PLoS ONE: Varijacije u Helicobacter pylori citotiksin-povezanih gena i njihov utjecaj na progresiju raka želuca: implikacije za Prevention

Sažetak pregled

Helicobacter pylori pregled (HP) je bakterija koja kolonizira ljudski želudac i može uspostaviti dugoročnu infekcija želučane sluznice. Uporan HP infekcije često uzrokuje gastritis i povezana je s razvojem čira želuca, atrofičnog gastritisa, te želučanog adenokarcinoma. Zarazan HP izolira luka CAG (geni citotiksin povezane) patogenosti otoka (cagPAI), 40 kb protežu od DNA koja kodira komponente sustava sekret tipa IV (T4SS). To T4SS tvori Pilus za injekciju čimbenika virulencije u domaćina ciljne stanice, kao što je CagA onkoprotein. Analizirali smo genetske varijabilnosti u CagA
i drugih odabranih gena u HP cagPAI ( cagC
, kavezu
, cagL
, cagT pregled, cagV pregled i CAG gama pregled) pomoću DNK izvađen iz smrznutih želučanih biopsija ili iz kliničkih izolata. Ispitanici su bili 95 CagA + pacijenti koji su bili s kroničnim gastritisom ili raka želuca u Venezueli i Meksiku, područjima s visokom prevalencijom od HP infekcije histološki dijagnozom. Reakcije sekvenciranja su provedena od strane Sanger i sljedeće generacije pyrosequencing (454 Roche) metode. Pronašli smo ukupno 381 varijantama sa jasnim pozivima promatrati u najmanje 10% od prvobitno testiranih uzoraka i referentnih sojeva. Usporedili smo učestalost tih genetskih varijanti između karcinoma želuca i kronični gastritis slučajevima. Dvadeset i šest SNP (11 nisu sinonimi i 14 sinonim) pokazala je statistički značajne razlike (p < 0,05), te dva SNP-ova, a na položaju 1039 i 1041 o kavezu
, pokazali su vrlo značajnu povezanost s karcinomom (p -vrijednost = 2,07 × 10 ^{-6), a varijanta kodon je smješten u VirB3 homologije domeni Agrobacterium Netlogu. Rezultati ovog istraživanja mogu dati preliminarne informacije u smislu usmjerenosti na antibiotsku terapiju u visoko rizičnih pojedinaca, ako se učinci tih varijanti potvrditi daljnjim istraživanjima pregled}

Izvor:. Rizzato C, Torres J, Plummer M, Muñoz N, Franceschi S, Camorlinga-Ponce M, et al. (2012) Varijacije u Helicobacter pylori citotiksin-povezanih gena i njihov utjecaj na progresiju raka želuca: implikacije za prevenciju. PLoS ONE 7 (1): e29605. doi: 10,1371 /journal.pone.0029605 pregled

Urednik: Masaru Katoh, National Cancer Center, Japan pregled

Primljeno: 6. listopada 2011. godine; Prihvaćeno: 1. prosinac 2011; Objavljeno: 3 siječanj 2012 pregled

Copyright: © 2012 Rizzato et al. Ovo je otvorenog pristupa članak distribuirati pod uvjetima Creative Commons Imenovanje License, koja omogućuje neograničeno korištenje, distribuciju i reprodukciju u bilo kojem mediju, pod uvjetom da je izvorni autor i izvor su zaslužan pregled

Financiranje:. JT je dobitnik je ekskluzivnosti stipendije iz Španjolske zaklade IMSS, Meksiko. U financijeri nisu imali ulogu u studiju dizajna, prikupljanja i analize podataka, Odluka o objavi, ili pripremu rukopisa pregled

U konkurenciji interese.. Autori su izjavili da ne postoje suprotstavljeni interesi pregled

Uvod pregled

Helicobacter pylori pregled (HP) je jedan od najčešćih kroničnih bakterijskih infekcija u ljudi. Procijenjeno je da je više od polovice odrasle populacije u svijetu zaraženo organizmom [1]. Među njima, oko 10-15% inficiranih osoba, procjenjuju se na iskustvo klinički nepovoljne posljedice, uključujući i peptičkog ulkusa, želuca adenokarcinom i sluznice povezane limfoma želuca limfnog tkiva (MALT) [2]. Do danas, unatoč velikim naporima u cijelom svijetu, što se određuje ta varijabilna klinički ishod nije u potpunosti razjašnjen, ali se vjeruje da su kombinacije okoliša (npr, pušenja i prehrane) [3], domaćin genetika i HP čimbenika virulencije [3], [4 ], [5]. Posao kod nas [6] i drugi podržavaju da bakterijski faktori su vjerojatno da će igrati većina odlučujuću ulogu [7], [8]. Pregled

