhá stoplist z 5,569 slov bol zostavený tak, aby filtrovať pozretie. Použitie MeSH kategórie poskytovanej databáz Medline a vyšetrovateľa rozsudku, sme zostavujú zoznamy stop-termínoch, so sieťkou kategórií najvyššej úrovne zobrazenej v tabuľke 1. Podrobné informácie o kategóriách mesh možno nájsť na adrese http: //www.nlm.nih gov /sieťovina /2012 /mesh_bro-wser /MeSHtree.Dhtml. Otvoriť proces zisťovania otvorená objav proces začína s vedeckým problémom a generovanie hypotéz. V tejto štúdii bolo vybraných pole rakovinou žalúdka a psychológie na hľadanie skrytých vzťahov. vyvolané sme publikácie v súvislosti s rakovinou žalúdka a psychológie, ako bolo popísané skôr. Ďalej profil MeSH bol konštruovaný pre začatie tému A alebo B. konštruované sme tému profily identifikujúce príslušnú podmnožinu charakteristík, pokiaľ ide od výberu textu. Podmienky boli nadobudnuté z dokumentov a hodnotená ich relatívny význam ako deskriptory téme. V tejto štúdii, naše profily boli odvážené vektorov zo sieťoviny podmienok, ako je uvedené nižšie na tému X i: (1), kde m j predstavuje sieťkou termín, w I , j predstavuje svoju váhu, s celkovým počtom n podmienok v MeSH slovníku [7]. Potom, čo boli postavené témy a a B, záverečná kombinácia-C profil, bola postavená za použitia Java applet, že sme vyvinuté. V tomto postupe, výrazy, používané v oboch profiloch A a B boli odstránené, spolu s podmienkami, ktoré boli len prítomný v profile. Napokon, sieťka termíny, ktoré boli prítomné len v profile B a zriedka sa objavila v profile boli vybrané a zavolal profil C. Výrazy použité v C-profile ukázala úzke vzťahy s témou B a málo alebo žiadne odkazy na tému A. Inými slovami, tieto pojmy zostal úzko spojené s "psychológiu", ale boli hlásené zriedkavo spolu s "karcinómom žalúdka." Avšak, skôr neohlásený môžu existovať spoje, ktoré môžu byť odkryté pomocou ďalšieho postupu uzavretá proces zisťovania uzavretá objav proces bol vykonaný pomocou webového na báze modelu Arrowsmith (http :. //arrowsmith.psych. uic.edu/arrowsmith_uic/index.html, University of Illinois, Chicago, Psychiatrická klinika), ktorý je určený na pomoc pri pochopení a uznanie skrytých súvislostí medzi zložkami a a C Literatúra [8], [9]. Zahájili sme uzavretý proces zisťovania s prvými 2 Medline vyhľadávanie pomocou spracovania Arrowsmith: Pátranie tému profil a C termín literárne rešerše. Potom program Arrowsmith generovaný zoznam podmienok, ktoré by mohli byť nájdené v názvoch oboch A a C rešeršných. Tieto slová boli analyzované, aby generovať B-list, pomocou tretí krok filtrovania podľa: na záver generované sme náš zoznam B-konceptov a potom prezerať zodpovedajúce AB a BC rešeršných. Bunková kultúra bunkové línie použité v tejto štúdii boli všetci žalúdočné rakovina bunkové línie. Bunkové línie N87 a AGS boli získané z American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA, USA). bunková línia AGS bola odvodená z fragmentov nádoru resekované od pacienta, ktorý bol 54-ročná žena kaukazskej a nemal žiadne predchádzajúce terapiu. bunková línia N87 bol odvodený z pečeňové metastázy dobre diferencovaný karcinóm žalúdka kaukazskej muža odobratej pred cytotoxickej liečby. AGS a N87 bunky boli kultivované