najbolje karakterizira HP marker virulencije je citotiksin povezane gen patogenosti otok (cagPAI ), 40 kb regije kromosomske DNA koja kodira približno 31 gena koji tvori sustav izlučivanja tip IV (T4SS) i premještaju bakterijske proizvode u stanicu domaćina a. CagA pregled prebiva u cagPAI i odgovoran je za većinu HP-povezanih malignih fenotipova: pokrenut IL-8 sekrecija priming upalnog odgovora, potiče staničnu proliferaciju, raspršenja i migraciju ili kroz fosforilacije-zavisnih i nezavisnih mehanizama [ ,,,0],9], [10]. CagPAI je prisutna u oko 95% od istočne Azije izolira i to je rjeđa u izolatima iz niskog rizika zapadnih zemalja [11], [12], [13]. Pregled

Mnogi od CagA funkcija nalaziti unutar C-terminalni tandemski obuče ponavljajući motiv sadrži aminokiseline Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala (EPIYA motiva a, B, C i D). Sojeva koji sadrže više kopija zapadnog tipa EPIYA-C ili istočnog tipa EPIYA-D su predložili da se više povezan s rakom želuca i sa povećanim CagA in vitro
aktivnosti [14], iako je to sporno [15] , Do danas, unatoč poznatoj varijabilnosti u N-terminalnom CagA
gena i drugih cagPAI otoku gena, bilo je vrlo ograničeno informacije o klinički značaj genetičkih varijanti izvan EPIYAs. Dakle, u ovom radu nastojati identificirati varijante u cagPAI genima cagC pregled ( HP0546 pregled), kavezu pregled ( HP0544 pregled), cagL pregled ( HP0539 pregled), cagV pregled ( HP0530 pregled), cagT pregled ( HP0533 pregled) i CAG Gamma pregled ( HP0523
) gena, koji su označeni kao važni funkcionalnih komponenti modela bakterijske T4SS, te se zna da su od ključne važnosti za cagPAI translokacijskim funkciju ili prikazati izvan stanice, što upućuje na moguće interakcije sa stanicama domaćina; i CagA, pregled, čija EPIYA regija je dosljedno korelira s kliničkim ishodom (rak želuca) [16]. pregled

CagA pregled statusa sama nije dovoljna za predviđanje kliničke ishode. Osim toga postoje naznake da HP iskorjenjivanje smanjuje želučane učestalost raka samo kod osoba bez prekanceroznih lezija. Rezultati ovog istraživanja mogu pružiti vrijedne informacije za cilj antibiotsku terapiju visokim rizičnih pojedinaca, ako se učinci tih varijanti potvrditi daljnjim istraživanjima. Pregled

materijali i postupci

Etika Izjava pregled

Svi sudionici su potpisali informirani pismeni pristanak. Istraživanje je odobreno od strane etičkog odbora za reviziju institucija odgovornih za predmet zapošljavanje u svakoj od zapošljavanja centrima. Pregled

Za meksičkih uzoraka, istraživanje je odobren od strane etičkih povjerenstava Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) i Opća bolnica od Secretaria de Salud (SS), Mexico City, Mexico. pregled

za venecuelanski uzoraka, etički klirens za proučavanje dobiven je iz Međunarodne agencije za istraživanje raka (IARC) etičkog povjerenstva u Lyonu, Francuska i Centar za kontrolu raka u San Cristobal, Venecuela. pregled

populacijske studije pregled

Venecuela. pregled

Mi smo koristili 11 uzoraka DNK iz želuca biopsijom od ispitanika oboljelih od kroničnog gastritisa, bez atrofija regrutirani u suđenju kemoprevencijskoj u Venezueli [17], [18]. Ispitanici (dob 35-69) u ovoj raspravi su regrutirani od sudionika u rak želuca programom kontrole Táchira države, koji se temeljio na želučani dvostruko kontrasta X-zrakama, nakon čega slijedi gastroscopic pregled. Ispitanici s bilo raka, uključujući rak želuca, ili s bilo kojim drugim teškim bolestima kao što su srce, pluća, bubrega ili zatajenje jetre i trudnica nisu bili podobni. Sedam želučane biopsije su uzeti iz unaprijed definiranih web-mjesta, pet za histološki pregled i dva su zamrznuti za H pylori
izolacije ili kulture DNA. Stručni patolozi u maligne lezije na želucu pročitati histoloških preparata. Pregled