v Dulbeccova modifikovanom Eaglovho média (DMEM, Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), doplnenom sérom 10% fetálne bovinné (FBS). Bunkové línie BGC823 a SGC7901 boli založené v Číne. Bunková línia BGC823 bola založená v roku 1984 cez 60 pasážach bunkovej kultúre v období 2 rokov od chirurgického vzorky z pacienta s rakovinou žalúdka, ktorá bola diagnostikovaná ako nízku diferencovaný adenokarcinóm. SGC7901 bunkové línie bola založená v roku 1979 a odvodená z lymfatické metastázy adenokarcinóme žalúdka časti 56-ročný čínskej ženy. Tieto BGC823and SGC7901 Bunky boli kultivované v Eaglovho média Dulbecco (DMEM; Invitrogen, Carlsbad, CA, USA), doplnenom 5% fetálnym hovädzím sérom (FBS); Všetky bunkové línie boli udržiavané pri 37 ° C v 5% CO 2. AGS a N87 bunky (1 x 10 5) boli rutinne zozbierané štiepenie trypsínom po liečbe andamidov (Sigma, A0580), premyté PBS a fixované v chladnom 75% etanolu pri teplote 4 ° C cez noc. Po zafarbení roztoku propidium jodidu (PI) po dobu 30 minút, Analýza bunkového cyklu bola vykonaná pomocou fluorescencie aktivovanej triedenia buniek (FACS) na stanovenie percenta a distribúciu buniek v G1, S a G2 /M fázy. pre detekciu fosfatidylserínu externalizácie, Trypsinizované bunky boli dvojito zafarbené s fluorescein isothiokyanátem (FITC) konjugovaným annexin V (20 ug /ml) a PI (50 ug /ml), podľa protokolu výrobcu (Biosea, Nelson, New Zealand ). Desať tisíc buniek boli zhromaždené a analyzované pomocou FACSorter a profily bunkového cyklu sa analyzovali pomocou Cell Quest softvéru (Becton-Dickinson, Franklin Lakes, NJ, USA). BGC823, SGC7901, AGS, a N87 bunky boli umiestnené do 96-jamkových kultivačných doštičkách a inkubované s andamidov v rôznych koncentráciách, a následne 3- (4,5-dimetyl-thiazol-2-yl) -2,5-d-iphenyltetrazolium bromid (MTT) 24, 48, 72 a 96 hodín. Po 4 hodinách inkubácie pri 37 ° C v 5% CO 2, sa pridalo 200 ul dimetylsulfoxidu (DMSO), na rozpustenie formazánu. Absorbancia pri 570 nm bola určená za použitia čítačky mikrodoštičiek. (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA) profilovanie génovej expresie analýza 2 rôzne RT2 Profiler PCR poľa (SA Biosciences , QIAGEN) sa použili na analýzu hladín expresie 84 génov podieľajúcich sa na regulácii bunkového cyklu (pole Human bunkového cyklu, PAU-020), v AGS buniek ošetrených andamidov alebo vozidla. Bunky boli zozbierané 24 hodín po ošetrení anandamid a celková RNA bola extrakcia pomocou RNeasy Plus kit (Qiagen). Syntetický cDNA bola použitá ako templát pre vykonanie kvantitatívne polymerázová reťazová reakcia (PCR) analýzy. RT2 Profiler PCR analýzu softvér Array dát (v3.5) bol použitý pre analýzu dát pole PCR. Vybrali sme si GAPDH a ACTB ako referenčných génov. Gény s expresiou zložiť zmeny medzi vzorkami väčší ako 2, sú vybrané ako diferenciálnej génov. Proteínové lyzáty sa oddelí 12% Tris-glycínovom SDS-PAGE a prenesené na Polyvinylidénfluorid ( PVDF) membrány (GE Healthcare; Malý Chalfont, UK). Membrány boli inkubované s myšou monoklonálnou protilátkou proti ľudskému CHK1, p-CHK1 (abca, Cambridge, UK), CDC25A, CyclinB1 (Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA, USA), a následne chrenovou peroxidázou (HRP) značeného