Meksiko. Pregled

84 uzoraka bili su od pacijenata koji pohađaju Gastroenterologija jedinici México Opće bolnice (Secretaria de Salud) i onkologiju bolnice ( Instituto Mexicano del Seguro Social), obje bolnice u Mexico City. Trideset i pet pacijenti su pogođeni s kroničnim gastritisom i 49 s rakom želuca. Pacijenti su bili stariji od 30 godina, konzultirati zbog gastroduodenalnog simptoma (Opća bolnica) ili zbog vjerojatnog rakom želuca (onkologiju bolnice), a bili su programirani za endoskopiju i biopsija za dijagnostičke svrhe. Subjekti koji su prethodno primili liječenje raka, bili na antibiotike, anti-HP terapija ili nesteroidni protuupalni lijekovi dva tjedna prije ispitivanja, ili je imao druge teške kronične bolesti su isključeni. Želučani Uzorci biopsije smješteni u sterilnoj 0.9% -tnoj otopini soli, homogenizirani i inokulira u krvnom agaru baze (BBL, MD) ploče s dodatkom 5% ovčje krvi za HP kulture. Ploče se inkubiraju na 37 ° C u CO 9% _{2 atmosfere do 5 dana. HP je identificiran kolonije i mikroskopske morfologije i pozitivnim oksidaze, katalaze i ureaza testovima. Od svakog primarnog rasta, 7 do 10 pojedinačne kolonije svake izolirane su iz antruma i korpusa, te se uzgajaju na krvnom agaru mediju. Za potrebe ove studije, analizirali smo 43 uzoraka iz kultiviranih sojeva i 41 direktno iz zamrznutih biopsija. Pregled}

Osnovne karakteristike stanovništva opisani su u tablici 1. pregled

DNA ekstrakcije pregled

za venecuelanski i meksičke uzoraka biopsije DNK je ekstrahirana iz zamrznutih tkiva pomoću QIAamp DNA Micro (Qiagen, Hilden, Njemačka) prema naputku proizvođača. Za kultiviranih sojeva DNA je pročišćena pomoću tiocijanatne-EDTA sarkozilom metodu guanidin (Ges) [19]. Pregled

Primer Dizajn pregled

Mi smo koristili poravnavanje HP sekvenci iz javnih baza podataka za identifikaciju sekvence prikladne za dizajn PCR prajmera. Ograničili smo našu pretraživanja baze podataka za zapadne sojeva HP, koji su više vjerojatno da će biti sličan sojeva koje se nalaze u našem proučavanju uzoraka. Osmislili smo popločan umnošci u rasponu veličina od 312 do 876 bp. Prosječna veličina slijed čita sa 454 sekvenciranje tehnologija je 450 bp, dakle naprijed čita i obrnuti čita preklapaju barem djelomično, čime se poboljšava pouzdanost izlaz. Pet od CagA
amplimera korišteni su prethodno objavljene [20], [21]. Sve početnice korištene za CagA
, cagC, kavez, cagL, cagV, cagT Netlogu i CAG gama pregled je prvi put testiran u PCR reakcije na malom broju uzoraka studija ( n = 16), a amplificirani područja su sekvencionirana s Sanger tehnologije na istim uzorcima potvrditi specifičnost amplifikacije (vidi tablicu dopunsko S1 za sekvencijama i uvjete PCR proširenju). pregled

Nadalje, koriste se, kao što je referentni, tri soja 26695 (NC_000195), J99 (NC_000921) i G27 (NC_0011333) čiji genomi su potpuno sekvencirani [22], [23], [24]. pregled

454 sekvenciranje pregled

jednom su optimizirani uvjeti PCR, resynthesized smo iste klica korištenih za PCR s multipleks oznake (koji se koriste za identifikaciju sekvence iz svakog uzorku specifične) i adaptera, te pojačava ciljane oblasti pomoću DNA iz uzoraka. Druga PCR provedena korištenjem primera označene, kako bi se povećala količina materijala. Sve PCR amplimera su tada pročišćena, kvantificirati spektrofotometrijski i udružuje u ekvimolarnim količinama. Pregled

Knjižnica generacije za 454 FLX sekvenciranje je provedena pomoću standardnih protokola proizvođača (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA). Ukratko, adapteri u proizvođača koji su potrebni za obradu i sekvencioniranje se dodaju krajeva svake bazena označene PCR produkata pomoću podvezivanja. Pojedinačne molekule PCR proizvoda koji nose ispravne adaptera hibridiziran individualnim kuglice, klonalno umnožene u slijedećem emulziji PCR i svaki bazen prebaci na 1/16 od picotiterplate za sekvencioniranje pomoću 454 GS FLX titan tehnologije. Nakon obrade i baze zove koristeći vlasnički softver proizvođača (454 Life Sciences Corporation, Branford, CT, USA, Software verzija 2.0.00 listopada 2008) Dobiveni čita su razvrstani prema unaprijed ugrađen šest osnovnih oznaka. Genomska analiza sekvenci od 454 tehnologije napravljena je i za njih HP izolati > 200 puta prosječna pokrivenost (minimalno 59x, maksimalno 580x). Rezultirajući contigs su sastavljeni pomoću genskog slijeda HP soja 26.695 [23] kao kostura. Nismo primijetili znatne razlike u kvaliteti proizvodnje između DNK iz kulturan soja i DNK iz biopsije. Da bi se procijenila kontrolu kvalitete podataka usporedili smo 454 sekvenciranja podatke o referentnim sojem bakterije 26695 i objavljene sekvence u NCBI bazi podataka (NC_000915); podudarnost je više od 99%. Također smo sekvencionirao 9 Venezuelanski uzorke s tradicionalnim Sanger metoda sekvenciranja, promatrajući podudarnost >. 99% između metoda pregled

Sanger sekvenciranje pregled

CagA pregled N-terminal (630bp ), C-terminalni (pozicija 2670 - 3100) i EPIYA motiva regiju, kao i cagL pregled gena su sekvencirani Sanger metodom. Reakcije sekvencioniranja provedene su pomoću BigDyeR Terminator Cycle Kit (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) pod termalnim uvjetima kako slijedi: 96 ° C 2 min, zatim 27 ciklusa na 96 ° C za 30 s, 54 ° C za 10 s i 60 ° C tijekom 4 min. Reakcijski produkti istaloženi su s 2-propanol, isprana sa 75% etanolom, razrijeđen u 25 ul vode, te prebaci na ABI Prism 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). Primarni podaci sekvencioniranja su analizirani pomoću sekvenciranja analize programa (Applied Biosystems). Pregled

bioinformatiku i statističke metode

Sirovine sekvence automatski su analizirani sa softverom za 454, a kvalitetni rezultati su bili dodijeljeni. Nastala sekvenciranje izlaz, i od 454 na SFF-formatu i Sanger u Abi formatu, analiziran s više poravnanje sekvence programa (npr Geneious softverske platforme: http://www.geneious.com/~~HEAD=dobj), koji je sakupio sav čita koje pripadaju isti uzorak, a zatim sekvence svih uzoraka usklađeni s referentnom sekvencom i polimorfizama te male insercije i delecije su identificirane. Kako bi izbjegli potencijalne artefakata iz sekvenciranja i ograničiti varijante s klinički i statistički prihvatljiv frekvencija, odabrali smo varijanti s jasnim pozivima promatrati u najmanje 10% za sinonimi (N = 175) i 20% za nonsynonymous (N = 206) varijante izvorno testirani uzorci i referentni sojevi (ukupno 381). pregled

SAS verzija 9.2 se koristi za procjenu logit omjer vjerojatnosti (OR) i 95% interval pouzdanosti (CI) za rak želuca povezane sa svakom varijantom, kao i za izračunavanje p -values ​​za razlike u varijanti frekvencije između raka želuca i gastritisa po Fisher-ovog točnog testa (2-strani). Bonferronijeva korekcija se primjenjuje za izračun p-vrijednosti prilagođene za višestruke usporedbe dijeljenjem sirove p-vrijednosti sa 381. pregled

genetska varijabilnost u sedam HP cagPAI gena pregled

Sažetak genetske varijabilnosti otkrivena u sedam gena je u tablici 2. kao što se očekivalo, gledali smo visok stupanj varijabilnosti (izračunava se kao broj mjesta koji pokazuje varijantu od ukupno mjesta u genu), kako na razini DNA i amino kiseline. Varijabilnost nukleotida u rasponu od 8,03% u cagV pregled za 23.92% u cagC
, dok je varijabilnost aminokiselina interesantno u rasponu od 5,69% u cagT
, prikazuje najmanju stupnja varijacije, do 31.01% u CagA Netlogu. pregled