kozieho anti -mouse IgG (PTGLab; Chicago, IL, USA). β-aktínu (Sigma Chemicals, St. Louis, MO, USA) bol použitý ako kontrola proteín zaťaženie. Konjugát HRP bola detekovaná chemioluminescence ECL kitu (Amersham) a autofluorography. Intenzita proteín bola kvantifikovaná pomocou softvéru LANE 1D Analyzer (Sage Creation, Peking, Čína). t test bol použitý na analýzu významnosti rozdielu medzi dvoma skupinami údaje. P . ≪ Výsledky Získavanie Mesh podmienok pre rakovinou žalúdka a psychológie v otvorenom procese objavovania, prvým krokom bolo extrahovať prezretí z literatúry rešerší. sme generovali 12,001 prehratí (profil a) uplatnením text "rakoviny žalúdka." Tieto prezretí zapojené aspekty rakoviny žalúdka, ktoré zahŕňajú diagnózu, liečbu, lieky, prežitie, štádia rakoviny, funkcia buniek, génov, proteínov a niektoré chemické látky ako estery. sme generovali 9,635 zhliadnutí (profil B) použitím text "psychológiu", ktoré sú úzko súvisí so sociálnym prostredím, správanie, osobnosť, pocity, druhy ochorení, liečba, lieky, chemické látky, atď Prvých desať prezretí od každú tému sú uvedené v tabuľke 2. Objav Anandamid v profile C (BA) s použitím vyššie uvedenej Java applet, budeme eliminovať výrazy sa objavujú v profile z profilu B, opúšťať jediné výrazy, prítomné v profile B, ale nikdy sa objaví v profile. Tento nový súbor bol identifikovaný ako "C-profilu." Podmienky v C-profile boli hlásené mať viac ako 1 vzťah s psychológiou, ale len málo alebo vôbec žiadne publikácie súčasne odkazovanie na oba psychológie a rakovinu žalúdka. Avšak, predtým neohláseného spoje môžu existovať, ktoré neboli objavené, alebo boli ignorované. Ak chcete ďalej skúmať potenciálne vzťahy medzi týmito poľami, my klasifikovaný podmienky C-profilu do 6 kategórií, vrátane správania, organ a tkaniva, nálady, choroby, lieky a chemikálie, a ďalšie. Každý termín majúce svoje vlastné frekvenciu; výrazy majúce vyššie frekvencie a reprezentatívnosť sú uvedené v tabuľke 3. Nakoniec sme vybrali 1 termín z kategórie liečiv a chemických látok, Anandamid, pre ďalšie štúdium. Dôvody pre výber sú zhrnuté nižšie: Hoci niekoľko štúdií bolo zistené, skúma ako anandamid a rakovinu žalúdka spolu [10], [11], naša práca vzkriesenie sa zameriava na analýzu ciest alebo mechanizmy, ktoré by nemali byť známe. Predikcia vzťahu medzi anandamid a rakovina žalúdka Naša hypotéza o anandamid a rakovina žalúdka bola testovaná skrz zatvorené procesu zisťovania. Tento proces sa vykonáva za použitia modelu webovej Arrowsmith; od choroby rakoviny žalúdka (A) a obsahu andamidov (C), sme hľadali pre bežné medziprodukty B podmienok. V B-zoznam obsahoval názov slová a frázy (termíny), ktoré sa objavili ako v literatúre A a C. Vzhľadom k tomu, nájdené medzi A a C, dráhy sa stala bežnejšie, sa zvýšila pravdepodobnú platnosti našej hypotézy. Po nevyhnutných vyššie uvedených filtračných krokoch, 446 podmienky boli prítomné na aktuálnom B-zoznamu zoradených podľa ich predpokladanej relevantnosti. Ďalej sme obmedzené tieto pojmy podľa sémantických kategórií Genes & Molekulárna Postupnosti a Gene & Proteínové Názvy a získané cieľové gény zapojené do rôznych signálnych dráh, vrátane bunkového cyklu, apoptózy, zápaly