usporedili smo frekvencije 381 odabranih genetskih varijanti između karcinoma želuca i kronični gastritis slučajevima. Mi smo tada određuje koji nisu sinonim (tablica 3) i sinonim (Tablica 4) varijante koje su pokazale značajne razlike između gastritisa i raka slučajevima, sastanak jedan od sljedećih kriterija: (1) apsolutna varijanta frekvencija razlikovala najmanje 25% između gastritisa i raka grupe; (2) frekvencija varijanta karcinoma želuca barem dva puta veća nego u gastritis i (3) varijanta frekvencija u gastritisa barem dvostruko veći nego kod raka želuca. Dvadeset i pet SNP-a (11 nisu sinonimi i 14 sinonim) postignut statistički značajne razlike (p 0.05, Slika 1), koji se nalazi u CagA pregled, kavezu pregled, caggamma
i cagL pregled, a nitko se nalazi u cagC pregled, cagT pregled ili cagV pregled. Mi smo tada primjenjuje prag studija-mudar p = 1,31 × 10 ^{4 (0,05 /381) prilagođen za višestruke usporedbe, a samo dva SNP, na poziciji 1039 i 1041 u kavezu pregled, pokazala p-vrijednost manja od tog praga. SNP u kavezu pregled gena (pozicija 1905) pokazuje ap vrijednost 2,55 × 10 -4 vrlo blizu studijskim-mudar statističke značajnosti. Pregled}

CagA
polimorfizmi i vrste EPIYA pregled

C-terminalni region (pozicije 2670 do 3100) bio je vrlo promjenjiva u kliničkim izolatima prema uzorku od EPIYA motiva (slika 2). Uočili smo 524 polimorfnih mjesta na kojima smo analizirali 148 odabrane kriterije prije opisane (kompletan katalog CagA pregled SNP je prikazan u dopunski datoteke S1). Zanimljivo, dva SNP pokazuju različit ponavljanje između gastritisa i raka slučajevima s p < 0,05, čak i ako oni nisu bili statistički značajna zbog velikog broja testova; Jedan od njih je ne-sinonim SNP-a (A2033G odrediti promjenu aminokiselina T /A, vidi tablicu 3) i jedan sinonim SNP-a (A2547G, vidi tablicu 4). pregled

Analiza EPIYA regiji potvrdila da su sve sekvence bili su zapadnog tipa CagA, odnosno ABC (82%), ABCC (13%), ABABC (3%), AABCC (1%) i ABCCC (1%). Nismo promatrati drugu distribuciju ove vrste CagA između raka i gastritisa slučajevima (p = 0,2342), detaljni rezultati su prikazani u tablici 5 i slici 2. Uočili smo 3 varijante EPIYA motiva: jedan gastritis uzorak bio EPIYV u motiv, 50% B motiva pokazao EPIYT varijantu (bez statistički različitu razdiobu u raka i gastritis slučaju) i jednu C motiv slučaju raka pokazali EPLYA varijantu. pregled

Rezultati u drugu CAG pregled PAI geni

Genetska varijabilnost cagC kavezu pregled, cagT, cagV pregled i CAG Gamma pregled procijenjena je 454 sekvenciranje i c Agi pregled po Sanger sekvenciranje. Kompletan katalog polimorfizama promatrati u ovih sedam gena prikazan je u dopunski datoteke S1. Pregled

cagC
gena otkrili smo 83 SNP-ova, od kojih 25 su odabrane kao što je gore opisano. Niti jedan od tih SNP pokazali diferencijalne distribucije između gastritisa i raka slučajevima. Pregled

kavezu pregled gena koje smo katalogizirali 308 polimorfnih mjesta, 97 od tih polimorfizama su analizirani. C1039T i T1041G pokazala je statistički značajnu drugačiji ponavljanje između gastritisa i raka slučajeva s p = 9,97 × 10 ^{-6. Osim toga još SNP T1905C pokazao različitu ponavljanje uz p vrijednost od 2,55 × 10 -4, što je vrlo blizu praga studija-mudar. Devet SNP pokazuju različit ponavljanje između gastritisa i raka slučajevima s p < 0.05, šest sinonimnih polimorfizama (T1032C, C1038T, T2092C, A2097G, G2121A i A2286G) i 3 ne sinonimnih varijante: A76C (aminoacidic promjena iz lizina u glutamin), T1853C (aminoacidic promjena iz valina natrag u alanin) i A2032G (aminoacidic promjeni od asparagina do asparaginske kiseline). pregled}