a etc (tabuľka 4). Súčasne cesta sieť bola konštruovaná tak, aby zobrazenie spoločný molekulárnej regulačný sieť medzi rakovinou žalúdka a Anandamid akciu. Ako je vidieť na obrázku 1, tieto gény vykazovali vysokú závislosť označujúci regulačné vzťahy medzi nimi. Ďalej skúmať platnosť týchto cieľových génov, niekoľko proteínov /gény boli vybrané ako príklady na účely overenia ich vzťah k žalúdočné rakovina alebo Anandamid cez Arrowsmith SYSTEM. A ako je uvedené v tabuľke 5, skupina kritických génov, zapojený do niekoľkých dráh, ktoré sú prepojené tak s rakovinou žalúdka a na andamidov. Všetky tieto stopy znamenala potenciálne skryté spojenia medzi Anandamid a rakovinou žalúdka, ktorý bol hoden ďalšie vyšetrovanie. Anandamid, ako člen Endokanabinoidový rodina, tiež známy ako N Na preskúmanie účinku andamidov na proliferáciu buniek karcinómu žalúdka, BGC823, SGC7901, AGS, a N87 boli liečené zvyšujúcimi sa koncentráciami syntetický anandamid. Následne, šírenie týchto bunkových línií bola detekovaná MTT. Výsledky ukázali, že anandamid silne znížila rýchlosti proliferácie týchto 4 žalúdočné rakovinové bunkové línie v spôsobom závislým od dávky, s štatisticky významné zníženie ( p < 0,01 Anandamid znížil rast schopnosť AGS a N87 buniek, zatiaľ čo to malo malý účinok na apoptózu v AGS a N87 buniek (obr 2D). Preto musí existovať aj iné dôvody, ktoré viedli k zníženej proliferácie. Ak chcete ďalej skúmať vlastnosti inhibícia rastu podľa Anandamid sa fázy bunkového cyklu bola detekovaná prietokovou cytometriou. AGS a N87 buniek v období logaritmickej rastovej boli inkubované s 10 uM andamidov alebo etanol rozpúšťadla po dobu 24 hodín, potom sa zastavil v G2 fáze bunkového cyklu (Obr 3A a 3B). Na skúmanie účinku andamidov na progresiu bunkového cyklu vo väčšom detaile, AGS a N87 bunky boli synchronizované vo fáze G1 podľa sérového hladovania. Bunkový cyklus bol analyzovaný, keď boli bunky uvoľnené z tejto blokády s kompletným médiu v prítomnosti alebo neprítomnosti andamidov. Bunky ošetrené rozpúšťadlom etanol namiesto Anandamid boli použité ako kontroly. Ako je vidieť na obrázku 3C, AGS bunky boli synchronizované s viac ako 70% obsahu G1 fázy DNA potom, čo boli pestované v bez-sérového kultúry. Od 6 hodín, približne 46% kontrolných buniek boli vo fáze G1, a o 12 hodín, väčšina (57,45%) bolo v S fáze. Medzi 12 a 24 hodinách boli bunky v G2 /M fáze a podstúpil rýchlu mitózu, a o 24 hodín, keď vstúpili do ďalšej bunkový cyklus. Avšak, keď boli bunky ošetrené andamidov po prepustení z G1 fázy, 33,47% ošetrených buniek bolo zadržaných v G2 /M fáze, až do 24 hodín, a ukázal, oneskorený vstup do ďalšieho bunkového cyklu. Podobný trend sa pozoruje v bunkách N87 (3D obrázok). Dohromady tieto výsledky naznačujú, že liečba anandamid spôsobil G2 /M zatknutie pozorované v AGS a N87 buniek. S cieľom analyzovať molekulárne mechanizmy zodpovedné za zvýšená zastavenie bunkového cyklu v dôsledku andamidov, sme použili 2 rôzne RT2 Profiler PCR polí (sA Biosciences, Qiagen) pre stanovenie úrovne expresie génov podieľajúcich sa na regulácii bunkového cyklu. Gény s expresiou zložiť zmeny medzi bunkami ošetrenými andamidov a vozidlom väčšia než 2 boli vybrané ako diferenciálnej génov. Výsledky ukázali, že AGS bunky ošetrené Anandamid po dobu 24 hodín zobrazená celkové zvýšenie expresie G2 /M zatknutie súvisí gény vrátane GADD45 a p21 WAF a zrejmý pokles G2 regulátorov bunkového cyklu vrátane CHEK1, CHEK2, cdc25, CCNA2, CCNB1, CDKN1A, CDKN2A, atď. (Obrázok 4A). Ďalej skúmať, či anandamid spôsobené zastavenie bunkového cyklu pomocou G2 /M kontrolného bodu kontroly, sme vykonali analýzu Western blot AGS buniek po anandamid liečbe po dobu 24 hodín. Bunky ošetrené rozpúšťadlom etanol namiesto Anandamid boli použité ako kontroly. Ako je znázornené na obrázku 4B a 4C, anandamid spôsobila zvýšenie CHK1 fosforylácie a zníženie úrovne expresie cyklín B1 a CDC25A v porovnaní s pozorovaniami v kontrolných bunkách. Tieto údaje naznačujú, že liečba anandamid viedla k zvýšenej aktivite v G2 /M kontrolné stanovište. Použitie Swanson literatúre založené na zisťovanie metodiku, vyšetrovatelia môžu určiť nové vzťahy medzi zdanlivo nesúvisiacich oblastiach, a vzkriesiť skôr zverejnenej ale zanedbané hypotéz [15]. V tejto štúdii sme simulované Swanson literatúre založené na zisťovanie metodiku v 2 oblastiach lekárskej odbornej literatúry, ktoré neboli spojené bibliograficky: rakovinou žalúdka a psychológie. Po procese zisťovania 2-step, anandamid bol vybraný a predpovedal, ktoré majú byť spojené s rakovinou žalúdka. Ďalšie potenciálne vzťah medzi rakovinou žalúdka a andamidov bola potvrdená nadväzujúce experimentovanie. Z tohto dôvodu sme úspešne simuloval objavy literatúry báze, pretože hypotézy vytvorila nový vzťah, ktorý bolo preukázané, že sú spoľahlivé. Žalúdočné rakovina je multifaktoriálne ochorenie, s mnohými zdôvodňujúce premenné, ktoré boli hlásené, vrátane H , pylori Pri biologických vyšetrovateľov, udržať up-to-date s aktuálnym uverejneného výskumu je rozhodujúci zložkou akéhokoľvek výskumníka popis práce, a takmer každý publikovaný článok je príležitosťou, ako nájsť nové väzby medzi liečivom a choroby. Avšak súčasný objem dostupných biologických vied je obrovský. Použitie informovaného tradičné vyhľadávanie, vyšetrovatelia môžu pozorovať obmedzené väzby medzi drogovou /molekulu a ochorenia, ale nemusí rozpoznať väčšie životné prostredie pomocou ktorého vzťahy fungujú, ani identifikovať ďalšie potenciálne vzťahov v tomto prostredí. Z tohto dôvodu, informačnej vedy a vyhľadávania sú veľmi užitočné nástroje pre biologické vedcov. Objav Swanson je literatúra báze je zameraná na oživenie už zverejnené, ale zanedbané hypotézy. Ak je zistená priama súvislosť, ktorá sa zdá byť zanedbané, potom dielo vzkriesenie vykľuje analyzovať ciest alebo mechanizmy, ktoré by nemali byť známe. Inými slovami, Swanson v literatúre založené na objavenie metodológie nielen údaje baniach možných interakciách medzi choroby a choroby, choroby a drogy, alebo choroby a molekuly, ale tiež nám poskytuje s potenciálom pozorovať väčšie pozadie za týmito priamymi odkazy, rovnako ako sieť molekulárnej dráhy v našej štúdii naznačuje možnú súvislosť medzi rakovinou žalúdka a andamidov akciu. Na základe analýzy údajov v tejto súvislosti, sme získali vzájomné vzťahy a mechanizmy medzi zdanlivo nesúvisiacich témach a ich klinický význam a dôležitosť. Z