C1039T varijanta, kada se analiziraju kao promjena u jednom, predviđa izmjenu aminokiselina lizina na phenilalanine (kodona promjenu CTT na TTT), dok je SNP T1041G se nalazi na trećem mjestu u istom kodona i ako je analizirana kao jednu promjenu je predvidio sinonim varijantu (kodon promijeniti CTT na CTG). Međutim, u svim uzorcima koje smo analizirali su dvije varijante alela zabilježene su zajedno, stoga promatrati samo dvije varijante kodona (CTT i TTG) koji kodiraju za iste aminokiseline, lizin. Polimorfizam T1905C je sinonim varijanta na trećoj poziciji GTT kodona (varijanta kodon GTC), što kodovi za valina. Pregled

cagL
gena opazili smo 74 polimorfizama i 24 od kojih su analizirani 4 pokazala je različito raspodjelu između slučajeva raka i gastritisa (P 0,05). Dvije od njih su bili ne-sinonimi: G166A (aminoacidic promjena alanina u treonin) i A172G (aminoacidic promjena asparagina do asparaginske kiseline) i dva sinonimi. (A228G i C516T) pregled

cagT pregled gena analizirali smo 23 od 81 polimorfizama promatranih, dok je u cagV
gena analizirali smo 11 od 61 polimorfizama, te u oba gena nitko od polimorfizma pokazali diferencijalne distribucije između gastritisa i raka slučajeva. pregled

CAG Gamma
gena smo promatrali 111 polimorfizama, 53 od kojih su dalje analizirani i 4 sinonim (A195TorC, T207A, C264T i A468G) i pet ne-sinonimi (A38G, C47G, A200 /201T, A367C i G457A) pokazala je p. < 0,05 za diferencijalne distribuciju između gastritisa i raka slučajeva (slika 1) pregled

Rasprava pregled

s obzirom da njegovo otkriće 1996. godine [25] je cagPAI, koja krije virulencije gene HP-a, vjerojatno je najviše intenzivno proučavao dio HP genoma. Sustav izlučivanja tip IV kodira proteine, koje tvore igle nalik strukture povezuje HP u citoplazmi epitelne stanice želuca kako bi se uvelo onkogeni CAGA proteina i peptidoglikana. Dijelovi ove strukture uključuju) Pilus komponente, CagC (homolog Agrobacterium tumefaciens
VirB2) koji čine glavni izvanstanični strukturu, u kojoj se u privitku vrh CagL za interakciju s β-1 integrin; b) osnovne složeni proteini, CagW (VirB6), CagT (VirB7), CagV (VirB8), CagX (VirB9) i prepreden (VirB10) koji tvore unutarnji vodič Pilus; c) energetski faktori Cagβ (VirD4), Cagα (VirB11) i kavez (VirB3 /VirB4), ATPases dobavu energije za sustav za rad [26]. U ovom istraživanju smo sekvencionirao cagC pregled ( HP0546 pregled), cagL pregled ( HP0539 pregled) iz Pilus, cagV pregled ( HP0530 pregled), cagT pregled ( HP0533 pregled) i CAG Gamma pregled ( HP0523 pregled) iz jezgre naselja, i kavezu pregled ( HP0544 pregled) od enzima za opskrbu energijom iz HP-sojeva izoliranih iz gastritis i pacijenata s rakom želuca. Ovi geni su izabrani, jer su njihovi proizvodi se zna da su bitni za T4SS funkcije, a neke su prezentirani izvan stanice u H. pylori pregled (CagA, CagL, CagC), što ukazuje na moguću interakciju s stanicu domaćina [27]. pregled