tohto dôvodu, literatúra založená na objav Swanson 's je účinným nástrojom na hľadanie pripojený existujúcej poznatky z empirických výsledkov tým, že na svetlo vzťahov, ktoré sú zapletené aj napriek tomu "opomínané" (Marc Weeber, 2001). sme tiež stretol niektoré výzvy v procese zisťovania. Jeden problém bol s sieťkou povedané, sami, a ďalšie vizuálna kontrola bola potrebná po extrakcii pomocou nášho vlastného Java applet. V otvorenom procese zisťovania, často nie sú schopné rozpoznať skratky, ktoré môžu predstavovať iné slová, a preto ignorovali im napriek ich potenciálny význam. Navyše, niektoré z podmienok zhromaždených bola pomocná slová, vedie k prepúšťaniu. Okrem toho, tam boli prípady, kedy boli synonymá spočiatku počítané oddelene, pretože ich pravopisu, a táto duplikácia muselo byť vyriešené ručne. Aj cez tieto problémy, objav zvýšenie metodika literatúre založené na jasne predstavuje výhodu v procese objavovania nových vzťahov z rôznych oblastí výskumu. Swanson pôvodne vyvinutý v literatúre založené na zisťovanie metodológie a bol rafináciou tento proces 30 rokov s cieľom pomáhať vyšetrovateľom odhaliť neznáme alebo neidentifikované vzťahy medzi štúdiami; problém, ktorý zostal zle pochopil až teraz. Použitie tejto metodiky zisťovania, sme zistili potenciálne interakciu medzi Anandamid a rakovinou žalúdka, ktorý bol hlboko pochovaný vo obrovskému množstvu dostupných údajov, a ktorá bola teraz spoľahlivo potvrdená experimenty.
. PLoS ONE 9 (6): e100436. doi: 10,1371 /journal.pone.0100436
metódy a materiály
Mesh termíny
stoplists
prietokovej cytometrie stavu bunkového cyklu a apoptózy
MTT test
Western blot analýza
Štatistická analýza
0,05 bola považovaná za štatisticky významný
Detekcia vplyvu Anandamid na žalúdočné rakovinových bunkách
-arachidonoylethanolamine alebo AEA, bolo zistené, že aktivujú 2 odlišné G kanabinoidných receptory-proteínom, typ kanabinoidného receptora 1 (CB1) a typu kanabinoidných receptora 2 (CB2) [ ,,,0],12]. Anandamid sa syntetizuje z N-arachidonoyl fosfatidyletanolamínu (NAPZ) a jeho degradácia je primárne katalyzovaná amid mastnej kyseliny hydrolázy (FAAH) enzýmu, ktorý katalyzuje tiež nadväzujúce premenu andamidov do etanolamínu a kyseliny arachidónovej. Štruktúra andamidov zahŕňa funkčné skupiny amidov, esterov a éterov s dlhým reťazcom polynenasýtených mastných kyselín [13]. Tieto zlúčeniny vykazujú "cannabimimetic činnosť"; inými slovami, fungujú ako "D-9-tetrahydrokanabinol (THC), mimetiká", účinná zložka Cannabis. Že anandamid štruktúra zdieľa kritické pharmacophores THC [14] (Obr. 2A)
) pri 100 uM. Okrem toho AGS a bunkové línie N87 zobrazená citlivejšie a dramatický pokles ( p < 0,01
) aj pri 50 koncentrácii um (Obrázok 2B). Ďalej bol sledovaný vplyv andamidov pri nižších koncentráciách na bunkovú proliferáciu v nádorových bunkách žalúdka. Ako je ukázané na obrázku 2C, významné, od dávky závislé zníženie ( p < 0,01
) proliferácie AGS a N87 buniek bolo pozorované u inhibíciu. Avšak, anandamid pri nižších koncentráciách vyrába malý účinok na bunkové línie BGC823 a SGC7901 (dáta nie sú uvedené). Z tohto dôvodu, AGS a N87 bunkové línie boli citlivejší na andamidov než bunkové línie BGC823 a SGC7901.