Otkrili smo najmanji varijacije, kako na nukleotida i aminokiselina razini, u unutarnjim komponentama jezgra T4SS (CagT , CagV i Cage, 5,7%, 5,9% i 5,9% aminokiselina varijacija, respektivno), a najveća razlika u izloženih dijelova: integrina vezujući protein CagL, izvanstanični Pilus glavna komponenta CagC i izlučuje protein CagA (12,2%, 23,5% i 31%, aminokiselina varijacija, respektivno). Ovi rezultati podržavaju da genetička varijacija u cagPAI komponente uglavnom pod utjecajem njihove lokalizacije u T4SS, s višim varijacija u proteinima izloženim u bakterijskom površini, možda kao odgovor imunološkog tlakom. Zanimljivo, CAG Gamma bio izuzetak (19,5% aminokiselina varijacija), taj protein predloženo je da se nalaze u HP periplazmi, gdje djeluje kao peptidoglikan hidrolaze, bušenjem HP vanjske membrane i na taj način pomaže izložiti T4SS Pilus na vanjsku medij [28]. Moguće je da CAG Gamma ispunjava tu funkciju i kao strukturna komponenta izloženog Pilus, gdje bi to mogao djelovati preko membranom stanice domaćina. Pregled

Studije iz Afrike [21], u Italiji [14], SAD [ ,,,0],8] i Brazil [29] predložili su povezanost između povećanog broja EPIYA C motiva i HP povezanih bolesti. Nadalje, Sicinschi et al. [30] uočena je povezanost između povećanog EPIYA C segmentima i prisutnost želučanih prekanceroznih lezija. Za razliku od toga, studija u Kolumbiji [8], [31], Meksiko (J. Torres, osobna komunikacija), a Koreja [32] nisu našli takvu povezanost. U našem istraživanju, više od 80% svih uzoraka iz Meksika i Venezuele su bili tipa ABC, a ne udruga bila je očita između želuca progresiju raka i većim brojem EPIYA C motiva. Osim toga, nedavna istraživanja [15] pokazala su važnost točke varijacija u EPIYA B motiv za djelovanjem na stanice epitela, gledali smo četiri nisu sinonim varijacije u ovom motivu, ali ovi polimorfizmi nisu pokazali povezanost s rakom želuca. Pregled

Nedavne studije su izvijestili važne pro-upalni i pro-onkogene aktivnosti CagA koji su neovisni od EPIYA motiva i koje bi mogle biti jednako važna za bolesti [30]; ovi rezultati mogu objasniti nedostatak udruženja C motiva s rakom prijavljenih i ovdje u prethodnim studijama. C terminal CagA proteina sadrži i C-MET motiv koji je predložio da ima nekoliko funkcija: posredovati CagA multimerizacija i membranu ciljanje [33], [34], u interakciji s kinaze Par1b /MARK2 [35], i sve to aktivnosti su CagA fosforilacija neovisni [36]. Međutim, u našem istraživanju nismo pronašli značajne razlike između gastritisa i raka želuca, bilo u slijedu, ili u broju multimerizacija motiva. Pregled

C-terminalna i N-terminalne domene CagA su oba potrebna za iskorištavanje puna aktivnost proteina, iako imaju različite funkcije. Nedavno je pokazano da je N terminus CagA interakciju s tumor supresor apoptozu stimulirajućeg proteina p53 (ASPP2) [37]. Pregled

Prisutnost svih ovih interakcija između CagA i bakterijskih i humanih proteina ukazuju da to može biti vrlo teško za bakterije održavati cijeli niz biološke aktivnosti u prisustvu visoke razine mutacije, od kojih je većina vjerojatno dovesti do gubitka ili slabljenje funkcije. pregled

Iako je CagA
je najbolje osnovana cagPAI marker virulencije, CagA pregled statusa sama nije dovoljna predvidjeti klinički ishod u visokim populacijama rizika, gdje je većina HP su CagA pregled pozitivnih sojeva. U tom kontekstu, identifikacija novih HP molekularna virulencije markeri za predviđanje želučane rizik od raka će biti vrlo važno. Nedavni napredak u metodologiji genotipizacija omogućuje nam da koriste DNK iz želuca biopsije učiti HP slijed microvariabilities, koji su gotovo isključivo studirao u kulturi sojeva. Genotipizacija većeg broja uzoraka želuca omogućuje nam da proširimo cagPAI genetski otkrivanje varijantu s drugim potencijalno važnim T4SS gena. To je relevantno jer su ranija istraživanja usmjerena uglavnom na CagA pregled i korisnost drugih cagPAI gena kao markera za rizikom bolesti jedva je studirao. Nekoliko istraživanja su tražili u organizaciji prisutnosti cagPAI gena i bolesti, i nitko proučavali polimorfizama u genima cagPAI, osim CagA.

kavezu pregled je jedinstvena gen koji kodira dva T4SS komponente, VirB3 (N-terminalna) i B4 (C-terminal) kao fuzijski protein [38], i B4 je najveći ATPaze na više T4SS komponente. Generira energiju za proces sekrecije, čime je potreban za translokaciju supstrata [39] i u interakciji je s mnogim drugim T4SS proteina, uključujući VirB2 [40]. Unatoč relativno unutarnjoj lokalizaciji, njegovu središnju ulogu u IL-8 indukcije je dobro dokumentirano [41], [42], [43]. Zanimljivo, gledali smo snažnu povezanost između dva SNP (C1039T i T1041G) od kavez Netlogu i rak želuca, nalaz nije prethodno prijavljen. Ovi SNP su na poziciji jedan i tri iste kodona i uvijek promatraju ove dvije varijante kodona (CTT i TTG) koji kodificirati za istu aminokiselinu, lizin. Ova varijanta kodon se nalazi u homologija domenu sa VirB3 od Agrobacterium Netlogu. Druga najjača udruga otkrivena je u drugom sinonim SNP na poziciji 1905, u ovom slučaju dva moguća kodona bile GTT i GTC, koji je kod za valina. To je bio poznat već duže vrijeme alternativna sinonim kodona ne koriste s jednakim frekvencijama i obrazaca upotrebe kodona variraju između vrsta [44]. Kodon običaj je više pristrani u genima izraženi na višim razinama [45], [46]. Upotreba optimalnih kodona omogućuje učinkovitije korištenje ribosoma i dovodi do bržeg stope rasta [47]. Iako je genom HP je izvijestila da ne sadrže kodona pristranost za visoko izraženim genima [48], Kloster i Tang [49] identificirali pristranost u razini ekspresije gena u kojima se preferira TTG kodon preko CTT kodon, kao i GTC kodon preko GTT. Stoga, na temelju tih podataka možemo nagađati da je razlika u kodona korištenje može imati utjecaj na razini ekspresije gena s jakim funkcionalnog značaja za sustav T4SS sekreta, kao što su kavezu pregled. Pregled

CagL je specijalizirana Pilus protein koji se veže na i aktivira integrin α5β1 receptor na epitelnim stanicama želuca uglavnom kroz svoju arginin-glicin-aspartat (RGD) motiv, vodilice pravilno namještanje T4SS i olakšavaju translokaciju CAGA [9], [50 ]. CagL također aktivira stanice domaćina kinaze fokalna adhezijska kinaza (FAK) i Src da osigura fosforilaciju CAGA na mjestu injekcije, dok je potrebno β1 integrin za CagA induciranu stanice domaćina pokretljivosti i istezanja [51]. CagL također može biti odgovoran za HP-inducirane hypochlorhydria kroz aktivaciju dezintegrinsku i metaloproteaze 17 i NFκB [52]. Od dva cagL pregled SNP smo pronašli povezana s rakom želuca je A172G SNP (N58D) je u istom položaju u kojem Yeh et al [53] su pokazali da istovremena prisutnost tirozina u aminokiselinski položaj 58 te glutaminske kiseline na položaju 59 (Y58E59) u usporedbi sa kombiniranom asparaginske kiseline (D58) i lizina (K59), inducira efikasnija corpus pomak želučane integrin α5β1 koji je u vezi sa želučanom karcinogeneze. Nismo promatrati tirozin (Y) aminokiselinu na položaju 58 u bilo kojem uzorku, ali smo našli da nositelji asparaginske kiseline (D) u ovom položaju se na nižim rizikom raka želuca u usporedbi s asparaginom (N) nosačima. Osim toga, primijetili smo da polimorfizam u aminokiseline 59 na nižoj frekvenciji i bez ikakve razlike između raka i gastritisa uzoraka. Pregled

U prethodnim istraživanjima [54] analiza sekvenci cagGamma pregled gena pokazala je da je luka tipičan SLT katalitičke domene između ostataka 33 i 165, čiji je "ES" i "AVGAY" motivi su vrlo očuvan među ortologa enzima. Uočili smo pet nonsynonymous varijante s različitim rasporedom u raka i gastritisa slučajevima. Tri od tih karti u katalitičke domene, ipak ni jedan od njih se nalazi u većini sačuvanih dijelova domene. Pregled

Iako je ovo istraživanje ima ograničenja u veličini uzorka, to je najveća do sada u smislu broj cagPAI gena studirao za duboko slijed analize. Nekoliko uzorci su izgubili zbog propusta u PCR amplifikacije, koja može biti posljedica microvariabilities od HP nizu.