Efekt liečby Anandamid na distribúciu bunkového cyklu rakovinových buniek žalúdka
Vplyv Anandamid o regulátorov bunkového cyklu
Diskusia
, high-sodíkové diéty, pitie a fajčenie [16]. Predchádzajúce štúdie v našom laboratóriu sa špecializuje na rakovinu žalúdka; Preto je cieľom tejto štúdie bolo zistiť nové poznatky v žalúdku výskum rakoviny poľa. Tento prístup s využitím literatúry na báze objav Swanson je, viedol k identifikácii Anandamid, člen skupiny endokanabinoidy. Anandamid bolo hlásené, že vykazujú vlastnosti proti šíreniu zbraní hromadného ničenia pri liečbe určitých typov rakoviny, vrátane neuroblastóm, karcinóm prostaty a melanómu [17] - [20]. Mayato [21] popísali tiež výskum Anandamid rakoviny žalúdka. Skúmali inhibičný účinok na andamidov buniek karcinómu žalúdka a objasniť funkciu andamidov pre zvýšenie cytotoxického účinku paklitaxelu, a ich závery ohľadom účinkov na bunkový rast andamidov sú v súlade s výsledkami tejto štúdie. Avšak, niektoré gény (CHEK1, CDKN1A, CDKN2A, CCNB1, atď.), Z B, pokiaľ ide o úzke objave boli regulátory bunkového cyklu, čo naznačuje, že anandamid by mohli byť spojené s bunkovým cyklom u karcinómu žalúdka. Ako sa dalo očakávať, real-time PCR a testy Western blot zistené, že výrazy týchto regulátorov bunkového cyklu boli výrazne zmenené po andamidov ošetrení. Prietoková cytometria testy ďalej potvrdili, že anandamid indukované G2 /M bunkového cyklu v rakovinových bunkách žalúdka cez aktívne G2 /M kontrolné stanovište. Jedná sa o prvý čas, že redistribúcia bunkového cyklu bola detekovaná u buniek karcinómu žalúdka po ošetrení andamidov priamo a samostatne. Navyše výsledky ukazujú, že B-termíny by mohli fungovať sprostredkovať efektory medzi chorobou a objavovanie cieľov.
Počiatočné zistenia z projektu Human Microbiome Project vyvolali „stovky následných štúdií“
Domáce psy pravdepodobne neprenášajú SARS-CoV-2,
Antioxidanty v strave môžu zvýšiť riziko rakoviny čriev,
Mohli by antivírusové zlúčeniny pochádzajúce z mikrorias bojovať proti SARS-CoV-2 a iným vírusom?
Ak máte viac ako 50 rokov,
Strata črevnej epiteliálnej bariéry zodpovedná za MIS-C súvisiacu s COVID-19 u detí,
Rastlinné potraviny môžu na ľudí prenášať superbugy odolné voči antibiotikám
Vedci z University of Southern California (USC) na výročnom stretnutí Americkej mikrobiologickej spoločnosti odhalili, že rastlinné potraviny môžu prenášať na črevný mikrobióm rezistenciu na antibioti
Baktérie v pôrodných cestách sú spojené s nižším rizikom rakoviny vaječníkov
Nová štúdia ukazuje, že niečo také jednoduché, ako je cervikálny tampón, môže mať potenciál pomôcť stovkám žien, ktorým hrozí extrémne vysoké riziko rakoviny vaječníkov, pretože majú mutáciu v géne BR
Vedci vyvíjajú peptidy, ktoré obnovujú rovnováhu v črevných baktériách a reverznej ateroskleróze
Vedci pokračujú v skúmaní úlohy črevných baktérií na zdravie, vrátane jeho prepojenia na depresiu, autoimunitné choroby, mentálne zdravie, a obezita. Teraz, tím vedcov zo spoločnosti Scripps Researc